Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) merupakan penyakit akibat infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) yang memiliki jumlah penderita tinggi di Indonesia. Salah satu upaya untuk mencegah bertambahnya jumlah penderita AIDS tersebut ialah dengan penggunaan vaksin. Poliprotein Gag merupakan protein penyusun struktur internal HIV yang dapat digunakan sebagai vaksin karena dapat menginduksi respon imun tubuh. Penelitian telah dilakukan untuk mengekspresikan poliprotein Gag HIV-1 subtipe CRF01_AE yang telah diinsersi ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi poliprotein tersebut dilakukan di dalam bakteri Escherichia coli BL21 dan E. coli BL21-CodonPlus (CP) dengan induksi Isoprophyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG). Pendeteksian poliprotein Gag hasil ekspresi dilakukan dengan metode Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). Setelah poliprotein berhasil dideteksi, poliprotein Gag kemudian dipurifikasi dengan menggunakan metode kromatografi afinitas Ni2+-NTA di bawah kondisi native. Poliprotein Gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dapat diekspresikan dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP dengan berat molekul sebesar 55,3 kDa.

---

Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) is a disease caused by infection of Human Immunodeficiency Virus (HIV) which has a high number of people in Indonesia. One of the efforts to prevent the increasing number of AIDS patients is the use of vaccine. Gag polyprotein is a constituent protein of HIV internal structure that can be used as a vaccine because it can induce immune response of the body. Research has been conducted to express the Gag polyprotein HIV-1 subtype CRF01_AE that have been cloned into the pQE-80L expression vector. Polyprotein expression was carried out in Escherichia coli BL21 and E. coli BL21-CodonPlus (CP) with Isoprophyl-β-Dthiogalactopyranoside (IPTG) induction. Detection of Gag polyprotein was performed by Polyacrilamide Sodium Dodecyl Sulphate Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) method. After successfully detected, Gag polyprotein then purified using Ni2+-NTA affinity chromatography under native condition. Gag polyprotein HIV-1 subtype CRF01_AE can be expressed in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP with molecular weight is 55,3 kDa."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Protein Transaktivator transkripsi (Tat) adalah protein regulator HIV-1 berfungsi sebagai aktivator transkripsi genom HIV-1. Varian protein Tat-Eli adalah aktivator transkripsi paling kuat daripada varian lain melalui induksi promotor LTR HVI-1. Kemampuan tersebut digunakan sebagai kontrol positif dalam pengembangan uji infeksitivitas HIV-1 berbasis gene reporter eGFP diregulasi LTR HIV-1. Pengembangan uji infeksivitas tersebut menawarkan waktu deteksi infeksi lebih singkat daripada uji p24 pada uji fenotipik. Penelitian ini bertujuan untuk mengekspresikan protein rekombinan Tat-Eli di sistem ekpresi prokariot dan mempurifikasinya sehingga dapat dijadikan kontrol positif penginduksi promotor. Pada penelitian ini dilakukan pengklonaan gen sintetik Tat-Eli ke vektor pQE80L. Protein rekombinan Tat-Eli dipurifikasi menggunakan Ni-NTA. Pengklonaan ulang gen reporter eGFP disisipkan setelah promotor LTR HIV-1. Aktivitas protein rekombinan Tat-Eli terhadap ekspresi eGFP di sel mamalia dinilai berdasarkan persentase sel pengekspresi eGFP dan intensitas cahaya eGFP.Konstruksi plasmid rekombinan membawa gen Tat-Eli, pQETat, berhasil dibuat, diekspresikan dan dipurifikasi kondisi native. Plasmid pengekspresi eGFP  dengan promoter HIV-1, pLTReGFP berhasil dikonstruksi. Penambahan Tat-Eli rekombinan pada sel mamalia yang ditransfeksi pLTReGFP menunjukkan perbedaan intensitas cahaya eGFP yang bermakna dan paling tinggi dari semua perlakuan. Protein rekombinan Tat-Eli dapat diekspresikan dan dipurifikasi secara optimal dari E.coli. Penambahan protein Tat-Eli pada sel yang ditransfeksi pLTReGFP meningkatkan intensistas cahaya eGFP.

---

Transcriptional Transactivator Protein (Tat) is an HIV-1 regulatory protein functioning as an activator of HIV-1 genome transcription. The Tat-Eli protein variant was the most potent transcriptional activator than other variants through the induction of the HVI-1 LTR promoter. This ability was used as a positive control in the development of an HIV-1 infection test based on the eGFP reporter gene regulated by LTR HIV-1. The development of the infectiousness test offers a shorter infection detection time than the p24 test in the phenotypic test. This study aims to express Tat-Eli recombinant protein in the prokaryotic expression system and to purify it so that it can be used as a positive control inducer of the promoter. In this study, synthetic Tat-Eli gene was cloned into the pQE80L vector. Tat-Eli recombinant protein was purified using Ni-NTA. Recloning of the eGFP reporter gene was inserted after the HIV-1 LTR promoter. The activity of Tat-Eli recombinant protein on eGFP expression in mammalian cells was assessed based on the percentage of eGFP-expressing cells and eGFP light intensity. The recombinant plasmid construction carrying the Tat-Eli gene, pQETat was successfully generated, expressed and purified in native conditions. An eGFP-expressing plasmid with HIV-1 promoter, pLTReGFP was successfully constructed. The addition of recombinant Tat-Eli to mammalian cells transfected with pLTReGFP showed a significant difference in eGFP light intensity and was the highest of all treatments. Tat-Eli recombinant protein can be optimally expressed and purified from E. coli. The addition of Tat-Eli protein in pLTReGFP-transfected cells increased eGFP light intensity."

"Gen pol murine leukemia virus adalah gen pengkode enzim reverse transcriptase (RT) yang berfungsi untuk mentranskripsi balik genom RNA virus menjadi DNA. Enzim RT banyak digunakan sebagai komponen dalam RT-PCR untuk mensintesis cDNA dari RNA. Penelitian bertujuan mengekspresikan gen pol MLV dan mengetahui fungsi enzim RT yang dihasilkan. Gen pol MLV dalam penelitian sebelumnya, telah dikonstruksi tidak memiliki sekuen pengkode asam amino RNase H dan berhasil ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21. Eskpresi gen pol dilakukan menggunakan induksi IPTG 0,3 mM. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen pol MLV telah berhasil diekspresikan dan menghasilkan enzim RT tanpa RNase H dengan berat molekul ~58 kDa. Enzim RT selanjutnya dipurifikasi menggunakan resin Ni-NTA dan dilakukan pengujian fungsi enzim tersebut dengan RT-PCR. Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim RT dalam penelitian terbukti dapat berfungsi mensintesis cDNA menggunakan cetakan RNA pada proses RT-PCR."

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus denguepada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star™(DE3)telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpongselama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi denganprimer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). ProdukPCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzimBamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresipGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coliBL21 Star™(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloniyang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digestidan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasilsequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primerspesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA padaGenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71(accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektorpGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star™(DE3) berhasil dilakukan."

"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.

---

The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."

"Acquired Immunodeficiency Syndrome disebabkan oleh infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) terhadap sel-sel T CD4+, limfosit, dan makrofag. Sebanyak 90.7% penderita HIV di Indonesia terinfeksi oleh HIV-1 subtipe CRF01_AE. Protein Gag P7 yang dikode oleh gen gag p7 dan terdapat di dalam genom HIV-1 merupakan protein yang dapat digunakan sebagai obat antiretrovirus dan kandidat antigen untuk sistem diagnostik. Penelitian bertujuan untuk memperoleh fragmen DNA gag p7 (nukleokapsid) HIV-1 yang berukuran 210 pb. Fragmen gen gag p7 diperoleh dari hasil Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dengan menggunakan primer forward AE_p7F dan primer reverse AE_p7R. Cetakan DNA (template) berasal dari RNA virus yang diambil dari serum pasien penderita HIV-1 di Indonesia. Hasil visualisasi pada gel poliakrilamida 10% menunjukkan bahwa fragmen gen gag p7 (nukleokapsid) berhasil teramplifikasi dengan ukuran 210 pb.

---

Acquired immunodeficiency syndrome caused by human immunodeficiency virus infections to the CD4+ cells, lymphocyte, and macrophage. More than 90.7 % HIV patient in Indonesia were infected by HIV-1 subtype CRF01_AE. The Gag P7 protein coded by gag p7 gene which found in HIV genome was known as protein in which could be used for antiretroviral drugs (ARV) and diagnosis of HIV-1 infections. The purpose of research is to get DNA fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene of HIV-1 which has length 210 bp. Fragment of gag p7 gene could be gotten from the process of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) in which use primer forward AE_p7F and primer reverse AE_p7R. The templates is RNA virus that taken from patient?s serum of HIV-1 in Indonesia. The electrophoresis visualization shown that fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene was success amplified in which has length 210 bp."

"Menurut data statistik WHO, kanker merupakan salah satu penyebab kematian terbesar di dunia, dengan 8,2 juta kematian dari 14 juta kasus kanker terhitung di tahun 2012. Lebih spesifik untuk wilayah Asia Tenggara, WHO mencatat 1,72 juta kasus dengan 1,17 juta kematian. Apoptin banyak diteliti sebagai protein dengan potensi terapi kanker, karena memiliki kemampuan menginduksi apoptosis di sel kanker secara spesifik. Potensi apoptin mendorong penelitian untuk apoptin dengan kemampuan penetrasi baik dan produksi dalam skala lebih besar. Dalam penelitian ini, telah dilakukan modifikasi apoptin dari chicken anemia virus dengan menggunakan affinity tag (His)6 , tag (Arg)8 untuk peningkatan penetrasi dan (HlyA) untuk sekresi apoptin keluar dari sel inang Escherichia coli ke media pertumbuhan sel secara genetik. Penambahan affinity tag (His)6 memungkinkan apoptin dipurifikasi dalam 1 langkah menggunakan kolom kromatografi nikel. Pelepasan (His)6 dan HlyA tag dirancang untuk dilakukan dengan menggunakan situs proteolitik thrombin. Protein diekspresikan dalam sel Escherichia coli strain BL21 pLysS, dan BL21 CodonPlus pada suhu 37oC dan 28oC. Analisis dilakukan dengan SDS PAGE memberikan hasil bahwa protein terekspresi dengan ukuran antara 20-25 kDa. Konfirmasi protein dilakukan dengan purifikasi kromatografi afinitas Nikel.

---

Based on WHO statistica data, cancer is one of the deadliest disease in the world, with 8,2 millions of deaths out of 14 million of cases in 2012. More specifically in South East Asia, WHO data showed 1,72 million of cases with 1,17 million of deaths. Apoptin intensively studied for its potential as a therapeutic protein for cancer treatment, since it able to induce apoptosis in cancer cells specifically. The apoptin potential drives researcher to produce apoptin in larger scale. In this research, chicken anemia virus apoptin have been modified by adding (His)6 tag, (Arg)8 tag and HlyA tag for purification, penetration and secretion from Escherichia coli to the growth media proposed. The addition of (His)6 tag enable apoptin to be purified in 1 step using nickel chromatography column. Removal of (His)6 tag and HlyA tag designed using specific thrombin proteolytic site. Protein expressed in Escherichia coli strain BL21 pLysS, and BL21 CodonPlus in temperature of 37oC and 28oC. Analysis done by SDS PAGE shows that the protein expressed with size between 20-25 kDa. Further confirmation done by Nickel affinity chromatography."

"Protein rekombinan yang difusikan ke suatu peptida tag dapat diimobilisasi pada matriks yang telah dilapisi substrat berafinitas dengan tag tersebut. Dalam proses purifikasi, protein tag kadang kala dipisahkan dari protein rekombinan. Pemisahan tag dapat dilakukan dengan menyisipkan sekuens pengenalan protease di antara tag dan protein rekombinan yang memungkinkan pemisahan tag dari protein rekombinan oleh restriksi enzim protease. Pads beberapa sistem purifikasi, protease yang telah difusikan dengan tag telah digunakan untuk memotong peptida tag, sehingga baik tag maupun protease yang memotong tag dan protein dapat dipisahkan dari protein rekombinan. Sistem tersebut sangat menguntungkan namun hanya protease PreScission (protease Human Rhinovirus) yang telah dikembangkan untuk sistem tersebut. Oleh karena itu, untuk memperoleh alternatif lain dari sistern tersebut. dilakukan konstruksi vektor pengekspresi protease MLV di dalam sistem ekspresi protein fus; tag GST. Gen protease MLV disisipkan di antara situs restriksi BamHI dan EcoRl pGEX-6P-l, di hilir ORF GST dan situs pengenalan protease PreScission. Penyisipan gen protease MLV di dalam plusmid rekombinan (pG6P I .Pro) dikonfirmasi dengan analisis perbaiidingan pola migrasi. pG6P 1.Pro yang dibandingkan dengan plasniid wild type (pGEX-6P-I) dal. identifikasi insert pada jel agarose setelah restriksi dengan BamHI-EcoRI. Kombinasi orientasi gen protease dalam pG6PI. Pro dengan analisis restriksi enzim Apal, dan BstEII. Konfirmasi akhir yang bersifat definitif dilakukan dengan sekuensing pO6Pl.Pro. Hasil analisis tersebut menunjukkan bahwa pG6P 1.Pro telah berhasil dikonstruksi dengan benar. namun dari basil ekspresi protein fusi GST-Protease MLV tidak mendapatkan protein fusi utuh (43,8 kDa). Mutasi 'pada N terminal protease tidak mempengaruhi ekspresi protein fusi GST-Protease MLV dan tetap tidak menghasilkan protein fusi yang utuh (44,8 kDa dan 43,97 kDa), Kegagalan ekspresi protein fusi tersebut mungkin disebabkan adanya peristiwa autokatalisis."

"Protein rekombinan yang difusikan ke suatu peptida tag dapat dimobilisasi pada matriks yang telah dilapisi substrat berafinitas dengan tag tersebut. Dalam proses purifikasi, protein tag kadang kala dipisahkan dari protein rekombinan. Pemisahan tag dapat dilakukan dengar menyisipkan sekuens pengenalan protease di antara tag dan protein rekombinan yang memungkinkan pemisahan tag dari protein rekombinan oleh restriksi enzim protease. Pada beberapa sistem purifikasi, protease yang telah difusikan dengan tag telah digunakan untuk memotong peptida tag, sehingga baik tag maupun protease yang memotong tag dari protein dapat dipisahkan dari protein rekombinan. Sistem tersebut sangat menguntungkan namun hanya protease PreScission (protease Human Rhinovirus) yang telah dikembangkan untuk sistem tersebut. Oleh karena itu, untuk memperoleh alternalif lain dari sistem tersebut. dilakukan konstruksi vektor pengekspresi protease MLV di dalam sistem ekspresi protein fusi tag GST. Gen protease MLV disisipkan di antara situs restriksi BamHI dan EcoRl pGEX-6P-1, di hilir ORF GST dan situs pengenalan protease PreScission. Penyisipan gen protease MLV di dalam plasmid rekombinan (pG6PI.Pro) dikonfirmasi dengan analisis perbandingan pola migrasi pG6P1.Pro yang dibandingkan dengan plasmid wild type (pGEX-6P-1) dan identifikasi insert pada jel agarose setelah restriksi dengan BamHI-EcoRI. Konfirmasi orientasi gen protease dalam pG6P1.Pro dengan analisis restriksi enzim Apal, dan Bs:Ell. Konfirmasi akhir yang bersifat definitif dilakukan dengan sekuensing pG6PI.Pro. Hasil analisis tersebut menunjukkan bahwa pG6P 1.Pro telah berhasil dikonstruksi dengan benar. namun dari hasil ekspresi protein fusi GST-Protease MLV tidak mendapatkan protein fusi utuh (43,8 kDa). Mutasi pada N terminal protease tidak mempengaruhi ekspresi protein fusi GST-Protease MLV dan tetap tidak menghasilkan protein fusi yang utuh (44,8 kDa dan 43,97 1:Da). Kegagalan ekspresi protein fusi tersebut mungkin disebabkan adanya peristiwa autokatalisis."