Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Adenosin Trifosfat (ATP) sintase berfungsi sebagai tempat sintesis ATP dari ADP dan Pi dengan menggunakan energi gradien proton. Kompleks ATP sintase marupakan satu dari enzim penting yang sangat diperlukan untuk metabolisme sel secara umum. Enzim ini terdiri dari dua bagian, yaitu bagian yang mengandung situs katalitik (F1) dan bagian proton channel (F0). Subunit β dari F1 merupakan salah satu subunit kunci karena memiliki situs aktif atau situs katalitik bagi ATP dan merupakan protein yang highly conserved memiliki 70 % homologi antara manusia dengan E. coli, yang memberikan indikasi akan pentingnya bagian tersebut. Saat ini telah diketahui secara lengkap dua sekuens gen ATP sintase subunit β yaitu dari Ohta S. et al.(1988) dan Neckelmann et. al. (1989) yang menunjukkan adanya variasi polimorfik. Karena perbedaan sekuens dapat mempengaruhi ekspresi dan fungsi protein ATP sintase subunit β dalam metabolisme energi mitokondia, dan mungkin berasosiasi dengan keadaan patologis tertentu, maka dalam penelitian ini dilakukan studi untuk mencari bukti adanya variasi polimorfik ATP sintase subunit β dengan memanfaatkan keragaman etnik di Indonesia. Sekuens DNA dari gen ATP sintase subunit β ditentukan dengan menentukan disain primer dan mengamplifikasi daerah penyandi asam amino (ekson 1 sampai dengan ekson 10) dari gen tersebut. Penapisan varian polimorfik dilakukan dengan metode PCR-RFLP. Hasil dan Kesimpulan: Hasil sekuens DNA pada dua individu populasi Indonesia ternyata serupa dengan sekuens Neckelmann dan memiliki banyak perbedaan dengan sekuens Ohta. Dari hasil metoda PCR-RFLP serta analisis hasil sekuensing ini ditemukan adanya delapan artefak sekuens pada daerah penyandi asam amino pada sekuens gen ATP sintase subunit β hasil publikasi Ohta S. et al. Oleh karena itu sekuens gen ATP sintase subunit β hasil publikasi Ohta S. et. al. tidak dapat digunakan sebagai sekuens referensi. Dengan menggunakan sekuens referensi baru ditemukan adanya polimorfisme pada sekuens gen ATP sintase subunit β pada etnik Jawa dengan frekuensi 20 % dan frekuensi alel 10%. Varian polimorfik baru yang ditemukan, mengakibatkan perubahan asam amino dari prolin menjadi leusin (P12L). Perubahan asam amino P12L dari ATP sintase subunit β ini terletak pada daerah presekuens sehingga tidak berpengaruh terhadap struktur maupun fungsi dari ATP sintase subunit β akan tetapi mungkin berpengaruh pada efektivitas penghantaran protein subunit β ke membran dalam mitokondria. Berdasarkan hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa: (1) Sekuens Ohta tidak dapat digunakan sebagai sekuens referens karena mengandung sejumuah artefak. (2) Konservasi gen ATP sintase subunit β tinggi karena sebagian besar populasi Indonesia termasuk Papua sama dengan populasi Kaukasia dan Jepang. (3) Ditemukan polimorfisme baru pada sekuens gen ATP sintase subunit β (P12L) pada populasi etnik Indonesia dengan: (a) alel frekuensi polimorfisme pada populasi Jawa sebesar 10%, (b) terdapat perubahan asam amino yang non konservatif, (c) P12L terdapat pada daerah presekuens yang unik untuk manusia. (4) Ada empat kumparan heliks yang memperlihatkan adanya gambaran amfipatik."

"Elektroda micro-band boron-doped diamond BDD berhasil difabrikasi dengan metode laminasi, dimana boron-doped diamond diletakkan diantara dua plat insulator, yaitu Teflon dan karet silikon. Karakterisasi lapisan BDD dilakukan menggunakan spektra Raman dan XPS, sedangkan micro-band terfabrikasi dikarakterisasi dengan SEM. Elektroda ini diuji untuk siklik voltametri dari larutan adenosin monofosfat AMP, adenosin difosfat ADP, and adenosin trifosfat ATP, dimana teramati sebuah puncak oksidasi yang muncul disekitar 0.9V vs. Ag/AgCl. Pengaruh pH juga dipelajari dan ditemukan bahwa respon arus tertinggi berada pada pH 2. Koefisien difusi dari adenosin fosfat adalah 0,0874 m2/s. Luas permukaan efektif dari elektroda BDD ditentukan menggunakan koefisien difusi tersebut dan diperoleh nilai sebesar 1,11x10-7 m2. Untuk mengembangkan deteksi berkelanjutan dari larutan AMP, ADP, dan ATP, digunakan elektroforesis kapiler atau capillary zone electrophoresis CZE dengan deteksi elektrokimia berbasis elektroda micro-band BDD. Ketiga adenosin fosfat dalam larutan buffer Britton-Robinson dapat terpisah secara sempurna pada kapiler silica 30 cm dengan voltase pemisahan sebesar 10 kV. Hubungan yang linear antara respon arus dan konsentrasi pada rentang 0.1-2 mM diperoleh dengan batas deteksi 0.0041 ?M, 0.006 ?M, dan 0.0109 ?M untuk AMP, ADP, dan ATP. Perbandingan elektroda micro-band dengan makroelektroda sebagai detektor pada CZE menunjukkan bahwa micro-band lebih sensitif dari pada makroelektroda. Metode ini berhasil diaplikasikan pada sampel urin manusia yang diinjeksikan dengan AMP, ADP, dan ATP, serta ditemukan pula spesi elektroaktif lainnya, yaitu adenin dan guanin.

---

A micro band boron doped diamond BDD electrode was successfully fabricated by lamination method. This method was done by sealing process a piece of boron doped diamond film inside a sandwich of two insulating plates, namely Teflon and silicon rubber. Characterization of the BDD film was performed using Raman and XPS spectra, while the fabricated micro band was characterized by using its SEM image. The electrode was examined for cyclic voltammetry of adenosine monophosphates AMP, adenosine diphosphates ADP, and adenosine triphosphates ATP solutions, where an oxidation peak at around 0.9V vs. Ag AgCl was observed. The influence of pH was also studied and it was discovered that the maximum currents occurs at pH 2. The diffusion coefficient of adenosine phosphates was found to be 0,0874 m2 s.

The effective surface of BDD electrode determined using this diffusion coefficient was 1,11x10 7 m2. In order to develop a simultaneous detection of AMP, ADP, and ATP in a mixture solution, a capillary zone electrophoresis CZE with an electrochemical detection using this micro band was arranged. The three of adenosine phosphates can be well separated in a 30 cm length of fused silica capillary at a separation voltage of 10 kV using Britton Robinson buffer pH 2. The current responses in the concentration range of 0.1 to 2 mM were linear with the detection limits of 0.0041 M, 0.006 M, and 0.0109 M for AMP, ADP, and ATP, respectively. Comparison with a macroelectrode BDD as the detector in CZE showed that the micro band was more sensitive than macroelectrode. The method was successfully applied for urine human sample injected with those three adenosine phosphates,adenine, and guanine."

"ATP sintase merupakan salah satu enzim sistem fosforilasi oksidatifyang berlangsung pada mitokondria, dan berperan dalam proses kondensasiADR dan Pi menjadi ATP, menggunakan energi yang timbul dari rantairespirasi. ATP sintase terdiri dari 2 baglan Fo dan Fi yang terdlrl dari 12subunit pollpeptlda. Situs katalitik dari ATP sintase terletak pada subunit p.Gen penyandi ATP sintase subunit 3 terdiri dari 10 ekson dan 9 intron.Penelitian ini bertujuan untuk meiihat adanya SNP {Single NucleotidePolymorphism) pada ekson delapan gen ATP sintase subunit 3 pada individunormal Indonesia. Sampel yang digunakan berjumlah dua buah, satu sampeidari popuiasi Dayak yang mewakili Austronesia dan satu sampel daripopulasi Papua mewakili Austroloid. Amplifikasi daerah ekson delapandilakukan menggunakan metode PGR, menggunakan pasangan primerF7406-R8174. menghasiikan fragmen DNA sebesar 769 pb. Sekuensdaerah ekson delapan diperoleh dengan menggunakan primer internal F7849dan primer R8174 dalam reaksi sekuensing. Alignment sekuens daerahekson delapan dari kedua sampel dengan sekuens referensi publikasi ;Neckelmann dan kawan-kawan memperlihatkan kesamaan susunan basa"

"Pemodelan farmakofor adalah metode CADD (Computer-Aided Drug Design) berbasis ligan yang diketahui berperan penting dalam menjelaskan interaksi antara ligan dengan target makromolekul. Pemodelan farmakofor memiliki beberapa keterbatasan, seperti sering dihasilkannya positif dan negatif palsu. Oleh karena itu, pengembangan diperlukan untuk memperoleh model yang lebih prediktif. Pada penelitian ini, pengembangan model farmakofor dilakukan menggunakan program LigandScout dan diaplikasikan pada antagonis reseptor adenosin A2B. Senyawa antagonis reseptor adenosin A2B yang diperoleh dari ChEMBL dengan nilai Ki ≤ 10 nM sebanyak 88 ligan digunakan sebagai kontrol positif dan nilai Ki > 10 nM sebanyak 1.530 ligan digunakan sebagai kontrol negatif. Model farmakofor dibentuk dari kontrol positif yang dijadikan sebagai training set divalidasi menggunakan test set yang merupakan gabungan dari kontrol positif dan negatif. Kemudian dilakukan analisis statistik dengan mengelompokkan hasil berdasarkan klasifikasi biner untuk dihitung beberapa parameter analisis. Dari penelitian ini, diperoleh model farmakofor antagonis reseptor adenosin A2B yang memiliki fitur satu AR (cincin aromatik), satu H (interaksi hidrofobik), dan dua HBA (akseptor ikatan hidrogen). Nilai AUC100% sebesar 0,65; EF1% sebesar 6,9; EF5% sebesar 2,3 diperoleh sebagai parameter validasi model. Berdasarkan analisis statistik, diperoleh akurasi sebesar 0,4067; error rate sebesar 0,5993; sensitivitas sebesar 0,8295; spesifisitas sebesar 0,3824; presisi sebesar 0,0717; tingkat penemuan palsu sebesar 0,9283; dan nilai prediksi negatif sebesar 0,9500. Dari hasil ini, model farmakofor dengan penurunan weight sebesar 0,1 pada fitur farmakofor AR didapatkan sebagai model yang memiliki hasil optimasi terbaik.

---

Pharmacophore modeling is a ligand-based CADD (Computer-aided Drug Design) method that is known to represent the important role of ligands interactions with macromolecular targets. Pharmacophore modeling has several limitations, such as often false positives and negatives values are generated. Thus, model development is needed to obtain a more predictive model. In this study, the development of a pharmacophore model was carried out using LigandScout and applied to adenosine A2B receptor antagonists. The adenosine A2B receptor antagonist compounds obtained from ChEMBL with Ki value ≤ 10 nM (88 ligands) were used as positive controls and Ki value > 10 nM (1.530 ligands) were used as negative controls. The pharmacophore model was formed from positive controls that were used as a training set, validated using a test set which is a combination of positive and negative controls, and statistical analysis was carried out by grouping the results based on binary classification and calculating several analytical parameters. From this study, a pharmacophore model of adenosine A2B receptor antagonist was obtained and had one AR (aromatic ring), one H (hydrophobic interaction), and two HBA (hydrogen bond acceptor) features. The values of AUC100% (0.65); EF1% (6.9); EF5% (2.3) were obtained from model validation parameters. In addition, the values of accuracy (0.4067); error rate (0.5993); sensitivity (0.8295); specificity (0.3824); precision (0.0717); false discovery rate (0.9283); and negative predictive value (0.9500) were obtained from statistical analysis. From these results, the optimized pharmacophore model with 0.1 feature Weight deduction on AR feature gave the best results."

"Adenosin trifosfat (ATP) berfungsi sebagai sumber energi pada berbagai aktivitas seluler, seperti modulasi pelepasan neurotransmitter, menyebabkan vasokonstriksi dan vasodilatasi pada arteri dan vena, dan meregulasi pelepasan sitokin proinflamasi. Aktivitas adenosin dimodulasi oleh reseptor adenosin yang termasuk ke dalam G-coupled protein receptors(GCPR). Reseptor adenosin memiliki empat isoform, yaitu A1, A2A, A2B, dan A3 yang terdistribusi dalam berbagai jaringan tubuh dan menarik untuk ditinjau selektivitasnya. Selektivitas reseptor sebagai target obat perlu dilihat untuk memastikan efek farmakologis yang ditimbulkan lebih spesifik. Penelitian ini dilakukan secara in silico untuk mengetahui selektivitas obat terhadap struktur kristal reseptor adenosin A1 dan A2A, serta struktur A2B dan A3 yang didapatkan melalui pemodelan homologi. Pemodelan homologi didapatkan dengan perangkat lunak SWISS-MODEL kemudian di evaluasi strukturnya melalui Plot Ramachandran di laman PROCHECK. Penambatan molekuler dilakukan di AutoDock dalam perangkat lunak PyRx. Penambatan molekuler divalidasi dengan cara redocking melalui AutoDock. Parameter yang diperhatikan adalah nilai RMSD kurang dari 2 Å. Interaksi antara reseptor-ligan diamati melalui perangkat lunak LigPlot+ dan PyMOL. Selektivitas dianalisis melalui indeks selektivitas dengan perbandingan konstanta inhibisi dua subreseptor. Selektivitas ligan terhadap reseptor A1 berada pada rentang 0,85 – 136,07; reseptor A2A0,0073 – 1,18; reseptor A2B 2,49 – 180,83; dan reseptor A3 0,021 – 1,79. Ligan yang paling selektif terhadap masing-masing reseptor secara in silico adalah : reseptor A1 capadenoson, reseptor A2A tozadenant, reseptor A2B BAY 60-6583, dan reseptor A3 piclidenoson.

---

Adenosine triphosphate (ATP) functions as an energy source in various cellular activities, such as modulating neurotransmitter release, causing vasoconstriction and vasodilation in arteries and veins, and regulating the release of proinflammatory cytokines. Adenosine activity is modulated by adenosine receptors included in the G-coupled protein receptors (GCPR). Adenosine receptors have four isoforms, namely A1, A2A, A2B, and A3 which are distributed in various body tissues and are interesting to review their selectivity. The selectivity of receptors as drug targets needs to be seen to ensure that the pharmacological effects produced are more specific. This study was conducted in silico to determine the selectivity of drugs to the crystal structures of adenosine receptors A1 and A2A, as well as the structures of A2B and A3 obtained through homology modeling. Homology modeling was obtained using SWISS-MODEL software and then its structure was evaluated through the Ramachandran Plot on the PROCHECK page. Molecular docking was carried out in AutoDock in PyRx software. Molecular docking was validated by redocking through AutoDock. The parameters of interest were RMSD values ​​less than 2 Ã . The interaction between receptor-ligand was observed through LigPlot+ and PyMOL software. Selectivity was analyzed through the selectivity index by comparing the inhibition constants of two subreceptors. The selectivity of ligands to the A1 receptor was in the range of 0.85 - 136.07; A2A receptor 0.0073 - 1.18; A2B receptor 2.49 - 180.83; and A3 receptor 0.021 - 1.79. The most selective ligands to each receptor in silico were: capadenoson A1 receptor, tozadenant A2A receptor, BAY 60-6583 A2B receptor, and piclidenoson A3 receptor."

"Pemodelan farmakofor merupakan suatu metode perancangan obat dengan pendekatan komputasi (in silico) yang berperan penting untuk mengetahui aksi spesifik antara ligan dengan target makromolekul. Pemodelan farmakofor memiliki beberapa keterbatasan, seperti sering dihasilkannya senyawa positif palsu dan negatif palsu dalam rasio yang tinggi. Oleh sebab itu, pengembangan perlu dilakukan untuk memperoleh model farmakofor yang lebih prediktif. Pada penelitian ini, dilakukan pengembangan model farmakofor yang diaplikasikan pada senyawa antagonis reseptor adenosin A2A menggunakan perangkat lunak LigandScout. Senyawa antagonis reseptor adenosin A2A diperoleh dari ChEMBL dengan nilai Ki ≤ 10 nM sebanyak 94 ligan digunakan sebagai training set dan nilai Ki > 10 nM sebanyak 3.556 ligan digunakan sebagai decoy set. Pembentukan model farmakofor dan optimasi dilakukan menggunakan training set dan divalidasi menggunakan test set yang merupakan gabungan dari training set dan decoy set. Kemudian, dilakukan analisis statistik melalui perhitungan beberapa parameter analisis berdasarkan kelompok klasifikasi biner. Dari penelitian ini, diperoleh empat fitur farmakofor dari model antagonis reseptor adenosin A2A yang mencakup 1 H (Hydrophobic Interaction), 2 HBA (Hydrogen Bond Acceptor), dan 1 HBD (Hydrogen Bond Donor). Selain itu, diperoleh nilai parameter validasi model yaitu AUC100% sebesar 0,65; EF1% sebesar 4,3; dan EF5% sebesar 3,6 serta nilai ketujuh parameter analisis statistik yaitu akurasi sebesar 0,3789; error rate sebesar 0,6211; sensitivitas sebesar 0,9894; spesifisitas sebesar 0,3684; presisi sebesar 0,0326; nilai prediksi negatif sebesar 0,9974; dan false discovery rate sebesar 0,9674. Nilai dari parameter-parameter tersebut diperoleh dari hasil optimasi model farmakofor yang berbeda-beda sehingga belum ditemukan satu model yang memiliki nilai terbaik untuk semua parameter.

---

Pharmacophore modeling is a drug design method with a computational approach (in silico) that represents the important role of ligand's specific actions with macromolecular targets. Pharmacophore modeling has several limitations, such as frequent false positives and false negatives in high ratios. Therefore, model development is needed to obtain a more predictive pharmacophore model. In this study, the development of a pharmacophore model was applied to the adenosine A2A receptor antagonist compound using LigandScout. The adenosine A2A receptor antagonist compound obtained from ChEMBL with Ki value ≤ 10 nM (94 ligands) was used as a training set and a Ki value > 10 nM (3,556 ligands) was used as a decoy set. The pharmacophore model and its optimization were formed from a training set, validated using a test set which is a combination of a training set and a decoy set. Then, statistical analysis is carried out by calculating several parameters based on the analysis of binary classification groups. From this study, four pharmacophore features of the adenosine A2A receptor antagonist model were obtained, consisting of 1 H (Hydrophobic Interaction), 2 HBA (Hydrogen Bond Acceptor), and 1 HBD (Hydrogen Bond Donor). In addition, the values of AUC100% (0.65); EF1% (4.3); and EF5% (3.6) were obtained from model validation parameters and the values of accuracy (0.3789); error rate (0.6211); sensitivity (0.9894); specificity (0.3684); precision (0.0326); negative predictive value (0.9974); and a false discovery rate (0.9674) were obtained from the seven statistical analysis parameters. The value of these parameters were obtained from the optimization results of different pharmacophore models. Accordingly, the model that has the best values for all parameters has not been determined."

"Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual.Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC.Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A.

---

Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method.

In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406.

The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist."

"Kanker payudara masih menjadi jenis kanker yang paling umum terjadi di dunia. Kanker payudara merupakan penyakit kompleks yang disebabkan oleh berbagai faktor. Pemeriksaan histopatologi dapat memberikan informasi penting mengenai fenotipe, yaitu karakteristik fisik atau morfologi dari jaringan yang diperiksa. Pemeriksaan genotipe juga dapat dilakukan untuk mengidentifikasi varian gen pada mutasi gen tertentu, yang dapat memberikan informasi tentang faktor risiko genetik seseorang terhadap penyakit tertentu dan respons terhadap terapi target yang ditujukan pada mutasi gen tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi mutasi gen penetrasi non-BRCA dan hubungan antara genotipe-fenotipe pada pasien kanker payudara. Pada penelitian ini, pemeriksaan genotipe dilakukan menggunakan metode targeted sequencing. Pada penelitian ini ditemukan sebanyak 18 gen kerentanan dengan varian pathogenic dan likely-pathogenic (P/LP). Kelompok varian gen dibandingkan dengan fenotipe pasien yaitu diantaranya adalah usia, riwayat kanker payudara pada keluarga, status metastasis, subtipe molekuler, dan grade. Kesimpulannya, ditemukan mutasi gen penetrasi non-BRCA diantaranya SMAD4 H427Lfs*9, ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, dan MET K842Sfs*7, mutasi gen penetrasi SMAD4 H427Lfs*9 berhubungan dengan subtipe molekuler luminal B, mutasi gen penetrasi ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, dan MET K842Sfs*7 berhubungan dengan subtipe molekuler TNBC. Pada penelitian ini juga dilakukan homology modelling protein PTEN mutan terhadap protein PTEN wild type dan kaitannya dengan respons terapi target GSK2636771 dan AZD8186.

---

Breast cancer is still the most common type of cancer in the world. Breast cancer is a complex disease caused by various factors. Histopathological examination can provide important information regarding the phenotype, namely the physical or morphological characteristics of the tissue being examined. Genotyping tests can also be performed to identify gene variants in certain gene mutations, which can provide information about a person's risk of genetic factors for certain diseases and response to targeted therapy aimed at certain gene mutations. This study aims to identify non-BRCA penetrance gene mutations and the relationship between genotypes in breast cancer patients. In this study, genotype examination was carried out using the targeted sequencing method. In this study, 18 susceptibility genes with pathogenic and likely-pathogenic (P/LP) variants were found. Gene variant groups were compared with the patient's phenotype, including age, family history of breast cancer, metastatic status, molecular subtype, and grade. In conclusion, non-BRCA penetrance gene mutations were found, including SMAD4 H427Lfs*9, ATM H1951Pfs*39, PTEN Q219Rfs*2, and MET K842Sfs*7. SMAD4 H427Lfs*9 penetrance gene mutation is associated with luminal molecular subtype B, ATM H1951Pfs penetrance gene mutation *39, PTEN Q219Rfs*2, and MET K842Sfs*7 are associated with TNBC molecular subtypes. In this study, homology modeling was also performed on wild type PTEN protein with mutant PTEN protein and its relation to the response to targeted therapy of GSK2636771 and AZD8186."

"ABSTRAKYeast inaktif atau disebut juga nutritional yeast adalah yeast yang sudah tidak aktif yang tidak dapat digunakan untuk mengembangkan adonan tepung tetapi kandungan nutrisinya tetap ada. Yeast inaktif banyak digunakan sebagai pengganti keju pada masakan vegan. Yeast inaktif adalah sumber mineral, vitamin terutama vitamin B kompleks, dan protein. Pada dinding sel yeast, terdapat beta-glukan dan manan yang berfungsi sebagai imunomodulator. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan metode yang valid untuk menganalisis kadar beta-glukan dan manan yang terdapat dalam sampel dengan menggunakan kromatografi cair kinerja tinggi dengan detektor indeks bias dan membandingkannya dengan metode enzimatis. Berdasarkan analisis, kondisi optimum analisis adalah dengan menggunakan fase gerak asetonitril-air dengan perbandingan 70:30 dan laju alir 1 ml/menit. Metode yang didapatkan valid dengan linearitas y = 3663136,716 + 336629,1411x untuk glukosa dan y = 3399565,334 + 336736,0175x untuk manosa; nilai r keduanya adalah 0,9985 pada rentang 0,1-1ppm. Hasil LOD untuk glukosa adalah 0,058 dan LOQ 0,192. Untuk manosa LOD=0,034 dan LOQ=0,116. Kadar rata-rata beta-glukan adalah 19,373% dan 17,470%. Kadar rata-rata manan adalah 17,487% dan 24,340%.

---

ABSTRACT

Inactive dried yeast or nutritional yeast is deactivated yeast that has no leavening properties but still contain its nutrition. It is widely used in vegan dishes and it is an excellent source of minerals, vitamins, and proteins. Yeast cell wall contains beta-glucan and mannan which have immunomodulatory effect. The aim of this study was to obtain a valid method to determine the concentration of beta-glucan and mannan in nutritional yeast using high performance liquid chromatography with refractive index detector. The results were then compared with enzymatic method. The optimized conditions were found to be 1 ml/min for flow rate using acetonitrile-water (70:30) as the mobile phase. The linearity of this method was confirmed in the range of 0,1-1,0 ppm (r=0,095) with the equation of calibration curve y = 3663136,716 + 336629,1411x for glucose and y = 3399565,334 + 336736,0175x for mannose. The limit detection was shown to be 0,058 ppm for glucose and 0,034 ppm for mannose. The limit of quantification was shown to be 0,192 ppm for glucose and 0,116 ppm for mannose. The determination result of beta-glucan was 19,373% and 17,470%. The mannan content was 17,487% and 24,340%. "