Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKVirus Ebola (EBOV) merupakan penyebab ebola hemorrhagic fever yang berakibat fatal bagi manusia. Protein Niemann Pick C1 (NPC1) merupakan protein pada organisme inang yang memiliki peranan yang penting dalam proses masuknya EBOV ke dalam sel organisme inangya. Protein ini berikatan dengan primed-glycoprotein (GPcI) yang merupakan protein dari EBOV yang menjadi jalur utama virus menginfeksi. Pada penelitian ini, senyawa peptida digunakan sebagai kandidat inhibitor dari protein NPC1. Sebanyak 12,863 senyawa peptida yang melalui proses virtual screening, rigid docking, dan flexible docking yang kemudian dilakukan penapisan berdasarkan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) dan ΔGbinding, serta dilakukan analisis interaksi protein-ligan dan uji sifat farmakologi. Dari hasil keseluruhan proses tersebut diperoleh tiga senyawa peptida, yaitu Alarelin, Neurokinin beta, dan Callitachykinin I, yang kemudian menjalani simulasi dinamika molekul. Selanjutnya, ketiga senyawa peptida ini dikonjugasi dengan peptida protein HIV-1 tat yang berfungsi sebagai carrier peptida sehingga ketiga ligan tersebut dapat terakumulasi di dalam endosom. Selanjutnya, untuk ketiga senyawa peptida yang telah dikonjugasi ini (C-Peptida) dilakukan proses penambatan molekul kembali. Interaksi ketiga ligan C-peptida ini menunjukkan konformasi yang hampir sama dengan interaksi peptida sebelum dikonjugasi. Dari hal ini dapat dikatakan bahwa sebelum dan setelah dikonjugasi memberi efek inhibisi yang sama. Dari berbagai proses yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa C-Callitachykinin I merupakan peptida terbaik yang dapat dijadikan kandidat obat untuk menginhibisi NPC1.

---

ABSTRACTEbola virus (EBOV) is a cause of ebola hemorrhagic fever which is generate fatal disease to human. Niemann Pick C1 (NPC1) protein is a protein in the host cell that has important function in the process of EBOV entry into the cell. This protein binds to primed-glycoprotein (GPcI) which is a protein from EBOV which is the main pathway for infecting viruses. In this study, peptide compounds were used as candidate inhibitors of NPC1 proteins. A total of 12,863 peptide compounds through the process of virtual screening, rigid docking, and flexible docking were then screened based on the value of Root Mean Square Deviation (RMSD) and ΔGbinding, and analysis of protein-ligand interactions and testing of pharmacological properties. From the results of the whole process three peptide compounds were obtained, namely Alarelin, Beta Neurokinin, and Callitachykinin I, which then underwent molecular dynamics simulations. Furthermore, these three peptide compounds are conjugated with the HIV-1 tat protein peptide which functions as a carrier peptide so that the three ligands can accumulate in the endosome. Furthermore, for the three conjugated peptide compounds (C-Peptides) the molecular tethering process is carried out again. The interaction of the three C-peptide ligands shows conformation that is almost the same as the peptide interaction before conjugation. From this it can be said that before and after conjugation had the same inhibitory effect. From various processes carried out it can be concluded that C-Callitachykinin I is the best peptide that can be used as a drug candidate to inhibit NPC1"

"ABSTRAKVirus ebola EBOV merupakan virus patogen yang dapat menyebabkan kematian pada manusia dan makhluk primata. Data WHO pada Maret 2016 menunjukkan bahwa sebanyak 11,323 kasus dinyatakan meninggal dari 28,646 kasus yang dilaporkan. Kasus ini tidak hanya terjadi di Afrika, tetapi juga sudah terjadi di Itali, Spanyol, Amerika dan Inggris. Penting untuk menemukan kandidat obat yang mampu menghambat penyebaran virus ini. Salah satu protein yang dapat jadikan sebagai target untuk menginhibisi EBOV adalah viral protein 35 VP35 . Protein ini akan menghambat transkripsi dari interferon, sehingga produksi interferon akan menurun. Pada penelitian ini, digunakan pangkalan data Universal Natural Product Database UNPD sebagai inhibitor. Ada beberapa metode komputasi yang digunakan untuk menemukan kandidat obat dari senyawa UNPD, yaitu metode Protein-Ligand Interaction Fingerprint PLIF , titik farmakofor, simulasi penambatan dan dinamika molekul serta uji farmakologi senyawa. Hasil dari berbagai proses ini menyimpulkan bahwa ligan UNPD161456 merupakan senyawa terbaik yang dapat dijadikan kandidat obat untuk menginhibisi VP35.

---

ABSTRACTEbola virus is a pathogen virus that can be pathogenic in the human and non human primate. Based on data from WHO in March 2016 there are more than 11,323 deadly cases from 28,646 reported cases. This virus has been separated to another country, such as Italy, Spain, and USA. This is a challenge for scientists to find a drug that can inhibit this virus. Viral protein VP35 is the important target from this virus that can hamper the transcription of interferon, and the production of interferon will be decreased. In this research, Universal Natural Product Database UNPD is used as inhibitor. There are several computational methods that can be used to find drug candidate from UNPD. The methods are Protein Ligand Interaction Fingerprint PLIF , pharmacophore feature, molecular docking, molecular dynamics and pharmacological properties. In the end, a ligand with the code UNPD161456 is the best drug candidate that can inhibit VP35. "

"Ebola adalah virus penyebab fatal hemoragik pada manusia dan primata non-manusia. Virus ebola memiliki lima spesies dan yang paling mematikan ialah virus ebola Zaire. Genom virus ebola mengkodekan tujuh protein yang penting bagi siklus hidupnya dan penelitian ini dilakukan untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire. VP24 memiliki potensi sebagai target obat karena memiliki peran penting dalam replikasi virus ebola dan penghambatan interferon sel inang. Dalam penelitian ini, senyawa terpenoid digunakan untuk menghambat VP24 Zaire secara komputasi dengan menggunakan fitur farmakofor. Terdapat 55.979 senyawa terpenoid diperoleh dari pangkalan data Pubchem kemudian ligan disaring berdasarkan sifat toksisitas melalui Osiris DataWarrior dan terdapat 3.353 ligan yang memiliki sifat toksisitas yang menguntungkan. Selanjutnya fitur farmakofor digunakan untuk menyaring ligan dan 1.375 ligan memiliki struktur yang sesuai dengan fitur farmakofor. Kemudian ligan dilakukan simulasi penambatan molekul dengan target protein dan terdapat 10 ligan terbaik berdasarkan sifat molekul dan interaksi molekuler. Selanjutnya, semua ligan dianalisa sifat farmakologisnya melalui Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, dan pkCSM. Akhirnya, terdapat tiga ligan terbaik yaitu Taxumairol V, Acrivastine, dan 3-O-acetyluncaric acid. Dalam penelitian ini, Taxumairol V adalah ligan terbaik untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire karena ligan memiliki sifat molekul, interaksi molekuler, dan sifat farmakologis yang baik sebagai kandidat obat.

---

Ebola is a pathogenic virus which causes fatal hemorrhagic fever in humans and non-human primates. Ebolavirus has five species, and there is the most pathogenic of ebolavirus namely Zaire ebolavirus. Ebola virus genome encodes seven protein which important for the ebolavirus life cycle and in this research was conducted to inhibit VP24 Zaire ebolavirus. VP24 has potential as a drug target because VP24 has an essential role in replication and interferon inhibition. In this research, 55,979 terpenoid compounds were obtained from PubChem database then the ligands were screened based on toxicity properties through Osiris DataWarrior, and there were 3,353 ligands which have beneficial toxicity properties. Afterward, the pharmacophore features were used to screen all ligands and 1,375 ligands have suitable structures according to the pharmacophore features. All ligands were docked with the protein target, and there were ten best ligands based on the molecular properties and interactions. Furthermore all ligands were investigated their pharmacological properties through Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, and pkCSM. Finally, there were three best ligands namely, Taxumairol V, Acrivastine, and 3-O-acetyluncaric acid. In this study, Taxumairol V was the best ligand to inhibit VP24 Zaire ebolavirus because the ligand has good molecular interactions, molecular and pharmacological properties."

"Virus Ebola adalah salah satu penyakit paling mematikan di dunia, dengan hampir 29.000 kasus melaporkan dan membunuh 11.000 dari mereka, tetapi tidak ada perawatan atau vaksin yang dapat melawan penyakit ini secara efektif. Penyakit ini disebabkan oleh virus ebola (EBOV), anggota utama dari keluarga Filoviridae. Siklus hidup virus ini telah dioperasikan oleh beberapa mayor protein, salah satunya adalah protein HSP70, yang telah dikenal penting peran dalam transkripsi dan replikasi EBOV. Karena itu, targetkan protein HSP70 dapat menjadi solusi untuk mengobati penyakit patogen ini. Dalam penelitian ini, skrining virtual Produk alami Indonesia dilakukan sebagai inhibitor HSP70 EBOV. Molekuler simulasi docking dilakukan untuk menguji interaksi dan afinitas ligan obligasi dengan protein HSP70 EBOV; simulasi ini dilakukan dengan menggunakan MOE 2014.09 perangkat lunak. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa penghambatan HSP70 berkurang secara signifikan Replikasi EBOV dengan menggunakan ligan senyawa bahan alami Indonesia. Itu nilai bioavailabilitas diperoleh sebesar 0,56. Ini menunjukkan bahwa obat tersebut dapat digunakan secara oral.

---

The Ebola virus is one of the deadliest diseases in the world, with nearly 29,000 cases reporting and killing 11,000 of them, but there is no treatment or vaccine that can fight this disease effectively. This disease is caused by the Ebola virus (EBOV), a major member of the Filoviridae family. The life cycle of this virus has been operated by several major proteins, one of which is the HSP70 protein, which has been recognized for an important role in the transcription and replication of EBOV. Therefore, targeting the HSP70 protein can be a solution to treat this pathogenic disease. In this study, virtual screening of Indonesian natural products was carried out as an EBP HSP70 inhibitor. Molecular docking simulation was carried out to test the interaction and affinity of bond ligands with the EBP HSP70 protein; This simulation was carried out using MOE 2014.09 software. The results obtained showed that HSP70 inhibition was significantly reduced by EBOV replication using ligands of Indonesian natural compounds. The bioavailability value was obtained at 0.56. This shows that the drug can be used orally."

"[Ebola adalah penyakit endemik yang telah terjadi selama tiga puluhan tahun setelah pertama kali ditemukan di daerah Afrika Barat pada tahun 1976. Penyakit ini disebabkan oleh virus ebola (EBOV) yang adalah salah satu bagian dari famili Filovoridae atau filovirus. Kasus ebola tidak dilaporkan secara intens, karena sifatnya yang endemik, namun tidak dapat dipungkiri, penyakit ini tetap memakan korban. Beberapa tahun terakhir, wabah ini merebak dan kembali menjadi pebincangan hangat. Penyebaran tersebut dikhawatirkan terjadi akibat adanya mutasi virus. Beberapa bagian lain mengkhawatirkan penggunaan virus tersebut dalam tindakan bioterorisme. Perkembangan virus dipengaruhi juga oleh proses replikasi, sehingga replikasi menjadi salah satu faktor penentu terjadinya penyakit. Pada ebola, replikasi dipengaruhi oleh protein VP35. Ilmu bioinformatika dianggap mampu menjadi salah satu cara menganalisis mutasi protein tersebut secara in silico, sehingga diharapkan para ilmuwan mampu menemukan desain inhibitor potensial untuk melawan ebola secara in vivo. Secara in silico telah diketahui perubahan yang terjadi pada VP35 virus ebola saat ini dibandingkan dengan yang ditemukan pertama kali pada tahun 1976. Perbedaan tersebut terjadi dalam hal susunan residu asam amino penyusun protein, terbukti dengan analisis pohon filogenetik, dan analisis lanjutan.;Ebola is an endemic disease which has been happened about thirty years after its first discovered in West Africa at 1976. It caused by ebolavirus (EBOV), member of Filoviridae. The ebola cases were not intensely reported, because it’s endemic disease, but the it still causes many deaths. Lately, ebola has been the headline, since its outbreak in West Africa, March 2014, and caused more than 50% mortality. Replication is one of the virulence factor. In ebolavirus, VP35 plays role in replication system, so the in silico study of VP35 ebolavirus is required, before the in vivo. Using bioinformatics tools, the differences between the 1976’s ebolavirus and 2014’s ebolavirus has been discovered. The differences are analyzed using phylogenetic tree, and advanced analyzing. ;Ebola is an endemic disease which has been happened about thirty years after its first discovered in West Africa at 1976. It caused by ebolavirus (EBOV), member of Filoviridae. The ebola cases were not intensely reported, because it’s endemic disease, but the it still causes many deaths. Lately, ebola has been the headline, since its outbreak in West Africa, March 2014, and caused more than 50% mortality. Replication is one of the virulence factor. In ebolavirus, VP35 plays role in replication system, so the in silico study of VP35 ebolavirus is required, before the in vivo. Using bioinformatics tools, the differences between the 1976’s ebolavirus and 2014’s ebolavirus has been discovered. The differences are analyzed using phylogenetic tree, and advanced analyzing. , Ebola is an endemic disease which has been happened about thirty years after its first discovered in West Africa at 1976. It caused by ebolavirus (EBOV), member of Filoviridae. The ebola cases were not intensely reported, because it’s endemic disease, but the it still causes many deaths. Lately, ebola has been the headline, since its outbreak in West Africa, March 2014, and caused more than 50% mortality. Replication is one of the virulence factor. In ebolavirus, VP35 plays role in replication system, so the in silico study of VP35 ebolavirus is required, before the in vivo. Using bioinformatics tools, the differences between the 1976’s ebolavirus and 2014’s ebolavirus has been discovered. The differences are analyzed using phylogenetic tree, and advanced analyzing. ]"

"Ebola Hemorrhagic Fever (EHF) merupakan wabah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dari genus Ebolavirus. Zaire ebolavirus (EBOV) merupakan spesies dari genus Ebolavirus yang paling mematikan dengan case fatality rate sebesar 76% (CI 95%). Sampai saat ini belum ada vaksin atau obat yang disetujui oleh U.S. Food and Drug Administration (FDA) untuk terapi EHF. Salah satu target terapi yang belum banyak dikembangkan adalah antiviral berbasis inhibitor N-terminal heptad repeat glycoprotein-2 ectodomain (NHR GP2 ectodomain). GP2 ectodomain adalah glikoprotein yang memiliki peran penting dalam proses masuknya EBOV ke dalam sitoplasma sel melalui mekanisme endositosis. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan terhadap peptida siklis komersial terkonjugasi peptida protein Human Immunodeficiency Virus type 1 Trans-activator of transcription (HIV-1 tat) sebagai inhibitor EBOV NHR GP2 ectodomain melalui analisis in silico. Penapisan dilakukan terhadap peptida siklis yang berasal dari perusahaan kimia yang merupakan produsen peptida tersebut. Konjugasi dengan peptida protein HIV-1 tat bertujuan agar peptida siklis komersial dapat terakumulasi di endosom. Penambatan molekul dan dinamika molekul dilakukan untuk menentukan ligan dengan kemampuan inhibisi terbaik. Prediksi sifat farmakologi ligan juga dilakukan untuk mendapatkan kandidat obat terbaik. Berdasarkan tahapan penapisan tersebut, ligan 023 diketahui memiliki potensi sebagai kandidat obat terbaik. Ligan ini perlu untuk diuji lebih lanjut pada analisis in vitro, in vivo, hingga tahap uji klinis agar ligan dapat menjadi obat untuk terapi infeksi virus Ebola.

---

Ebola Hemorrhagic Fever (EHF) is a disease caused by viruses from genus Ebolavirus. Zaire ebolavirus (EBOV) is the deadliest species from genus Ebolavirus which has 76% (CI 95%) case fatality rate. Up until now, there are no U.S. Food and Drug Administration (FDA) approved vaccines or drugs to treat EHF. Antiviral based on N-terminal heptad repeat glycoprotein-2 ectodomain (NHR GP2 ectodomain) inhibitor is one treatment that has not well developed. GP2 ectodomain is glycoprotein which has important role in the process of EBOV entry into cell through endocytotic mechanism.

In this study, the screening of commercial cyclic peptide conjugated to protein peptide Human Immunodeficiency Virus type 1 Trans-activator of transcription (HIV-1 tat) as inhibitor of EBOV NHR GP2 ectodomain thourgh in silico analysis was done. The screening was done to cyclic peptide from the selected chemical company. Conjugation of cyclic peptide to peptide HIV-1 tat was done in order to accumulate the peptide inside the endosome. Molecular docking and molecular dynamics was done to select the peptides which have the best inhibition propeties.

Prediction of pharmacological properties of the peptides was done to choose the best drug candidate. The result of screening porcesses shows that ligand 023 has highest potency as drug lead. The ligand needs to undergo futher analysis in in vitro, in vivo, and clinical trial to ensure that this ligan can act as drug for Ebola virus infection.

"

"The outbreak of Ebola virus disease in West Africa shocked the world as the disease spread rapidly from its origin to neighboring countries, Europe, and North America while the systems in place to handle such an epidemic failed. The United Nations, the World Health Organization, and major international humanitarian organizations scrambled to respond as thousands died and infections spiraled out of control. All are now contemplating: What went wrong, and how do we stop it from happening again? Global Management of Infectious Disease After Ebola is the first and most comprehensive volume to address these questions. It brings together the analyses and retrospectives of diplomats, scholars, and advocates studying from afar, as well as those of physicians and front-line responders who witnessed the epidemic sweep through already poor, devastated countries as their nascent health systems collapsed. The volume assesses not only the global response to Ebola but also current and emerging infectious disease threats, changes in the global system to handle them, and the critical ethics and human rights issues that will shape the next episode in the perpetual struggle against infectious disease."

"Demam berdarah Ebola adalah penyakit viral yang berasal dari genus Ebolavirus dan sangat mematikan jika masuk ke dalam tubuh primata termasuk manusia. Sampai sekarang, belum ada obat atau vaksin yang terbukti efektif melawan Ebolavirus. Salah satu spesies dari filovirus adalah Sudan Ebolavirus (SEBOV). Penyakit ini memiliki kemungkinan mematikan antara 50-70%. Dalam siklus hidupnya Ebola memilki berbagai komponen yang penting untuk keberlangsungan virus ini, salah satunya glikoprotein. Glikoprotein dalam Ebola memiliki inti dalam struktur GP1-GP2 yang berfungsi dalam replikasi Ebola. Molekul yang dapat menginhibisi glikoprotein ini menjanjikan suatu peluang untuk dijadikan obat terapi bagi para penderita Ebola. Senyawa flavonoid memiliki potensi menjadi obat karena sifat antiviralnya. Dalam penelitian ini, metoda digunakan untuk memahami potensi antiviral senyawa flavonoid dengan menginhibisi GP SEBOV melalui penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul dengan MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09. Lebih lanjut, bioavaibilitas oral dan prediksi toksisitas juga dilakukan untuk mendapatkan senyawa flavonoid terbaik. Hasilnya didapatkan SIanidin-3-(p-kuomaro) dengan afinitas ikatan terbaik kepada GP SEBOV dan sifat toksisitas yang baik.

---

Ebola Hemorrhagic Fever is a viral disease from the Ebolavirus genus and deadly to primates, including humans. Until now, no vaccine nor medicine could combat Ebolavirus effectively. One of the species from ebolavirus genus is Sudan Ebolavirus (SEBOV). SEBOV has a case fatality between 50-70%. In Ebola life cycle, Ebola has a different type of component which is very essential, one of them is glycoprotein (GP). GP has a GP1-GP2 core structure, which is crucial for mediate Ebolavirus and the host cell. Thus, any molecule that could inhibit glycoprotein has a potential to become an ideal therapeutics of Ebola hemorrhagic fever. Flavonoid compounds have potential because of their antiviral property. In this research, in silico method was conducted to understand the antiviral potential of flavonoid compound by inhibiting the SEBOV GP through molecular docking and molecular dynamics simulation using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Moreover, the oral bioavailability and toxicity prediction of the flavonoid compounds were also performed to get the best flavonoid compounds. In the end, we found that Cyanidin-3-(p-cuomaro) with the best binding affinity to SEBOV GP and have low toxicity properties."

"Virus Ebola (EBOV) adalah salah satu virus paling mematikan di dunia yang memiliki virus wabah pada tahun 2014 di Afrika Barat. Ada lima jenis virus Ebola, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Pantai Gading (CEBOV), dan Bundibugyo (BEBOV). Virus ini sudah terbunuh sekitar 11.310 hidup dari 28.616 kasus, dan sampai sekarang tidak ada antivirus untuk EBOV. Salah satunya protein potensial yang bisa dihambat adalah Nucleoprotein (NP). EBOV NP ini memiliki fungsi sebagai replikasi virus dan perancah untuk protein virus tambahan. Dengan menghambat virus ini, itu dapat memotong replikasi RNA dan mengakhiri siklus hidup virus EBOV. Dari sebelumnya penelitian, Fu et al, menyatakan bahwa EBOV NP dapat disisipkan dengan asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A. Dalam penelitian ini, kami menggunakan modifikasi asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A menggunakan metode farmakofor untuk menghambat EBOV NP dan membandingkan yang terbaik ADMET mencetak skor untuk mendapatkan ligan baru sebagai penghambat nukleoprotein. Penelitian ini menggunakan MOE (Lingkungan Operasi Molekuler) 2014.09 dan DataWarrior v4.7.3. Ini dimodifikasi ligan ingin memiliki hasil yang lebih baik daripada ligan standar. Dalam penelitian ini, dimodifikasi senyawa 541 dari asam 18β-glycyrrhetinic dan senyawa termodifikasi 207 dari licochalcone A dipilih sebagai antivirus EBOV.

---

The Ebola Virus (EBOV) is one of the deadliest viruses in the world that had an outbreak virus in 2014 in West Africa. There are five types of Ebola viruses, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Ivory Coast (CEBOV), and Bundibugyo (BEBOV). This virus has been killed around 11,310 lives out of 28,616 cases, and until now there is no antivirus for EBOV. One of the potential proteins that can be inhibited is Nucleoprotein (NP). This EBOV NP has a function as a viral replication and scaffold for additional viral proteins. By inhibiting this virus, that can cut RNA replication and end the life cycle of the EBOV virus. From previous studies, Fu et al. Stated that EBOV NP can be inserted with 18β-glycyrrhetinic acid andlicochalcone A. In this study, we used a modification of 18β-glycyrrhetinic acid and licochalcone A used a pharmacophore method to inhibit EBOV NP and compared the best ADMET score to get a new ligand as a nucleoprotein inhibitor. This research uses MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09 and DataWarrior v4.7.3. This modified ligand wants to have better results than standard ligands. In this study, it was modified compound 541 from 18β-glycyrrhetinic acid and 207 modified compound from licochalcone A selected as an EBOV antivirus."

"Demam berdarah ebola atau selanjutnya disebut dengan ebola mrupakan penyakit menular yang mematikan. Saat ini di kenal empat tipe virus penyebab ebola, tiga diantaranya dapat menyerang manusia. dengan mempertimbangkan satu dari ketiga tipe virus tersebut, dalam tugas akhir ini akan dilakukan proses pemodelan penyebaran"