Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 161221 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Anggun Mekar Kusuma
Peran Nilai Cycle Threshold Awal Uji Polymerase Chain Reaction untuk Memprediksi Kejadian Gagal Nafas dan Kematian saat Perawatan pada Pasien Lansia Terkonfirmasi COVID-19 = The Role of Initial Polymerase Chain Reaction Cycle Threshold Value to Predict Respiratory Failure and Mortality in Hospitalized Elderly Patients with Confirmed COVID-19
"Latar Belakang: Infeksi severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pada pasien lansia sering berkembang menjadi berat dengan tingkat kematian yang tinggi. Tes laboratorium yang dapat digunakan sebagai prediktor keparahan dan kematian COVID-19 tidak spesifik dan sering dijumpai pada kondisi lainnya. Penelitian tentang hubungan antara nilai cycle threshold (CT) awal uji polymerase chain reaction (PCR) dengan kejadian gagal nafas dan kematian saat perawatan pada pasien lansia yang terinfeksi SARS-CoV-2 belum ada. Penelitian yang melaporkan cut-off nilai CT yang dapat digunakan untuk interpretasi atau stratifikasi risiko pada pasien lansia juga belum ada.
Tujuan: Membuktikan peran nilai CT awal uji PCR untuk memprediksi kejadian gagal nafas dan kematian saat perawatan pada pasien lansia terkonfirmasi COVID-19.
Metode: Penelitian ini merupakan suatu kohort retrospektif yang melibatkan pasien lansia terkonfirmasi COVID-19 yang dirawat di Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Dr Cipto Mangunkusumo (RSCM) Jakarta periode Juni 2020 sampai Desember 2021. Kriteria inklusi adalah pasien berusia ≥ 60 yang tahun memiliki diagnosis COVID-19 kasus konfirmasi dan terdapat hasil nilai CT awal uji PCR di dalam rekam medis. Kriteria eksklusi adalah rekam medis tidak ditemukan atau data tidak lengkap, pasien sudah gagal nafas atau meninggal saat datang, pasien pulang paksa atau pindah rumah sakit.
Hasil: Penelitian ini melibatkan 543 subyek dengan median usia 67,59 tahun (rentang interkuartil [RIK] 63,12-73,35), sebanyak 55,6% subyek berjenis kelamin laki-laki dan 50,6% subyek memiliki dua atau lebih komorbiditas. Komorbiditas yang paling sering ditemui adalah hipertensi (55,1%), DM (39,6%), penyakit ginjal kronis (15,3%), penyakit jantung koroner (15,1%) dan kanker (10,3%). Median nilai CT awal uji PCR pada kelompok yang mengalami gagal nafas lebih rendah (23,76 vs. 28,07), p<0,001. Cut-off terbaik dari nilai CT awal uji PCR untuk memprediksi gagal nafas adalah 23,8 (sensitivitas 51,0% dan spesifisitas 76,4%). Median nilai CT awal uji PCR pada kelompok yang meninggal lebih rendah (23,55 vs. 28,14), p<0,001. Cut-off terbaik dari nilai CT awal uji PCR untuk memprediksi kematian adalah 25 (sensitivitas 60,3% dan spesifisitas 70,0%).
Simpulan: Nilai CT awal uji PCR yang rendah merupakan prediktor tingginya kejadian gagal nafas dan kematian saat perawatan pada pasien lansia terkonfirmasi COVID-19 dengan nilai cut-off 23,8 dan 25 secara berturut-turut.
Background: Severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in elderly is often severe with a high mortality rate. Laboratory tests are not specific for predicting severity and mortality of COVID-19 and are common in other conditions. There is no study on the relationship between polymerase chain reaction (PCR) cycle threshold (CT) value with respiratory failure and mortality in hospitalized elderly patients with confirmed COVID-19. CT value-based risk stratification or interpretation in elderly is also limited by the absence of CT cut-off values.
Objective: This sudy aims to determine the role of initial PCR CT value to predict respiratory failure and mortality in hospitalized elderly patients with confirmed COVID-19.
Methods: This retrospective cohort study utilised data of elderly inpatients with confirmed COVID-19 in Cipto Mangunkusumo Hospital, Indonesia’s national general hospital from June 2020 to December 2021. The inclusion criterion was complete data of initial PCR CT value in medical records from elderly inpatients aged 60 years and older with confirmed COVID-19. Exclusion criteria were incomplete data or no medical records found, those who had respiratory failure or deceased on arrival, those who was forced dicharged or moved to another hospital.
Results: A total of 543 elderly patients were enrolled in this study. Among all, the median age was 67.59 years (interquartile range (IQR) 63.12-73.35); 55.6% patients were men and 50.6% patients had two or more comorbidities. The common comorbidities were hypertension (55,1%), diabetes mellitus (39,6%), chronic kidney disease (15,3%), coronary heart disease (15,1%) and cancer (10,3%) The median CT value of group with acute respiratory distress syndrome (ARDS) was lower (23.76 vs. 28.07), p<0.001. The best cut-off for predicting ARDS was 23.8 (sensitivity of 51.0% and specificity of 76.4%). The median CT value of non-survivor group was lower (23.55 vs. 28.14), p<0.001. The best cut-off for predicting ARDS was 25 (sensitivity of 60.3% and specificity of 70.0%).
Conclusions: A low PCR CT value is a predictor of high respiratory failure and mortality in hospitalized elderly patients with confirmed COVID-19, the best cut-off was 23.8 and 25 respectively. "
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Yulius Dony
Hubungan nilai cycle threshold real time reverse transcription-polymerase chain reaction dengan tingkat keparahan klinis COVID-19 pada anak = Relationship of SARS-CoV-2 real time reverse transcription-polymerase chain reaction cycle threshold value with COVID-19 clinical severity in children
"Pada akhir tahun 2019 dilaporkan beberapa kasus pneumonia di Wuhan, Cina yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit yang ditimbulkan oleh virus ini disebut sebagai coronavirus disease 2019 (COVID-19). Jumlah kasus COVID-19 terus mengalami peningkatan dan penyebarannya terjadi pada seluruh kelompok usia termasuk anak-anak. Pemeriksaan real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) telah diotorisasi oleh Food and Drug Administration (FDA) dan pada pemeriksaan ini dikenal istilah cycle threshold (Ct). Nilai Ct sering dijadikan acuan dalam menentukan tingkat keparahan penyakit pada anak, akan tetapi masih terdapat kontroversi apakah nilai Ct berhubungan dengan tingkat keparahan penyakit. Penelitian ini bermaksud mencari hubungan bermakna antara nilai Ct khususnya gen ORF1ab dan gen N dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak yang dibagi menjadi tingkat keparahan ringan dan sedang sampai kritis. Didapat 52 responden anak dalam penelitian ini, dengan 24 responden terdeteksi gen ORF1ab dan 49 responden terdeteksi gen N. Rerata nilai Ct gen ORF1ab kelompok ringan (33,5 ± 4,4) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,0 ± 6,0). Median nilai Ct gen N kelompok ringan (34,8 [21,3 – 39,4]) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,7 [19,4 – 38,9]). Tidak didapatkan hubungan bermakna baik antara nilai Ct gen ORF1ab (nilai p = 0,25) maupun gen N (nilai p = 0,159) dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak. Berdasarkan hasil penelitian ini, diperlukan berbagai pertimbangan dalam menginterpretasi nilai Ct.
At the end of 2019, several cases of pneumonia were reported in Wuhan, China caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The disease caused by this virus is known as Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). The number of cases of COVID-19 continues to increase and its spread occurs in all age groups including children. Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) has been authorized by the Food and Drug Administration (FDA) and in this method a cycle threshold (Ct) value were obtained. The Ct value is often used as a reference in determining the clinical severity in children, but there is still controversy whether the Ct value is related to the clinical severity. This study intends to find a significant relationship between the Ct values, especially the ORF1ab gene and the N gene, with the COVID-19 clinical severity in children which is divided into mild and moderate to critical severity. There were 52 children in this study, with 24 children have ORF1ab gene detected and 49 children have N gene detected. The mean of ORF1ab gene Ct value in mild group (33.5 ± 4.4) was higher than moderate to critical group (31.0 ± 6.0). The median of N gene Ct value ​​in mild group (34.8 [21.3 – 39.4]) was higher than moderate to critical group (31.7 [19.4 – 38.9]). There was no significant relationship between the Ct value of the ORF1ab gene (p value = 0.25) and the N gene (p value = 0.159) with COVID-19 clinical severity in children. Based on the results of this study, various considerations are needed in interpreting the Ct value."
Jakarta: Fakultas kedokteran Universitas Indonesia, 2022
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Rizky Priambodo
Rekonstruksi primer polymerase chain reaction (PCR) spesifik untuk gen transferin pada ikan nila (oreochromis niloticus))
"Transferin merupakan salah satu faktor yang berperan penting dalam transportasi zat besi dalam darah dan dapat mampu menyebabkan ikan nila (Oreochromis niloticus) hidup pada rentang salinitas yang cukup besar. Penelitian bertujuan merekonstruksi primer PCR spesifik untuk gen transferin pada ikan nila (Oreochromis niloticus). Gen transferin yang diuji berasal dari 10 strain ikan nila yang mewakili populasi ikan nila di Indonesia. Hasil PCR gen transferin ikan nila strain GESIT, Red Nifi, dan Selfam kemudian diklona dan disekuensing. Sekuen DNA yang didapatkan dihomologikan dengan sekuen gen transferin yang terdapat pada gene bank. Hasil homologi menunjukkan adanya daerah yang conserved sebesar 83 pb. Primer didesain untuk mengamplifikasi fragmen gen transferin tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer TrfNF dan TrfNR mampu mengamplifikasi gen transferin dari 10 strain ikan nila.
Transferrin is one of many factors that makes Nile Tilapia fish (Oreochromis niloticus) can live in very wide salinity range. The purpose of this research is to reconstruct specific primer for transferrin gene in Nile tilapia fish (Oreochromis niloticus). The transferrin gene was taken from 10 variant of Nile Tilapia fish which represent the population of Nile Tilapia fish in Indonesia. The result from amplification process of transferrin gene from Nile Tilapia variant GESIT, Red Nifi, and Selfam was cloned and was sequenced. The result of sequencing process was arranged to find the conserved region. The conserved region has found and the size is 83 bp. PCR primer was designed to amplify transferrin gene fragmen. The result of this research is TrfNF primer and TrfNR primer can amplify transferrin gene from 10 variant Nile Tilapia fish."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2011
S1240
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Rahmawati Kusumastuti Roosadiono
Penggunaan plasmid kompetitor dan plasmid target untuk membandingkan dua metode polymerase chain reaction kuantitatif
"Kuantitasi DNA mitokondria antarjaringan memerlukan suatu metode
yang memiliki tingkat akurasi yang tinggi. Polymerase chain reaction (PCR)
adalah suatu metode enzimatis yang dilakukan untuk memperbanyak
fragmen DNA yang diinginkan. PCR dapat dimanfaatkan untuk kuantitasi
DNA dan disebut teknik PCR kuantitatif. Ada dua macam metode dalam
teknik PCR kuantitatif yang sering digunakan, yaitu metode regresi linier dan
metode koampi ifikasi kompetitif.
Pada penelitian mi telah direkayasa plasmid yang mengandung
fragmen DNA mitokondria termutasi yang berasal dari penderita Leber's
hereditary optic neuropathy (LHON) dan plasmid yang mengandung fragmen
DNA mitokondnia normal. Plasmid-plasmid tersebut masing-masing disebut
plasmid kompetitor dan plasmid target, serta dapat dipergunakan sebagai
DNA kompetitor dan DNA target pada teknik PCR kuantitatif metode
koamplifikasi kompetitif, sedangkan metode regresi tinier hanya
membutuhkan plasmid target. Dengan plasmid tersebut telah diuji tingkat
akurasi antara metode regresi tinier dengan metode koamplifikasi kompetitif.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode koamplifikasi kompetitif memiliki tingkat akurasi yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode regresi tinier."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 1997
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Lisa Amelia
Identifikasi Polimorfisme Insersi/Delesi Gen Angiotensin-Converting Enzyme (ACE) Pasien Hipertensi Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) = Identification of Insertion/Deletion Polymorphism on Angiotensin-Converting Enzyme (ACE) Gene in Hypertensive Patients Using Polymerase Chain Reaction (PCR)
"Polimorfisme gen penyandi Angiotensin-Converting Enzyme (ACE) diketahui berasosiasi dengan penyakit hipertensi yang merupakan salah satu masalah global penyebab utama kematian di seluruh dunia, termasuk Indonesia. Salah satu cara mengidentifikasi polimorfisme gen adalah dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Pada penelitian ini bertujuan melakukan perancangan protokol identifikasi polimorfisme dengan PCR dari berbagai literatur, kemudian melakukan identifikasi polimorfisme I/D pada sejumlah sampel relawan, dan menganalisis hasil identifikasi polimorfisme gen ACE terhadap alel insersi (I) maupun delesi (D). Prosedur yang dilakukan pada penelitian ini yaitu melakukan ekstraksi DNA, mengamplifikasi fragmen gen ACE menggunakan PCR, dan memvisualisasi hasil PCR berupa fragmen amplikon menggunakan elektroforesis gel agarosa. Hasil menunjukkan bahwa protokol untuk identifikasi polimorfisme dengan PCR sudah terancang dengan baik. Selain itu, hasil identifikasi polimorfisme gen ACE dari sejumlah sampel menunjukkan bahwa kedua alel I dan D terkonfirmasi alel polimorfisme. Hasil analisis statistik dari jumlah sampel yang diterapkan dalam penelitian ini menunjukkan bahwa tidak ada perbedaan signifikan antara genotipe dengan hipertensi dan non-hipertensi, serta pada alel dengan hipertensi dan non-hipertensi.
Polymorphism of the gene encoding Angiotensin-Converting Enzyme (ACE) is known to be associated with hypertension, which is one of the main global problems causing death worldwide, including Indonesia. One way to identify gene polymorphisms is using Polymerase Chain Reaction (PCR). This study aims to design a protocol for identifying I/D polymorphism with PCR from various literatures, then identify I/D polymorphisms in a number of volunteer samples, and analyze the results of the identification of ACE gene polymorphisms for both the insertion (I) and deletion (D) alleles. The procedures carried out in this study were DNA extraction, amplification of the ACE gene fragment using PCR, and visualizing the PCR results in the form of amplicon fragments using agarose gel electrophoresis. The results showed that the protocol for identifying polymorphisms by PCR was well designed. In addition, the identification of ACE gene polymorphisms from several samples showed that both I and D alleles were confirmed as polymorphism alleles. The statistical analysis results from the number of samples applied in this study showed no significant difference between the genotypes with hypertension and non-hypertension, as well as in the alleles with hypertension and non-hypertension."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Reyhan Arvialido
Proyek camper (chip analisis mini untuk polymerase chain reaction): analisis aliran dalam kanal mikro = Project camper (mini analysis chip for polymerase chain reaction): flow analysis in microchannel
"ABSTRAK
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah sebuah teknik replikasi DNA. Teknik PCR konvensional dengan sampel diam (statik) memiliki kekurangan dari segi waktu operasi yang teramat lama. Untuk mengatasi masalah tersebut, didesain PCR dengan sistem sampel dinamis (mengalir) untuk mempercepat waktu operasi. Riset ini bertujuan untuk menganalisis aliran fluida yang terjadi pada kanal mikro PCR dengan dimensi penampang 250μm×250μm. Terdapat 3 desain PCR yang memiliki variasi banyaknya siklus proses PCR. Hasil menunjukkan bahwa 2 dari 3 PCR tidak dapat memenuhi fungsi alir dimana terjadi rembesan akibat kurang melekatnya hubungan antara PDMS dan penyumbatan pada PCR akibat terjadinya penyempitan pada kanal mikro.
ABSTRACT
PCR (Poylmerase Chain Reaction) is a DNA replication technique. Convensional PCR with static samples has limitation especially in operation time. It required a lot of time to be operated. To answer this issue, PCR that can cut operation time is designed. This study aimed to analyze fluids flow that occured within the PCR's microchannel which results of designing and realization process. There are 3 designs that vary in PCR's cycle process. Furthermore, this study reveals that 2 out of 3 PCR are not able to fulfill flow functioning which is caused by leakeage and the fluid was not flowing."
2016
S64851
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Amalia Sitti Khayyira
Optimasi metode deteksi molekuler porsin pada gelatin cangkang kapsul dengan duplex PCR (polymerase chain reaction) = Optimization of molecular detection of porcine in gelatin capsule shell by duplex PCR (polymerase chain reaction)
"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.
Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.
Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.
Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.
Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.
The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.
Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S68668
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eka Octaviani Budiningtyas
Uji diagnostik metode Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip terhadap Real-Time Polymerase Chain Reaction Tunggal untuk deteksi Multi-Patogen pada uveitis : analisis Humor Akuos = Diagnostic study of Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip assay in comparison with Single Real-Time Polymerase Chain Reaction for Multi-Pathogen detection in uveitis : Aqueous Humor analysis
"Latar Belakang: Uveitis infeksi di Indonesia berkisar antara 30-60% dari total kasus uveitis. Identifikasi patogen etiologi infeksi sangat penting agar dapat diberikan terapi antimikroba yang sesuai dengan segera sehingga komplikasi kebutaan dapat diminimalisir. Dewasa ini, perkembangan teknologi biologi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk deteksi uveitis infeksi sedang berkembang pesat.
Tujuan: Melakukan uji validasi diagnostik pada metode PCR Multiplex dibandingkan dengan metode PCR Tunggal.
Metodologi: Uji diagnostik untuk menentukan sensitivitas dan spesifisitas dari alat Real-Time PCR Multiplex terhadap PCR Tunggal dari spesimen cairan intraokular humor akuos yang diambil dari parasentesis bilik mata depan. Dilakukan pemeriksaan PCR terhadap patogen Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Hasil: Dilakukan analisis uji diagnostik pada 46 subjek penelitian. Didapatkan hasil sensitivitas sebesar 57.14% dan spesifisitas sebesar 100%. Positivity rate terbanyak didapatkan untuk patogen VZV (n=4), dan tidak didapatkan hasil positif terhadap deteksi patogen M.tuberculosis. Patogen T.pallidum berhasil dideteksi sebanyak 4.34% (n=2) oleh PCR Multiplex.
Kesimpulan: Metode PCR Multiplex pada penelitian ini memiliki sensitivitas yang rendah dengan spesifisitas yang tinggi. Hasil positif pada PCR Multiplex dapat bermanfaat untuk mendiagnosis pasien dengan uveitis infeksi.
Background: In Indonesia, infectious uveitis represents 30-60% of the country’s total uveitis cases. The identification of etiological pathogens is imperative to immediately select and administer the appropriate antimicrobial therapy in infectious uveitis, thereby complications of blindness can be minimized. Currently, the development of molecular biology technology using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method for detection of infectious uveitis pathogens is growing rapidly.
Objective: To compare the diagnostic validation test results of the Multiplex PCR method and Single PCR method.
Method: Diagnostic test to determine the sensitivity and specificity of the Multiplex Real-Time PCR device against the Single PCR of aqueous humor intraocular fluid specimens taken from anterior chamber paracentesis. PCR examinations were carried out to identify the pathogens of Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Result: A diagnostic test analysis was performed on 46 study subjects. The results obtained 57.14% sensitivity and 100% specificity. Highest positivity rate was obtained for VZV pathogens, while positive results were not obtained for M.tuberculosis. There were 4.34% of subjects (n = 2) of T. pallidum were detected by PCR Multiplex. 
Conclusion: The PCR Multiplex method in this study has low sensitivity with high specificity. A positive result on Multiplex PCR can be useful for diagnosing patients with infectious uveitis."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2020
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Yuliati
Deteksi gen meca pada methicillin resistenat staphylococcus aureus (mrsa) dengan teknik pcr (polymerase chain reaction)
"Ruang lingkup dan Cara Penelitian :
Methisillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) adalah strain Staphylococcus aureus yang telah mengalami resisten terhadap antibiotika metisilin dan lainnya dalam 1 golongan. Mekanisme resistensi MRSA terjadi karena Staphylococcus aureus menghasilkan Penicillin Binding Protein (PBP2a atau PBP2') yang dikode oleh gen mecA yang memiliki afinitas rendah terhadap metisilin. Saat ini MRSA diuji dengan cara uji resistensi dengan cara Cakram Cxacillin 1 ug. Cara ini memerlukan isolat murni dan kultur bakteri sehingga hasilnya baru bisa diketahui paling cepat 5 hari. Dalam upaya untuk mencari teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk mendeteksi MRSA, deteksi gen mecA dengan teknik PCR merupakan salah satu diagnostik alternatif Tujuan penelitian ini adalah mencari alternatif teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk pemeriksaan MRSA, dalam hal ini PCR. Pengujian dibagi dalam 2 tahap, yaitu : (1). Isolasi dan Identifikasi MRSA secara fenotipik, (2). Deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR yang terdiri dari: optimasi uji PCR untuk deteksi gen mecA, spesifisitas uji PCR, sensitifitas dan spesifisitas deteksi gen mecA sebagai uji diagnostik alternatifMRSA.
Basil dan Kesimpulan :
Hasil isolasi dan identifikasi secara fenotipik dari 114 isolat diperoleh MRSA sebanyak 76 isolat, dan MSSA sebesar 38 isolat. Berdasarkan hasil penelitian deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR diperoleh 75 isolat menunjukkan hasil positif terhadap gen mecA, sedangkan 1 isolat menunjukkan hasil negatif terhadap gen mecA, isolat tersebut adalah 12951MUI yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI. Dan hasil penelitian ini diperoleh hasil uji PCR gen mecA terhadap beberapa bakteri lain yaitu Staphylococcus epidermidis, S citreus, B. subtilis, Streptococcus beta haemolysicus, E. coli, K. pneumoniae dan P. aeruginosa, ternyata S. epidermidis dan S ciireus menunjukkan hasil PCR positif terhadap gen mecA, sedangkan bakteri lain menunjuldcan hasil negatif terhadap gen mecA. Basil uji PCR gen mecA dibandingkan dengan baku emas pemeriksaan sensitivitas dan spesifisitas secara fenotipik terhadap isolat MRSA dan MSSA adalah 98,7% dan 100%, dan nilai Posistive Predictive Value (PPV)& Negative Predictive Value (NPV) adalah 100% & 97,4%."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2005
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhamad Rifky Aditya
Proyek CAMPER (chip analisis mini untuk polymerase chain reaction): desain dan realisasi = Project CAMPER (mini analysis chip for polymerase chain reaction): design and realization
"ABSTRAK
CAMPER merupakan perangkat chip mini sebagai lokasi proses Polymerase Chain Reaction dalam proses penguatan DNA (DNA amplification). Penguatan DNA tersebtu dibutuhkan dalam identifikasi dan diagnosis rantai DNA tertentu. Dengan proses ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah yang besar dengan waktu yang relatif singkat dibandingkan dengan proses yang dihasilkan pada laboratorium konvensional. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil. Dalam proses PCR memerlukan jalur putaran agar panas dapat merambat pada fluida yang mengalir secara berulang. Sumber panas pada CAMPER menggunakan pengaturan 3 suhu berbeda yaitu 90 °C, 75 °C, dan 55 °C. Penelitian ini membahas mengenai perancangan, fabrikasi, dan pengukuran geometri dari CAMPER. CAMPER terbuat dari bahan PDMS yang dipilih karena bahan ini idak beracun dan baik digunakan dalam dunia medis. CAMPER direaliasikan dengan teknik molding yang mana Molding PDMS dilakukan pada cetakan yang telah dibentuk menggunakan metode milling. Dimensi yang telah dirancang untuk ketiga desain saluran mikro sebesar 250 x 250 μm (lebar x tinggi). CAMPER terdiri dari 3 desain saluran mikrofluida berbeda yaitu pada jumlah jalur putaran. Desain untuk produk pertama, yaitu saluran mikro dengan 3 putaran. Desain kedua yaitu desain saluran mikro dengan 5 jalur putaran. Desain ketiga yaitu saluran mikro dengan 30 jalur putaran. Desain ini dirancang dengan acuan pada jumlah putaran optimal yaitu 30 ? 40 putaran. Pengukuran geometri hasil fabrikasi dilakukan pada seluruh komponen. Pengukuran meliputi pengukuran lebar dan tinggi dari saluran mikro, pengukuran kekasaran pada PDMS dan cetakan, serta pengukuran sudut kontak pada PDMS. Simulasi dilakukan untuk mendapatkan aliran fluida dan persebaran panas dari sistem yang telah direalisasikan. Hasil menunjukkan bahwa pada simulasi aliran fluida terdapat keseragaman aliran dalam keseluruhan jalur mikro, dan pada simulasi persebaran panas dapat menybarkan panas sesuai suhu yang diatur
ABSTRACT
CAMPER is mini devices based of Polymerase Chain Reaction that serves as an apparatus that can replicate DNA in enzymatic without use some help of organisms. With this technique, DNA can be produced in large quantities by the time is short compared to the process that?s produced on a conventional laboratory. The application of PCR are mostly done in the field of biochemical and molecular biology because relatively inexpensive and only need the number of a small sample. n the process pcr need the round to heat travels in fluid that flows in a recurrent manner. The source of heat in camper use 3 different temperature such as 90 °C, 75 °C, and 55 °C. CAMPER consisting of 3 different design of microfluidic channel that is on the number of the cycle. In the process, PCR need the cycle to travels the heat to fluid flows in a recurrent manner. Research also discussed design, fabrication, and measurement of the geometry. A molding PDMS fabricated in a mold was formed from milling process. The dimensions for the three design micro channels amounting to 250 x 250 μm (width x high). The first CAMPER design, namely micro channels with 3 cycle. The second design is micro channels with 5 cycle. Third Design namely micro channels with 30 the cycle. This design designed with reference on the number of optimal cycle which is 30 ? 40 cycle. The measurement of geometry that the results of fabrication performed on all components. The measurement of covering the measurement of width and height than micro channel, the measurement of roughness on pdms and mold, and measurement of wettability at PDMS surface. Results obtained from simulation fluid flow showed that the speed of the flow of uniforms on all cross section micro channel. The results obtained from simulation heat distribution the temperature desired to reach function polymerase chain reaction can be achieved to the surface of micro channel"
2016
S62673
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>