Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 46521 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Septi Anggraini Sugiarti
"ABSTRAK
Enzim lipase EC 3.1.1.3, triasilgliserol asilhidrolase merupakan kelompok enzim yang menghidrolisis lemak menjadi asam lemak dan gliserol. Selain itu, enzim lipase berperan dalam berbagai rekasi, seperti reaksi esterifikasi, interesterifikasi, dan transesterifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan subkloning gen lipase Bacilus subtilis dari vektor pGEMlipA ke dalam vektor pSKE xyn AQ1 dengan metode Exponential Megapriming PCR EMP dan transformasi vektor pSKExynlipA rekombinan ke Bacilus subtilis DB104. Megaprimer yang digunakan untuk EMP disintesa melalui reaksi PCR menggungakan primer spesifik gen lipase yang didesain berdasarkan deret nukleotida gen lipA dan xynAQ1 sedemikian rupa sehingga merupakan gabungan deret nukleotida kedua gen tersebut, dengan vektor pGEMlipA sebagai template DNA. Produk PCR yang dihasilkan berukuran 792 pb selanjutnya digunakan sebagai megaprimer untuk EMP dengan vektor pSKExynAq1 sebagai template DNA. Produk EMP yang dihasilkan pSKExynlipA kemudian ditransformasikan ke dalam E. coli DH5 ? ? . Tahap selanjutnya vektor diekstraksi dari E. coli untuk ditransformasikan ke dalam B. subtilis DB104 dengan metode protoplasting dilanjutkan dengan tahap integrasi gen lipA ke dalam kromosom B. subtilis DB104. Kloning gen lipase ke dalam vektor pSKExynAq1 dengan metode EMP telah berhasil dengan diperolehnya pita berukuran sesuai harapan, yaitu 7849 pb. Produk EMP tersebut berhasil mentransformasi E. coli DH5 ? ? yang tumbuh pada media LB yang mengandung ampisilin. Seleksi kualitatif klona positiF menggunakan media agar mengandung asam tri butirat TBA, tri-butyric acid berhasil mendapatkan 1 klona klon 1 yang menghasilkan zona bening. Plasmid rekombinan yang diisolasi dari klon 1 tersebut berhasil ditransformasikan ke dalam B. subtilis DB104 pada media DM3 mengandung eritromisin. Analisis menggunakan enzim restriksi PstI terhadap plasmid pSKExynlipA yang diekstraksi dari beberapa transforman B. subtilis diperoleh 1 koloni rekombinan positif yang mengandung DNA target. Eksperimen integrasi kromosom menghasilkan pertumbuhan koloni pada media LB dengan berbagai konsentrasi eritromisin yaitu LB tanpa eritromisin, LB eritromisin 0,5 g/ mL, dan LB eritromisin 5 g/ mL. Analisis terhadap klona integran positif dilakukan dengan PCR genom, namun hasil penelitian menunjukkan belum didapatkan klona positif dari 60 klona yang tumbuh pada media LB tanpa eritromisin.

ABSTRACT
Enzyme lipase EC 3.1.1.3, triasilglycerol acylhydrolase is a group of enzymes that hydrolyzed fat into fatty acids and glycerol. In addition, the lipase enzyme plays a role in various reactions, such as esterification, interesterification, and transesterification reactions. The present study was conducted to subclone the Baillus subtilis lipase gene lipA cloned in the pGEMlipA recombinant vector into pSKExynAQ1 recombinant vector by EMP method and to transform the resulted pSKExynlipA recombinant vector into Bacilus subtilis DB104. Megaprimer used in the EMP was synthesized by PCR using a pair of gen specific primer designed based on lipA and xynAq1 nucleotide sequencces so that the oligonucleotide is a comibantion of both nucleotide sequences, with pGEMlipA served as DNA template. The resulted PCR product was used as megaprimer for the EMP with the pSKExynAq1 recombinant vector served as DNA template. The resulted EMP product pSKExynlipA was used to transform E. coli DH5 . The recombinant vector was then extracted from E. coli to be transformed into B. subtilis DB104 by the method of protoplasting followed by integration of the lipase gen into the B. subtilis DB104 chromosome. EMP Cloning of the lipase gene into the pSKExynAQ1 vector has been successfuly conducted that resulted in specific band of 7849 bp. The EMP product was successfully transformed E. coli colonies grew on LB media containing ampicillin. Qualitiative selection of positive colonies using TBA tri butyric acid agar media resulted in 1 positive clone clone 1 that produed a clear zone. The recombinant plasmid has been successfully transformed into B. subtilis DB104 using protoplasting method. Analyzed recombinant with digestion using PstI restriction enzyme showed 1 colony as positive recombinant containing target DNA. The result of chromosome integration showed colonies growing on LB medium with various erythromycin concentrations, LB without erythromycin, LB erythromycin 0.5 g mL, and LB erythromycin 5 g mL. The isolat was analyzed with genomic PCR, and the results showed no positive isolates from 60 clones. "
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2018
T49873
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Maya Ulfah
"Gen CalBsyn telah dikonstruksi untuk mengkode Candida antarctica lipase B (CalB). Enzim tersebut memiliki peranan penting sebagai biokatalis yang efektif di bidang bioteknologi dan industri. Sekuens gen CalBsyn telah dimodifikasi dengan menambahkan mutasi pada tiga asam amino untuk meningkatkan termostabilitas enzim tersebut. Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) telah digunakan sebagai reporter gene untuk memvisualisasikan ekspresi gen CalBsyn. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen CalBsyn dan fusi gen CalBsyn-egfp ke dalam vektor ekspresi pGAPZα pada Escherichia coli TOP10F’. Gen CalBsyn telah diisolasi dari vektor pJ912-CalBsyn dengan teknik digesti menggunakan enzim restriksi XhoI. Fragmen gen CalBsyn yang berukuran 1136 bp kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGAPZα dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα- CalBsyn. Fragmen gen egfp yang berukuran 750 bp telah diisolasi dari vektor pTZ-egfp menggunakan teknik PCR, kemudian diligasikan ke dalam vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn-egfp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan pGAPZα- CalBsyn-egfp telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan nilai efisiensi transformasi sebesar 4,11 x 103 cfu/μg DNA plasmid dan 3,10 x 104 cfu/μg DNA plasmid di dalam medium seleksi mengandung zeocin [25 μg/ml].

The CalBsyn gene was constructed to encode Candida antarctica lipase B (CalB). The enzyme has important role as the effective biocatalyst in biotechnology and industrial fields. The sequence of CalBsyn gene has been modified by mutation at three amino acids to improve thermostability of the enzyme. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used as reporter gene to visualize the expression of the CalBsyn gene. This research was aimed to subclone both CalBsyn gene and CalBsyn-egfp fusion gene into pGAPZα expression vector on Escherichia coli TOP10F’. The CalBsyn gene was isolated from pJ912-CalBsyn vector by digestion using XhoI restriction enzyme. The 1136 bp fragment of CalBsyn gene then was ligated to pGAPZα expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain recombinant vector pGAPZα-CalBsyn. The 750 bp fragment of egfp gene that was isolated from pTZ-egfp vector using PCR technique was ligated to recombinant vector pGAPZα-CalBsyn and transformed into E. coli TOP10F’ to obtain pGAPZα-CalBsyn-egfp recombinant vector. The result showed that both recombinant vectors pGAPZα-CalBsyn and pGAPZα- CalBsyn-egfp were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with transformation efficiency values 4,11 x 103 cfu/μg plasmid DNA and 3,10 x 104 cfu/μg plasmid DNA respectively in the selection medium containing zeocin [25 μg/ml]."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S44380
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nyoman Arda Wibawa
"Penelitian ini bertujuan untuk mencari gen terdiferensiasi dan informasi biologis dari data ekspresi gen penyakit Alzheimer. Data yang digunakan merupakan data microarray penyakit Alzheimer yang berukuran 54675 peobes × 161 sampel. Data tersebut diperoleh dari National Centre for Biotechnology Information (NCBI) yang dapat diakses melalui laman: http://www.ncbi/nlm.nih.gov/. Gen yang memiliki ekspresi terdiferensiasi diseleksi menggunakan algoritma Delta Relative Deviation dan Absolute Deviation (DARDAD). 7089 gen dengan ekspresi terdiferensiasi pada sampel sakit selanjutnya dianalisis menggunakan metode biclustering. Bicluster didapatkan dengan menggunakan model BicMix yang memodelkan matriks ekspresi gen sebagai perkalian dua parameter ditambah matriks eror. Hasil faktorisasi dari Singular Value Decomposition (SVD) digunakan untuk menginisialisasi proses estimasi parameter model BicMix menggunakan metode iteratif Variational Expectation Maximization (VEM). Hasil bicluster selanjutnya dianalisis menggunakan Gene Ontology dan Disease Ontology. Didapatkan 30 bicluster dan beberapa penyakit yang berkaitan dengan penyakit Alzheimer.

The purpose of this research is to find genes that differentially expressed and biologic information from Alzheimer's gene expression data. Microarray data of Alzheimer's disease with 54675 probes × 161 samples were used in this research. Data downloaded from National Centre for Biotechnology Information (NCBI), http://www.ncbi/nlm.nih.gov/. Delta Relative Deviation and Absolute Deviation (DARDAD) were used to find differentially expressed genes. 7089 differentially expressed genes then analyzed using biclustering method with BicMix model. BicMix modeled gene expression matrix data as multiplication two parameters and an error matrix. Parameters in the model estimated using Singular Value Decomposition (SVD) - Variational Expectation Expectation Maximization (VEM). Bicluster result then analyzed using Gene Ontology and Disease Ontology. Result of this research are 30 biclusters and disease that are active in Alzheimer.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
T54494
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
"The present study was undertaken with primary objective to characterize of gembrong goat breeds. It is essential to characterize the germplasm for intragenetic variability, which will help in planning for conservation strategy as well as genetic improvement...."
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Rithami Arita
"Gen sintetik anti-TfR-scFv telah dikonstruksi untuk mengkode protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein rekombinan tersebut dirancang untuk menghambat ikatan antara molekul transferin dengan reseptor transferin (TfR). Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) digunakan dalam penelitian sebagai reporter gene untuk mengetahui ekspresi gen anti-TfR-scFv. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv-egfp ke dalam vektor ekspresi pPICZα A pada Escherichia coli (E. coli) TOP10F’. Gen anti-TfR-scFv yang berada di dalam pJ-TfR-scFv diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Fragmen gen anti-TfR-scFv yang berukuran 747 bp kemudian diligasi pada situs restriksi EcoRI pada vektor ekspresi pPICZα A dan ditransformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi pertama (pPICZα_TfR). Gen egfp yang berukuran 753 bp diligasi dengan vektor rekombinan pPICZα_TfR dan ditranformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi kedua (pPICZα_TfR_EGFP). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan baik pPICZα_TfR maupun pPICZα_TfR_EGFP telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan efisiensi transformasi 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg plasmid DNA pada medium LSLB yang mengandung 25 μg/ml antibiotik zeocin. Hasil verifikasi menggunakan PCR, digesti, dan sekuensing menunjukkan bahwa gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv- egfp berhasil disubkloning ke dalam vektor ekspresi pPICZα A.

The anti-TfR-scFv synthetic gene is a gene encoding single chain variable fragment that prevents the bond between transferrin receptor (TfR) and transferrin molecule. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used in this study as reporter gene for monitoring expression of anti-TfR-scFv gene. The study was aimed to subclone anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene into pPICZα A expression vector on E. coli TOP10F’. The anti-TfR-scFv synthetic gene had been cloned previously in the cloning vector pJ-TfR-scFv and was amplified by PCR technique. Furthermore, the 747 bp fragment of anti-TfR- scFv synthetic gene was ligated into EcoRI restriction site in pPICZα A expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain type I recombinant vector named pPICZα_TfR. The 753 bp fragment of egfp gene was ligated to recombinant vector pPICZα_TfR in order to obtain type II recombinant vector named pPICZα_TfR_EGFP. The results showed that both of recombinant vectors pPICZα_TfR and pPICZα_TfR_EGFP were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with efficiency of transformation 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg DNA plasmid in LSLB medium containing 25 μg/ml zeocin. The results of verification by PCR method, digestion, and sequencing showed that anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene were successfully subcloned into pPICZα A expression vector."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S44550
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Zaenal Arifin
"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.

Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol­ chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S46522
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Editha Renesteen
"Sukrosafosforilase (SPase) adalah suatu enzim yang mengkatalisis sejumlah reaksi pemindahan gugus glukosil ke sejumlah molekul aseptor. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh SPase rekombinan dari E. coli BL-21 StarTM dalam skala besar, memperoleh karakter enzim berdasarkan bobot molekul dan aktivitas, dan mengetahui aktivitas transglikosilasi terhadap asam askorbat dan asam benzoat.
Berdasarkan hasil SDS PAGE, bobot molekul SPase rekombinan adalah antara 45 dan 66 kDa. Aktivitas SPase diukur dengan menggunakan sukrosa sebagai substrat dan produk akhir diukur sebagai NADPH pada 340 nm, dengan hasil aktivitas relatif 98,52% terhadap SPase standar. Aktivitas transglukosilasi menggunakan asam benzoat sebagai substrat menunjukkan produk pada KLT, sedangkan asam askorbat tidak menunjukkan terbentuknya produk pada KLT dan KCKT.

Sucrosephosphorylase (SPase) is an enzyme that catalyzes glucosyl transfer reaction to the amount of acceptor molecules. The objective of this study was to obtain the recombinant SPase from E. coli BL-21 StarTM in a large scale, to characterize the recombinant SPase by its molecular weight and activity, and to determine the transglucosylation activity using ascorbic acid and benzoic acid as substrate.
SDS PAGE result showed that molecular weight of recombinant SPase between 45 and 66 kDa. SPase activity was measured by using sucrose as substrate, and the end product was measured as NADPH at 340 nm; this resulting relative activity 98.52% to standard SPase. Its transglucosylation activity using benzoic acid as substrate showed a product by performing TLC while as using ascorbic acid did not by performing TLC and HPLC.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2012
S42759
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
cover
Sarah Fauzia
"S. mutans dan S. sobrinus di dalam rongga mulut merupakan dua bakteri yang amat sering dikaitkan dengan terjadinya karies. Untuk mencegah karies perlu menjaga kebersihan mulut, salah satunya yakni dengan cara sikat gigi.
Tujuan: Mengetahui pengaruh penyikatan gigi menggunakan pasta gigi triklosan terhadap jumlah S. mutans dan S. sobrinus.
Metode: Plak dan saliva subjek diambil sebelum (sebagai baseline), sesudah, 3 jam setelah, dan 9 jam setelah menyikat gigi dengan pasta gigi triklosan. Pengambilan sampel kontrol juga dilakukan pada subjek yang sama, yaitu setelah sikat gigi tanpa menggunakan pasta gigi. Sampel kemudian diekstraksi DNA dan dikuantifikasi dengan real time PCR.
Hasil: Rata-rata jumlah Streptococcus mutans setelah sikat gigi dengan pasta gigi triklosan sudah kembali seperti nilai baseline setelah 3 jam pada sampel plak, dan pada sampel saliva terus menurun hingga jam ke 9. Sedangkan rata-rata jumlah Streptococcus sobrinus pada plak tidak menurun setelah penyikatan gigi, namun pada saliva terus menurun. Untuk semua sampel, rata-rata kenaikan jumlah bakteri lebih sedikit dibandingkan kontrol.
Kesimpulan: Terdapat perbedaan jumlah Streptococcus mutans dan Streptococcus sobrinus dalam plak dan saliva setelah penyikatan gigi menggunakan pasta gigi triklosan, namun perbedaan ini tidak signifikan secara statistik.

S. mutans and S. sobrinus have been strongly associated to caries. In order to prevent caries the oral hygiene must be maintained, and one way to do so is by using a dentifrice.
Objectives: Identifying the effect of using a triclosan dentifrice to the quantities of S. mutans and S. sobrinus.
Methods: The dental plaque and saliva is collected before, right after, 3 hours after, and 9 hours after brushing with the triclosan dentifrice. A control sample is also collected from subjects brushing the teeth without any dentifrice. The samples DNA are then extracted and quantified by real time PCR.
Results: In the dental plaque, the mean quantity of S. mutans has already reached baseline after 3 hours while in the saliva, the mean amount continues to decrease up until 9 hours. No decrease of S. sobrinus was found in the dental plaque, unlike in the saliva, which continues to show decrease. For all samples, the mean increase of Streptococcus mutans bacteria is lower than the control group.
Conclusion: Quantitative differences of S. mutans and S. sobrinus after treatment with triclosan can be seen, but none showed any statistically significant difference.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia, 2013
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Naomi Pertiwi
"Gen CSF3 merupakan gen penyandi human granulocyte-colony stimulating factor hG-CSF. Gen CSF3 yang digunakan dalam penelitian ini merupakan gen sintetik dari penelitian terdahulu disebut CSF3syn yang dikonstruksi secara in vitro. Gen tersebut mengandung kodon preferensi Escherichia coli dan telah berhasil digunakan untuk mengekspresikan protein hG-CSF rekombinan pada E. coli menggunakan plasmid ekspresi berbasis promotor T7. Gen CSF3syn disubkloning ke dalam plasmid ekspresi yang mengandung promotor rhaBAD pada penelitian ini. Promotor ini dapat terinduksi oleh rhamnose dalam media sebagai sumber karbon. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan konstruk plasmid rekombinan pJ804-mCSF3 sebagai sumber vektor alternatif untuk produksi protein hG-CSF rekombinan pada sistem ekspresi E. coli menggunakan plasmid berbasis promotor rhaBAD. Konstruksi plasmid dilakukan melalui subkloning gen CSF3syn ke dalam plasmid pJ804. Terdapat dua varian gen CSF3syn yang digunakan, yaitu mCSF3-ori dan mCSF3-new2. Kedua gen tersebut diisolasi masing-masing dari plasmid pJ414-mCSF3-ori dan pJ414-mCSF3-new2 setelah didigesti dengan enzim restriksi NdeI dan XhoI. Gen target dan plasmid selanjutnya diligasi dan plasmid rekombinan yang diperoleh diklon ke dalam E. coli DH5?. Sebanyak 12 dari 30 koloni transforman pJ804-mCSF3-ori dan 7 dari 44 koloni transforman pJ804-mCSF-new2, positif menunjukkan pita gen CSF3syn sebesar 558 pb setelah diverifikasi menggunakan teknik PCR koloni dan PCR plasmid. Analisis digesti plasmid menggunakan enzim NdeI dan XhoI mengonfirmasi situs ligasi dan ukuran dari plasmid rekombinan yang diperoleh 4.723 pb. Plasmid rekombinan pJ804-mCSF-ori dan pJ804-mCSF3-new2 telah berhasil dikonstruksi.

CSF3 is a gene that encodes the human granulocyte colony stimulating factor hG CSF. The CSF3 gene used in this study was a synthetic gene from a previous study called CSFsyn that was constructed in vitro. The gene contains the Escherichia coli codon preference and has been successfully used to express the recombinant hG CSF protein in E. coli using T7 promoter based expression plasmid. The CSF3syn gene was subcloned into an expression plasmid containing rhaBAD promoter in this study. This promoter can be induced by rhamnose in the media as a carbon source. The purpose of this study was to obtain a recombinant plasmid construct of pJ804 mCSF3 as an alternative vector source for the production of recombinant hG CSF protein in an E. coli expression system using rhaBAD promoter based plasmid. The plasmid construction was performed by subcloning the CSF3syn gene into the pJ804 plasmid. There are two variants of CSF3syn genes used, mCSF3 ori and mCSF3 new2. The two genes were isolated from pJ414 mCSF3 ori and pJ414 mCSF3 new2 plasmids respectively after digestion using NdeI and XhoI restriction enzymes. The target genes and plasmid were subsequently ligated and recombinant plasmid obtained were cloned into E. coli DH5 . Twelve out of the 30 transformant colonies of pJ804 mCSF3 ori and 7 out of 44 transformant colonies pJ804 mCSF new2, positively demonstrated the presence of CSF3syn gene band of 558 bp. Those colonies have been verified using colony PCR and plasmid PCR techniques. Plasmid digestion analysis using NdeI and XhoI enzymes confirmed ligation site and size of the recombinant plasmids obtained 4.723 bp. Recombinant plasmids pJ804 mCSF ori and pJ804 mCSF3 new2 have been successfully constructed."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>