Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sirtuin (SIRT) 1 merupakan senyawa yang berperan dalam tumorigenesis dan penghambatan terhadap SIRT1 terbukti menghambat pertumbuhan kanker. Berbagai senyawa inhibitor SIRT1 saat ini telah memasuki fase klinis dengan nilai IC50 dalam rentang M. Pada penelitian ini, dilakukan perancangan struktur penghambat Sirtuin 1 dan modifikasi senyawa turunan Thieno [3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide, yang merupakan inhibitor Sirtuin dengan konstanta inhibisi 3,4 nM. Penelitian dilakukan menggunakan metode in silicoberbasis fragmen dengan tujuan memperoleh kandidat senyawa penghambat Sirtuin 1 yang lebih poten dengan toksisitas rendah. Pemilihan fragmen dilakukan berdasarkan kaidah Rule of threedan pemilihan senyawa rancangan dilakukan berdasarkan kaidah Rule of five.Senyawa rancangan kemudian diuji terhadap parameter aksesibilitas sintesis, farmakokinetik, dan toksisitas. Pada akhir penelitian, diperoleh 14 senyawa rancangan penghambat SIRT1 dengan konstanta inhibisi dalam rentang 118,45 pM – 1,83 nM dan satu hasil modifikasi senyawa turunan Thieno [3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide dengan konstanta inhibisi 382,09 pM. Seluruh senyawa tersebut memiliki potensi yang lebih baik dibandingkan senyawa inhibitor SIRT1 yang telah ada dan diprediksi memiliki bioavabilitas oral yang baik, serta bersifat tidak toksik terhadap seluruh target uji.

---

Sirtuin (SIRT) 1 shows a significant role in tumorigenesis and inhibition of SIRT1 was proved to inhibit cancer growth. Various SIRT1 inhibitors have entered clinical phase with IC50 values ranging in μM. This study aims to design new SIRT1 inhibitor candidates and modify Thieno [3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide derivatives, which are Sirtuin 1 inhibitors with inhibition constant value of 3.4 nM. Research was carried out using fragment based drug design in order to obtain new drug candidates with higher potency and lower toxicity. Fragments were chosen based on the rule of three while drug candidates were chosen based on the Lipinski’s rule of five. Drug candidates were tested for its synthetic accessibility, pharmacokinetic properties, and toxicity traits. This study produced 14 new SIRT1 inhibitor candidates with inhibition constant value ranging from 118,45 pM – 1,83 nM and one modified Thieno [3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide derivatives with inhibition constant value of 382,09 pM. All of the mentioned new structures have better potency when compared to current SIRT1 inhibitors and were predicted to have good oral bioavailability and harmless to all toxicity test targets."

"Penyakit kardiovaskular merupakan penyakit tidak menular penyebab kematian paling banyak setiap tahunnya. Salah satu gangguan kardiovaskular adalah sindrom koroner akut. Pasien dengan kondisi ini umumnya diberikan terapi antiplatelet. Bagian penting dalam proses aktivasi platelet adalah interaksi ADP dengan reseptor P2Y₁₂. Inhibitor P2Y₁₂ yang tersedia mempunyai efek samping yang tidak diharapkan, sehingga pengembangan obat dengan tujuan mendapatkan antiplatelet baru yang lebih optimal masih perlu dilakukan. Penemuan obat baru secara in silico berbasis fragmen memiliki banyak keuntungan dan cerita sukses. Pada penelitian ini, metode tersebut diterapkan dengan tujuan memperoleh struktur senyawa rancangan yang berpotensi sebagai inhibitor P2Y₁₂; memprediksi profil farmakokinetika, kemudahan sintesis, dan toksisitasnya; dan mengetahui interaksi yang terjadi antara senyawa rancangan dengan P2Y₁₂. Fragmen diperoleh dari basis data ZINC, ditapiskan terhadap parameter Rule of Three dan heavy atoms, dan ditambatkan terhadap P2Y₁₂. Penggabungan fragmen (metode linking) kemudian dilakukan setelah menganalisis interaksi fragmen dengan residu asam amino pada makromolekul. Senyawa rancangan hasil penggabungan fragmen diprediksi drug-likeness, aksesibilitas sintesis, ADME, dan toksisitasnya, serta dianalisis interaksinya dengan makromolekul. Penelitian ini menghasilkan 7 senyawa yang diprediksi memiliki nilai aksesibilitas sintesis berkisar antara 4,77 – 5,61, memiliki kriteria drug-likeness dan ADME yang baik, dan tidak bersifat toksik. Senyawa rancangan menunjukkan adanya interaksi dengan residu penting pada P2Y₁₂ yaitu residu Tyr105, Asn191, dan Lys280. Dari hasil penelitian ini, dapat disimpulkan bahwa metode in silico berbasis fragmen berhasil dilakukan untuk memperoleh kandidat inhibitor P2Y₁₂ baru.

---

---

Cardiovascular disease is a non-infectious disease causing the highest deaths every year. One of the cardiovascular disorders is acute coronary syndrome. Patients with this condition are generally given antiplatelet therapy. An important part of the platelet activation process is the interaction of ADP with P2Y₁₂ receptors. The commercially available P2Y₁₂ inhibitors have unexpected side effects, so the development of drug with the aim of getting more optimal antiplatelet agents remains to be done. The discovery of new drugs using an in silico fragment-based drug design has many advantages and success stories. In this study the method was applied with the aims of obtaining the new design of compound's structure which has the potential as a P2Y₁₂ inhibitor; predicting their pharmacokinetic profile, synthetic accessibility, toxicity; and knowing the interactions between the compounds and P2Y₁₂. Fragments were obtained from the ZINC database, screened on the Rule of Three and heavy atoms parameters, and docked against P2Y₁₂. Fragment linking was then performed after analyzing the interaction of fragments with amino acid residues of the macromolecule. The newly design compounds were then analyzed for their drug-likeness, accessibility of synthesis, ADME, and toxicity, and their interactions with the macromolecule. This study produced seven newly designed compounds that are predicted to have synthetic accessibility scores ranging from 4.77 to 5.61, have good drug-likeness and ADME criteria, and not toxic. Each compound showed interactions with important residues in P2Y₁₂ which are the Tyr105, Asn191 and Lys280 residues. It can be concluded that the fragment-based drug design was successfully carried out to obtain new P2Y₁₂ inhibitor candidates.

"

"ABSTRAK

Penelitian senyawa baru sebagai penghambat DPP-IV untuk agen antidiabetes banyak dilakukan, seperti senyawa turunan asam sinamat. Namun afinitas ikatan senyawa tersebut belum optimal. Pemodifikasian struktur dengan metode in silico berbasis fragmen diperlukan untuk memperbaiki hal tersebut. Tujuan penelitian ini, untuk mendapatkan senyawa baru sebagai penghambat DPP-IV dengan pemodifikasian menggunakan fragmen dan senyawa alternatif yang berpotensi sebagai penghambat DPP-IV berdasarkan kemiripan dengan senyawa hasil modifikasi; menganalisis interaksinya pada makromolekul DPP-IV; memprediksi ADME, toksisitas dan kemudahan sintesis senyawa modifikasi dan senyawa kemiripannya berdasarkan nilai energi ikatan dan konstanta inhibisi. Struktur modifikasi berasal dari fragmentasi  senyawa turunan asam sinamat dan fragmen basis data Zinc yang terlebih dahulu ditapiskan terhadap parameter Rule of Three dan Heavy Atom menggunakan program Knime serta penambatan pada masing-masing situs aktif DPP-IV. Hasil modifikasi ditambatkan ulang dengan program PyRx dan dianalisis lebih lanjut berdasarkan ADME, toksisitas, dan interaksi menggunakan SwissADME dan ProTox-II. Struktur rancangan dicari kemiripannya dengan senyawa-senyawa pada basis data PubChem berdasarkan Tanimoto. Hasil modifikasi diperoleh 133 struktur rancangan. Tiga belas struktur memiliki nilai afinitas yang mendekati penghambat DPP-IV. Berdasarkan hasil penambatan dan analisis, struktur38 serta senyawa 15471581 diprediksikan berpotensi sebagai penghambat DPP-IV

---

ABSTRACT

---

Research on new compounds as DPP-IV inhibitors for antidiabetic agent have been carried out, such as cinnamic acid derivates. However, their binding affinity have not optimum. Structure modification using in silico fragment-based method is needed to fix it. The aims of this research are to obtain new compound as DPP-IV inhibitor with modification using fragment  and alternative compound that potential as DPP-IV inhibitor based on similarity with the modified compounds; and analyze their interaction in DPP-IV; predict ADME, toxicity, and ease of synthesis based on binding affinity and inhibition constant. Modified structures come from the fragmentation of structure from cinnamic acid derivates and fragments from Zinc database which previously screened against Rule of Three and Heavy Atom using Knime and docked in each DPP-IV active site. The results are docked again with PyRx and analyzed further based on ADME, toxicity, and interactions using SwissADME and ProTox-II. The structures are searched for similarities with compounds in PubChem database based on Tanimoto parameters. The modification result obtained by 133 design structure. Thirteen structures have binding affinity that approach DPP-IV inhibitor. Based on docking and analyze result, structure38 and 15471581 compound are predicted to be potential as DPP-IV inhibitor.

"

"Diabetes mellitus adalah penyakit tidak menular tetapi merupakan salah satu penyebab kematian tertinggi di dunia karena dapat menyebabkan kerusakan organ dan memicu berbagai jenis penyakit. Menurut Federasi Diabetes Internasional (IDF) pada tahun 2017, jumlah orang dengan diabetes di dunia telah meningkat menjadi 425 juta, dan diperkirakan jumlahnya akan terus meningkat menjadi 629 juta orang pada tahun 2045. Dengan diabetes mellitus tipe 2 mencapai 90-95% dari total populasi penderita diabetes yang umumnya orang dengan T2DM di atas 45 tahun, tetapi saat ini ada juga orang dengan T2DM di antara remaja dan anak-anak dan populasi meningkat. Oleh karena itu, dalam penelitian ini, senyawa yang merupakan kandidat potensial untuk DMT2 akan dicari. Penelitian terbaru menunjukkan bahwa dengan mencegah hidrolisis pati, melalui penghambatan enzim α-amilase dapat digunakan sebagai strategi untuk mengendalikan hiperglikemia. Jadi, dalam mendesain obat untuk terapi penyakit T2DM adalah mencari senyawa yang mampu menghambat enzim α-amilase, yang kemudian dapat mengurangi peningkatan kadar glukosa darah postprandial secara signifikan. Penelitian ini dilakukan secara silico oleh farmakofor, skrining virtual, docking molekul dan pertumbuhan fragmen dengan target protein α-amilase. Penentuan fitur farmakofor dan penambatan molekul didasarkan pada struktur 3D α-amilase yang diperoleh dari Data Bank Protein dengan kode (ID GDP: 1HNY) dengan ligan standar acarbose dan miglitol yang diperoleh dari basis data ChemSpider. Fragmen yang digunakan adalah senyawa mirip timbal yang berasal dari basis data MOE dengan total 653.214 senyawa dan dipilih 5 fragmen potensial yang kemudian menghasilkan sebanyak 64.000 senyawa baru menggunakan metode penanaman Fragmen (pertumbuhan fragmen). Selain itu, semua senyawa baru adalah simulasi tambatan molekul dengan kondisi enzim α-amilase yang kaku dan fleksibel. Berdasarkan hasil simulasi penambatan molekuler, enam senyawa baru diperoleh dengan interaksi molekuler yang berpotensi menghambat protein target. Kemudian dilanjutkan dengan tes farmakologis (ADME dan toksisitas) melalui beberapa perangkat lunak seperti Osiris DataWarrior, SwissADME, admetSAR, pkCSM, dan Toxtree. Berdasarkan interaksi molekuler dan uji farmakologis tiga senyawa baru ditemukan menjadi kandidat inhibitor terbaik, yaitu senyawa Kojai-1 Kojai-5 dan Fhama-3.

---

Diabetes mellitus is a non-communicable disease but it is one of the highest causes of death in the world because it can cause organ damage and trigger various types of diseases. According to the International Diabetes Federation (IDF) in 2017, the number of people with diabetes in the world has increased to 425 million, and it is estimated that the number will continue to increase to 629 million by 2045. With type 2 diabetes mellitus reaching 90-95% of the total population Diabetics are generally people with T2DM over 45 years, but currently there are also people with T2DM among teenagers and children and the population is increasing. Therefore, in this study, compounds which are potential candidates for T2DM will be sought. Recent research shows that by preventing the hydrolysis of starch, through inhibition of the α-amylase enzyme can be used as a strategy to control hyperglycemia. So, in designing drugs for the treatment of T2DM disease is to look for compounds that are able to inhibit the α-amylase enzyme, which can then significantly reduce postprandial blood glucose levels. The research was carried out silicoally by pharmacophores, virtual screening, molecular docking and fragment growth with the target protein α-amylase. Determination of pharmacophoric features and molecular tethering is based on 3D α-amylase structure obtained from the Protein Bank Data coded (ID GDP: 1HNY) with standard ligand acarbose and miglitol obtained from the ChemSpider database. The fragments used were lead-like compounds derived from the MOE database with a total of 653,214 compounds and 5 potential fragments were selected which then produced as many as 64,000 new compounds using the Fragment planting method (fragment growth). In addition, all new compounds are molecular moorings simulations with rigid and flexible α-amylase enzymes. Based on the results of molecular docking simulations, six new compounds were obtained by molecular interactions that could potentially inhibit the target protein. Then proceed with pharmacological tests (ADME and toxicity) through several software such as Osiris DataWarrior, SwissADME, admetSAR, pkCSM, and Toxtree. Based on molecular interactions and pharmacological tests, three new compounds were found to be the best inhibitor candidates, namely Kojai-1 Kojai-5 and Fhama-3 compounds."

"ABSTRAKSenyawa kimia yang terkandung di dalam tanaman memiliki manfaat dan khasiat yang dapat berguna bagi kesehatan masyarakat. Banyak penelitian dalam bidang biokimia dan kimia medisinal yang bertujuan untuk menemukan obat yang tepat bagi berbagai penyakit yang sangat berbahaya misalnya kanker, penyakit kardiovaskuler, dan diabetes mellitus. Di dalam tubuh manusia terdapat protein yang merupakan kunci sensor metabolik dalam berbagai jaringan metabolisme yaitu Sirtuin1 (SIRT1). Saat ini, hanya resveratrol, fisetin dan quercetin merupakan senyawa dari bahan alam yang telah teruji sebagai aktivator SIRT1, padahal sangat banyak senyawa kimia dari tanaman yang berpotensi menjadi aktivator SIRT1. Terdapat empat bentuk kristal SIRT1 yang bertidak sebagai aktivator yaitu 4ZZH, 4ZZI, 4ZZJ, dan 5BTR. Pada penelitian ini, dilakukan penambatan molekuler senyawa dari basis data tanaman Indonesia yang berpotensi menjadi aktivator SIRT1. Penambatan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock Vina. Pada AutoDock Vina dilakukan validasi terlebih dahulu, hasil validasi AutoDock Vina diperoleh grid box terbaik yaitu 60x60x60. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 20 peringkat senyawa terbaik dari masing-masing bentuk kristal dan 4 senyawa irisan dari keempat bentuk kristal yaitu Alpha-carotene, Cassiamin C, Casuarinin, dan Lutein.

---

ABSTRACTChemical compounds in plants often have benefits and efficacy that can be useful for medicine. Biochemistry and medicinal chemistry research aims to innovate new medicine for degenerative human diseases such as cancer, cardiovascular diseases, and diabetes mellitus. Human have protein that are key of metabolic sensors in a variety of metabolic pathways, Sirtuin1 (SIRT1). Currently, only resveratrol, fisetin and quercetin that are compounds from natural ingredients that have been tested as an activator of SIRT1 even though there are many chemical compounds in plants that potentially can be SIRT1 activator. There are four crystal forms which act as a SIRT1 activator, 4ZZH, 4ZZI, 4ZZJ, and 5BTR. In this study, we employed docking of new molecular compounds from Indonesian herbal database as SIRT1 activator. Virtual screening was done using AutoDock Vina. AutoDock Vina was validated beforehand in order to obtain the best grid box, based on this research, the best grid box for AutoDock Vina is 60x60x60. Top ten ranked compounds were obtained for each crystal form and four the same compounds of the four crystal forms that were Alpha-carotene, Cassiamin C, Casuarinin, and Lutein."

"Penyakit Demam Berdarah banyak ditemukan di daerah dengan iklim tropis dan subtropis dimana penyakit ini disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang ditransmisikan kepada manusia melalui nyamuk. DENV terdiri dari 3 (tiga) protein struktural (capsid (C), premembrane (prM) dan envelope (E)) dan 7 (tujuh) protein non-struktural (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B dan NS5). Protein NS3 Protease-Helikase pada DENV berperan penting dalam pengolahan poliprotein dan replikasi virus sehingga berpotensi sebagai target dalam proses inhibisi. Dalam penelitian ini, digunakan metode Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) untuk penemuan inhibitor DENV NS3 Protease-Helikase yang merupakan senyawa Biogenic yang diperoleh dari database ZINC15. Metode fragment growing untuk modifikasi dilakukan dengan menggunakan Osiris DataWarrior. Simulasi Penambatan Molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Simulator (MOE) pada struktur 3D protein yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB). Melalui simulasi yang dilakukan, diperoleh lima ligan terbaik yang dipilih berdasarkan nilai RMSD, , pKi serta kestabilan interaksi yang terbentuk dengan protein. Uji karakterisitik ADME (Adsorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi), toksisitas dan medicinial chemistry dilakukan pada kandidat obat menggunakan SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior serta Toxtree. Hasil uji berdasarkan beberapa parameter menunjukkan compound 175 dan compound 72 hasil fragment growing memiliki karakteristik farmakologi yang baik dan sesuai standar pengembangan kandidat obat.

---

Dengue fever commonly found in areas with tropical and subtropical climates where it cause by the dengue virus (DENV) which transmitted to humans through mosquitoes. DENV consists of 3 (three) structural proteins (capsid (C), premembrane (prM) and envelope (E)) and 7 (seven) non-structural proteins (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5). Since NS3 Protease-Helicase protein of DENV plays an important role in polyproteins development and viral replication, it is considered as the target of inhibition process. In this study, Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) method was used for the discovery of DENV NS3 Protease-Helicase inhibitor where Biogenic compound obtained from ZINC15 database. Fragment growing method for modification was perfomed by using Osiris DataWarrior. Molecular docking process use Molecular Operating Simulator (MOE) on a 3D protein structure which obtained from Protein Data Bank (PDB). Through the simulations, five best ligand were screened based on RMSD, , pKi value and protein-ligan interaction stability. ADME characteristic tests (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion), toxicity and medicinal chemistry were carried out on drug candidates using SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior and Toxtree. The test results based on several parameters showed that compound 175 and compound 72 have good pharmacological characteristics in accordance with drugs development standards."

"ABSTRAKDemam dengue adalah penyakit menular yang ditransmisikan oleh nyamuk Aedes aegypti. WHO melaporkan bahwa wilayah Asia tenggara dan daerah Pasifik barat menanggung hampir 75% penyakit dengue secara global. Virus dengue menimbulkan ancaman global yang mempengaruhi 3,9 milyar orang di 128 negara dengan perkiraan 2,1 juta kasus demam berdarah dengue dan 21.000 kematian per tahun di seluruh dunia. Pada tahun 2015 tercatat terdapat 126.675 kasus DBD di 34 provinsi di Indonesia, dengan 1.229 orang di antaranya meninggal dunia. Enzim alfa-glukosidase merupakan target antiviral yang valid untuk enveloped virus. Inhibisi enzim RE alfa-glukosidase akan mengganggu proses pematangan dan fungsi glikoprotein envelop pada virus. Hal ini  menghambat proses perakitan partikel virus dan sekresinya. Hasil penelitian membuktikan bahwa inhibisi enzim alfa-glukosidase II  cukup dalam aktivitas antiviral sel inang  melawan demam dengue secara in vitro dan in vivo. Penemuan obat berbasis fragmen telah menjadi metode untuk menemukan kandidat obat baru. Pendekatan metode ini pertama-tama adalah mengidentifikasi fragmen yaitu molekul sangat kecil yang memiliki ukuran setengah dari ukuran obat-obatan secara umum. Fragmen-fragmen kemudian ditautkan bersama untuk membentuk obat baru. Pada penelitian ini digunakan enzim RE alfa-glukosidase II dengan kode 5IED. Sebanyak 281 senyawa baru berhasil diciptakan secara komputasi berdasarkan struktur 3D protein 5IED. Setelah dilakukan simulasi penambatan molekuler, uji toksisitas, uji druglikeness, uji farmakokinetika dan analisis interaksi protein-ligan, dipilih tiga senyawa terbaik yaitu LB.5 G2D, LO.1 G2D dan LX.23 G2D. Studi dinamika molekuler menunjukkan tiga residu asam amino yang berperan penting dalam pengikatan ligan LX.23 G2D dengan protein 5IED yaitu Asp451, Met565 dan Asp640.

---

Dengue fever is a contagious disease transmitted by Aedes aegypti mosquitoes. WHO reported that south east Asia and the western Pacific region bear nearly 75% of global dengue diseases. The dengue virus poses a global threat affecting 3.9 billion people in 128 countries with an estimated 2.1 million cases of DHF / DSS and 21,000 deaths per year worldwide. In 2015 there were 126,675 dengue cases recorded in 34 provinces in Indonesia, with 1,229 of them dying. The alpha-glucosidase enzyme is a valid antiviral target for enveloped viruses. Inhibition of ER alpha-glucosidase enzyme will interfere the maturation process and function of viral envelope glycoproteins. This inhibits the process of assembling virus particles and their secretions. Inhibition of ER alpha-glucosidase II enzyme is sufficient in antiviral activity of host cells against dengue fever in vitro and in vivo. Fragment-based drug discovery (FBDD) has become a tool for discovering drug leads. The approach first identifies fragments, tiny molecules, which are about half size of common drugs. The fragments are then linked together to generate drug leads. This research used ER alpha-glucosidase II enzyme with PDB ID 5IED. As much as 281 new compounds were developed computationally based on 3D structure of 5IED protein. After molecular docking simulations, toxicity tests, druglikeness tests, pharmacokinetic tests and protein-ligand interactions analyses, three best ligands were chosen namely LB.5 G2D, LO.1 G2D and LX.23 G2D. An LX.23 G2D molecular dynamics simulation showed that three amino acid residues played a very important role in ligand binding to 5IED protein. The amino acid residues were Asp451, Met565 and Asp640.     

"

"Demam berdarah (DF) merupakan virus yang ditularkan oleh nyamuk yang sudah menyebar hampir ke seluruh dunia dalam beberapa tahun ini, yaitu nyamuk Aedes sp. Penyakit demam berdarah ditandai dengan gejala demam, timbul kemerahan pada wajah, sakit perut, trombositopenia, tekanan nadi sempit, syok, dan pendarahan gastrointestinal. Hingga saat ini belum ditemukan adanya obat atau vaksin yang secara komersial digunakan untuk pengobatan orang yang terinfeksi demam berdarah dan masih menggunakan terapi yang sesuai dengan gejala demam berdarah. DENV membawa RNA sebagai materi genetiknya yang mengkode tiga protein struktural (kapsid, protein membran prM dan envelope) dan memiliki tujuh protein nonstruktural (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, dan NS5. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk menemukan senyawa kandidat obat menggunakan ligan yang berasal dari senyawa bahan alam sebagai inhibitor dari DENV NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database ZINC15 menggunakan metode Fragment Based Drug Discovery (FBDD) secara in silico dengan software Molecular Operating Software (MOE 2014.9). Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced-fit docking terhadap struktur 3-Dimensi protein NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database Protein Data Bank (PDB). Selanjutnya dilakukan proses fragment growing untuk memperoleh ligan dengan nilai RMSD, ∆Gbinding, dan interaksi ligan yang terbaik terhadap protein target. Senyawa kandidat obat yang terpilih dilakukan uji farmakologi (ADMETOX), toksisitas, farmakokinetik menggunakan pkCSM, SwissADME dan Toxtree. Hasil penelitian ini menunjukkan dua ligan terbaik yaitu Compound 293 dan 280 yang mempunyai sifat farmakologi yang baik dan dapat menghinhibisi protein NS5 metiltransferase.

---

Dengue fever (DF) is a mosquito-borne virus that has spread almost all over the world in recent years, namely the Aedes sp. Dengue fever is characterized by fever, facial flushing, abdominal pain, thrombocytopenia, narrow pulse pressure, shock, and gastrointestinal bleeding. Until now there has not been found a drug or vaccine that is commercially used for the treatment of people infected with dengue fever and still using therapy that is in accordance with the symptoms of dengue fever. DENV carries RNA as its genetic material that encodes three structural proteins (capsid, prM membrane protein and envelope) and has seven nonstructural proteins (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, and NS5. The purpose of this study was to find drug candidate compounds using ligands derived from natural compounds as inhibitors of DENV NS5 methyltransferase obtained from the ZINC15 database using the in silico Fragment Based Drug Discovery (FBDD) method with Molecular Operating Software (MOE 2014.9) . Molecular docking simulations were performed using a rigid protocol and induced-fit docking of the 3-Dimensional structure of the NS5 methyltransferase protein obtained from the Protein Data Bank (PDB) database. Next, the fragment growing process was carried out to obtain the best ligands with RMSD, ∆Gbinding, and ligand interactions with the target protein. The selected drug candidate compounds were tested for pharmacological (ADMETOX), toxicity, pharmacokinetics using pkCSM, SwissADME and Toxtree. The results of this study showed that the two best ligands, Compound 293 and 280, had good pharmacological properties and could inhibit NS5 methyltransferase protein."

"Tuberkulosis (TBC) merupakan salah satu penyakit menular dengan tingkat kematian terbanyak di dunia setelah COVID-19, dengan 10 juta kasus infeksi TBC pada 2020-2021. Penyakit TBC disebabkan oleh bakteri yang disebut Mycobacterium tuberculosis. Salah satu komponen utama dari Mycobacterium tuberculosis adalah protein RpoB. Protein RpoB memiliki gen RpoB yang berfungsi untuk mengkodekan subunit β dari RNA polymserae untuk mensintesis protein bagi sel bakteri. Inhibisi protein RpoB dapat menjadi pengobatan alternatif TBC. Dalam penelitian ini modifikasi senyawa sefalosporin menggunakan fragmen dengan pendekatan QSAR digunakan untuk menemukan senyawa inhibitor RpoB secara in silico. Proses simulasi penambatan molekul ini didukung oleh perangkat lunak MOE 2014.09, sedangkan penapisan sifat obat dan pembuatan fragmen menggunakan OsirisDataWarrior. Studi ADMET untuk ligan terpilih dilakukan menggunakan aplikasi OsirisDataWarrior, pkCSM, and SwissADME. Penelitian ini menghasilkan kandidat inhibitor protein RpoB dalam bentuk ligan modifikasi molecular sequence (mseq) 2,5,10, dan 20, yang memiliki lebih banyak interaksi dengan protein dibandingkan rifampicin dan isoniazid. Ligan modifikasi terbaik dengan mseq 2,5,10, dan 20 dengan energi ikatan -11.6487 kkal/mol, -11.3706 kkal/mol, -10.7246 kkal/mol, -10.4663 kkal/mol, secara berurutan. Hal ini menunjukkan perkembangan signifikan dalam energi ikat, dan interaksi dengan protein dibandingkan rifampicin dan isoniazid dengan energi ikat -11.2261 kkal/mol, dan -5.8633 kkal/mol.

---

Tuberculosis (TBC) is one of the deadliest infectious diseases globally, ranked only second after COVID-19, with 10 million cases of TBC infection globally in 2020-2021. TBC disease is caused by a bacteria called Mycobacterium tuberculosis. One of the main components of Mycobacterium tuberculosis is the rpoB protein, which contains the rpoB gene that encodes the β subunit of RNA polymerase to synthesize protein for bacterial cells. Inhibition of rpoB protein could be an alternative treatment to TBC. In this research, modification of cephalosporin compound with fragment using QSAR approach was used in finding rpoB inhibitor compound in silico. The docking simulation process was carried out using MOE 2014.09, while fragment creation and screening for drug properties of the ligands were carried out using DataWarrior OSIRIS Software. The ADMET study for selected ligands was performed using DataWarrior OSIRIS, pkCSM, and SwissADME. This research has created a rpoB protein inhibitor through cephalosporin ligand modification in the form of molecular sequence (mseq) 2, 5, 10, and 20 compounds with a higher number of interactions with rpoB protein compared to Rifampicin and Isoniazid. The best-modified ligand with mseq 2, 5, 10, and 20 were obtained with binding energy -11.6487 kcal/mol, -11.3706 kcal/mol, -10.7246 kcal/mol, -10.4663 kcal/mol, respectively. This indicates a significant improvement in energy binding and a higher number of interactions compared to rifampicin and isoniazid with energy binding of -11.2261 kcal/mol, and -5.8633 kcal/mol."

"Penyakit tuberkulosis (TB) merupakan penyakit mudah menular yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium Tuberkulosis (MTB) yang merupakan patogen paru-paru yang juga dapat menyebar ke seluruh bagian tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa obat TB yang akan menyerang protein Topoisomerase I pada mtb, menggunakan inhibitor senyawa peptida siklis. Protein Topoisomerase I dijadikan sebagai target obat dalam penelitian ini, karena fungsinya yang penting dalam mengurangi masalah topologi DNA pada mtb. Struktur 3D Topoisomerase I mtb diunduh dari Protein Data Bank (PDB). Senyawa peptida siklis dan standar yang digunakan pada penelitian ini diperoleh dari data base PubChem. Proses simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE). Proses simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan protokol rigid dan fleksibel. Proses ini menghasilkan 21 ligan peptida siklis terbaik yang memiliki energi ikat bebas negatif. Dari hasil penelitian, didapatkan ligan Cochinmicin I sebagai kandidat obat terbaik, karena memiliki sifat ADME, toksisitas dan sifat kimia obat yang paling baik.

---

Tuberculosis (TB) is a contagious disease caused by the bacteria Mycobacterium Tuberculosis (MTB), which is a lung pathogen that can also spread to all parts of the body. This study aims to obtain TB drug compounds that will attack the Topoisomerase I protein on MTB, using a cyclic peptide compound inhibitor. Topoisomerase I protein was used as a drug target in this study, because of its important function in reducing DNA topological problems in MTB. The 3D Topoisomerase I MTB structure was downloaded from the Protein Data Bank (PDB). The cyclic peptide compounds and standards used in this study were obtained from the PubChem database. The molecular docking simulation process is carried out using Molecular Operating Environment (MOE) software. The molecular docking simulation process is carried out using a rigid and flexible protocol. This process produces the best 21 cyclic peptide ligands which have negative free binding energy. From the research results, it was found that the Cochinmicin I ligand was the best drug candidate because it had the best ADME properties, toxicity and chemical properties of the drug."