Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKV600E adalah perubahan genetik yang paling banyak terjadi pada kanker tiroid, dan telah menjadi penanda diagnostik penting pada jenis histopatologi ganas, khususnya karsinoma papiler. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan dan memvalidasi teknik screnning BRAF V600E pada kanker tiroid menggunakan metode high resolution melting (HRM). Sebanyak 57 pasien dengan kelainan nodul tiroid dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang dikoleksi dari tahun 2012-2014. Mutasi gen BRAF V600E dianalisis dari sampel fine needle aspiration biopsy (FNAB) menggunakan teknik HRM reagen MeltDoctor HRM Master Mix (Applied Biosystem) yang divalidasi dengan teknik Sanger Sequencing. Penelitian ini berhasil mengoptimalisasi metode HRM dengan membedakan melting curve sampel kontrol positif mutasi gen BRAF V600E dengan sampel normal. Berdasarkan hasil validasi dengan teknik Sanger Sequencing, diperoleh hasil gambaran elektroferogram pada gen BRAF ekson 15 yang mengalami mutasi titik pada basa nukleotida ke 1799 T>A (V600E). Hasil screening menunjukkan bahwa terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi gen BRAF V600E pada jenis histopatologi ganas karsinoma tiroid papiler (12) dan karsinoma anaplastik (1). Tidak ditemukan satu pun mutasi gen BRAF V600E pada sampel dengan histopatologi jinak ataupun kontrol normal. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa teknik HRM dapat digunakan untuk screening mutasi gen BRAF V600E pada kanker tiroid.

---

ABSTRACTBRAF V600E gene mutation is the most common genetic alteration that found in thyroid cancer and has been an important diagnostic marker for malignant histopathology, specifically papillary carcinoma. The aim of this study is to develop and validate BRAF V600E gene mutation screening technique on thyroid cancer patients using high resolution melting (HRM) method. Retrospectively 57 patients with thyroid nodules abnormalities were collected in Dharmais Cancer Hospital collected in 2012-2014. Mutation in BRAF V600E gene were analyze from fine needles aspiration biopsy (FNAB) using MeltDoctor HRM Master Mix (Applied Biosystem) as the HRM reagen and validated using Sanger sequencing. This Study have optimalize HRM method by differentiating positive control BRAF V600E gene melting curve mutaion with normal sampel. Validation using Sanger sequencing depict electropherogram of BRAF gene on exon 15 point mutation on nucleotide 1799 T>A (V600E). Screening shows 13 samples detected positive on BRAF V600E gene mutation on malignant histopathology thyroid papillary carcinoma (12) and anaplastic carcinoma (1). No mutation found on benign histopathology samples and normal samples. The conclusion of this study is HRM technique can be use to screen mutation BRAF V600E on thyroid cancer. "

"Tujuan. Penelitian ini dibuat untuk mengetahui peranan mutasi BRAF V600E dan TERT dalam kejadian metastasis kelenjar getah bening (KGB) leher pada pasien kanker tiroid papiler (KTP)Metode. Penelitian ini merupakan studi potong lintang, melibatkan pasien KTP di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo, DKI Jakarta. Data-data diperoleh secara retrospektif berdasarkan catatan rekam medis, kecuali untuk mutasi BRAF V600E dan Promoter TERT. Spesimen jaringan tumor pasien kanker tiroid papiler ditransfer ke Laboratorium Terpadu FKUI. DNA diekstrasi menggunakan QIAamp DNA FFPE Tissue Kit sebanyak 3-8 potongan dengan ketebalan FFPE 5-10 mikrometer. Multiplikasi gen BRAF dilakukan dengan KOD One Polymerase Chain Reaction (PCR) Master Mix (Toyobo KMM–201), sementara multiplikasi gen TERT dilakukan dengan PCR Master Mix (2X MyTaq HS Red Mix, primer forward, reverse, dan Nuclear-free water). Analisis data dilakukan dengan SPSS versi 20. Hasil. Peneliti menginklusi 42 pasien KTP dengan 19 (45%) mengalami mutasi BRAF, 20 (48%) mengalami mutasi TERT, dan 20 (48%) mengalami metastasis KGB. Mutasi BRAF ditemukan berhubungan dengan kejadian metastasis KGB [p<0,001, OR = 25,333 (IK95% 4,924–130,340)], sementara mutasi TERT ditemukan tidak berhubungan. Pasien yang mengalami mutasi BRAF tanpa TERT memiliki risiko 18,000 (IK95% 2,012–161,051) lebih tinggi untuk mengalami metastasis KGB dibandingkan pasien tanpa kedua mutasi. Lebih lanjut, adanya mutasi TERT yang berbarengan dengan mutasi BRAF membuat risiko meningkat menjadi 60,000 (4,718–763,043) lebih tinggi dibandingkan pasien tanpa kedua mutasi. Kesimpulan. Mutasi BRAF berhubungan dengan metastasis KGB pasien KTP, namun tidak dengan mutasi TERT. Namun, kehadiran mutasi TERT pada pasien KTP dengan mutasi BRAF meningkatkan risiko metastasis KGB.

---

Objective. This study was designed to determine the role of BRAF V600E and TERT mutations in the incidence of neck lymph node (LN) metastasis in patients with papillary thyroid cancer (PTC). Methods. This was a cross-sectional study, involving KTP patients at Dr. Cipto Mangunkusumo Hospital, DKI Jakarta. Data were obtained retrospectively based on medical records, except for BRAF V600E and TERT promoter mutation. Tumor tissue specimens of PTC’s patients were transferred to the Laboratorium Terpadu FKUI. DNA was extracted using QIAamp DNA FFPE Tissue Kit for 3-8 pieces with FFPE thickness of 5-10 micrometers. BRAF gene multiplication was performed with KOD One Polymerase Chain Reaction (PCR) Master Mix (Toyobo KMM-201), while TERT gene multiplication was performed with PCR Master Mix (2X MyTaq HS Red Mix, primers forward, reverse, and Nuclear-free water). Data analysis was performed with SPSS version 20. Results. We included 42 PTC’s patients with 19 (45%) patients had BRAF mutation, 20 (48%) patients had TERT mutation, and 20 (48%) patients had LN metastasis. BRAF mutation was associated with the LN metastasis [p<0.001, OR = 25.333 (95% CI 4.924-130.340)], while TERT mutation was not. Patients with BRAF+ and TERT- had an 18,000 (IK95% 2,012-161,051) higher risk of LN metastasis than patients with BRAF- and TERT-. Furthermore, the presence of TERT mutation along with BRAF mutation increased the risk to 60,000 (4,718-763,043) higher than patients with BRAF- and TERT-. Conclusion. BRAF mutation was associated with LN metastasis in PTC’s patients, but not TERT mutations. However, the presence of TERT mutation in PTC’s patients with BRAF mutation increased the risk of LN metastasis.

"

"Latar Belakang: Kanker tiroid adalah keganasan yang paling sering terjadi pada sistem endokrin. Kanker tiroid yang paling sering terjadi adalah karsinoma tiroid papiler (KTP), dengan sebagian besar kasus dapat disembuhkan dengan angka kesintasan >95% selama 20 tahun. Namun, apabila terjadi kekambuhan, maka angka mortalitasnya yang meningkat. Skoring prognostik penting sebagai penentu pengobatan yang bertujuan untuk mengelompokkan pasien ke dalam kelompok risiko yang sesuai sehingga memungkinkan pasien untuk mendapatkan optimalisasi modalitas pengobatan. Skoring prognosis yang umum digunakan adalah skoring AMES, MACIS, dan AGES. Mutasi gen BRAF V600E dihubungkan dengan prognosis yang buruk karena persistensi dan kekambuhan penyakit. Suatu studi menambahkan pemeriksaan mutasi BRAF V600E kedalam skoring prognosis dan bermakna secara statistik sedangkan studi lainnya tidak memiliki kemaknaan secara statistik. Metode: Studi ini merupakan studi potong lintang terhadap pasien KTP di RSUPN Cipto Mangunkusumo menggunakan data sekunder berupa status mutasi BRAF V600E dan data untuk mengkalkulasi skoring prognosis (Usia, USG preoperatif, CT-Scan atau MRI, data histopatologi, dan data laporan pembedahan). Parameter yang diukur meliputi proporsi dan hubungan antara mutasi BRAF V600E dengan skoring prognosis (AMES, MACIS, dan AGES). Hasil: Proporsi mutasi BRAF V600E pada skoring prognosis yaitu: Skoring AMES: High Risk: 71,4% dan Low Risk: 28,6%, Skoring MACIS: Skor ³ 8: 38,1%; Skor 7 – 7,99: 9,5%; Skor 6 – 6,99: 19%; dan Skor < 6: 33,3%, dan Skoring AGES: Skor ³ 6: 61,9%; Skor 5 – 5,99: 0%; Skor 4 – 4,99: 4,8%; dan Skor < 4: 33,3%. Analisis bivariat menunjukan mutasi BRAF V600E bermakna secara statistik dengan skoring MACIS dengan Odd Ratio (OR) 2,96 (p Value = 0,044, Confidence Interval (CI) 95% = 1,01 – 8,64), sedangkan skoring AMES dan AGES tidak bermakna secara statistik. Kesimpulan: Mutasi BRAF V600E dengan hasil positif meningkatkan prognosis buruk pada skoring MACIS sebanyak 2,96 kali.

---

Introduction: Thyroid cancer is the most common malignancy of the endocrine system. The most common type of thyroid cancer is papillary thyroid carcinoma (PTC), and most cases are curable, with a 20-year survival rate of more than 95%. However, when it recurs, it has a high mortality rate. Prognostic scoring systems are important as treatment determinants that aim to classify patients into appropriate risk groups to optimize treatment modalities. Commonly used prognostic scoring systems are the AMES, MACIS, and AGES. Mutation of BRAF V600E is associated with a poor prognosis due to disease persistence and recurrence. One study added the BRAF V600E mutation to the prognosis scoring, and it was statistically significant, while another study showed no statistical significance. Methods: This study was a cross-sectional study of PTC patients at Cipto Mangunkusumo Hospital using secondary data, such as BRAF V600E mutation status and data to calculate prognosis scoring systems. Parameters measured included the proportion and association between the BRAF V600E mutation and prognosis scoring systems (AMES, MACIS, and AGES). Results: The proportion of BRAF V600E mutations in prognosis scoring systems was as follows: AMES - High Risk: 71.4% and Low Risk: 28.6%; MACIS Scoring - Score ≥ 8: 38.1%; Score 7–7.99: 9.5%; Score 6–6.99: 19%; and Score < 6: 33.3%; and AGES - Score ≥ 6: 61.9%; Score 5–5.99: 0%; Score 4–4.99: 4.8%; and Score < 4: 33.3%. Bivariate analysis showed that the BRAF V600E mutation was statistically significant with MACIS scoring, with an Odd Ratio (OR) of 2.96 (p Value = 0.044, Confidence Interval (CI) 95% = 1.01–8.64), while AMES and AGES scoring were not statistically significant. Conclusion: A positive BRAF V600E mutation result increases the poor prognosis on MACIS scoring by 2.96 times."

"[ABSTRAKLatar Belakang: Karsinoma papiler tiroid (KPT) merupakan keganasan terseringorgan endokrin dengan prognosis yang sangat baik, namun pada beberapa kasusdapat terjadi rekurensi dan mortalitas. Beberapa faktor prognostik dan mutasi Btyperapidly accelerated fibrosarcoma V600E (BRAF V600E) dikatakanberhubungan dengan prognosis yang lebih buruk. Pemeriksaan imunohistokimiaprotein BRAF V600E dipercaya dapat mendeteksi adanya mutasi denganspesifisitas 100% dan sensitivitas 89%. Tujuan penelitian ini untuk mengetahuiimunoekspresi BRAF V600E dan hubungannya dengan faktor-faktor prognostik.Bahan dan Cara: Penelitian dilakukan secara retrospektif, desain deskriptifanalitik studi potong lintang. Sampel penelitian berasal dari RSCM berjumlah 50kasus KPT yang dinilai ulang untuk menentukan faktor-faktor prognostik secaramikroskopik. Pemeriksaaan mutasi BRAF V600E menggunakan tehnikimunohistokimia dan penilaian menggunakan H score.Hasil: Nilai H score ³ 326,5 ditentukan sebagai mutasi BRAF V600E positif dan< 326,5 sebagai mutasi BRAF V600E negatif. Terdapat 17 (34%) kasus positifmengalami mutasi BRAF V600E. Rerata usia pada kasus dengan mutasi BRAF V600Epositif adalah 44,71 tahun. Ukuran tumor pada kasus dengan mutasi BRAF V600E positifberkisar antara 0,1-4cm. Tujuh belas kasus yang mengalami mutasi, 6 dlaki-laki dan 11perempuan. Tujuh kasus dengan perluasan keluar tiroid, 11 kasus dengan metastasiskelenjar getah bening (KGB), dan 8 kasus dengan varian histopatologik tall cell.Kesimpulan: Terdapat hubungan bermakna antara mutasi BRAF V600E denganperluasan keluar tiroid, metastasis kelenjar getah bening (KGB), dan varianhistopatologik tall cell. Tidak terdapat hubungan bermakna antara mutasi BRAFV600E dengan usia, jenis kelamin, dan ukuran tumor.

---

ABSTRACTBackgroud: Papillary Thyroid Carcinoma (PTC) is the most common malignantneoplasm of the endocrine organ with an excellent prognosis, but in some casespresent with recurrency and mortality. There are prognostic factors and BRAFV600E mutation that related to worse prognosis. Immunohistochemicalinvestigetion of BRAF V600E protein believe can detect mutation wth 100%specificity and 89% sensitivity. Recent study suggest PTC with BRAF V600Emutation do thyroidectomy with prophylactic lymph node dissection. BRAFV600E specific inhibitor effective to the patient with advance stadium, patientwith metastases, and resistant to iodium radioactive. Aim of this study is to obtainBRAF V600E and the relation with prognostic factors.Material and Methods: This is a retrospective descriptive-analytic crosssectionalstudy. Fifty patient with PTC comes from Ciptomangunkusumo Hospitaland reviewed to determine prognostic factors microscopicaly. BRAF V600Emutation detected by immunohistochemical staining and assesed with H score.Result: H score ³ 326,5 determined as positive BRAF V600E mutation and <326,5 as negative BRAF V600E mutation. BRAF V600E mutation was detectedin 17 (34%) cases by immunohistochemistry. The mean age of the cases withpositive BRAF V600E mutation was 44.71 years, while the negative 41.58. Thesize of the tumor in cases with BRAF V600E mutation positive range between0,1-4cm, while negative 0,1-9cm. Seventeen cases have mutations, 6 of them sexmale and 11 female. Seven cases with extrathyroidal extension (ETE), 11 caseswith lymph node metastasis (KGB), and 8 cases with tall cell variant.Conclusion: There are significant correlation between BRAF V600E mutationwith extrathyroidal extension, lymph node metastases, and tall cell variant. Thereare no significant correlation between BRAF V600E mutation with age, gender,and size of the tumor, Backgroud: Papillary Thyroid Carcinoma (PTC) is the most common malignantneoplasm of the endocrine organ with an excellent prognosis, but in some casespresent with recurrency and mortality. There are prognostic factors and BRAFV600E mutation that related to worse prognosis. Immunohistochemicalinvestigetion of BRAF V600E protein believe can detect mutation wth 100%specificity and 89% sensitivity. Recent study suggest PTC with BRAF V600Emutation do thyroidectomy with prophylactic lymph node dissection. BRAFV600E specific inhibitor effective to the patient with advance stadium, patientwith metastases, and resistant to iodium radioactive. Aim of this study is to obtainBRAF V600E and the relation with prognostic factors.Material and Methods: This is a retrospective descriptive-analytic crosssectionalstudy. Fifty patient with PTC comes from Ciptomangunkusumo Hospitaland reviewed to determine prognostic factors microscopicaly. BRAF V600Emutation detected by immunohistochemical staining and assesed with H score.Result: H score ³ 326,5 determined as positive BRAF V600E mutation and <326,5 as negative BRAF V600E mutation. BRAF V600E mutation was detectedin 17 (34%) cases by immunohistochemistry. The mean age of the cases withpositive BRAF V600E mutation was 44.71 years, while the negative 41.58. Thesize of the tumor in cases with BRAF V600E mutation positive range between0,1-4cm, while negative 0,1-9cm. Seventeen cases have mutations, 6 of them sexmale and 11 female. Seven cases with extrathyroidal extension (ETE), 11 caseswith lymph node metastasis (KGB), and 8 cases with tall cell variant.Conclusion: There are significant correlation between BRAF V600E mutationwith extrathyroidal extension, lymph node metastases, and tall cell variant. Thereare no significant correlation between BRAF V600E mutation with age, gender,and size of the tumor]"

"ABSTRAKLatar Belakang: Kanker tiroid merupakan keganasan endokrin yang paling sering ditemukan dan insidennya semakin meningkat. Meskipun metode biopsi aspirasi jarum halus memiliki sensitivitas yang baik dalam mendiagnosis nodul tiroid, sebanyak 10-40 masih memberikan hasil inkonklusif dalam penentuan keganasan. Hal ini sering merugikan pasien karena harus mengalami re-operasi apabila terdapat keganasan pada hasil histopatologi.Tujuan Penelitian: Mengetahui proporsi dan mendapatkan nilai diagnostik dari pemeriksaan mutasi BRAF, NRAS, dan promoter TERT pada spesimen BAJAH untuk meningkatkan akurasi diagnosis kanker tiroid.Metode Penelitian: Studi retrospektif dengan mengikutsertakan 50 pasien nodul tiroid yang memerlukan pembedahan. Spesimen diambil pada saat proses BAJAH atau pasca operasi. Deteksi mutasi BRAF, NRAS, dan promoter TERT menggunakan metode DNA sekuensing Sanger . Hasil mutasi akan dibandingkan dengan pemeriksaan baku emas histopatologi.Hasil: Dari 50 kasus yang ikut dalam analisis, terdapat 39 kasus 78 merupakan keganasan tiroid. Nilai proporsi mutasi BRAF, NRAS, dan pTERT berturut-turut sebesar 31 , 18 , dan 13 . Uji diagnostik mutasi BRAF menghasilkan sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, dan nilai duga negatif berturut-turut 31 , 100 , 100 , 29 terhadap kanker tiroid. Untuk mutasi NRAS sebesar 18 , 100 . 100 , 26 . Sedangkan untuk mutasi pTERT sebesar 13 , 100 , 100 , 24 . Jika ketiga mutasi tersebut dikombinasikan, maka nilainya akan meningkat menjadi 49 , 100 , 100 , 35 . Kesimpulan: Pemeriksaan mutasi BRAF, NRAS dan promoter TERT pada kanker tiroid masing-masing memiliki spesifisitas yang tinggi. Jika ketiganya dikombinasikan maka akan meningkatkan sensitivitas untuk membantu dalam meningkatkan akurasi diagnosis keganasan tiroid.

---

ABSTRACTBackground Thyroid cancer is the most common endocrine malignancy and it rsquo s incidence is on the rise. Although the fine needle aspiration biopsy FNAB has a good sensitivity in the diagnosis of thyroid nodules, as much as 10 40 still gives inconclusive results in malignant determination. This is often detrimental to patients having to undergo re surgery if there is a malignancy in the histopathologic outcome.Aim To establish the proportion and diagnostic value of BRAF, NRAS, and TERT promoter mutation detection on FNAB specimens to improve the accuracy of thyroid cancer diagnosis.Methods The retrospective study by involving 50 patients with thyroid nodules surgery. Specimens were taken during the FNAB or postoperative process. Detection of BRAF, NRAS, and TERT promoter mutation using DNA sequencing method Sanger . The mutation results will be compared with the histopathologic gold standard examination.Resuts Of the 50 cases involved in the analysis, there were 39 cases 78 of thyroid malignancies. The proportion of BRAF, NRAS, and pTERT mutations was 31 , 18 , and 13 , respectively. BRAF mutation diagnostic test results in sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value were 31 , 100 , 100 , 29 respectively. For NRAS mutation were 18 , 100 . 100 , 26 . As for pTERT mutation were 13 , 100 , 100 , 24 . If the three mutations are combined, then the value will increase to 45 , 100 , 100 , 35 .Conclusion Detection mutations of BRAF, NRAS and TERT promoters in thyroid cancer have a high specificity. If all three are combined it will increase the sensitivity to improve the accuracy of the diagnosis in thyroid malignancy."

"Identifikasi jenis kelamin secara cepat, sensitif dan noninvasif penting dilakukan untuk mengetahui rasio jenis kelamin harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae) sebagai upaya konservasi dari spesies yang terancam punah tersebut. Identifikasi jensi kelamin harimau sumatra pada penelitian ini dilakukan pada empat jenis sampel dengan total 55 sampel noninvasif dengan menargetkan marka gen amelogenin (AMEL) menggunakan primer AMEL-F/R dan gen sex-determining region Y (SRY) menggunakan primer (SRY-PTF/R). Penelitian bertujuan untuk menguji dan mengaplikasikan high resolution melting (HRM) realtime PCR untuk identifikasi jenis kelamin harimau sumatra, serta membandingkan metode tersebut dengan metode PCR konvensional dan elektroforesis. Berdasarkan hasil penelitian, 42 sampel dapat teridentifkasi melalui metode high resolution melting (HRM) realtime PCR dengan total tingkat keberhasilan identifikasi sebesar 76%. Tidak ada perbedaan yang signifikan dari hasil identifikasi kedua metode pada sampel feses (P = 0,09), tulang dan kuku basah forensik (P = 0,6), rambut dan kulit BKSDA Aceh dan rambut BKSDA Bengkulu (P = 0,4), serta kulit dan rambut museum (P = 0,05), namun dengan persentase keberhasilan high resolution melting (HRM) realtime PCR yang lebih tinggi dari PCR konvensional, menjadikan metode high resolution melting (HRM) realtime PCR metode yang lebih efektif dan efisien untuk mengidentifikasi jenis kelamin harimau sumatra dari sampel noninvasif.

---

Rapid, sensitive and noninvasive sex identification is important to determine the sex ratio of the Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae) as a conservation effort of this endangered species. The current study was carried out on 4 types of samples with a total of 55 noninvasive samples targeting the amelogenin (AMEL) gene marker using AMEL-F/R primers and sex-determining region Y (SRY) gene using (SRY-PTF/R) primers. The aim of this study is to test and apply high resolution melting (HRM) realtime PCR for sex identification of Sumatran tigers, as well as to compare the method with conventional PCR and electrophoresis methods. Based on the study result, 42 samples could be identified through high resolution melting (HRM) realtime PCR method with a total identification success rate 76%. There is no significant difference from the results of the identification by both methods on faecal samples (P = 0,09), forensic bones and wet nails (P = 0,6) and Aceh BKSDA skin and hair and Bengkulu BKSDA hair (P = 0,4), as well as museum skin and hair (P = 0,05), but a higher success percentage of high resolution melting (HRM) realtime PCR than conventional PCR, making the HRM realtime PCR a more effective and efficient method to identify Sumatran tiger sex from noninvasive samples."

"

Gen mismatch repair (MMR) merupakan gen yang berperan dalam mekanisme DNA repair. Gen MMR dapat memperbaiki kesalahan pasangan basa, perubahan nukleotida dan kesalahan dalam unit pengulangan pasangan basa (microsatellites) selama proses replikasi DNA. Mutasi pada MMR yang umum terjadi pada gen MLH1 dan MSH2 memiliki asosiasi dengan terjadinya Lynch Syndrome pada pasien kanker kolon. Lynch Syndrome (LS) atau Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) merupakan sindrom kanker kolon herediter yang paling umum diwariskan. LS dapat ditandai dengan mutasi gen MLH1 dan MSH2 berupa delesi dan duplikasi large genomic. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) merupakan teknik kuantifikasi berbasis PCR yang dapat digunakan untuk mendeteksi perubahan copy number variant pada large genomic. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada kanker kolon dengan teknik Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA). Sebanyak 25 sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon yang dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais dikoleksi dari tahun 2018-2019. Mutasi gen MLH1 dan MSH diidentifikasi pada sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon dengan teknik MLPA menggunakan Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). Penelitian ini berhasil melakukan optimalisasi penggunaan teknik MLPA dengan terpenuhinya kualitas fragmen kontrol MLPA, kualitas fragment analysis, dan comparative analysis pada perangkat lunak Coffalayser.Net. Hasil screening pada 25 sampel menunjukkan tidak ditemukan adanya pola mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada sampel yang mengindikasikan tidak terjadinya Lynch Syndrome dan kanker kolon yang terjadi bersifat sporadis.

---

Mismatch repair genes (MMR) plays a role in the mechanism of DNA repair. The MMR genes correct base pair errors, nucleotide changes, and errors in base pair repeating units (microsatellites) during DNA replication. Mutations in MMR are common in MLH1 and MSH2 genes that have an association with the occurrence of Lynch Syndrome in colon cancer. Lynch Syndrome or Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) is the most common inherited hereditary colon cancer syndrome. LS is characterized by MLH1 and MSH2 gene mutations in the form of large genomic deletions and duplication. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) is a PCRbased quantification technique that can detect changes in copy number variants in large genomics. The aim of the study was to identify MLH1 and MSH2 gene mutations in colon cancer with Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) technique. Twenty-five blood samples of patients diagnosed with colon cancer were collected in Dharmais Cancer Hospital collected in 2018-2019, retrospectively. Mutations in MLH1 and MSH2 genes were identified in blood samples of patients diagnosed with colon cancer by the MLPA technique using Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). This study succeeded in optimizing the use of MLPA technique by fulfilling the fragments quality control of MLPA, the quality of fragment analysis, and comparative analysis in Coffalayser.Net software. The results of 25 samples screening showed no pattern of MLH1 and MSH2 gene mutations in the sample. This data indicated that there was no Lynch Syndrome and the colon cancer was sporadic.

"

"Kanker payudara masih menjadi jenis kanker yang paling umum terjadi di dunia. Kanker payudara merupakan penyakit kompleks yang disebabkan oleh berbagai faktor. Pemeriksaan histopatologi dapat memberikan informasi penting mengenai fenotipe, yaitu karakteristik fisik atau morfologi dari jaringan yang diperiksa. Pemeriksaan genotipe juga dapat dilakukan untuk mengidentifikasi varian gen pada mutasi gen tertentu, yang dapat memberikan informasi tentang faktor risiko genetik seseorang terhadap penyakit tertentu dan respons terhadap terapi target yang ditujukan pada mutasi gen tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi mutasi gen penetrasi non-BRCA dan hubungan antara genotipe-fenotipe pada pasien kanker payudara. Pada penelitian ini, pemeriksaan genotipe dilakukan menggunakan metode targeted sequencing. Pada penelitian ini ditemukan sebanyak 18 gen kerentanan dengan varian pathogenic dan likely-pathogenic (P/LP). Kelompok varian gen dibandingkan dengan fenotipe pasien yaitu diantaranya adalah usia, riwayat kanker payudara pada keluarga, status metastasis, subtipe molekuler, dan grade. Kesimpulannya, ditemukan mutasi gen penetrasi non-BRCA diantaranya SMAD4 H427Lfs*9, ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, dan MET K842Sfs*7, mutasi gen penetrasi SMAD4 H427Lfs*9 berhubungan dengan subtipe molekuler luminal B, mutasi gen penetrasi ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, dan MET K842Sfs*7 berhubungan dengan subtipe molekuler TNBC. Pada penelitian ini juga dilakukan homology modelling protein PTEN mutan terhadap protein PTEN wild type dan kaitannya dengan respons terapi target GSK2636771 dan AZD8186.

---

Breast cancer is still the most common type of cancer in the world. Breast cancer is a complex disease caused by various factors. Histopathological examination can provide important information regarding the phenotype, namely the physical or morphological characteristics of the tissue being examined. Genotyping tests can also be performed to identify gene variants in certain gene mutations, which can provide information about a person's risk of genetic factors for certain diseases and response to targeted therapy aimed at certain gene mutations. This study aims to identify non-BRCA penetrance gene mutations and the relationship between genotypes in breast cancer patients. In this study, genotype examination was carried out using the targeted sequencing method. In this study, 18 susceptibility genes with pathogenic and likely-pathogenic (P/LP) variants were found. Gene variant groups were compared with the patient's phenotype, including age, family history of breast cancer, metastatic status, molecular subtype, and grade. In conclusion, non-BRCA penetrance gene mutations were found, including SMAD4 H427Lfs*9, ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, and MET K842Sfs*7. SMAD4 H427Lfs*9 penetrance gene mutation is associated with luminal molecular subtype B, ATM H1951Pfs penetrance gene mutation *39, PTEN Q219Rfs*2, and MET K842Sfs*7 are associated with TNBC molecular subtypes. In this study, homology modeling was also performed on wild type PTEN protein with mutant PTEN protein and its relation to the response to targeted therapy of GSK2636771 and AZD8186."

"Kanker kolorektal merupakan salah satu kanker yang paling umum terjadi di Indonesia. Mutasi gen KRAS banyak terjadi pada kanker kolorektal dan diduga berkaitan dengan berkembangnya kanker tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis mutasi gen KRAS pada ekson 2 kodon 12 dan 13 pada spesimen jaringan kanker kolorektal menggunakan metode Sanger sequencing. Sampel jaringan segar dari 50 pasien di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang sudah terkonfirmasi kanker kolorektal oleh dokter patologi anatomi dikumpulkan di Laboratorium Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel dikoleksi dari tahun 2018-2020. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi titik pada ekson 2 kodon 12 (9) dan kodon 13 (4). Mutasi pada kodon 12 ditemukan 2 jenis yaitu GGT>GAT dan GGT>GCT. Mutasi pada kodon 13 ditemukan 2 jenis yaitu GGC>GAC dan GGC>GCC. Berdasarkan hasil yang didapatkan, dapat disimpulkan bahwa terdapat 4 jenis mutasi yang ditemukan pada penelitian ini

---

Colorectal cancer is one of the most occurred cancers in Indonesia. KRAS gene mutation often occurred in colorectal cancer and has been presumed to be related to development of this cancer. The aim of this study is to discover the mutation types of the KRAS gene exon 2 codon 12 and 13 in colorectal cancer tissue specimens in Dharmais Cancer Hospital. The fresh tissue from fifty patients in Dharmais Cancer Hospital confirmed colorectal cancer by pathology anatomy doctor were collected in Biobank Laboratory Dharmais Cancer Hospital. KRAS gene mutations were analyzed from fresh tissue using the Sanger Sequencing method. The result shows that 13 samples detected positive on KRAS gene mutation on exon 2 codon 12 (9) and codon 13 (4). Two types of KRAS gene mutation detected in codon 12 are GGT>GAT and GGT>GCT. Two types of KRAS gene mutation also detected in codon 13 are GGC>GAC and GGC>GCC. The conclusion of this study is four types of mutation has been discovered in this study."

"Kanker paru memiliki mortalitas tinggi dan sering terdiagnosis pada stage lanjut. Kelainan morfologis sel trakeobronkial dan biomolekuler mendahului proses karsinogenesis. Bronkoskopi gelombang cahaya spektrum sempit (GCSS) dikembangkan untuk meningkatkan akurasi diagnostik. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui akurasi diagnostik bronkoskopi GCSS dalam mendeteksi kelainan morfologis sel trakeobronkial dan hubungannya dengan mutasi gen p53.Studi ini merupakan studi diagnostik eksperimental yang dilakukan pada subjek kanker paru yang menjalani prosedur bronkoskopi di RS Persahabatan periode Januari-November 2023. Prosedur bronkoskopi GCSS dan biopsi forseps bronkus dilakukan di lesi non-tumor, dilanjutkan dengan pemeriksaan histopatologi hematoksilin dan eosin (HE), serta pemeriksaan Polymerase Chain Reaction (PCR) sekuensing sanger mutasi p53 pada titik R175L, R248W, dan R273C. Analisis kesesuaian juga dilakukan.Sebanyak 105 subjek diikutsertakan dalam analisis penelitian, dengan dominasi laki-laki, perokok, jenis kanker adenokarsinoma dan stage lanjut. Kelainan morfologis sel trakeobronkial ditemukan pada 34 subjek (32,4%) berupa metaplasi, sel atipik dan sel tumor. Mutasi p53 wild type pada titik R175L, R248W, dan R273C ditemukan pada seluruh jaringan biopsi. Satu jaringan metaplasi dengan mutasi p53 Kodon 267 heterozigot CT dan satu jaringan hiperplasi dengan mutasi p53 Kodon 180 heterozigot GC. Pola vaskular berliku didapatkan sebagai kriteria diagnostik paling baik dibandingkan dengan pola vaskular lainnya dengan area under the curve (AUC) 78,4%; sensitivitas 79,41%; spesifisitas 77,46%; nilai prediktif positif 62,8% dan nilai prediktif negatif 88,7%. Kesesuaian antar pengamat dalam menilai pola vaskular GCSS cukup baik dengan nilai kappa 0,88 (standar eror 0,06; nilai p <0,01). Mukosa edematosa berhubungan dengan pola vaskular berliku pada bronkoskopi GCSS dengan OR 3,6 (IK95% 1,53-8,46; nilai p <0,01). Subjek dengan pola vaskular berliku [OR 21,89 (IK95% 6,50-73,71; nilai p<0,01)] dan subjek dengan IB ³ 600 [OR 5,39 (IK95% 1,62-17,71; nilai p 0,01)] berhubungan dengan kelainan morfologis sel trakeobronkial.

---

Lung cancer has high mortality and is often diagnosed at an advanced stage. Additionally, morphological abnormalities of tracheobronchial cells precede the carcinogenesis process and are based on molecular abnormalities. Moreover, Narrow-Band Imaging Bronchoscopy (NBI) has been developed to improve diagnostic accuracy. The objective of this study is to determine the diagnostic accuracy of NBI bronchoscopy in detecting morphological abnormalities of tracheobronchial cells and their relationship with p53 gene mutations.

This study is an experimental diagnostic study conducted on lung cancer subjects undergoing bronchoscopy procedures at RS Persahabatan from January to November 2023. NBI bronchoscopy procedures and bronchial forceps biopsies were performed on non-tumor lesions, followed by haematoxylin and eosin (HE) histopathological examination, as well as Polymerase Chain Reaction (PCR) Sanger sequencing for p53 mutations at the R175L, R248W, and R273C points. Reliability analysis was also performed.

A total of 105 subjects were included in the study analysis, predominantly male, smokers, with adenocarcinoma type cancer and advanced stage. Tracheobronchial cell morphological abnormalities were found in 34 subjects (32.4%), in the form of metaplasia, atypical cells, and tumor cells. Wild type p53 mutations at the R175L, R248W, and R273C points were found in all biopsy tissues. One metaplastic tissue had a p53 Codon 267 CT heterozygous mutation and one hyperplastic tissue had a p53 Codon 180 GC heterozygous mutation. The tortuous vascular pattern was identified as the best diagnostic criteria compared to other patterns with an area under the curve (AUC) of 78.4%; sensitivity 79.41%; specificity 77.46%; positive predictive value 62.8% and negative predictive value 88.7%. Inter-observer agreement in assessing vascular patterns was good with a kappa value of 0.88 (standard error 0.06; p-value <0.01). Edematous mucosa was associated with a tortuous vascular pattern on NBI bronchoscopy with an OR of 3.6 (95% CI 1.53-8.46; p-value <0.01). Subjects with a tortuous vascular pattern (OR of 21.89; 95% CI 6.50-73.71; p-value <0.01) and subjects with IB ≥ 600 (OR of 5.39; 95% CI 1.62-17.71; p-value 0.01) were associated with tracheobronchial cell morphological abnormalities."