Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSalah satu penyebab kegagalan pengendalian tuberkulosis di Indonesia, adalah karena lemahnya diagnosis untuk deteksi dini kasus infeksi disamping kegagalan terapi kasus tuberkulosis yang resisten terhadap beberapa obat anti tuberkulosis dan hambatan dalam melakukan kontrol tuberkulosis secara global. Dengan ditemukannya teknik molekuler "spoligotyping" (spacer olygonucleotide typing) yang dilakukan berdasarkan analisis keragaman jumlah dan letak daerah diantara lokus direct repeat (DR) DNA M, tuberculosis dan hibridisasi menggunakan pelacak spacer oligonucleotide yang terletak diantara daerah DR ini akan dapat memperlihatkan perbedaan antar galur. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deleksi cepat sekaligus dapat membedakan galur M. tuberculosis langsung dari spesimen klinik tanpa melakukan kultur kuman. Sebanyak 30 sampel yang terdiri dari 29 sampel klinik bakteri Al tuberculosis yang dikumpulkan dari 28 penderita tuberkulosis dan I sampel kuman standard Al BGC dilakukan pemeriksaan mikroskopik BTA, kultur pada media Lowenstein Jensen, uji bioldmia, uji resistensi serta ekstraksi DNA. DNA hasil ekstraksi kemudian diamplifikasi dengan menggunakan oligonukleotida DRa dan DRb 5'biotinylated sebagai primer untuk amplifikasi lokus direct repeat (DR) DNA M tuberculosis. DNA hasil amplifikasi dihibridisasi dengan pelacak (probe) yang terdiri dari I set oligonukleotida (43 jenis spacer oligonucleotides). Deteksi DNA hasil hibridisasi dilakukan dengan alat deteksi substrat kemiluminesen ECL (Amersham) dan dipaparkan pada film sinar-X ( Hyperfilm ECL; Amersham). Dari hasil penelitian terlihat bahwa ekstraksi DNA M. tuberculosis dengan menggunakan metode Boom maupun Fenol-Kloroform dapat menghasilkan DNA dengan tingkat kemurnian atau nilai rasio absorbansi (a. 2601280) berkisar 1,4-1,9. Keberhasilan isolasi DNA ini telah dibuktikan dengan adanya pita DNA dalam gel agarosa dari hasil amplifikasi PCR dengan ukuran 541 bp, yang sesuai dengan fragmen DNA Al tuberculosis yang disintesis dengan menggunakan primer Pt8 dan Pt9. Hibridisasi telah dilakukan untuk menentukan galur pada 9 dari 30 sampel yang berhasil dikumpulkan dan di dapatkan 8 pola pita hibridisasi unik yang menunjukkan adanya 8 galur yang berbeda. Pada 2 sampel sputum yang dikumpulkan dalam 2 waktu pengambilan yang berbeda dari seorang penderita tuberculosis, memberikan pola pita hibridisasi yang sama. 4 galur MDR-TB (Multi Drug Resistance - Tuberculosis) dalam sampel penelitian ini mempunyai pola kekerabatan yang lebih dekat dibandingkan dengan 3 galur lainnya yang sensitif terhadap semua jenis Obat Anti Tuberculosis. Dari ke 9 sampel yang diidentifikasi dengan teknik spoligotyping, dapat menunjukkan perbedaan antar galur dan diperoleh 8 pola pita hibridisasi DNA Al. tuberculosis yang dapat digunakan sebagai penanda epidemiologi untuk bakteri penyebab penyakit tuberkulosis di Indonesia. Teknik spoligotyping dapat menjadi alternatif disamping isolasi M. tuberculosis untuk mendeteksi adanya bakteri M. tuberculosis sekaligus dapat membedakan galur kuman pada penderita tuberkulosis, sehingga dapat digunakan untuk memantau penyebaran kuman penyakit tuberkulosis yang sangat penting untuk dikembangkan lebih lanjut."

"Salah satu penyebab kegagalan pengendalian tuberkulosis di Indonesia, adalah karena lemahnya deteksi dini kasus infeksi disamping kegagalan terapi kasus yang resisten terhadap obat anti tuberkulosis dan hambatan dalam melakukan kontrol tuberkulosis. Dengan ditemukannya teknik molekuler spoligotyping (spacer obgofrzicleolide tying) yang dilakukan berdasarkan polimorfisme/keragaman spacer diantara daerah direcz repeat (DR) pada genom M tuberculosis complex, dapat dilakukan pembedaan gaiur-galur diantara M tuberculosis complex. Peneiitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi cepat sekaligus dapat membedakan galur M tubercosis langsung dari spesimen klinik tanpa melakukan pembiakan kuman. Sebanyak 29 sampei klinik bakteri M tuberculosis, terdiri dari 5 sampel sputum penderita tuberkulosis dan 24 sampel isolat M tuberculosis dilakukan pemeriksaan mikroskopik BTA, pembiakan pada medium Lowenstein-Jensen, uji biokimia, uji resistensi. Serta ekstraksi DNA. Sebagai standard digunakan l galur ,M bovis BCG dari vaksin BCG. DNA dari sampel isolat diekstraksi dengan fenol-kloroform, DNA dri sampel sputum dan M bovis BC G diekstraksi dengan metode Boom. DNA hasil ekstraksi dibulctikan dengan teknik PCR menggunakan pimer Pt8 & Pt9 untuk melihat fragmen spesifik DNA tuberculosis complex berukuran 54l bp. Pada teknik spoligogfping, uji PCR dilakukan dengan primer DRa dan DRb berlabel biotin untuk ampliiikasi sekwens direct repeat (DR) DNA M tuberculosis complex. DNA hasil amplifikasi dihibridisasi dengan 1 set pelacak yang terdiri dan 43 jenis oiigonukleotida space; menggunakan membran Hybond N'. Deteksi DNA hasil hibridisasi dilakukan dengan Streptavidin Horseradish Peroksidase dan alat deteksi substrat khemiluminesen ECL (Amersham) kemudian dipaparkan pada film sinar-X( Kodak). Hasil dan Kesimpulan: Sebanyak 8 sampel klinik dari penderita tuberkulosis dan 1 sampe1M bovis BCG, telah dianalisis dengan teknik spoligozjvping. Hasil identifikasi dari 9 sampel yang dihibridisasi menunjukkan 8 pola hibridisasi yang berbeda, satu diantara isolat MDR yang dianalisis, mempunyai pola hibtfidisasi yang identik dengan galur Beijing yang ditemukan luas di Asia Timur dan juga telah ditemukan di Inggris. Dua Sampel sputum dari seorang pendentatuberkulosis yang dikumpulkan dalam 2 kali pengambilan yang berbeda memberikan pola hibridisasi yang sama. Teknik spoligozyping dapat diterapkan Iangsung pada sampei kiinik untuk deteksi cepat infeksi M tuberculosis sekaligus dapat membedakan galur kuman pada penderita tuberkulosis, sehingga dapat digunakan untuk diagnosis dan pemantauan penyebaran kurnau penyakit tuberkulosis. "

"Tuberkulosis adalah penyakit yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan merupakan suatu penyakit global yang menjadi perhatian di dunia karena kemudahan transmisi ke orang lain. Isoniazid merupakan salah satu OAT lini pertama yang menjadi dasar obat tuberculosis dan terjadinya resistensi terhadap isoniazid menjadi salah satu kendala pemberantasan TB di Indonesia. Tuberkulosis ekstrapulmonal merupakan suatu komplikasi dari Mycobacterium tuberculosis di luar dari paru. Tuberkulosis ekstrapulmonal memiliki angka insidensi yang cukup tinggi dalam kejadian tuberkulosis. Diagnosis tuberkulosis ekstrapulmonal ditegakkan dengan pemeriksaan BTA dari isolat ekstrapulmonal seperti pus dan cairan sendi.Penelitian ini bertujuan menentukan pola resistensi M. tuberculosis terhadap isoniazid serta mengetahui perbandingan angka kejadian resistensi pada spesimen pus dan spesimen sputum. Penelitian ini dilakukan dengan menganalisis data sekunder sebanyak 676 sampel dengan kultur positif dari Departemen Mikrobiologi FKUI pada September 2005 sampai Desember 2007 dan telah menjalani pemeriksaan resistensi sesuai dengan panduan WHO/IUATLD. Dari hasil analisis didapatkan bahwa pola resistensi terhadap isoniazid sebanyak 13.5%. dan terdapat perbedaan angka resistensi sebesar 19.49 %, di mana spesimen pus lebih tinggi.

---

Tuberculosis is a disease caused by Mycobacterium tuberculosis and becomes very dangerous because its transmission potency to infect other people. Isoniazid is one of the first line tuberculosis? drugs and its resistance will be the obstacle of reducing Tuberculosis cases in Indonesia. Extrapulmonary tuberculosis is one of complication from Mycobacterium tuberculosis in everywhere instead of lung. Extrapulmonary tuberculosis has quite high incidence rate in tuberculosis case. Diagnosis of extrapulmonary tuberculosis is decided by BTA test from extrapulmonal isolate such as pus and synovial liquid.This research aimed to determine the resistance of isoniazid and also determine the ratio of resistant in pus specimen and sputum specimen. This research was done by collecting and analyzing 676 secondary samples which culture results are positive from Microbiology Department Medical Faculty University of Indonesia in September 2005 until December 2007 and had undergone resistance tests based on WHO/IUATLD guidelines. The results of the analysis was obtained that resistance of isoniazid was 13.5%. and there are 19.49 % difference of resistance, where pus specimen is higher."

"Latar belakang: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) menyebabkan TBC paru dan TBC ekstraparu (TBEP) yang infeksinya dapat menunjukkan angka morbiditas dan mortalitas yang signifikan. Real-time polymerase chain reaction(RT-PCR) adalah metode molekuler yang digunakan dalam diagnosis dengan durasi pengerjaan yang singkat dan sensitivitas yang tinggi. RT-PCR dapat mempersingkat waktu diagnosis, inisiasi tata laksana pengobatan, dan upaya pengendalian transmisi TBC. Pada studi ini, dilakukan analisis prevalensi TBEP positif dengan diagnosis RT-PCR di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) pada tahun 2020-2021.Metode: Penelitian ini bersifat cross-sectional menggunakan data rekam medis yang terdaftar di LMK FKUI pada tahun 2020-2021 secara consecutive sampling. Populasi penelitian merupakan spesimen klinis dengan permintaan pemeriksaan MTBC secara RT-PCR. Spesimen penelitian adalah spesimen dengan hasil positif MTBC beserta informasi usia dan jenis kelamin. Data disajikan dalam bentuk grafik dan dianalisis secara deskriptif, meliputi positivity rate TBEP dan persentase jenis spesimen klinis.Hasil: Sebanyak 108 spesimen pemeriksaan TBEP pada tahun 2020, 33 diantaranya menunjukkan hasil positif MTBC (30,56% positivity rate) sementara di tahun 2021, terdapat 593 spesimen pemeriksaan TBEP dengan 42 diantaranya positif MTBC (7,08% positivity rate). Informasi usia dan jenis kelamin dari spesimen tidak dapat dianalis karena keterbatasan data. Spesimen jaringan dan LCS menduduki peringkat tertinggi TBEP positif pada tahun 2020 dan 2021. Kesimpulan: Terjadi penurunan positivity rate TBEP positif sebesar 76,83 % dari tahun 2020 ke tahun 2021 dengan jenis sampel dominan jaringan dan LCS. Terjadi peningkatan jumlah sampel yang diterima LMK FKUI sebesar 449,074% (485 data) pada tahun 2021.

---

Background: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) causes pulmonary TB and extrapulmonary TB (EPTB) whose infection can show significant morbidity and mortality rates. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) is a molecular method used in diagnosis with a short duration and high sensitivity. RT-PCR can shorten the time for diagnosis, initiation of treatment, and efforts to control TB transmission. In this study, an analysis of the prevalence of positive EPTB with RT-PCR diagnosis was carried out at the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, University of Indonesia (LMK FKUI) in 2020-2021.

Method: This research is cross-sectional using medical record data registered at LMK FKUI in 2020-2021 using consecutive sampling. The study population was clinical specimens with requests for MTBC examination using RT-PCR. Research specimens are specimens with positive MTBC results along with information on age and gender. Data are presented in graphical form and analyzed descriptively, including the EPTB positivity rate and percentage of clinical specimen types.

Results: A total of 108 EP TB examination specimens in 2020, 33 showed positive MTBC results (30.56% positivity rate) while in 2021, 42 showed MTBC positive out of 593 EPTB examination specimens (7.08% positivity rate). Age and gender information from the specimens could not be analyzed due to data limitations. Tissue and CSF specimens ranked highest in positive EPTB in 2020 and 2021.

Conclusion: There was a decrease in the positive TBEP positivity rate by 76.83% from 2020 to 2021 with the dominant sample types are tissue and CSF. There has been an increase in the number of samples received by LMK FKUI by 449.074% (485 data) in 2021."

"Latar belakang: Untuk meningkatkan penemuan kasus dan diagnosis TB oleh dokter praktik swasta dilakukan melalui pendekatan Public Private Mix (PPM)-TB. Public Private Mix adalah keterlibatan semua penyedia layanan kesehatan publik dan swasta, formal dan non formal dalam penyediaan penanganan TB sesuai ISTC untuk pasien yang telah atau diduga memiliki penyakit TB. Pengalaman di beberapa negara terdapat peningkatan penemuan kasus TB oleh dokter praktik swasta yang terlibat dalam PPM-TB. Di Indonesia belum ada data tentang dokter spesialis paru praktik swasta yang terlibat PPM-TB dalam mendiagnosis TB sesuai dengan ISTC.Metode: Penelitian menggunakan desain potong lintang. Data yang digunakan diambil secara retrospektif melalui data sekunder (rekam medis &TB 01)pasien yang didiagnosis TB dalam kurun waktu Oktober-Desember 2010 yang berobat ke 18 rumah sakit/klinik swasta di Jakarta, tempat praktik 23 dokter spesialis paru yang terlibat dalam kegiatan PPM-TB.Hasil: Didapatkan 258 rekam medis pasien yang memenuhi kriteria dari 21 orang dokter spesialis paru di 16 rumah sakit/klinik swasta. Satu rumah sakit tidak diambil data karena tidak memenuhi kriteria dan satu orang dokter tidak bersedia diambil data pasiennya. Tercatat keluhan utama pasien adalah batuk tanpa keterangan waktu 148 (57,3%). Permintaan pemeriksaaan hapusan sputum BTA yang tercatat 160(62%). Dari 160 hasil pemeriksaan sputum BTA yang tercatat dilakukan pemeriksaan kultur 6 (2,7%), kultur dan resistensi 12 (5,5%). Permintaan pemeriksaaan foto toraks yang tercatat 248 (96,1%), tidak ada permintaan 5 (1,9%) dan tidak ada data 5 (1,9%). Didapatkan 219 kasus TB paru (84,9%) dan 39 TB ekstra paru (15,2%). Berdasarkan apusan BTA, terdapat 64 pasien BTA positif (40%), 94 BTA negatif (58,8%) dan 2 tidak ada data (1,2%). Diagnosis TB ditulis pada 252 rekam 6 lainnya tidak ada diagnosis. Empat belas dokter spesialis paru praktek swasta melakukan semua standar diagnosis 1-5 sesuai ISTC.Kesimpulan : Sebagian besar dokter spesialis paru praktek swasta sudah melaksanakan ISTC dalam menegakkan diagnosis TB. Pemeriksaan foto toraks lebih tinggi sebagai penunjang hasil apusan BTA yang lebih banyak negatif. Pemeriksaan kultur dan resistensi M.tb masih sangat rendah.

---

Background: Tuberculosis (TB) remains a public health problem of global challenges. Indonesia is the first country with high burden TB problem in South East Asia to successfully achieve Millennium Development Goal (MDG) targets’ for TB in 2006 where 70% new case findingswith positive AFB and 85% recovery. However, TB management in many private hospitals and practices has not yet applied ISTC. To increase new case findings and TB diagnosis in private practice, the government conducted Public Private Mix (PPM)-TB approach. This study is intended to find out whether pulmonologistsin private practice has applied ISTC for TB diagnosis.

Method: This is a cross sectional study. Retrospective secondary data from medical recoed and TB 01 forms of TB patients from October-December 2010 in 18 private hospitals in Jakarta (23 pulmonologists involved in PPM-TB program).

Result:There were 258 patient’s medical records from 21 pulmonologist from 16 private hospital fulfilled the criteria. One pulmonologist did not meet the criteria and one other pulmonologist refused to participate in this study.Patients’ chief complaints were mostly cough without information of duration 148 (57.3%). The recorded demand for AFB sputum examination is found in 160 (62%). From 160 laboratory AFB sputum examination results, 6 was cultured(2.7%), 12 was cultured and examined for antituberculosis agent resistance (5.5%). Chest x-raywas asked in 248 patients (96.1%) but 5 without demand (1.9%) and no data in 5 patients (1.9%). Classification of TB anatomy found were pulmonary TB 219 (84.9%), extrapulmonary TB 39 (15.1%). Classification of TB based on AFB found were positive 64 (40%), negative 94 (58.8%) and no data 2 (1.2%). Written diagnosis of TB was found in 252 (97.7%) patients while 6 (1.3%) did not. Fourteen pulmonologist private practice had endorse ISTC all standar 1-5 to diagnosis tuberculosis.

Conclusion: Diagnosis of TB by pulmonologist in private practices mostly has applied ISTC. High chest x-ray demand as a supporting diagnosis was found because most AFB sputum gave negative results. Examination of culture and resistance of antituberculosis agent are low."

"Tuberkulosis (TBC) masih menjadi penyebab utama kematian akibat penyakit menular oleh adanya infeksi. Rifampisin dan isoniazid adalah obat lini pertama yang paling efektif melawan infeksi Mycobacterium tuberculosis. Deteksi resistansi OAT yang tepat, akurat, dan komprehensif, serta pemilihan sampel diperlukan untuk memastikan diagnosis penyakit tuberkulosis pasien. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan hasil targeted drug sequencing dari hasil dekontaminasi sputum dengan isolat Mycobacterium tuberculosis dan mengetahui kesesuaian DST fenotipik MGIT, genotipik GeneXpert dalam mendeteksi resistansi rifampisin dan isoniazid. Sampel penelitian ini adalah sampel sputum yang sudah ada hasil GeneXpert positif dan isolate kultur dengan hasil DST MGIT. Hasil dekontaminasi sputum langsung dan kultur positif dari sampel yang sama dilakukan targeted drug sequencing dengan Oxford Nanopore technology menggunakan flowcell MinION Mk1B. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada target gen rpoB pada 5 dari 6 sampel isolat kultur memberikan hasil gen resistan rpoB dan 1 undetermined. Pada sebagian besar dekontaminasi sputum yaitu 5 dari 6 sampel juga memberikan hasil resistan terhadap rpoB dan 1 dekontaminasi sputum yang undetermined. Hasil resistansi obat isoniazid didapatkan pada target gen inhA sebanyak 5 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif pada inhA dan 1 isolat undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum 4 dari 6 sampel memberikan hasil sensitif pada inhA dan 2 undetermined. Lalu, pada target gen katG terdapat 3 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif, 2 isolat resistan, dan 1 undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum memberikan 2 hasil sensitif, 2 hasil resistan, dan 2 hasil undetermined. Metode targeted drug sequencing dapat dilakukan dari sampel hasil dekontaminasi sputum dan isolat. Keberhasilan banyak didapatkan dari hasil kultur dibandingkan dekontaminasi sputum. Pemeriksaan dengan targeted drug sequencing memberikan hasil yang sesuai dengan hasil DST MGIT dan GeneXpert untuk deteksi gen resisten Rifampisin (rpoB) dan Isoniazid (inhA dan katG).

---

Tuberculosis (TBC) is still the main cause of death due to infectious diseases. Rifampicin and isoniazid are the most effective first-line drugs against Mycobacterium tuberculosis infection. Precise, accurate and comprehensive detection of OAT resistance, as well as sample selection are needed to confirm the patient's diagnosis of tuberculosis. This study aims to compare the results of targeted drug sequencing from sputum decontamination results with Mycobacterium tuberculosis isolates and determine the suitability of MGIT phenotypic and GeneXpert genotypic DST in detecting rifampicin and isoniazid resistance. The samples for this study were sputum samples that had positive GeneXpert results and culture isolates with DST MGIT results. The results of direct sputum decontamination and positive culture from the same sample were subjected to targeted drug sequencing with Oxford Nanopore technology using a MinION Mk1B flowcell. The results showed that for the rpoB gene target, the majority of culture isolates from 5 of the 6 culture isolate samples gave rpoB resistance gene results and 1 was undetermined. In the majority of sputum decontamination, 5 out of 6 samples also gave resistance to rpoB and 1 sputum decontamination was undetermined. Isoniazid drug resistance results were obtained for the inhA gene target, 5 of the 6 culture isolates gave sensitive results for inhA and 1 isolate was undetermined. Meanwhile, in sputum decontamination, 4 of the 6 samples gave sensitive results for inhA and 2 were undetermined. Then, for the katG gene target, 3 of the 6 culture isolates gave sensitive results, 2 isolates were resistant, and 1 was undetermined. Meanwhile, sputum decontamination gave 2 sensitive results, 2 resistant results, and 2 undetermined results. The targeted drug sequencing method can be carried out from samples resulting from decontamination of sputum and isolates. Much success comes from culture results rather than sputum decontamination. Examination with targeted drug sequencing provided results that were in accordance with the results of DST MGIT and GeneXpert for the detection of Rifampicin (rpoB) and Isoniazid (inhA, and katG) resistance genes."

"Tuberkulosis sejak lama merupakan salah satu penyebab utama kematian manusia karena penyakit infeksi, terutama didaerah yang dilanda kemiskinan dan malnutrisi. Penyakit ini menyerang banyak organ pada tubuh manusia terutamanya adalah paru-paru. Peningkatan jumlah kasus tuberkulosis dipengaruhi oleh infeksi HIV dan resistensi terhadap berbagai macam kombinasi obat. Di Indonesia, infeksi M. tuberculosis oleh strain Beijing diyakini memiliki penyebaran yang paling luas dibandingkan dengan strain lainnya. BCG merupakan vaksin tunggal yang digunakan untuk pencegahan tuberkulosis, namun daya proteksi dan efikasinya berbeda-beda. Protein Mce1A merupakan protein yang diduga berperan penting pada hal invasi dan pertahanan M. tuberculosis didalam makrofag. Beberapa studi telah melakukan penelitian ini, namun di Indonesia belum pernah dilakukan penelitian mengenai ekspresi protein Mce1A Mycobacterium tuberculosis strain Beijing sebagai isolat lokal. Oleh karena itu, pada penelitian ini akan dilakukan pengklonaan dan ekspresi protein Mce1A Mycobacterium tuberculosis strain Beijing lokal dan strain standar H37Rv sebagai pembanding. Gen Mce1A M. tuberculosis strain Beijing dan H37Rv diamplifikasi dengan teknik PCR dan diinsersikan kedalam vektor pET28a. Escherichia coli BL21 kemudian ditransformasi dengan plasmid rekombinan tersebut. Protein Mce1A rekombinan diekspresikan dengan induksi IPTG. E. coli BL21 berhasil ditransformasi dengan plasmid rekombinan yang mengandung sisipan gen Mce1A dengan arah orientasi dan kerangka baca yang benar. Tidak ada mutasi yang ditemukan pada asam amino yang menjadi epitope pengenalan sel B dan sel T. Hasil ekspresi protein Mce1A pada E.coli BL21 menunjukkan pita protein yang lebih tinggi dari seharusnya. Konfirmasi keberadaan protein dilakukan menggunakan teknik Western Blot dengan anti-his detector. Protein Mce1A rekombinan yang telah berhasil diekspresikan pada E.coli BL21 diduga berada dalam bentuk dimer. Hal ini dapat digunakan sebagai data awal kondisi ekspresi untuk pengembangan vaksin subunit pada penelitian berikutnya.

---

For past centuries until nowadays, tuberculosis remains the leading cause of death in the world from infectious disease wherever poverty, malnutrition and poor housing prevail. Tuberculosis is primarily a disease of the lungs, but may spread to other sites or proceed to a generalized infection. The wide spread of tuberculosis has been further aggravated by another infection disease such as HIV-AIDS and drug resistance. Many strain of Mycobacterium tuberculosis caused tuberculosis infection in Indonesia, but Beijing strain are the most. Bacille Calmette-Guerin (BCG) is the current vaccine for tuberculosis but it has different protection function and efficacy. According to function analysis, mce1A gene predicted has a role in host invasion by Mycobacterium tuberculosis and survival of the pathogen in human macrophages. Several studies abroad have done this research, but in Indonesia, study about protein expression of Mce1A gene of Mycobacterium tuberculosis Beijing strain as local isolates has not much being done. Therefore, in this study we will performed cloning and protein expression of Mce1A gene Mycobacterium tuberculosis Beijing strain as local isolate and standard strain H37Rv as a comparison on expression vector Escherichia coli BL21. Mce1A gene from M. tuberculosis Beijing and H37Rv strain was amplified by PCR and inserted in the vector pET28a. E. coli BL21 then transformed with the recombinant plasmid. Mce1A recombinant protein then expressed with IPTG induction. This study indicate that E. coli BL21 succesfully transformed with a recombinant plasmid containing the Mce1A gene insertion with correct orientation and reading frame. There is no mutation found in the amino acids sequence for B and T cell epitope. Mce1A expression in E. coli BL21 showed protein bands that higher than expected. The protein was confirmed with western blotting using anti-his detector. We assume that Mce1A recombinant protein that have been expressed in E. coli BL21 is in dimeric form. This explanation should be valuable in further studies of expression at the protein level and exposure of proteins on the cell surface of M. tuberculosis under different experimental conditions."

"Latar Belakang : Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri intraselular fakultatif penyebab Tuberkulosis (TB). Jumlah penderita 1,7 milyar orang di seluruh dunia dan terdapat penambahan 3 juta kasus baru setiap tahunnya. Prevalensi TB di Indonesia tahun 2013 sebesar 297 per 100.000 penduduk dengan kasus baru setiap tahun mencapai 460.000 kasus. Total kasus hingga 2013 mencapai sekitar 800.000-900.000 kasus. Faktor yang menghambat diagnosis TB dapat ditegakkan adalah lamanya waktu menunggu hasil kultur dan uji identifikasi penyebab TB. Menumbuhkan kuman penyebab TB berkisar 6-8 minggu. Pemeriksaan identifikasi membutuhkan waktu 3 hari sampai 1 minggu. Total waktu yang diperlukan untuk pemeriksaan kultur yaitu 7-9 minggu. Oleh karena itu dibutuhkan metode yang dapat mengidentifikasi lebih cepat dan akurat. Tujuan : Penelitian ini bertujuan mendapatkan data keberhasilan identifikasi MTB dan MOTT menggunakan alat tes berupa Kit (SD TB AgMPT64®). Mengetahui nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai prediktif positif (NPP) dan Nilai prediktif negative (NPN) dari uji imonochromatograpic (SD TB AgMPT64®). Metode : Menggunakan uji diagnostik, baku emas yang digunakan dalam penelitian ini dengan pemeriksaan PCR TB. Sampel Penelitian ATCC Mycobaterium non tuberculosis ( MOTT ), isolate Mycobacterium tuberculosis H37RV dan isolat Mycobacterium tuberculosis yang merupakan bahan biologi tersimpan milik Departemen Mikrobiologi FKUI. Hasil : Dengan sampel 46 isolat, nilai sensitivitas dan spesifisitas ICT TB Ag MPT64 yang diperoleh 100%(IK95%: 90,4%-100%) dan 100%,(IK95%: 66,2%-100%) NPP 100% (IK95%: 90,4%-100%). NPN 100%,(IK95%: 66,2%-100%) pemeriksaan niacin dan PNB nilai sensitivitasnya 100%(IK95%: 90,4%-100%), spesifisitas 88,8%(IK95%: 51,7%-98,1%). dan NPP 97,3% (IK 95%: 86,1%-99,6%), NPN 100% (IK95%: 62,9%-100%). Kesimpulan : Analisis hasil penelitian ini menunjukkan uji identifikasi ICT TB AgMPT64 memiliki nilai sensitivitas yang sama dengan uji Niasin paper strip, uji PNB LJ dan nilai spesifisitas yang lebih tinggi.

---

Background: Mycobacterium tuberculosis is a facultative intracellular bacterium causes tuberculosis (TB).The number of patients 1.7 billion people around the world and there is an addition of 3 million new cases each year. The prevalence of TB in Indonesia besad on surveillance in 2013 was to 297 per 100,000 population with new cases every year reach in 460,000 cases. Thus, the total number of cases to 2013 reached approximately 800000-900000 cases. One of the efforts to control the spread of infection is to diagnose TB quickly and accurately so it can be reach all levels of society. There are several factors that hamper the diagnosis of TB one of them is the time of culture and species identification. The identification Mycobacterium is important to determine the approproate treatment. Growing the bacteria that causes TB ranges from 6-8 weeks. Identification takes 3 days to 1 week. So the total time required for culture is 7-9 weeks. Therefore, it needs a method that can do identification more quickly and accurately.

Objective: Knowing the value of the sensitivity, specificity, positive predictive value (NPP) and negative predictive value (NPN) of an imonochromatograpic (SD TB AgMPT64®) test with the gold standard TB PCR.

Methods: This study used a diagnostic test, the gold standard used in this study was TB PCR. Sample Research ATCC mycobaterium non tuberculosis (MOTT) and isolates of Mycobacterium tuberculosis H37Rv stock, M.tuberculosis isolate which is stored biological materials belong to Department of Microbiology, Faculty of Medicine.

Results: the sensitivity and specificity of ICT TB Ag MPT64 were 100%(CI95%: 90,4%-100%) dan 100%,(CI95%: 66,2%-100%) NPP 100%(CI95%: 90,4%-100%). NPN 100%,(CI95%: 66,2%-100%) sensitivity of niacin paper strip dan PNB LJ were 100%(CI95%: 90,4%-100%), spesificity 88,8%(IK95%: 51,7%-98,1%). and NPP 97,3% (IK 95%: 86,1%-99,5%), NPN 100% (IK95%: 62,9%-100%).

Conclusion: Analysis of the results of this study indicate the identification of ICT TB test AgMPT64 have the same sensitivity as niacin paper strip test, PNB LJ and had higher specificity values."

"Kasus chronic pulmonary aspergillosis (CPA) di Indonesia memiliki prevalensi ±83.000 penderita dengan penambahan kasus baru sebanyak 17.561 pasien dengan riwayat tuberkulosis paru-paru setiap tahunnya, disebabkan oleh kapang Aspergillus spp. Gen calmodulin (CaM) merupakan markah genetik Aspergillus yang memiliki spesifikasi sekuens tinggi untuk membedakan tiap spesies Aspergillus, namun studi mengenai profil sekuensnya pada isolat penderita CPA pasca tuberkulosis di Indonesia belum ditemukan laporannya. Penelitian ini menggunakan gen CaM untuk dianalisis sekuens DNA-nya sekaligus mengidentifikasi dan memantau spesies Aspergillus dari 31 isolat spesimen klinis pasien CPA beriwayat tuberkulosis paru-paru dari 6 rumah sakit umum di Jakarta. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan metode PCI lalu gen CaM diamplifikasi dengan primer Cmd5 dan Cmd6, selanjutnya dilakukan sekuensing DNA. Hasil menunjukkan sekuens gen CaM Aspergillus spp. memiliki wilayah lestari dan polimorfik khas antar spesies intraseksi maupun interseksi (Nigri, Fumigati, dan Flavi). Hasil identifikasi molekuler menunjukkan spesies terdiri dari A. niger (n = 3), A. fumigatus (n = 17), A. flavus (n = 4), A. tubingensis (n = 2), A. welwitschiae (n = 2), A. tamarii (n = 2), dan A. brunneoviolaceus (n = 1). Spesies A. welwitschiae dan A. tamarii dikonfirmasi menjadi salah satu spesies kriptik penyebab CPA pada pasien beriwayat tuberkulosis paru-paru di Jakarta, Indonesia.

---

The number of chronic pulmonary aspergillosis (CPA) cases in Indonesia reached a prevalence number ±83.000 patients with increasing rate of 17.561 patients with lung tuberculosis medical history each year, caused by Aspergillus fungi. Calmodulin (CaM) gene is a biomarker for Aspergillus which has high sequence specifity to distinguish among species within the group, however a report to characterize its sequence profile on post-tuberculosis CPA isolates in Indonesia has not yet been found. The aims of this research are to conduct sequence analysis on Aspergillus CaM genes, also to identify and monitor the species from 31 isolates of post-tuberculosis CPA patient’s clinical specimens obtained from 6 public hospital in Jakarta. The results showed that CaM gene from Aspergillus spp. have unique conserved and polymorphic regions both intra/intersectionally (among Nigri, Fumigati, and Flavi) within the genus. The molecular identification results revealed a species consisiting A. niger (n = 3), A. fumigatus (n = 17), A. flavus (n = 4), A. tubingensis (n = 2), A. welwitschiae (n = 2), A. tamarii (n = 2), and A. brunneoviolaceus (n = 1). A. welwitschiae and A. tamarii are confirmed to be one of cryptic species responsible for causing human post-tuberculosis CPA in Jakarta, Indonesia.

"

"Insiden tuberkulosis (TB) di Indonesia merupakan salah satu yang tertinggi di dunia. Penegakan diagnosis secara tepat merupakan salah satu upaya untuk mengendalikan TB. Modalitas uji diagnostik laboratorium TB yang tersedia yaitu pemeriksaan mikroskopis Basil Tahan Asam (BTA) dan pemeriksaan biakan memiliki beberapa keterbatasan. Secara global, terjadi peningkatan dalam penggunaan Tes Cepat Molekuler (TCM) sebagai uji diagnostik laboratorium TB. Salah satu TCM yang telah direkomendasikan oleh World Health Organization (WHO) yaitu loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengevaluasi metode LAMP, sehingga metode tersebut dapat diterapkan secara rutin di Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK-FKUI) terhadap 100 orang pasien terduga TB paru. Setiap pasien menyerahkan dua sputum langsung, yaitu sputum sewaktu dan sputum pagi/sewaktu. Terhadap setiap sputum langsung kemudian dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA. Dua sediaan sputum langsung dari setiap pasien kemudian digabung untuk menghasilkan mixed sputum. Terhadap setiap mixed sputum dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA, biakan Lowenstein-Jensen (LJ) dan pemeriksaan TB-LAMP. Biakan yang tumbuh diidentifikasi menggunakan tes MPT64. Hasil penelitian menunjukkan nilai kapa (κ) pemeriksaan mikroskopis BTA antara sputum langsung dan mixed sputum sebesar 0,88; p < 0,001 (95% CI 0,78-0,97). Persentase hasil LAMP (+) pada sputum langsung dengan hasil BTA (-) sebesar 28,07%, sedangkan persentase hasil LAMP (+) pada mixed sputum dengan hasil BTA (-) sebesar 32,78%. Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas sebesar 100% (95% CI 89,56-100%) dan spesifisitas sebesar 69,64% (95% CI 55,74-80,84%). Nilai duga positif TB-LAMP sebesar 71,19% (95% CI 57,73-81,86%), sedangkan nilai duga negatif TB-LAMP sebesar 100% (95% CI 88,83-100%). Pada hasil mikroskopis BTA yang sesuai (concordant) dengan biakan TB, nilai sensitivitas dan spesifisitas TB-LAMP berturut-turut sebesar 100% (95% CI 89,09-100%) dan 73,58% (95% CI 59,42-84,32). Adapun nilai sensitivitas TB-LAMP pada hasil mikroskopis BTA yang tidak sesuai (discordant) dengan biakan TB, yaitu sebesar 100% (95% CI 19,79-100%). Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas dan nilai duga negatif yang tinggi. Untuk menegakkan diagnosis TB paru secara tepat, metode TB-LAMP harus dikombinasikan dengan gejala dan tanda yang terdapat pada pasien.

---

The incidence of tuberculosis (TB) in Indonesia is one of the highest in the world. Appropriate diagnosis is an effort to control TB. Existing TB laboratory diagnostic test modalities, which are Acid-Fast Bacilli (AFB) smear and culture examination have several limitations. Globally, there has been an increase in the use of the molecular rapid test as a TB laboratory diagnostic test. One of the molecular rapid tests recommended by the World Health Organization (WHO) is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Therefore, research is needed to evaluate the LAMP method, so that the method can be applied routinely in Indonesia. The study was conducted at the Clinical Microbiology Laboratory of the Faculty of Medicine, Universitas Indonesia for 100 patients suspected of pulmonary TB. Each patient handed over two direct sputums, which are the spot sputum and morning/spot sputum. Against each direct sputum, an AFB smear was carried out. Two direct sputum preparations from each patient were then combined to produce mixed sputum. For each mixed sputum, AFB smear, Lowenstein-Jensen (LJ) culture and TB-LAMP examination were carried out. Cultures that were grown were identified using MPT64 tests. The results of the study showed that the kappa (κ) value of AFB smear between direct sputum and mixed sputum was 0.88; p < 0.001 (95% CI 0.78-0.97). The percentage of LAMP (+) in direct sputum with AFB (-) was 28.07%, while the percentage of LAMP (+) in mixed sputum with AFB (-) was 32.78%. The TB-LAMP method had a sensitivity value of 100% (95% CI 89.56-100%) and a specificity of 69.64% (95% CI 55.74-80.84%). Positive predictive value of TB-LAMP was 71.19% (95% CI 57.73-81.86%), while the negative predictive value of TB-LAMP was 100% (95% CI 88.83-100%). In concordant AFB smear results with TB culture, the TB-LAMP sensitivity and specificity values were 100% (95% CI 89.09-100%) and 73.58% (95% CI 59.42-84,32), respectively. The sensitivity value of TB-LAMP on AFB smear results which were discordant with TB culture was 100% (95% CI 19.79-100%). The TB-LAMP method had a high sensitivity value and negative predictive value. To properly diagnose pulmonary TB, the TB-LAMP method must be combined with the symptoms and signs that the patient has."