"Gen var merupakan famili gen pada Plasmodium falciparum yang
mengkode PfEMP1 (Plasmodium falciparum Erythrocyte Membrane Protein
1) pada permukaan eritrosit yang terinfeksi parasit. Penelitian bertujuan
mengkarakterisasi variasi ekspresi gen var dan melihat motif conserved
(homolog) sekuens gen var pada domain DBLγ dari isolat klinis P. falciparum
pada penderita malaria di Rumah Sakit Mitra Masyarakat, Timika, Papua.
Penelitian dilakukan di Laboratorium Malaria 2, Lembaga Biologi Molekuler
Eijkman selama 8 bulan. Domain DBLγ pada PfEMP1 diamplifikasi secara in
vitro dengan teknik PCR menggunakan primer DBLγ degenerate, yang
menghasilkan pita dengan kisaran ukuran 500--700 pb. Produk PCR DBLγ
kemudian diligasikan dengan vektor plasmid pGEM®-T easy dan
ditransformasikan ke dalam Escherichia coli strain DH5α dengan metode
heat shock. Transforman diseleksi pada medium agar Luria-Bertani ampisilin.
Hasil penapisan biru-putih dan PCR insert checking menunjukkan adanya 1--
33 koloni yang positif mengandung insert dari masing-masing sampel.
DeoxyriboNucleic Acid koloni positif tersebut kemudian di-sequencing. Hasil
sequencing dan alignment menunjukkan adanya variasi ekspresi gen var dan
motif conserved (homolog) dari isolat klinis P. falciparum dari Timika, Papua.
Berdasarkan alignment sekuens asam amino, terdapat 1--9 variasi ekspresi
gen var pada klona tiap sampel. Rekonstruksi pohon filogenetik dilakukan
dengan metode Neighbour-Joining dengan program komputer PHYLIP.
iv
Berdasarkan pohon tersebut, terdapat hubungan kekerabatan atau
persamaan sekuens asam amino antara sampel isolat klinis P. falciparum
dari Timika, Papua dan sekuens asam amino DBLγ dari database
(www.ncbi.nlm.nih.gov) dan (www.plasmodb.org)."
