Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Demam berdarah Ebola adalah penyakit viral yang berasal dari genus Ebolavirus dan sangat mematikan jika masuk ke dalam tubuh primata termasuk manusia. Sampai sekarang, belum ada obat atau vaksin yang terbukti efektif melawan Ebolavirus. Salah satu spesies dari filovirus adalah Sudan Ebolavirus (SEBOV). Penyakit ini memiliki kemungkinan mematikan antara 50-70%. Dalam siklus hidupnya Ebola memilki berbagai komponen yang penting untuk keberlangsungan virus ini, salah satunya glikoprotein. Glikoprotein dalam Ebola memiliki inti dalam struktur GP1-GP2 yang berfungsi dalam replikasi Ebola. Molekul yang dapat menginhibisi glikoprotein ini menjanjikan suatu peluang untuk dijadikan obat terapi bagi para penderita Ebola. Senyawa flavonoid memiliki potensi menjadi obat karena sifat antiviralnya. Dalam penelitian ini, metoda digunakan untuk memahami potensi antiviral senyawa flavonoid dengan menginhibisi GP SEBOV melalui penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul dengan MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09. Lebih lanjut, bioavaibilitas oral dan prediksi toksisitas juga dilakukan untuk mendapatkan senyawa flavonoid terbaik. Hasilnya didapatkan SIanidin-3-(p-kuomaro) dengan afinitas ikatan terbaik kepada GP SEBOV dan sifat toksisitas yang baik.

---

Ebola Hemorrhagic Fever is a viral disease from the Ebolavirus genus and deadly to primates, including humans. Until now, no vaccine nor medicine could combat Ebolavirus effectively. One of the species from ebolavirus genus is Sudan Ebolavirus (SEBOV). SEBOV has a case fatality between 50-70%. In Ebola life cycle, Ebola has a different type of component which is very essential, one of them is glycoprotein (GP). GP has a GP1-GP2 core structure, which is crucial for mediate Ebolavirus and the host cell. Thus, any molecule that could inhibit glycoprotein has a potential to become an ideal therapeutics of Ebola hemorrhagic fever. Flavonoid compounds have potential because of their antiviral property. In this research, in silico method was conducted to understand the antiviral potential of flavonoid compound by inhibiting the SEBOV GP through molecular docking and molecular dynamics simulation using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Moreover, the oral bioavailability and toxicity prediction of the flavonoid compounds were also performed to get the best flavonoid compounds. In the end, we found that Cyanidin-3-(p-cuomaro) with the best binding affinity to SEBOV GP and have low toxicity properties."

"Virus ebola salah satu virus yang dapat menyebabkan penyakit bersifat letal (mematikan) dan menyebabkan perdarahan (hemorrhagic). Penularannya dapat terjadi dari manusia ke manusia, hewan (nonhuman-primata) ke manusia. Angka kematian yang disebabkan oleh virus ebola dapat mencapai ribuan jiwa dengan spesies yang sangat berbahaya adalah Zaire ebolavirus dari lima spesies yang ada. Hingga saat ini baik antiviral maupun vaksin yang efektif bagi manusia belum ditemukan. Dalam penelitian ini toremifen sebagai senyawa modulator estrogen reseptor (MER) dipilih sebagai sumber database ligan. Database ligan menggunakan metode flexophor yang memperhitungkan titik farmakofor. Metode ini menghasilkan 16001 derivat toremifen, kemudian discreening menggunakan paramater RO5 untuk mendapatkan senyawa- senyawa yang bersifat druglikeness. Sebanyak 9876 senyawa derivat toremifen diperoleh dari proses screening. Hasil screening kemudian digenerate dengan metode farmakofor untuk mendapatkan hits ligan. Sejumlah 580 hits ligan diperoleh pada proses penentuan titik farmakofor. Kemudian simulasi docking dilakukan sebanyak tiga kali pada hits ligan. Simulasi docking diawali dengan rigid docking, dilanjutkan dengan rigid docking dengan retain yang berbeda. Tujuan pengulangan rigid docking ini adalah untuk memvalidasi hasil docking awal. Simulasi docking terakhir yang dilakukan adalah flexible docking. Sebanyak 576 ligan diperoleh dari tiga tahapan simulasi docking. Sebanyak 576 ligan ini diseleksi berdasarkan nilai ΔG binding , nilai RMSD lebih kecil dari 2. Dari 576 ligan tersebut dipilih 63 ligan dengan nilai RMSD lebih kecil dari 2, kemudian dipilih kembali tiga ligan sebagai kandidat potensial senyawa obat yaitu L579, L533 dan L194. Kandidat potensial senyawa obat ini dipilih berdasarkan ligan interaksi dan hasil farmakologi. Untuk pemilihan senyawa terbaik sebagai antiviral potensial dilakukan simulasi dinamik untuk melihat kestabilan senyawa tersebut. Berdasarkan nilai ΔG binding , RMSD, ligan interaksi, hasil farmakologi, dan simulasi dinamik disimpulkan bahwa ligan dengan kode L533 adalah ligan terbaik sebagai senyawa potensial antiviral ebola dengan nilai ΔG binding -10,4460 kcal/mol, RMSD 0.4697 Å. Hasil farmakologi juga menunjukkan bahwa L533 memiliki karakteristik yang baik sebagai antiviral.

---

Ebola virus is one of the virus that causes lethal disease and bleeding (hemorrhagic). Transmission can occur from human to human, animal (nonhuman primate) to humans. The number of deaths caused by viral ebola can reach thousands of lives with most dangerous species is Zaire ebolavirus from five existing species. Until now neither antiviral nor an effective vaccine for humans have been found. In this study toremifene as modulator estrogen receptor compound (MER) was selected as the source of ligand database. The ligand database uses the flexophore method that takes into account the pharmacophore point. This method produces 16001 toremifene derivatives, then screened using RO5 parameters to obtain druglikeness compounds. A total of 9876 toremifene derivative compounds were obtained from the screening process. The screening results are then generated by the pharmacophore method to obtain ligand hits. A total of 580 ligand hits were obtained at the farmakofore point determination process. Ligand hits are then simulated docking three times. The docking simulation begins with rigid docking. Rigid docking was applied twice with different retain. The purpose of this rigid docking repetition is to validate the initial docking results. The last docking simulation is flexible docking. A total of 576 ligands were obtained from three stages of docking simulation. As many as 576 ligands were selected based on ΔG binding , RMSD less than 2. From 576 ligands were selected 63 ligands with RMSD less than 2. For further step, three selected ligands were choosen. Three selected ligands as candidate of drug compound are L579, L533 and L194. These candidates were selected based on interaction ligand and pharmacological analysis. Dynamics simulation was done to see the stability of the compound for the selection of the best potential antiviral. The selection based on ΔG binding, RMSD, ligand interaction, pharmacology analysis and dynamics simulation. Finally, it was concluded that L533 was the best ligand as a potential antiviral with ΔG binding -10.4460 kcal/ mol, RMSD 0.4697 A. The pharmacological analysis also show that L533 has good characteristics as an antiviral."

"Penyakit tuberkulosis (TB) merupakan penyakit mudah menular yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium Tuberkulosis (MTB) yang merupakan patogen paru-paru yang juga dapat menyebar ke seluruh bagian tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa obat TB yang akan menyerang protein Topoisomerase I pada mtb, menggunakan inhibitor senyawa peptida siklis. Protein Topoisomerase I dijadikan sebagai target obat dalam penelitian ini, karena fungsinya yang penting dalam mengurangi masalah topologi DNA pada mtb. Struktur 3D Topoisomerase I mtb diunduh dari Protein Data Bank (PDB). Senyawa peptida siklis dan standar yang digunakan pada penelitian ini diperoleh dari data base PubChem. Proses simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE). Proses simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan protokol rigid dan fleksibel. Proses ini menghasilkan 21 ligan peptida siklis terbaik yang memiliki energi ikat bebas negatif. Dari hasil penelitian, didapatkan ligan Cochinmicin I sebagai kandidat obat terbaik, karena memiliki sifat ADME, toksisitas dan sifat kimia obat yang paling baik.

---

Tuberculosis (TB) is a contagious disease caused by the bacteria Mycobacterium Tuberculosis (MTB), which is a lung pathogen that can also spread to all parts of the body. This study aims to obtain TB drug compounds that will attack the Topoisomerase I protein on MTB, using a cyclic peptide compound inhibitor. Topoisomerase I protein was used as a drug target in this study, because of its important function in reducing DNA topological problems in MTB. The 3D Topoisomerase I MTB structure was downloaded from the Protein Data Bank (PDB). The cyclic peptide compounds and standards used in this study were obtained from the PubChem database. The molecular docking simulation process is carried out using Molecular Operating Environment (MOE) software. The molecular docking simulation process is carried out using a rigid and flexible protocol. This process produces the best 21 cyclic peptide ligands which have negative free binding energy. From the research results, it was found that the Cochinmicin I ligand was the best drug candidate because it had the best ADME properties, toxicity and chemical properties of the drug."

"Virus Ebola adalah salah satu penyakit paling mematikan di dunia, dengan hampir 29.000 kasus melaporkan dan membunuh 11.000 dari mereka, tetapi tidak ada perawatan atau vaksin yang dapat melawan penyakit ini secara efektif. Penyakit ini disebabkan oleh virus ebola (EBOV), anggota utama dari keluarga Filoviridae. Siklus hidup virus ini telah dioperasikan oleh beberapa mayor protein, salah satunya adalah protein HSP70, yang telah dikenal penting peran dalam transkripsi dan replikasi EBOV. Karena itu, targetkan protein HSP70 dapat menjadi solusi untuk mengobati penyakit patogen ini. Dalam penelitian ini, skrining virtual Produk alami Indonesia dilakukan sebagai inhibitor HSP70 EBOV. Molekuler simulasi docking dilakukan untuk menguji interaksi dan afinitas ligan obligasi dengan protein HSP70 EBOV; simulasi ini dilakukan dengan menggunakan MOE 2014.09 perangkat lunak. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa penghambatan HSP70 berkurang secara signifikan Replikasi EBOV dengan menggunakan ligan senyawa bahan alami Indonesia. Itu nilai bioavailabilitas diperoleh sebesar 0,56. Ini menunjukkan bahwa obat tersebut dapat digunakan secara oral.

---

The Ebola virus is one of the deadliest diseases in the world, with nearly 29,000 cases reporting and killing 11,000 of them, but there is no treatment or vaccine that can fight this disease effectively. This disease is caused by the Ebola virus (EBOV), a major member of the Filoviridae family. The life cycle of this virus has been operated by several major proteins, one of which is the HSP70 protein, which has been recognized for an important role in the transcription and replication of EBOV. Therefore, targeting the HSP70 protein can be a solution to treat this pathogenic disease. In this study, virtual screening of Indonesian natural products was carried out as an EBP HSP70 inhibitor. Molecular docking simulation was carried out to test the interaction and affinity of bond ligands with the EBP HSP70 protein; This simulation was carried out using MOE 2014.09 software. The results obtained showed that HSP70 inhibition was significantly reduced by EBOV replication using ligands of Indonesian natural compounds. The bioavailability value was obtained at 0.56. This shows that the drug can be used orally."

"Virus Ebola (EBOV) adalah salah satu virus paling mematikan di dunia yang memiliki virus wabah pada tahun 2014 di Afrika Barat. Ada lima jenis virus Ebola, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Pantai Gading (CEBOV), dan Bundibugyo (BEBOV). Virus ini sudah terbunuh sekitar 11.310 hidup dari 28.616 kasus, dan sampai sekarang tidak ada antivirus untuk EBOV. Salah satunya protein potensial yang bisa dihambat adalah Nucleoprotein (NP). EBOV NP ini memiliki fungsi sebagai replikasi virus dan perancah untuk protein virus tambahan. Dengan menghambat virus ini, itu dapat memotong replikasi RNA dan mengakhiri siklus hidup virus EBOV. Dari sebelumnya penelitian, Fu et al, menyatakan bahwa EBOV NP dapat disisipkan dengan asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A. Dalam penelitian ini, kami menggunakan modifikasi asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A menggunakan metode farmakofor untuk menghambat EBOV NP dan membandingkan yang terbaik ADMET mencetak skor untuk mendapatkan ligan baru sebagai penghambat nukleoprotein. Penelitian ini menggunakan MOE (Lingkungan Operasi Molekuler) 2014.09 dan DataWarrior v4.7.3. Ini dimodifikasi ligan ingin memiliki hasil yang lebih baik daripada ligan standar. Dalam penelitian ini, dimodifikasi senyawa 541 dari asam 18β-glycyrrhetinic dan senyawa termodifikasi 207 dari licochalcone A dipilih sebagai antivirus EBOV.

---

The Ebola Virus (EBOV) is one of the deadliest viruses in the world that had an outbreak virus in 2014 in West Africa. There are five types of Ebola viruses, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Ivory Coast (CEBOV), and Bundibugyo (BEBOV). This virus has been killed around 11,310 lives out of 28,616 cases, and until now there is no antivirus for EBOV. One of the potential proteins that can be inhibited is Nucleoprotein (NP). This EBOV NP has a function as a viral replication and scaffold for additional viral proteins. By inhibiting this virus, that can cut RNA replication and end the life cycle of the EBOV virus. From previous studies, Fu et al. Stated that EBOV NP can be inserted with 18β-glycyrrhetinic acid andlicochalcone A. In this study, we used a modification of 18β-glycyrrhetinic acid and licochalcone A used a pharmacophore method to inhibit EBOV NP and compared the best ADMET score to get a new ligand as a nucleoprotein inhibitor. This research uses MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09 and DataWarrior v4.7.3. This modified ligand wants to have better results than standard ligands. In this study, it was modified compound 541 from 18β-glycyrrhetinic acid and 207 modified compound from licochalcone A selected as an EBOV antivirus."

"Penyakit Demam Berdarah banyak ditemukan di daerah dengan iklim tropis dan subtropis dimana penyakit ini disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang ditransmisikan kepada manusia melalui nyamuk. DENV terdiri dari 3 (tiga) protein struktural (capsid (C), premembrane (prM) dan envelope (E)) dan 7 (tujuh) protein non-struktural (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B dan NS5). Protein NS3 Protease-Helikase pada DENV berperan penting dalam pengolahan poliprotein dan replikasi virus sehingga berpotensi sebagai target dalam proses inhibisi. Dalam penelitian ini, digunakan metode Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) untuk penemuan inhibitor DENV NS3 Protease-Helikase yang merupakan senyawa Biogenic yang diperoleh dari database ZINC15. Metode fragment growing untuk modifikasi dilakukan dengan menggunakan Osiris DataWarrior. Simulasi Penambatan Molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Simulator (MOE) pada struktur 3D protein yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB). Melalui simulasi yang dilakukan, diperoleh lima ligan terbaik yang dipilih berdasarkan nilai RMSD, , pKi serta kestabilan interaksi yang terbentuk dengan protein. Uji karakterisitik ADME (Adsorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi), toksisitas dan medicinial chemistry dilakukan pada kandidat obat menggunakan SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior serta Toxtree. Hasil uji berdasarkan beberapa parameter menunjukkan compound 175 dan compound 72 hasil fragment growing memiliki karakteristik farmakologi yang baik dan sesuai standar pengembangan kandidat obat.

---

Dengue fever commonly found in areas with tropical and subtropical climates where it cause by the dengue virus (DENV) which transmitted to humans through mosquitoes. DENV consists of 3 (three) structural proteins (capsid (C), premembrane (prM) and envelope (E)) and 7 (seven) non-structural proteins (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5). Since NS3 Protease-Helicase protein of DENV plays an important role in polyproteins development and viral replication, it is considered as the target of inhibition process. In this study, Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) method was used for the discovery of DENV NS3 Protease-Helicase inhibitor where Biogenic compound obtained from ZINC15 database. Fragment growing method for modification was perfomed by using Osiris DataWarrior. Molecular docking process use Molecular Operating Simulator (MOE) on a 3D protein structure which obtained from Protein Data Bank (PDB). Through the simulations, five best ligand were screened based on RMSD, , pKi value and protein-ligan interaction stability. ADME characteristic tests (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion), toxicity and medicinal chemistry were carried out on drug candidates using SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior and Toxtree. The test results based on several parameters showed that compound 175 and compound 72 have good pharmacological characteristics in accordance with drugs development standards."

"Hipertensi merupakan kondisi patologis ketika tekanan darah terlalu tinggi yang di atas normal. Diperkirakan 13 miliar orang menderita hipertensi dan penyakit ini menjadi salah satu penyebab utama kematian dini di seluruh dunia. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) memiliki peran penting dalam pengaturan tekanan darah arteri. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) merupakan salah satu lini pertama untuk pengobatan hipertensi. Obat ini dapat menginhibisi ACE yang memecah angiotensin I untuk membentuk vasokonstriktor poten angiotensin II. Penelitian dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina yang terdapat dalam PyRx untuk mencari kandidat ACEI yang berasal dari senyawa bahan alam flavonoid. Flavonoid telah diketahui bertindak sebagai komponen dalam diet yang efektif dalam menghambat ACE. Flavonoid, terutama glikosidanya, merupakan fitokimia yang paling vital dalam diet dan sangat menarik karena diketahui bioaktivitasnya yang beragam. Struktur kristalografi target makromolekul diperoleh dari pangkalan data PDB (PDB ID: 1O86). Optimasi dilakukan dengan ukuran grid box yang divariasikan serta ion Zn2+, Cl- & 6 molekul air yang dipertahankan terhadap makromolekul. Berdasarkan hasil penapisan virtual, didapatkan 10 senyawa bioaktif peringkat teratas diantaranya yaitu epigallocatechin 3-O-gallate-7-O-glucoside-4-O-glucuronide, theaflavin 3-O-gallate, theaflavin 3,3-O-digallate, eriocitrin atau eriodictyol 7-O-rutinoside, luteolin 7-O-diglucuronide, malvidin 3-O-(6-caffeoyl-glucoside), narirutin 4-O-glucoside, quercetin 3,4-O-diglucoside, peonidin 3-O-(6-p-coumaroyl-glucoside) dan delphinidin 3-O-glucosyl-glucoside. Senyawa tersebut menunjukkan afinitas pengikatan optimum terhadap target makromolekul ACE dengan energi ikatan berada direntang -10,3 kkal/mol hingga -10,9 kkal/mol yang dibandingkan dengan standar moeksipril (-9,1 kkal/mol). Hasil menunjukkan 10 senyawa tersebut dapat menjadi ligan potensial untuk mengobati hipertensi.

---

Hypertension is defined as condition of blood pressure that abnormally too high. An estimated of 1.13 billion people worldwide has hypertension and this disease is one of the most cause of premature death worldwide. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) has an importent role in arterial blood pressure regulation. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) is one of the first line treatment for hypertension. This drug can inhibit ACE which cleaves angiotensin I to the form potent vasoconstrictor angiotensin II. This study was conducted by virtual screening method used AutoDock Vina in PyRx to search ACEI candidate from flavonoid natural compounds. Flavonoids have been known to act as components in the diet that are effective to inhibit ACE. Flavonoids, especially their glycosides, are the most vital phytochemicals in diet and are of great general interest due to their diverse bioactivity. The crystallographic structure of macromolecule target was obtained from PDB database (PDB :1O86). Optimization was performed by variying grid size and maintaning Zn2+, Cl- & 6 water molecules in the macromolecule. Based on virtual screening results, the top ten ranking bioactive compounds was obtained. They are epigallocatechin 3-O-gallate-7-O-glucoside-4-O-glucuronide, theaflavin 3-O-gallate, theaflavin 3,3-O-digallate, eriocitrin atau eriodictyol 7-O-rutinoside, luteolin 7-O-diglucuronide, malvidin 3-O-(6-caffeoyl-glucoside), narirutin 4-O-glucoside, quercetin 3,4-O-diglucoside, peonidin 3-O-(6-p-coumaroyl-glucoside) and delphinidin 3-O-glucosyl-glucoside. Those compounds showed optimum binding affinity to ACE macromolecule target with binding energy range -10,3 kcal/mol to -10,9 kcal/mol as compared to the moexipril standard (-9,1 kcal/mol). The results indicated that 10 compounds could be the potential ligands to treat hypertension."

"ABSTRAKVirus Ebola (EBOV) merupakan penyebab ebola hemorrhagic fever yang berakibat fatal bagi manusia. Protein Niemann Pick C1 (NPC1) merupakan protein pada organisme inang yang memiliki peranan yang penting dalam proses masuknya EBOV ke dalam sel organisme inangya. Protein ini berikatan dengan primed-glycoprotein (GPcI) yang merupakan protein dari EBOV yang menjadi jalur utama virus menginfeksi. Pada penelitian ini, senyawa peptida digunakan sebagai kandidat inhibitor dari protein NPC1. Sebanyak 12,863 senyawa peptida yang melalui proses virtual screening, rigid docking, dan flexible docking yang kemudian dilakukan penapisan berdasarkan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) dan ΔGbinding, serta dilakukan analisis interaksi protein-ligan dan uji sifat farmakologi. Dari hasil keseluruhan proses tersebut diperoleh tiga senyawa peptida, yaitu Alarelin, Neurokinin beta, dan Callitachykinin I, yang kemudian menjalani simulasi dinamika molekul. Selanjutnya, ketiga senyawa peptida ini dikonjugasi dengan peptida protein HIV-1 tat yang berfungsi sebagai carrier peptida sehingga ketiga ligan tersebut dapat terakumulasi di dalam endosom. Selanjutnya, untuk ketiga senyawa peptida yang telah dikonjugasi ini (C-Peptida) dilakukan proses penambatan molekul kembali. Interaksi ketiga ligan C-peptida ini menunjukkan konformasi yang hampir sama dengan interaksi peptida sebelum dikonjugasi. Dari hal ini dapat dikatakan bahwa sebelum dan setelah dikonjugasi memberi efek inhibisi yang sama. Dari berbagai proses yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa C-Callitachykinin I merupakan peptida terbaik yang dapat dijadikan kandidat obat untuk menginhibisi NPC1.

---

ABSTRACTEbola virus (EBOV) is a cause of ebola hemorrhagic fever which is generate fatal disease to human. Niemann Pick C1 (NPC1) protein is a protein in the host cell that has important function in the process of EBOV entry into the cell. This protein binds to primed-glycoprotein (GPcI) which is a protein from EBOV which is the main pathway for infecting viruses. In this study, peptide compounds were used as candidate inhibitors of NPC1 proteins. A total of 12,863 peptide compounds through the process of virtual screening, rigid docking, and flexible docking were then screened based on the value of Root Mean Square Deviation (RMSD) and ΔGbinding, and analysis of protein-ligand interactions and testing of pharmacological properties. From the results of the whole process three peptide compounds were obtained, namely Alarelin, Beta Neurokinin, and Callitachykinin I, which then underwent molecular dynamics simulations. Furthermore, these three peptide compounds are conjugated with the HIV-1 tat protein peptide which functions as a carrier peptide so that the three ligands can accumulate in the endosome. Furthermore, for the three conjugated peptide compounds (C-Peptides) the molecular tethering process is carried out again. The interaction of the three C-peptide ligands shows conformation that is almost the same as the peptide interaction before conjugation. From this it can be said that before and after conjugation had the same inhibitory effect. From various processes carried out it can be concluded that C-Callitachykinin I is the best peptide that can be used as a drug candidate to inhibit NPC1"

"Ebola adalah virus penyebab fatal hemoragik pada manusia dan primata non-manusia. Virus ebola memiliki lima spesies dan yang paling mematikan ialah virus ebola Zaire. Genom virus ebola mengkodekan tujuh protein yang penting bagi siklus hidupnya dan penelitian ini dilakukan untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire. VP24 memiliki potensi sebagai target obat karena memiliki peran penting dalam replikasi virus ebola dan penghambatan interferon sel inang. Dalam penelitian ini, senyawa terpenoid digunakan untuk menghambat VP24 Zaire secara komputasi dengan menggunakan fitur farmakofor. Terdapat 55.979 senyawa terpenoid diperoleh dari pangkalan data Pubchem kemudian ligan disaring berdasarkan sifat toksisitas melalui Osiris DataWarrior dan terdapat 3.353 ligan yang memiliki sifat toksisitas yang menguntungkan. Selanjutnya fitur farmakofor digunakan untuk menyaring ligan dan 1.375 ligan memiliki struktur yang sesuai dengan fitur farmakofor. Kemudian ligan dilakukan simulasi penambatan molekul dengan target protein dan terdapat 10 ligan terbaik berdasarkan sifat molekul dan interaksi molekuler. Selanjutnya, semua ligan dianalisa sifat farmakologisnya melalui Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, dan pkCSM. Akhirnya, terdapat tiga ligan terbaik yaitu Taxumairol V, Acrivastine, dan 3-O-acetyluncaric acid. Dalam penelitian ini, Taxumairol V adalah ligan terbaik untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire karena ligan memiliki sifat molekul, interaksi molekuler, dan sifat farmakologis yang baik sebagai kandidat obat.

---

Ebola is a pathogenic virus which causes fatal hemorrhagic fever in humans and non-human primates. Ebolavirus has five species, and there is the most pathogenic of ebolavirus namely Zaire ebolavirus. Ebola virus genome encodes seven protein which important for the ebolavirus life cycle and in this research was conducted to inhibit VP24 Zaire ebolavirus. VP24 has potential as a drug target because VP24 has an essential role in replication and interferon inhibition. In this research, 55,979 terpenoid compounds were obtained from PubChem database then the ligands were screened based on toxicity properties through Osiris DataWarrior, and there were 3,353 ligands which have beneficial toxicity properties. Afterward, the pharmacophore features were used to screen all ligands and 1,375 ligands have suitable structures according to the pharmacophore features. All ligands were docked with the protein target, and there were ten best ligands based on the molecular properties and interactions. Furthermore all ligands were investigated their pharmacological properties through Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, and pkCSM. Finally, there were three best ligands namely, Taxumairol V, Acrivastine, and 3-O-acetyluncaric acid. In this study, Taxumairol V was the best ligand to inhibit VP24 Zaire ebolavirus because the ligand has good molecular interactions, molecular and pharmacological properties."

"Kawasan tropis dan subtropis merupakan tempat yang sesuai untuk berkembangnya virus dengue. Virus ini penyebarannya kepada manusia melalui nyamuk aedes aegypti. Dari data WHO sekitar 50-100 juta kasus infeksi dengue terjadi di seluruh dunia setiap tahunnya, tetapi belum terdapat vaksin maupun antivirus yang bisa mencegah dan mengobati penyakit ini. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangat diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim α- glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Tujuan dari penelitian ini adalah memanfaatkan bahan alam flavonoid untuk menghibisi aktivitas enzimatis dari sisi aktif enzim alfa-glukosidase 1 yang berperan dalam mensintesis cap- RNA virus dengue. Metode yang digunakan pada penelitian secara in silico ini adalah metode penapisan virtual (virtual screening). Senyawa inhibitor yang digunakan adalah ligan flavonoid yang diunduh dari pangkalan data PubChem. Penelitian ini akan melakukan penambatan molekul (molecular docking) terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Selanjutnya, pada senyawa inhibitor terbaik dilakukan uji farmakologi untuk mengetahui kesesuaian karakteristik senyawa kandidat dengan karakteristik senyawa obat yang telah beredar di pasaran.

---

The tropical and subtropics area is a suitable place to develop its viral dengue, this virus is a message to mankind through the mosquito Aedes egypti, from the data WHO around 50- 100 million cases of dengue worldwide infections each year. But there is no vaccine or antivirus that can prevent and treat this disease. The antiviral development for DENV infections is often subjected to problems. This is due to DENV having more than one type of serotype. The development of an antiviral that can handle infections of all types of DENV serotypes is indispensable. This antiviral can be developed through the inhibition of host proteins involved in the DENV lifecycle. One of the host proteins that can be targeted is the enzyme α-glucosidase I. This enzyme has an important role in the proeses of maturation of envelope glycoprotein from DENV. The development of fragment-based antiviral in silico can result in renewable drug candidates with good binding affinity the purpose of this study is to utilize natural ingredients of flavonoids to hyddate the enzymatic activity of The active side of the enzyme alpha-glucosidase 1 which plays a role in synthesizes cap-RNA virus with dengue. The method used in silico in this study is a virtual screening method. The inhibitor compounds used are the Flavonod ligands downloaded from the PubChem database. This research will conduct molecular docking against inhibitors on the active side of the target proteins. Furthermore, the best inhibitor compounds will be conducted pharmacological test to be used as a candidate for drug."