Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Antigen D pada donor darah wajib diketahui karena memiliki imunogenitas tinggi, bila terpapar pada individu Rhesus negatif dapat terbentuk aloantibodi kemudian misalnya pada wanita hamil menyebabkan Hemolytic Disease of Newborn (HDN). Di Indonesia sudah dapat mendeteksi weak D dengan dengan indirect antiglobulin test. Varian Rhesus DEL (D-eluate) terdeteksi dengan metode adsorpsi elusi dan metode Single Specific Primer-Polymerase Chain Reaction (SSP-PCR) sehingga dengan standar pemeriksaan di Indonesia belum terdeteksi dan terdata sebagai Rhesus negatif. Darah tersebut bila ditransfusikan ke pasien Rhesus negatif menimbulkan aloimunisasi pada pasien. Untuk itu penelitian ini bertujuan mengetahui adanya varian Rhesus DEL pada populasi Rhesus negatif Indonesia dengan metode adsorpsi elusi dan SSP-PCR. Metode penelitian ini deskripsi eksploratif untuk deteksi varian Rhesus DEL dengan metode adsorpsi elusi dan SSP-PCR terhadap 100 sampel dari populasi Rhesus negatif Indonesia. Hasil penelitian didapatkan varian Rhesus DEL pada 26 sampel dengan adsorpsi elusi dan 47 sampel dengan SSP-PCR. Uji diagnostik SSP-PCR sensitivitas 100%, spesifisitas 72%, nilai duga positif 55% dan nilai duga negatif 100%. Risiko etnis Cina 3 kali lebih tinggi dari etnis non-cina untuk memiliki varian Rhesus DEL. Kesimpulannya varian Rhesus DEL terdeteksi pada populasi Rhesus negatif Indonesia dan terdapat perbedaan kemampuan deteksi antara metode adsorpsi elusi dengan SSP-PCR.

---

D antigen in blood donors must be identified because it contains high immunogenicity, if exposed to Rhesus negative individuals, alloantibodies can be formed. For example, in pregnant women it can cause Hemolytic Disease of Newborn (HDN). In Indonesia, we have been able to detect weak D with the indirect antiglobulin test. Rhesus DEL (D-eluate) variant can be detected by elution adsorption method and Single Specific Primer – Polymerase Chain Reaction (SSP-PCR) method. Based on the current Indonesian detection standard, Rhesus DEL has not been detected and is recorded as Rhesus negative. If the blood is transfused into a Rhesus negative patient, it can cause alloimmunization in the patient. The purpose of this study was to determine the presence of Rhesus DEL variants in the Indonesian Rhesus negative population by elution adsorption and SSP-PCR methods. This research method is an exploratory description for the detection of Rhesus DEL variants by elution adsorption and SSP-PCR methods on 100 samples from the Indonesian Rhesus negative population. The results showed that the Rhesus DEL variant was found in 26 samples with elution adsorption and 47 samples with SSP-PCR. SSP-PCR diagnostic test sensitivity 100%, specificity 72%, positive predictive value 55% and negative predictive value 100%. The risk of ethnic Chinese is 3 times higher than that of non-Chinese for having the Rhesus DEL variant. In conclusion, the Rhesus DEL variant was detected in the Indonesian Rhesus negative population and there was a difference in detection ability between the elution adsorption method and SSP-PCR."

"Ruang lingkup dan cara penelitian : Telah dilakukan penelitian aspek dermatoglifi dan golongan darah rhesus anak-anak penderita thalassemia yang berobat rutin di pusat thalassemia FKUI-RSCM. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui adakah beda dermatoglifi dan golongan darah rhesus pada anak penderita thalassemia yang menunjukan reaksi alergi terhadap "Constituents" plasma darah transfusinya. Penelitian ini terbagi 4 kelompok yaitu: perempuan yang menunjukkan reaksi alergi terhadap "Constituents" plasma darah transfusinya (pra), perempuan yang tidak menunjukkan reaksi alergi terhadap "Constituents" plasma darah transfusinya (ptra), laki-laki yang menunjukkan reaksi alergi terhadap "Constituents" plasma darah transfusinya (Ira), dan laki-laki yang tidak menunjukkan reaksi alergi terhadap "Constituents" plasma darah transfusinya (ltra). Aspek dermatoglifi yang diamati mencakup frekuensi tipe pola pada kesepuluh ujung jari tangan, frekuensi ripe pola ulna dan non ulna pada jari I (kiri+kanan), kiri, kanan. Indeks Dankmeijer (ID), indeks Furuhata (IF), indeks intensitas pola (IP), jumlah sulur, rata-rata sudut atd. Fenotip rhesus diamati/ditentukan dengan menggunakan antigen C, c, D, E dan e. Hasil dan Kesimpulan : Hasil penelitian menunjukkan bahwa aspek dermatoglifi frekuensi tipe pola pada kesepuluh ujung jari tangan secara statistik tidak bermakna baik pra dan ptra maupun Ira dan ltra. Frekuensi tipe pola ulna dan non ulna bermakna (kiri+kanan) baik pra dan ptra maupun Ira dan ltra, kiri tidak bermakna pra dan ptra tapi bermakna Ira dan ltra. Kanan bermakna pra dan ptra tapi tidak bermakna lra dan ltra. ID kelompok pra rendah dari ptra, tapi lra tinggi dari ltra. IF kelompok pra rendah dari ptra juga lra rendah ltra. IP kelompok pra rendah dari ptra tapi lra tinggi dari ltra. Rata-rata jumlah sulur tidak bermakna, rata-rata sudut atd tidak bermakna. Fenotip rhesus CCDee kelompok pra 86,7%, ptra 60,0%, lra 93,3%, ltra 53,3 %; CcDee Kelompok pra 13,3%, ptra 13,3%, lra 6,7%, ltra 33,3%; CcDEe kelompok pra 0%, ptra 26,7%, ha 0%, ltra 6,7%; CCDEe kelompok pra 0%, ptra 0%, lra 0% dan ltra 6,7%. Berdasarkan hasil ini dapat disimpulkan anak thalassemia dengan dermatoglifi tipe pola ulna jari I, indeks Furuhata rendah dan fenotip rhesus CCDee atau CcDee akan lebih besar resiko menunjukkan reaksi alergi terhadap "Constituents" plasma darah transfusinya."

"The book grows out of a symposium Wang is organizing for the 78th annual meeting of the American Association of Physical Anthropologists to be held in April 2009. This symposium will highlight recent and ongoing research in, or related to, physical anthropology, and reveal the numerous research opportunities that still exist at this unusual rhesus facility. Following an initial historical review of CPRC and its research activities, this book will emphasize recent and current researches on growth, function, genetics, pathology, aging, and behavior, and the impact of these researches on our understanding of rhesus and human morphology, development, genetics, and behavior. Fourteen researchers will present recent and current studies on morphology, genetics, and behavior, with relevance to primate and human growth, health, and evolution. "

"Kromosom merupakan massa padat dari materi genetik yang terdapat dalam inti sel yang menentukan pewarisan sifat genetik suatu spesies dari generasi ke generasi berikutnya. Analisis kariotipe kromosom umurrmya didasarkan kepada dua sifat kromosom, yaitu jumlah diploid kromosom dalam sebuah sel somatik dan karakter morfologis setiap kromosom dalam set tersebut. Karakteristik morfologis sebuah kromosom ditentukan oleh posisi sentromer serta panjang relatif kromosom terhadap kromosom-kromosom lairmya dalam satu set haploid.Telah dilakukan penelitian untuk mempelajari kariotipe monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) dan beruk (Macaca namesirina). Kedua spesies primata ini banyak digunakan dalam berbagai perielitian ekologi, tingkah laku, nutrisi dan genetika, serta banyak pula dimanfaatkan dalam berbagai penelitian biomedis untuk studi berbagai jenis penyakit manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari jumlah kromosom, karakteristik kariotipe dan penyusunan idiogram monyet ekor panjang dan beruk, serta membandingkan kariotipe antar kedua spesies primata tersebut.Preparat kromosom untuk studi kariotipe dan penyusunan idiogram dipersiapkan dua kultur sel darah putih (leukosit), yang dikoleksi dari darah periferi tiga ekor monyet ekor panjang jantan dan tiga ekor beruk jantan. Kultur jangka pendek dengan penggunaan mitogen PHA dan ConA dilakukan pada suhu 37°C selama 72 jam. Melalui perlakuan peighambatan pembentukan spindel dengan penberian kolkisin dua jam sebelum akhir kultur, perlakuan hipotonis dengan larutan KCI 0.075 M dan perlakuan fiksasi dengan larutan methanol dan asam asetat dalam perbandingan 3:1, diperoleh selsel metafase untuk analisis kariotipe.Dari perhitungan kromosom dalam tiap sebaran metafase didapatkan bahwa jumlah diploid kromosom baik pada monyet ekor panjang maupun bank adalah 42 buah, terdiri dari 40 buah autosom, sebuah kromosom X dan sebuah kromosom Y. Panjang relatif kromosom untuk monyet ekor panjang dan beruk masing-masing berkisar antara 0.6324 ± 0.0063 dan 0.6317 ± 0.0056 (kromosom Y) sampai dengan 7.3705 ± 0.0106 dan 7.3714 ± 0.0095 (kromosom No. 1). Indeks sentromer untuk monyet ekor panjang dan beruk masing-masing berkisar antara 0 dan 0 (kromosom Y) sampai dengan 49.295 f 0.016 dan 49.295 ± 0.014 (kromosom No. 11). Nisbah lengan kromosom monyet ekor panjang dan beruk masing-masing berkisar antara 1.0284 ± 0.0006 dan 1.1024 f 0.0006 (kromosom No. 11) sampai dengan 2.6819 ± 0.0142 dan 2.6812 ± 0.0121 (kromosom No. 15), sedangkan nilai nisbah lengan untuk kromosom Y tidak dapat dihitung karena sentromer yang terminal (telosentrik).Dari pengamatan dan perhitungan didapat jumlah dan morfologi kromosom monyet ekor panjang tidak menunjukkan perbedaan yang nyata (P>0.05) dengan jumlah dan morfologi kromosom beruk Perbedaan morfologi dan anatomi yang sangat besar antara kedua spesies ini tidak tercermin dari kariotipenya (struktur makro materi genetik), diduga ada pads perbedaan struktur gen-gen, protein dan kodon-kodon dalam rangkaian DNA kedua spesies. Dengan pola pita replikasi terdeteksi adanya perbedaan pole pita pada tiga bush kromosom, yaitu pads kromosom No. 1, No. 5 dan No. 16.

---

An experiment has been conducted to study karyotypes of long-tailed and pig-tailed macaques. The objective of the experiment is to obtain information about chromosome number and their morphological characters, to construct idiograms for each species, and to compare the kariotype of long-tailed macaque and of pig-tailed macaque.

Chromosome preparation for the karyotype study and idiogram construction was obtained from Ieukocyte cells culture. Peripheral blood samples were collected from respectively three male long-tailed and pig-tailed macaques and cultured using standard culture procedure.

Observation on metaphase chromosome spreads obtained show that both long-tailed and pig-tailed macaques have diploid chromosome number of 42, consisting of 20 pairs of autosomes, an X chromosome, and an Y chromosome. Relative chromosome length for long-tailed and pig-tailed macaques ranged from 0.6324 ± 0.0063 and 0.6317 ± 0.0056 (Y chromosome) to 7.3705 ± 0.0106 and 7.3714 ± 0.0095 (chromosome No. 1), respectively. Centromere index for long-tailed and pig-tailed macaques ranged from 0 and 0 (Y chromosome) to 49.295 ± 0.016 and 49.295 ± 0.014 (chromosome No. 11), respectively. Arm ratio for long-tailed and pig-tailed macaques ranged from 1.0284 ± 0.0006 and 1.1024 ± 0.0006 (chromosome No. 11) to 2.6819 ± 0.0142 and 2.6812 ± 0.0121 (chromosome No. 15), respectively. Arm ratio for Y chromosome was not calculated because of its terminal centromere position.

Observation, measurement and statistical analyses show that there were no significant differences (P>0.05) between chromosome number and morphology of long-tailed macaque and those of pig-tailed macaque. Using replication banding technique, different banding pattern were detected at chromosome No. 3, 5 and 16. Great differences in anatomical and life history variables between these two primate species seem to be due to differences in the level of genes, proteins and codons in DNA strands of the two species."

"Penyakit kusta masih menjadi masalah kesehatan di dunia terutama di Indonesia sebagai negara dengan prevalensi tertinggi ketiga di dunia. Gejala klinis dan pemeriksaan penunjang yang ada sulit untuk menegakkan diagnosis definitif kusta pausibasilar (PB) dengan basil tahan asam (BTA) negatif. Diperlukan uji alternatif seperti real-time polymerase chain reaction berbasis probe TaqMan yang sensitif dan spesifik untuk mendeteksi Mycobacterium leprae. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi M. leprae pada pasien kusta PB dengan basil tahan asam negatif, dengan menggunakan real-time polymerase chain reaction (PCR) berbasis probe TaqMan pada spesimen kerokan jaringan kulit dan jaringan biopsi kulit. Sebanyak 24 pasien yang menjadi sampel penelitian. Setiap pasien dilakukan pengambilan spesimen kerokan jaringan kulit dari cuping telinga dan lesi kulit dan jaringan biopsi kulit. Uji TaqMan real-time PCR memberikan positivitas sebesar 20,8%, 25% dan 95,8% pada spesimen kerokan jaringan kulit cuping telinga, lesi kulit dan pada jaringan biopsi kulit. Positivitas hasil pemeriksaan patologi anatomi (PA) yang menunjukkan kusta sebesar 79,2%. Hal ini menunjukkan bahwa pemeriksaan TaqMan real-time PCR mampu meningkatkan kemampuan diagnosis pemeriksaan PA sebesar 16,6%. yang selama ini menjadi pemeriksaan baku emas kusta. Spesimen yang dianjurkan untuk digunakan pada pemeriksaan TaqMan real-time PCR adalah jaringan biopsi kulit.

---

Leprosy is still considered as a major health problem worldwide especially in Indonesia as the third highest prevalence in the world. The clinical symptoms are often similar with other skin diseases and the current available laboratory methods to establish definitive diagnosis of paucibacillary leprosy with negative acid-fast bacilli is difficult. Therefore, it is important to apply an alternative assay such as real-time polymerase chain reaction-based TaqMan probe for sensitive and specific detection of Mycobacterium leprae. The aim of this study is to detect M. leprae in paucibacillary leprosy with negative acid-fast bacilli using real-time PCR-based TaqMan probe in slit skin and skin biopsy tissue specimens. A total of 24 patients were selected as sample. From each patient it was taken slit skin specimen from the ear lobe and skin lesions and skin biopsy tissue specimen. The TaqMan real-time PCR showed 20,8%, 25% and 95,8% positivity in slit skin of earlobes, slit skin lession and skin biopsy tissue respectively. Histopatology examination result showed 79,2% positivity of leprosy. It showed that TaqMan real-time PCR could improve the diagnosis by 16,6% compared to histopathology which considered as gold standard. Specimen recommended to be used is skin biopsy tissue."

"Momentum disahkannya UU no. 33 tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal menjadi acuan awal pengembangan metode deteksi molekuler DNA porsin terhadap kehalalan produk. Undang-undang ini mewajibkan seluruh produk yang masuk dan beredar di Indonesia tersertifikasi halal, termasuk tidak boleh mengandung fragmen babi. Deteksi dilakukan pada jumlah sekelumit jejak DNA yang masih tersisa di dalam gelatin cangkang kapsul setelah melalui proses pembuatan yang panjang dengan pH dan suhu ekstrim. Untuk itu, optimasi metode ekstraksi sangat berperan penting agar mendapatkan jumlah DNA yang memadai.Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan metode optimal perolehan DNA dan menentukan kondisi optimal metode deteksi molekular DNA porsin menggunakan metode Polymerase Chain Reaction yang sensitif. Metode PCR yang digunakan adalah PCR duplex dan PCR nested dengan target sekuens DNA ATP8 dan Cytb. Optimasi dilakukan pada metode ekstraksi DNA dengan mengubah jumlah replikat sampel, modifikasi komposisi proses resuspensi dan pelisisan sel, jumlah campuran saat tahap awal isolasi DNA, serta pemekatan pada tahap akhir pengisolasian DNA.Hasil optimasi menunjukan jumlah replikat gelatin optimum adalah delapan sampel ekstraksi. Optimasi PCR dilakukan dengan membandingkan metode PCR duplex dan PCR nested pada uji sensitivitas, serta optimasi kondisi masing-masing PCR tersebut. Hasil positif mengandung DNA porsin dinyatakan dengan terbentuknya dua amplikon 212bp dan 398bp pada PCR duplex atau satu amplikon 387bp pada PCR nested. Dari enam titik konsentrasi DNA yang diujikan pada uji sensitivitas, PCR nested dapat mendeteksi konsentrasi DNA hingga 1 fg/ ??l sedangkan PCR duplex yang hanya dapat mendeteksi hingga 1 ng/ ??l. Deteksi terhadap sampel kapsul suplemen menunjukan bahwa terdeteksi DNA porsin dalam sampel dengan metode PCR nested dan PCR duplex. Metode duplex dan nested PCR dapat diterapkan sebagai metode deteksi awal secara kualitatif namun tidak kuantitatif.

---

Halal product assurance regulation, which was established under Law no. 33 year 2014, gave a major impact for the development of molecular detection method of porcines DNA in a product. This law obliges all products in Indonesia to have halal status, included no pigs fragment at all. Traces amount of DNA from gelatin and capsule shell which was still remaining after long manufacturing process under extreme pH and temperature, were detected and amplified. Thus, optimization of DNA extraction method is important to get the sufficient amount of DNA.

The aims of this study are to obtain an optimum DNA collection method and to determine optimum condition of sensitive molecular detection method of porcines DNA using PCR. The sequence DNA targets ATP8 and Cytb were amplified using duplex and nested PCR methods. The optimization on number of sample replication, on composition mix in resuspension and cell lysis process, on the amount of the solution used when starting the DNA isolation process, and the final concentration of DNA isolation process have done.

Result showed that the optimum numbers of replication for gelatin are eight times. Optimization of PCR was done by comparing nested PCR and duplex PCR for sensitivity test, also for both PCR conditions. Two amplicon of 212bp and 398bp in duplex PCR or one amplicon of 387bp in nested PCR were obtained only in sample that positive contains porcines DNA. Six different concentrations of template DNA that has been carried out for sensitivity test in both methods showed that nested PCR can detect as low as 1fg l DNA while duplex PCR can only detect 1ng l DNA concentration as the lowest. Porcines DNA has been detected in all capsule shell samples. Optimized duplex and nested PCR method could be applied as early qualitative detection."

"Bahan utama dari cangkang kapsul obat dihasilkan dari gelatin. Kulit dan tulang sapi atau babi merupakan sumber utama yang paling banyak digunakan untuk pembuatan gelatin. Undang-Undang No. 33 Tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal mewajibkan semua produk yang beredar di Indonesia bersertifikat halal, hal ini termasuk tidak boleh mengandung fragmen babi. Keberadaan DNA di dalam gelatin cangkang kaspul hanya sekelumit sebagai akibat dari pembuatan gelatin yang menggunakan pH dan suhu yang ekstrem. Oleh karena itu diperlukan metode peroleh DNA yang optimum dan deteksi molekuler yang sensitif terhadap keberadaan DNA porsin di dalam cangkang kapsul.Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi perolehan DNA lewat ekstraksi, mengoptimasi dua metode PCR, yaitu duplex PCR dan nested PCR dan membandingkan sensitivitas kedua metode tersebut serta mendeteksi kandungan porsin pada empat sampel cangkang kapsul obat herbal. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Polymerase Chain Reaction PCR yang merupakan metode deteksi molekular berbasis DNA. Optimasi ekstraksi dilakukan dengan mengubah jumlah replikat ekstraksi DNA yang terdiri dari jumlah sampel yang diekstraksi, modifikasi komposisi proses resuspensi dan pelisisan sel serta jumlah replikat saat tahap akhir pengisolasian DNA. Jumlah sampel yang diekstraksi memberikan hasil optimum pada 8 replikat.Optimasi metode PCR dilakukan dengan mengoptimasi suhu annealing dan komposisi komponen PCR. Metode nested PCR mempunyai sensitivitas lebih baik dibandingkan dengan duplex PCR. Metode nested PCR masih dapat mendeteksi hingga 1 fg/ L cetakan DNA sementara duplex PCR hanya sampai 1 ng/ L. Analisis dilakukan dengan bantuan software dan pengamatan visual. Namun, dalam hal efisiensi metode duplex PCR lebih baik dibandingkan nested PCR. Ditemukan kandungan DNA porsin pada keempat sampel cangkang kaspul obat herbal menggunakan metode duplex maupun nested PCR.

---

Capsule shell is mainly composed by gelatin. Most gelatin is made by skin and bone of porcine or bovine. All products in Indonesia are obliged halal certified by Law Number 33 Year 2014 on Halal Product Assurance, included free porcine fragment. DNA in capsule shell gelatin remain in a trace amount as a result of manufacturing of gelatin with extreme pH and temperature. Therefore, optimum DNA acquisition method and sensitive molecular detection method are required for tracing DNA in capsule shell gelatin.

This study was aimed to optimize DNA acquisition method through extraction, optimize duplex and nested PCR and compare sensitivity for two PCR methods also detect porcine in four herbals capsule shell samples. Method for this study is Polymerase Chain Reaction PCR, molecular detection based on DNA. Optimization of extraction method was carried out by changing the number of DNA extraction replicate, consist of number of extracted samples, modification composition of resuspension and lysis process, and number of replicate in final stage of isolation DNA process. The number of extracted samples gave optimum result in 8 replicates.

Optimization of PCR method was carried out by optimizing the annealing temperature and composition component of PCR. Nested PCR method has better sensitivity than duplex PCR method. Nested PCR method could detect as low as 1 fg L DNA template while duplex PCR until 1 ng L DNA template only analysed with software based quantification and visual quantification. On the other hand, duplex PCR method showed better efficiency process than nested PCR method. Through two optimization of those two PCR methods, nested and duplex PCR, trace of porcine DNA in four herbals capsule shell samples was detected."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Disahkannya UU NO. 33 tahun 2104 tentang jaminan Produk Halal menjadi latar belakang dilakukannya pengembangan metode deteksi molekuler terhadap DNA porsin untuk penentuan kehalalan produk. DNA yang diamplifikasi adalah sekelumit DNA yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin setelah melalui proses pembuatan dengan melibatkan suhu dan pH ekstrem. Oleh karena itu, optimasi metode ekstraksi adalah tahapan terpenting untuk memperoleh jumlah DNA yang memadai.Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode optimal untuk memperoleh DNA, menentukan metode deteksi molekular DNA porsin menggunakan metode Polymerase Chain Reaction PCR yang sensitif, serta untuk mendeteksi fragmen DNA porsin yang terdapat pada sampel sediaan obat antibiotik.Jenis metode PCR yang digunakan adalah PCR duplex dan PCR nested yang merupakan metode deteksi molekuler berbasis DNA dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Optimasi perolehan DNA dilakukan dengan mengubah beberapa parameter yang terdiri dari jumlah replikat sampel yang akan diekstraksi, modifikasi komposisi proses resuspensi dan pelisisan sel, jumlah campuran saat tahap awal isolasi DNA, serta tingkat kepekatan dalam pengisolasian DNA tahap akhir. Jumlah replikat gelatin optimum untuk mendapatkan DNA yang memadai adalah sebanyak delapan sampel ekstraksi.Pada penelitian ini dilakukan optimasi kondisi dua jenis PCR yaitu PCR duplex dan PCR nested, serta membandingkan sensitivitas antara kedua metode PCR tersebut. Hasil dikatakan positif mengandung DNA porsin jika terbentuk dua pita hasil amplifikasi 212bp dan 398bp untuk PCR duplex dan satu pita 387bp untuk PCR nested.Hasil uji sensitivitas yang dilakukan di enam titik konsentrasi menunjukan bahwa PCR nested mampu mendeteksi hingga 1 fg/ L sedangkan PCR duplex hanya mampu mendeteksi hingga 1 ng/ L. Hal ini disebabkan oleh PCR nested melalui dua tahapan sedangkan PCR nested hanya melalui satu tahapan PCR. Deteksi yang dilakukan terhadap sampel antibiotik menunjukkan bahwa DNA porsin tidak mampu terdeteksi menggunakan PCR duplex namun mampu terdeteksi mengguunakan PCR nested, sehingga PCR nested lebih efektif untuk diterapkan sebagai metode deteksi awal secara kualitatif namun tidak kuantitatif.

---

The establ shment of Law No. 33 years 2104 on the guarantee of halal products became the background of the development of molecular detection methods of DNA porsin for the determination of halal products. The amplified DNA is a trace of DNA still contained in the porcine gelatin after going through a manufacturing process involving extreme temperature and pH. Therefore, the optimization of the extraction method is the most important step to obtain adequate amount of DNA.

The aim of this study was to obtain the optimal method of obtaining DNA, to determine the method of detecting molecular DNA of porcine using sensitive Polymerase Chain Reaction PCR method, and to detect porcine DNA fragments found in the sample of antibiotics.

The type of PCR method used is duplex PCR and nested PCR which is a DNA based molecular detection method with two DNA sequence targets, DNA cyt b and ATP8. Optimization of DNA acquisition was done by changing some parameters consisting of the number of replicate samples to be extracted, the modification of the resuspension and cellular composition, the amount of mixture at the initial stage of DNA isolation, and the level of concentration in final stage of DNA isolation. The optimum amount of gelatin replicates to obtain sufficient DNA is eight extraction samples.

This research conclude optimization of two PCR conditions, PCR duplex and PCR nested, and also comparing the sensitivity between the two PCR methods. The results are said to positively contain porsin DNA if two amplified bands 212bp and 398bp are formed for duplex PCR and one band 387bp for nested PCR.

Sensitivity test results performed at six points of concentration showed that nested PCR was able to detect up to 1 fg L while the duplex PCR was only capable of detecting up to 1 ng L. This is caused by PCR nested through two stages while PCR is nested only through one PCR stage. Detection of antibiotic samples showed that porcine DNA could not be detected using duplex PCR but was able to be detected using PCR nested, so that nested PCR was more effective to be applied as a qualitative, but not quantitative, method of early detection."

"Latar Belakang: Uveitis infeksi di Indonesia berkisar antara 30-60% dari total kasus uveitis. Identifikasi patogen etiologi infeksi sangat penting agar dapat diberikan terapi antimikroba yang sesuai dengan segera sehingga komplikasi kebutaan dapat diminimalisir. Dewasa ini, perkembangan teknologi biologi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk deteksi uveitis infeksi sedang berkembang pesat.

Tujuan: Melakukan uji validasi diagnostik pada metode PCR Multiplex dibandingkan dengan metode PCR Tunggal.

Metodologi: Uji diagnostik untuk menentukan sensitivitas dan spesifisitas dari alat Real-Time PCR Multiplex terhadap PCR Tunggal dari spesimen cairan intraokular humor akuos yang diambil dari parasentesis bilik mata depan. Dilakukan pemeriksaan PCR terhadap patogen Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.

Hasil: Dilakukan analisis uji diagnostik pada 46 subjek penelitian. Didapatkan hasil sensitivitas sebesar 57.14% dan spesifisitas sebesar 100%. Positivity rate terbanyak didapatkan untuk patogen VZV (n=4), dan tidak didapatkan hasil positif terhadap deteksi patogen M.tuberculosis. Patogen T.pallidum berhasil dideteksi sebanyak 4.34% (n=2) oleh PCR Multiplex.

Kesimpulan: Metode PCR Multiplex pada penelitian ini memiliki sensitivitas yang rendah dengan spesifisitas yang tinggi. Hasil positif pada PCR Multiplex dapat bermanfaat untuk mendiagnosis pasien dengan uveitis infeksi.

---

Background: In Indonesia, infectious uveitis represents 30-60% of the country’s total uveitis cases. The identification of etiological pathogens is imperative to immediately select and administer the appropriate antimicrobial therapy in infectious uveitis, thereby complications of blindness can be minimized. Currently, the development of molecular biology technology using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method for detection of infectious uveitis pathogens is growing rapidly.

Objective: To compare the diagnostic validation test results of the Multiplex PCR method and Single PCR method.

Method: Diagnostic test to determine the sensitivity and specificity of the Multiplex Real-Time PCR device against the Single PCR of aqueous humor intraocular fluid specimens taken from anterior chamber paracentesis. PCR examinations were carried out to identify the pathogens of Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.

Result: A diagnostic test analysis was performed on 46 study subjects. The results obtained 57.14% sensitivity and 100% specificity. Highest positivity rate was obtained for VZV pathogens, while positive results were not obtained for M.tuberculosis. There were 4.34% of subjects (n = 2) of T. pallidum were detected by PCR Multiplex. 

Conclusion: The PCR Multiplex method in this study has low sensitivity with high specificity. A positive result on Multiplex PCR can be useful for diagnosing patients with infectious uveitis."