Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Latar belakang: Prevalensi infeksi Helicobacter pylori pada anak di Indonesia 8%- 52%. Gejala dominan pada anak dengan infeksi H. pylori adalah refluks gastroesofageal yang mengganggu kualitas hidup (penyakit refluks gastroesofageal/PRGE), yang secara definitf di diagnosis dengan pemeriksaan esofagogastroduodenoskopi (EGD). Untuk mengetahui infeksi dilakukan uji Rapid Urease Test (RUT) pada saat bedside, namun uji ini belum diketahui akurasinya Tujuan: Mendapatkan proporsi positif RUT pada biopsi lambung dibandingkan real-time PCR. Selain itu ingin diketahui karakteristik gambaran klinis, demografi, dan hubungan faktor risiko pada anak PRGE yang menjalani prosedur EGD. Metode: Penelitian potong lintang pada 46 anak dengan PRGE di RSCM dan RS MMC. Semua subyek menjalani RUT, real-time PCR dan histopatologi. Hasil: Anak perempuan berusia lebih dari 10-18 tahun dengan tingkat pendidikan orangtua rendah mendominasi karakteristik subyek penelitian ini. Nyeri perut lebih dari 3 bulan, anemia, status nutrisi, orangtua dispepsia dan kepadatan kapling rumah pada penelitian ini tidak terbukti sebagai faktor risiko terhadap terjadinya PRGE. Namun, pola makan tidak teratur dan komsumsi makan berempah memengaruhi terjadinya gastropati pada lambung anak (p < 0,05). Proporsi positif RUT; 2,2% dan real-time PCR; 8,7%. Kesimpulan: Hasil negatif pada pemeriksaan RUT tidak menyingkirkan terjadinya infeksi H. pylori, terutama pada pasien dalam terapi proton pump inhibitor (PPI). Pemeriksaan lanjutan menggunakan real-time PCR dianjurkan untuk mendukung diagnosis ini.

 

---

Background: The prevalence of detected Helicobacter pylori infection of children in Indonesia was 8%-52%. Gastroesophageal reflux was the dominant symptom and might be attributable to H. pylori infection which reduced quality of life. Current definitive diagnosis was using esophagogastroduodenoscopy (EGD). Rapid Urease Test (RUT) was used in bedside setting for H. pylori detection, however its accuracy was still unkown. Objectives: This study was done to determine the positive proportion of RUT on gastric biopsy specimens and real-time PCR. Moreover, this study explored the characteristics of clinical and demographic features, and examined the risk factors in children with GERD (gastroesophageal reflux disease) who underwent diagnostic EGD. Methods: This is a cross-sectional study on 46 children diagnosed as GERD, admitted to the RSCM and MMC Hospital. All subject underwent RUT, real-time PCR and histopathology examination. Results: Most subjects are girls, more than 10-18 years with low parental education dominated the proportion of subject included in this study. According to abdominal pain more than 3 months, anemia, nutritional status, parental dyspepsia and crowded household were not proven to be risk factors for increase of GERD. However, irregular feeding habit and consumption of spicy foods were be associated with gastropathy in child’s gastric mucosa (p < 0,05). The positive proportion of RUT was 2.2% and real-time PCR was 8.7%. Conclusion: The negative result of RUT could not rule out of H. pylori infection, especially in patients with proton pump inhibitor (PPI) therapy. Further examination using real-time PCR is needed to support the diagnosis.

 

"

"Penelitian ini mengembangkan metode deteksi spesies babi (Sus scrofa) pada sampel daging campuran menggunakan automasi ekstraksi DNA magLEAD gC. DNA dianalisis menggunakan PCR dan TaqMan probe RT-PCR dengan primer spesifik untuk gen Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), dan NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Hasil menunjukkan bahwa ekstraksi DNA otomatis menghasilkan konsentrasi DNA 129,4–388,5 ng/μL pada daging mentah dan 66,4–89,5 ng/μL pada bakso dengan rasio kemurnian A260/A280 dan 260/A230 > 1,8. Primer COI, Cytb dan ND5 dapat mendeteksi DNA babi. PCR dan RT-PCR in vitro menunjukkan ketiga primer hanya mendeteksi DNA babi. Efisiensi amplifikasi RT-PCR primer COI, Cytb, dan ND5 adalah 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) dengan batas deteksi 0,0001 ng/μL, 0,001 ng/μL, dan 0,001 ng/μL. Primer/probe Cytb dan ND5 mendeteksi bakso dengan campuran daging babi hingga 0,1% (w/w).

---

This study developed a method to detect pig species (Sus scrofa) in mixed meat samples using automated DNA extraction with the magLEAD gC. DNA was analyzed using PCR and TaqMan probe RT-PCR with specific primers for the genes Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), and NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Results showed that automated DNA extraction produced DNA concentrations of 129.4–388.5 ng/μL in raw meat and 66.4–89.5 ng/μL in processed meatballs with purity ratios A260/A280 dan 260/A230 > 1.8. The COI, Cytb and ND5 primers could be used to detect pig DNA. In vitro PCR and RT-PCR showed that all three primers only detected pig DNA. The RT-PCR amplification efficiency for COI, Cytb, and ND5 primers were 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) with detection limits of 0.0001 ng/μL, 0.001 ng/μL, and 0.001 ng/μL. The Cytb and ND5 primers/probes detected meatballs with pig meat content as low as 0.1% (w/w)."

"Infeksi Clostridium difficile toksigenik meningkat tajam pada satu dekade terakhir, menyebabkan pseudo membran colitis (PMC) dan Clostridium difficile associated diarrhea (CDAD). Salah satu faktor risikonya adalah penggunaan antibiotik. Tujuan penelitian adalah mengetahui prevalensi dan gambaran karakteristik subyek dengan Clostridium difficile toksigenik serta menilai kemampuan rapid test toksin terhadap real time PCR. Subyek penelitian prospektif ini adalah 90 subyek dewasa dengan terapi antibiotik lebih dari 2 minggu. Hasil pemeriksaan menggunakan rapid test dan real time PCR disajikan dalam tabel 2x2, dilakukan uji statistik dengan chi square. Hasil penelitian menunjukkan 2 spesimen dieksklusi karena hasil invalid, 24 spesimen positif dan 64 negatif dengan rapid test toksin; 33 spesimen positif dan 55 negatif dengan real time PCR. Prevalensi Clostridium difficile toksigenik berdasar rapid test toksin adalah 27,3% dan real time PCR 37,5%. Terdapat perbedaan bermakna antara konsistensi feses dan jumlah antibiotik dengan terdeteksinya Clostridium difficile toksigenik (p<0,05). Terdapat hubungan antara lama terapi antibiotik dengan terdeteksinya Clostridium difficile toksigenik menggunakan real time PCR (p=0,010, RR=2,116). Sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, nilai duga negatif, rasio kemungkinan positif dan rasio kemungkinan negatif rapid test toksin terhadap real time PCR berturut-turut adalah 69,7%; 98,2%; 95,8%; 84,4%; 39,2 dan 0,31. Dari hasil penelitian disimpulkan bahwa prevalensi Clostridium difficile di RSCM lebih tinggi dibanding Malaysia, Thailand dan India; subyek dengan terapi antibiotik lebih dari 4 minggu berisiko terdeteksi Clostridium difficile toksigenik 2 kali lebih besar dibanding subyek dengan terapi antibiotik kurang dari 4 minggu; rapid test toksin dapat digunakan sebagai alat deteksi Clostridium difficile toksigenik.

---

Toxigenic Clostridium difficile infection have increased sharply in the last decade, causing a pseudo membrane colitis (PMC) and Clostridium difficile associated diarrhea (CDAD). One of the biggest risk factor is the use of antibiotics. The purpose of the study was to determine the prevalence and characteristics of subjects with toxigenic Clostridium difficile and assess the ability of the toxin rapid test compared to real-time PCR. Ninety adult subjects with antibiotic therapy more than 2 weeks were enrolled to this prospective study. The results of toxin rapid test and real-time PCR were presented in 2x2 table, statistical tests was calculated with chi square. Two specimens were excluded due to invalid results. The results showed 24 positive and 64 negative specimens by toxin rapid test; 33 positive and 55 negative specimens by real-time PCR. The prevalence of toxigenic Clostridium difficile based on toxin rapid test were 27.3% and 37.5% by real-time PCR. There were significant differences between stool consistency and number of antibiotics that were used with the detection of toxigenic Clostridium difficile. There was a relationship between duration of antibiotic therapy with detection of toxigenic Clostridium difficile using real-time PCR (p = 0.010, RR = 2.116). Sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, positive likelihood ratio and negative likelihood ratio of toxin rapid test against real-time PCR were 69.7%; 98.2%; 95.8%; 84.4%; 39.2 and 0.31, respectively. The study concluded that the prevalence of Clostridium difficile in RSCM was higher than Malaysia, Thailand and India; subjects with antibiotic therapy for more than 4 weeks had double risk to have toxigenic Clostridium difficile than subjects with antibiotic therapy for less than 4 weeks and toxin rapid test could be used as a tool to detect toxigenic Clostridium difficile."

"Jamu merupakan obat tradisional berbahan alami dan telah didayagunakan oleh bangsa Indonesia dalam memecahkan berbagai masalah kesehatan yang dihadapinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi populasi mikroba dan menganalisis kemungkinan kontaminasi mikroba Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp., dan Staphylococcus aureus yang terdapat pada sediaan jamu di Indonesia menggunakan teknik real-time PCR dan membandingkannya dengan metode konvensional yaitu Angka Lempeng Total (ALT) dan uji bakteri patogen. Berdasarkan hasil yang diperoleh, metode konvensional belum dapat digunakan sebagai pengujian utama karena masih memberikan hasil positif palsu dan dengan metode real-time PCR dapat dideteksi adanya cemaran Pseudomonas aeruginosa pada sampel jamu yang tidak dapat terdeteksi dengan metode konvensional

---

Herbal medicine is a traditional medicine made from natural materials that have been used by Indonesian people to solve health problems. This study aims to identify the microbial population and analyze microbial contamination of mikroba Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp., dan Staphylococcus aureus were found in herbal medicine in Indonesia using real-time PCR technique and compared with conventional methods such as Total Viable Count (TVC) and identification of bacterial pathogens. The result has shown that conventional methods can not be used as the main test because of false positive results. Realtime PCR method can detects the presence of contaminant bacteria Pseudomonas aeruginosa and in herbal medicine sample that can not be detected with conventional method."

"Latar Belakang: Infeksi Helicobacter pylori merupakan infeksi kronis bakterial yang berhubungan dengan penyakit gastroduodenal. Berdasarkan konsensus Bangkok, pemeriksaan diagnostik infeksi H.pylori hendaknya dilakukan pada semua pasien dispepsia kronis. Urea breath test (UBT) merupakan pemeriksaan referens non-invasif dengan biaya cukup mahal. Rapid test antigen feses merupakan pemeriksaan yang praktis dengan biaya lebih terjangkau. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi peran diagnostik rapid test antigen H.pylori dalam feses terhadap UBT pada pasien dispepsia. Metode: Penelitian ini merupakan uji potong lintang terhadap pasien dispepsia di RSUPN Cipto Mangunkusumo selama bulan Agustus-Oktober 2018. Sebanyak 70 subjek diambil secara consecutive sampling dan dilakukan pemeriksaan rapid test SD Bioline H.pylori Ag^® dan Urea [¹³C] Breath Test Kit-Heliforce^®. Hasil: Rerata usia subjek penelitian adalah 46,2 ± 14,23 tahun (18-70 tahun) dan terdapat 17,14% subjek positif terinfeksi H.pylori berdasarkan hasil UBT. Sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi positif, dan nilai prediksi negatif rapid test secara berurutan adalah 41,67%, 100%, 100%, dan 89,23%. Simpulan: Rapid test antigen H.pylori dalam feses memiliki sensitvitas yang kurang baik tetapi memiliki spesifisitas, NPP, dan NPN yang cukup baik; praktis digunakan; dan harganya jauh lebih terjangkau sehingga masih dapat dipertimbangkan untuk digunakan pada daerah dengan keterbatasan ekonomi dan fasilitas.

---

Background: Helicobacter pylori infection is a chronic bacterial infection associated with gastroduodenal diseases. Based on the Bangkok consensus, a diagnostic test of H.pylori infection should be carried out in all patients with chronic dyspepsia. Urea breath test (UBT) is a non-invasive reference test with a fairly expensive cost. Stool antigen rapid test is a practical test with a more affordable cost. We aimed to evaluate the diagnostic role of the H.pylori stool antigen rapid test against UBT in dyspeptic patients.

Methods: This was a cross-sectional study of dyspeptic patients at RSUPN Cipto Mangunkusumo during August-October 2018. A total of 70 subjects were taken by consecutive sampling method and tested with rapid test SD Bioline H.pylori Ag^® and Urea [¹³C] Breath Test Kit-Heliforce^®.

Results: The mean age of the subjects was 46.2 ± 14.23 years (18-70 years) and there were 17.14% subjects positively infected with H.pylori based on UBT results. Sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of the rapid test were 41.67%, 100%, 100%, and 89.23% respectively.

Conclusion: Helicobacter pylori stool antigen rapid test had poor sensitivity but had a good specificity, PPV, and NPV; practical use; and more affordable price so that it could still be considered to be used in areas with economic and facilities limitations."

"Skrining darah pendonor di Indonesia terhadap malaria belum dilakukan dengan pemeriksaan laboratorium. Kemungkinan resiko penularan malaria melalui darah donor dapat terjadi dan membahayakan jiwa resipien. Malaria di kota Ambon berdasarkan Annual Parasite Incidence adalah 4,49? termasuk High Case Incidence (HCI). Penelitian ini bertujuan mengetahui prevalensi malaria dengan berbagai pemeriksaan laboratorium di kota Ambon. Dikumpulkan sebanyak 550 donor di Unit transfusi darah PMI Ambon dalam kurun waktu 3 bulan dan dilakukan berbagai pemeriksaan. Hasilnya memperlihatkan tidak satupun terdeteksi positif dengan pemeriksaan mikroskopik maupun rapid test antigen Pf HRP2-pan aldolase atau Pf HRP-2- PvLDH. Duapuluh dua donor terbukti mengandung immunoglobulin P. falciparum dengan rapid test antibodi. Lima donor lain positif dengan PCR menggunakan 18S rRNA. Penelitian ini membuktikan adanya potensi penularan malaria dari darah donor sebesar 4.9% di Pulau Ambon.

---

Screening of blood donors in Indonesia against malaria with laboratory tests have not been done. Possible risk of malaria transmission through donated blood may occur and endanger the lives of recipients. Malaria in the city of Ambon by Annual Parasite Incidence was 4.49 - including High Case Incidence (HCI). This study aims to determine the prevalence of malaria with a several laboratory tests in the city of Ambon. Collection of total 550 donors at Red Cross blood transfusion unit Ambon, was carried out for a period of 3 months and followed by various examinations. The results showed none detected positive by microscopic examination or antigen rapid test PfHRP2-aldolase or PfHRP2-LDH. Twenty-two donors were found to contain P. falciparum with immunoglobulin antibody rapid test, in addition five other donors positive by PCR using 18S rRNA. This study showed that the potency of malaria transmission by blood donors was 4.9% in the island of Ambon."

"Latar belakang : Angka kejadian infeksi menular seksual (IMS) dengan pengeluaran duh genital di Indonesia didasarkan pada modalitas diagnosis yang masih terbatas. Survey IMS di kota besar pada kelompok resiko tinggi secara periodik memberikan gambaran infeksi klamidia dan gonore yang dominan. Perubahan patogenesis infeksi klamidia dan gonore yang disebabkan karakteristik demografik, perilaku seks dan pengobatan sendiri menyebabkan diagnosis pendekatan sindrom tidak lagi akurat.Tujuan : Mengembangkan sistem deteksi C. trachomatis dan N. gonorrhoeae menggunakan PCR dupleks pada penderita IMS dengan pengeluaran duh genital.Metode : Penelitian dilakukan dalam 3 tahap. Tahap I adalah tahap optimasi terhadap suhu dan waktu annealing, konsentrasi primer, waktu sentrifugasi dan volume elusi akhir. Tahap II merupakan uji spesifisitas pemeriksaan terhadap bakteri lain dan ambang deteksi dupleks PCR dan tahap III adalah aplikasi PCR dupleks terhadap spesimen klinik.Hasil : Hasil optimasi yang didapatkan adalah sebagai berikut: suhu annealing 54°C, waktu annealing 60 detik, konsentrasi baik primer CTR dan CTF masing-masing 0,7μM sedangkan konsentrasi baik primer NGR dan NGF masing-masing 0,5μM, waktu sentrifugasi 10 menit dan volume elusi 60 μl. Ambang deteksi DNA terendah untuk C. trachomatis adalah 0,927 pg/reaksi PCR dan untuk N. gonorrhoeae adalah 1,19 pg/reaksi PCR. PCR dupleks terhadap 23 spesimen endoserviks memberikan hasil pita yang sesuai untuk C. trachomatis sebanyak 10 kasus (43,5%) dan pita yang sesuai untuk N. gonorrhoeae sebanyak 10 kasus (43,5%) dengan 4 kasus koinfeksi. PCR dupleks pada 18 swab uretra laki-laki memberikan hasil pita yang sesuai untuk C. trachomatis sebanyak 1 kasus (0,5%) dan pita yang sesuai untuk N. gonorrhoeae sebanyak 12 kasus (66,7%). Pemeriksaan PCR dupleks terhadap N. gonorrhoeae memiliki sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi positif dan nilai prediksi negatif berturut-turut 100%, 61,9%, 20%, dan 100% pada spesimen endoserviks dan 75%, 40%, 50%, dan 66,67% pada spesimen uretra pria. PCR dupleks terhadap C. trachomatis dibandingkan uji deteksi antigen klamidia memiliki hasil positif lebih banyak baik pada spesimen swab endoserviks maupun uretra pria (10:3 dan 1:0).

---

Background : The incidence of sexually transmitted infections (STIs) with discharge in Indonesia is based on limited diagnostic modalities. STIs survey periodically in large cities of Indonesia to high-risk groups provide dominant pattern of C. trachomatis and N. gonorrheae infection. Pathogenesis change of C. trachomatis and N. gonorrheae infection due to demographic characteristic, sexual and self-medication behavior may reflect routine syndromic approach diagnostic is no longer accurate.

Objective : To develop detection system of C. trachomatis and N. gonorrhoeae using duplex PCR assay to genital discharge in patient with sexual transmitted infection.

Methods : Three steps research were done. Firstly was PCR assay optimalization to annealing time and temperature, primer concentration, centrifugation time and elution volume. Secondly, specificity test and thirdly duplex PCR assay application to clinical specimen.

Results : Duplex PCR assay optimalization gave results as follow: annealing temperature was 54°C, annealing time was 60 detik, C. trachomatis primer concentration both reverse and forward were 0,7μM and N. gonorrhoeae primer concentration both reverse and forward were 0,5μM, centrifugation time was 10 minutes and elution volume elusi 60 μl. Detection limit of duplex PCR to C. trachomatis was 0.927 pg / PCR reaction, and N. gonorrhoeae was 1,19 pg / PCR reaction. Duplex PCR application to 23 endocervical swab which corresponds to C. trachomatis were 10 cases (43.5%) and corresponds to N. gonorrhoeae were 10 cases (43.5%), with 4 coinfection cases. Duplex PCR to 18 male urethral swab which corresponds to C. trachomatis was 1 case (0.5%) and that corresponds to N. gonorrhoeae were 12 cases (66.7%). Duplex PCR to detect N. gonorrhoeae had sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of 100%, 61.9%, 20%, and 100% in endocervical specimens, respectively and 75%, 40%, 50%, and 66.67%, in male urethral specimens respectively. Duplex PCR to detect C. trachomatis was compared with chlamydial antigen detection test were show positive results higher both in endocervical and male urethral specimens (10:3 and 1:0)."

"Infeksi Hookworm (Necator americanus atau Ancylostoma duodenale) didunia mencapai sekitar 740 juta jiwa. Infeksi cacing tambang dapat menyebabkan malnutrisi, anemia dan defisiensi zat besi. Secara konvensional, diagnosis infeksi cacing tambang berdasarkan pada deteksi telur cacing tambang dalam sampel tinja manusia secara mikroskopik. Namun, metode tersebut memiliki beberapa keterbatasan. Terutama, seringnya kegagalan dalam membedakan sampai tingkat spesies. Dengan menggunakan Real Time PCR kita mengevaluasi infeksi submikroskopis hookwom (N. americanus dan A. duodenale) dari sampel feses anak (usia 5--18 tahun) pre dan post treatment Albendazole 400 mg di Nangapanda, Ende. Pemeriksaan dilakukan di Laboratorium Helmintologi, Departemen Parasitologi FKUI pada bulan November 2012 sampai dengan Mei 2013. Dua jenis probe spesifik yang digunakan dalam Real Time PCR: FAM dan Texas Red untuk mendeteksi N. americanus dan A. duodenale. Sebanyak 5 dari 90 sampel feses acak pre dan post treatment terinfeksi N. americanus dengan kandungan DNA rendah dan tidak ditemukan sampel yang terinfeksi A. duodenale. Penelitian menunjukkan bahwa Real Time PCR dapat mendeteksi infeksi submikroskopis spesies hookworm secara spesifik. Multiplex Real Time PCR sangat berguna untuk mendeteksi infeksi submikroskopis, terutama ketika intensitas infeksi rendah.

---

Hookworm infection (Necator americanus or Ancylostoma duodenale) in the world reachs about 740 million people. The infection of hookworm can lead to malnutrition, anemia and iron deficiency. Traditionally, diagnostic of hookworm infection is based on detection of hookworm eggs in human stool samples using microscopy. However, there are several limitations of this method. Importantly, species differentiation are often failed. Using Real Time PCR we evaluated submicroscopic infection of N. americanus and A. duodenale from human faecal samples (5-18years) in Nangapanda, Ende. The stool samples were collected in two times period, before and after treatment using 400mg of Albendazole. The examination was performed at the Laboratory of Parasitology,Faculty of Medicine Department Helmintologi during November 2012-May 2013. Two specific species probes were used in Real Time PCR: FAM and Texas Red to detect N.americanus and A.duodenale respectively. Five out of 90 random faecal samples were infected by N. americanus with low load DNA and none of A.duodenale infection was found. The present study shown that Real Time PCR could detect submicroscopic infection from specific species of hookworm. Multiplex Real Time PCR is very useful for detecting submicroscopic infections, especially when the intensity of hookworm infection is low."

"Polymerase Chain Reaction (PCR) telah digunakan untuk mendeteksi Salmonella dalam sampel makanan dan minuman. Primer yang digunakan didesain berdasarkan gen invA spesifik Salmonella untuk amplifikasi. Dua puluh satu sampel dikoleksi dari pedagang kaki lima di Jalan Margonda Raya Pondok Cina Depok dari bulan Maret 2008 hingga pertengahan April 2008. Persiapan sampel sebelum PCR, meliputi langkah prapengayaan dalam Buffered Peptone Water dan diikuti ekstraksi DNA menggunakan metode boiling. Dari hasil ekstraksi DNA, fragmen berukuran 244 pb diamplifikasi dengan PCR. Sampel juga diuji menggunakan metode kultur standar untuk mengkonfirmasi hasil pengujian sampel dengan metode PCR. Batas uji deteksi metode PCR dalam penelitian ini adalah 2,85 x 106 CFU/ml. Sebanyak empat dari dua puluh satu sampel terdeteksi mengandung Salmonella dengan metode PCR, tiga diantaranya tidak terdeteksi dengan metode kultur standar dan satu sampel lainnya terdeteksi dengan metode kultur standar yang dilanjutkan metode PCR. Diharapkan penelitian ini dapat bermanfaat untuk pengembangan metode deteksi Salmonella yang mudah, cepat dan dapat dipercaya pada sampel makanan dan minuman."