Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) berbasis SYBR Green, merupakan metode alternatif yang dapat digunakan untuk pendeteksian SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), selain berbasis TaqMan. Pada penelitian ini, primer yang dirancang menargetkan gen RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) berdasarkan sekuens SARS-CoV-2 di Indonesia. Efisiensi dari metode yang dilakukan diketahui sebesar 97,82% dan limit of detection-nya adalah sampel dengan CT (cycle threshold) sebesar 41,25. Pada hasil uji spesifisitas, dua puluh sampel RNA positif SARS-CoV-2 terdeteksi positif dan delapan dari sepuluh sampel RNA negatif SARS-CoV-2 terdeteksi negatif. Dua sampel negatif yang terdeteksi positif karena terdeteksinya primer-dimer. Metode memenuhi kriteria presisi dengan hasil koefisien variasi pada intra-assay kurang dari 10% dan pada inter-assay kurang dari 15%. Sebagai langkah awal pengembangan deteksi kuantitatif, pada penelitian ini juga dilakukan percobaan penumbuhan transforman menggunakan sel kompeten One Shot® TOP10 dan One Shot® BL21(DE3) dengan plasmid kontrol DNA (deoxyribonucleic acid) pUC19 sebagai pemastian efisiensi sel kompeten yang dapat digunakan untuk penumbuhan kloning transforman gen RdRP SARS-CoV-2. Jumlah koloni bakteri yang berhasil tumbuh dari dua jenis sel kompeten tersebut tidak sesuai dengan ekspektasi panduan dari produsen. Selain itu, pada penelitian ini telah berhasil didapatkan fragmen gen target RdRP untuk kloning dengan PCR konvensional.

---

SYBR Green-based RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) is an alternative method to detect SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), besides the TaqMan-based. In this study, the primers were designed to target the RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) gene based on a SARS-CoV-2 sequence in Indonesia. The method's efficiency is known to be 97,82% and the limit of detection is a sample with a CT (cycle threshold) of 41,25. At the specificity test results, all twenty positive RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as positive. Eight from ten negative RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as negative, the remaining detected primer-dimer. The method meets the criteria of precision with the results of the coefficient of variation was less than 10% and 15% for intra-assay and inter-assay, respectively. As an initial step in developing quantitative detection, in this study, the efficiency of One Shot® TOP10 and One Shot® BL21(DE3) competent cells were confirmed using a DNA (deoxyribonucleic acid) control plasmid pUC19. Both types of competent cells do not meet the expectation based on the manufacturer. In addition, for cloning, the RdRP gene target fragment was successfully obtained by conventional PCR."

"Virus SARS-CoV-2 atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 adalah virus yang telah menyebabkan penyakit COVID-19. Sampai saat ini tindakan untuk kasus COVID-19 masih dilakukan dengan diagnosis cepat secara kualitatif untuk menilai adanya virus SARS-CoV-2 pada pasien yang ditujukan untuk mencegah penyebaran penyakit tersebut, sehingga dibutuhkan perkembangan diagnosis secara kuantitatif untuk mengetahui jumlah virus SARS-CoV-2 yang dapat bermanfaat untuk menilai respons terapi pada pasien COVID-19 maupun untuk studi penemuan obat antivirus SARS-CoV-2. Pada penelitian ini dikembangkan metode kuantifikasi virus SARS-CoV-2 dengan menggunakan in vitro transcribed RNA SARS-CoV-2 dengan target gen N menggunakan primer N158 yang diketahui dapat mendeteksi varian alpha, beta, delta dan omicron sekuens isolat Indonesia. Metode yang dilakukan yaitu plasmid p-Bluescript yang mengandung gen N158 ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21(DE3), kemudian sel transforman diperbanyak di dalam media pertumbuhan dan dipurifikasi untuk diambil plasmid yang mengandung gen N. Plasmid kemudian dilinearisasi, ditranskripsi dan dipurifikasi untuk memperoleh RNA standar. RNA standar yang diperoleh kemudian dihitung konsentrasinya menggunakan Spektrofotometer UV-Vis NanoDrop untuk memperoleh nilai copy number/μL dan dilakukan pengenceran serta one-step RT-qPCR untuk memperoleh nilai Ct pada tiap konsentrasi pengenceran. Nilai-nilai tersebut kemudian digunakan untuk membuat kurva standar nilai Ct vs log copy number. Kurva standar RNA diperoleh dengan persamaan y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) dan efisiensi PCR sebesar 101,2%. Kurva standar RNA yang dibuat telah memenuhi syarat akseptabilitas kurva standar PCR

---

SARS-CoV-2 or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 is a virus that causing COVID-19 disease. Until now, the action for COVID-19 cases are being carried by qualitative rapid diagnosis to assess the presence of SARS-CoV-2 virus in patients that lead to prevent the spread of COVID-19 disease, therefore the development of diagnosis is needed to determine the viral load of SARS-CoV-2 which can be useful for assessing response of therapy in COVID-19 patients and for drug screening of antiviral for SARS-CoV-2 studies. This study developed a quantification method for SARS-CoV-2 virus using in vitro transcribed SARS-CoV-2 RNA targeting N gene with N158 primer that known can detect alpha, beta, delta and omicron varian from sequences of Indonesian isolates. The method using pBluescript plasmid that contain N158 gene is transformed to E. coli BL21(DE3) cells, then transformans cell is amplified in growth medium and purified to get the plasmid containing N gene, the plasmid then linearized, transcribed and purified to get standard RNA. Using a Spectrophotometer UV-Vis NanoDrop, the concentration of standard RNA is obtained and the copy number/ μL can be calculated. The RNA standard is diluted and quantified by one-step RT-qPCR to know the Ct value at different concentrations. Ct value vs log copy number standard curve is constructed and the equation of RNA standard curve y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) is obtained with percentage of PCR efficiency 101,2%. Thus, the RNA standard curve is qualified PCR standard curve."

"Pada bulan Desember, 2019, serangkaian kasus pneumonia dengan penyebab yang tidak diketahui muncul di China. Analisis data menunjukkan adanya coronavirus baru, yang diberi nama SARS-CoV-2. Beradasarkan WHO dan CDC pemeriksaan yang digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah metode molekular RT-PCR, salah satu kit yang digunakan adalah BioCoV-19 RT-PCR. Penelitian ini bertujuan membandingkan uji RT-PCR kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC sebagai standar dalam mendeteksi SARS-CoV-2, serta melakukan uji deteksi minimal untuk mengetahui sensitivitas analitik dari kit BioCoV-19 RT-PCR, menguji reaksi silang terhadap mikroba saluran nafas lain, dan menilai secara deskriptif karakteristik subjek penelitian. Perbandingan uji kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC mendapatkan nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif (NDP) dan nilai duga negative (NDN). Hasil pada penelitian ini menunjukkan bahwa sensitivitas dan spesifisitas BioCoV-19 RT-PCR Kit secara umum adalah 97,50% dan 100%, dengan Nilai Duga Positif (NDP) 100% dan Nilai Duga Negatif (NDN) 96,49%. Hasil uji minimal deteksi untuk primer-probe N1N2 CDC dan BioCoV-19 RT-PCR Kit setelah dilakukan dilusi bertingat sebanyak enam kali pengenceran yakni 3,5 kopi/reaksi (rerata nilai Ct 35,21). Uji reaksi silang tidak terdeteksi adanya reaksi silang dari 12 bakteri, tujuh virus dan tiga jamur. Karakteristik subjek penelitian lebih banyak pada laki-laki sebanyak (61,5%), untuk usia lebih banyak pada usia berkisar 20-40 tahun (56,29%), gejala klinis pasien saat datang lebih banyak gejala ringan.

---

In December, 2019, a series of pneumonia cases of unknown cause appeared in China. Analysis of the data indicated the presence of a new coronavirus, which was named SARS-CoV-2. Based on WHO and the CDC, the tests used to detect SARS-CoV-2 are the molecular RT-PCR method, one of the kits used is BioCoV-19 RT-PCR. This study aims to compare the RT-PCR test of the BioCoV-19 RT-PCR kit with the CDC's N1N2 as a standard in detecting SARS-CoV-2, as well as to conduct a minimal detection test to determine the analytical sensitivity of the BioCoV-19 RT-PCR kit, to test cross reactions against other respiratory tract microbes, and descriptively assessed the characteristics of the research subjects. Comparison of the BioCoV-19 RT-PCR test kit with N1N2 CDC obtained sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV). The results of this study showed that the sensitivity and specificity of the BioCoV-19 RT-PCR Kit in general were 97.50% and 100%, with a positive predictive value (PPV) of 100% and a negative predictive value (NPV) of 96.49%. The minimum test results for detection of the N1N2 CDC primer-probe and the BioCoV-19 RT-PCR Kit were carried out after six dilutions of 3.5 copies/reaction (mean Ct value 35.21). The cross-reaction test did not detect any positives of 12 bacteria, seven viruses and three fungi. The characteristics of the study subjects were more male (61.5%), for ages ranging from 20-40 years (56.29%), the clinical symptoms of the patients when they arrived were more mild symptoms."

"Pandemi virus SARS-CoV-2 yang terjadi telah membuat kebutuhan untuk pemeriksaan massal deteksi virus menjadi meningkat. Saat ini pemeriksaan gold standard untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 adalah dengan metode reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) yang berbiaya mahal. Oleh karena itu dibutuhkan metode pemeriksaan alternatif yang lebih murah, cepat, dan mudah digunakan sebagai sistem deteksi virus. Metode Loop Mediated Isothermal Amplification LAMP) dapat melakukan reaksi amplifikasi nukleotida pada suhu isothermaltanpa perlu mesin thermal cycler dan dapat diamati langsung dengan penambahan zat pewarna. Metode deteksi virus berbasis LAMP yang dikembangkan menggunakan desain primer yang menarget gen S dan ORF1ab ditambah pewarna Calcein-Mangan dan senyawa tambahan Guanidine Hydrochloride (GuHCl). Sistem deteksi dilakukan optimasi konsentrasi komponen reaksi, suhu dan template yang menggunakan plasmid DNA kontrol. Optimasi didapatkan dengan konsentrasi reaksi FIP/BIP 0,4 µM, F3/B3 0,2 µM, Loop F/P 0,4 µM, Calcein-Mangan 12 µM, dan GuHCl 40 mM. Sistem LAMP yang dikembangkan dapat mendeteksi sekuens gen target pada DNA kontrol hingga 1 copy number dalam waktu sekitar 1 jam pada inkubasi suhu 55 ºC. Meski begitu, sistem LAMP yang dikembangkan belum mapu mengamplifikasi RNA virus SARS-CoV-2 hasil ekstraksi sampel swab pasien. Hal ini disebabkan oleh enzim Bst 3.0 yang dipakai dalam sistem LAMP tidak memiliki kemampuan reverse transcriptase yang diharapkan.

---

The SARS-CoV-2 virus pandemic has made the need for mass screening of virus detection increased. Currently, the gold standard  test to detect SARS-CoV-2 virus is reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method that costly. Therefore, an alternative method that is cheaper, faster, and easier to use as a virus detection system is needed. The Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method can perform nucleotide amplification reactions at isothermal temperatures  without the need of thermal cycler  machine and can be observed directly with the addition of coloring agents. The LAMP-based virus detection method development use primers design targeting the S and ORF1ab genes with Calcein-Manganese dyes and the additive compound Guanidine Hydrochloride (GuHCl). The detection system performed optimization of the concentration of reaction components, temperature and template using plasmid DNA control. Optimization was obtained with reaction concentration of FIP/BIP 0.4 μM, F3/B3 0.2 μM, Loop F/P 0.4 μM, Calcein-Manganese 12 μM, and GuHCl 40 mM. The developed LAMP system can detect target gene sequences in control DNA up to  1 copy number in about 1 hour at 55 ºC incubation temperature. Even so, the LAMP system developed still unable to amplify the RNA of the SARS-CoV-2 virus from the extraction of patient swab samples. This issue occurred due to the Bst 3.0 enzyme that used in the reaction did not have reverse transcriptase activity as expected."

"Latar Belakang. Penyakit COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 dengan cepat menyebar dan menjadi Pandemi serta menimbukan kerugian yang sangat besar pada masyarakat di seluruh dunia. Deteksi virus yang cepat dan akurat memegang peranan penting untuk mengendalikan penyebaran di masyarakat dan membantu pasien untuk menghindari perkembangan penyakit lebih lanjut. Saat ini real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) merupakan reference standard diagnostic test dalam mendeteksi SARS-CoV-2 di seluruh dunia. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) merupakan metode amplifikasi asam nukleat isotermal yang memiliki sensitivitas dan spesifisitas tinggi dan waktu pengerjaan yang jauh lebih cepat dibandingkan real-time RT-PCR. Tujuan. Penelitian bertujuan untukiDetectTM SARS-CoV-2 Detection KitSARS-CoV-2.Metode. Penelitian ini merupakan uji kesesuaian dengan studi potong lintang dan menggunakan metode pengumpulan sampel secara consecutive sampling. Subjek penelitian yaitu spesimen swab nasofaring dan orofaring dalam VTM (N=80) yang dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit menggunakan uji kesesuaian Kappa aplikasi SPSS versi 25.Hasil. Dari 72 sampel valid yang diperiksa dengan real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit dan real-time RT-PCR, 24 sampel terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR dan hanya tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP. Tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP termasuk ke dalam sampel - sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR. Secara statistik, uji reliabilitas / uji kesesuaian dari penelitian kedua alat diagnostik ini menunjukkan nilai Kappa yang sangat rendah, yaitu 0,16. Uji kesesuaian Kappa kedua alat ini menunjukkan bahwa hasil pemeriksaan alat real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dalam mendeteksi SARS-CoV-2. Kesimpulan. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dan tidak dapat digunakan sebagai alat diagnostik dalam mendeteksi SARS-CoV-2.

---

Introduction. COVID-19 caused by SARS-CoV-2 quickly spread and became Global Pandemic and caused enormous losses to people around the world. Rapid and accurate virus detection plays an important role in controlling spread in the community and helping patients to avoid further disease progression. Currently, real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) is determined as the reference standard diagnostic test for detecting SARS-CoV-2 worldwide. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) is an isothermal nucleic acid amplification method that has high sensitivity and specificity and provide faster result than real-time RT-PCR. Aim. The research aims to compare real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Method. This research is a comparison test with a cross-sectional study and uses a consecutive sampling method to collect samples. The research subjects were nasopharyngeal and oropharynx swab specimens in VTM (N=80) which were analyzed at the Clinical Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. The data obtained from the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR test results were analyzed using Kappa test SPSS version 25.

Results. Of the 72 valid samples examined by the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR, 24 samples were detected positive by real- time RT-PCR and only three samples were detected positive by real-time RT-LAMP. Three samples that were detected positive by the real-time RT-LAMP were included in the samples that were detected positive by the real-time RT-PCR. Statistically, the comparison test of the research of these two diagnostic tools showed a very low Kappa value, which was 0.16. The Kappa suitability test of these two tools showed that the real- time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit were not compatible with the real- time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Summary. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit is not compatible with real-time RT-PCR and cannot be used as a diagnostic tool in detecting SARS-CoV-2."

"Latar Belakang : COVID- 19 disebabkan SARS-COV-2. WHO menerbitkan protokol pemeriksaan laboratorium untuk deteksi virus menggunakan metode real time RT-PCR dari spesimen swab nasofaring dan orofaring. Metode ini cukup invasif. Diperlukan tehnik pemeriksaan yang relatif aman dan nyaman untuk pasien. Penelitian ini bertujuan untuk melihat efetivitas swab bukal sebagai alternatif pemeriksaan SARS-COV-2.Metode : Studi uji diagnostik ini dilaksanakan sejak tahun 2020 - 2021, mengambil spesimen swab nasofaring, swab orofaring dan swab bukal dari pasien positif COVID- 19. Dilakukan optimasi, ekstraksi RNA virus dan real time RT-PCR .Hasil Penelitian : Hasil studi mengumpulkan 68 spesimen dari pasien COVID-19. Hasil uji nasofaring, orofaring dan bukal positif adalah 24 spesimen. Hasil uji nasofaring dan orofaring positif dengan uji bukal negatif adalah 23 spesimen. Berdasarkan nilai Ct < 20 dan Ct <25, hasil kesesuaian positif dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 30 hasil kesesuaian positif 85,3 % dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 40 , hasil kesesuaian positif 51,1 % dan negatif adalah 100%. Kesimpulan : Swab bukal dapat digunakan sebagai pemeriksaan alternatif pada pemeriksaan SARS- CoV-2.

---

Background: COVID-19 caused by the SARS-COV-2 virus. WHO published protocol for the detection of the virus using the real time RT-PCR from nasopharyngeal and oropharynx swab specimens. This method is invasive. Required an examination technique that is relatively safe and comfortable. This study aims to see the effectiveness of the buccal swab as an alternative to the SARS-CoV-2 examination.

Methods: This diagnostic test study from 2020 to 2021, specimens of nasopharyngeal, oropharyngeal and buccal swabs from COVID-19. Specimens underwent an optimization, viral RNA extraction and real time RT-PCR.

Result : This study collected 68 specimens from COVID- 19 patients. The results of positive nasopharyngeal, oropharynx and buccal tests were 24 specimens. The results of a positive nasopharynx and oropharynx test with a negative buccal test were 23 specimens. Based on the values ​​of Ct < 20 and Ct < 25 , the results of positive agreement and negative are 100%. The value of Ct < 30 and Ct < 40  results in a positive agreement are 85.3% and 51,1 %. The negative  results are 100%.

Conclusion : Buccal swab can be used as an alternative test for SARS-CoV-2 examination."

"COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 dan terutama bermanifestasi sebagai penyakit saluran napas. COVID-19 telah menjadi pandemi sejak awal tahun 2020 dan menyebabkan morbiditas, mortalitas, dan dampak sosioekonomi. Salah satu metode deteksi SARS-CoV-2 adalah tes cepat swab antigen. Sensitivitas tes cepat swab antigen dilaporkan bervariasi dengan spesifisitas yang umumnya tinggi. Sensitivitas tes antigen dilaporkan meningkat pada viral load yang tinggi yaitu saat muncul gejala sampai lima hari setelahnya. Penelitian ini bertujuan untuk menilai kinerja diagnostik tes cepat swab antigen SD Biosensor terhadap RT-PCR sebagai baku emas berdasarkan awitan gejala dengan titik potong lima hari. Subjek penelitian direkrut dari bulan Juli 2020 sampai Juni 2021. Sebanyak 174 subjek mengikuti penelitian, 49 subjek dengan RT-PCR positif dan 125 subjek dengan RT-PCR negatif. Sebaran nilai cycle threshold (Ct) pada awitan gejala dini cenderung rendah dan semakin meningkat seiring waktu. Sensitivitas, spesifisitas, NDP, dan NDN tes cepat swab antigen SD Biosensor terhadap RT-PCR pada kelompok awitan gejala ≤5 hari adalah 84.6%, 98.59%, 95.65%, dan 94.59% sementara pada kelompok awitan gejala >5 hari adalah 56.52%, 100%, 100%, dan 84.38%. Berdasarkan penelitian ini, tes cepat swab antigen SD Biosensor dapat digunakan untuk diagnosis pasien COVID-19 simptomatik. Tes ini juga dapat digunakan untuk penapisan COVID-19 pada pasien simptomatik sampai hari kelima setelah munculnya gejala.

---

COVID-19 is caused by SARS-CoV-2 and mainly manifests as respiratory disease. COVID-19 has become pandemic since early 2020 and caused morbidity, mortality, and socioeconomic impact. Rapid antigen test is one of methods to detect SARS-CoV-2. Sensitivity of rapid antigen test varied between studies. Sensitivity of this test increases as viral load increases which occurs at the time symptoms appears until five days later. This study aimed to evaluate diagnostic performance of rapid antigen test SD Biosensor to RT-PCR as gold standard based on symptom onset using five days as cut-off. Subjects recruited from July 2020 until June 2021. A total of 174 subjects included in this study, 49 subjects with positive RT-PCR and 125 subjects with negative RT-PCR. Distribution of cycle threshold (Ct) value was low in early symptom onset and increased over time. Sensitivity, specificity, PPV, and NPV of rapid antigen test SD Biosensor in group with symptom onset ≤5 days were 84.6%, 98.59%, 95.65%, and 94.59% whereas in group with symptom onset >5 days were 56.52%, 100%, 100%, and 84.38%. Based on this research, rapid antigen test SD Biosensor can be used to diagnose COVID-19 in symptomatic patients. This test can also screen COVID-19 in symptomatic patients until five days after the first symptom appears."

"Penyakit Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) merupakan penyakit infeksi saluran pernafasan akut yang ditandai dengan batuk kering, sesak nafas, demam, dan Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS). Penyakit COVID-19 disebabkan oleh infeksi virus SARS-CoV-2 di saluran pernafasan manusia. Menurut Satuan Tugas COVID-19, kasus terkonfirmasi COVID-19 di Indonesia sampai tanggal 28 Juli 2021 sebanyak 3.287.727 pasien dengan penambahan kasus 47.791 pasien baru per hari. Salah satu langkah memperlambat penyebaran tersebut adalah dengan meningkatkan laju deteksi keberadaan virus SARS-CoV-2 berbasis pendeteksian asam nukleat virus SARS-CoV-2. Satuan tugas COVID-19 Indonesia telah merilis daftar kit komersial yang diizinkan beredar untuk deteksi materi genetik virus SARS-CoV-2 salah satunya adalah kit Seasun U-TOPTM COVID-19 pabrikan dari Seasun Biomaterials. Korea Selatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui baku mutu kit Seasun dalam mendeteksi virus SARS-CoV-2 di Indonesia. Pengujian baku mutu kit Seasun dilakukan dengan membandingkan nilai Cycle threshold (Ct) kit Seasun terhadap kit golden standard US CDC serta uji diagnosis kit Seasun menggunakan 20 sampel pasien positif COVID-19 dan 10 sampel pasien negatif COVID-19 berdasarkan protokol Pemantapan Mutu Eksternal (PME) Laboratorium COVID-19 Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. Hasil analisis nilai Ct menunjukkan bahwa nilai Ct gen HRP dan gen N dari kit Seasun tidak berbeda signifikan dengan gen N1, gen N2, dan gen HRP dari golden standard US CDC berdasarkan uji ANOVA satu arah (p > 0,05; CI = 95%). Uji diagnosis menunjukkan kit Seasun terdapat hasil negatif palsu pada sampel N00212. Kit Seasun memiliki tingkat sensitivitas analitik sebesar 95% dan spesifisitas analitik sebesar 100%. Kit Seasun memiliki nilai baku mutu berada pada rentang nilai yang disetujui dan direkomendasikan oleh WHO serta dapat digunakan untuk kit deteksi SARS-CoV-2 di Indonesia

---

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) is an acute respiratory infectious disease characterized by dry cough, shortness of breath, fever, and Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS). COVID-19 is caused by infection with the SARS-CoV-2 in the human respiratory tract. There were 3.287.727 confirmed cases of COVID-19 in Indonesia on July 28, 2021, with 47.791 new cases per day. The steps to slow the spread is to increase the detection rate of SARS-CoV-2 based on detection of the nucleic acid of the SARS-CoV-2. The Indonesian COVID-19 task force (Satgas COVID-19) has released a list of commercial kits allowed to detect genetic material for the SARS-CoV-2, one of them is the Seasun U-TOPTM COVID-19 kit. This study aims to determine the quality standard of the Seasun kit in detecting SARS-CoV-2 in Indonesia. The Seasun kit quality standard test was carried out by comparing the Cycle threshold (Ct) value of Seasun kit against the United States CDC golden standard kit and the Seasun kit diagnostic test using 20 samples of positive and 10 samples of negative COVID-19 patients based on the External Quality Assurance COVID-19 Laboratory protocol of the Ministry of Health of Republic of Indonesia. The results showed that the Ct values ​​of the HRP gene and the N gene from the Seasun kit were not significantly different from the N1 gene, N2 gene, and the HRP gene from the CDC golden standard based on ANOVA one-way (p > 0,05; CI = 95%). The diagnostic test showed that the Seasun kit had false-negative results in sample N00212 so that the Seasun kit had analytical sensitivity of 95% and analytical specificity of 100%. Seasun kit ​​approved and recommended by WHO to become a SARS-CoV-2 detection kit in Indonesia."

"SARS-CoV-2 sebagai virus penyebab COVID-19 yang berikatan dengan reseptor ACE-2 untuk masuk ke dalam sel inang melalui protein spike-1. Protein spike-1 dapat menjadi target pencegahan COVID-19 melalui pengembangan vaksin. Vaksin berbasis DNA merupakan kandidat vaksin yang menjanjikan untuk dikembangkan. Spesimen naso-oro faring pasien COVID-19 yang telah dikonfirmasi dengan RT-PCR, diekstraksi dan diamplifikasi dengan menggunakan primer kloning terhadap plasmid pUMVC4a. Hasil sekuensing dianalisis dengan SeqScape 3.0 dan MEGA 11. Analisis epitop sel B dilakukan dengan berbagai piranti lunak berbasis web. Konstruksi DNA vaksin dilakukan melalui analisis in silico menggunakan SnapGene 6.0 serta in vitro melalui teknik DNA Rekombinan. Gen spike-1 teramplifikasi dengan ukuran 2.265 bp, namun ligasi ke pUMVC4a dan transformasi ke E.coli strain DH5α belum berhasil. Berdasarkan analisis, seluruh sekuen memiliki mutasi D614G dengan isolat A dan B memiliki PNI yang dekat dengan varian Wuhan wt sementara 5 isolat (C-G) termasuk dalam varian Omicron. Berdasarkan sifat antigenisitas, toksisitas, alergenisitas, topologi dan hidrofobisitas, empat belas sekuen asam amino (pada posisi 68-678 protein S-1) diajukan sebagai epitop terpilih. Terdapat 14 sekuens asam amino pada protein spike-1 SARS-CoV-2 yang dapat diajukan sebagai domain epitop sel B dalam pengembangan vaksin COVID-19 berbasis DNA.

---

SARS-CoV-2 as the virus that causes COVID-19 binds to the ACE-2 receptor to enter host cells via the spike-1 protein. Spike-1 protein can be a target for preventing COVID-19 through vaccine development. DNA-based vaccines are promising vaccine candidates to be developed. Naso-oropharyngeal specimens of COVID-19 patients confirmed by RT-PCR were extracted and amplified using clone primers against the plasmid pUMVC4a. The sequencing results were analyzed with SeqScape 3.0 and MEGA 11. B cell epitope analysis was performed with various web-based software. Vaccine DNA construction was carried out through in silico analysis using SnapGene 6.0 and in vitro using Recombinant DNA techniques. The spike-1 gene was amplified with a size of 2,265 bp, but ligation to pUMVC4a and transformation to E.coli strain DH5α were not successful. Based on the analysis, all sequences have the D614G mutation with isolate A and B having a PNI that is close to the Wuhan wt variant while 5 isolates (C-G) belong to the Omicron variant. Based on antigenicity, toxicity, allergenicity, topology and hydrophobicity, fourteen amino acid sequences (at positions 68 - 678 of protein S-1) were proposed as selected epitopes. There are 14 amino acid sequences in the SARS-CoV-2 spike-1 protein that can be proposed as B cell epitope domains in the development of a DNA-based COVID-19 vaccine."