Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 182260 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Simanjuntak, Lasma Susi F
Deteksi infeksi helicobacter pylori pada anak menggunakan metode rapid urease test dan real-time polymerase chain reaction pada jaringan biopsi serta faktor yang memengaruhinya = Detection of helicobacter pylori infection in children using the rapid urease test and real-time polymerase chain reaction by using gastric biopsy and associated factor
"

Latar belakang: Prevalensi infeksi Helicobacter pylori pada anak di Indonesia 8%- 52%. Gejala dominan pada anak dengan infeksi H. pylori adalah refluks gastroesofageal yang mengganggu kualitas hidup (penyakit refluks gastroesofageal/PRGE), yang secara definitf di diagnosis dengan pemeriksaan esofagogastroduodenoskopi (EGD). Untuk mengetahui infeksi dilakukan uji Rapid Urease Test (RUT) pada saat bedside, namun uji ini belum diketahui akurasinya Tujuan: Mendapatkan proporsi positif RUT pada biopsi lambung dibandingkan real-time PCR. Selain itu ingin diketahui karakteristik gambaran klinis, demografi, dan hubungan faktor risiko pada anak PRGE yang menjalani prosedur EGD. Metode: Penelitian potong lintang pada 46 anak dengan PRGE di RSCM dan RS MMC. Semua subyek menjalani RUT, real-time PCR dan histopatologi. Hasil: Anak perempuan berusia lebih dari 10-18 tahun dengan tingkat pendidikan orangtua rendah mendominasi karakteristik subyek penelitian ini. Nyeri perut lebih dari 3 bulan, anemia, status nutrisi, orangtua dispepsia dan kepadatan kapling rumah pada penelitian ini tidak terbukti sebagai faktor risiko terhadap terjadinya PRGE. Namun, pola makan tidak teratur dan komsumsi makan berempah memengaruhi terjadinya gastropati pada lambung anak (p < 0,05). Proporsi positif RUT; 2,2% dan real-time PCR; 8,7%. Kesimpulan: Hasil negatif pada pemeriksaan RUT tidak menyingkirkan terjadinya infeksi H. pylori, terutama pada pasien dalam terapi proton pump inhibitor (PPI). Pemeriksaan lanjutan menggunakan real-time PCR dianjurkan untuk mendukung diagnosis ini.

 

Background: The prevalence of detected Helicobacter pylori infection of children in Indonesia was 8%-52%. Gastroesophageal reflux was the dominant symptom and might be attributable to H. pylori infection which reduced quality of life. Current definitive diagnosis was using esophagogastroduodenoscopy (EGD). Rapid Urease Test (RUT) was used in bedside setting for H. pylori detection, however its accuracy was still unkown. Objectives: This study was done to determine the positive proportion of RUT on gastric biopsy specimens and real-time PCR. Moreover, this study explored the characteristics of clinical and demographic features, and examined the risk factors in children with GERD (gastroesophageal reflux disease) who underwent diagnostic EGD. Methods: This is a cross-sectional study on 46 children diagnosed as GERD, admitted to the RSCM and MMC Hospital. All subject underwent RUT, real-time PCR and histopathology examination. Results: Most subjects are girls, more than 10-18 years with low parental education dominated the proportion of subject included in this study. According to abdominal pain more than 3 months, anemia, nutritional status, parental dyspepsia and crowded household were not proven to be risk factors for increase of GERD. However, irregular feeding habit and consumption of spicy foods were be associated with gastropathy in child’s gastric mucosa (p < 0,05). The positive proportion of RUT was 2.2% and real-time PCR was 8.7%. Conclusion: The negative result of RUT could not rule out of H. pylori infection, especially in patients with proton pump inhibitor (PPI) therapy. Further examination using real-time PCR is needed to support the diagnosis.

 

"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Lisa Yuliantiningsih
Deteksi helicobacter pylori dengan metode biakan dan uji motilitas indol urease pada pasien dispepsia = Detection of helicobacter pylori using culture methode and motility indol urease test in dyspepsia patient
"Latar Belakang: Diagnosis definitif Helicobacter pylori H.pylori hingga kini masih merupakan masalah. Biakan untuk isolasi dan identifikasi bakteri ini sulit. Uji cepat urease direkomendasikan sebagai uji diagnostik lini pertama pasien dispepsia.
Tujuan: Mengembangkan komposisi medium biakan dan deteksi cepat H.pylori pada spesimen biopsi lambung pasien dispepsia.
Metode: Desain penelitian merupakan studi potong lintang dan eksperimental laboratorium. Sampel diambil dengan cara consecutive sampling sebanyak 68 spesimen biopsi lambung 34 antrum, 34 korpus, masing-masing untuk biakan dan uji MIU. Sebagai pembanding digunakan histopatologi dan PCR. Mula-mula dilakukan optimasi medium biakan dan MIU konsentrasi merah fenol, pH, urea dan suhu inkubasi. Selanjutnya kondisi optimal yang diperoleh diaplikasikan pada spesimen biopsi pasien dispepsia.
Hasil: Medium biakan agar darah Columbia ditambah vankomisin 5 mg / 500 mL dan darah domba 7 belum optimal, namun dapat digunakan untuk isolasi dan identifikasi. Hasil MIU modifikasi sebagai berikut: konsentrasi merah fenol 0,001 ; urea 4 ; pH medium 7; Suhu inkubasi optimal 35-370 C. Proporsi positif hasil uji MIU sebesar 35,29 12/34, biakan 32,35 11/34, PCR 32,35 11/34 dan histopatologi 20,59 7/34.
Kesimpulan: Pemeriksaan MIU meningkatkan positivitas hasil pemeriksaan sebesar 14,7 bila dibandingkan dengan histopatologi.
Background: Until now, definitive diagnostic of H.pylori is still a problem. Culture for isolation and identification of this pathogen is difficult. Rapid urease test is recommended as a first line diagnostic test.
Aim: To obtain optimal composition for culture medium and Motility Indol Urease MIU test for the detection of H. pylori in dyspeptic patient biopsy specimens.
Method: A cross sectional and experimental laboratory study was performed. Sixty eight gastric biopsy samples 34 antrum, 34 corpus were collected by consecutive sampling method for culture and MIU test. Histopathology and PCR were conducted for comparison. Initially, we performed the optimation of culture medium and MIU test phenol red and urea concentration, pH, and temperature. The optimal condition obtained was then applied to the specimens.
Result: Columbia agar supplemented with vancomycin 5 mg 500 mL and 7 sheep blood was unable to create an optimal condition, but it can be used for isolation and identification. Modified MIU was performed by this following condition phenol red 0,001 urea 4 pH 7 incubation temperature 35 37oC. Positive proportion of MIU was 35.29 12 34, culture 32.35 11 34, PCR 32,35 11 34 and histopathology 20.59 7 34.
Conclusion: MIU test was able to improve the positivity rate by 14,7 compared to histopathology."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Lisa Yuliantiningsih
Deteksi helicobacter pylori dengan metode biakan dan uji motilitas indol urease pada pasien dispepsia = Detection of helicobacter pylori using culture methode and motility indol urease test in dyspepsia patient.
"Latar Belakang: Diagnosis definitif Helicobacter pylori (H.pylori) hingga kini masih merupakan masalah. Biakan untuk isolasi dan identifikasi bakteri ini sulit. Uji cepat urease direkomendasikan sebagai uji diagnostik lini pertama pasien dispepsia.
Tujuan: Mengembangkan komposisi medium biakan dan deteksi cepat H.pylori pada spesimen biopsi lambung pasien dispepsia.
Metode: Desain penelitian merupakan studi potong lintang dan eksperimental laboratorium. Sampel diambil dengan cara consecutive sampling sebanyak 68 spesimen biopsi lambung (34 antrum, 34 korpus), masing-masing untuk biakan dan uji MIU. Sebagai pembanding digunakan histopatologi dan PCR. Mula-mula dilakukan optimasi medium biakan dan MIU (konsentrasi merah fenol, pH, urea dan suhu inkubasi). Selanjutnya kondisi optimal yang diperoleh diaplikasikan pada spesimen biopsi pasien dispepsia.
Hasil: Medium biakan agar darah Columbia ditambah vankomisin 5 mg/500 mL dan darah domba 7% belum optimal, namun dapat digunakan untuk isolasi dan identifikasi.
Hasil MIU modifikasi sebagai berikut: konsentrasi merah fenol 0,001%; urea 4%; pH medium 7; Suhu inkubasi optimal 35-370 C. Proporsi positif hasil uji MIU sebesar 35,29% (12/34), biakan 32,35%(11/34), PCR 32,35%(11/34) dan histopatologi 20,59% (7/34).
Kesimpulan: Pemeriksaan MIU meningkatkan positivitas hasil pemeriksaan sebesar 14,7% bila dibandingkan dengan histopatologi.
Background: Until now, definitive diagnostic of H.pylori is still a problem. Culture for isolation and identification of this pathogen is difficult. Rapid urease test is recommended as a first-line diagnostic test.
Aim: to obtain optimal composition for culture medium and Motility-Indol-Urease (MIU) test for the detection of H. pylori in dyspeptic patient biopsy specimens.
Method: A cross sectional and experimental laboratory study was performed. Sixty eight gastric biopsy samples (34 antrum, 34 corpus) were collected by consecutive sampling method for culture and MIU test. Histopathology and PCR were conducted for comparison. Initially, we performed the optimation of culture medium and MIU test (phenol red and urea concentration, pH, and temperature). The optimal condition obtained was then applied to the specimens.
Result: Columbia agar supplemented with vancomycin 5 mg / 500 mL and 7% sheep blood was unable to create an optimal condition, but it can be used for isolation and identification. Modified MIU was performed by this following condition: phenol red 0,001%; urea 4%; pH 7; incubation temperature 35-37oC. Positive proportion of MIU was 35.29% (12/34), culture 32.35% (11/34), PCR 32,35% (11/34) and histopathology 20.59% (7/34).
Conclusion: MIU test was able to improve the positivity rate by 14,7% compared to histopathology. "
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Arleen Devita
Deteksi mycobacterium leprae dengan real-time polymerase chain reaction pada spesimen kerokan jaringan kulit dan jaringan biopsi kulit pasien kusta pausibasilar dengan basil tahan asam negatif = Detection of mycobacterium leprae using real time polymerase chain reaction in slit skin smear and skin biopsy specimens of paucibacillary patient with negative acid fast bacilli
"Penyakit kusta masih menjadi masalah kesehatan di dunia terutama di Indonesia sebagai negara dengan prevalensi tertinggi ketiga di dunia. Gejala klinis dan pemeriksaan penunjang yang ada sulit untuk menegakkan diagnosis definitif kusta pausibasilar (PB) dengan basil tahan asam (BTA) negatif. Diperlukan uji alternatif seperti real-time polymerase chain reaction berbasis probe TaqMan yang sensitif dan spesifik untuk mendeteksi Mycobacterium leprae. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi M. leprae pada pasien kusta PB dengan basil tahan asam negatif, dengan menggunakan real-time polymerase chain reaction (PCR) berbasis probe TaqMan pada spesimen kerokan jaringan kulit dan jaringan biopsi kulit. Sebanyak 24 pasien yang menjadi sampel penelitian. Setiap pasien dilakukan pengambilan spesimen kerokan jaringan kulit dari cuping telinga dan lesi kulit dan jaringan biopsi kulit. Uji TaqMan real-time PCR memberikan positivitas sebesar 20,8%, 25% dan 95,8% pada spesimen kerokan jaringan kulit cuping telinga, lesi kulit dan pada jaringan biopsi kulit. Positivitas hasil pemeriksaan patologi anatomi (PA) yang menunjukkan kusta sebesar 79,2%. Hal ini menunjukkan bahwa pemeriksaan TaqMan real-time PCR mampu meningkatkan kemampuan diagnosis pemeriksaan PA sebesar 16,6%. yang selama ini menjadi pemeriksaan baku emas kusta. Spesimen yang dianjurkan untuk digunakan pada pemeriksaan TaqMan real-time PCR adalah jaringan biopsi kulit.
Leprosy is still considered as a major health problem worldwide especially in Indonesia as the third highest prevalence in the world. The clinical symptoms are often similar with other skin diseases and the current available laboratory methods to establish definitive diagnosis of paucibacillary leprosy with negative acid-fast bacilli is difficult. Therefore, it is important to apply an alternative assay such as real-time polymerase chain reaction-based TaqMan probe for sensitive and specific detection of Mycobacterium leprae. The aim of this study is to detect M. leprae in paucibacillary leprosy with negative acid-fast bacilli using real-time PCR-based TaqMan probe in slit skin and skin biopsy tissue specimens. A total of 24 patients were selected as sample. From each patient it was taken slit skin specimen from the ear lobe and skin lesions and skin biopsy tissue specimen. The TaqMan real-time PCR showed 20,8%, 25% and 95,8% positivity in slit skin of earlobes, slit skin lession and skin biopsy tissue respectively. Histopatology examination result showed 79,2% positivity of leprosy. It showed that TaqMan real-time PCR could improve the diagnosis by 16,6% compared to histopathology which considered as gold standard. Specimen recommended to be used is skin biopsy tissue."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2016
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Endang Rahmawati
Deteksi toxoplasma gondii dan epstein barr virus pada pasien HIV dengan gejala klinis tersangka infeksi otak menggunakan dupleks real time polymerase chain reaction = Detection of toxoplasma gondii and epstein barr virus in HIV patient with clinical symptom suspect central nervous system infection using duplex real time polymerase chain reaction / Endang Rahmawati
"Lesi fokal otak merupakan komplikasi neurologi pada pasien HIV yang ditandai oleh lesi desak ruang (Space Occupying Lesion) yang membutuhkan penanganan cepat dan tepat. Di beberapa negara, lesi ini dapat disebabkan oleh toksoplasma ensefalitis dan limfoma otak primer. Lesi yang disebabkan oleh toksoplasmosis dan limfoma otak primer yang disebabkan oleh Epstein Barr virus sulit untuk dibedakan menggunakan CT scan ataupun MRI. Pemeriksaan gold standar untuk membedakan keduanya yaitu dengan biopsi otak, namun hal ini merupakan tindakan invasif dan dapat menimbulkan komplikasi. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh uji deteksi untuk diagnosis cepat infeksi Toxoplasma gondii dan Epstein Barr virus. Desain yang dipakai pada penelitian adalah studi eksperimental laboratorium. Uji deteksi yang dikembangkan adalah dupleks real-time PCR yang dapat mendeteksi T.gondii dan EBV atau kombinasi keduanya dalam satu reaksi pada sampel pasien HIV dengan gejala klinis tersangka infeksi otak. Tahap pertama dilakukan optimasi dupleks real-time PCR meliputi suhu annealing, konsentrasi primer dan probe, uji volume elusi dan volume cetakan. Penentuan ambang batas deteksi dilakukan untuk mengukur minimal T.gondii dan EBV yang dapat dideteksi. Reaksi silang untuk mengetahui spesifisitas teknik dilakukan menggunakan bakteri dan virus sebagai berikut Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis H37Rv, Candida spp, Cytomegalo virus, Herpes zoster virus, dan Varicella zoster virus. Dupleks real-time PCR yang telah optimal diaplikasi pada sampel pasien. Sampel yang digunakan adalah darah dan cairan serebrospinal dari pasien HIV dengan gejala klinis infeksi otak yang dirawat di bagian neurologi RSCM. Hasil optimasi dupleks real-time PCR diperoleh suhu annealing untuk T.gondii dan EBV 58°C, konsentrasi primer forward dan reverse untuk T.gondii dan EBV adalah 0,2 µM, konsentrasi probe T.gondii 0,4µM, konsentrasi probe EBV 0,2 µM. Deteksi ambang batas minimal DNA untuk T.gondii 5,68 copy /ml, sedangkan EBV 1,31 copy/ml. Uji yang dikembangkan pada penelitian ini termasuk uji yang sensitif dibandingkan hasil penelitian lain. Uji reaksi silang primer dan probe dupleks real-time PCR terhadap beberapa bakteri dan virus lain, menunjukkan tidak bereaksi silang dengan primer dan probe yang digunakan untuk mendeteksi T.gondii dan EBV. Hasil pemeriksaan dupleks real-time PCR pada sampel darah diperoleh 16% positif T.gondii, 40% positif Epstein Barr virus, sebanyak 16% positif Epstein Barr virus dan T.gondii dan pada sampel cairan serebrospinal diperoleh hasil 20% positif T.gondii, sebanyak 28% positif Epstein Barr virus dan 4% positif terhadap Epstein Barr Virus dan T.gondii.
Focal brain lesion is neurology complication in HIV that marked with Space Occupying Lesion (SOL), that need rapid and effective handling. In most country, this lesion could be cause by encephalitis toxoplasma and Primary Central Nervous System Lymphoma that related to Epstein Barr virus infection that was difficult to distinguished using CT scan or MRI. Gold standard to distinguished was brain biopsy, but this examination was invasive procedure that cause complication. Therefore, we need a reliable and rapid examination to distinguished it. This study aimed to get detection for rapid diagnosis of T.gondii and EBV infection. This study was an experimental laboratory. First step was optimation of dupleks real-time PCR include annealing temperature, primer andprobe consentration, elution volume and template volume. Minimal detection of DNA to measured minimal T.gondii and EBV that could be detected. Cross reaction to know technique spesivisity using bacterial and virus Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumonia, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis H37Rv, Candida spp, Cytomegalo virus, Herpes zoster virus, and Varicella zoster virus. Dupleks real-time PCR has been optimally applied to patient. The sample from blood and cerebrospinal fluid of HIV patients who admitted in the neurology department of RSCM then examined to duplex real-time PCR to detect T.gondii and EBV. The optimation of duplex real-time PCR, the annealing temperature for T.gondii and EBV were 58°C, consentration of primer forward and reverse for T.gondii and EBV were 0,2 µM, consentration of probe for T.gondii was 0,4µM and EBV was 0,2µM.. Minimal DNA detection for T.gondii was 5,68 copy/ml and EBV was 1,31 copy /ml. This study was sensitive like the others. Spesivisity technique of real-time PCR, there was not cross reaction between another bacteria and virus that used as primer and probe for T.gondii and EBV. From the results of the duplex real-time PCR on blood samples, 16 % was positive T.gondii, 40% Epstein Barr virus, and 16% were positive Epstein Barr virus and T.gondii and from cerebrospinal fluid samples 20% was positive T.gondii, 28% was positive Epstein Barr virus and 4% were positive for Epstein Barr Virus and T.gondii."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2015
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Metty Ariani
Pengembangan Metode Deteksi DNA Babi (Sus scrofa) Menggunakan Ekstraksi DNA Otomatis Dan Analisis Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) = The Development of Pig (Sus scrofa) DNA Detection Using Automated DNA Extraction and Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Analysis
"Penelitian ini mengembangkan metode deteksi spesies babi (Sus scrofa) pada sampel daging campuran menggunakan automasi ekstraksi DNA magLEAD gC. DNA dianalisis menggunakan PCR dan TaqMan probe RT-PCR dengan primer spesifik untuk gen Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), dan NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Hasil menunjukkan bahwa ekstraksi DNA otomatis menghasilkan konsentrasi DNA 129,4–388,5 ng/μL pada daging mentah dan 66,4–89,5 ng/μL pada bakso dengan rasio kemurnian A260/A280 dan 260/A230 > 1,8. Primer COI, Cytb dan ND5 dapat mendeteksi DNA babi. PCR dan RT-PCR in vitro menunjukkan ketiga primer hanya mendeteksi DNA babi. Efisiensi amplifikasi RT-PCR primer COI, Cytb, dan ND5 adalah 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) dengan batas deteksi 0,0001 ng/μL, 0,001 ng/μL, dan 0,001 ng/μL. Primer/probe Cytb dan ND5 mendeteksi bakso dengan campuran daging babi hingga 0,1% (w/w).
This study developed a method to detect pig species (Sus scrofa) in mixed meat samples using automated DNA extraction with the magLEAD gC. DNA was analyzed using PCR and TaqMan probe RT-PCR with specific primers for the genes Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), and NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Results showed that automated DNA extraction produced DNA concentrations of 129.4–388.5 ng/μL in raw meat and 66.4–89.5 ng/μL in processed meatballs with purity ratios A260/A280 dan 260/A230 > 1.8. The COI, Cytb and ND5 primers could be used to detect pig DNA. In vitro PCR and RT-PCR showed that all three primers only detected pig DNA. The RT-PCR amplification efficiency for COI, Cytb, and ND5 primers were 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) with detection limits of 0.0001 ng/μL, 0.001 ng/μL, and 0.001 ng/μL. The Cytb and ND5 primers/probes detected meatballs with pig meat content as low as 0.1% (w/w)."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eka Octaviani Budiningtyas
Uji diagnostik metode Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip terhadap Real-Time Polymerase Chain Reaction Tunggal untuk deteksi Multi-Patogen pada uveitis : analisis Humor Akuos = Diagnostic study of Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip assay in comparison with Single Real-Time Polymerase Chain Reaction for Multi-Pathogen detection in uveitis : Aqueous Humor analysis
"Latar Belakang: Uveitis infeksi di Indonesia berkisar antara 30-60% dari total kasus uveitis. Identifikasi patogen etiologi infeksi sangat penting agar dapat diberikan terapi antimikroba yang sesuai dengan segera sehingga komplikasi kebutaan dapat diminimalisir. Dewasa ini, perkembangan teknologi biologi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk deteksi uveitis infeksi sedang berkembang pesat.
Tujuan: Melakukan uji validasi diagnostik pada metode PCR Multiplex dibandingkan dengan metode PCR Tunggal.
Metodologi: Uji diagnostik untuk menentukan sensitivitas dan spesifisitas dari alat Real-Time PCR Multiplex terhadap PCR Tunggal dari spesimen cairan intraokular humor akuos yang diambil dari parasentesis bilik mata depan. Dilakukan pemeriksaan PCR terhadap patogen Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Hasil: Dilakukan analisis uji diagnostik pada 46 subjek penelitian. Didapatkan hasil sensitivitas sebesar 57.14% dan spesifisitas sebesar 100%. Positivity rate terbanyak didapatkan untuk patogen VZV (n=4), dan tidak didapatkan hasil positif terhadap deteksi patogen M.tuberculosis. Patogen T.pallidum berhasil dideteksi sebanyak 4.34% (n=2) oleh PCR Multiplex.
Kesimpulan: Metode PCR Multiplex pada penelitian ini memiliki sensitivitas yang rendah dengan spesifisitas yang tinggi. Hasil positif pada PCR Multiplex dapat bermanfaat untuk mendiagnosis pasien dengan uveitis infeksi.
Background: In Indonesia, infectious uveitis represents 30-60% of the country’s total uveitis cases. The identification of etiological pathogens is imperative to immediately select and administer the appropriate antimicrobial therapy in infectious uveitis, thereby complications of blindness can be minimized. Currently, the development of molecular biology technology using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method for detection of infectious uveitis pathogens is growing rapidly.
Objective: To compare the diagnostic validation test results of the Multiplex PCR method and Single PCR method.
Method: Diagnostic test to determine the sensitivity and specificity of the Multiplex Real-Time PCR device against the Single PCR of aqueous humor intraocular fluid specimens taken from anterior chamber paracentesis. PCR examinations were carried out to identify the pathogens of Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Result: A diagnostic test analysis was performed on 46 study subjects. The results obtained 57.14% sensitivity and 100% specificity. Highest positivity rate was obtained for VZV pathogens, while positive results were not obtained for M.tuberculosis. There were 4.34% of subjects (n = 2) of T. pallidum were detected by PCR Multiplex. 
Conclusion: The PCR Multiplex method in this study has low sensitivity with high specificity. A positive result on Multiplex PCR can be useful for diagnosing patients with infectious uveitis."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2020
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rike Syahniar
Deteksi dan analisis filogenetik gen 16S rRNA helicobacter pylori pada jaringan biopsi lambung penderita dispepsia = Detection and phylogenetic analysis of helicobacter pylori 16S rRNA gene in gastric biopsy from patients with dyspepsia
"ABSTRAK
Helicobacter pylori diperkirakan menginfeksi lebih dari setengah populasi orang dewasa. Deteksi dini H.pylori sangat diperlukan untuk mencegah berkembangnya infeksi menjadi keganasan lambung. Bentuk coccoid dari H. pylori sulit dideteksi dengan kultur dan histopatologi, namun dapat terdeteksi dengan metode molekuler seperti real-time PCR. Salah satu gen yang dapat digunakan sebagai gen target real-time PCR yaitu 16S rRNA, yang diketahui spesifik dan juga digunakan untuk menganalisis kekerabatan antar strain. Analisis ini bermanfaat untuk melihat penyebaran infeksi H.pylori di dunia. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental laboratorium. Metode pengambilan sampel yang digunakan yaitu, metode consecutive sampling. Biopsi diambil dari 2 antrum dan 2 korpus pada 42 penderita dispepsia untuk pemeriksaan real-time PCR dan histopatologi. Optimasi kondisi real-time PCR meliputi uji volume cetakan DNA, sensitifitas dan spesifisitas teknik, kemudian dilanjutkan aplikasi pada sampel klinis dari biopsi lambung. Delapan dari 11 sampel yang positif dilakukan sekuensing dan analisis filogenetik. Hasil optimasi diperoleh suhu annealing 64?C, konsentrasi primer 0,8 ?M dan konsentrasi probe 0,6 ?M. Ambang batas deteksi real-time PCR untuk mendeteksi jumlah DNA minimal H.pylori yaitu 46 bakteri. Spesifisitas uji reaksi silang real-time PCR ini tidak menunjukkan adanya reaksi silang dengan mikroorganisme lain. Proporsi positif hasil pemeriksaan real-time PCR sebesar 26,2 , sedangkan histopatologi sebesar 11,9 . Pemeriksaan real-time PCR mampu meningkatkan diagnosis sebesar 14,3 dibandingkan pemeriksaan histopatologi. Hasil sekuensing dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa strain H.pylori dari sampel memiliki kekerabatan dengan strain Taiwan, India, dan Australia. Kata kunci : H.pylori, histopatologi, real-time PCR, analisis filogenetik
ABSTRACT
Helicobacter pylori infection is estimated infect almost half of the adult population in the world. Early detection of H.pylori is needed to prevent the development of infections into gastric malignancies. The coccoid form of H. pylori is difficult to detect using culture and histopathology but it can be detected by molecular methods such as real time PCR. One of the genes that can be used as a real time PCR target gene is 16S rRNA, which is known to be specific and also used to analyze closely related strain. This analysis were useful to showed the spread of H.pylori infection in the world.This study is an experimental laboratory. The sampling method used is the consecutive sampling method. Biopsy was taken from 2 antrum and 2 corpus in 42 patients with dyspepsia for real time PCR and histopathology examination. Optimization real time PCR conditions include DNA template volume testing, sensitivity and specificity of the technique, followed by application of clinical samples from gastric biopsy. Eight of the 11 positive samples were sequenced and analyzed for phylogenetics pattern. The optimization result obtained annealing temperature 64 C, primer concentration was 0,8 M and probe concentration was 0,6 M. Limit detection of the DNA was 46 bacteria. The specificity of the PCR 39 s real time indicate that there was no cross reaction with other microorganisms. The positive proportion of PCR real time examination was 26.2 , while histopathology was 11.9 . A real time PCR examination was able to improve the diagnosis by 14,3 compared to histopathology examination. Sequencing and phylogenetic analysis results showed that our strain were closely related to Taiwan, India and Australia strains. Keywords H.pylori, histopathology, real time PCR, phylogenetic analysis"
2017
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Wisjnu Wardhana
Uji diagnostik pemeriksaan rapid urine test dan serologi untuk mendeteksi infeksi helicobacter pylori pada pasien dispepsia fungsional = Diagnostic accuracy rapid urine test and serology for detection helicobacter pylori infection in functional dyspepsia
"Latar belakang: Dispepsia merupakan gangguan kesehatan yang sering ditemuierologi dan urin (RAPIRUN) dibandingkan dengan UBT sebagai baku emas dalam mengetahui infeksi H. pylori. Penelitian dilakukan pada pasien rawat jalan Puskesmas Kecamatan Koja Kotamadya Jakarta Utara. Yang dinilai adalah sensitivitas, spesivisitas, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV) tes tersebut.
Tujuan: Mengetahui akurasi diagnostik pemeriksaan non-invasif (serologi dan urin) dibandingkan dengan UBT (urea breath test) sebagai baku emas untuk mendeteksi infeksi H. pylori pada pasien dengan sindroma dispepsia.
Metode: Penelitian yang digunakan adalah studi potong lintang untuk mengetahui akurasi pemeriksaan non-invasif yaitu s H. pylori menunjukkan hasil positif pada 36,5% subyek, sedangkan pada pemeriksaan serologi (Mataram, Biomedika) didapatkan hasil positif sebanyak 32,4%. Pemeriksaan RAPIRUN (Rapid Urine Test, Otsuka) menunjukkan hasil positif pada 24,3% subyek. Pada serologi didapatkan sensitivitas 74%, spesifitas 91%, PPV 83%, NPV 86%. Sedangkan pada RAPIRUN didapatkan sensitivitas 63%, spesifitas 98%, PPV 94%, NPV 82%.
Hasil: Selama kurun waktu April 2015 sampai Juni 2015, 74 subyek, dengan mayoritas perempuan (82,4%), dengan rerata umur 45,05 tahun menjalani pemeriksaan non-invasif. Pemeriksaan UBT sebagai baku emas diagnosis infeksi di pelayanan kesehatan. Infeksi Helicobacter pylori adalah salah satu penyebab dispepsia. Diagnosis infeksi H.pylori dapat dilakukan melalui pemeriksaan invasif dan non invasif. Pemeriksaan non invasif lebih mampu laksana, murah dan memiliki risiko yang lebih sedikit.
Simpulan: RAPIRUN lebih unggul dalam hal spesifisitas dibanding serologi.
Background: Dyspepsia is the common problem in the population. The main etiology of dyspepsia is Helicobacter pylori infection. The diagnosis of H. pylori infection is based on invasive examination and non-invasive examination. The non-invasive examination could be easier to do and have less risk than invasive examination.
Objective: To evaluate the diagnostic accuracy of the non-invasive test (serology and RAPIRUN) compared to UBT as gold standard examination to detect H. pylori infection in patients with dyspepsia syndrome.
Methods: A cross-sectional study for diagnostic H. pylori by using serology and Rapid Urine test (RAPIRUN) is conducted to evaluate the diagnostic accuracy of non-invasive test compared to UBT as gold standard examination in patients with dyspepsia syndrome. This study was conducted at outpatient Community Health Center in Koja District North Jakarta from middle April 2015 until Middle June 2015. The sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV) were used to evaluate the diagnostic accuracy.
Results: From mid-April 2015 to Mid-June 2015, 74 subjects, with the majority of patients was female (82.4%), and the mean of age was 45.05 years old, had undergone non-invasive test The UBT test as the gold standard examination for H. pylori infection showed positive result in 36.5% patients while the serology test resulting positive in 32.4%. The RAPIRUN test resulting positive in 32.4% patients. The sensitivity of serology test was 74%, specificity 91%, PPV 83%, NPV 86%, meanwhile the RAPIRUN test was resulting as sensitivity 63%, specificity 98%, PPV 94%, NPV 82%.
Conclusion: RAPIRUN has a high diagnostic value for H. pylori in specificity than serology."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2015
SP-Pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Ika Yasma Yanti
Perbandingan deteksi clostridium difficile toksigenik menggunakan rapid test dan real time pcr pada pasien dengan terapi antibiotik di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo = Toxigenic clostridium difficile detection using toxin rapid test and real time pcr in patients with antibiotic therapy at Cipto Mangunkusumo Hospital
"Infeksi Clostridium difficile toksigenik meningkat tajam pada satu dekade terakhir, menyebabkan pseudo membran colitis (PMC) dan Clostridium difficile associated diarrhea (CDAD). Salah satu faktor risikonya adalah penggunaan antibiotik. Tujuan penelitian adalah mengetahui prevalensi dan gambaran karakteristik subyek dengan Clostridium difficile toksigenik serta menilai kemampuan rapid test toksin terhadap real time PCR. Subyek penelitian prospektif ini adalah 90 subyek dewasa dengan terapi antibiotik lebih dari 2 minggu. Hasil pemeriksaan menggunakan rapid test dan real time PCR disajikan dalam tabel 2x2, dilakukan uji statistik dengan chi square. Hasil penelitian menunjukkan 2 spesimen dieksklusi karena hasil invalid, 24 spesimen positif dan 64 negatif dengan rapid test toksin; 33 spesimen positif dan 55 negatif dengan real time PCR. Prevalensi Clostridium difficile toksigenik berdasar rapid test toksin adalah 27,3% dan real time PCR 37,5%. Terdapat perbedaan bermakna antara konsistensi feses dan jumlah antibiotik dengan terdeteksinya Clostridium difficile toksigenik (p<0,05). Terdapat hubungan antara lama terapi antibiotik dengan terdeteksinya Clostridium difficile toksigenik menggunakan real time PCR (p=0,010, RR=2,116). Sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, nilai duga negatif, rasio kemungkinan positif dan rasio kemungkinan negatif rapid test toksin terhadap real time PCR berturut-turut adalah 69,7%; 98,2%; 95,8%; 84,4%; 39,2 dan 0,31. Dari hasil penelitian disimpulkan bahwa prevalensi Clostridium difficile di RSCM lebih tinggi dibanding Malaysia, Thailand dan India; subyek dengan terapi antibiotik lebih dari 4 minggu berisiko terdeteksi Clostridium difficile toksigenik 2 kali lebih besar dibanding subyek dengan terapi antibiotik kurang dari 4 minggu; rapid test toksin dapat digunakan sebagai alat deteksi Clostridium difficile toksigenik.
Toxigenic Clostridium difficile infection have increased sharply in the last decade, causing a pseudo membrane colitis (PMC) and Clostridium difficile associated diarrhea (CDAD). One of the biggest risk factor is the use of antibiotics. The purpose of the study was to determine the prevalence and characteristics of subjects with toxigenic Clostridium difficile and assess the ability of the toxin rapid test compared to real-time PCR. Ninety adult subjects with antibiotic therapy more than 2 weeks were enrolled to this prospective study. The results of toxin rapid test and real-time PCR were presented in 2x2 table, statistical tests was calculated with chi square. Two specimens were excluded due to invalid results. The results showed 24 positive and 64 negative specimens by toxin rapid test; 33 positive and 55 negative specimens by real-time PCR. The prevalence of toxigenic Clostridium difficile based on toxin rapid test were 27.3% and 37.5% by real-time PCR. There were significant differences between stool consistency and number of antibiotics that were used with the detection of toxigenic Clostridium difficile. There was a relationship between duration of antibiotic therapy with detection of toxigenic Clostridium difficile using real-time PCR (p = 0.010, RR = 2.116). Sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, positive likelihood ratio and negative likelihood ratio of toxin rapid test against real-time PCR were 69.7%; 98.2%; 95.8%; 84.4%; 39.2 and 0.31, respectively. The study concluded that the prevalence of Clostridium difficile in RSCM was higher than Malaysia, Thailand and India; subjects with antibiotic therapy for more than 4 weeks had double risk to have toxigenic Clostridium difficile than subjects with antibiotic therapy for less than 4 weeks and toxin rapid test could be used as a tool to detect toxigenic Clostridium difficile."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
SP-Pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>