Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Liposom adalah teknologi pengiriman obat untuk meningkatkan kemanjuran dan keamanan obat. Liposom adalah vesikel amphiphilic yang memiliki bagian kutub dan non-kutub. Ini memungkinkan liposom untuk membawa obat-obatan hidrofilik dan hidrofobik. Kafein adalah zat psikoaktif yang disebut xanthine alkaloid yang memiliki sifat penetrasi kulit yang buruk. Ini karena kafein memiliki sifat hidrofilik. Jadi untuk meningkatkan konsentrasi kafein di lapisan kulit yang lebih dalam, diperlukan vesikel seperti liposom. Proses pembuatan liposom konvensional membutuhkan waktu lama, rumit dan dapat menghasilkan racun dari residu pelarut organik yang digunakan. Simulasi dinamika molekul dapat mengatasi keterbatasan pembuatan liposom konvensional dengan memvisualisasikan ikatan molekul dan menganalisis sifat-sifat liposom berdasarkan interaksi antar ikatan. Molekul kafein akan dikombinasikan dengan molekul kolesterol dan fosfolipid DPPC (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine). Simulasi dinamika molekul dilakukan pada Kafein dan liposom dengan komposisi Kolesterol - DPPC (1: 1; 1: 2; 1: 4) yang dipanaskan oleh 323 K dalam kotak virtual 100 Å dan diproduksi pada 125 ns. Sistem akan diproses menggunakan kuning. Visualisasi menghasilkan ikatan antar molekul untuk membentuk koleksi padat, ikatan tidak sempurna antar molekul dalam bentuk bola berlubang. Ini karena keterbatasan komputer dan kebutuhan untuk pelarut yang cocok. Sedangkan hasil analisis yang diperoleh dari ketiga liposom di atas stabil pada 323 K dan Kolesterol-DPPC (1: 4) memiliki ikatan paling padat dan volume terkecil adalah 44,7 Å X 43,4 Å X 58,8 Å (X, Y, Z). Energi potensial dari ketiga liposom akan berkurang yang menunjukkan keseimbangan energi di semua liposom.

---

Liposomes are a drug delivery technology to improve the efficacy and safety of drugs. Liposomes are amphiphilic vesicles that have polar and non-polar sections. This allows the liposome to carry hydrophilic and hydrophobic drugs. Caffeine is a psychoactive substance called xanthine alkaloid which has poor skin penetration properties. This is because caffeine has hydrophilic properties. So to increase the concentration of caffeine in the deeper layers of the skin, vesicles such as liposomes are needed. The process of making conventional liposomes takes a long time, is complicated and can produce toxins from the residues of organic solvents used. Molecular dynamics simulations can overcome the limitations of making conventional liposomes by visualizing molecular bonds and analyzing the properties of liposomes based on interactions between bonds. Caffeine molecules will be combined with cholesterol molecules and DPPC phospholipids (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine). Molecular dynamics simulations were carried out on Caffeine and liposomes with Cholesterol-DPPC composition (1: 1; 1: 2; 1: 4) heated by 323 K in a 100 Å virtual box and produced at 125 ns. The system will be processed using yellow. Visualization produces bonds between molecules to form solid collections, imperfect bonds between molecules in the shape of a hollow ball. This is due to computer limitations and the need for suitable solvents. While the analysis results obtained from the three liposomes above are stable at 323 K and Cholesterol - DPPC (1: 4) has the densest bond and the smallest volume is 44.7 Å X 43.4 Å X 58.8 Å (X, Y, Z). The potential energy of all three liposomes will decrease which shows the energy balance in all liposomes."

"ABSTRAKHighly Pathogenic Avian Influenza H5N1 telah menarik banyak perhatian sebagaivirus yang memiliki potensi pandemik pada manusia sejak pertama kalidibuktikan sebagai penyebab kematian manusia. Neuraminidase memiliki perananyang penting dalam replikasi virus, sehingga menjadikannya sebagai target utamadalam perancangan antiviral virus influenza. Namun perkembangan mutasi virusyang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral mulai mengalamiresistensi. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena peptida memilikiaktivitas dan selektivitas yang baik. Jembatan disulfida pada perancangan liganpeptida bertujuan untuk meningkatkan kestabilan. Perancangan ligan dilakukanberdasarkan polaritas residu asam amino pada sisi aktif neuraminidase. Hasilperancangan ligan diperoleh 4200 pentapeptida siklis sebagai kandidat antiviral.Simulasi molecular docking menggunakan MOE 2008.10 dilakukan untukmenapis ligan berdasarkan nilai afinitas pada sisi aktif enzim (􀇻Gbinding). UjiADME Tox (adsorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi dan toksisitas) dilakukanuntuk mengetahui toksisitas ligan. Interaksi intra dan intermolekuler, termasukperubahan bentuk ikatan diuji melalui simulasi dinamika molekul pada temperatur310K dan 312K. Hasil simulasi molecular docking dan uji toksisitas menunjukkanbahwa ligan CLDRC, CILRC dan CIWRC 􀁐􀁈􀁐􀁌􀁏􀁌􀁎􀁌􀀃􀁑􀁌􀁏􀁄􀁌􀀃􀇻􀀪binding terendah, yaitu-40,5854 kkal/mol, -40,3614 kkal/mol dan -39,9721 kkal/mol serta tidak bersifatmutagenik dan karsinogenik. Hasil simulasi dinamika molekul menunjukkanbahwa ligan CILRC mempunyai konformasi yang cenderung stabil padatemperatur 310K dan 312K. Jadi dapat disimpulkan bahwa ligan CILRC dapatdigunakan sebagai kandidat antiviral neuraminidase virus H5N1.

---

ABSTRACTHighly Pathogenic Avian Influenza H5N1 has attracted much attention as apotential pandemic virus in humans since it was first shown to cause human death.Neuraminidase has an important role in viral replication, making it a key target inthe design of antiviral influenza virus. But very rapid mutation viral developmentscauses some antiviral drugs began to experience resistance. Selection of peptidesas drug candidates because peptides have activity and good selectivity. Disulfidebridges in the peptide ligand design aims to enhance system stabilitu. The designis based on the polarity of the ligand amino acid residues in the active site ofneuraminidase. The results obtained designing ligands cyclical pentapeptide 4200as a candidate antiviral. Molecular docking simulations performed using MOE2008.10 to filter based on the value of the affinity ligand in the active site of􀁈􀁑􀁝􀁜􀁐􀁈􀁖􀀃􀀋􀇻􀀪binding). To determine the toxicity of the ligands tested in ADMETox(adsorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity). Intra andintermolecular interactions, including changes in the form of bonds tested bymolecular dynamics simulations at temperatures of 310K and 312K. Results ofmolecular docking simulation and toxicity indicates that the ligand CLDRC,􀀦􀀬􀀯􀀵􀀦􀀃􀁄􀁑􀁇􀀃􀇻􀀪binding CIWRC have lowest value, which is -40.5854 kcal / mol, -40.3614 kcal / mol and -39.9721 kcal / mol, also non-mutagenic and carcinogenic.The results of molecular dynamics simulations have shown that ligandconformation CILRC stable at temperatures 310K and 312K. So it can beconcluded that the ligands can be used as a candidate CILRC antiviralneuraminidase H5N1 virus."

"ABSTRAKLeukemia merupakan salah satu jenis kanker dengan jumlah kematian yang cukup tinggi. Salah satu jenis dari leukemia adalah chronic myeloid leukemia CML . Penyakit ini dapat dideteksi dengan kehadiran gen BCR-ABL. Protein ini yang menyebabkan fosforilasi beberapa molekul sehingga dapat mengakibatkan CML. Oleh sebab itu, protein ini dapat dijadikan sebagai target penting dalam penemuan obat utuk leukemia, khususnya jenis CML. Metode yang digunakan pada penelitian secara in silicoini adalah metode penapisan virtual berbasis farmakofor pharmacophore-basedvirtual screening dan Protein-Ligan Interaction Fingerprint PLIF . Senyawa inhibitor yang digunakan adalah senyawa in vitroyang diunduh dari pangkalan data ZINC15. Penelitian ini akan melakukan penambatan molekul molecular docking terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Selanjutnya, senyawa inhibitor terbaik akan dilakukan uji farmakologi dan uji efek kesehatan untuk dapat dijadikan sebagai kandidat obat. Hasil dari penelitian ini didapatkan 3 ligan senyawa in vitro yang dapat dijadikan kandidat obat terbaik untuk menginhibisi gen BCR-ABL pada protein ABL1 Kinase.

---

ABSTRACTLeukemia is one type of cancer with high number of deaths. Chronic myeloid leukemia CML is one type of leukemia. BCR ABL is a gene that can be a biomarker for this disease. This protein causes the phosphorylation of some molecules that cause CML. Therefore, this protein can be an important target in the discovery of drugs for leukemia, especially CML. Pharmacophore based virtual screening and Protein Ligand Interaction Fingerprint PLIF is the method that we used in this research. We downloaded the inhibitor from ZINC15 database and then we do a molecular docking simulation to know the protein ligand interaction. In the last step, we do a pharmacological properties test and health effects get to be used as drug candidates. The results of this study obtained 3 ligand of in vitrocompounds that can be used as the best drug candidate to inhibit the BCR ABL gene in the ABL1 Kinase protein."

"NS5 Metiltransferase berperan dalam proses capping mRNA dengan cara melakukan transfer gugus metil dari kofaktor S-Adenosl-L-Metionin (SAM/AdoMet) kepada atom N7 dari basa guanin RNA dan kepada gugus 2’OH dari ribosa RNA. Melalui proses pendonoran gugus metil ini, dihasilkan senyawa S-Adenosil-L-Homosistein (SAH) yang merupakan senyawa hasil pelepasan gugus metil dari S-Adenosil-L-Metionin (SAM). Pada penelitian ini, dilakukan modifikasi struktur dari S-Adenosil-L-Homosistein (SAH) yang digunakan sebagai inhibitor pada sisi aktif SAM dan dilakukan screening menggunakan docking serta dinamika molekul untuk mengetahui stabilitas inhibisi pada temperature 310K dan 312K. Prinsip dalam modifikasi SAH ini adalah menyesuaikan kepolaran dari sisi aktif SAM melalui perubahan gugus fungsi dari senyawa SAH. Diketahui bahwa sisi aktif SAM tersusun atas asam amino dengan komposisi campuran antara polar dan nonpolar, oleh sebab itu modifikasi dilakukan dengan menggunakan gugus fungsi yang memiliki sifat kepolaran yang berbeda. Setelah dilakukan simulasi docking terhadap ligan standar dan 3460 ligan modifikasi SAH, didapatkan 3 ligan terbaik berdasarkan nilai ΔG yang lebih kecil dari ΔG ligan standar. Namun berdasarkan uji ADME Tox, ketiga ligan tersebut memiliki sifat ADME Tox yang berbeda. Hasil simulasi dinamika molekul menunjukan bahwa ketita ligan terbaik tersebut masih mampu mempertahankan interksi dengan residu sisi aktif SAM hingga akhir simulasi. Berdasarkan nilai RMSD pada 310K dan 312K menunjukan bahwa pola kurva cenderung linear yang berarti fluktuasi nilai RMSD tidak terlalu besar dan kompleks enzim dengan ligannya tidak mengalami perubahan yang signifikan, hal ini menandakan bahwa konformasi kompleks enzim dengan ligan pada simulasi dinamika molekul cukup stabil. Melalui keseluruhan tahapan yang dilakukan, disimpulakan bahwa ligan SAH-M2696 merupakan ligan modifikasi terbaik.

---

NS5 methyltransferase is an enzyme that plays a role in the process of capping the newly formed RNA. This enzyme plays a role in the process of mRNA capping by transferring methyl groups from the cofactor S-adenosl-l-methionine (SAM / AdoMet) to the N7 atom of the guanine bases of RNA and the RNA ribose group of 2'OH. Through this process a methyl donor, the resulting compound S-Adenosil-L-homocysteine (SAH), which is a compound disposal proceeds of S-methyl-L-Methionine Adenosil (SAM). In this study, modification of the structure of the S-Adenosil-L-homocysteine (SAH), which is used as an inhibitor in the active SAM and conducted screening using docking and molecular dynamics to determine the stability of inhibition at temperatures 310K and 312K. It is known that the active SAM is composed of amino acids with the composition of a mixture of polar and nonpolar, therefore modifications done using functional groups possess different polarity.

After the ligand docking simulation of standard and modified ligand SAH 3460, earned three best ligands based on ΔG values are smaller than standard ligands ΔG. However, based on ADME Tox test, the three ligands have properties different ADME Tox. The results of molecular dynamics simulations show that the best ligand ketita is still able to maintain the active site residues interksi with SAM until the end of the simulation. Based on the value of RMSD at 310K and 312K showed that the pattern of the curve tend to be linear, which means fluctuations in RMSD is not too large and complex enzyme with ligands did not change significantly, suggesting that the conformation of the enzyme complex with a ligand in molecular dynamics simulations is quite stable. Through all stages is done, concluded that SAH ligand-ligand modification M2696 is the best."

"Protein envelope merupakan salah satu protein struktural virus dengue (DENV) yang berperan dalam proses fusi virus ke dalam sel host. Proses fusi berperan penting dalam mentransfer materi genetik ke dalam sel host untuk pembentukan virus baru. Proses fusi dimediasi oleh perubahan konformasi struktur protein dimer menjadi trimer. Penelitian terdahulu menunjukkan adanya cavity pada struktur dimer protein envelope. Adanya suatu ligan yang dapat menempati cavity pada protein envelope dapat menstabilkan struktur dimer atau menghambat transisi dimer protein envelope menjadi bentuk trimer sehingga proses fusi dapat dicegah. Penelitian ini bertujuan untuk merancang peptida siklis dengan ikatan prolin-prolin yang digunakan sebagai inhibitor fusi protein envelope DENV melalui molecular docking dan simulasi molecular dynamics. Screening 3883 peptida siklis dengan ikatan prolin-prolin melalui molecular docking didapatkan lima ligan terbaik. Sifat farmakologi dan toksisitas dari ligan terbaik diprediksi secara in silico. Hasil prediksi menyatakan bahwa PYRRP merupakan ligan terbaik. Ligan PAWRP juga dipilih sebagai ligan terbaik karena memiliki afinitas yang baik dengan cavity protein. Stabilitas kompleks protein-ligan dianalisa dengan simulasi molecular dynamics. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukkan bahwa ligan PYRRP dapat membuat struktur dimer protein envelope DENV stabil pada 310 K dan 312 K. Sedangkan ligan PAWRP lebih aktif membentuk kompleks dengan protein envelope DENV pada 310 K dibandingkan pada 312 K. Oleh karena itu, ligan PYRRP memiliki potensi sebagai inhibitor fusi DENV.

---

Envelope protein is one of the structural proteins of DENV engaged in virus fusion process into the host cell. Fusion process plays an important role in transfering genetic material into the host cells to form a new virion. The fusion process is mediated by the conformation change of protein structure from dimer to trimer state. The previous research shows the existing cavity on the dimer structure of the envelope protein. The existing ligand that is able to get into cavity on the envelope protein can stabilize the dimer structure or hamper the transition of dimer protein into trimer, so that the fusion process can be prevented.

This aims of research to design the cyclic peptide by prolin-prolin bond as fusion inhibitor of DENV envelope protein through molecular docking and molecular dynamics simulation. Screening 3883 of cyclic peptide by prolin-prolin bond through molecular docking got the best five ligans as inhibitors. Pharmacological and toxicity properties of the best ligans were predicted by in silico. The result expressed that PYRRP is the best ligand. PAWRP is also chosen as the best ligan because it has a good affinity with cavity protein. Complex stability of ligan protein was analyzed by molecular dynamics simulation.

The result shows that PYRRP ligand can make the dimer structure of DENV envelope protein stable in 310 K and 312 K. While PAWRP ligand actively forms the complexity with the DENV envelope protein in 310 K compared to 312 K. Thus the PYRRP ligand has a potential as DENV fusion inhibitor."

"Riboflavin synthase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan riboflavin dengan mengkonversi dua molekul 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine secara dismutasi. Interaksi riboflavin synthase Eremothecium gossypii dipelajari dengan pendekatan secara komputasional, untuk melihat keterlibatan residu asam amino sisi aktif enzim yang berperan dalam proses produksi riboflavin. Struktur riboflavin synthase Saccharomyces pombe dengan kode PDB 1KZL digunakan sebagai template untuk memodelkan riboflafin synthase Eremothecium gossypii. Stabilitas termal enzim diperoleh dengan melakukan simulasi dinamika molekul pada 300K, 315K, 325K, 350K dan 400K. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa pembentukan riboflavin terjadi pada sisi aktif N-terminal dan residu asam amino yang berinteraksi meliputi Thr56, Gly68, Ala70, Val109, dan His108. Residu His108 pada N-terminal domain merupakan subunit enzim yang berperan sebagai tahap awal reaksi katalisis biosintesis riboflavin. Hasil simulasi dinamika molekul memperlihatkan kestabilan enzim pada 300K sampai 315K yang ditunjukkan dengan nilai RMSD (root mean square deviation) yang tidak jauh berbeda. Pada 325K dan 350 nilai RMSD makin tinggi menunjukkan ketidakstabilan enzim. Hasil RMSF (root mean square fluctuation) menunjukkan bahwa pada 315K terjadi fleksibilitas tertinggi, dengan memperlihatkan bahwa residu Ala13, Asp19, Ser21, Arg98, Gly162, dan Ala175 merupakan residu yang labil. Prediksi mutasi menyarankan beberapa substitusi residu meliputi Ala13Leu, Asp19Met, Ser21Leu, Arg98Ala, dan Ala175Glu yang mengarah pada peningkatan stabilitas enzim.

---

Riboflavin synthase is an enzyme that catalyzes the formation of riboflavin by converting two molecules of 6, 7-dimethyl-8-ribityllumazine through dismutation reaction. To study the interaction of riboflavin synthase Eremothecium gossypii, we performed a computational approach, to find out the involvement of amino acid residues in the active site of enzymes that play a role in the production of riboflavin. In this research, the structure of riboflavin synthase Saccharomyces pombe with PDB code 1KZL was used as a template.

To determine the thermal stability of the enzyme, we performed molecular dynamics simulation approach at 300K, 315K, 325K, 350K and 400K, respectively. The results showed that the formation of riboflavin occurred in the active site of N-terminal and the amino acid residues that interact include Thr56, Gly68, Ala70, Val109, and His108. His108 is residue a subunit of an enzyme that acts as an early stage of riboflavin formation on the active site of N-terminal.

The results of molecular dynamics simulations showed that stability of the enzyme at 300K to 315K which were indicated by RMSD values ​​were not much different. At 325K and 350K, the RMSD values were higher, it showed instability of the enzyme. The results of RMSF were showed that at 315K occurred highest flexibility, by showing that residues of Ala13, Asp19, Ser21, Arg98, Gly162, and Ala175 were labile residues. Prediction of mutation were suggest some replacement of residues included Ala13Leu, Asp19Met, Ser21Leu, Arg98Ala, and Ala175Glu that lead to increase the stability of the enzyme."

"Fiksasi biologis yang melibatkan mikroalga adalah proses kompleks yang masih belum sepenuhnya dipahami karena keterbatasan metode eksperimental saat ini yang hanya menyediakan analisis pada skala makroskopik. Dalam penelitian ini, kami menyelidiki mekanisme permeasi molekul CO2 melalui membran sel mikroalga menggunakan simulasi dinamika molekuler. Kami memodelkan membran sel mikroalga sebagai molekul DPPC (Dipalmitoylphosphatidylcholine), sebuah jenis fosfolipid yang dominan dalam membran sel makhluk hidup. Kami menggunakan model atom lengkap dengan gaya medan CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics). Semua simulasi, termasuk minimisasi, ekuilibrasi , dan pengumpulan data, dilakukan menggunakan paket perangkat lunak LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator). Hasil penelitian menunjukkan bahwa molekul CO2 dapat menembus membran sel mikroalga, dengan hambatan energi tinggi pada antarmuka antara wilayah lipid dan air. Koefisien difusi molekul CO2 melalui membran sel mikroalga berkisar antara 1.81 hingga 2.69 x 10-5 cm²/s, dan permeabilitasnya berkisar antara 0.17 hingga 0.22. Variasi suhu antara 300 dan 320 K tidak menunjukkan efek signifikan pada karateristik perpindahan molekul CO2.

---

Biological fixation involving microalgae is a complex process that remains poorly understood due to the limitations of current experimental methods, which only provide macroscopic analysis. In this research, we investigate the mechanism of CO2 molecule permeation through the microalgae cell membrane using molecular dynamics simulations. We model the microalgae cell membrane as DPPC (Dipalmitoylphosphatidylcholine), a dominant phospholipid in living cell membranes. We use an all-atom model with the CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics) force field. All simulations, including minimization, equilibration, and data collection, are conducted using the LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) software package. The results show that CO2 molecules can permeate through the microalgae cell membrane, encountering a high energy barrier at the interface between the lipid and water regions. The diffusion coefficient of CO2 molecules through the microalgae cell membrane ranges from 1.81 to 2.69 x 10-5 cm²/s, and the permeability ranges from 0.17 to 0.22. The temperature variation between 300 and 320 K shows no significant effect on the transport properties of CO2 molecules."

"Kanker serviks merupakan kanker nomor dua yang paling sering menyerang perempuan di dunia. Kanker serviks disebabkan oleh Human papillomavirus (HPV) onkogenik. Inhibisi aktivitas Histone deacetylase (HDAC) telah diketahui sebagai strategi potensial untuk terapi kanker. SAHA merupakan inhibitor HDAC yang telah digunakan dalam terapi kanker namun masih memiliki efek samping. Modifikasi SAHA bertujuan untuk meminimalisir efek samping. Penggunaan gugus triazol pada rantai SAHA diketahui telah meningkatkan kemampuan inhibisi pada SAHA dan kurang bersifat toksik. Pada penelitian ini akan dilakukan simulasi dinamika molekul terhadap modifikasi SAHA yang terdiri dari ligan 1c, 2a, dan 2c untuk berinteraksi dengan keenam HDAC dalam kondisi yang dipengaruhi oleh pelarut. Terhadap keenam HDAC kelas II, terlebih dahulu dilakukan docking dengan satu inhibitor SAHA dan satu inhibitor modifikasi. Kemudian hasil docking tersebut dilakukan simulasi dinamika molekul untuk mengetahui afinitas inhibitor dalam kondisi tersolvasi. Hasil dari simulasi dinamika molekul menunjukkan afinitas ligan 2c dengan HDAC 4, 6, dan 7 lebih baik dibandingkan inhibitor SAHA. Afinitas yang baik juga ditunjukkan oleh ligan 2a dan 1c pada HDAC 5 dan 9. Diharapkan dari hasil penelitian ini dapat menjadi acuan untuk mendapatkan inhibitor yang lebih baik.

---

Cervical cancer is second most common cancer in woman worldwide. Cervical cancer caused by human papillomavirus (HPV) oncogene. Inhibition of histone deacetylase (HDAC) activity has been known as a potential strategy for cancer therapy. SAHA is an HDAC inhibitor that has been used in cancer therapy but still has side effects. SAHA modification proposed to minimize side effects. Triazole attachment on the chain of SAHA has been known to enhance the inhibition ability of SAHA and less toxic.

In this study, it will be carried out with molecular dynamic simulations of SAHA modifications consisting ligand 1a, 2a and, 2c to interact with six HDAC in hydrated conditions. To all six Class II HDAC, performed docking with SAHA and a modified inhibitor. Then the docking results were carried out molecular dynamics simulations to determine the inhibitor affinities in hydrated conditions.

Results from molecular dynamic simulations showed affinities of ligand 2c with HDAC 4, 6, and 7 were better than SAHA. Good affinity was also shown by ligand 2a and 1c on HDAC 5 and 9. The results of this study can be a reference to obtain better inhibitors."

"ABSTRAKHidrogen merupakan salah satu unsur yang melimpah dimuka bumi, hidrogen ditemukan bersenyawa dengan atom lain sehingga banyak terdapat di udara (seperti H2 dan NH2) maupun air (H2O), ketersediannya di kerak bumi sebesar 15,4%. Karena ketersediannya yang melimpah dan kemampuan menghasilkan sumber energi tanpa menghasilkan polusi udara dan air, maka hidrogen diproyeksikan sebagai sumber energi masa depan. Namun pemilihan material untuk alat penyimpanan hidrogen sangat penting karena hidrogen dalam fasa gas merupakan molekul yang reaktif sehingga membutuhkan penyimpanan dengan material yang tepat. Selain dari faktor keamanan, efektivitas adsorpsi hidrogen ke permukaan material juga menjadi fokusan utama. Oleh karena itu dipilihlah Grafena oksida, Grafena oksida adalah lembaran yang terbentuk dari lapisan tunggal Grafit oksida yang mudah untuk disintetis yang memiliki sifat elektoronik dan optik yang baik. Kelebihan menggunakan material Grafena oksida adalah harganya yang lebih murah dibanding Grafena murni dan tersedia dengan jumlah yang banyak. Gas yang dapat diserap material ini antara lain H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, dan SO2. Riset yang dilakukan secara simulasi ini memungkinkan untuk menguji efektivitas adsorpsi dengan variasi temperatur dan tekanan yang lebih luas dan menggunakan biaya yang relatif lebih rendah dibandingkan dengan riset eksperimental. Maka riset yang dilakukan penulis menggunakan metode Simulasi Dinamika Molekuler. Variasi temperatur yang digunakan adalah 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295K dan tekanan memiliki variasi 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar dan 80 bar pada sistem yang dibuat konstan. Hasil yang didapat akan dibandingkan dengan literatur hasil riset secara ekperimental.

---

ABSTRACT

Hydrogen is one of the abundant elements on earth, hydrogen is found in compound with other atoms so that there are many in the air (such as H2 and NH2) and water (H2O), its availability in the earth's crust is 15.4%. Due to its abundant availability and ability to produce energy sources without producing air and water pollution, hydrogen is projected as a future energy source. But the selection of materials for hydrogen storage devices is very important because hydrogen in the gas phase is a reactive molecule that requires storage with the right material. Aside from safety factors, the effectiveness of hydrogen adsorption onto the surface of the material is also the main focus. Therefore graphene oxide was chosen, graphene oxide is a sheet formed from a single layer of graphite oxide which is easy to synthesize which has good electric and optical properties. The advantage of using graphene oxide material is that the price is cheaper than pure graphene and is available in large quantities. The gases that can be absorbed by this material include H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, and SO2. Research conducted in this simulation makes it possible to test the effectiveness of adsorption with a wider variety of temperatures and pressures and uses a relatively lower cost compared to experimental research. Then the research conducted by the author uses the Molecular Dynamics Simulation method. The temperature variations used are 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295 K, the pressure has a variation of 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar and 80 bar in a constant system. The results obtained will be compared with the research results experimentally."