Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 136562 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Sarah Adinda Puteri
"Sebagai satu negara dengan aktivitas transmisi virus dengue (DENV) yang tinggi, Indonesia tercatat memiliki angka kematian (CFR) akibat infeksi DENV yang besar. Besarnya CFR dapat diatasi dengan pendeteksian dini menggunakan kit diagnostik yang pada umumnya berupa antibodi monoklonal. Akan tetapi, kit diagnostik yang berbasis antibodi monoklonal memiliki biaya produksi yang mahal, sehingga dibutuhkan alternatif lain yang lebih murah. Kit diagnostik yang berbasis antibodi rekombinan dapat dijadikan alternatif pendeteksi dini infeksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun antibodi rekombinan dalam bentuk fragmen pengikat antigen (Fab) yang mampu mendeteksi protein NS1. Penelitian yang dilakukan mencakup proses sintesis cDNA dari RNA total, amplifikasi gen heavy chain dan light chain dari cDNA menggunakan metode PCR, serta kloning kedua gen tersebut ke dalam vektor kloning pTA2 menggunakan metode heat-shock. Produk PCR gen heavy chain dan light chain menghasilkan pita dengan ukuran bervariasi, yang salah satunya merupakan pita pada ukuran yang diharapkan. Sebanyak 14 koloni transforman hasil kloning masing-masing gen berhasil terseleksi dan terisolasi dari medium yang mengandung 75 µg/µl ampisilin. Hasil analisis tahap verifikasi hasil kloning menunjukkan gen heavy chain dan light chain hanya terintegrasi parsial (± 400 bp) pada vektor pTA2 dalam Escherichia coli TOP10.

As one of the countries with high dengue virus (DENV) transmission activity, Indonesia recorded has a large fatality rate (CFR) due to DENV infection. This can be reduced through early detection of the dengue using a diagnostic kit which is generally a monoclonal antibody. However, the diagnostic kits based on monoclonal antibodies have expensive production costs, so other cheaper alternatives are needed. Therefore, this study aims to multiply heavy chain and light chains genes in the form of fragmen antigent binding (Fab) recombinant antibodies capable of detecting NS1. This study involved the synthesis of cDNA from total RNA, the amplification of heavy chain and light chain genes from cDNA using the PCR method, and cloning these two genes into pTA2 vector cloning using heat-shock method. Heavy chain and light chain PCR products produce bands at various sizes, but a band at correct size was discovered. A total of 14 transformed colonies were successfully selected and isolated from a medium containing 75 µg/µl ampicillin. The results of the verification stage of cloning results showed that the heavy chain and light chain genes were partially integrated (± 400 bp) into the pTA2 vector in Escherichia coli TOP10."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Alfina Fauzanida Rahmani
"Infeksi dengue merupakan salah satu masalah utama kesehatan di dunia, termasuk di Indonesia. Angka kejadian demam berdarah dengue di Indonesia terus meningkat sejak tahun 1968 sampai tahun 2013. Akan tetapi, laju kematian atau case fatality ratio akibat demam berdarah dengue mengalami penurunan karena adanya deteksi infeksi dengue secara dini menggunakan antibodi monoklonal dan protein biomarka non-struktural 1 (NS1). Pengembangan antibodi monoklonal dengan teknologi hibridoma sebagai bahan baku kit diagnostik dengue terkendala masalah biaya produksi yang mahal dan waktu produksi yang relatif lama, sehingga dibutuhkan alternatif lain seperti pengembangan antibodi rekombinan. Penelitian ini dilakukan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun fragment antigen binding (Fab) rekombinan dari sel hibridoma lokal 71E2 yang telah diinduksi dengan virus dengue sehingga diharapkan mampu mensekreksikan antibodi anti-NS1. Gen heavy chain dan light chain diamplifikasi dengan menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR), kemudian divisualisasi dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Produk PCR gen heavy chain menghasilkan pita berukuran 600 bp, sedangkan produk PCR gen light chain menghasilkan pita berukuran 350 bp. Plasmid rekombinan yang terdiri atas gen heavy chain/light chain dan vektor pTA2 ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 dengan menggunakan metode heat shock. Teknik PCR, digesti, dan sekuensing digunakan untuk mengkonfirmasi keberadaan gen target pada plasmid rekombinan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa gen heavy chain dan light chain yang berasal dari sel hibridoma 71E2 berhasil dikloning pada vektor pTA2 di dalam E. coli TOP10. Akan tetapi, diperlukan studi lebih lanjut untuk mengevaluasi kemampuan ekspresi Fab rekombinan yang tersusun atas gen heavy chain dan light chain hasil kloning sebagai material penting dalam pengembangan kit diagnostik dengue.

Dengue infection is one of major health problem which spread worldwide including in Indonesia. The dengue hemorrhagic fever (DHF) incidence in Indonesia increased rapidly from 1968 until 2013. However, the case fatality ratio decreased during the same period due to early detection of dengue infection by using monoclonal antibody and non-structural 1 (NS1) protein biomarker. The development of monoclonal antibody with hybridoma technology as raw material for dengue diagnostic kit was constrained by the expensive production costs and relatively long production time so that other alternatives are needed such as the development of recombinant antibody. This early study was conducted to clone heavy chain and light chain gene of recombinant fragment antigen binding (Fab) using local hybridoma cell 71E2 secreting monoclonal antibody anti-NS1 which was induced by dengue virus. The heavy chain and light chain gene of Fab were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and then visualized by agarose gel electrophoresis. Heavy chain PCR product produces a band at 600 bp, while light chain PCR product produces a band at 350 bp. The recombinant plasmid that consists of the gene and pTA2 vector were transformed to Escherichia coli TOP10 using heat shock method. Polymerase chain reaction, digestion, and sequencing method then used to confirm the gene insertion in the recombinant plasmid. The results showed that the heavy chain and light chain gene from hybridoma cell 71E2 were successfully cloned on the pTA2 vector in E. coli TOP10. However, further study should be conducted to evaluate the expression of the recombinant Fab from heavy chain and light chain gene as a valuable material in the development of dengue diagnostic kit."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Tanaya Subiantistha
"ABSTRACT
Indonesia merupakan salah satu wilayah endemik dari penyakit demam berdarah dengue (DBD). Negara ini memiliki jumlah infeksi dengue yang tinggi, dan terus meningkat setiap tahunnya. Oleh karena itu, mulai dilakukan pengembangan diagnostik dengue untuk menekan angka kematian dari infeksi dengue tersebut. Pengembangan diagnostik dengue dilakukan untuk menghasilkan kit antibodi dengan harga terjangkau dan mudah dalam produksinya. Pengembangan tersebut dilakukan dengan mengkloning fragment antigen binding (Fab) rantai berat (HC) dan rantai ringan (LC) yang berasal dari sel hibridoma 44F. Sel hibridoma 44F diproduksi dengan induksi sel rekombinan CHO-K1 yang kemudian digunakan untuk menghasilkan anti-NS1 dari virus dengue 3 (DENV-3) yang berasal dari Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh Fab 44F HC dan LC yang telah teramplifikasi serta transforman Escherichia coli TOP10 yang mengandung Fab 44F HC dan LC. Kloning Fab 44F HC dan LC dilakukan dengan menggunakan pGEM-T Easy dan sel inang Escherichia coli TOP10 dengan teknik heat shock, kemudian Fab 44F HC dan LC diverifikasi dengan proses isolasi plasmid rekombinan, digesti plasmid rekombinan, PCR plasmid, dan sekuensing. Hasil dari kloning tersebut menunjukkan Fab 44F HC dan LC berhasil teramplifikasi dan terverifikasi dengan ukuran 650 bp dan transforman E. coli TOP10 mengandung 44F HC dan LC berhasil diperoleh. Berdasarkan hasil tersebut kloning gen rantai penyusun Fab 44F telah berhasil dilakukan dengan menggunakan plasmid pGEM-T Easy.

ABSTRACT
Indonesia is one of the endemic areas of dengue hemorrhagic fever (DHF). It has a high number of dengue infections and continues to increase every year. Therefore, the development of dengue diagnostics had been started with the aim of reducing the mortality rate of dengue infections. Dengue diagnostic development is carried out to produce antibody kits at affordable prices and are easy to produce. The development was carried out by cloning heavy chain (HC) and light chain (LC) fragments of antigen derived from 44F hybridoma cell which was then used to produce anti-NS1 from dengue virus 3 (DENV-3) originating from Indonesia. This study aimed to obtain Fab 44F HC and LC that have been amplified and Escherichia coli TOP10 transformants containing Fab 44F HC and LC. Cloning of Fab 44F HC and LC was performed using pGEM-T Easy and host cells of E. coli TOP10 with heat shock technique. Furthermore, Fab 44F HC and LC were verified by recombinant plasmid isoation, recombinant plasmid digestion, plasmid PCR, and sequencing. The results of the cloning showed Fab 44F HC and LC were successfully amplified and verified with a size of 650 bp and the E. coli TOP10 transformants containing 44F HC and LC were successfully obtained. Based on these results, the cloning of gene composing Fab chain was successfully carried out using pGEM-T Easy plasmid."
2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue
pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star™(DE3)
telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong
selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan
primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk
PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim
BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi
pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli
BL21 Star™(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni
yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti
dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil
sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer
spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3
mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada
GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71
(accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor
pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star™(DE3) berhasil dilakukan."
Universitas Indonesia, 2008
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Uswatun Hasanah
"ABSTRAK
NANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,
Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilih
sebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimana
menggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dan
temyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembali
dengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuen
gen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Universitas Indonesia, 2005
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Shanni Fernanda
"Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3.

Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S67230
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Marina Setiawati
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2005
T40169
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
"A total of 43 escherichia coli isolates were identifield from school street foods in Northern and Southern Jakarta....."
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Chrecentia Hanna Swestikaputri
"Penelitian bertujuan menguji kemampuan aktivitas antibakteri dari partikel nano ZnO terhadap Escherichia coli NBRC 3301. Aktivitas antibakteri dievaluasi dengan cara menentukan konsentrasi minimum bakterisidal, menentukan laju sintas, dan mengukur serta mengamati dampak aktivitas yang diakibatkan oleh partikel nano ZnO. Konsentrasi minimun bakterisidal partikel nano ZnO terhadap E. coli NBRC 3301 adalah 0,2%. Aktivitas antibakteri meningkat seiring meningkatnya lama paparan. Setelah terpapar selama 20 jam, sel mengalami penurunan jumlah hingga 103 CFU/ml dan mengalami kematian 100% pada jam ke-24. Dampak aktivitas tersebut ditandai dengan meningkatnya kadar asam nukleat dan terjadinya perbedaan komposisi total protein pada medium pertumbuhan berdasarkan perbedaan pola spektrogram dan kromatogram. Meskipun pengamatan perubahan morfologi sel menggunakan SEM tidak berhasil, hasil-hasil tersebut memperkuat kemungkinan bahwa partikel nano ZnO menyebabkan kerusakan membran sel sehingga terjadi kebocoran sitoplasma yang berakibat pada kematian sel.

This present work examines antibacterial activity of ZnO Nanoparticles (NPs) against Escher ichia coli NBRC 3301. Antibacterial activity was evaluated by determining the minimum bactericidal concentration (MBC) and measuring death rate. The impacts of the activity of ZnO NPs were also measured and observed. The MBC was determined to be 0.2%. The antibacterial activity increased with increasing exposure time. Bacteria cell number was reduced until 103 CFU/ml after exposure to 0.2% of ZnO NPs for 20 hours. 100% of total cell death was observed after 24 hours application of ZnO NPs. The impact of ZnO NPs on cells was indicated by increase in the amount of nucleic acid and change in total protein composition in growth medium based on the pattern differences of spectrogram and chromatogram. Despite morphological changes was not well observed by SEM image, the results reveal that ZnO NPs could damage cell membrane and lead to leakage of cytoplasm which is kill bacterial cells.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S47338
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Siregar, Tegar Adriansyah Putra
"Infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) menimbulkan spektrum luas penyakit dari sindrom virus ringan, demam dengue klasik dan penyakit perdarahan berat yaitu demam berdarah dengue (DBD) hingga Dengue Shock Syndrom (DSS). Antibodi terhadap protein struktural E dari serotipe DENV yang heterolog pada infeksi primer dan sekunder tidak dapat menetralkan virus, sehingga walaupun kompleks antibodi-virus difagositosis oleh monosit, DENV tetap dapat bereplikasi di dalam monosit. Kondisi meningkatnya infeksi virus pada sel target diperantarai antibodi ini dikenali sebagai antibody-dependent enhancement (ADE). Protein NS3 merupakan protein terbesar kedua yang dikode oleh genom DENV dan sekuens asam amino primernya merupakan yang paling lestari diantara serotipe DENV yang berguna menghindari ADE. Protein NS3 ditemukan menginduksi respon antibodi dan respon sel T CD4+ dan CD8+, kebanyakan sel T tersebut bereaksi silang antar serotipe. Dilakukan analisis pada epitop sel T dan sel B protein NS3 DENV4 081 yang selanjutnya dilakukan pengklonaan dan ekspresi gen NS3 DENV4 081. Ditemukan posisi epitop sel B 537-544 NS3 DENV4 081 identik dan lestari dengan 124 strain DENV4 di dunia dan dengan keempat serotipe strain Indonesia. Gen NS3 DENV4 081 berhasil diamplifikasi dengan teknik PCR dan berhasil diinsersikan kedalam vektor pQE80L dengan orientasi yang benar. Plasmid rekombinan yang mengandung gen NS3 DENV4 081 ditransformasikan ke dalam E. coli BL21 dan diekspresikan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi protein NS3 DENV4 081 yang ditunjukkan dengan terlihatnya dot yang berwarna lebih pekat pada Dot Blot yang dideteksi dengan detektor anti-His merupakan protein rekombinan NS3 DENV4 081. Hasil Western Blot menunjukkan ekspresi protein rekombinan NS3 yang rendah, sehingga masih perlu penelitian lebih lanjut untuk mengoptimalkan ekspresi protein rekombinan NS3 pada vektor pQE80L.

Infections caused by dengue virus (DENV) cause a broad spectrum of disease from mild viral syndrome, classic dengue fever to severe hemorrhagic diseases which are dengue hemorrhagic fever (DHF) and Dengue Shock Syndrome (DSS). Antibodies against E protein of heterologous DENV serotypes in primary and secondary infections can not neutralize the virus, although the antibody-virus complexes were phagocytes by monocytes, DENV still replicate inside monocytes. A condition increasing antibody-mediated viral infection on target cell was identified as antibody-dependent enhancement (ADE). NS3 protein is the second largest protein encoded by the genome of DENV and the primary amino acid sequence is the most conserved among DENV serotypes. NS3 protein was found to induce antibody, CD4+ and CD 8+ T cell responses, most of the T cells were cross-reactive between serotypes. Analysis was performed on the T and B cell epitope of NS3 DENV4 081 protein then continue with gene cloning and expression of NS3 DENV4 081. Position of B cell epitope 537-544 NS3 DENV4 081 protein was found identical and conserved to NS3 protein of 124 DENV4 strains around the world and all four serotypes of Indonesia strain. NS3 DENV4 081 gene was successfully amplified by PCR and successfully inserted into the vector pQE80L with the correct orientation. Recombinant plasmid containing NS3 DENV4 081 gene was transformed into E. coli BL21 and expressed by IPTG induction. Results of NS3 DENV4 081 protein expression was indicated by the colored dot produced on Dot Blot detected with anti-His detector. Western Blot result show low NS3 recombinant protein expression, so further research is needed to optimize the NS3 expression in vector pQE80L."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>