Hasil Pencarian

Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 6008 dokumen yang sesuai dengan query
cover
cover
"Penyakit dengue masih merupakan masalah kesehatan penting di sebagian besar Negara tropis dan subtropis. Dalam dua dekade terakhir terjadi lonjakan drastis baik jumlah kasus maupun daerah endemik di samping peningkatan keparahan penyakit (DHF/DSS). Meski telah dipelajari secara intensif, belum dipahami benar bagaimana mekanisme infeksi dengue berkembang menjadi DHF/DSS. Sejauh ini diketahui baik faktor inang maupun virulensi virus terlibat dalam menentukan keparahan penyakit. Studi-studi terbaru melaporkan perbedaan struktural genom di antara virus dengue yang memberikan manifestasi klinis berbeda. Perbedaan ini kemungkinan berhubungan dengan patogenesis penyakit. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)

Dengue disease are reemerging disease and major health concern in tropical and subtropical regions because of the increasing number of patients, expanding endemic areas and increased occurrence of severe clinical manifestation (DHF/DSS) in the last two decades. Despite extensive studies, it is not fully elucidated mechanism by which dengue infection progress to DHF/DSS. Information obtained so far indicates that both host-related factor and virus virulence are involved. Recent studies have shown several structural differences of dengue virus genome between those associated with DF only and those with the potential to cause DHF. That genome differences might be correlated with pathogenesis. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)"
Lengkap +
Medical Journal of Indonesia, 13 (3) Juli September 2004: 190-194, 2004
MJIN-13-3-JulSep2004-190
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Marsandi Nugraprawira Mardjoeki
"Demam berdarah merupakan sebuah masalah kesehatan besar yang mengancam banyak negara tropis, termasuk Indonesia. Beberapa tahun terakhir penyakit ini berkembang menjadi semakin parah. Hal ini diperparah dengan tidak adanya antivirus maupun Vaksin untuk infeksi dengue. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain primer untuk amplifikasi gen Non Structural -3 (NS-3) serotype 2 (DENV-2) strain Indonesia (AB189124) yang bisa disisipkan pada plasmid pPICZ-alphaA dan diekspresikan pada vektor Pichia pastoris. Hasil penelitian didapatkan pasangan primer yang dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2. Pasangan primer tersebut adalah pasangan CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. Dengan mempertimbangkan sekuens keseluruhan gen NS-3 DENV-2, epitope, dan enzim restriksi pada plasmid dan NS-3, maka pasangan primer tersebut dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2 sebagai kandidat Vaksin dengue.

Dengue Fever is a major health problem which threatens a lot of tropical countries, including Indonesia. In the last few years, this epidemic grew worse. This was aggravated by the nonexistence of neither vaccine nor antivirus capable of neutralizing dengue virus serotype 1-4. This research focused on designing primer for amplification of Non Structural-3 (NS-3) dengue virus serotype 2 (DENV-2) Indonesian strain (AB189124) which could be spliced into pPICZ-alhpaA and expressed on Pichia pastoris vector. Research result was a primer pair which could be used to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein. These primer pair were CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. By considering overall sequence of NS-3 DENV-2 genes, epitope, and restriction enzyme on plasmid and NS-3, these primer pair could be use to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein as a dengue vaccine candidate."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2012
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Leonardus Wibowo Hidayat
"ABSTRAK
Penelitian terkait karakteristik genetik sekuens virus dengue (DENV) diperlukan dalam menilai kekerabatan antara strain DENV yang tersebar di seluruh dunia. Tujuan dalam penelitian ini adalah membandingkan karakteristik genotype dan sekuens data DENV serotipe 2 (DENV-2) nukleotida envelope dibandingkan dengan sekuens data DENV-2 nukleotida Non-Struktural 1 (NS1). Data didapatkan dari Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia untuk strain data yang berasal dari Indonesia dan GenBank untuk strain data yang berasal dari seluruh dunia sebagai data pembanding dengan jumlah sebanyak 42 data, yang kemudian dianalisis menggunakan Genetyx 5.1. Hasil penelitian didapatkan bahwa sekuens data NS1 strain DENV-2 yang berasal dari Indonesia termasuk ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan, serupa dengan hasil analisis data dengan sekuens data envelope strain DENV-2. Sementara pada analisis epitope LX1 yang merupakan epitope khas dari NS1, terdapat berbagai peubahan komponen asam amino pada epitope tersebut dibandingkan dengan sekuens data strain Indonesia yang tergabung ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa filogenetik dengan menggunakan NS1 sebagai bahan analisis dapat digunakan untuk menentukan genotipe. Sehingga gen NS1 pada DENV-2 strain Indonesia masih dapat dipertimbangkan sebagai salah satu dasar metode pengembangan vaksin.

ABSTRACT
Studies about genetic characteristic between dengue virus serotype 2 (DENV-2) sequence data is needed to determine its relationship between DENV strain over the world. The main purpose of this study is to compare between characteristic of sequence data DENV-2 envelope nucleotide and sequence data DENV-2 Non- Structural 1 (NS1) nucleotide, and analyze between amino acid homology in this study and related previous studies. 42 data used for this study are obtained from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine University of Indonesia for data from Indonesia and form GenBank for data from other countries as a comparison, which is analyzed with software Genetyx 5.1. NS1 sequence data from DENV-2 strain from Indonesia is classified in Cosmpolitan genotype group, which are similar than data analysis from envelope sequence data from same data. Meanwhile in analysis of LX1 epitope, which is considered as typical epitope from NS1, there are any differences in amino acid component at it compared than strain Indonesia data sequences which are included in Cosmopolitan genotype group. As a conclusion, phylogenetic analysis of NS1 nucleotide is useful for determining the genotypes, which means NS1 DENV-2 gene strain Indonesia can be useful as the basis for vaccine development"
Lengkap +
2015
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Loho, Tonny
"ABSTRAK
Adanya kerusakan sel hati pada infeksi virus Dengue (DENV) telah diketahui
tetapi patogenesis yang mendasari hingga kini belum seluruhnya jelas. Penelitian
ini bertujuan untuk mengetahui lebih jelas patogenesis mekanisme yang
mendasari kerusakan sel hati pada infeksi DENV dengan melihat efek langsung
virulensi virus dan efek tidak langsung.
Kelompok penelitian terdiri dari: A. kontrol sel Huh7, B. Huh7 + DENV-2, C.
Huh7 + antibodi NS-1, D. Huh7 + komplemen, E. Huh7 + antibodi NS-1 +
komplemen, F. Huh7 + DENV-2 + antibodi NS-1 + komplemen, G. Huh7 +
DENV-2 + antibodi NS-1, H. Huh7 + peripheral blood mononuclear cells
(PBMC) dari pasien yang pernah terinfeksi DENV, I. Huh7 + DENV-2 + PBMC
dari pasien yang pernah terinfeksi DENV, dan J. Huh7 + TNF-α. Aktivitas AST
dan ALT dari supernatan diukur sebagai indikator kerusakan sel Huh7.
Median aktivitas pada sel Huh7 yang diberi DENV-2 0,1 moi selama 2 x 24 jam
(AST 7 U/L dan ALT 3 U/L) lebih rendah bermakna dibandingkan kontrol (AST
11 U/L dan ALT 4 U/L), yang menunjukkan efek anti-apoptotik DENV-2 pada
dosis 0,1 moi dan lama inkubasi 2 x 24 jam. Pada percobaan dengan berbagai
dosis DENV dan lama inkubasi, didapatkan efek anti-apoptotik ini menghilang
setelah inkubasi 3 x 24 jam. Hasil tersebut menunjukkan kebenaran hipotesis efek
langsung merusak sel hati oleh infeksi DENV. Aktivitas AST 19 U/L dan ALT 8
U/L pada sel Huh7 yang diberi antibodi NS-1 bersama komplemen lebih tinggi
bermakna dibandingkan kontrol sel Huh7 tanpa perlakuan (AST 11 U/L dan ALT
4 U/L), maupun pemberian antibodi NS-1 saja (AST 10 U/L dan ALT 4 U/L).
Hasil itu menunjukkan bahwa hipotesis molekular mimikri yang dibawakan oleh
antibodi NS-1 terbukti. Aktivitas AST 6,5 U/L pada pemberian antibodi NS-1
bersama komplemen pada sel hati Huh7 yang sudah diinfeksi DENV-2 lebih
rendah bermakna dibandingkan AST 11 U/L pada kontrol. Hasil itu menunjukkan
DENV-2 memiliki efek anti-apoptotik yang mampu menghambat efek lisis dari
antibodi bersama komplemen. Tidak terjadi peningkatan AST pada sel Huh7 yang
diberi PBMC saja (8 U/L), DENV-2 bersama PBMC (6 U/L) dan TNF-α saja (10
U/L) dibandingkan kontrol (11 U/L).
Dengan demikian, mekanisme kerusakan sel hati pada infeksi DENV in vitro yang
dapat dibuktikan dengan penelitian ini adalah akibat efek langsung DENV-2 dan
molekular mimikri pada sel hati yang dibawakan oleh antibodi NS-1.

ABSTRACT
The involvement of liver cell damage in Dengue virus (DENV) infection is
already known but the whole pathogenesis is still not clear. Virus virulence is
involved but other mechanisms may also play a role. This study aimed to
understand the pathogenesis of liver cell damage caused by DENV infection,
through direct pathogenic effect of the virus and indirect effect of immunological
reaction.
The study groups were A. Huh7 liver cells, control, B. Huh7 + Dengue virus-2
New Guinea C strains (DENV-2), C. Huh7 + NS-1 antibody, D. Huh7 +
complement, E. Huh7 + NS-1 antibody + complement, F. Huh7 + DENV-2 +
NS-1 antibody + complement, G. Huh7 + DENV-2 + NS-1 antibody, H. Huh7 +
peripheral blood mononuclear cells (PBMC) from previously DENV-infected
patient, I. Huh7 + DENV-2 + PBMC from previously DENV-infected patient and,
J. Huh7 + TNF-α. Activities of AST and ALT in the supernatant were measured
as indicator of liver cell damage.
In the Huh7 cells, infected with DENV-2 0,1 moi (multiplicity of infection) and
incubated for 2 x 24 hours, median AST 7 U/L and ALT 3 U/L were significantly
lower compared to AST 11 U/L and ALT 4 U/L in Huh7 control cells. It was
concluded that DENV-2 had anti-apoptotic effect at 0,1 moi dan incubation time 2
x 24 hours. At various dosage of DENV-2 and incubation time study, the antiapoptotic
effect disappeared after 3 x 24 hours incubation; which means the effect
was temporary. The result proved the direct damaging effect of DENV to infected
liver cells. Activity of AST 19 U/L and ALT 8 U/L in Huh7 cells treated with
NS-1 antibody together with complement, were significantly higher compared to
control (AST 11 U/L, ALT 4 U/L), and NS-1 antibody only (AST 10 U/L, ALT 4
U/L). This result proved the molecular mimicry hypothesis by NS-1 antibody.
Activity of AST 6,5 U/L in DENV-infected Huh7 cells treated with NS-1
antibody and complement was significantly lower than AST 11 U/L in control
cells. This result indicated that DENV has anti-apoptotic effect that can inhibit the
lytic effect of antibody and complement. There was no AST increase in Huh7
treated with PBMC only (8 U/L), DENV-2 with PBMC (6 U/L) and TNF-α only
(10 U/L) compared to control (11 U/L).
The liver cell damage mechanisms of in vitro DENV infections which can be
proven in this study are direct effect by DENV and molecular mimicry by NS-1
antibody."
Lengkap +
2016
D-Pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Siti Rayhani Fadhila
"Demam berdarah merupakan salah satu masalah kesehatan di dunia. Infeksi virus dengue yang berulang dengan serotipe yang berbeda dapat memacu terjadinya demam berdarah bahkan kematian. Dengue serotipe 4 dilaporkan dapat menyebabkan infeksi sekunder yang lebih parah dibandingkan dengue serotipe lainnya. Sampai saat ini pengobatan demam berdarah belum ditemukan, maka itu pencegahan jauh lebih penting.
Para peneliti telah merekomendasikan vaksin aman berbasis nonstructural protein 1 (NS1) karena sifat imunogeniknya. Mereka telah mengidentifikasi empat epitope di NS1 yang diduga bereaksi kuat dengan epitope B cells, yaitu LD2, 24A, LX1, 24C. Tujuan dari riset ini adalah untuk menganalisa dan membandingkan strain DENV-4 yang diisolasi di Jakarta 2010 dengan 34 strain DENV-4 lainnya yang didapat dari GenBank menggunakan UGENE software sebagai basis dari pengembangan vaksin. Penelitian ini menggunakan data sekunder berupa urutan nukelotida virus dengue serotipe 4 strain IDSS44/10 yang diamplifikasi dan diurutkan di Departemen Mikrobiologi, FKUI.
Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen NS1 dari DENV-4 strain IDSS44/10 dapat digunakan sebagai kandidat vaksin dengue di masa mendatang. Hasil menunjukkan bahwa epitope 24C menunjukkan motif yang homolog di setiap sekuens asam amino pada NS1 DENV-4. Hampir seluruh DENV-4 strain yang diisolasi termasuk IDSS44/2010 memiliki urutan asam amino yang sama pada epitop LD2, 24A, LX1, 24C.

Dengue hemorrhagic fever has become a worldwide issue. Heterologous infection by different serotypes may lead to this advanced stage of dengue infection and even death. Dengue virus serotype 4 has been reported to cause more severe secondary infection compared to other serotypes. To date, there is no specific treatment for this disease therefore prevention is much more important.
Researchers have proposed a safe vaccine strategy that is based on nonstructural protein 1 (NS1) as it is strongly immunogenic. They identified four epitopes on NS1 that reacted strongly to B cell epitopes which are LD2, 24A, LX1, and 24C. The goal of this research is to identify and compare these NS1 epitopes among DENV-4isolated in Indonesia 2010 with other DENV-4 strains using UGENE softwareas a base of vaccine development. This study used a nucleotide sequence data of DENV-4 strain IDSS44/10 that was amplified and sequenced in Microbiology Department, FKUI.
The results show that NS1 gene DENV-4, IDSS44/2010 strain could be used as a dengue vaccine candidate in the future.The results show that 24C epitope was highly conserved among 35 DENV-4 NS1 sequences. Most of the DENV-4 including IDSS44/10 Indonesian strain have similar amino acids sequences on the epitopes (LD2, 24A, LX1, and 24C).
"
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2013
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Linlin Haeni
" ABSTRAK
Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) are viral diseases transmitted by mosquito vector spreads fastest in the world. Cause of dengue fever are RNA virus family Flaviviridae called dengue virus (DENV). DENV genome encodes three structural proteins, capsid (C), membrane proteins (prM), envelope protein (E) and seven nonstuktural protein NS1, NS2a, NS2b, NS3, NS4a, NS4B, and NS5. NS3 protein contains many epitopes that can be recognized by the humoral and cellular immune system. Therefore NS3 protein is a potential target for development of dengue vaccines. This study begins by sequencing NS3 gene DENV-4 IDS 96/10. Phylogenetic analysis and epitope analysis were done from the result of sequencing. Phylogenetic analysis showed IDS 96/10 are in one clade with strains isolated rom China (2010), Singapore (2010) and Thailand (2000). NS3 gene DENV-4 IDS 96/10 contained epitopes recognized by CD4+ T cell that is epitope # 3 on the position of amino acids (213-227), # 9A (243-257), # 4 (251-265), # 5 (258-272), # 6 (266-280), # 7 (273-287) which has the same amino acid sequence comparison between strains. At position # 8 epitope (281-295) there are variation of amino acid sequence . Amino acids at positions 500-508 is recognized by CD8 + lymphocytes have the same sequence between strains were compared, and the amino acids at positions 526-531 which recognised by has the same amino acid sequence comparison between strains. Recognition of these epitopes by T lymphocytes and B lymphocytes can be the basis for the development of vaccines, especially vaccines for the Indonesian strain. Cloning of NS3 gene IDS 96/10 were done by using 3 strategies, digestion sticky end of vector and insert, digestion blunt end of vector and digestion blunt end vector then didefosforilation using CIAP. Three of these strategies have not been able to produce a recombinant plasmid pUMVD-4aNS3. Further optimization needs to be done to obtain clones containing the recombinant plasmid.

ABSTRACT
Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan virus dengan vektor nyamuk yang paling cepat menyebar di dunia
Genom DENV terdiri dari tiga protein struktural yaitu capsid (C), protein membran (prM), dan protein envelop (E) serta tujuh gen protein nonstuktural yaitu NS1, NS2a, NS2b, NS3, NS4a,NS4b dan NS5. Protein NS3 mengandung epitop yang dapat dikenali oleh sistem imun humoral maupun selular. Oleh karena itu, protein NS3 merupakan target potensial bagi pengembangan vaksin dengue. Penelitian ini diawali dengan sekuensing pada gen NS3 DENV-4 IDS 96/10. Dari hasil sekuensing dilakukan analisis filogenetik dan analisis epitop. Analisis filogenetik menunjukkan gen NS3 IDS 96 /10 berada dalam satu clade dengan strain yang diisolasi dari Cina (2010), Singapore (2010) dan Thailand (2000). Pada gen NS3 DENV-4 IDS 96/10 terdapat epitop yang dapat dikenali oleh sel limfosit T CD4+ yaitu epitop #3 pada posisi asam amino (213-227) , #9A (243-257), #4 (251-265), #5 (258-272), # 6 (266-280), #7 (273-287) yang mempunyai urutan asam amino sama antar strain yang dibandingkan. Pada posisi epitop #8 (281-295) terdapat
variasi urutan asam amino. Asam amino pada posisi CD8+ mempunyai urutan yang sama antar strain yang dibandingkan,
dan asam amino pada posisi 526-531 yang dikenali oleh limfosit B mempunyai urutan asam amino yang sama antar strain yang dibandingkan. Pengenalan epitop- epitop tersebut oleh limfosit T dan limfosit B menjadi dasar pengembangan vaksin khususnya vaksin yang khusus untuk strain Indonesia. Dilakukan pengklonaan gen NS3 IDS 96/10 dengan menggunakan 3 strategi, yaitu dengan digesti vektor dan insert dengan ujung sticky end, digesti vektor dengan ujung blunt end dan digesti vektor dengan ujung blunt end kemudian didefosforilasi menggunakan metode CIAP. Dengan ketiga strategi tersebut belum dapat menghasilkan plasmid rekombinan pUMVD-4aNS3. Perlu dilakukan optimasi lebih lanjut untuk mendapatkan klon yang berisi plasmid rekombinan.
Demam Berdarah Dengue (DBD)
. Penyebab DBD adalah
virus RNA famili flaviviridae yang disebut virus dengue (DENV).
500-508 dikenali oleh sel
limfosit TCD8+ mempunyai urutan yang sama antar strain yang dibandingkan,
dan asam amino pada posisi 526-531 yang dikenali oleh limfosit B mempunyai urutan asam amino yang sama antar strain yang dibandingkan. Pengenalan epitop- epitop tersebut oleh limfosit T dan limfosit B menjadi dasar pengembangan vaksin khususnya vaksin yang khusus untuk strain Indonesia. Dilakukan pengklonaan gen NS3 IDS 96/10 dengan menggunakan 3 strategi, yaitu dengan digesti vektor dan insert dengan ujung sticky end, digesti vektor dengan ujung blunt end dan digesti vektor dengan ujung blunt end kemudian didefosforilasi menggunakan metode CIAP. Dengan ketiga strategi tersebut belum dapat menghasilkan plasmid rekombinan pUMVD-4aNS3. Perlu dilakukan optimasi lebih lanjut untuk mendapatkan klon yang berisi plasmid rekombinan."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Arvin Pramudita
"Indonesia merupakan negara dengan jumlah kasus dengue terbanyak dan terparah di Asia Tenggara Studi filogenetik virus dengue DENV diperlukan sebagai dasar pengembangan struktur vaksin yang cocok Meskipun demikian data sekuens DENV masih terbatas Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuens dan filogenetik keseluruhan gen envelope DENV 1 dibandingkan dengan domain III saja Data didapatkan dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa whole genome DENV 1 sebanyak 30 sekuens yang diolah dengan Genetyx 5 1 Hasil analisis nukleotida gen envelope DENV 1 menunjukan strain Indonesia termasuk genotipe I dan IV Sedangkan analisis nukleotida dengan hanya domain III menunjukan adanya perbedaan cluster antar strain namun tetap dalam genotipe yang sama Dengan demikian studi filogenetik penentuan genotipe dapat dilakukan dengan hanya menggunakan domain III saja Analisis homologi asam amino domain III menunjukan epitope utama dilestarikan dan dapat menjadi landasan penting dalam pembuatan vaksin dengue berbasis domain III

Phylogenetic study of dengue virus DENV is required as a basis to develop a suitable structure for vaccine development Nonetheless DENV sequence data is limited This study aims to analyze and compare the sequence and phylogenetic of DENV 1 envelope gene with domain III The data is obtained from GenBank and Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia Thirty sequences of DENV 1 whole genome were processed using Genetyx 5 1 Analysis using DENV 1 envelope nucleotide showed that strain Indonesia has genotype I and IV Analysis using only the nucleotide of domain III showed the same genotype with difference of clusters between strains Thus phylogenetic studies determining the genotype can be done using domain III alone Homology analysis of amino acid of domain III showed that the main epitope is well reserved This finding can be an important cornerstone in the development of domain III based dengue vaccine.
"
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Indra Wicaksono
"Infeksi virus Dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan dunia termasuk Indonesia, mengamcam lebih dari 150 ribu jiwa setiap tahunnya. Meski berbagai usaha preventif konvensional telah dilakukan, angka keparahan tetap tidak jauh berkurang. Karena itu, vaksin dikembangkan sebagai usaha preventif yang efektif sekaligus efisien. Sayangnya, jumlah studi filogenetik yang mendukung pengembangan vaksin saat ini masih terbatas. Untuk itu, penelitian ini dilakukan dengan menganalisis sekuens nukleotida dan asam amino protein Non Struktural-1 (NS-1) pada bagian epitope. Analisis dilakukan dari data yang dikumpulkan melalui GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 29 sekuens diolah menggunakan program Genetyx 5.1. Hasil analisis menunjukkan persebaran filogenetik berdasarkan nukleotida NS-1 strain Indonesia yang berada pada Genotipe I dan IV dan tidak berbeda dengan filogenetik berdasarkan gen envelope. Sedangkan, hasil homologi asam amino menunjukkan substitusi terjadi pada beberapa situs epitope NS-1 yang sebelumnya dianggap lestari. Hasil ini menunjukkan bahwa, analisis NS-1 dapat digunakan sebagai dasar pengembangan vaksin dengue.

Until to date, dengue virus (DENV) infection is still a major global health problem including Indonesia, putting over 150 thousands people at risk every year. Despite various conventional preventive efforts conducted, number of people with severe dengue is not reduce significantly. Vaccine is than developed in a hope to make a more effective and efficient way of dengue prevention. But, only a limited number of phylogenetic studies have been conducted to support the vaccine development. This phylogenetic studies of dengue virus (DENV) is conducted in order to support the basis for development of protective dengue vaccine. This study analyze nucleotides and amino acids sequence of Non Structural-1 (NS-1) protein and emphasizing at epitope sites. By using Genetyx 5.1, 29 samples that have been collected from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia and GenBank were analized. Phylogenetic tree analysis using NS-1 nucleotides showing that isolates from Indonesia is potitioned within genotipe I and IV, insignifically different with phylogenetic tree analysis using envelope nucleotides. While, amino acid homology analysis showing subtitution between NS1 epitope sites that considered being conserved at the previous studies. This results shows that, NS-1 analysis can be used as a basis of vaccine development."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ana Khoirotun Nisa
"ABSTRAK
Infeksi DENV masih menjadi masalah kesehatan masyarakat Indonesia, karena angka kesakitan semakin meningkat, masih menimbulkan kematian dan sering terulangnya kejadian luar biasa (KLB). Salah satu permasalahan terbesar pada manajemen pasien yang terinfeksi adalah untuk memperoleh hasil diagnosis yang cepat dan spesifik dari infeksi DENV pada fase akut. Deteksi NS1 virus dengue merupakan solusi untuk deteksi dini infeksi dengue. Pada penelitian ini dilakukan produksi antibodi anti-NS1 DENV 2 berlabel HRP untuk mendeteksi antigen NS1 DENV. Untuk mendapatkan antibodi anti-NS1 DENV 2, protein NS1 sebanyak 500µg disuntikkan ke kelinci. Booster dilakukan sebanyak tiga kali dengan menyuntikkan NS1 500µg. Antibodi anti-NS1 yang dihasilkan oleh kelinci kemudian dilabel menggunakan horseradish peroxidase (HRP) dan dilakukan optimasi slot blot immunoassay. Setelah antibodi anti-NS1 DENV 2 berlabel HRP dikonfirmasi dengan direct ELISA, dilakukan uji reaksi silang. Pada penelitian ini digunakan 15 plasma pasien positif dengue yang terdiri dari serotipe 1, 2, 3 dan 4, 3 plasma negatif dengue, 1 plasma orang sehat dan 1 kontrol positif yaitu protein NS1 DENV 2. Hasil menunjukkan, antibodi anti-NS1 DENV serotipe 2 dapat mengenali NS1 yang berasal dari serotipe 1,2,3, dan 4. Hal ini disebabkan karena protein NS1 merupakan glikoprotein yang sangat terkonservasi diantara keempat serotipe dengue. Adanya kemiripan epitop NS1 DENV 2 dengan serotipe lainnya membuat antibodi anti-NS1 DENV 2 dapat mengenali protein NS1 dari serotipe dengue yang lain. Sedangkan hasil negatif ditunjukkan pada plasma pasien orang sehat. Untuk sampel 3 plasma negatif dengue, hasil slot blot menunjukkan 2 negatif dan 1 indeterminate. Disimpulkan bahwa antibodi anti-NS1 DENV 2 berlabel HRP dapat digunakan untuk dalam uji slot blot untuk mendeteksi keempat serotipe virus dengue.

ABSTRACT
DENV infection remains a public health problem in Indonesia, as the number of illnesses is still increasing, causing death and frequent recurrence of outbreaks. One of the biggest problems in managing infected patients is how to get a rapid and specific diagnosis of DENV in the acute phase. Detection of dengue virus is a solution for early detection of dengue infection. In this study, production of labelled anti-NS1 DENV 2 antibody to be used for dengue antigen detection. To get anti-NS1 DENV 2 antibody, protein NS1 500 μg was injected into rabbit. Booster is done three times by injecting NS1 500 μg. Anti-NS1 antibodies produced by rabbits then were labeled by horseradish peroxidase (HRP). After confirmation of labelled anti-NS1 DENV antibody and optimation of in-house slot blot immunoassay, cross reactivity between DENV serotype was performed. In this study, 15 dengue positive patients serotypes 1, 2, 3 and 4, three dengue negative plasma, 1 healthy person plasma and 1 positive control on NS1 DENV 2 were used. The results showed that anti-NS1 DENV serotype 2 antibody could recognize NS1 from serotypes 1,2,3, and 4. This may be because the NS1 protein is a highly conserved glycoprotein among four dengue serotypes. The similarity of NS1 DENV 2 epitopes with other serotypes makes NS1 DENV 2 antibody can recognize NS1 protein from other dengue serotypes. While negative results are shown on the plasma of healthy patients. For a sample of 3 negative plasma dengue, the result of the blot slot showed 2 negatives and 1 indeterminate. An HRP-labelled anti-NS1 DENV 2 antibody could be used in slotblot immunassay to detect NS1 of four serotype of dengue infection."
Lengkap +
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2017
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>