Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Adenilat Siklase (AC) merupakan enzim yang mengkatalisis konversi ATP menjadi cAMP yang berperan sebagai second messenger intraseluler dalam regulasi fisiologis. AC 5 merupakan salah satu isoform utama di jantung yang dapat memediasi efek samping dari tingginya konsentrasi pada katekolamin seperti efek pro-apoptosis. Kondisi ini dapat menyebabkan terjadinya gagal jantung, sehingga inhibisi pada AC 5 menjadi salah satu target terkini untuk pengobatan gagal jantung. Herbaldb merupakan pangkalan data berisi data tanaman obat di Indonesia. Namun, penelitian senyawa pada herbaldb yang berpotensi sebagai inhibitor AC 5 masih terbatas. Sehingga, dilakukan penelitian secara in silico dengan metode penapisan virtual untuk menemukan kandidat inhibitor AC 5 dari pangkalan data herbaldb. Makromolekul yang digunakan yaitu ID:1CJT yang diperoleh pada situs RCSB PDB. Optimasi dilakukan dengan pemilihan ukuran grid serta mempertahankan Mg2+ dan Mn2+ terhadap makromolekul. Pada hasil penapisan virtual, sepuluh senyawa aktif dengan ∆G terbaik yaitu: Casuarinin, Punicalin, Casuarictin, Molludistin, Punicalagin, 3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta->8)-epigallocatechin-3-O-gallate, Catechin-(4alpha->8)-epicatechin-3-O-gallate, Gallocatechin-(4alpha->8)-epigallocatechin-3-O-gallate, Quercetin-3-(6'''-sinapylglucosyl)(1->2)-galactoside dan 5-Hydroxy-7’,4’,5’-trimethoxyisoflavone 3'-O-alpha-L-arabinofuranosyl(1->6)-beta-D-glucopyranoside dengan rentang ∆G -8,0 hingga -7,6 kkal/mol yang dibandingkan dengan kontrol positif AraA/Vidarabine (-6,2 kkal/mol). Hasil tersebut menunjukkan sepuluh senyawa memiliki potensi untuk dikembangkan menjadi inhibitor AC 5. Dari sepuluh senyawa tersebut, yang memenuhi kaidah Lipinski’s Rule of Five ­yaitu Molludistin.

---

Adenylyl cyclase (AC) is an enzyme that plays a role in catalysis of ATP to cAMP, an intracellular second messenger which plays a crucial role in the physiological regulation. Adenylyl cyclase 5 is one of the major AC‐isoforms in the heart. Adenylyl cyclase 5 mediates adverse effects of the high concentrations of catecholamines (for example, pro‐apoptotic effects). The high concentrations of catecholamines are expected to occur in heart failure, hence the inhibition of adenylyl cyclase 5 is one of the recent targets that can be used to become a treatment of heart failure. Herbaldb is a database that contains the data of medicinal herbs in Indonesia. However, research about compounds in herbaldb which has the potential as an inhibitor of adenylate cyclase 5 is still limited. Therefore, an in silico study with a virtual screening method was conducted to find adenylate cyclase 5 inhibitor candidates from the herbaldb database. The macromolecules used were ID: 1CJT obtained on the RCSB PDB website. Optimization was done by selecting grid size and the maintaning Mg2+ and Mn2+ to macromolecule. Based on the results of virtual screening, ten active compounds that have best ∆G were; Casuarinin, Punicalin, Casuarictin, Molludistin, Punicalagin, 3-O-Galloylepigallocatechin-(4beta->8)-epigallocatechin-3-O-gallate, Catechin-(4alpha->8)-epicatechin-3-O-gallate, Gallocatechin-(4alpha->8)-epigallocatechin-3-O-gallate, Quercetin-3-(6'''-sinapylglucosyl)(1->2)-galactoside and 5-Hydroxy-7’,4’,5’- trimethoxyisoflavone 3'-O-alpha-L-arabinofuranosyl(1->6)-beta-D-glucopyranoside with ∆G from -8 to -7.6 kcal/mol as compared to positive control of AraA (Vidarabine) (-6.2 kcal/mol). This result indicated that the 10 compounds have potential as adenylyl cyclase 5 inhibitor. From the ten compounds, only Molludistin that fully complies Lipinski’s Rule of Five."

"Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) merupakan enzim yang berperan pada proses perbaikan DNA Single Strand Break (SSB) yang mengkatalisis proses Poly(ADP-ribosyl)ation atau PARylation. Kerusakan DNA yang terdapat pada sel kanker kolorektal memicu enzim PARP-1 untuk memperbaiki kerusakan tersebut dan menjaga kelangsungan hidup sel kanker. Inhibisi PARP-1 dilakukan untuk mencegah perbaikan DNA yang terjadi pada sel kanker kolorektal. Penelitian ini dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB untuk mendapatkan senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PARP-1. Penelitian ini menggunakan makromolekul dengan PDB ID 6NRI dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, nilai exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Cassiamin C (-13,9 kkal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11,8 kkal/mol), Chitranone (-11,7 kkal/mol), Cassameridine (-11,6 kkal/mol), Palmarumycin CP1 (-11,4 kkal/mol), Yuehchukene (-11,3 kkal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3-o-gallate (-11,1 kkal/mol), Roxburghine B (-11,1 kkal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kkal/mol), dan Withanolide (-11 kkal/mol). Berdasarkan afinititas penambatannya, kesepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai kandidat inhibitor PARP-1 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) is an enzyme that plays a role in the DNA Single Strand Break (SSB) repair process that catalyzes the process of Poly(ADP-ribosyl)ation or PARylation. DNA damage in colorectal cancer cells triggers the PARP-1 enzyme to repair the damage and keep cancer cells alive and replicate. PARP-1 inhibition was performed to prevent DNA repair that occurs in colorectal cancer cells. This research is an in silico study with a virtual screening method for natural compounds contained in the HerbalDB database to obtain compounds that have potential as PARP-1 inhibitors. This study uses a macromolecule with PDB ID 6NRI from the RCSB PDB page. The best parameter obtained from the optimization and validation process used in the virtual filtering process is using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 18.75 x 18.75 x 18.75 , exhaustiveness value of 8, and num mode 9. Virtual screening process shows 10 compounds with the best binding affinity, namely Cassiamin C (-13.9 kcal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11.8 kcal/mol), Chitranone (-11.7 kcal/mol ), Cassameridine (-11.6 kcal/mol), Palmarumycin CP1 (-11.4 kcal/mol), Yuehchukene (-11.3 kcal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3 -o- gallate (-11.1 kcal/mol), Roxburghine B (-11.1 kcal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kcal/mol), and Withanolide (-11 kcal/mol). Based on their binding affinity, the ten compounds have potential as PARP-1 inhibitor candidates and can be used for further research.

"

"Kanker kolorektal adalah kanker yang terletak pada rektum atau kolon dengan sel-sel yang berkembang dengan tidak terkendali. Obat kanker untuk kanker kolorektal memiliki beberapa kelemahan seperti kurangnya spesifitas dan dapat terjadinya resistensi, sehingga perlu dikembangkan terapi target untuk mengurangi kelemahan tersebut. Berbagai penelitian dilakukan untuk merancang obat yang dapat mentarget protein yang berkaitan dengan perkembangan kanker kolorektal, salah satunya adalah Matrix Metalloproteinase-9. Penghambatan dari protein tersebut memungkinkan untuk menghambat penyebaran kanker, sehingga pencarian senyawa penghambat Matrix Metalloproteinase-9 menarik untuk dilakukan. Penelitian dapat dilakukan dengan memanfaatkan metode penapisan virtual. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan 10 senyawa kandidat dengan potensi menjadi inhibitor Matrix Metalloproteinase-9. Penapisan virtual dapat digunakan untuk melakukan pencarian senyawa kandidat inhibitor dari basis data HerbalDB. Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik berdasarkan energi ikatan bebas dan pose pengikatan yaitu Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Sikloartokarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-kumarat (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnosida (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahidroksiflavanon 7-alfa-l-arabinofuranosil-(1-6)-glukosida (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Sianidin 3-arabinosida (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehidropipernonalin (-10,1 kkal/mol). Hasil tersebut menunjukkan senyawa memiliki potensi untuk menghambat Matrix Metalloproteinase-9

---

Colorectal Cancer is located on the colon or the rectum of the patient with uncontrolled cell growth. Cancer drugs for colorectal cancer have several weaknesses such as lack of specificity, so it is necessary to develop targeted therapies to reduce these weaknesses. Various research were done to design a drug with purpose of targeting the protein in which is related to the growth of colorectal cancer, one of them being Matrix Metalloproteinase-9. Inhibition of Matrix Metalloproteinase-9 possibly inhibits the spread of colorectal cancer, therefore a research to find candidates is appealing. Research can be done by using the virtual screening method. The purpose of this study is to obtain 10 candidate compounds with the potential to inhibit Matrix Metalloproteinase-9. Virtual screening method is used to search for candidate compounds from HerbalDB database. Based on the screening results, the best compound rankings based on the free bond energy and binding pose were obtained, namely Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Cycloartocarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-coumarate (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnoside (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahydroxyflavanone 7-alpha-l-arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Cyanidin 3-arabinoside (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehydropipernonaline (-10,1 kkal/mol). The results indicate potential candidates to inhibit Matrix Metalloproteinase-9."

"Tankyrase 1 dan 2 (TNKS 1/2) merupakan protein pada dasar kripta kolon yang berperan dalam meningkatkan kadar b-katenin di nukleusdengan mendegradasi komponen utama destruction complex, yaitu axis inhibitory protein (AXIN). Peningkatan kadar abnormal b-katenin di nukleus yang distabilkan oleh TNKS1/2 menjadi salah satu tahap awal perkembangan kanker kolorektal. Inhibitor TNKS1/2 telah teruji secara in vitro pada sel kanker kolorektal dengan komponen destruction complex yang termutasi dapat mengatasi resistensi pengobatan 5-fluorourasil (5-FU). Inhibitor TNKS1/2 pada kedua situs (dual binders) memiliki aktivitas penghambatan yang lebih tinggi dibandingkan inhibitor yang hanya mengikat pada satu situs aktif. Sampai saat ini belum ada senyawa yang disetujui oleh FDA terhadap inhibitor dual binders TNKS 1/2 sehingga penemuan inhibitor dual binders TNKS1/2 masih dibutuhkan sebagai target pengobatan kanker kolorektal. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam Indonesia dari pangkalan data HerbalDB untuk penemuan senyawa kandidat inhibitor dual binders TNKS1/2. Makromolekul yang digunakan pada penelitian ini adalah TNKS1 (PDB ID: 4I9I) dan TNKS2 (PDB ID: 7CE4) dengan menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75… x 18,75 ,exhaustiveness: 16, dan num modes: 9 yang berdasarkan hasil validasi metode penapisan virtual terbaik. Dari hasil penapisan virtual didapatkan 10 peringkat senyawa dengan energi bebas ikatan terendah, yaitu Epigalokatekin 3,5-di-o-galat; Epigalokatekin 3,4’-di-o-galat; Jasmolakton D; Epigalokatekin 3-o-p-kumarat; Epigalokatekin 3,3’-di-o-galat; Mirisetin3-(6''-galoilgalaktosida); Galokatekin 3-o-galat; Asam isoklorogenat B; Orientanol E; dan Verbaskosida.

---

Tankyrase 1 and 2 (TNKS 1/2) are proteins at the crypt base of colon that play a role in increasing the levels of b-catenin in the nucleus by degrading the main component of the destruction complex, axis inhibitory protein (AXIN). Abnormal increase level of b-catenin in the nucleus which is stabilized by TNKS1/2 is one of the early stages of colorectal cancer development. The TNKS1/2 inhibitor has been tested in vitro on colorectal cancer cells with a mutated destruction complex component that can overcome resistance to 5-fluorouracil (5-FU) treatment. TNKS1/2 inhibitors at both active sites (dual binders) have higher inhibitory activity than inhibitors that only bind to one active site. Until now, there is no compound has been approved by the FDA for TNKS 1/2 dual binders inhibitors, so the discovery of TNKS1/2 dual binders inhibitors are still needed as a target for colorectal cancer treatment. In this study, a virtual screening of Indonesian natural ingredients compounds from the HerbalDB database was carried out for the discovery of candidate compounds for TNKS1/2 dual binders inhibitors. The macromolecules used in this study were TNKS1 (PDB ID: 4I9I) and TNKS2 (PDB ID: 7CE4) using the AutoDock Vina program in PyRx with size of grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, exhaustiveness: 16, and num modes: 9 based on the best results of the virtual screening validation. From the results of virtual screening, 10 compounds with the lowest bond free energy were obtained, Epigallocatechin 3,5-di-o-galate; Epigallocatechin 3,4'-di-o-gallate; Jasmolactone D; Epigallocatechin 3-o-p-coumarate; Epigallocatechin 3,3'-di-o-gallate;Myricetin3-(6''-galloylgalactoside); Gallocatechin 3-o-gallate; isochlorogenic acid B; Orientanol E; and Verbascoside."

"Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) telah menyebar luas dan menjadi penyebab utama infeksi, baik di masyarakat maupun rumah sakit. MRSA tidak hanya berdampak bagi kesehatan, tetapi juga menimbulkan implikasi ekonomi serius dengan perkiraan kontribusi yang signifikan terhadap kematian dalam dekade mendatang. Penicillin-binding Protein 2a (PBP2a) merupakan protein tambahan pada membran bakteri Staphylococcus aureus yang bertanggung jawab atas resistensinya terhadap antibiotik β-laktam, termasuk metisilin. Dalam penelitian ini, senyawa yang diketahui memiliki aktivitas sebagai inhibitor PBP2a digunakan sebagai training set dan active set. Training set digunakan untuk membuat model farmakofor menggunakan metode shared dan merged pada perangkat lunak LigandScout. Model dari metode shared menghasilkan skor tertinggi sebesar 0,8525 dengan fitur dua daerah hidrofobik (H) dan satu akseptor ikatan hidrogen (HBA). Sementara itu, Model dari metode merged menghasilkan skor tertinggi sebesar 0,8053 dengan fitur empat akseptor ikatan hidrogen (HBA). Setelah dilakukan optimasi dan validasi menggunakan active set dan decoy set, model farmakofor terbaik berasal dari model yang dibangun menggunakan metode shared dengan penurunan weight sebesar 0,1 pada fitur farmakofor H1. Parameter analisis yang diperoleh adalah AUC100%; EF1%; EF5%; sensitivitas; dan spesifisitas yang berturut-turut senilai 0,67; 3,9; 3,1; 0,65; dan 0,60. Model farmakofor terbaik digunakan untuk melakukan penapisan virtual pada pangkalan data HerbalDB. Pemeringkatan senyawa kandidat dilakukan berdasarkan pharmacophore-fit score tertinggi. Senyawa kandidat yang termasuk dalam peringkat sepuluh tertinggi adalah Trigonelloside C, (S)-6-Gingerol, Epicatechin-(4β→6)-epicatechin-(4β→8)-catechin, Mesuol, Scutellarein 7-glucosyl-(1→4)-rhamnoside, trans-p-Ferulyl alcohol 4-O-[6-(2-methyl-3-hydroxypropionyl)] glucopyranoside, 3’-Deoxymaysin, 15-HETE, Proanthocyanidin A1, dan Anhydrosafflor yellow B.

---

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has spread widely and become a major cause of infections in both the community and hospitals. MRSA not only impacts health but also has serious economic implications, with a significant contribution to mortality expected in the coming decade. Penicillin-binding Protein 2a (PBP2a) is an additional protein on the membrane of the Staphylococcus aureus responsible for its resistance to β-lactam antibiotics, including methicillin. In this study, compounds known to have activity as PBP2a inhibitors were used as the training set and active set. The training set was used to create pharmacophore models using the shared and merged methods in the LigandScout software. The model from the shared method achieved the highest score of 0.8525 with features of two hydrophobic regions (H) and one hydrogen bond acceptor (HBA). Meanwhile, the model from the merged method achieved the highest score of 0.8053 with features of four hydrogen bond acceptors (HBA). After validation and optimization using the active set and decoy set, the best pharmacophore model was obtained from the shared method with a weight reduction of 0.1 on the H1 pharmacophore feature. The analysis parameters obtained were AUC100%; EF1%; EF5%; sensitivity; and specificity which score were 0,67; 3,9; 3,1; 0,65; dan 0,60 respectively. The best pharmacophore model was used for virtual screening on the HerbalDB database. Candidate compounds were ranked based on the highest pharmacophore-fit score, with the top ten candidate compounds being Trigonelloside C, (S)-6-Gingerol, Epicatechin-(4β→6)-epicatechin-(4β→8)-catechin, Mesuol, Scutellarein 7-glucosyl-(1→4)-rhamnoside, trans-p-Ferulyl alcohol 4-O-[6-(2-methyl-3-hydroxypropionyl)] glucopyranoside, 3’-Deoxymaysin, 15-HETE, Proanthocyanidin A1, dan Anhydrosafflor yellow B."

"MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) adalah jenis spesies bakteri S. aureus yang resisten terhadap antibiotik metisilin dan antibiotik beta laktam lainnya. Infeksi MRSA menjadi salah satu penyebab utama infeksi nosokomial dan sering kali terkait dengan tingkat kesakitan, kematian, durasi rawat inap yang panjang, dan beban biaya yang substansial. Resistensi MRSA dikaitkan dengan produksi jenis enzim PBP2 baru yaitu PBP2a yang memiliki afinitas yang rendah terhadap β-laktam. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan parameter optimum untuk penapisan virtual dengan metode penambatan molekular senyawa inhibitor PBP2a menggunakan AutoDock Vina serta mendapatkan 10 kandidat senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PBP2a dari hasil penambatan menggunakan parameter optimum. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual kandidat inhibitor penicillin-binding protein 2a (PBP2a dari pangkalan data HerbalDB menggunakan penambatan molekuler. Proses optimasi dan validasi menghasilkan parameter terbaik adalah ukuran gridbox 20,625Å x 20,625Å x 20,625Å dengan exhaustiveness 16 menggunakan Autodock Vina yang menghasilkan nilai EF1% 0 dan AUC 0,6428. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik menggunakan Autodock Vina yaitu, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, dan Epicatechin 3, 5-di-o-gallate.

---

MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) is a type of S. aureus bacterial species that is resistant to the antibiotic methicillin and other beta lactam antibiotics. MRSA infection is one of the main causes of nosocomial infections and is often associated with high levels of morbidity, mortality, long duration of hospitalization, and substantial cost burden. MRSA resistance is associated with the production of a new type of PBP2 enzyme, namely PBP2a, which has a low affinity for β-lactams. This study aims to obtain optimum parameters for virtual screening using the molecular docking method for PBP2a inhibitor compounds using AutoDock Vina and to obtain 10 candidate compounds that have the potential to act as PBP2a inhibitors from the docking results using optimum parameters. In this study, virtual screening of penicillin-binding protein 2a (PBP2a) inhibitor candidates was carried out from the HerbalDB database using molecular docking. The optimization and validation process resulted in the best parameters being a gridbox size of 20.625Å x 20.625Å x 20.625Å with exhaustiveness of 16 using Autodock Vina which resulted an EF1% value 0 and AUC 0.6428. Based on the screening results, the 10 best compound rankings were obtained using Autodock Vina, namely, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, and Epicatechin 3, 5-di-o-gallate."

"Pandemi COVID-19 disebabkan oleh penyebaran Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yang meluas secara global ke penjuru dunia dalam waktu yang singkat. Protease serine transmembran tipe II multidomain (TMPRSS2) memiliki aktivitas katalitik yang melibatkan triad katalitik dari tiga asam amino, yaitu Ser441 (nukleofil), Asp345 (elektrofil), dan His296 (basa). Inhibitor TMPRSS2 diketahui dapat mencegah fusi sel SARS-CoV-2 dan berkolerasi dengan respon antibodi yang meningkat terhadap SARS-CoV-2. Tetapi, inhibitor TMPRSS2 yang ditemukan masih terbatas sehingga belum terdapat inhibitor TMPRSS2 yang disetujui oleh FDA sebagai obat pada penderita Sars-CoV-2. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor TMPRSS2 dari senyawa bahan alam Indonesia yang diperoleh dari pangkalan data HerbalDB. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual dengan target makromolekul Transmembrane Protease Serine 2 yang didapat dari laman RSCB PDB, yaitu ID 7 MEQ. Parameter yang diperoleh untuk mendapatkan nilai RMSD, EF dan AUC terbaik dari hasil optimisasi dan validasi adalah menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 25 x 25 x 25 Å dan exhaustiveness 8. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh sepuluh senyawa aktif yang memiliki nilai binding energy terendah, diantaranya: casuarictin (-9,4 kkal/mol), casuarinin (-9,1 kkal/mol), epicatechin 3, 5-di-o-gallate (-9 kkal/mol), epigallocatechin- (4beta->8)-epicatechin-3-o-gallate (-8,9kkal/mol), epicatechin-(4beta->6)-epicatechin- (4beta->8)-catechin (-8,9kkal/mol), 2''-o-galloylisovitexin (-8,8 kkal/mol), epigallocatechin-(4beta->8)-epigallocatechin-3-o-gallate (-8,8kkal/mol), quercetin 3- glucosyl-(1->2)-[rhamnosyl-(1->6)-galactoside] (-8,8kkal/mol), epigallocatechin 3, 3', -di-o-gallate (-8,8 kkal/mol) dan delphinidin 3-o-beta-d-(6-o-(e)-p- coumaryl)galactopyranoside (-8,8 kkal/mol). Binding energy dari kesepuluh senyawa tersebut berada di antara -9,4 – 8,8 kkal/mol yang menunjukkan senyawa tersebut memiliki nilai binding energy yang lebih baik dibandingkan dengan kontrol positif nafamostat mesylate (-8,2 kkal/mol). Dari kesepuluh senyawa dengan energi ikatan bebas terendah, tidak ada senyawa yang memenuhi seluruh kaidah Lipinski’s Rule of Five. Namun, kaidah tersebut tidak berlaku pada penemuan obat dari senyawa bahan alam. Dengan demikian, sepuluh hit senyawa bahan alam Indonesia tersebut berpotensi dapat digunakan untuk tahapan penelitian inhibitor TMPRSS2 selanjutnya.

---

TheCOVID-19 pandemiccaused by the global spread of the Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) within a short time. TMPRSS2 is a transmembrane serine protease multidomain type II that has catalytic activity which involves the catalytic triad of Ser441 (nucleophile), Asp345 (electrophile), and His296 (base). The TMPRSS2 inhibitor prevents SARS-CoV-2 cell fusion and enhance antibody response to SARS-CoV-2. However, currently there are no TMPRSS2 inhibitors approved by the FDA as SARS-CoV-2 drugs. The aim of this study was to find candidates as TMPRSS2 inhibitors from Indonesian natural product using the HerbalDB database. TMPRSS2 macromolecules (ID 7MEQ) was used as a target for the virtual screening study. The AutoDock Vina in PyRx with a gridbox of 25 x 25 x 25 Å and exhaustiveness 8 was used to get the best RMSD, EF, and AUC values as optimization and validation parameters. Based on the virtual screening, ten active compounds that have the lowest binding energy values were obtained : casuarictin (- 9,4 kkal/mol), casuarinin (-9,1 kkal/mol), epicatechin 3, 5-di-o-gallate (-9 kkal/mol), epigallocatechin-(4beta->8)-epicatechin-3-o-gallate (-8,9kkal/mol), epicatechin- (4beta->6)-epicatechin-(4beta->8)-catechin (-8,9kkal/mol), 2''-o-galloylisovitexin (- 8,8 kkal/mol), epigallocatechin-(4beta->8)-epigallocatechin-3-o-gallate (- 8,8kkal/mol), quercetin 3-glucosyl-(1->2)-[rhamnosyl-(1->6)-galactoside] (- 8,8kkal/mol), epigallocatechin 3, 3', -di-o-gallate (-8,8 kkal/mol) dan delphinidin 3-o- beta-d-(6-o-(e)-p-coumaryl)galactopyranoside (-8,8 kkal/mol). Binding energy of the ten compounds was -9.4 to -8,8 kcal/mol which was better than nafamostat mesylate (- 8,2 kcal/mol) as positive control. From obtained compounds, none of the compounds complied Lipinski’s Rule of Five. However, this rule was not compliant with natural product drug discovery. Thus, these potential hit compounds can be used for further TMPRSS2 inhibitors investigation."

"ABSTRACTInhibitor sodium glucose co-transporter 2 (SGLT2) telah dievaluasi dalam uji klinis sebagai dasar strategi penanganan hiperglikemia pada diabetes. Namun, karena tergolong kelas obat baru antidiabetik oral, inhibitor SGLT-2 masih jarang ditemukan di Indonesia dan harga beli yang masih tinggi untuk dijangkau. Studi ini bertujuan untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi mempunyai aktivitas sebagai inhibitor SGLT2 dari pangkalan data herbal Indonesia melalui pendekatan penapisan virtual berbasis farmakofor. Model farmakofor inhibitor SGLT2 dibuat dari 10 training set ligan inhibitor SGLT2 menggunakan LigandScout 4.1.5. Sepuluh model farmakofor yang terbentuk kemudian divalidasi menggunakan metode test set dan decoy set. Farmakofor model-1 merupakan model farmakofor terbaik dengan nilai 0,9080, EF1 =56,5 , EF5 = 56,5 dan AUC100 = 0,87 yang akan dijadikan model untuk penapisan virtual. Model-1 terdiri dari 1 interaksi hidrofobik, 1 cincin aromatis, 4 donor ikatan hidrogen dan 5 akseptor ikatan hidrogen. Penapisan virtual menghasilkan tiga senyawa kandidat Hits yang memiliki pharmacophore fit score terbaik terhadap model 1, yakni vitexin = 113,62; cucumerin A = 112,62; dan cucumerin B = 113,51. Sehingga dapat disimpulkan bahwa Vitexin, Cucumerin A, dan Cucumerin B berpotensi sebagai kandidat senyawa yang mempunyai aktivitas sebagai inhibitor SGLT2.

---

ABSTRACTSodium glucose co transporter 2 SGLT2 inhibitor has been evaluated in clinical trials as the basic strategy of hyperglycemia handling in diabetes. However, because of SGLT 2 inhibitor was the new class of oral antidiabetic, it still rare in Indonesia and because of the high price. This study was intended to find compounds that capable of having activity as SGLT2 inhibitors from Indonesian herbal database through a pharmacophore based virtual screening approach. The SGLT2 inhibitor pharmacophore models was made from 10 training sets of SGLT2 ligand inhibitors using the LigandScout 4.1.5. Ten pharmacophore models which has been made were validated using test set and decoy set methods. The model 1 pharmacophore was the best model, with values of 0.9080, EF1 56.5 , EF5 56.5 and AUC100 0.87 which will serve as models for virtual screening. Model 1 consists of 1 hydrophobic interaction, 1 aromatic ring, 4 hydrogen bond donors and 5 hydrogen bond acceptors. Virtual screening showed three compounds Hits which have best pharmacophore fit scores according to model 1, they were Vitexin 113.62 Cucumerin A 112,62 and Cucumerin B 113,51. These results conclude that Vitexin, Cucumerin A, and Cucumerin B potentially have an activity as a SGLT2 inhibitor."

"Penggunaan antibodi monoklonal, seperti alirocumab dan evolocumab sebagai inhibitor PCSK9 telah disetujui oleh U.S. FDA dan European Medicines Agency karena mampu menurunkan kadar LDL. Tetapi, kedua obat ini hanya dapat diadministrasikan secara parenteral sehingga para peneliti masih mencari alternatif lain untuk mengatasi keterbatasan tersebut. Pada penelitian ini, senyawa dari golongan tetrahidroisoquinolin, fenilpiperazin, fenilalanin, dan benzofuran digunakan sebagai training set untuk mendapatkan model farmakofor yang berpotensi sebagai inhibitor PCSK9. Tahapan seperti pembuatan model farmakofor, validasi, optimasi, serta penapisan virtual dilakukan melalui LigandScout. Model farmakofor yang terbangkitkan memiliki skor 0,7031 dengan empat fitur farmakofor, yaitu satu AR, satu H, satu HBA, dan satu HBD. Model farmakofor kemudian dioptimasi menggunakan active set dari ligan terpilih dan decoy set dari DUD-E. Optimasi dengan penambahan feature weight sebesar 0,1 terhadap keempat fitur tersebut memberikan hasil validasi terbaik yang ditunjukkan dengan nilai AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivitas, dan spesifisitas berturut-turut sebesar 0,93; 34,0%; 6,0%; 1,00; dan 0,79. Hasil penapisan virtual menggunakan model farmakofor tersebut kemudian dievaluasi berdasarkan kaidah Lipinski’s Rule of Five dengan KNIME. Sebelas senyawa bahan alam dari HerbalDB yang berpotensi untuk dikembangkan menjadi terapi anti-PCSK9 dalam bentuk sediaan peroral, antara lain morindone, gentisin, mesuaxanthone A, beta-phenethylamine, brazilin, pterofuran, n-cis- feruloyltyramine, bethanidine, 6-methoxykaempferol, gartanin, dan alizarin.

---

The use of alirocumab and evolocumab as PCSK9 inhibitors has been approved by U.S. FDA and European Medicines Agency because of their ability to reduce LDL levels. However, these monoclonal antibodies must be administered parenterally, so researchers are devising alternative strategies to overcome its limitation. In this study, tetrahydroisoquinoline, phenylpiperazine, phenylalanine, and benzofuran compound groups were used as training sets to obtain a pharmacophore model. The process of making a pharmacophore model, validation, optimization, and virtual screening were done using LigandScout. The generated pharmacophore model scored 0.7031 with four pharmacophore features, namely one AR, one H, one HBA, and one HBD. The model was then optimized using the active and decoy set from DUD-E. Optimization by increasing the feature weight by 0,1 to the four features gave the best validation result as indicated by the values of AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivity, and specificity are 0.93; 34.0%; 6.0%; 1.00; 0.79 respectively. The virtual screening results using the optimized model were evaluated based on Lipinski’s Rule of Five with KNIME. Eleven natural compounds from HerbalDB that may be developed into anti-PCSK9 therapy in oral dosage form were obtained, including morindone, gentisin, mesuaxanthone A, beta-phenethylamine, brazilin, pterofuran, n-cis-feruloyltyramine, bethanidine, 6-methoxykaempferol, gartanin, and alizarin."

"HIV-1 (Human immunodeficiency virus tipe 1) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010.Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terus dilakukan terutama enzim vital untuk reproduksi virus seperti transkriptase balik, integrase, dan protease. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa library ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor HIV-1.Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada transkriptase balik, integrase dan protease HIV-1. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak GOLD, AutoDock dan AutoDock Vina.Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode untuk tiap enzim. Metode penapisan yang relatif lebih akurat adalah AutoDock untuk transkriptase balik; AutoDock Vina dan GOLD untuk protease; serta AutoDock Vina untuk integrase.

---

HIV-1 (Human immunodeficiency virus type 1) is a member of retrovirus family that could infect human and causing AIDS disease. AIDS epidemic is one of the most destructive diseases in the modern era. There were more than 33 million people infected by HIV until 2010.

Various researches have been done to design drug that targeting HIV enzymes primarily vital reproduction enzymes such as reverse transcriptase, integrase and protease. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as HIV-1 inhibitors.

In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to reverse transcriptase, integrase and HIV-1 protease. Virtual screening was done using GOLD, AutoDock, and AutoDock Vina.

Based on this research, top ten ranked compound was obtained for each methods and enzymes. Virtual screening method which relatively more accurate is AutoDock for reverse transcriptase; AutoDock Vina and GOLD for protease; and AutoDock Vina for integrase."