Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Asam urat dapat dihasilkan melalui proses katalisasi oksidasi dari hipoxantin menjadi xantin dan juga melalui degradasi purin dengan bantuan xantin oksidase. Bila kadar asam urat melebihi batas normal maka dapat menyebabkan hiperurisemia yang merupakan faktor utama gout (pirai). Hal ini dapat dicegah dengan menginhibisi kerja xantin oksidase menggunakan inhibitor xantin oksidase. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor XO dari flavonoid dengan metode penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx. Hasil optimisasi parameter penapisan virtual diperoleh dengan menggunakan grid box 15Åx15Åx15Å dan exhaustiveness 8. Struktur kristalografi target makromolekul diperoleh dari RSCB PDB dengan ID 2E1Q. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh sepuluh senyawa ligan uji dengan energi ikatan terendah, antara lain: 7,4'-dihydroxyflavone, apigenin, geraldone, chrysin, 7,3',4'-trihydroxyflavone, luteolin, baicalein, 6-hydroxyluteolin, pseudobaptigenin, dan scutellarein. Sepuluh senyawa tersebut memiliki energi ikatan antara -9,9 hingga -10,8 kkal/mol dibandingkan dengan kontrol positif allopurinol (-6,9 kkal/mol), oxypurinol (-7,2 kkal/mol), febuxostat (-8,2 kkal/mol), dan topiroxostat (-8,6 kkal/mol). Hasil tersebut mengindikasikan bahwa sepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai inhibitor XO.

---

Uric acid can be produced through the oxidation catalysis process from hypoxanthine to xanthine and also through purine degradation catalyzed by xanthine oxidase. When uric acid levels exceeding normal limits, hyperuricemia, which is a major factor in gout, could be developed. This can be prevented by inhibiting the action of xanthine oxidase using xanthine oxidase inhibitors. The study was conducted to find XO inhibitor candidates from flavonoids by virtual screening methods using Vina AutoDock in PyRx. Optimization results of virtual screening parameters were obtained using a 15Åx15Åx15Å grid box and exhaustiveness 8. The crystallographic structure of the macromolecular target was obtained from RSCB PDB with ID 2E1Q. Ten compounds were obtained from virtual screening result based on their binding energy, including: 7,4'-dihydroxyflavone, apigenin, geraldone, chrysin, 7,3',4'-trihydroxyflavone, luteolin, baicalein, 6-hydroxyluteolin, pseudobaptigenin, and scutellarein. The ten compounds have binding energy of -9,9 to -10,8 kcal / mol compared with positive control of allopurinol (-6,9 kcal/mol), oxypurinol (-7,2 kcal/mol), febuxostat (-8, 2 kcal/mol), and topiroxostat (-8,6 kcal/mol). These results indicate that the ten compounds have potential to be developed as XO inhibitors."

"Inhibitor Dipeptidil peptidase 4 (DPP-4) merupakan salah satu golongan obat anti diabetes oral yang bekerja menghambat DPP-4 dalam menginaktivasi GLP-1 yang umumnya terjadi secara cepat. Namun, karena masih sedikit variasi obat antidiabetes golongan inhibitor DPP-4, membuka peluang untuk ditemukannya senyawa lain yang berfungsi sebagai inhibitor DPP-4. Studi ini bertujuan untuk mempelajari analisis penambatan molekul senyawa turunan arilmetilamin dengan DPP-4 dan menemukan parameter farmakofor yang optimum untuk proses selanjutnya yaitu, menemukan senyawa kandidat dari turunan arilmetilamin sebagai inhibitor DPP-4. Proses penambatan molekul dilakukan menggunakan software Autodock terhadap senyawa turunan arilmetilamin pada salah satu makromolekul kokristal DPP-4. Parameter farmakofor yang optimum didapatkan dari software LigandScout. Fitur farmakofor yang dihasilkan dari 33 senyawa turunan arilmetilamin divalidasi menggunakan test set yang terdiri dari senyawa actives dan decoy yang didapatkan dari DUD-E. Sebanyak 33 senyawa turunan arilmetilamin yang diuji dengan metode penambatan molekul menunjukan interaksi dengan triad katalitik (Glu 205, Glu 206, Ser 630) dari DPP-4 dan memiliki energi ikatan yang baik (G) yaitu dibawah-8,00 kkal/mol. Model farmakofor terbaik dengan nilai model farmakofor 0,9666 yang divalidasi dengan 1.079 active dan 41.373 decoy menghasilkan nilai parameter EF1% = 3,1, EF5% = 3,1, dan AUC100% = 0,50. Nilai tersebut di bawah parameter yang terdapat DUD-E. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa senyawa turunan arilmetilamin memiliki potensi sebagai inhibitor DPP-4 terbukti dari analisis interaksi yang terjadi dalam penambatan molekul, namun belum didapatkan fitur farmakofor yang optimum untuk proses penemuan senyawa kandidat senyawa turunan arilmetilamin sebagai DPP-4 inhibitor.

---

Dipeptydil Peptidase 4 (DPP-4) inhibitor is a class of oral antidiabetic drugs that works to inhibit activity of DPP-4 in process of inactivating GLP-1 which occurs quickly. However, there are few variations of antidiabetic drugs in that class, it opens up opportunities for other compounds to be developed as DPP-4 inhibitors. This study aims to learn about molecular docking analysis of arylmethylamine derivatives with DPP-4 and to find the optimum pharmacophore parameter for the next process. Therefore, this study can found lead compound from arylmethylamine derivatives as DPP-4 inhibitors. The molecular docking process was carried out using Autodock software. Meanwhile, the optimum pharmacophore parameters were obtained from LigandScout software. The pharmacophore features produced from arylmethylamine derivative compounds were validated using test set, consisting of actives and decoy compounds obtained from DUD-E. Molecular docking of 33 arylmethylamine derivative compounds show interactions with the catalytic triad (Glu 205, Glu 206, Ser 630) from DPP-4 and have good value of energy bond(G) which is below -8.00 kcal/mol. The best pharmacophore model with a value of scoring model pharmacophore 0.9666 was validated with 1,079 active and 41,373 decoys. This validation produced parameter values EF1% = 3.1, EF5% = 3.1, and AUC100% = 0.50 which are still below with parameters shown at DUD-E site. These results conclude that arylmethylamine derivatives have potential as DPP-4 inhibitors as showed by the interaction analysis that occurs in molecular docking, but the optimum pharmacophore feature has not been obtained for the process of finding arylmethylamine derivative lead compounds as DPP-4 inhibitors."

"Diabetes melitus telah menjadi masalah yang terjadi pada masyarakat perkotaan saat ini. Menurut International Diabetes Federation (IDF), prevalensi global diabetes mellitus pada tahun 2017 pada rentang usia 18-99 tahun adalah 451 juta orang dan akan terus meningkat sehingga terapi diabetes mellitus saat ini membutuhkan obat-obatan yang dapat memberikan efek farmakologis yang baik, namun tidak menimbulkan efek samping yang berlebihan. Salah satu jenis golongan obat yang digunakan dalam pengobatan diabetes mellitus adalah inhibitor DPP-4. Terdapat penelitian yang mengembangkan obat golongan inhibitor DPP-4 menggunakan senyawa turunan pirolidin amida dengan nilai IC50, namun tidak terdapat interaksi antara turunan pirolidin amida dengan fitur DPP-4 dan farmakofor untuk skrining virtual dalam pemilihan kandidat obat. Pada penelitian ini dilakukan analisis penambatan molekul senyawa turunan pirolidin amida yang merupakan kandidat inhibitor diabetes melitus tipe DPP-4 dengan aplikasi AutoDock, kemudian senyawa hasil tethering tersebut digunakan sebagai training set untuk optimasi optimasi berbasis farmakofor. penyaringan virtual menggunakan database dari situs Database of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E) pada aplikasi Ligand Scout. Hasil tethering turunan pirolidin amida pada makromolekul 5T4B menggunakan 248 senyawa diperoleh 86 senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor DPP-4. Senyawa ini memiliki energi ikatan lebih rendah dari -8.00 kkal/mol dan berinteraksi dengan situs triad katalitik yang terdiri dari S1 (Ser630, Asn710 dan His740), S2 (Glu205 dan Glu206) dan beberapa senyawa yang berinteraksi dengan S3 (Val207, Ser209). , Phe357 dan Arg358). Hasil optimasi virtual screening menghasilkan nilai AUC kurva ROC sebesar 51% dan EF sebesar 5,7. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa turunan pirolidin amida berpotensi sebagai inhibitor DPP-4, namun belum ditemukan fitur farmakofor yang dapat digunakan untuk mencari kandidat senyawa inhibitor DPP-4.

---

Diabetes mellitus has become a problem that occurs in urban communities today. According to the International Diabetes Federation (IDF), the global prevalence of diabetes mellitus in 2017 in the age range of 18-99 years was 451 million people and will continue to increase so that current diabetes mellitus therapy requires drugs that can provide good pharmacological effects. , but does not cause excessive side effects. One type of drug class used in the treatment of diabetes mellitus is a DPP-4 inhibitor. There are studies that develop DPP-4 inhibitor class drugs using pyrrolidin amide derivative compounds with IC50 values, but there is no interaction between pyrrolidin amide derivatives with DPP-4 features and pharmacophores for virtual screening in the selection of drug candidates. In this study, an analysis of the molecular tethering of pyrrolidin amide derivative compounds which is a candidate for DPP-4 type diabetes mellitus inhibitor candidate was carried out with the AutoDock application, then the tethered compound was used as a training set for pharmacophore-based optimization. virtual screening using a database from the Database of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E) website on the Ligand Scout application. The results of tethering of pyrrolidin amide derivatives on 5T4B macromolecules using 248 compounds obtained 86 compounds that have the potential as DPP-4 inhibitors. This compound has a bond energy lower than -8.00 kcal/mol and interacts with a catalytic triad site consisting of S1 (Ser630, Asn710 and His740), S2 (Glu205 and Glu206) and several compounds that interact with S3 (Val207, Ser209). , Phe357 and Arg358). The results of the virtual screening optimization resulted in the AUC value of the ROC curve of 51% and the EF of 5.7. The results of this study indicate that pyrrolidin amide derivatives have the potential as DPP-4 inhibitors, but pharmacophore features have not been found that can be used to search for candidates for DPP-4 inhibitor compounds."

"Hipermetilasi DNA adalah sebuah proses epigenetik abnormal yang dikatalis oleh DNA Metiltransferase dan merupakan salah satu faktor penyebab munculnya penyakit tidak menular seperti kanker, diabetes, dan penyakit gangguan metabolisme lainnya. Hipermetilasi DNA dapat dihambat dengan inhibitor DNA Metiltransferase1 (DNMTi). Penelitian ini dilakukan dengan tujuan menemukan kandidat inhibitor DNA Metiltrasnferase yang berasal dari bahan alam. Pencarian senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor dilakukan dengan penapisan virtual terhadap basis data senyawa aktif tanaman herbal Indonesia (HerbalDB) menggunakan peranti lunak Autodock Vina. Dua puluh lima senyawa yang diketahui memiliki efek inhibisi terhadap DNMT1 digunakan sebagai kontrol positif dan sebagai referensi untuk membuat pengecoh menggunakan Directory of Useful Decoys: Enchanced. Penapisan yang dilakukan mendapatkan lima senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor DNA metiltransferase 1 yaitu Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, dan Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.

---

DNA Hypermethylation is an abnormal epigenetic process catalyzed by DNA Methyltranferase 1 (DNMT1), it is also one of the factor causing non-communicable disease such as cancer, diabetes, and other metabolic disease. DNA hypermethylation can be surpressed by DNA Methyltransferase inhibitor (DNMTi). This study was conducted to obtain inhibitor candidate from natural products. The search for potential inhibitors was done by conducting a virtual screening against Indonesian Herbal Compound Database (Herbal DB) utilizing Autodock Vina as docking software. Twenty-five compunds known for their inhibitory activity against DNMT1 were used as actives and as reference for generating decoys, facilitated by Directory of Useful Decoys: Enhanced. The virtual screening yields five potential DNMT1 inhibitor, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, and Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside."

"ABSTRAKKanker payudara merupakan jenis kanker dengan prevalensi yang tinggi di dunia yang umumnya terjadi pada wanita. Kanker payudara memiliki angka tertinggi yang mencapai hingga 40 per 100.000 kasus setiap tahunnya, dan sebnayak 12,9 diantaranya dapat menyebabkan kematian. Perubahan epigenetik berperan penting dalam proses pembentukan dan penyebaran sel kanker. Metilasi DNA merupakan salah satu jenis dari perubahan epigenetik yang sering terjadi yang dapat memicu terjadinya pertumbuhan sel kanker. Metilasi DNA dikatalisis oleh enzim DNA Metiltransferase 1 DNTM1 yang dapat memindahkan gugus metil dari S-adenosil metionin SAM ke sitosin pada dinukleotida CpG. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam sebagai inhibitor enzim DNMT1. Penapisan dilakukan terhadap 26.731 senyawa bahan alam yang diperoleh dari NCBI Pubchem databsase. Simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Environment MOE 2014.09 untuk mendapatkan 10 ligan terbaik berdasarkan interaksi kompleks ligan-enzim dan energi bebas Gibbs. Karakteristik farmakologi meliputi sifat fsikokimia, toksisitas, karsinogenisitas-mutagenisitas serta bioaktivitas menggunakan online software maupun offline software. Uji farmakologi dilakukan untuk mengetahui karakteristik fisikokimia, toksisitas, karsinogenisitas-mutagenisitas dan bioaktivitas menggunakan software DataWarrior 4.7.2., Toxtree, Molinspiration, admetSAR dan SWISSADME. Hasil dari penelitian ini ialah terdapat 3 ligan terbaik yang berasal dari kelompok senyawa bahan alam fenolik yang terpilih berdasarkan karakteristik farmakologi yang dapat dijadikan sebagai kandidat obat untuk terapi kanker payudara.

---

ABSTRACTBreast cancer is the most prevalent cancer in woman worldwide. It has the highest number of new cases which amounted to 40 per 100,000 cases per year, 12,9 of which leads to death. Epigenetic alteration plays a vital role in the process of cancer cell formation and propagation. DNA methylation is one of the most common types of epigenetic alteration which generally leads to breast cancer DNA Methylation, a transfer the methyl group from S adenosyl methionin SAM to cytosine in the CpG dinucleotide, is catalyzed by DNMT1 enzyme. In the present study, we performed a virtual screening of natural product compounds as an inhibitors of DNMT1 enzyme. Virtual screening was conducted on 26,731 natural products obtained from the NCBI PubChem database. Three steps of rigid and one step of flexible molecular docking simulations were performed using MOE 2014.09. Through the simulations, 10 ligands based on the Gibbs free binding energies Gbinding and the ligand enzyme complex interactions were identified. Pharmacological test was conducted to observe the psychochemical, toxicity, carcinogenicity mutagenicity, and bioactivity properties by employing DataWarrior 4.7.2., Toxtree, Molinspiration, admetSAR and SWISSADME software. The results revealed that three best ligands from phenolic group were selected due to their exceptional pharmacological characteristics as the drug candidate for breast cancer therapy. "

"

Tuberkulosis (TB) menjadi salah satu masalah kesehatan yang besar di berbagai belahan dunia. Menurut data World Health Organization (WHO), Indonesia merupakan negara dengan kasus TB terbesar ketiga di dunia dengan jumlah 842.000 kasus. Bakteri Mycobacterium tuberculosis (MTB) memiliki kemampuan unik yang mampu membuatnya dapat bertahan lama di tubuh inangnya, salah satunya dengan menghambat proses apoptosis sel inang. Beberapa tahun terakhir, resistansi terhadap pengobatan TB semakin marak, dengan munculnya multi drug-resistant TB (MDR-TB) dan extensively drug-resistant TB (XDR-TB). Senyawa bahan alam merupakan salah satu kandidat obat yang menjanjikan untuk terapi tuberculosis. Pada penelitian ini, akan dilakukan penapisan virtual dari senyawa-senyawa yang memiliki kemiripan dengan bahan alam (atau disebut natural product-like compounds) yang terdapat pada database Chembridge. Protein QcrB menjadi salah satu target penting untuk dihambat aktivitasnya, karena inhibisi protein QcrB dapat menurunkan jumlah ATP yang mampu diproduksi MTB secara drastis. Kemudian akan dilakukan simulasi penambatan molekul (molecular docking) dengan perangkat lunak MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09, untuk mengetahui interaksi antara kandidat ligan dengan protein QcrB. Uji farmakologi telah dilakukan pada kandidat ligan terbaik untuk melihat sifat-sifat farmakokinetik dan farmakodinamik dari ligan-ligan tersebut. Dari hasil simulasi penambatan molekuler dan uji farmakologi, didapatkan 3 ligan terbaik, yaitu ligan A, D, dan E.

 

---

Tuberculosis (TB) disease remain as a major health problem around the world. According to World Health Organization (WHO), Indonesia become a country with the third biggest TB disease with around 842.000 cases. M.tuberculosis bacteria (MTB) has a unique ability to have a long lifespan on its host, because it can obstruct its host apoptosis ability. In the last few years, an increase of TB disease resistance keeps happening, with the emergence of multi-drug resistant TB (MDR-TB) and extensively-drug resistant TB (XDR-TB). Natural product is a promising drug candidate for tuberculosis therapy. In this research, virtual screening of natural product-like compound will be done, and the compounds are downloaded from Chembridge database. Inhibition of QcrB protein has become an interesting subject, because its inhibition will leads to ATP depletion on oxidative phosphorylation process. Molecular docking simulation had been done through Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software to study the interaction of the ligand candidate and Mtb QcrB protein. Pharmacological test had been done to all the best ligands, to predict their pharmacokinetics and pharmacodynamics properties. From the result of molecular docking simulation and pharmacological test, three best ligands is obtained, ligand A, ligand D, and ligand E. 

"

"ABSTRAKAndaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) adalah rempah-rempah liar yang tumbuh di daerah Sumatera Utara. Tanaman ini umumnya digunakan sebagai bumbu masakan tradisional masyarakat Batak dan belum dimanfaatkan sebagai tanaman obat. Tesis ini bertujuan untuk mengisolasi dan melakukan elusidasi struktur senyawa dari buah andaliman yang memiliki aktivitas antioksidan dan penghambat xantin oksidase. Dari hasil isolasi, diperoleh senyawa golongan terpenoid polar ZAB-1 dan ZAB-2 dari ekstrak n-butanol. Berdasarkan hasil penelusuran spektroskopi, senyawa ZAB-1 adalah 17-((23E,26E)-23-etiliden-29- hidroksi - 29 - (2-hidroksipropoksi)-25-metildek-26-en-20-il) - 13,15 - dimetil - gona-1,3,5(10)-trien-3-ol dan senyawa ZAB-2 adalah kolest-5-en-3β-il β-Dglukopiranosida. Pengujian aktivitas antioksidan dilakukan secara in vitro menggunakan DPPH dan enzim xantin oksidase. ZAB-1 dan ZAB-2 memiliki aktivitas antioksidan dengan nilai IC50 masing-masing sebesar 68,35 μg/mL dan 60,52 μg/mL serta memiliki aktivitas penghambat xantin oksidase dengan nilai IC50 masing-masing sebesar 0,34 μg/mL dan 0,06 μg/mL.

---

ABSTRACT

Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) is a wild spice well known in North Sumatera, Indonesia. This plant is commonly used in Batak traditional cuisine and has not been used as a medicinal plant. This research was conducted to isolate and perform structure elucidation of compounds from the fruits which have antioxidant and xanthine oxidase inhibitor activity. From the results of isolation, the compounds obtained from n-butanol extract were ZAB-1 and ZAB-2 as polar terpenoids. Based on spectroscopic results, ZAB-1 is 17-((23E,26E)-23- ethylidene - 29 - hydroxy - 29 -(2-hydroxypropoxy)- 25 - methyldec - 26 - en -20- yl)-13,15-dimethyl-gona-1,3,5(10)-trien-3-ol and ZAB-2 is cholest-5-en-3β-yl β- D-glucopyranoside. The structure of these compounds were elucidated employing spectroscopic methods, mainly by NMR (Nuclear Magnetic Resonance) and mass spectral analysis. Free radical scavenging potential of constituents had been investigated by in vitro evaluation against DPPH and xanthine oxidase. The results showed that ZAB-1 and ZAB-2 are active as antioxidant with IC50 68,35 μg/mL and 60,52 μg/mL and also active as xanthine oxidase inhibitor with IC50 0,34 μg/mL and 0,06 μg/mL."