Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penisilin dari kelompok antibiotik β-laktam dianggap mampu menjadi produk antibiotik superior di pasaran global. Akibat fenomena resistensi antibiotik turunan pertama, enzim penisilin G Asilase (PGA) berperan penting pada industri antibiotik semisintetik β-laktam seperti amoksisilin. Enzim PGA dari Achromobacter xylosoxidans yang diekspresikan menggunakan teknologi DNA rekombinan pada sel inang ekspresi E. coli BL21 (DE3) dan E. coli Arctic Express (DE3) menghasilkan badan inklusi yang bersifat insoluble. Optimasi ekspresi enzim PGA dilakukan dengan parameter konsentrasi penginduksi isopropil-β-D-galaktopiranosida (IPTG) dan suplementasi media dengan CaCl2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui parameter optimal berupa variasi konsentrasi IPTG dan penambahan CaCl2 pada ekspresi gen penyandi Penisilin G Asilase (PGA) yang berasal dari A. xylosoxidans pada sel kompeten E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) serta mengamati ekspresi gen penyandi enzim PGA secara intraseluler dan ekstraseluler. Ekspresi gen dilakukan secara lambat dengan perlakuan suhu rendah, yaitu 20°C untuk E. coli BL21 (DE3) dan 10°C untuk E. coli Arctic Express (DE3), selama 16 jam menggunakan media Luria Bertani (LB). Produk enzim AxPGA dianalisis secara kualitatif menggunakan elektroforesis SDS-PAGE dan secara kuantitatif menggunakan uji Bradford dan uji aktivitas hidrolisis. Sel inang ekspresi E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) mengekspresikan enzim AxPGA periplasmik dengan aktivitas 6,3 ± 0,76 U/mL dan 4,7 ± 0,05 U/mL berturut-turut, sedangkan sitoplasmik dengan aktivitas 7,3 ± 0,2 U/mL dan 4,5 ± 0,11 U/mL berturut-turut. Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim AxPGA berhasil diekspresikan pada E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) dengan induksi IPTG 0,5 mM dan penambahan CaCl2 10 mM secara optimal.

---

Penicillin from the β-lactam antibiotic group is capable to become a superior antibiotic product in the global market. As a result of the first-generation antibiotic resistance phenomenon, the penicillin G Acylase (PGA) enzyme plays an important role in the β-lactam semisynthetic antibiotic industry such as amoxicillin. The PGA enzymes from Achromobacter xylosoxidans which is expressed using recombinant DNA technology using E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) host cell expressions produce insoluble inclusion bodies Optimization of PGA enzyme expression was carried out with isopropyl-β-D-galactopyranoside (IPTG) induction and CaCl2 media supplementation parameter. This study aims to determine the optimal parameters of IPTG concentrations and CaCl2 supplementation on the expression of the penicillin G acylase (PGA) encoding gene from A. xylosoxidans in E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) and to observe intracellular and extracellular expressions. Gene expression carried out slowly with low temperature, 20°C for E. coli BL21 (DE3) and 10°C for E. coli Arctic Express (DE3), for 16 hours using Luria Bertani (LB) media. The AxPGA enzyme product analyze qualitatively using SDS-PAGE electrophoresis and quantitatively using the Bradford test and hydrolysis activity. E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) host cells expressed the periplasmic AxPGA enzymes with activity of 6,3 ± 0,76 U/mL dan 4,7 ± 0,05 U/mL, respectively, while the cytoplasmic AxPGA enzymes with activity of 7,3 ± 0,2 U/mL and 4,5 ± 0,11 U/mL respectively. The results showed that the AxPGA enzyme was optimally expressed in E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) with 0,5 mM IPTG induction and 10 mM CaCl2 media supplementation."

"Masalah limbah plastik polietilena tereftalat (PET) di Indonesia menjadi perhatian yang serius karena penguraiannya lambat dan berpotensi merusak lingkungan. Solusi yang menjanjikan adalah Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase) yang dapat mendegradasi plastik dengan lebih cepat. IsPETase sebelumnya telah diekspresikan di Escherichia coli BL21 (DE3). Namun, IsPETase masih terekspresikan secara insoluble sehingga IsPETase perlu diamati ekspresi gen dan optimasi kondisi ekspresi pada E. coli Arctic Express (DE3). Penelitian bertujuan untuk mengamati ekspresi gen PETase pada E. coli Arctic Express (DE3) dan menentukan kondisi optimal untuk ekspresi. Penelitian ini melibatkan berbagai tahapan seperti peremajaan kultur rekombinan, produksi protein, dan pemanenan, yang dioptimalkan untuk kondisi ekspresi. Ekspresi gen PETase diamati pada fraksi ekstraseluler (dipekatkan), periplasmik (dipekatkan), dan sitoplasmik. Fraksi ekstraseluler belum terekspresikan secara optimal sehingga optimasi kondisi ekspresi dilanjutkan pada fraksi sitoplasmik (soluble) dengan media pertumbuhan Luria Bertani (LB), induksi IPTG 1,0 mM selama 8 jam, dan waktu sonikasi selama 10 menit menghasilkan aktivitas spesifik PETase 0,07 U/mg. Namun, pemurnian protein dan ekspresi perlu dilakukan dengan sel inang Bacillus.

---

The problem of polyethylene terephthalate (PET) plastic waste in Indonesia has become a serious concern due to its slow degradation and potential environmental damage. A promising solution is Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase), which can degrade plastic faster. IsPETase has been expressed in Escherichia coli BL21 (DE3), but it is still expressed insolubly, so the expression of the gene and the optimization of the expression conditions in Escherichia coli Arctic Express (DE3) need to be observed. This study aims to observe the PETase gene expression in E. coli Arctic Express (DE3) and determine the optimal conditions for expression. This study involves various stages, such as refreshing culture, protein production, and harvesting, which are optimized for expression conditions. PETase gene expression was observed in the extracellular (concentrated), periplasmic (concentrated), and cytoplasmic soluble fractions. The extracellular fraction has not been optimally expressed, so expression optimization continued in the cytoplasmic fraction with Luria Bertani (LB) growth medium, IPTG induction of 1.0 mM for 8 hours, and sonication time for 10 minutes, resulting in specific activity of 0.07 U/mg. However, protein purification is required and expression is performed with Bacillus host cells."

"Penggunaan antibiotik pada pasien pneumonia terus meningkat seiring dengan tingginya angka kejadian serta mempengaruhi pola penggunaan antibiotik difasilitas kesehatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi penggunaan antibiotika golongan beta laktam pada pasien pneumonia di rumah sakit anak dan bunda harapan kita tahun 2016 yang dilakukan untuk mencapai penggunaan antibiotik yang rasional. Desain penelitian yang digunakan adalah deskriptif dengan pengambilan data secara retrospektif dari rekam medik pasien. Sampel merupakan resep pasien pneumonia periode Januari hingga Desember 2016. Studi dilakukan secara kuantitatif dan kualitatif dengan metode Anatomical Therapeutic Chemical/Defined Daily Dose ATC/DDD . Antibiotik yang digunakan adalah ampisilin; amoksisilin; ampisilin-sulbaktam; seftriakson; sefiksim; sefotaksim; seftazidim; sefoperazone dan seftizoksim. DDD dengan antibiotik terbanyak yang digunakan adalah ampisilin 80,5 sedangkan DDD/100bed/hari dengan antibiotik terbanyak yang digunakan adalah amoksisilin 34,62 DDD/100bed/hari . Secara kualitatif, antibiotik yang menyusun segmen DU90 ada lima yaitu ampisilin; seftriakson; sefotaksim; sefixim; ampisilin-sulbaktam. Kesesuaian penggunaan antibiotik golongan beta laktam di rumah sakit anak dan bunda harapan kita tahun 2016 dengan Formularium Nasional sebesar 99,55.

---

The use of antibiotics increases as well as number of events and affect the pattern of antibiotic uses in health facilities. This study aimed to evaluate the use of beta lactam antibiotics in patients with pneumonia in Harapan Kita Mother and Children rsquo s Hospital in 2016 which is done to achieve rational drug uses. The design of the study was descriptive with retrospective data collection from patients rsquo medical records. Samples were patients rsquo prescriptions from January to December 2016. The analysis was done using Anatomical Therapeutic Chemical Defined Daily Dose ATC DDD qualitatively and quantitatively. The antibiotics were ampicillin amoxicillin ampicillin sulbactam ceftriaxone cefixime cefotaxime ceftazidime cefoperazone and ceftizoxime. DDD with most antibiotics used is ampicillin 80,5 , while DDD 100bed day with most antibiotics used is amoxicillin 34.62 DDD 100bed day . Five antibiotics which are in segment DU90 are ampicillin ceftriaxone cefotaxime cefixime ampicilin sulbactam. Compatibility of the use of pneumonia drugs with National Formulary are 99.55."

"Protein APOBEC3G merupakan salah satu protein intrinsik sel imun manusia yang memiliki kemampuan antiretroviral terhadap infeksi HIV-1. Protein Vif HIV-1 dapat merangsang degradasi APOBEC3G sehingga penghambatan interaksi antara kedua protein tersebut melalui inhibitor berpotensi digunakan dalam pengembangan antiretroviral baru. Pengembangan antiretroviral baru melalui interaksi antara protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 memerlukan protein rekombinan APOBEC3G. Protein APOBEC3G diperoleh dengan cara melakukan ekspresi gen APOBEC3G yang telah dikloning ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi protein APOBEC3G dilakukan dalam sistem ekspresi prokariota yaitu bakteri Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Ekspresi protein dilakukan pada tiga kondisi optimasi yaitu suhu, konsentrasi IPTG dan waktu inkubasi setelah induksi. Berdasarkan penelitian, APOBEC3G berukuran 43,08 kDa dapat diekspresikan paling optimal pada induksi IPTG 0,5 mM pada suhu 37oC waktu inkubasi 4 jam setelah induksi.

---

APOBEC3G is one of intrinsic protein in human immune system. It has an antiretroviral ability against HIV-1 infection. However, HIV-1 has Vif protein which stimulate degradation of APOBEC3G. Therefore, inhibition of interaction between both proteins by an inhibitor is potentially used in development of new antiretroviral agents. The development of new antiretroviral using interaction of APOBEC3G and Vif HIV-1 needs recombinant protein of APOBEC3G. This APOBEC3G recombinant protein can be produced by expression of APOBEC3G gene cloned into pQE-80L expression vector in prokaryotic system of Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Protein expression conducted in three optimization condition: themperature, IPTG concentration, and incubation time after induction. Based on this research, APOBEC3G which has 43,08 kDa molecular weight is expressed optimally in 0,5 mM IPTG induction at 37oC and incubation time 4 hours after induction."

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus denguepada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star™(DE3)telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpongselama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi denganprimer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). ProdukPCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzimBamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresipGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coliBL21 Star™(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloniyang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digestidan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasilsequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primerspesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA padaGenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71(accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektorpGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star™(DE3) berhasil dilakukan."

"COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 atau SARS-CoV-2. Penyakit ini telah menjadi pandemi sejak Desember 2019 dan menyebabkan dampak yang besar bagi kehidupan manusia. Meskipun saat ini kasus penyakit sudah mulai menurun, penyakit ini tetap menjadi masalah kesehatan bagi masyarakat. Oleh karena itu, diperlukan manajemen jangka panjang salah satunya dengan penggunaan terapi anti-virus yang potensial. Papain-like-protease (PLpro) adalah salah satu protease pada SARS-CoV-2 yang memiliki dua peran penting dalam siklus hidup virus sehingga inhibisi pada protein ini dapat menjadi agen terapi yang potensial. Proses penemuan agen terapeutik ini membutuhkan sejumlah protein yang soluble dan murni. Salah satu cara untuk mendapatkan protein adalah teknologi rekombinan dengan menyisipkan gen PLpro ke dalam bakteri. Agar proses tersebut dapat berlangsung secara efektif dan efisien, proses ekspresi harus dilakukan pada kondisi yang optimal diikuti dengan modifikasi sistem ekspresi. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan ekspresi pET21d(+)-PLpro pada Escherichia coli BL21(DE3) antara kodon yang dioptimasi dan tanpa optimasi serta mengetahui kondisi yang optimal saat proses ekspresi protein. Proses diawali dengan memperbanyak plasmid, verifikasi plasmid, dan transformasi ke E. coli BL21(DE3). Ekspresi PLpro dilakukan pada beberapa parameter dengan hasil yang optimal pada suhu inkubasi 19°C, induksi IPTG 0,1 mM selama 18 jam inkubasi. Hasil proses purifikasi PLpro sebesar 0,466 mg/mL (optimized) dan 0,738 mg/mL (non-optimized). Berdasarkan hasil pengamatan SDS-PAGE dan Western-Blot, masalah yang ada pada PLpro tanpa optimasi kodon, seperti leaky expresion, degradasi protein, jumlah protein yang tidak konsisten, dan ekspresi insoluble protein yang berlebihan dapat diatasi dengan proses optimasi kodon.

---

COVID-19 was a disease caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or SARS-CoV-2. This disease has become a pandemic since December 2019 and had a major impact on human life. Although cases have started to decrease, this disease remains a public health problem. Therefore, long-term management was needed, one of which was the use of potential anti-viral therapy. Papain-like protease (PLpro) was one of the proteases in SARS-CoV-2 and has two crucial roles in the viral life cycle, so inhibition of this protein can be a potential therapeutic agent. The process of discovering these therapeutic agents required a large amount of pure, soluble protein. One way to obtain this was through recombinant technology, which involves inserting the PLpro gene into bacteria. For the process to take place effectively and efficiently, the expression must be carried out under optimal conditions, followed by a modification of the expression system. This study aimed to compare the expression of pET21d(+)-PLpro in Escherichia coli BL21(DE3) between optimized and non-optimized codons and to determine the optimal conditions during the protein expression process. It begins with plasmid amplification, verification, and transformation to E. coli BL21(DE3). PLpro expression was carried out on several parameters with optimal results at an incubation temperature of 19°C and 0.1 mM IPTG induction for 18 hours of incubation. The results of the PLpro purification were 0.466 mg/mL (optimized) and 0.738 mg/mL (non-optimized). Based on the result in SDS-PAGE and Western-Blot observations, problems that exist in PLpro without codon optimization, such as leaky expression, protein degradation, inconsistent amounts of protein, and excessive expression of insoluble protein, can be overcome by codon optimization."

"Resistensi terhadap antibiotik pada bakteri dan penyebarannya di lingkungan menjadi ancaman terhadap kesehatan masyarakat. Keberadaan bakteri resisten terhadap antibiotik dipicu oleh aktivitas antropogenik, salah satunya adalah penyalahgunaan antibiotik. Bakteri resisten terhadap antibiotik yang ditemukan di lingkungan domestik dapat menimbulkan risiko kesehatan pada warga setempat. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui konsentrasi bakteri E. coli resisten di lingkungan domestik di Kota Bekasi, menilai risiko kesehatan yang ditimbulkan akibat paparan mikroorganisme, dan mengidentifikasi rute paparan bakteri E. coli resisten terhadap antibiotik ke manusia. Identifikasi konsentrasi bakteri E. coli resisten terhadap antibiotik menggunakan kultur bakteri dan penilaian risiko dilakukan menggunakan metode Quantitative Microbial Risk Assessment (QMRA). Hasil penelitian menunjukkan rata-rata konsentrasi bakteri E. coli resisten terhadap antibiotik (n=3) di tanah sebesar 1,28  105 CFU/mL, air sungai sebesar 3,9  101 CFU/mL, tangki septik sebesar 8,06  102 CFU/mL, feses ayam sebesar 1,33  106 CFU/mL, sedangkan di air tanah tidak ditemukan keberadaan E. coli resisten terhadap antibiotik. Penilaian risiko dengan metode QMRA pada bakteri E. coli resisten terhadap antibiotik dilakukan pada galur E. coli O157:H7 sebagai galur yang paling umum menyebabkan penyakit diare pada manusia. Probabilitas infeksi harian (Pinf,d) yang disebabkan oleh bakteri E. coli O157:H7 di tanah berkisar antara 33,37% - 36,99% sesuai kelompok usia dengan probabilitas infeksi tahunan (Pinf,a) 100% dengan probabilitas munculnya penyakit (Pill) sebesar 25%. Sementara itu, probabilitas infeksi harian (Pinf,d) yang disebabkan oleh bakteri E. coli O157:H7 di air sungai berkisar antara 4,88% - 14,28% dengan probabilitas infeksi tahunan (Pinf,a) 99% - 100% dan probabilitas munculnya penyakit (Pill) adalah 24,9% - 25% tergantung jenis ingestinya. Berdasarkan penilaian risiko tersebut, rute paparan bakteri E. coli resisten terhadap antibiotik ke manusia melalui media tanah dan air sungai, sehingga pencegahan dapat dilakukan untuk menangani risiko kesehatan pada manusia seperti meminimalisir penggunaan air sungai untuk aktivitas domestik, peningkatan fasilitas sanitasi, dan penerapan teknologi atau metode pencegahan resistensi terhadap antibiotik.

---

The occurrence of antibiotic-resistant bacteria in the environment is a threat to public health. The spread of antibiotic-resistant bacteria in the environment is influenced by anthropogenic activities, such as antibiotic misuse. Antibiotic-resistant bacteria found in the domestic environment pose a health risk to inhabitants. This study aims to identify antibiotic-resistant E. coli concentration in a domestic environment in Bekasi City, assess public health risks associated with exposure to pathogenic bacteria, and identify the exposure route of antibiotic-resistant E. coli to humans. The bacterial culture method was used to identify the concentration of antibiotic-resistant E. coli and the risk assessment was carried out using Quantitative Microbial Risk Assessment (QMRA). The results showed the average concentration of antibiotic-resistant E. coli (n=3) found in soil was 1,28  105 CFU/mL, in river water was 3,9  101 CFU/mL, in septic tank effluent was 8,06  102 CFU/mL, chicken feces was 1,33  106 CFU/mL, and none found in groundwater. Risk assessment was carried out using QMRA on E. coli O157:H7 strain as the most common strain to cause diarrheal illness in humans. The daily probability of infection (Pinf,d) caused by E. coli O157:H7 in soil ranged from 33,37% - 36,99% according to the age group with an annual probability of infection of 100% and the probability of illness obtained was 25%. Furthermore, the daily probability of infection caused by E. coli O157:H7 in river ranging from 4,88% - 14,28% with annual probability of infection (Pinf,a) ranged from 99% - 100% depending on the types of ingestion with the probability of illness obtained ranged from 24,9% - 25%. Based on the risk assessment, the exposure route of antibiotic-resistant E. coli can be determined by involving human, animal, and environmental sectors. Routes help to identify prominent exposure pathways in posing health risks to humans. The study revealed the route of antibiotic-resistant E. coli contamination to humans through environmental matrices, such as soil and river. Therefore, prevention can be done in order to deal with human health risks, such as reducing domestic uses of river water for communities, improving sanitation facility, and the application of technology and prevention methods to combat antibiotic resistance."

"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.

---

The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."