Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"SARS-CoV-2 merupakan penyebab COVID-19 yang melanda dunia sejak akhir 2019. Virus ini telah menyebar secara luas di dunia akibat infektifitasnya yang tinggi. Salah satu penyebab tingginya infektifitas virus ini adalah spike glycoprotein. Spike glycoprotein merupakan salah satu protein yang terdapat pada SARS-CoV-2. Spike glycoprotein berperan secara langsung alam mekanisme infeksi dengan cara membentuk ikatan dengan reseptor ACE-2 pada sel inang. Inhibisi spike glycoprotein dapat menjadi salah satu cara pengobatan COVID-19. Dalam penelitian ini, antivirus yang sudah dipasarkan sebagai basis data akan di-repurpose menjadi antivirus SARS-CoV-2, kemudian dilakukan modifikasi terhadap senyawa yang terpilih menjadi senyawa organoselen. Penelitian dilakukan dengan cara in silico. Untuk simulasi molecular docking, digunakan software MOE2014.09 untuk mendapatkan informasi tentang interaksi antara spike glycoprotein dengan ligan, baik antivirus maupun antivirus hasil modifikasi. Melalui analisa nilai energi pengikatan dan uji farmakologi, diperoleh 3 ligan terbaik dari antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, dan Ledipasvir) serta antivirus modifikasi (ModL1, ModL2, dan ModL6).

---

SARS-CoV-2 is the cause of COVID-19 that has hit the world since the end of 2019. This virus has spread widely in the world due to its high infection. One of the causes of the high infectivity of this virus is the spike glycoprotein. The spike glycoprotein is a protein found in SARS-CoV-2. The glycoprotein spike directly plays a role in the infection mechanism by forming a bond with the ACE-2 receptor on the host cell. Inhibition of spike glycoprotein can be one way of treating COVID-19. In this study, the antivirals that have been marketed as databases will be repurposed into SARS-CoV-2 antivirals, then the selected compounds will be modified into organoselenium compounds. The research was conducted through in silico. The molecular docking simulation was conducted by using MOE2014.09 to retrieve information about the interaction between the protein-ligand from unmodified antivirus as well as modified antivirus. Through the binding energy value and pharmacological tests, the three best ligands are obtained from the unmodified antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, and Ledipasvir) and the modified antivirus (ModL1, ModL2, and ModL6)."

"Pada akhir tahun 2019, telah muncul suatu tipe virus korona baru yaitu SARS-CoV-2 yang menyebabkan pandemik global dengan tingkat kematian yang relatif sangat tinggi. Dikarenakan oleh belum adanya obat maupun vaksin yang efektif untuk mengobati virus ini maka diperlukan suatu senyawa yang bisa menginhibisi protein yang berperan dalam infeksi virus SARS-CoV-2. Virus SARS-CoV-2 terdiri dari beberapa protein penyusun. Salah satu protein yang berperan penting adalah protein nukleokapsid (NP). Protein ini berperan dalam proses transkripsi maupun replikasi dari RNA virus SARS-CoV-2. Oleh karena itu, protein ini memiliki potensi untuk dijadikan target protein yang akan diinhibisi. Pada penelitian ini akan dilakukan pemanfaatan senyawa bahan alam yang dapat menginhibisi protein target tersebut sehingga dapat mengurangi dampak dari pandemik global ini. Struktur tiga dimensi (3D) dari NP dimodel melalui sekuen yang diunduh melalui basis data GenBank. Struktur protein kemudian dioptimisasi dan dikarakterisasi untuk mengetahui keakurasian struktur hasi homologi model. Kemudian, penapisan dilakukan terhadap basis data senyawa bahan alam yang berasal dari NPASS dengan menggunakan Astex’s Rule of Three (RO3) dan sifat toksisitas untuk mendapatkan senyawa fragmen. Kemudian dilakukan simulasi penambatan molekul senyawa-senyawa fragmen ini terhadap sisi ikat dari NP menggunakan perangkat lunak MOE 2014.09. Kemudian setelah didapatkan delapan ligan terbaik, ligan-ligan tersebut ditumbuhkan dengan menggunakan proses penumbuhan fragmen yang menghasilkan 14.332 senyawa yang nantinya akan dievaluasi melalui simulasi penambatan molekul sekali lagi. Simulasi ini menghasilkan 40 ligan terbaik dengan nilai energi bebas Gibbs terendah terhadap struktur ptorein. Ligan terpilih diprediksi sifat farmakologinya secara komputasi, dan menghasilkan 2 ligan (CFG-17 dan NFG-11) yang memiliki sifat farmakologis yang baik. Kedua ligan ini divalidasi interaksinya dengan menggunakan simulasi dinamika molekul dan menunjukkan stabilitas interaksi yang baik sebagai kandidat obat untuk terapi SARS-CoV-2.

---

The outbreak of COVID-19 caused by the SARS-CoV-2 virus caused a global pandemic that affects the worldwide. Because of the lacking effective prescribed drugs or vaccines as a therapeutic strategy, there is a need to identify a novel inhibitor to inhibit a protein that plays a vital role in the infection of SARS-CoV-2. The Nucleocapsid protein (NP) of the SARS-CoV-2 is a protein that is necessary for viral RNA replication and transcription. Thus, in this study, a three-dimensional (3D) NP structure was modeled using the protein sequences of NP obtained from the GenBank database. After that, the modeled protein structure was characterized and optimized. The natural compound databases obtained from the NPASS database were screened based on Astex’s Rule of Three and toxicity filter to gain lead-like fragments. The filtered fragments were docked into the binding site of the NP utilizing MOE 2014.09 software. Then potential eight potential lead-like fragments were grown to generate 14,332 new ligands by utilizing DataWarrior software. Then molecular docking simulation was performed once again with the same protocol as the first molecular docking simulation. The simulation resulted in 40 best ligands with the lowest value of Gibbs free energy binding to NP. The selected ligands were subjected to the computational pharmacological properties prediction using several tools and resulted in two compounds candidate with favorable interaction and ADME-Tox properties. Then these two compounds were further analyzed with the molecular dynamic simulation."

"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA dengan panjang genom sekitar 29.891 nukleotida. Pembacaan materi genetik SARS–CoV–2 menggunakan metode Whole Genome Sequencing (WGS) dapat digunakan untuk mengetahui adanya mutasi pada virus. Mutasi pada protein spike SARS-CoV-2 dapat berdampak pada transmisi virus. Interaksi molekuler dari varian yang di Indonesia dievaluasi untuk mempelajari pengaruh mutasi terhadap transmisinya. Sampel yang disekuens di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) dianalisis secara filogenetik untuk menentukan varian dan dibandingkan dengan sebaran varian SARS-CoV-2 di Indonesia. Protein spike dari varian dominan kemudian dimodelkan untuk melihat pengaruh mutasi terhadap struktur 3D protein. Interaksi protein spike dengan ACE2, TMPRSS2, dan Cathepsin L dianalisis menggunakan simulasi molekuler. Berdasarkan sampel dari FKUI, varian yang dominan adalah varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1. Analisis simulasi molekuler dari kompleks protein spike varian AY.23, AY.24, dan BA.1.1 dengan ACE2 menunjukkan adanya peningkatan afinitas dan stabilitas dibandingkan dengan strain Wuhan. Analisis simulasi molekuler kompleks protein spike varian BA.1.1 dengan TMPRSS2 dan Cathepsin L mengindikasikan adanya perubahan jalur masuk. Sehingga mutasi yang terjadi pada protein spike varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1 menyebabkan perubahan interaksi molekuler yang diprediksi dapat mempengaruhi transmisinya.

---

SARS-CoV-2 is an RNA virus with genome size around 29,891 nucleotides. Reading the genome of SARS-CoV-2 using Whole Genome Sequencing (WGS) method can reveal mutations in the genome. The mutations on SARS-CoV-2 spike protein may have effects on viral transmission. Molecular interaction of the predominant variants in Indonesia were analysed to find the effects of spike mutations to viral transmissibility. The variant of samples from Faculty of Medicine Universitas Indonesia (FMUI) were determined phylogenetically and compared to all variants found in Indonesia. The spike proteins from predominant variants were modelled. Their interactions with human host cell proteins (ACE2, TMPRSS2, and Cathepsin L) were determined by molecular simulations. Based on samples from FMUI, the predominant variants in Indonesia were B.1.470, AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants. Based on molecular simulation of spike protein of AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants with ACE2, shows increase in affinity and stability of the predominant variants compared to the Wuhan strain. Molecular simulation analysis of spike protein of BA.1.1 variant with TMPRSS2 and Cathepsin L indicates alternative entry pathway. In conclusion, mutations found in the dominant variants modulate their molecular interaction and their transmissibility."

"COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi isu global dan menimbulkan kasus infeksi dan korban jiwa diseluruh dunia. Penemuan obat sangat diperlukan untuk menghambat infeksi virus dan dampak yang ditimbulkannya. Namun, penelitian dan pengembangan molekul obat baru membutuhkan waktu yang sangat lama dan memakan biaya yang sangat besar.  Studi in silico merupakan salah satu alternatif solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut. Dalam penelitian ini, uji in silico dilakukan untuk menentukan interaksi antara senyawa propolis dengan protease utama serta protein spike SARS-CoV-2 sebagai protein target. Protease utama berperan dalam replikasi virus sementara protein spike berperan penting dalam proses invasi virus ke dalam sel.  Kedua protein ini dijadikan target pengembangan obat dengan mencari inhibitor keduanya melalui proses penambatan molekuler terhadap 20 senyawa bioaktif propolis yang berasal dari lebah tanpa sengat Tetragonula sapiens. Senyawa propolis yang digunakan yaitu senyawa yang memenuhi aturan Lipinski’s Rule of Five. Adapun piranti lunak utama yang digunakan dalam metode penambatan molekuler pada penelitian ini yaitu AutoDock Vina. Hasil simulasi penambatan molekuler menunjukkan senyawa propolis yang berpotensi menghambat aktivitas protease utama adalah Sulabiroins A, Broussoflavonol F dan (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone dengan nilai penambatan masing-masing sebesar -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol. Sementara itu, Broussoflavonol F dan Glyasperin A merupakan senyawa propolis yang menunjukkan aktivitas inhibis terkuat terhadap protein spike SARS-CoV-2 dengan energi ikatan masing-masing sebesar -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Senyawa-senyawa propolis tersebut juga terbukti dapat berikatan dengan asam amino kunci pada sisi aktif protein target sehingga berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai kandidat obat COVID-19.

---

COVID-19 caused by SARS-CoV-2 is a global health issue and resulting in morbidity and mortality across the world. There is an urgent need to find the treatments to inhibit the virus infections and its consequences. However, research and development of new drug molecules takes years and is very expensive. In silico research is an alternative solution to overcome these problems. Here we conducted in silico study to examine the interaction between propolis compounds with SARS-CoV-2 main protease and spike protein as target proteins. Main protease is responsible for the virus replication while spike protein mediates viral entry. Their important roles makes it an interesting target for developing SARS-CoV-2 potential drugs by developing the inhibitor using molecular docking toward 20 propolis active compounds from Tetragonula sapiens. Those propolis compounds then selected based on Lipinski’s Rule of Five (Lipinski’s RO5). The main software that used to conduct molecular docking in this research are AutoDock Vina. Docking results showed that propolis compound which has the high potential to inhibit SARS-CoV-2 main protease activity was Sulabiroins A, following by broussoflavonol F and (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone with docking score -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol, respectively. Broussoflavonol F and Glyasperin A were the most promising compounds that showed inhibition activity towards SARS-CoV-2 spike protein with binding affinity  -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Those compounds were able to bind with the key residu on the active site of the target protein so that they could be potential to be further developed as COVID-19 drug candidates."

"Akhir-akhir ini dunia dihebohkan dengan merebaknya wabah penyakit COVID19 yang menyerang seluruh dunia. Virus SARS-CoV-2 menyebabkan penyakit COVID19. Saat ini, 600 juta orang telah terjangkit penyakit ini di seluruh dunia, dengan 6 juta kasus menyebabkan kematian. Bagian dari virus yang disebut spike (S) glycoprotein berperan dalam perlekatan, fusi, dan masuknya virus ke dalam sel inang. Penghambatan proses ini bisa menjadi salah satu cara pengobatan COVID-19. Pada penelitian ini, senyawa alkaloid alami telah digunakan sebagai dasar dalam perancangan obat COVID19 dengan melihat interaksinya dengan glikoprotein S target multivariat SARS-CoV-2 dengan metode simulasi Molecular Docking dengan varian yang digunakan dalam penelitian ini adalah varian Alpha, Beta, Delta, dan Omicron. Tidak ada senyawa alkaloid alami yang dapat berinteraksi dengan keempat varian tersebut berdasarkan hasil yang diperoleh. Namun, telah ditemukan bahwa beberapa senyawa alkaloid alami dapat berinteraksi dengan glikoprotein S lebih dari satu varian, seperti senyawa axelopran sulfat dapat berinteraksi dengan baik dengan Glikoprotein S dalam varian alfa dan beta, dengan nilai pengikatan energi masing-masing sebesar -6,4049 kkal/mol dan -6,5135 kkal/mol. Sebaliknya, benztropine dapat berinteraksi dengan baik dengan varian delta dan omicron dengan nilai energi binding masing-masing sebesar -6,6719 kkal/mol dan -8,9244 kkal/mol.

---

Recently, the world has been shocked by the spread of the COVID-19 disease outbreak that has attacked throughout the world. The SARS-CoV-2 virus causes the COVID-19 disease. Currently, 600 million people have contracted this disease worldwide, with 6 million cases causing death. A part of the virus called the spike (S) glycoprotein plays a role in viruses' attachment, fusion, and entry into host cells. Inhibition of this process can be one way of treating COVID-19. In this study, natural alkaloid compounds have been used as a basis in the design of COVID-19 drugs by looking at their interaction with the S glycoprotein target of multivariate SARS-CoV-2 with the Molecular Docking simulation method with variants used in this study are the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants. No natural alkaloid compounds can interact with the four variants based on the result obtained. However, it has been found that some natural alkaloid compounds can interact with S glycoprotein in more than one variant, such as axelopran sulfate compound can interact well with the S Glycoprotein in alpha and beta variants, with the energy binding values of -6.4049 kcal/mol and -6.5135 kcal/mol, respectively. In contrast, benztropine can interact well with delta and omicron variants with the energy binding values of -6.6719 kcal/mol and -8.9244 kcal/mol, respectively."

"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.

---

COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."

"Pandemi COVID-19 adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus corona atau yang lebih dikenal sebagai SARS-CoV-2. Menurut data Kemenkes RI pada 17 Januari 2022, jumlah kasus meninggal di Indonesia hingga 144.174 dan jumlah yang diketahui sudah terinfeksi 8.775 per hari. Fenomena ini dikarenakan mutasi SARS-CoV-2 secara terus menerus hingga menyulitkan pembuatan vaksin yang efektif. Proses pembuatan dan penelitian untuk menemukan vaksin yang efektif masih terus dilakukan hingga saat ini. Karena hal tersebut penelitian dan penemuan vaksin yang efektif untuk menanggapi adanya potensi mutasi dari virus SARS-CoV-2 yang lebih berbahaya di masa depan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat vaksin virus SARS-CoV-2 berdasarkan urutan epitop dengan menganalisis spike protein virus SARS-CoV-2 dan Major Histocompatibility Complex I dan II (MHC I dan II ) sebagai alel-alel yang terkait ke satu set peptida yang untuk menjadi target respon imun tubuh melalui pendekatan imunoinformatika. Analisis pada studi ini dilakukan di berbagai perangkat lunak. Sequence S-protein SARS-CoV-2 diunduh melalui GISAID lalu diprediksi antigenisitasnya melalui VaxiJen v2.0 kemudian setelah itu dilakukan molecular docking. Hasil penelitan ini didapatkan 14 urutan epitop yang dapat digunakan sebagai kandidat vaksin SARS-CoV-2 yaitu ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. Dengan nilai afinitas ikatan vaksin eptip yang telah didesain sebesar -7,8 dan -6,3

---

The COVID-19 pandemic is a disease caused by infection with the corona virus or better known as SARS-CoV-2. According to data from the Ministry of Health of the Republic of Indonesia on January 17, 2022, the number of cases died in Indonesia was up to 144,174 and the number known to have been infected was 8,775 per day. This phenomenon is due to the continuous mutation of SARS-CoV-2 which makes it difficult to make an effective vaccine. The process of making and research to find an effective vaccine is still being carried out until now. Because of this research and the discovery of an effective vaccine to respond to the potential mutation of the SARS-CoV-2 virus that is more dangerous in the future. This study aims to obtain a SARS-CoV-2 virus vaccine candidate based on epitope sequence by analyzing the SARS-CoV-2 viral spike protein and Major Histocompatibility Complex I and II (MHC I and II) as alleles associated with a set of peptides. to become the target of the body's immune response through an immunoinformatics approach. The analysis in this study was carried out in various software. The SARS-CoV-2 S-protein sequence was downloaded via GISAID and then its antigenicity was predicted through VaxiJen v2.0 and then molecular docking was performed. The results of this study obtained 14 epitope sequences that can be used as candidates for the SARS-CoV-2 vaccine, namely ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. With the value of binding affinity for the designed epitope vaccine of -7.8 and -6.3."

"SARS-CoV-2 adalah virus yang menyebabkan pandemi COVID-19 pada 2019 kemarin. Hingga saat ini, belum ditemukan obat yang efektif dalam mengobati penyakit COVID-19. Senyawa flavonoid memiliki banyak khasiat salah satunya inhibitor virus. Hanya saja dengan banyak senyawa flavonoid menyebabkan pencarian senyawa dapat menghabiskan banyak waktu dan sumber daya untuk dilakukan pengujian berdasarkan in-vitro dan in-vivo, sehingga digunakanlah metode in-silico. Salah satu metode in-silico yang umum digunakan adalah penambatan molekuler. Akan tetapi proses penambatan molekuler ini juga masih memakan kekuatan komputasi yang tinggi. Pada Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode prediksi nilai penambatan molekuler dari senyawa flavonoid terhadap protein target SARS-CoV-2 menggunakan model pembelajaran mesin. Model yang dikembangkan yakni K-Nearest Neighbor, ExtraTrees, Gradient Boosting, dan Artificial Neural Network. Dalam penelitian ini, dibandingkan dua jenis input model, yaitu SMILES dan Alvadesc deskriptor, untuk memprediksi interaksi antara senyawa flavonoid dan protein target SARS-CoV-2. Hasil penelitian menunjukkan deskriptor AlvaDesc memiliki akurasi yang lebih tinggi dan waktu pengembangan yang lebih singkat dibandingkan dengan deskriptor SMILES.

---

SARS-CoV-2, the virus responsible for the COVID-19 pandemic in 2019, has not yet been effectively treated with any drug. Flavonoid compounds exhibit various properties one of it is virus inhibition. However, the search for effective compounds requires extensive time and resources due to the need for in-vitro and in-vivo testing. To expedite this process, the in-silico method, particularly molecular docking, is commonly employed. Nevertheless, molecular docking itself is time-consuming and computationally demanding. Therefore, this study aims to develop a method for predicting the molecular binding affinity of flavonoid compounds to SARS-CoV-2 target proteins using machine learning and deep learning models. Two types of input model, namely SMILES and AlvaDesc descriptors, were compared to predict the interactions between flavonoid compounds and SARS-CoV-2 target proteins. The results indicate that the AlvaDesc descriptor achieves higher accuracy and shorter development time compared to the SMILES descriptor."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."

"COVID-19 merupakan penyakit yang sangat cepat menular, disebabkan oleh virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Pada awal tahun 2020 dunia dikejutkan dengan keberadaan virus baru yang berasal dari Tiongkok ini. Virus ini diduga pertama kali menular melalui kelelawar yang dijual di pasar tradisional di Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok. Namun sampai saat ini belum diketahui perantara yang bertanggung jawab atas penularan dari hewan ke manusia. Walaupun belum diketahui perantara penularan dari hewan ke manusia, kini virus tersebut menular dengan cepat dari manusia ke manusia dan membuat lumpuh sebagian besar negara di dunia. Seperti namanya, virus ini menyerang saluran pernafasan terutama paru-paru. Tidak hanya paru-paru, virus ini juga dapat menargetkan organ lain yang memiliki ACE2, seperti ginjal. Di ginjal, banyak ditemukan ACE2 terutama pada bagian tubulus. Tujuan penulisan ini adalah untuk mengulas sejumlah pustaka mengenai virus SARS-CoV-2 dan kaitannya dengan penurunan fungsi ginjal. Sumber pustaka dicari dengan kata kunci COVID-19 SARS-CoV-2, COVID-19 and kidney, COVID-19 and ACE2, ACE2 and kidney, serta SARS-CoV-2 and kidney. Sumber pustaka yang digunakan adalah yang sumber dengan Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris. Beberapa data dari rumah sakit menunjukkan penurunnan fungsi ginjal pada beberapa pasien COVID-19 dan dapat berpengaruh pada kematian pasien. Salah satu hasil penelitian tersebut melampirkan hasil analisis imunohistokimia, menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 dapat menyebabkan nekrosis pada tubulus. "