Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) berbasis SYBR Green, merupakan metode alternatif yang dapat digunakan untuk pendeteksian SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), selain berbasis TaqMan. Pada penelitian ini, primer yang dirancang menargetkan gen RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) berdasarkan sekuens SARS-CoV-2 di Indonesia. Efisiensi dari metode yang dilakukan diketahui sebesar 97,82% dan limit of detection-nya adalah sampel dengan CT (cycle threshold) sebesar 41,25. Pada hasil uji spesifisitas, dua puluh sampel RNA positif SARS-CoV-2 terdeteksi positif dan delapan dari sepuluh sampel RNA negatif SARS-CoV-2 terdeteksi negatif. Dua sampel negatif yang terdeteksi positif karena terdeteksinya primer-dimer. Metode memenuhi kriteria presisi dengan hasil koefisien variasi pada intra-assay kurang dari 10% dan pada inter-assay kurang dari 15%. Sebagai langkah awal pengembangan deteksi kuantitatif, pada penelitian ini juga dilakukan percobaan penumbuhan transforman menggunakan sel kompeten One Shot® TOP10 dan One Shot® BL21(DE3) dengan plasmid kontrol DNA (deoxyribonucleic acid) pUC19 sebagai pemastian efisiensi sel kompeten yang dapat digunakan untuk penumbuhan kloning transforman gen RdRP SARS-CoV-2. Jumlah koloni bakteri yang berhasil tumbuh dari dua jenis sel kompeten tersebut tidak sesuai dengan ekspektasi panduan dari produsen. Selain itu, pada penelitian ini telah berhasil didapatkan fragmen gen target RdRP untuk kloning dengan PCR konvensional.

---

SYBR Green-based RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) is an alternative method to detect SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), besides the TaqMan-based. In this study, the primers were designed to target the RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) gene based on a SARS-CoV-2 sequence in Indonesia. The method's efficiency is known to be 97,82% and the limit of detection is a sample with a CT (cycle threshold) of 41,25. At the specificity test results, all twenty positive RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as positive. Eight from ten negative RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as negative, the remaining detected primer-dimer. The method meets the criteria of precision with the results of the coefficient of variation was less than 10% and 15% for intra-assay and inter-assay, respectively. As an initial step in developing quantitative detection, in this study, the efficiency of One Shot® TOP10 and One Shot® BL21(DE3) competent cells were confirmed using a DNA (deoxyribonucleic acid) control plasmid pUC19. Both types of competent cells do not meet the expectation based on the manufacturer. In addition, for cloning, the RdRP gene target fragment was successfully obtained by conventional PCR."

"Virus SARS-CoV-2 atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 adalah virus yang telah menyebabkan penyakit COVID-19. Sampai saat ini tindakan untuk kasus COVID-19 masih dilakukan dengan diagnosis cepat secara kualitatif untuk menilai adanya virus SARS-CoV-2 pada pasien yang ditujukan untuk mencegah penyebaran penyakit tersebut, sehingga dibutuhkan perkembangan diagnosis secara kuantitatif untuk mengetahui jumlah virus SARS-CoV-2 yang dapat bermanfaat untuk menilai respons terapi pada pasien COVID-19 maupun untuk studi penemuan obat antivirus SARS-CoV-2. Pada penelitian ini dikembangkan metode kuantifikasi virus SARS-CoV-2 dengan menggunakan in vitro transcribed RNA SARS-CoV-2 dengan target gen N menggunakan primer N158 yang diketahui dapat mendeteksi varian alpha, beta, delta dan omicron sekuens isolat Indonesia. Metode yang dilakukan yaitu plasmid p-Bluescript yang mengandung gen N158 ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21(DE3), kemudian sel transforman diperbanyak di dalam media pertumbuhan dan dipurifikasi untuk diambil plasmid yang mengandung gen N. Plasmid kemudian dilinearisasi, ditranskripsi dan dipurifikasi untuk memperoleh RNA standar. RNA standar yang diperoleh kemudian dihitung konsentrasinya menggunakan Spektrofotometer UV-Vis NanoDrop untuk memperoleh nilai copy number/μL dan dilakukan pengenceran serta one-step RT-qPCR untuk memperoleh nilai Ct pada tiap konsentrasi pengenceran. Nilai-nilai tersebut kemudian digunakan untuk membuat kurva standar nilai Ct vs log copy number. Kurva standar RNA diperoleh dengan persamaan y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) dan efisiensi PCR sebesar 101,2%. Kurva standar RNA yang dibuat telah memenuhi syarat akseptabilitas kurva standar PCR

---

SARS-CoV-2 or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 is a virus that causing COVID-19 disease. Until now, the action for COVID-19 cases are being carried by qualitative rapid diagnosis to assess the presence of SARS-CoV-2 virus in patients that lead to prevent the spread of COVID-19 disease, therefore the development of diagnosis is needed to determine the viral load of SARS-CoV-2 which can be useful for assessing response of therapy in COVID-19 patients and for drug screening of antiviral for SARS-CoV-2 studies. This study developed a quantification method for SARS-CoV-2 virus using in vitro transcribed SARS-CoV-2 RNA targeting N gene with N158 primer that known can detect alpha, beta, delta and omicron varian from sequences of Indonesian isolates. The method using pBluescript plasmid that contain N158 gene is transformed to E. coli BL21(DE3) cells, then transformans cell is amplified in growth medium and purified to get the plasmid containing N gene, the plasmid then linearized, transcribed and purified to get standard RNA. Using a Spectrophotometer UV-Vis NanoDrop, the concentration of standard RNA is obtained and the copy number/ μL can be calculated. The RNA standard is diluted and quantified by one-step RT-qPCR to know the Ct value at different concentrations. Ct value vs log copy number standard curve is constructed and the equation of RNA standard curve y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) is obtained with percentage of PCR efficiency 101,2%. Thus, the RNA standard curve is qualified PCR standard curve."

"Pada bulan Desember, 2019, serangkaian kasus pneumonia dengan penyebab yang tidak diketahui muncul di China. Analisis data menunjukkan adanya coronavirus baru, yang diberi nama SARS-CoV-2. Beradasarkan WHO dan CDC pemeriksaan yang digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah metode molekular RT-PCR, salah satu kit yang digunakan adalah BioCoV-19 RT-PCR. Penelitian ini bertujuan membandingkan uji RT-PCR kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC sebagai standar dalam mendeteksi SARS-CoV-2, serta melakukan uji deteksi minimal untuk mengetahui sensitivitas analitik dari kit BioCoV-19 RT-PCR, menguji reaksi silang terhadap mikroba saluran nafas lain, dan menilai secara deskriptif karakteristik subjek penelitian. Perbandingan uji kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC mendapatkan nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif (NDP) dan nilai duga negative (NDN). Hasil pada penelitian ini menunjukkan bahwa sensitivitas dan spesifisitas BioCoV-19 RT-PCR Kit secara umum adalah 97,50% dan 100%, dengan Nilai Duga Positif (NDP) 100% dan Nilai Duga Negatif (NDN) 96,49%. Hasil uji minimal deteksi untuk primer-probe N1N2 CDC dan BioCoV-19 RT-PCR Kit setelah dilakukan dilusi bertingat sebanyak enam kali pengenceran yakni 3,5 kopi/reaksi (rerata nilai Ct 35,21). Uji reaksi silang tidak terdeteksi adanya reaksi silang dari 12 bakteri, tujuh virus dan tiga jamur. Karakteristik subjek penelitian lebih banyak pada laki-laki sebanyak (61,5%), untuk usia lebih banyak pada usia berkisar 20-40 tahun (56,29%), gejala klinis pasien saat datang lebih banyak gejala ringan.

---

In December, 2019, a series of pneumonia cases of unknown cause appeared in China. Analysis of the data indicated the presence of a new coronavirus, which was named SARS-CoV-2. Based on WHO and the CDC, the tests used to detect SARS-CoV-2 are the molecular RT-PCR method, one of the kits used is BioCoV-19 RT-PCR. This study aims to compare the RT-PCR test of the BioCoV-19 RT-PCR kit with the CDC's N1N2 as a standard in detecting SARS-CoV-2, as well as to conduct a minimal detection test to determine the analytical sensitivity of the BioCoV-19 RT-PCR kit, to test cross reactions against other respiratory tract microbes, and descriptively assessed the characteristics of the research subjects. Comparison of the BioCoV-19 RT-PCR test kit with N1N2 CDC obtained sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV). The results of this study showed that the sensitivity and specificity of the BioCoV-19 RT-PCR Kit in general were 97.50% and 100%, with a positive predictive value (PPV) of 100% and a negative predictive value (NPV) of 96.49%. The minimum test results for detection of the N1N2 CDC primer-probe and the BioCoV-19 RT-PCR Kit were carried out after six dilutions of 3.5 copies/reaction (mean Ct value 35.21). The cross-reaction test did not detect any positives of 12 bacteria, seven viruses and three fungi. The characteristics of the study subjects were more male (61.5%), for ages ranging from 20-40 years (56.29%), the clinical symptoms of the patients when they arrived were more mild symptoms."

"Latar Belakang. Penyakit COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 dengan cepat menyebar dan menjadi Pandemi serta menimbukan kerugian yang sangat besar pada masyarakat di seluruh dunia. Deteksi virus yang cepat dan akurat memegang peranan penting untuk mengendalikan penyebaran di masyarakat dan membantu pasien untuk menghindari perkembangan penyakit lebih lanjut. Saat ini real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) merupakan reference standard diagnostic test dalam mendeteksi SARS-CoV-2 di seluruh dunia. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) merupakan metode amplifikasi asam nukleat isotermal yang memiliki sensitivitas dan spesifisitas tinggi dan waktu pengerjaan yang jauh lebih cepat dibandingkan real-time RT-PCR. Tujuan. Penelitian bertujuan untukiDetectTM SARS-CoV-2 Detection KitSARS-CoV-2.Metode. Penelitian ini merupakan uji kesesuaian dengan studi potong lintang dan menggunakan metode pengumpulan sampel secara consecutive sampling. Subjek penelitian yaitu spesimen swab nasofaring dan orofaring dalam VTM (N=80) yang dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit menggunakan uji kesesuaian Kappa aplikasi SPSS versi 25.Hasil. Dari 72 sampel valid yang diperiksa dengan real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit dan real-time RT-PCR, 24 sampel terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR dan hanya tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP. Tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP termasuk ke dalam sampel - sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR. Secara statistik, uji reliabilitas / uji kesesuaian dari penelitian kedua alat diagnostik ini menunjukkan nilai Kappa yang sangat rendah, yaitu 0,16. Uji kesesuaian Kappa kedua alat ini menunjukkan bahwa hasil pemeriksaan alat real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dalam mendeteksi SARS-CoV-2. Kesimpulan. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dan tidak dapat digunakan sebagai alat diagnostik dalam mendeteksi SARS-CoV-2.

---

Introduction. COVID-19 caused by SARS-CoV-2 quickly spread and became Global Pandemic and caused enormous losses to people around the world. Rapid and accurate virus detection plays an important role in controlling spread in the community and helping patients to avoid further disease progression. Currently, real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) is determined as the reference standard diagnostic test for detecting SARS-CoV-2 worldwide. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) is an isothermal nucleic acid amplification method that has high sensitivity and specificity and provide faster result than real-time RT-PCR. Aim. The research aims to compare real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Method. This research is a comparison test with a cross-sectional study and uses a consecutive sampling method to collect samples. The research subjects were nasopharyngeal and oropharynx swab specimens in VTM (N=80) which were analyzed at the Clinical Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. The data obtained from the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR test results were analyzed using Kappa test SPSS version 25.

Results. Of the 72 valid samples examined by the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR, 24 samples were detected positive by real- time RT-PCR and only three samples were detected positive by real-time RT-LAMP. Three samples that were detected positive by the real-time RT-LAMP were included in the samples that were detected positive by the real-time RT-PCR. Statistically, the comparison test of the research of these two diagnostic tools showed a very low Kappa value, which was 0.16. The Kappa suitability test of these two tools showed that the real- time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit were not compatible with the real- time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Summary. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit is not compatible with real-time RT-PCR and cannot be used as a diagnostic tool in detecting SARS-CoV-2."

"Pandemi virus SARS-CoV-2 yang terjadi telah membuat kebutuhan untuk pemeriksaan massal deteksi virus menjadi meningkat. Saat ini pemeriksaan gold standard untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 adalah dengan metode reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) yang berbiaya mahal. Oleh karena itu dibutuhkan metode pemeriksaan alternatif yang lebih murah, cepat, dan mudah digunakan sebagai sistem deteksi virus. Metode Loop Mediated Isothermal Amplification LAMP) dapat melakukan reaksi amplifikasi nukleotida pada suhu isothermaltanpa perlu mesin thermal cycler dan dapat diamati langsung dengan penambahan zat pewarna. Metode deteksi virus berbasis LAMP yang dikembangkan menggunakan desain primer yang menarget gen S dan ORF1ab ditambah pewarna Calcein-Mangan dan senyawa tambahan Guanidine Hydrochloride (GuHCl). Sistem deteksi dilakukan optimasi konsentrasi komponen reaksi, suhu dan template yang menggunakan plasmid DNA kontrol. Optimasi didapatkan dengan konsentrasi reaksi FIP/BIP 0,4 µM, F3/B3 0,2 µM, Loop F/P 0,4 µM, Calcein-Mangan 12 µM, dan GuHCl 40 mM. Sistem LAMP yang dikembangkan dapat mendeteksi sekuens gen target pada DNA kontrol hingga 1 copy number dalam waktu sekitar 1 jam pada inkubasi suhu 55 ºC. Meski begitu, sistem LAMP yang dikembangkan belum mapu mengamplifikasi RNA virus SARS-CoV-2 hasil ekstraksi sampel swab pasien. Hal ini disebabkan oleh enzim Bst 3.0 yang dipakai dalam sistem LAMP tidak memiliki kemampuan reverse transcriptase yang diharapkan.

---

The SARS-CoV-2 virus pandemic has made the need for mass screening of virus detection increased. Currently, the gold standard  test to detect SARS-CoV-2 virus is reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method that costly. Therefore, an alternative method that is cheaper, faster, and easier to use as a virus detection system is needed. The Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method can perform nucleotide amplification reactions at isothermal temperatures  without the need of thermal cycler  machine and can be observed directly with the addition of coloring agents. The LAMP-based virus detection method development use primers design targeting the S and ORF1ab genes with Calcein-Manganese dyes and the additive compound Guanidine Hydrochloride (GuHCl). The detection system performed optimization of the concentration of reaction components, temperature and template using plasmid DNA control. Optimization was obtained with reaction concentration of FIP/BIP 0.4 μM, F3/B3 0.2 μM, Loop F/P 0.4 μM, Calcein-Manganese 12 μM, and GuHCl 40 mM. The developed LAMP system can detect target gene sequences in control DNA up to  1 copy number in about 1 hour at 55 ºC incubation temperature. Even so, the LAMP system developed still unable to amplify the RNA of the SARS-CoV-2 virus from the extraction of patient swab samples. This issue occurred due to the Bst 3.0 enzyme that used in the reaction did not have reverse transcriptase activity as expected."

"Latar Belakang: ECP mampu menurunkan frekuensi angina, meningkatkan kualitas hidup, serta memperbaiki exercise–induced ischemia time. Manfaat tersebut dapat bertahan beberapa tahun setelah ECP. Mekanisme manfaat jangka panjang ECP tersebut telah dibuktikan akibat adanya angiogenesis yang diduga diperankan VEGF-A, VEGFR-2, dan miR-92a.Tujuan: Mengetahui efek ECP terhadap VEGF-A dan VEGFR-2, serta hubungannya dengan miR-92a pada pasien angina refrakter.Metode: Studi ini merupakan uji klinis acak tersamar ganda yang melibatkan 50 subjek dengan angina refrakter. Subjek dirandomisasi (1:1) ke dalam kelompok terapi ECP atau sham, yang masing-masing dilakukan selama 1 jam, hingga 35 kali. Kadar VEGF-A, VEGFR-2, dan miR-92a plasma diukur sebelum dan sesudah terapi menggunakan metode enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) untuk VEGF-A dan VEGFR-2, serta quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (qRT-PCR) untuk miR-92a. Keluaran klinis sekunder seperti derajat angina, kualitas hidup, 6-minutes walk test (6MWT), dan ejection fraction (EF) juga dinilai.Hasil: Kadar VEGF-A dan VEGFR-2 dipertahankan pada kelompok ECP, sedangkan kadar VEGF-A dan VEGFR-2 mengalami penurunan yang signifikan pada kelompok sham [ΔVEGF-A ECP vs sham: 1 (-139 to160) vs -136 (-237 to 67) pg/ml, p = 0.026; ΔVEGFR-2 ECP vs sham: -171(-844 to +1166) vs -517(-1549 to +1407) pg/ml, p = 0.021, respectively]. Kadar miR-92a meningkat secara signifikan pada kelompok ECP [5.1 (4.2 – 6.4) to 5.9 (4.8 – 6.4), p<0.001] and sham [5.2 (4.1 – 9.4) to 5.6 (4.8 – 6.3), p=0.008]. Tidak terdapat korelasi antara perubahan kadar VEGF-A, VEGFR-2, dan miR-92a [VEGF-A vs VEGFR-2 (r = 0.243, p = 0.09; uji Spearman), VEGF-A vs miR92-a (r = 0.229, p = 0.11; uji Spearman), dan VEGR-2 vs miR92-a (r = 0.08, p = 0.581; uji Spearman)].Kesimpulan: ECP mampu mempertahankan angiogenesis dengan cara mempertahankan kadar VEGF-A dan VEGFR-2. Pada kondisi iskemia, baik high shear stress (ECP) maupun low shear stress (sham) dapat menginduksi pelepasan miR-92a. ECP mempengaruhi VEGF-A, VEGFR-2, dan miR-92a secara independen.

---

Background: ECP is able to reduce angina frequency, improve quality of life, and improve exercise time-induced ischemia time. These benefits can last several years after the ECP. The mechanism for the long-term benefit of ECP has been proven by the presence of angiogenesis, which is thought to be mediated by VEGF-A, VEGFR-2, and miR-92a.

Objective: To determine the effect of ECP on VEGF-A and VEGFR-2, and its relationship with miR-92a in patients with refractory angina.

Methods: This study was a double-blind randomized clinical trial involving 50 subjects with refractory angina. Subjects were randomized (1:1) into either ECP or sham therapy groups, each administered for 1 hour, up to 35 times. Plasma VEGF-A, VEGFR-2, and miR-92a levels were measured before and after therapy using the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) method for VEGF-A and VEGFR-2, as well as quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (qRT-PCR). ) for miR-92a. Secondary clinical outcomes such as degree of angina, quality of life, 6-minute walk test (6MWT), and ejection fraction (EF) were also assessed.

Results: VEGF-A and VEGFR-2 levels are maintained in the ECP group, while VEGF-A and VEGFR-2 levels decrease in the sham group [ΔVEGF-A ECP vs sham: 1 (-139 to160) vs -136 (-237 to 67) pg/ml, p = 0.026; VEGFR-2 ECP vs sham: -171(-844 to +1166) vs -517(-1549 to +1407) pg/ml, p = 0.021, respectively]. MiR-92a levels increase significantly in the ECP group [5.1 (4.2 – 6.4) to 5.9 (4.8 – 6.4), p<0.001] and sham [5.2 (4.1 – 9.4) to 5.6 (4.8 – 6.3), p=0.008]. There is no correlation between changes in VEGF-A, VEGFR-2, and miR-92a levels [VEGF-A vs VEGFR-2 (r = 0.243, p = 0.09; Spearman's test), VEGF-A vs miR92-a (r = 0.229 , p = 0.11; Spearman's test), and VEGR-2 vs. miR92-a (r = 0.08, p = 0.581; Spearman's test)].

Conclusion: ECP therapy is able to maintain angiogenesis by maintaining VEGF-A and VEGFR-2 levels. In ischemic conditions, both high shear stress (ECP) and low shear stress (sham) can induce the release of miR-92a. ECP affects VEGF-A, VEGFR-2, and miR-92a independently."

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menjadi keadaan darurat kesehatan medis yang sedang berlangsung di seluruh dunia. Reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) berfungsi sebagai titik masuk SARS CoV-2, sementara transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) dan 3 chymotrypsin-like protease (3CLPro) terlibat dalam proses lebih lanjut dan replikasi virus. Inhibisi dari reseptor dan protease SARS CoV-2 dapat membatasi penularan virus ini. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor ACE2, TMPRSS2, dan 3CLPro dari metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual dengan target makromolekul yang didapat dari laman RSCB PDB, yaitu ID 2AJF, 7MEQ, dan 6LU7. Kesimpulan penelitian ini adalah bahwa hasil penapisan virtual memperoleh tujuh senyawa uji yang memiliki afinitas ikatan terhadap ketiga target yaitu Pre-neo-kauluamine (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,8 kkal/mol pada 3CLPro), Nakijiquinone V (-8,2 kkal/mol pada ACE2; -7,8 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,5 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10,1 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Jaspamide Q (-9,5 kkal/mol pada ACE2; -9,2 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Saranoside S (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -7,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,2 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10,2 kkal/mol pada ACE2; -9,6 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro), dan Jaspamide R (-9,3 kkal/mol pada ACE2; -8,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro).

---

The coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become an ongoing medical health emergency worldwide. The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor serves as the entry point for SARS-CoV-2, while transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) and chymotrypsin-like protease 3 (3CLpro) are involved in further processing and viral replication. Inhibition of these SARS-CoV-2 receptor and protease can limit the spread of this virus. This study was conducted to find candidate inhibitors of ACE2, TMPRSS2, and 3CLPro from secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates. The method used was virtual screening with macromolecular targets obtained from the RSCB PDB website, namely ID 2AJF, 7MEQ, and 6LU7. Based on the results of virtual screening, seven test compounds were found to have binding affinity towards all three targets, namely Pre-neo-kauluamine (-9.7 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.8 kcal/mol) on 3CLPro), Nakijiquinone V (-8.2 kcal/mol on ACE2; -7.8 kcal/mol on TMPRSS2; -7.5 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10.1 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal/mol on 3CLPro), Jaspamide Q (-9.5 kcal/mol on ACE2; -9.2 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal /mol on 3CLPro), Saranoside S (-9.7 kcal/mol on ACE2; -7.7 kcal/mol on TMPRSS2; -7.2 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10.2 kcal/mol on ACE2; -9.6 kcal/mol on TMPRSS2; -6.9 kcal/mol on 3CLPro), and Jaspamide R (-9.3 kcal/mol on ACE2; -8.7 kcal/mol on TMPRSS2; -6 .9 kcal/mol at 3CLPro)."

"COVID-19 atau Corona Virus Disease 2019 adalah penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 masuk melalui saluran pernapasan dan menginfeksi paru-paru. Pada penelitian ini metode sensor elektrokimia menggunakan S-protein sebagai biomarker untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dikembangkan dengan menggunakan dua jenis senyawa pengenal yang berbeda, yaitu umifenovir dan N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir dan Neu5Ac merupakan senyawa elektroakif yang mampu berikatan dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Studi elektrokimia dengan metode voltametri siklik menunjukkan puncak arus oksidasi umifenovir pada elektroda screen-printed boron-doped diamond (SPE-BDD) pada potensial +0,29 V. Penambahan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 pada larutan umifenovir menyebabkan penurunan puncak arus oksidasi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan puncak arus oksidasi ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S2 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dan limit deteksi (LOD) 18,98 ng/mL dan limit kuantifikasi (LOQ) 63,27 ng/mL dapat dicapai. Sementara itu, keberadaan senyawa Neu5Ac tidak menunjukkan respon pada elektroda SPE-BDD. Namun, pada elektroda screen-printed gold (SPGE) Neu5Ac dapat diidentifikasi dengan meningkatnya puncak arus reduksi Au pada potensial +0,23 V. Penambahan spike glikoprotein S1 SARS-CoV-2 pada larutan Neu5Ac menyebabkan penurunan puncak arus reduksi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dengan nilai LOD dan LOQ masing-masing 21,80 ng/mL dan 72,69 ng/mL. Kedua jenis sensor memiliki keberulangan yang baik dengan % RSD kurang dari 5% pada 10 kali pengukuran. Sensor ini juga memiliki selektivitas yang baik dan tidak dipengaruhi keberadaan hemaglutinin H1N1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL yang ditambahkan pada pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV-2.

---

COVID-19 or Corona Virus Disease 2019 is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters through the respiratory tract and infects the lungs. In this study an electrochemical sensor method using S-protein as a biomarker to detect SARS-CoV-2 was developed using two different types of identifier compounds, namely umifenovir and N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir and Neu5Ac are electroactive compounds that are able to bind to the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. An electrochemical study using the cyclic voltammetry method showed the peak of the oxidation current of umifenovir at a screen-printed electrode boron-doped diamond (SPE-BDD) at a potential of +0.29 V. The addition of spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 to the umifenovir solution caused a decrease in the peak of the oxidation current with an optimum contact time of 10 minutes. This decrease in the peak of the oxidation current was linear with increasing concentrations of the spike glycoprotein S2 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL and a detection limit (LOD) of 18.98 ng/mL and a quantification limit (LOQ) of 63.27 ng/mL could be achieved. Meanwhile, the presence of the Neu5Ac compound did not show a response to the SPE-BDD electrode. However, on the screen-printed gold electrode (SPGE) Neu5Ac can be identified by increasing the peak reduction current of Au at a potential of +0.23 V. The addition of spike glycoprotein S1 SARS-CoV-2 to Neu5Ac solution causes a decrease in the peak of the reduction current with an optimum contact time of 10 minute. This decrease was linear with increasing concentrations of spike glycoprotein S1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL with LOD and LOQ values of 21.80 ng/mL and 72.69 ng/mL, respectively. Both types of sensors have good repeatability with % RSD less than 5% for 10 measurements. This sensor also has good selectivity and is not affected by the presence of hemagglutinin H1N1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL added to the measurement of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2."

"SARS-CoV-2 sebagai virus penyebab COVID-19 yang berikatan dengan reseptor ACE-2 untuk masuk ke dalam sel inang melalui protein spike-1. Protein spike-1 dapat menjadi target pencegahan COVID-19 melalui pengembangan vaksin. Vaksin berbasis DNA merupakan kandidat vaksin yang menjanjikan untuk dikembangkan. Spesimen naso-oro faring pasien COVID-19 yang telah dikonfirmasi dengan RT-PCR, diekstraksi dan diamplifikasi dengan menggunakan primer kloning terhadap plasmid pUMVC4a. Hasil sekuensing dianalisis dengan SeqScape 3.0 dan MEGA 11. Analisis epitop sel B dilakukan dengan berbagai piranti lunak berbasis web. Konstruksi DNA vaksin dilakukan melalui analisis in silico menggunakan SnapGene 6.0 serta in vitro melalui teknik DNA Rekombinan. Gen spike-1 teramplifikasi dengan ukuran 2.265 bp, namun ligasi ke pUMVC4a dan transformasi ke E.coli strain DH5α belum berhasil. Berdasarkan analisis, seluruh sekuen memiliki mutasi D614G dengan isolat A dan B memiliki PNI yang dekat dengan varian Wuhan wt sementara 5 isolat (C-G) termasuk dalam varian Omicron. Berdasarkan sifat antigenisitas, toksisitas, alergenisitas, topologi dan hidrofobisitas, empat belas sekuen asam amino (pada posisi 68-678 protein S-1) diajukan sebagai epitop terpilih. Terdapat 14 sekuens asam amino pada protein spike-1 SARS-CoV-2 yang dapat diajukan sebagai domain epitop sel B dalam pengembangan vaksin COVID-19 berbasis DNA.

---

SARS-CoV-2 as the virus that causes COVID-19 binds to the ACE-2 receptor to enter host cells via the spike-1 protein. Spike-1 protein can be a target for preventing COVID-19 through vaccine development. DNA-based vaccines are promising vaccine candidates to be developed. Naso-oropharyngeal specimens of COVID-19 patients confirmed by RT-PCR were extracted and amplified using clone primers against the plasmid pUMVC4a. The sequencing results were analyzed with SeqScape 3.0 and MEGA 11. B cell epitope analysis was performed with various web-based software. Vaccine DNA construction was carried out through in silico analysis using SnapGene 6.0 and in vitro using Recombinant DNA techniques. The spike-1 gene was amplified with a size of 2,265 bp, but ligation to pUMVC4a and transformation to E.coli strain DH5α were not successful. Based on the analysis, all sequences have the D614G mutation with isolate A and B having a PNI that is close to the Wuhan wt variant while 5 isolates (C-G) belong to the Omicron variant. Based on antigenicity, toxicity, allergenicity, topology and hydrophobicity, fourteen amino acid sequences (at positions 68 - 678 of protein S-1) were proposed as selected epitopes. There are 14 amino acid sequences in the SARS-CoV-2 spike-1 protein that can be proposed as B cell epitope domains in the development of a DNA-based COVID-19 vaccine."