Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKVirus ebola EBOV merupakan virus patogen yang dapat menyebabkan kematian pada manusia dan makhluk primata. Data WHO pada Maret 2016 menunjukkan bahwa sebanyak 11,323 kasus dinyatakan meninggal dari 28,646 kasus yang dilaporkan. Kasus ini tidak hanya terjadi di Afrika, tetapi juga sudah terjadi di Itali, Spanyol, Amerika dan Inggris. Penting untuk menemukan kandidat obat yang mampu menghambat penyebaran virus ini. Salah satu protein yang dapat jadikan sebagai target untuk menginhibisi EBOV adalah viral protein 35 VP35 . Protein ini akan menghambat transkripsi dari interferon, sehingga produksi interferon akan menurun. Pada penelitian ini, digunakan pangkalan data Universal Natural Product Database UNPD sebagai inhibitor. Ada beberapa metode komputasi yang digunakan untuk menemukan kandidat obat dari senyawa UNPD, yaitu metode Protein-Ligand Interaction Fingerprint PLIF , titik farmakofor, simulasi penambatan dan dinamika molekul serta uji farmakologi senyawa. Hasil dari berbagai proses ini menyimpulkan bahwa ligan UNPD161456 merupakan senyawa terbaik yang dapat dijadikan kandidat obat untuk menginhibisi VP35.

---

ABSTRACTEbola virus is a pathogen virus that can be pathogenic in the human and non human primate. Based on data from WHO in March 2016 there are more than 11,323 deadly cases from 28,646 reported cases. This virus has been separated to another country, such as Italy, Spain, and USA. This is a challenge for scientists to find a drug that can inhibit this virus. Viral protein VP35 is the important target from this virus that can hamper the transcription of interferon, and the production of interferon will be decreased. In this research, Universal Natural Product Database UNPD is used as inhibitor. There are several computational methods that can be used to find drug candidate from UNPD. The methods are Protein Ligand Interaction Fingerprint PLIF , pharmacophore feature, molecular docking, molecular dynamics and pharmacological properties. In the end, a ligand with the code UNPD161456 is the best drug candidate that can inhibit VP35. "

"Ebola adalah virus penyebab fatal hemoragik pada manusia dan primata non-manusia. Virus ebola memiliki lima spesies dan yang paling mematikan ialah virus ebola Zaire. Genom virus ebola mengkodekan tujuh protein yang penting bagi siklus hidupnya dan penelitian ini dilakukan untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire. VP24 memiliki potensi sebagai target obat karena memiliki peran penting dalam replikasi virus ebola dan penghambatan interferon sel inang. Dalam penelitian ini, senyawa terpenoid digunakan untuk menghambat VP24 Zaire secara komputasi dengan menggunakan fitur farmakofor. Terdapat 55.979 senyawa terpenoid diperoleh dari pangkalan data Pubchem kemudian ligan disaring berdasarkan sifat toksisitas melalui Osiris DataWarrior dan terdapat 3.353 ligan yang memiliki sifat toksisitas yang menguntungkan. Selanjutnya fitur farmakofor digunakan untuk menyaring ligan dan 1.375 ligan memiliki struktur yang sesuai dengan fitur farmakofor. Kemudian ligan dilakukan simulasi penambatan molekul dengan target protein dan terdapat 10 ligan terbaik berdasarkan sifat molekul dan interaksi molekuler. Selanjutnya, semua ligan dianalisa sifat farmakologisnya melalui Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, dan pkCSM. Akhirnya, terdapat tiga ligan terbaik yaitu Taxumairol V, Acrivastine, dan 3-O-acetyluncaric acid. Dalam penelitian ini, Taxumairol V adalah ligan terbaik untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire karena ligan memiliki sifat molekul, interaksi molekuler, dan sifat farmakologis yang baik sebagai kandidat obat.

---

Ebola is a pathogenic virus which causes fatal hemorrhagic fever in humans and non-human primates. Ebolavirus has five species, and there is the most pathogenic of ebolavirus namely Zaire ebolavirus. Ebola virus genome encodes seven protein which important for the ebolavirus life cycle and in this research was conducted to inhibit VP24 Zaire ebolavirus. VP24 has potential as a drug target because VP24 has an essential role in replication and interferon inhibition. In this research, 55,979 terpenoid compounds were obtained from PubChem database then the ligands were screened based on toxicity properties through Osiris DataWarrior, and there were 3,353 ligands which have beneficial toxicity properties. Afterward, the pharmacophore features were used to screen all ligands and 1,375 ligands have suitable structures according to the pharmacophore features. All ligands were docked with the protein target, and there were ten best ligands based on the molecular properties and interactions. Furthermore all ligands were investigated their pharmacological properties through Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, and pkCSM. Finally, there were three best ligands namely, Taxumairol V, Acrivastine, and 3-O-acetyluncaric acid. In this study, Taxumairol V was the best ligand to inhibit VP24 Zaire ebolavirus because the ligand has good molecular interactions, molecular and pharmacological properties."

"Virus Ebola adalah salah satu penyakit paling mematikan di dunia, dengan hampir 29.000 kasus melaporkan dan membunuh 11.000 dari mereka, tetapi tidak ada perawatan atau vaksin yang dapat melawan penyakit ini secara efektif. Penyakit ini disebabkan oleh virus ebola (EBOV), anggota utama dari keluarga Filoviridae. Siklus hidup virus ini telah dioperasikan oleh beberapa mayor protein, salah satunya adalah protein HSP70, yang telah dikenal penting peran dalam transkripsi dan replikasi EBOV. Karena itu, targetkan protein HSP70 dapat menjadi solusi untuk mengobati penyakit patogen ini. Dalam penelitian ini, skrining virtual Produk alami Indonesia dilakukan sebagai inhibitor HSP70 EBOV. Molekuler simulasi docking dilakukan untuk menguji interaksi dan afinitas ligan obligasi dengan protein HSP70 EBOV; simulasi ini dilakukan dengan menggunakan MOE 2014.09 perangkat lunak. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa penghambatan HSP70 berkurang secara signifikan Replikasi EBOV dengan menggunakan ligan senyawa bahan alami Indonesia. Itu nilai bioavailabilitas diperoleh sebesar 0,56. Ini menunjukkan bahwa obat tersebut dapat digunakan secara oral.

---

The Ebola virus is one of the deadliest diseases in the world, with nearly 29,000 cases reporting and killing 11,000 of them, but there is no treatment or vaccine that can fight this disease effectively. This disease is caused by the Ebola virus (EBOV), a major member of the Filoviridae family. The life cycle of this virus has been operated by several major proteins, one of which is the HSP70 protein, which has been recognized for an important role in the transcription and replication of EBOV. Therefore, targeting the HSP70 protein can be a solution to treat this pathogenic disease. In this study, virtual screening of Indonesian natural products was carried out as an EBP HSP70 inhibitor. Molecular docking simulation was carried out to test the interaction and affinity of bond ligands with the EBP HSP70 protein; This simulation was carried out using MOE 2014.09 software. The results obtained showed that HSP70 inhibition was significantly reduced by EBOV replication using ligands of Indonesian natural compounds. The bioavailability value was obtained at 0.56. This shows that the drug can be used orally."

"ABSTRAKVirus Ebola (EBOV) merupakan penyebab ebola hemorrhagic fever yang berakibat fatal bagi manusia. Protein Niemann Pick C1 (NPC1) merupakan protein pada organisme inang yang memiliki peranan yang penting dalam proses masuknya EBOV ke dalam sel organisme inangya. Protein ini berikatan dengan primed-glycoprotein (GPcI) yang merupakan protein dari EBOV yang menjadi jalur utama virus menginfeksi. Pada penelitian ini, senyawa peptida digunakan sebagai kandidat inhibitor dari protein NPC1. Sebanyak 12,863 senyawa peptida yang melalui proses virtual screening, rigid docking, dan flexible docking yang kemudian dilakukan penapisan berdasarkan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) dan ΔGbinding, serta dilakukan analisis interaksi protein-ligan dan uji sifat farmakologi. Dari hasil keseluruhan proses tersebut diperoleh tiga senyawa peptida, yaitu Alarelin, Neurokinin beta, dan Callitachykinin I, yang kemudian menjalani simulasi dinamika molekul. Selanjutnya, ketiga senyawa peptida ini dikonjugasi dengan peptida protein HIV-1 tat yang berfungsi sebagai carrier peptida sehingga ketiga ligan tersebut dapat terakumulasi di dalam endosom. Selanjutnya, untuk ketiga senyawa peptida yang telah dikonjugasi ini (C-Peptida) dilakukan proses penambatan molekul kembali. Interaksi ketiga ligan C-peptida ini menunjukkan konformasi yang hampir sama dengan interaksi peptida sebelum dikonjugasi. Dari hal ini dapat dikatakan bahwa sebelum dan setelah dikonjugasi memberi efek inhibisi yang sama. Dari berbagai proses yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa C-Callitachykinin I merupakan peptida terbaik yang dapat dijadikan kandidat obat untuk menginhibisi NPC1.

---

ABSTRACTEbola virus (EBOV) is a cause of ebola hemorrhagic fever which is generate fatal disease to human. Niemann Pick C1 (NPC1) protein is a protein in the host cell that has important function in the process of EBOV entry into the cell. This protein binds to primed-glycoprotein (GPcI) which is a protein from EBOV which is the main pathway for infecting viruses. In this study, peptide compounds were used as candidate inhibitors of NPC1 proteins. A total of 12,863 peptide compounds through the process of virtual screening, rigid docking, and flexible docking were then screened based on the value of Root Mean Square Deviation (RMSD) and ΔGbinding, and analysis of protein-ligand interactions and testing of pharmacological properties. From the results of the whole process three peptide compounds were obtained, namely Alarelin, Beta Neurokinin, and Callitachykinin I, which then underwent molecular dynamics simulations. Furthermore, these three peptide compounds are conjugated with the HIV-1 tat protein peptide which functions as a carrier peptide so that the three ligands can accumulate in the endosome. Furthermore, for the three conjugated peptide compounds (C-Peptides) the molecular tethering process is carried out again. The interaction of the three C-peptide ligands shows conformation that is almost the same as the peptide interaction before conjugation. From this it can be said that before and after conjugation had the same inhibitory effect. From various processes carried out it can be concluded that C-Callitachykinin I is the best peptide that can be used as a drug candidate to inhibit NPC1"

"ABSTRACTInhibitor sodium glucose co-transporter 2 (SGLT2) telah dievaluasi dalam uji klinis sebagai dasar strategi penanganan hiperglikemia pada diabetes. Namun, karena tergolong kelas obat baru antidiabetik oral, inhibitor SGLT-2 masih jarang ditemukan di Indonesia dan harga beli yang masih tinggi untuk dijangkau. Studi ini bertujuan untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi mempunyai aktivitas sebagai inhibitor SGLT2 dari pangkalan data herbal Indonesia melalui pendekatan penapisan virtual berbasis farmakofor. Model farmakofor inhibitor SGLT2 dibuat dari 10 training set ligan inhibitor SGLT2 menggunakan LigandScout 4.1.5. Sepuluh model farmakofor yang terbentuk kemudian divalidasi menggunakan metode test set dan decoy set. Farmakofor model-1 merupakan model farmakofor terbaik dengan nilai 0,9080, EF1 =56,5 , EF5 = 56,5 dan AUC100 = 0,87 yang akan dijadikan model untuk penapisan virtual. Model-1 terdiri dari 1 interaksi hidrofobik, 1 cincin aromatis, 4 donor ikatan hidrogen dan 5 akseptor ikatan hidrogen. Penapisan virtual menghasilkan tiga senyawa kandidat Hits yang memiliki pharmacophore fit score terbaik terhadap model 1, yakni vitexin = 113,62; cucumerin A = 112,62; dan cucumerin B = 113,51. Sehingga dapat disimpulkan bahwa Vitexin, Cucumerin A, dan Cucumerin B berpotensi sebagai kandidat senyawa yang mempunyai aktivitas sebagai inhibitor SGLT2.

---

ABSTRACTSodium glucose co transporter 2 SGLT2 inhibitor has been evaluated in clinical trials as the basic strategy of hyperglycemia handling in diabetes. However, because of SGLT 2 inhibitor was the new class of oral antidiabetic, it still rare in Indonesia and because of the high price. This study was intended to find compounds that capable of having activity as SGLT2 inhibitors from Indonesian herbal database through a pharmacophore based virtual screening approach. The SGLT2 inhibitor pharmacophore models was made from 10 training sets of SGLT2 ligand inhibitors using the LigandScout 4.1.5. Ten pharmacophore models which has been made were validated using test set and decoy set methods. The model 1 pharmacophore was the best model, with values of 0.9080, EF1 56.5 , EF5 56.5 and AUC100 0.87 which will serve as models for virtual screening. Model 1 consists of 1 hydrophobic interaction, 1 aromatic ring, 4 hydrogen bond donors and 5 hydrogen bond acceptors. Virtual screening showed three compounds Hits which have best pharmacophore fit scores according to model 1, they were Vitexin 113.62 Cucumerin A 112,62 and Cucumerin B 113,51. These results conclude that Vitexin, Cucumerin A, and Cucumerin B potentially have an activity as a SGLT2 inhibitor."

"ABSTRAKKanker kolorektal tetap menjadi ancaman kesehatan dunia dengan menyumbang sekitar 1-2 juta kasus baru dan 600.000 kasus kematian per tahun. Jalur pensinyalan Hedgehog Hh memiliki peran penting dalam mekanisme dan pembentukan kanker kolorektal. Protein Sonic Hedgehog Shh adalah protein Hh yang paling banyak dipelajari karena diekspresikan oleh beberapa jaringan dan secara umum dapat diaplikasikan pada homolog Hh lainnya. Dalam penelitian ini, sebanyak 56.336 senyawa terpenoid diseleksi melalui berbagai metode komputasi menggunakan metode virtual screening berbasis farmakofor, simulasi molecular docking, dan simulasi molecular dynamic untuk menentukan potensi inhibisi terhadap protein Shh. Dari hasil simulasi molecular docking, sepuluh ligan telah dipilih berdasarkan energi ikat bebas Gibbs Gbinding dan interaksi molekuler yang terbentuk selama pembentukan kompleks terpenoid-Shh. Tiga senyawa terpenoid, yaitu arganine J, asiaticoside A, dan clinoposide A, menunjukkan afinitas pengikatan yang sangat tinggi terhadap protein Shh karena senyawa tersebut memiliki ?Gbinding yang lebih rendah dari ligan standar robotnikinin. Selain itu, hasil ADME-Tox, bioaktivitas, bioavailabilitas, dan hasil uji farmakologi yang diperoleh pada senyawa ini memiliki aktivitas biologis dan farmakologi yang lebih baik daripada senyawa terpenoid lainnya. Kemudian, setelah dilakukan simulasi molecular dynamic, diketahui bahwa senyawa terbaik Clinoposide A bersifat stabil terhadap perubahan pelarut, temperatur, dan interaksi protein-ligan.

---

ABSTRACTColorectal cancer remains as the global health burden, which accounts for roughly 1 2 million new cases and 600,000 deaths per year. Hedgehog Hh signaling pathway has an imperative role in the mechanism and formation of colorectal cancer. Sonic hedgehog Shh protein is the most studied Hh protein because it is expressed by several tissues and experiments with Shh protein are generally applicable to other Hh homologs. In the present study, about 56,336 terpenoid compounds were screened through various computational methods using pharmacophore based virtual screening and molecular docking simulation to determine their inhibitory potency against Shh protein. From molecular docking simulation results, about ten ligands have been selected according to their Gibbs free binding energies Gbinding and the molecular interactions that formed during the formation of the terpenoid compound Shh complex. Three terpenoid compounds, namely arganine J, asiaticoside A, and clinoposide A, shown a very high binding affinity toward Shh protein due to their lower Gbinding than robotnikinin, the standard ligand. Moreover, ADME Tox, bioactivity, bioavailability, and pharmacology test results revealed that these compounds have better biological and pharmacological activity than the other terpenoid compounds. After a molecular dynamic simulation, it is known that the best compound Clinoposide A is stable against changes in solvent, temperature, and protein ligand interaction."

"Inhibitor Dipeptidil peptidase 4 (DPP-4) merupakan salah satu golongan obat anti diabetes oral yang bekerja menghambat DPP-4 dalam menginaktivasi GLP-1 yang umumnya terjadi secara cepat. Namun, karena masih sedikit variasi obat antidiabetes golongan inhibitor DPP-4, membuka peluang untuk ditemukannya senyawa lain yang berfungsi sebagai inhibitor DPP-4. Studi ini bertujuan untuk mempelajari analisis penambatan molekul senyawa turunan arilmetilamin dengan DPP-4 dan menemukan parameter farmakofor yang optimum untuk proses selanjutnya yaitu, menemukan senyawa kandidat dari turunan arilmetilamin sebagai inhibitor DPP-4. Proses penambatan molekul dilakukan menggunakan software Autodock terhadap senyawa turunan arilmetilamin pada salah satu makromolekul kokristal DPP-4. Parameter farmakofor yang optimum didapatkan dari software LigandScout. Fitur farmakofor yang dihasilkan dari 33 senyawa turunan arilmetilamin divalidasi menggunakan test set yang terdiri dari senyawa actives dan decoy yang didapatkan dari DUD-E. Sebanyak 33 senyawa turunan arilmetilamin yang diuji dengan metode penambatan molekul menunjukan interaksi dengan triad katalitik (Glu 205, Glu 206, Ser 630) dari DPP-4 dan memiliki energi ikatan yang baik (G) yaitu dibawah-8,00 kkal/mol. Model farmakofor terbaik dengan nilai model farmakofor 0,9666 yang divalidasi dengan 1.079 active dan 41.373 decoy menghasilkan nilai parameter EF1% = 3,1, EF5% = 3,1, dan AUC100% = 0,50. Nilai tersebut di bawah parameter yang terdapat DUD-E. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa senyawa turunan arilmetilamin memiliki potensi sebagai inhibitor DPP-4 terbukti dari analisis interaksi yang terjadi dalam penambatan molekul, namun belum didapatkan fitur farmakofor yang optimum untuk proses penemuan senyawa kandidat senyawa turunan arilmetilamin sebagai DPP-4 inhibitor.

---

Dipeptydil Peptidase 4 (DPP-4) inhibitor is a class of oral antidiabetic drugs that works to inhibit activity of DPP-4 in process of inactivating GLP-1 which occurs quickly. However, there are few variations of antidiabetic drugs in that class, it opens up opportunities for other compounds to be developed as DPP-4 inhibitors. This study aims to learn about molecular docking analysis of arylmethylamine derivatives with DPP-4 and to find the optimum pharmacophore parameter for the next process. Therefore, this study can found lead compound from arylmethylamine derivatives as DPP-4 inhibitors. The molecular docking process was carried out using Autodock software. Meanwhile, the optimum pharmacophore parameters were obtained from LigandScout software. The pharmacophore features produced from arylmethylamine derivative compounds were validated using test set, consisting of actives and decoy compounds obtained from DUD-E. Molecular docking of 33 arylmethylamine derivative compounds show interactions with the catalytic triad (Glu 205, Glu 206, Ser 630) from DPP-4 and have good value of energy bond(G) which is below -8.00 kcal/mol. The best pharmacophore model with a value of scoring model pharmacophore 0.9666 was validated with 1,079 active and 41,373 decoys. This validation produced parameter values EF1% = 3.1, EF5% = 3.1, and AUC100% = 0.50 which are still below with parameters shown at DUD-E site. These results conclude that arylmethylamine derivatives have potential as DPP-4 inhibitors as showed by the interaction analysis that occurs in molecular docking, but the optimum pharmacophore feature has not been obtained for the process of finding arylmethylamine derivative lead compounds as DPP-4 inhibitors."

"[Ebola adalah penyakit endemik yang telah terjadi selama tiga puluhan tahun setelah pertama kali ditemukan di daerah Afrika Barat pada tahun 1976. Penyakit ini disebabkan oleh virus ebola (EBOV) yang adalah salah satu bagian dari famili Filovoridae atau filovirus. Kasus ebola tidak dilaporkan secara intens, karena sifatnya yang endemik, namun tidak dapat dipungkiri, penyakit ini tetap memakan korban. Beberapa tahun terakhir, wabah ini merebak dan kembali menjadi pebincangan hangat. Penyebaran tersebut dikhawatirkan terjadi akibat adanya mutasi virus. Beberapa bagian lain mengkhawatirkan penggunaan virus tersebut dalam tindakan bioterorisme. Perkembangan virus dipengaruhi juga oleh proses replikasi, sehingga replikasi menjadi salah satu faktor penentu terjadinya penyakit. Pada ebola, replikasi dipengaruhi oleh protein VP35. Ilmu bioinformatika dianggap mampu menjadi salah satu cara menganalisis mutasi protein tersebut secara in silico, sehingga diharapkan para ilmuwan mampu menemukan desain inhibitor potensial untuk melawan ebola secara in vivo. Secara in silico telah diketahui perubahan yang terjadi pada VP35 virus ebola saat ini dibandingkan dengan yang ditemukan pertama kali pada tahun 1976. Perbedaan tersebut terjadi dalam hal susunan residu asam amino penyusun protein, terbukti dengan analisis pohon filogenetik, dan analisis lanjutan.;Ebola is an endemic disease which has been happened about thirty years after its first discovered in West Africa at 1976. It caused by ebolavirus (EBOV), member of Filoviridae. The ebola cases were not intensely reported, because it’s endemic disease, but the it still causes many deaths. Lately, ebola has been the headline, since its outbreak in West Africa, March 2014, and caused more than 50% mortality. Replication is one of the virulence factor. In ebolavirus, VP35 plays role in replication system, so the in silico study of VP35 ebolavirus is required, before the in vivo. Using bioinformatics tools, the differences between the 1976’s ebolavirus and 2014’s ebolavirus has been discovered. The differences are analyzed using phylogenetic tree, and advanced analyzing. ;Ebola is an endemic disease which has been happened about thirty years after its first discovered in West Africa at 1976. It caused by ebolavirus (EBOV), member of Filoviridae. The ebola cases were not intensely reported, because it’s endemic disease, but the it still causes many deaths. Lately, ebola has been the headline, since its outbreak in West Africa, March 2014, and caused more than 50% mortality. Replication is one of the virulence factor. In ebolavirus, VP35 plays role in replication system, so the in silico study of VP35 ebolavirus is required, before the in vivo. Using bioinformatics tools, the differences between the 1976’s ebolavirus and 2014’s ebolavirus has been discovered. The differences are analyzed using phylogenetic tree, and advanced analyzing. , Ebola is an endemic disease which has been happened about thirty years after its first discovered in West Africa at 1976. It caused by ebolavirus (EBOV), member of Filoviridae. The ebola cases were not intensely reported, because it’s endemic disease, but the it still causes many deaths. Lately, ebola has been the headline, since its outbreak in West Africa, March 2014, and caused more than 50% mortality. Replication is one of the virulence factor. In ebolavirus, VP35 plays role in replication system, so the in silico study of VP35 ebolavirus is required, before the in vivo. Using bioinformatics tools, the differences between the 1976’s ebolavirus and 2014’s ebolavirus has been discovered. The differences are analyzed using phylogenetic tree, and advanced analyzing. ]"

"Dengue virus (DENV) merupakan salah satu virus yang masuk kedalam genus Flavivirus (famili Flaviviridae). Infeksi DENV dapat bersifat subklinis, infeksi pada satu tipe DENV tidak dapat memberikan kekebalan protektif terhadap tipe DENV lainnya. Hingga saat belum ditemukannya obat antiviral yang efektif untuk mengobati infeksi DENV dan terapi yang digunakan hanya sebatas penggantian cairan tubuh. Upaya yang dilakukan untuk pencegahan infeksi DENV terpaku pada pemberantasan vekctor DENV yaitu nyamuk Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). Penelitian ini mencari inhibitor enzim non-struktural NS5 RNA-dependent RNA-polymerase secara in silico melalui pendekatan penapisan virtual.

---

Dengue virus (DENV) is one of the viruses that belongs to the genus Flavivirus (family of Flaviviridae). DENV infection can be subclinical, infection in one type of DENV cannot provide protective immunity against other types of DENV. Until when it was not found effective antiviral drugs to treat DENV infections and therapy used only limited to replacement of body fluids. Efforts made to prevent DENV infection are fixated on DENV vector eradication, namely Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). This study sought in silico NS5 RNA-dependent RNA-polymerase non-structural enzyme inhibitors through a virtual screening."

"Penggunaan antibodi monoklonal, seperti alirocumab dan evolocumab sebagai inhibitor PCSK9 telah disetujui oleh U.S. FDA dan European Medicines Agency karena mampu menurunkan kadar LDL. Tetapi, kedua obat ini hanya dapat diadministrasikan secara parenteral sehingga para peneliti masih mencari alternatif lain untuk mengatasi keterbatasan tersebut. Pada penelitian ini, senyawa dari golongan tetrahidroisoquinolin, fenilpiperazin, fenilalanin, dan benzofuran digunakan sebagai training set untuk mendapatkan model farmakofor yang berpotensi sebagai inhibitor PCSK9. Tahapan seperti pembuatan model farmakofor, validasi, optimasi, serta penapisan virtual dilakukan melalui LigandScout. Model farmakofor yang terbangkitkan memiliki skor 0,7031 dengan empat fitur farmakofor, yaitu satu AR, satu H, satu HBA, dan satu HBD. Model farmakofor kemudian dioptimasi menggunakan active set dari ligan terpilih dan decoy set dari DUD-E. Optimasi dengan penambahan feature weight sebesar 0,1 terhadap keempat fitur tersebut memberikan hasil validasi terbaik yang ditunjukkan dengan nilai AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivitas, dan spesifisitas berturut-turut sebesar 0,93; 34,0%; 6,0%; 1,00; dan 0,79. Hasil penapisan virtual menggunakan model farmakofor tersebut kemudian dievaluasi berdasarkan kaidah Lipinski’s Rule of Five dengan KNIME. Sebelas senyawa bahan alam dari HerbalDB yang berpotensi untuk dikembangkan menjadi terapi anti-PCSK9 dalam bentuk sediaan peroral, antara lain morindone, gentisin, mesuaxanthone A, beta-phenethylamine, brazilin, pterofuran, n-cis- feruloyltyramine, bethanidine, 6-methoxykaempferol, gartanin, dan alizarin.

---

The use of alirocumab and evolocumab as PCSK9 inhibitors has been approved by U.S. FDA and European Medicines Agency because of their ability to reduce LDL levels. However, these monoclonal antibodies must be administered parenterally, so researchers are devising alternative strategies to overcome its limitation. In this study, tetrahydroisoquinoline, phenylpiperazine, phenylalanine, and benzofuran compound groups were used as training sets to obtain a pharmacophore model. The process of making a pharmacophore model, validation, optimization, and virtual screening were done using LigandScout. The generated pharmacophore model scored 0.7031 with four pharmacophore features, namely one AR, one H, one HBA, and one HBD. The model was then optimized using the active and decoy set from DUD-E. Optimization by increasing the feature weight by 0,1 to the four features gave the best validation result as indicated by the values of AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivity, and specificity are 0.93; 34.0%; 6.0%; 1.00; 0.79 respectively. The virtual screening results using the optimized model were evaluated based on Lipinski’s Rule of Five with KNIME. Eleven natural compounds from HerbalDB that may be developed into anti-PCSK9 therapy in oral dosage form were obtained, including morindone, gentisin, mesuaxanthone A, beta-phenethylamine, brazilin, pterofuran, n-cis-feruloyltyramine, bethanidine, 6-methoxykaempferol, gartanin, and alizarin."