Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKPelipatan protein merupakan hal penting dalam pembentukan struktur native protein dan fungsi biologisnya. Kesalahan pelipatan protein dapat menyebabkan penyakit seperti Alzheimers dan fibrosis kistik. Struktur native protein Transforming growth factor b3 (TGF-b3) berbentuk dimer yang diperoleh dari hasil pelipatan monomer identik. Struktur native TGF-b3 dapat diperoleh dari rekombinan TGF-b3 dari E.coli dengan beberapa perlakuan kimia, namun proses ini cenderung membentuk badan iklusi yang mengandung protein non-aktif. Pada umumnya, protein yang terlipat dengan benar menjadi bentuk native merupakan protein yang aktif. Oleh karena itu diperlukan simulasi dinamika molekuler untuk mengetahui mampukah monomer protein TGF-b3 melakukan selffolding. Simulasi dinamika molekuler protein menggunakan perangkat Amber dilakukan pada rantai asam amino struktur monomer protein TGF-b3 dengan identitas PDB 1TGJ. Proses simulasi dilakukan selama 9 μs menggunakan parameter gabungan Amber forcefield ff14SBonlysc, GBNeck2, dan mbondi3 dalam sistem yang tidak menghitung interaksi atom dengan air. Hasil simulasi diperoleh struktur yang berbeda dari struktur monomer kristal protein pada PDB. Rata-rata RMSD dari perbandingan kedua struktur didapatkan kurang lebih 15-16 Å dengan RMSD terendah yakni 14,0479 Å. Dari simulasidinamika molekuler yang dilakukan dengan pendekatan all atom dalam implisit solven, diperoleh struktur monomer non-native protein TGF-b3

---

ABSTRACTProtein folding has an important role in the formation of native structure and their biological functions. Incorrect folding can cause diseases such as Alzheimer's and cystic fibrosis. The structure of Transforming growth factor b3 (TGF-b3), in the form of dimers, obtained from folded monomer. Its native structure can be obtained from recombinant TGF-b3 from E. coli when given several chemical treatments, but prone to be misfolded therefore a molecular dynamics simulation is needed to determine whether self-folding of monomer TGF-b3 can be done. Molecular dynamics simulations of protein using Amber software were performed on amino acid chains of monomer TGF-b3 from PDB, the identity is 1TGJ. The simulation process is carried out for 9 μs using a combined parameter of Amber forcefield ff14SBonlysc, GBNeck2, and mbondi3 at an implicit water environment. Unfortunately, the structure obtained from the simulation was different from its monomer crystal structure. The average RMSD we got in the comparison between result structure and monomer crystal structures was approximately 15-16 Å with the lowest RMSD was 14,0479 Å. From the molecular dynamics simulation carried out with the approach of all atoms in implicit water, the non-native structure of monomer TGF-b3 protein was obtained."

"Latar Belakang: Breast Cancer Stem Cells (BCSC) merupakan populasi selkanker payudara yang mempunyai sifat sel punca. BCSC menjaga stabilitas tumordengan menginisiasi pembentukan populasi sel kanker baru serta memberikankekebalan terhadap terapi. BCSC dapat berinteraksi dengan lingkungan mikrotumor yang melepaskan berbagai sitokin dan growth factor, termasuk TGF-β1.Melalui mekanisme autoinduksi, TGF-β1 dapat meningkatkan produksi TGF-β1endogen dan pensinyalan autokrinnya. Pensinyalan autokrin TGF-β1 dapatmeningkatkan pengaruh tumor promotor TGF-β1 dalam perkembangan kankermelalui penguatan karakter kepuncaan dan sifat tumorigenik. Penelitian inibertujuan untuk enganalisis efek pemberian TGF-β1 rekombinan manusia pada selpunca kanker payudara (aldehyde dehydrogenase positive, ALDH+) terhadapekspresi marker kepuncaan melalui pensinyalan autokrin TGF-β1. Sebagaipembanding digunakan kanker payudara subtipe triple negative (TNBC).Metode: BCSCs manusia (ALDH+) dan TNBC (MDA-MB-231) dikultur dalamDulbecco's Modified Eagle Medium/Nutrient Mixture F12/HG (DMEM F12/HG)dengan suplemen 0,1 ng/ml protein rekombinan TGF-β1 manusia (rhTGF-β1)selama periode 1, 2 dan 4 jam. Medium kultur kemudian diganti dengan DMEMF12/HG tanpa serum selama 24 jam. Tingkat ekspresi mRNA reseptor TGF-β tipe1 (TβR1), TGF-β1, faktor transkripsi pengikat oktamer 4 (OCT4), dan anggota A1keluarga aldehida dehidrogenase 1 (ALDH1A1) dianalisis menggunakan real timereverse transcriptase polymerase chain reactions (RT-qPCR). Kadar protein TGF-β1 dalam media kultur ditentukan dengan menggunakan enzyme-linkedimmunosorbent assay (ELISA). Sifat tumorigenik sel diuji dengan ujimammosphere forming unit (MFU assay).Hasil: Tingkat ekspresi mRNA dan protein TGF-β1 BCSC setelah perlakuantampak meningkat namun tidak pada TNBC. mRNA TβR1 BCSCs meningkat padaperiode perlakuan 1 dan 2 jam, sedangkan pada TNBC hanya pada periode 1 jam.Penanda kepuncaan ALDH1A1 dan OCT4 tampak meningkat pada BCSC namuntidak pada TNBC. Uji MFU menunjukkan sifat tumorigenik kedua kelompok selterutama pada periode perlakuan 2 jam tampak meningkat.Kesimpulan: Perlakuan TGF-β1 dalam konsentrasi rendah dan dalam waktusingkat memicu autoinduksi pada BCSCs yang menyebabkan peningkatan ekspresigen kepuncaan melalui pensinyalan autokrin. Sedangkan pada TNBC, peningkatanekspresi marker kepuncaan tidak terjadi. Namun demikian, sifat tumorigenik BCSCdan TNBC tetap meningkat.

---

Background: Breast Cancer Stem Cells (BCSC) is a population of breast cancer

cells that have stem cell characteristics. BCSCs maintain tumor stability by

initiating the formation of new cancer cell populations and providing resistance to

therapy. BCSCs can interact with the tumor microenvironment which releasing

various cytokines and growth factors, including TGF-β1. Through the

autoinduction mechanism, TGF-β1 can increase endogenous TGF-β1 production

and autocrine signaling. TGF-β1 autocrine signaling can increase the tumor

promoter role of TGF-β1 in cancer development by enhancing the stemness and

tumorigenic properties. This study aims to analyze the effect of Human TGF-β1

recombinant protein treatment to breast cancer stem cells (aldehyde dehydrogenase

positive, ALDH+) on the expression of stemness marker through TGF-β1 autocrine

signaling. Triple negative breast cancer (TNBC) was used as a comparison.

Methods: Human BCSCs (ALDH+) and TNBC (MDA-MB-231) were cultured in

Dulbecco's Modified Eagle Medium/Nutrient Mixture F12/HG (DMEM F12/HG)

with 0.1 ng / ml recombinant protein of human TGF-β1 supplementation (rhTGF-

β1) over 1, 2 and 4 hour periods. The culture medium was then replaced with

DMEM F12/HG serum-free for 24 hours. The expression levels of the TGF-β

receptor type 1 (TβR1), TGF-β1, octamer-binding transcription factor 4 (OCT4),

and members of the A1 family of aldehyde dehydrogenase 1 (ALDH1A1) mRNA

were analyzed using real time reverse transcriptase polymerase chain reactions

(RT-qPCR). TGF-β1 protein levels in conditioned medium were determined using

an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The tumorigenic properties of

cells were tested by the mammosphere forming unit (MFU) assay.

Results: The expression level of mRNA and TGF-β1 BCSC protein after treatment

appeared to be increased but not in TNBC. mRNA TβR1 BCSCs increased in the

treatment period of 1 and 2 hours, whereas in TNBC only in the 1 hour period. The

markers of ALDH1A1 and OCT4 expression appeared to be increased in BCSC but

not in TNBC. The MFU test showed that the tumorigenic properties of both cell

groups, especially in the 2 hour treatment period, appeared to be increasing.

Conclusion: Treatment of TGF-β1 in low concentrations and in a short time

triggered autoinduction of BCSCs and leads to the increased expression of stemness

genes marker via autocrine signaling. Whereas in TNBC, this increase in the

expression of the stemness markers did not occur. However, the tumorigenic nature

of BCSC and TNBC continues to increase."

"

Latar Belakang : Penyakit insufisiensi vena kronik (PIVK) memiliki prevalensi yang cukup tinggi di seluruh dunia, yaitu sekitar 60-70%. Penyebab paling sering pada penyakit insufisiensi vena kronik adalah kelainan primer dari dinding vena dan katupnya mengakibatkan inkompetensi pada katup vena, reflux dan obstruksi vena. Transforming growth factor-𝛽1 (TGF-𝛽1) adalah  sitokin dengan polipeptida kompleks yang secara signifikan ditemukan pada semua pasien penyakit insufisiensi vena kronik. Waktu refluks yang didapat dari pemeriksaan Ultrasonografi duplex (DUS) menunjukkan derajat keparahan dari insufisiensi katup vena. Akan tetapi, Hubungan kadar TGF-𝛽1 terhadap tingkat keparahan dari penyakit insufisiensi vena kronik belum diketahui.

Tujuan : untuk mengetahui perbedaan kadar TGF-𝛽1 terhadap tingkat keparahan dari penyakit insufisiensi vena kronik pada vena superfisial tungkai bawah.

Metode : Studi menggunakan desain potong lintang pada pasien dengan vena yang sehat dan pasien dengan penyakit insufisiensi vena kronik yang dilakukan oeprasi bedah pintas arteri koroner (BPAK) di Rumah Sakit Pusat Jantung dan Pembuluh Darah Harapan Kita pada April – Mei 2024. Tingkat keparahan penyakit insufisiensi vena kronik dinilai dengan waktu refluks dari pemeriksaan ultrasonografi duplex. TGF-𝛽1 didapat dari pemeriksaan ELISA pada jaringan vena. Luaran primer adalah perbedaan kadar TGF-𝛽1 berdasarkan tingkat keparahan penyakit insufisiensi vena kronik.

Hasil : Sebanyak total 56 subjek berhasil dilakukan analisis akhir. Mayoritas subjek dengan PIVK pada penelitian ini (67,7%) tergolong ke dalam PIVK derajat berat (waktu refluks >1000 ms). Tidak terdapat perbedaan nilai median yang signifikan antara derajat keparahan PIVK dengan kadar TGF-β1 (p>0.05). Namun dapat dilihat bahwa median kadar TGF-β1 lebih meningkat pada vena dengan PIVK ringan-sedang dan berat (14,27 pg/mg dan 14,04 pg/mg) jika dibandingkan dengan vena normal (10,97 pg/mg).

Kesimpulan : Tidak terdapat perbedaan signifikan antara kadar TGF-𝛽1 terhadap tingkat keparahan penyakit insufisiensi vena kronik pada vena superfisial tungkai bawah pada pasien yang dilakukan tindakan bedah pintas arteri koroner.

 

Kata kunci: Insufisiensi vena kronik, Transforming growth factor - Beta 1, Waktu refluks

 

---

Background: Chronic venous insufficiency (PIVK) has a fairly high prevalence throughout the world, around 60-70%. The most common cause of chronic venous insufficiency is primary abnormalities of the venous wall and valve resulting in valve incompetence, reflux, and venous obstruction. Transforming Growth Factor-β1 (TGF-β1) is a complex polypeptide cytokine that is significantly found in all patients with chronic venous insufficiency. Reflux time obtained from Duplex Ultrasonography (DUS) examination indicates the severity of valve insufficiency. However, the relationship between TGF-β1 levels and the severity of CVI has not yet been determined.

Objective: To determine the differences in TGF-β1 levels concerning the severity of chronic venous insufficiency in the superficial veins of the lower limbs.

Method: The study used a cross-sectional design in patients with healthy veins and patients with chronic venous insufficiency who undergoing coronary artery bypass surgery at the Harapan Kita National Cardiovascular Center from April to May 2024. The severity of chronic venous insufficiency was assessed by reflux time from duplex ultrasonography examination. TGF-β1 was obtained from ELISA examination of venous tissue. The primary outcome was the difference in TGF-β1 levels based on the severity of chronic venous insufficiency.            

Results: A total of 56 subjects underwent final analysis. The majority of subjects with CVI in this study (67.7%) were classified into severe CVI (reflux time >1000 ms). There were no significant differences in median values between the severity of CVI and TGF-β1 levels (p>0.05). However, it was observed that the median TGF-β1 levels increased in veins with mild-moderate and severe CVI (14.27 pg/mg and 14.04 pg/mg) compared to normal veins (10.97 pg/mg).

Conclusion: There is no significant differences in TGF-β1 levels concerning the severity of chronic venous insufficiency in the superficial veins of the lower limbs in patients undergoing coronary artery bypass graft surgery.

Keywords: Chronic venous insufficiency, Transforming Growth Factor-β1, Reflux time.

 

"

"Osteoartritis (OA) adalah penyakit degeneratif yang ditemukan pada orang usia lanjut. Seiring bertambahnya usia, kemungkinan menderita penyakit OA meningkat. Senyawa IL-1β ditemukan dalam jumlah tinggi pada pasien dengan OA dan diketahui meningkatkan aktivitas enzim yang merosot jaringan tulang rawan. TGF-β3 diprediksi sebagai penginduksi kuat dari sintesis matriks ekstraseluler (ECM) dan memainkan peran penting sebagai agen penghambat untuk IL-1β. Dalam penelitian ini proses simulasi dinamika molekul dengan program Amber dilakukan dengan mengacu pada langkah-langkah kerja yang dilakukan oleh Chris Lim & David A. Case dan Benjamin D. Madej & Ross C. Walker. Dalam proses simulasi dinamika molekuler bertujuan untuk membuat vesikel Solid Lipid Nanoparticle (SLN) yang tersusun dari minyak zaitun (fase minyak) dan tristearin (fase lemak) yang mengandung senyawa (protein) TGF-β3. Hasil dari proses simulasi menunjukkan bahwa nilai total perubahan total energi berkurang (nilai rata-rata 0 - 20 ns adalah 37,105,0541 kkal / mol dan pada waktu simulasi 100-120 ns adalah 36,570.2858 kkal / mol) dan Pengurangan grafik energi total tidak terlalu curam dalam periode 100 - 120 ns yang menunjukkan bahwa kondisi sistem cukup stabil. Kepadatan rata-rata meningkat (pada waktu simulasi 0 - 20 ns pada 0,9943 cm3 / mol dan pada 100 - 120 ns pada 1.0001 cm3 / mol). Nilai rata-rata volume sistem menurun (pada waktu simulasi 0 - 20 ns pada 309.902.5324 Å3 dan pada waktu simulasi 100 ns - 120 ns pada 308.116.6341 Å3). Data kepadatan dan volume interpretasi sistem dari hasil simulasi, karena nilai kepadatan berbanding terbalik dengan nilai volume sistem, sejalan dengan rumus untuk mendapatkan nilai kerapatan suatu objek. Nilai suhu sistem cukup stabil dari awal hingga akhir simulasi, yang berkisar dari 303 ° K (30 ° C). Dengan memperoleh hasil ini, para peneliti telah berhasil melakukan proses simulasi dinamika molekul untuk membuat vesikel SLN yang mengandung TGF-β3 bersama dengan rincian komponen pendukung simulasi.

---

Osteoarthritis (OA) is a degenerative disease found in elderly people. As we get older, the chance of suffering from OA increases. IL-1β compounds are found in high amounts in patients with OA and are known to increase the activity of enzymes that degenerate cartilage tissue. TGF-β3 is predicted as a strong induction of extracellular matrix (ECM) synthesis and plays an important role as an inhibiting agent for IL-1β. In this research the molecular dynamics simulation process with the Amber program is carried out with reference to the work steps carried out by Chris Lim & David A. Case and Benjamin D. Madej & Ross C. Walker. In the molecular dynamics simulation process aims to make Solid Lipid Nanoparticle (SLN) vesicles composed of olive oil (oil phase) and tristearin (fat phase) containing TGF-β3 (protein) compounds. The results of the simulation process show that the total value of total energy change is reduced (the average value of 0-20 ns is 37.105.0541 kcal / mol and at the time of simulation 100-120 ns is 36.570.2858 kcal / mol) and the reduction in the total energy graph is not too steep in the period 100-120 ns which indicates that the system condition is quite stable. Average density increases (at simulation time 0 - 20 ns at 0.9943 cm3 / mol and at 100-120 ns at 1,0001 cm3 / mol). The average value of the system volume decreases (at simulation time 0 - 20 ns at 309,902.5324 Å3 and at simulation time 100 ns - 120 ns at 308,116,6341 Å3). Data density and system interpretation volume from the simulation results, because the density value is inversely proportional to the system volume value, in line with the formula to get the density value of an object. The system temperature value is quite stable from the beginning to the end of the simulation, which ranges from 303 ° K (30 ° C). By obtaining these results, the researchers have succeeded in carrying out a molecular dynamics simulation process to make SLN vesicles containing TGF-β3 together with details of the supporting components of the simulation."

"Epidermal Growth Factor (EGF) adalah polipeptida yang memegang peranan penting dalam penyembuhan luka. Namun, EGF memiliki keterbatasan apabila diaplikasikan secara topikal yaitu tingkat permeasinya rendah sehingga vesikel lipid transfersom dipilih untuk membawa EGF karena memiliki karakteristik deformabilitas tinggi. Melaluisimulasi dinamika molekuler akan didapatkan visualisasi pembentukan vesikel transfersom. Penelitian dilakukan untuk menemukan metode simulasi dinamika molekuler yang dapat menghasilkan berkas output sehingga visualisasi akhir vesikel lipid transfersom untuk protein EGF dapat diperoleh. Simulasi dilakukan dengan menggunakan program Amber. Sebelum simulasi dilakukan, protein EGF dan bahanbahan vesikel perlu dipersiapkan untuk menghasilkan berkas parameter dan topologi. Berkas-berkas ini digunakan selama proses simulasi dinamika molekuler yang diawali dengan tahap minimisasi, pemanasan pertama, pemanasan kedua, ekuilibrasi, dan diakhiri dengan tahap produksi. Hasil simulasi divisualisasikan dengan menggunakan Visual Molecular Dynamics (VMD). Selain itu juga, analisis dilakukan terhadap hasil simulasi diperoleh kestabilan simulasi terjadi pada saat 100 20 ns hingga 130 ns sehingga simulasi dapat dihentikan. Visualisasi yang didapatkan dari hasil simulasi ini tidakmenunjukan keberadaan protein EGF di dalam vesikel lipid tetapi hanya menempel di bagian luar vesikel lipid. Oleh karena itu, untuk penelitian berikutnya simulasi dinamikamolekuler transfersom dapat dilakukan dengan ukuran kotak virtual yang lebih besar serta penambahan komponen pelarut (air) pada saat pengemasan kotak virtual.

---

Epidermal Growth Factor (EGF) is a polypeptide that has an important role in the process of wound healing. However, EGF has a limitation if it is applied topically since it has a low permeation level so that lipid vesicle transfersome has been chosen to transport EGF since it has high level of deformability. Through molecular dynamics simulation the researcher will get visualization of transfersome formation process. The research is conducted to find the method for molecular dynamic simulation that can produce an output archive so that it can visualize the final lipid vesicle transfersome for protein EGF to be achieved. This simulation is done using the Amber programme. Before the simulation is conducted, the protein EGF and the ingredients for the vesicle are needed to be prepared for the parameter and the topology archives. The archives will be used throughout the molecular dynamic simulation process, which will be started with the minimization stage, the first Heating, the second Heating, equilibration, and end with theproduction stage. The result of the simulation will be visualized using Visual Molecular Dynamics (VMD). Furthermore, this analysis is brought towards the result that achieves the stabilization of the simulation that happens on 100 20 ns until 130 ns, meaning that the simulation can be stopped. The achieved visualization from the simulation does not show the protein EGF to be inside of the lipid vesicle, and it only adheres to the outer layer of the lipid vesicle. Therefore, for the next research, molecular dynamic simulation for transfersome can be done using a bigger virtual box and an addition to the solvent matter (water) when the packaging of the virtual box occurs."

"

Proliferative vitreoretinopathy  (PVR) pada ablasio retina rhegmatogen (ARR) menurunkan tingkat keberhasilan anatomis dan fungsional. Transforming growth factor-β (TGF-β) merupakan pro-fibrotik yang berperan penting dan dapat menjadi target terapi dan masih belum ada data mengenai TGF-β3 pada PVR. Penelitian ini bertujuan menguji kadar TGF-β2 dan TGF-β3 pada kasus PVR A dan B.  Penelitian ini berdesain potong lintang pada pasien ARR PVR A dan B yang menjalani vitrektomi di RSCM Kirana. Sampel vitreus diambil intra-operasi dan diperiksa di protein total, TGF-β2 dan TGF-β3 dengan metode ELISA. Didapatkan 20 sampel; 10 mata untuk PVR A dan 10 untuk PVR B. Tidak didapatkan perbedaan bermakna untuk karakteristik kedua grup maupun berdasarkan TGF-β2 dan TGF-β3. Secara umum didapatkan level TGF-β2 yang lebih tinggi pada PVR A dan B namun tidak terdapat perbedaan signifikan (p>0,05). Didapatkan korelasi negatif (Spearman r-0,468)  antara TGF- β2 dengan TGF- β3 pada seluruh grup PVR (p=0,037) namun tidak didapatkan korelasi yang signifikan per grup PVR. Tidak ditemukan perbedaan bermakna antara TGF- β2 dan TGF- β3 dengan primary attachment rate. Tidak didapatkan perbedaan bermakna antara TGF- β2 dan 3 pada ARR yang terjadi sebelum atau sesudah 14 hari namun ditemukan tren rasio TGF- β2/protein total yang semakin rendah 14 hari pasca ARR Studi ini merupakan studi pertama yang membandingkan kadar TGF- β2 dan TGF- β3 pada pasien dengan PVR A dan B. Secara tren, ditemukan kadar TGF-β2 yang lebih tinggi pada ARR dengan PVR  B dibanding A dan kadar TGF-β3 yang lebih rendah pada ARR dengan PVR B dibanding A.

---

Proliferative vitreoretinopathy (PVR) in rhegmatogenous retinal detachment (RRD) reduces anatomical and functional success rate. Transforming growth factor-β (TGF-β) is a pro-fibrotic that plays an important role and can be a therapeutic target and there is still no data on TGF-β3 in PVR. This study aims to examine the levels of TGF-β2 and TGF-β3 in cases of PVR A and B. This study used cross-sectional design in ARR PVR A and B patients who underwent vitrectomy at RSCM Kirana. Vitreous samples were taken intra-operatively and examined for total protein, TGF-β2 and TGF-β3 using ELISA. A total of 20 samples were obtained; each 10 eyes for PVR A and 10 for PVR B. There were no significant differences in the characteristics of the two groups or based on TGF-β2 and TGF-β3. In general, higher TGF-β2 levels were found in PVR A and B but there was no significant difference (p>0.05). A negative correlation (Spearman r-0.468) was found between TGF-β2 and TGF-β3 in all PVR groups (p=0.037) but no significant correlation was found per PVR group. There was no significant difference between TGF-β2 and TGF-β3 with primary attachment rate. There was no significant difference between TGF-β2 and 3 in ARR that occurred before or after 14 days, but a trend was found in the ratio of TGF-β2/total protein that was getting lower ≥14 days after ARR. This study is the first study to compare TGF-β2 and TGF-β3 levels in patients with PVR A and B. In terms of trend, higher TGF-β2 levels were found in ARR with PVR B compared to A and lower TGF-β3 levels in ARR with PVR B compared to A."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang disebarkan melalui virus DEN-V dengan perantara nyamuk. Penyakit ini berbahaya karena belum ada obat, vaksin, ataupun antiviral khusus terhadap virus DEN-V, sehingga perlu dilakukan penemuan obat untuk demam berdarah. Enzim RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) pada DEN-V dapat dijadikan target obat karena berperan penting pada proses replikasi virus. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap tiga senyawa bioflavonoid, sub-kelas flavanon, yaitu Hesperetin, Hesperidin, dan Naringenin. Simulasi penambatan molekuler dan dinamika molekuler dilakukan untuk mengetahui kebolehjadian senyawa tersebut sebagai inhibitor target Rdrp. Hasil simulasi senyawa flavanon dibandingkan dengan Quercetin, dengan parameter penilaian penambatan molekuler, energi ikatan, RMSD, RMSF, dan kontak ligan-target. Hasil nilai penambatan molekuler untuk masing-masing ligan terendah yaitu Hesperidin, Quercetin, Hesperetin, dan Naringenin dengan nilai berturut-turut yaitu -9,842 kcal/mol, -8,513 kcal/mol, -7,761 kcal/mol, dan -5,634 kcal/mol. Hasil MM-GBSA energi ikatan terbaik adalah ligan Hesperidin, Naringenin, Hesperetin, dan Quercetin dengan nilai ikatan energi bebas secara berturut-turut yaitu -69,31 kcal/mol, -64,90 kcal/mol, -60,93 kcal/mol, dan -57,83 kcal/mol. Hasil dari studi ini memprediksi bahwa Hesperidin dapat menjadi inhibitor terhadap target Rdrp yang lebih baik dibandingkan Quercetin, sementara Hesperetin dan Naringenin juga memiliki aktivitas inhibisi tetapi tidak sebaik Quercetin.

---

Dengue fever is a disease spread by the DEN-V virus through mosquitoes. This disease is dangerous because there is no specific drug, vaccine, or antiviral against the DEN-V virus, insisting the need of drug discovery for dengue fever. RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) enzyme in DEN-V can be a drug target because it has an important role in the virus replication process. In this research, in silico simulations were carried out on bioflavonoid compounds, flavanone sub-class, namely Hesperetin, Hesperidin, and Naringenin. Molecular docking simulations and molecular dynamics were carried out to determine the probability of these compounds to be inhibitors of Rdrp targets. The results obtained from the simulation of the flavanones was compared with quercetin, which are docking score, energy binding, RMSD, RMSF, and ligand-target contact. The molecular docking results, docking score, for each of all ligands from the lowest were Hesperidin, Quercetin, Hesperetin, and Naringenin with values of -9.842 kcal/mol, -8.513 kcal/mol, -7.761 kcal/mol, and -5.634 kcal/mol, respectively. The best bond energy MM-GBSA results were Hesperidin, Naringenin, Hesperetin, and Quercetin with the value of free energy bonding respectively, namely -69.31 kcal/mol, -64.90 kcal/mol, -60.93 kcal/mol , and -57.83 kcal/mol. The results of this study predict that Hesperidin can be a better inhibitor to target Rdrp than Quercetin, while Hesperetin and Naringenin also have inhibitory activity but not as well as Quercetin."

"Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi salah satu masalah kesehatan yang utama di dunia, terutama Asia, Afrika, dan Amerika. Infeksi ini telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara. World Health Organization memperkirakan terjadi 100 juta kasus tiap tahun dan sebanyak 2,5 miliar orang atau 40% dari populasi dunia berisiko terjangkit infeksi virus ini. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh. Akhir-akhir ini peptida telah dikembangkan dalam drug design. Dalam penelitian ini digunakan peptida yang sudah dipasarkan secara komersial. Tujuan penelitian ini adalah untuk penapisan peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor protein NS2B-NS3 DENV melalui metode penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul. Inhibisi terhadap enzim NS3 protease dapat menyebabkan terhambatnya aktivitas enzimatiknya sehingga poliprotein yang terbentuk dari translasi RNA menjadi tidak dapat dipotong-potong dan poliprotein tetap berada dalam bentuk satu untai panjang yang utuh. Akibatnya protein protein lain yang vital bagi keberlangsungan replikasi virus dengue tidak dapat terbentuk. Penelitian ini menghasilkan ligan Atrial Natriuretic Factor (3-28) (human) sebagai kandidat obat terbaik. Simulasi dinamika molekul menunjukkan bahwa senyawa ini tetap stabil pada kenaikan suhu tubuh menjadi 312 K.

---

A disease caused by dengue virus infection has become one of the major health problems in the world, especially Asia, Africa, and America. This infection has become endemic in more than 100 countries. The World Health Organization estimates that 100 million cases occur each year and as many as 2.5 billion people or 40% of the world population at risk of contracting this virus infection. Therefore, we need an antiviral that can inhibit the activity of enzymes involved in the replication in the body. Lately peptide drug design has been developed. This study uses peptides that has been marketed commercially.

The purpose of this study was to screen the commercial cyclic peptides that can be used as an inhibitor of NS3 protein NS2B DENV-through molecular docking and molecular dynamics simulations. Inhibition of NS3 protease enzyme can lead to inhibition of enzymatic activity so polyprotein formed from the translation of RNA can not be cut into pieces and polyprotein remain in the form of a long strand. Proteins that consequently vital for the sustainability of dengue virus replication can not be formed.

This research resulted Atrial natriuretic factor (3-28) (human) as the best drug candidate. Molecular dynamics simulations indicate that this compound remains stable at body temperature of 312 K."

"Sebagai upaya dalam memahami netralisasi virus H5N1 oleh antibodi manusia, simulasi dinamika molekuler dua kompleks antibodi-antigen dilakukan. Tiga struktur molekul yang membentuk dua kompleks tersbeut dibentuk termasuk antigen hemagglutinin Vietnam 2IBX, hemagglutinin Indonesia CDC, dan fragmen variabel dari antibodi 8H5 atau 8H5Fv.Dalam penelitian ini komplesks 8H5Fv-2IBX dan 8H5Fv-CDC diproduksi melalui pemodelan struktur molekul, homology modeling, dan molecular docking. Dua kompleks tersebut lalu melewati simulasi dinamika molekuler selama 2 nanosekon untuk menginvestigasi kestabilan struktur kompleks dan aktivitas netralisasi yang dapat diamati dengan berfokus pada epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin yang didapatkan hasil molecular docking.Didapatkan bahwa sifat dinamis atom ? atom pembentuk molekul tidak menihilkan aktivitas netralisasi. Dengan mengamati epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin juga didapatkan bahwa aktivitas netralisasi lebih efektif pada hemagglutinin 2IBX (Vietnam) dibandingkan dengan hemagglutinin Indonesia (CDC) berdasarkan kalkulasi solvent accessible surface (SAS), energi, root mean square displacement (RMSD), dan analisis okupansi ikatan hidrogen.

---

In an effort to study the H5N1 virus neutralisation by a human antibody, molecular dynamics simulations on two antibody-antigen complexes were conducted. Three molecular structures were formed in this study including the Vietnamese hemagglutinin 2IBX, the Indonesian hemagglutinin CDC, and a variable fragment of the 8H5 antibody or 8H5Fv.

In this study the complexes 8H5Fv-2IBX and 8H5Fv-CDC, that were produced by molecular modeling, homology modeling and molecular docking, was subjected to a 2 nanosecond molecular dynamics simulation each to investigate the stability of such complexes and the maintenance of the neutralising activity that was observed by focusing on the neutralising epitopes that were predicted by molecular docking.

It is was found that the dynamic nature of the molecules in study did not negate the steric hindrance occuring from the antibody variable fragment 8H5Fv with the hemagglutinins, therefore suggesting that the 8H5 antibody should be able to neutralise these two hemagglutinins. By solvent accessible surface (SAS) calculations, energy analysis, root mean square displacement (RMSD) analysis, and also hydrogen bond occupance it was also found that the the 8H5Fv seem to be more effective against the 2IBX (Vietnamese) hemagglutinin than against the CDC (Indonesian) hemagglutinin."