Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Artemisinin-based Combination Theraphy (ACT) telah digunakan sebagai terapi utama untuk mengobati malaria falciparum tanpa komplikasi di Indonesia sejak 2004. Dihydroartemisinin-piperaquine (DHP) diangkat sebagai terapi utama untuk semua kasus malaria tanpa komplikasi sejak tahun 2016, termasuk kasus malaria vivax. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi polimorfisme nukleotida tunggal pada class domain propeller gen diantara kasus malaria tanpa komplikasi yang disebabkan Plasmodium vivax dari Provinsi Jambi dan Papua, Indonesia. IsolatP. vivax diambil dari April 2016 hingga April 2018. Melalui deteksi kasus aktif dan pasif malaria vivax tanpa komplikasi, sebanyak 41 isolat dari Provinsi Jambi dan 55 isolat dari Provinsi Papua terekrut pada penelitian ini. Domain propeller gen pvk12 diamplifikasi dengan metode nested PCR lalu disekuensing untuk mengevaluasi polimorfisme nukleotida tunggal. Hasil dari penelitian ini menunjukkan tidak ditemukan polimorfisme domain propeller pada kodon M448, T517, F519, I568, D605, D691, dan I708 dari seluruh isolat yang diteliti. Polimorfisme pada kodon S578Y dari domain propeller gen pvk12 ditemukan pada satu isolat dari Provinsi Jambi.

---

Artemisinin-based combination therapy (ACT) has been adopted as first line therapy for uncomplicated falciparum malaria in Indonesia since 2004. Dihydroartemisininpiperaquine (DHP) has been adopted as first line therapy for all uncomplicated malaria cases in Indonesia since 2016.

The present study aims is to evaluate the single nucleotide polymorphisms in propeller domain gene among uncomplicated of Plasmodium in Jambi and Papua Provinces, Indonesia. The P. vivax isolates were collected from April 2016 to April 2018. A total of 41 P. vivax isolates from Jambi and 55 isolates from Papua were collected from uncomplicated vivax malaria cases enrolled through active and passive case detections. Amplification by nested PCR used to amplify gene propeller domain and sequencing is used to evaluate single nucleotide polymorphism.

The overall results indicated that no polymorphisms of propeller domain pvk12 gene at codon M448, T517, F519, I568, D605, D691, and I708 were observed in all isolates. Polymorphism at codon S578Y of propeller domain gene was found in one isolate from Jambi Province."

"Invasi Plasmodium vivax (Grassi & Filetti, 1889) ke dalam retikulosit ditentukan oleh adanya interaksi antara ligan PvDBP II dan reseptor Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) pada permukaan sel darah merah. Penelitian bertujuan mengkarakterisasi polimorfisme pada gen pengkode PvDBP II dari isolat P. vivax di Kabupaten Mimika, Papua dan menentukan asam amino yang conserved. Gen pengkode PvDBP II diamplifikasi dari 12. Hasil amplifikasi gen pengkode PvDBP II kemudian diklona dan dilakukan sequencing pada 43 klona yang positif. Mutasi synonymous ditemukan pada 15 kodon asam amino (20%), sedangkan mutasi nonsynonymous terjadi pada 58 kodon asam amino (77,3%). Sebagian besar mutasi (78,6%) terletak pada critical binding motif PvDBP II. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Bayesian, memperlihatkan adanya hubungan kekerabatan antara isolat Indonesia dan isolat dari negara lain. Kesimpulan dari penelitian adalah polimorfisme pada isolat Indonesia sangat tinggi (81,4%) dan asam amino sistein adalah asam amino yang conserved (83,3%).

---

The interaction between PvDBP II and its receptor, the Duffy antigen receptor for chemokines (DARC) is essential for the merozoite invasion into the reticulocytes. This study aimed to characterize the genetic polymorphisms of the gene encoding the PvDBP II in isolates from Mimika district, Papua. The gene encoding the PvDBP II from 12 isolates was subjected to PCR amplification and the patterns of polymorphisms were characterized using DNA cloning. Fourty three clones were further examined by sequencing. Fifteen synonymous (20%) and 58 nonsynonymous (77,3%) mutations were identified. The highest frequency of polymorphisms (78,6%) was found in critical binding motif of PvDBP II. Phylogenetic analysis of DNA sequences using Bayesian methods demonstrated that P. vivax (Grassi & Filetti, 1889) isolates from Indonesia were related with other isolates from different geographical regions. The conclusions of this study are the level of polymorphisms in Indonesian isolates is high (81,4%) and cysteine residues are conserved (83,3%)."

"Gejala infeksi virus chikungunya dapat menjadi hambatan sosioekonomi sehingga diperlukan deteksi dini infeksi tersebut. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) memulai pengembangan kit diagnostik infeksi virus chikungunya berbasis imunologi menggunakan Rapid Diagnostic Test dari antibodi monoklonal envelope 1 (E1). Penelitian kloning dan ekspresi gen E1 virus chikungunya dari isolat Jambi bertujuan untuk memperoleh plasmid rekombinan pYES2-E1 dan protein rekombinan E1 dari host Saccharomyces cerevisiae INVSc1. Teknik yang digunakan yaitu kloning DNA plasmid pembawa gen E1 yang akan ditransformasikan ke Escherichia coli dan S. cerevisiae. Analisis hasil ekpresi protein E1 rekombinan menggunakan teknik western blot. Hasil dari penelitian ini menunjukkan plasmid rekombinan pYES2-E1 diperoleh menggunakan verifikasi teknik PCR dan double digestion. Hasil ekspresi protein rekombinan E1 pada S. cerevisiae INVSc1 menunjukkan terdapat band yang berukuran 34—43 kDa menggunakan teknik western blot. Protein E1 rekombinan yang berhasil terekspresi pada S. cerevisiae diperlukan validasi menggunakan antibodi monoklonal E1. Hasil isolasi plasmid pYES2-E1 dilanjutkan dengan verifikasi sekuensing DNA.

---

Symptoms of chikungunya virus infection can be a socioeconomic challenges, so early detection of the infection is needed. The Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT) began the development of an immunology-based chikungunya virus infection diagnostic kit using the Rapid Diagnostic Test from monoclonal envelope 1 (E1) antibodies. Research on cloning and expression of the chikungunya virus E1 gene from the Jambi isolate aimed to obtain recombinant pYES2-E1 plasmids and E1 recombinant proteins from the host Saccharomyces cerevisiae INVSc1. The technique used is to clone plasmid DNA E1 gene carriers which will be transformed into Escherichia coli and S. cerevisiae. Analysis of recombinant E1 protein expression using the western blot technique. The results of this study indicate that the recombinant pYES2-E1 plasmid was obtained using PCR verification techniques and double digestion. The results of E1 recombinant protein expression in S. cerevisiae INVSc1 showed a band of 34—43 kDa using western blotting technique. The recombinant E1 protein in S. cerevisae that was successfully expressed required validation using monoclonal E1 antibodies. The results of the pYES2-E1 plasmid isolation were followed by verification of DNA sequencing."

"Plasmodium falciparum menggunakan protein EBA140 sebagai salah satu protein yang berperan pada proses invasi ke dalam sel darah merah. Polimorfisme domain F1 gen EBA-140 diketahui memengaruhi spesifisitas perlekatan protein EBA-140 pada reseptor di permukaan sel darah merah. Variasi tipe alel Gerbich pada gen GYPC yang merupakan reseptor bagi EBA-140 juga dapat memengaruhi kemampuan protein ligan EBA-140 dalam berikatan dengan reseptor GYPC di permukaan sel darah merah. Penelitian mengenai keragaman sekuens asam amino domain F1 gen EBA-140 dan variasi alel Gerbich gen GYPC telah dilakukan terhadap 18 isolat klinis P. falciparum yang berasal dari kabupaten Bangka Barat (n = 5), kabupaten Bangka Tengah (n = 4), dan kabupaten Mimika (n = 9). Amplifikasi gen EBA-140 dari isolat parasit malaria dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Selanjutnya fragmen DNA parasit diperbanyak dengan metode kloning ke dalam sel bakteri Escherichia coli. Analisis hasil sekuens asam amino domain F1 menunjukkan adanya 7 haplotipe gen EBA-140 dari ketiga daerah tersebut. Tiga haplotipe yaitu ISTK, DSTK, dan ISRE merupakan haplotipe baru yang belum pernah dilaporkan sebelumnya. Analisis variasi alel Gerbich pada gen GYPC menunjukkan tidak ada delesi ekson 3 pada gen GYPC pada ketiga daerah tersebut. Informasi mengenai keragaman haplotipe gen EBA-140 dan gen GYPC dapat dijadikan sebagai acuan dalam mendesain vaksin berbasis gen EBA-140 yang efektif memberantas P. falciparum di Indonesia.

---

Plasmodium falciparum utilizies the EBA140 as one of its proteins to invade the red cells. Polymorphisms at the domain F1 of EBA-140 gene have been known to affect the ligand recognition to its corresponding protein receptors glycophorin C (GYPC) or Gerbich antigen. Deletion on the GYPC gene, known as Gerbich blood-type, is known to prevent the parasite invasion using this pathway. Polymorphisms on the GYPC gene could alter the ability of EBA-140 ligand to bind to GYPC receptor on the surface of erythrocyte. Plasmodium falciparum clinical isolates from West Bangka (n = 5), Central Bangka (n = 4), and Mimika regencies (n = 9) were studied for their EBA-140 and GYPC gene polymorphisms. Parasite DNA was amplified using Polymerase Chain Reaction (PCR) and subsequently cloned into Escherichia coli.

Amino acid sequence analysis of the F1 domain showed that there were seven haplotypes of EBA-140 gene from all locations. Three haplotypes of EBA-140 (ISTK, DSTK, ISRE) detected in this study were new haplotypes that had not been reported previously. Analysis on the Gerbich allele detected no exon 3 deletion on the GYPC gene from all location. These findings provide useful information if the vaccine involving the EBA-140 component would be developed."

"Ruang lingkup dan cara penelitian: Sampai saat ini malaria masih merupakan masalah kesehatan masyarakat di daerah tropis. Plasmodium vivax merupakan spesies penyebab malaria setelah P. falcifarum dan menyebabkan angka kesakitan yang tinggi. Akhir-akhir ini telah banyak laporan tentang parasit yang muncul kembali di dalam darah (rekurens) setelah diobati dengan klorokuin, sewaktu kadar klorokuin diperkirakan masih efektif, sehingga perlu dilakukan evaluasi efikasi klorokuin. Adanya variasi yang besar pada farmakokinetik klorokuin perlu dilakukan pengukuran kadar klorokuin dalam darah untuk membuktikan apakah rekurens disebabkan oleh parasit resisten. Oleh karena itu, telah dilakukan penelitian prospektif secara in vivo di daerah hiperendemik malaria, Kabupaten Alor Nusa Tenggara Timur terhadap 32 orang penderita malaria vivax yang diobati dengan kiorokuin dosis standar (25 mg/kg, selama 3 hari). Pasien tersebut diamati selama 28 hari terhadap parasitemia dan gejala klinis, kemudian dikonfirmasikan dengan kadar klorokuin dalam darah mereka.Hasil dan Kesimpulan: Klorokuin efektif terhadap P. vivax pada 34, 4% (11/32) penderita. Sebanyak 65, 6% (21/32) mengalami kegagalan pengobatan dalam 28 hari. Tujuh belas orang mengalami kegagalan pengobatan sewaktu kadar klorokuin melebihi atau sama dengan kadar terapeutik minimal (100 ng/ml), sehingga parasit P. vivax terbukti resisten, sedangkan pada 4 orang kadar klorokuin dalam darah tidak terukur dan tidak terbukti resisten. Dan 17 orang tersebut, 5 orang mengalami kegagalan pengobatan pada hari ke-7 atau sebelumnya. Disimpulkan bahwa angka kegagalan pengobatan klorokuin terhadap P. vivax di Nusa tenggara Timur ialah 65, 6% dan angka resistensi 53,1%."

"Telah dilakukan penelitian isolasi dan karakterisasi molekuler Plasmodium berghei yang resistan terhadap artemisinin in vivo. Penelitian bertujuan mengetahui keterkaitan polimorfisme gen pbatp6 dengan resistensi P. berghei terhadap artemisinin. Penelitian dilakukan di Lembaga Biologi Molekul Eijkman (LBME), Jakarta, selama 12 bulan (April 2006—Maret 2007). Empat isolat P. berghei yang resistan terhadap artemisinin pada dosis 15 dan 250 mg/kg berat badan berhasil diisolasi melalui pengobatan dosis subletal bertingkat selama tiga hari berturut-turut pada mencit galur BALB/c yang diinfeksi P. berghei. Uji resistensi obat yang dilakukan untuk membandingkan pola pertumbuhan parasit galur parental dan salah satu isolat yang resistan menunjukkan adanya peningkatan ED50 sebesar 2,8 kali lipat. Analisis molekuler dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) menggunakan primer forward PbATP6-F1 dan reverse PbATP6-R1 dan DNA sequencing menunjukkan adanya perubahan basa guanin menjadi adenin pada nukleotida ke-355 gen pbatp6. Perubahan tersebut mengakibatkan perubahan asam amino dari asam glutamat (E) menjadi lisin (K) pada residu ke-119 yang terletak pada domain transmembran M2 dari protein putatif PbATP6. Perubahan asam amino tersebut belum pernah dilaporkan sebelumnya. Hasil penelitian menunjukkan adanya kemungkinan polimorfisme gen pbatp6 yang diduga berperan pada resistensi P. berghei terhadap artemisinin."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian:Mekanisme kerja primakuin, sampai saat ini masih belum sepenuhnya diketahui. Dugaan bahwa primakuin bekerja pada parasit malaria melalui penghambatan sistem rantai . pernafasan parasit, didasarkan pada bukti bahwa obat ini dimetabolisme menjadi bentuk intermediat, 5,6-quinolin diquinone yang mempunyai struktur yang mirip dengan ubikuinon (koenzim Q), salah satu komponen penting sistem respirasi mitokondria. Diperkirakan bahwa efek antimalaria obat ini dimediasi oleh kompetisi perikatannya dengan koenzim Q pada apositokrom b. Beberapa inhibitor kompleks III rantai pernafasan di mitokondria mempunyai struktur kimiawi yang mirip dengan koenzim Q dan resistensi terhadap inhibitor-inhibitor tersebut didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mekanisme kerja obat antimalaria primakuin pada parasit malaria melalui pendekatan biomolekuler dengan hipotesis bahwa resistensi parasit malaria terhadap primakuin didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b. Untuk itu dilakukan upaya untuk mendapatkan galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan cara memberikan primakuin dengan dosis subletal secara bertahap pada P berghei yang sensitif terhadap primakuin. Terjadinya resistensi terhadap primakuin dideteksi dengan tes sensitivitas in vivo dan dilanjutkan dengan kloning untuk mendapatkan galur murni. Dari galur tersebut dilakukan isolasi DNA, amplifikasi gen sitokrom b dengan metode PCR dan sekuensing DNA untuk mengetahui adanya mutasi pada situs perikatan kuinon (Qo dan Qi).Hasil dan Pembahasan:Dari penelitian ini telah berhasil diperoleh dua galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan derajat resistensi sekitar 20 kali dibandingkan dengan galur parental. Analisis gen sitokrom b menunjukkan tidak ditemukannya mutasi baik pada tempat perikatan kuinon (Qi dan Qo) maupun pada bagian lainnya. Diperkirakan, dengan derajat resistensi yang diperoleh mungkin belum mampu menyeleksi alel resisten pada gen target. Kemungkinan yang lain adalah resistensi terhadap primakuin tidak didasari adanya mutasi pada gen sitokrom b, tetapi lebih pada struktur kimianya sebagai aminokuinolin, sehingga analisis terhadap gen yang berkaitan dengan resistensi terhadap golongan obat tersebut, misalnya pbmdr I dan pbcrl mungkin diperlukan."

"Penelitian genotyping menggunakan teknik mikrosatelit dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik parasit Plasmodium vivax pada populasi penduduk di Kabupaten Malaka, Nusa Tenggara Timur. Genotyping dilakukan menggunakan delapan marka mikrosatelit (Pv 3.27, MS10, MS16, MS8, MS1, MS5, MS12, dan MS20) dan satu gen penyandi protein permukaan merozoit (msp1F3). Rata-rata ekspektasi heterozigositas (HE) adalah 0,81 yang menunjukkan tingkat keragaman genetik parasit yang cukup tinggi. Infeksi multiklona terdeteksi pada 25 isolat Malaka dengan rentang infeksi 1-3 klona pada satu sampel pasien. Marka MS16 diketahui sebagai marka yang paling baik dalam mendeteksi polimorfisme pada isolat Malaka, sedangkan MS8 dan MS20 merupakan marka yang paling baik dalam mendeteksi infeksi multiklona pada isolat Malaka.

---

Genotyping using microsatellite technique was conducted to reveal genetic diversity of Plasmodium vivax parasites from Malaka, Nusa Tenggara Timur. Eight microsatellite markers (Pv 3.27, MS10, MS15, MS8, MS1, MS5, MS12, and MS20) and the merozoite surface protein encoding gene were used to genotype the P. vivax isolates. The mean of expected heterozigosity was 0.81 demonstrating a high genetic diversity. There were 25 samples detected harboring multiclonal infection with the range of 1 to 3 clones per sample. Microsatellite 16 (MS16) was the best marker to describe polymorphisms among Malaka isolates. Meanwhile, MS8 and MS20 were the best markers to describe the multiplicity of infection (MoI) among Malaka isolates."

"Gen var merupakan famili gen pada Plasmodium falciparum yangmengkode PfEMP1 (Plasmodium falciparum Erythrocyte Membrane Protein1) pada permukaan eritrosit yang terinfeksi parasit. Penelitian bertujuanmengkarakterisasi variasi ekspresi gen var dan melihat motif conserved(homolog) sekuens gen var pada domain DBLγ dari isolat klinis P. falciparumpada penderita malaria di Rumah Sakit Mitra Masyarakat, Timika, Papua.Penelitian dilakukan di Laboratorium Malaria 2, Lembaga Biologi MolekulerEijkman selama 8 bulan. Domain DBLγ pada PfEMP1 diamplifikasi secara invitro dengan teknik PCR menggunakan primer DBLγ degenerate, yangmenghasilkan pita dengan kisaran ukuran 500--700 pb. Produk PCR DBLγkemudian diligasikan dengan vektor plasmid pGEM®-T easy danditransformasikan ke dalam Escherichia coli strain DH5α dengan metodeheat shock. Transforman diseleksi pada medium agar Luria-Bertani ampisilin.Hasil penapisan biru-putih dan PCR insert checking menunjukkan adanya 1--33 koloni yang positif mengandung insert dari masing-masing sampel.DeoxyriboNucleic Acid koloni positif tersebut kemudian di-sequencing. Hasilsequencing dan alignment menunjukkan adanya variasi ekspresi gen var danmotif conserved (homolog) dari isolat klinis P. falciparum dari Timika, Papua.Berdasarkan alignment sekuens asam amino, terdapat 1--9 variasi ekspresigen var pada klona tiap sampel. Rekonstruksi pohon filogenetik dilakukandengan metode Neighbour-Joining dengan program komputer PHYLIP.ivBerdasarkan pohon tersebut, terdapat hubungan kekerabatan ataupersamaan sekuens asam amino antara sampel isolat klinis P. falciparumdari Timika, Papua dan sekuens asam amino DBLγ dari database(www.ncbi.nlm.nih.gov) dan (www.plasmodb.org)."