Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit menular coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus corona baru yang dikenal sebagai severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Virus ini masuk ke dalam tubuh manusia melalui interaksi protein spike SARS-CoV-2 dengan Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 merupakan seng metalopeptidase yang banyak diekspresikan di sel epitel saluran pernapasan. Menargetkan reseptor ACE2 dianggap sebagai target terapeutik penting dalam mengendalikan COVID-19. Penelitian in silico ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor ACE2 dari senyawa bahan alam Indonesia yang terdapat pada pangkalan data Herbal DB dengan metode penapisan virtual berbasis penambatan molekuler menggunakan makromolekul ACE2 (PDB ID: 1R4L). Berdasarkan hasil optimasi dan validasi, diperoleh parameter terbaik menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box sebesar 22,5 x 22,5 x 22,5 Å, exhaustiveness 16 dan num modes 9. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 14 peringkat senyawa terbaik dengan ∆G terendah, yaitu Kuwanon G, Kasiamin C, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-feruloil)glukosida 4'-O-glukosida, 5,7,2',4'-Tetrahidroksi-6,3'-diprenilisoflavon 5-O-(4''-ramnosilramnosida), Kasiaflavan-(4αà8)-epiafzelekin, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-p-kumaroil)glukosida 4'-O-glukosida, Kameliasida B, Galokatekin-(4αà8)-epigalokatekin-3-O-galat, ent-Epiafzeiekin-(4αà8)-epiafzelekin, Klitorin, Asam lantat, Nimolisinol, Prosianidin B1 dan Prodelfinidin B1. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul ACE2, yaitu Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 dan Tyr515. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 14 senyawa tersebut berpotensi menjadi kandidat inhibitor ACE2.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is an infectious disease caused by a novel coronavirus known as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters the human body through the interaction of the SARS-CoV-2 spike protein with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 is a zinc-dependent metallopeptidase that is widely expressed in respiratory epithelial cells. Targeting the ACE2 receptor is considered an important therapeutic target in controlling COVID-19. This in silico study was aimed to obtain candidate ACE2 inhibitors from Indonesian natural compounds in Herbal database using molecular docking-based virtual screening method. Based on the results of optimization and validation, the best parameters were obtained using AutoDock Vina in PyRx with a grid box size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å, exhaustiveness 16 and num modes 9. Based on virtual screening, 14 compounds were obtained with the lowest ∆G: Kuwanone G, Cassiamin C, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-feruloyl)glucoside 4'-O-glucoside, 5,7,2',4'-Tetrahydroxy- 6,3'-diprenylisoflavone 5-O-(4''-rhamnosylrhamnoside), Cassiaflavan-(4αà8)-epiafzelechin, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-p-coumaroyl)glucoside 4'-O-glucoside, Camelliaside B, Gallocatechin-(4αà8)-epigallocatechin-3-O-gallate, ent-Epiafzeiechin-(4αà8)-epiafzelechin, Clitorin, Lantic acid, Nimolicinol, Procyanidin B1 and Prodelphinidin B1 . Most of these compounds interacted with amino acid residues at the active site of ACE2 macromolecule, namely Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 and Tyr515. Therefore, it can be concluded that these 14 compounds are potential candidates for ACE2 inhibitors."

"Kanker merupakan penyakit akibat pertumbuhan tidak normal dari sel pada jaringan tubuh yang menyerang sel normal di sekitarnya. Penggunaan tanaman herbal Indonesia meningkat setiap tahunnya dalam upaya pengobatan. Penelitian terdahulu menyatakan bahwa defisiensi P53 disebabkan oleh ekspresi berlebih MDM2 sehingga peran P53 sebagai pengendali sel abnormal tidak berjalan. Pada penelitian dilakukan penapisan virtual dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai inhibitor MDM2 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi dengan Directory of Useful Decoys-Enhanced. Validasi dilakukan dengan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid 70x70x70 pada Autodock yang memiliki nilai AUC 0,72, sedangkan pada Autodock Vina 0,43. Autodock Vina tidak memenuhi parameter tetapi dilakukan penapisan untuk perbandingan dengan Autodock. Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock yaitu Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha-Amyrin. ?G -8,83 - 9,65 kkal/mol . Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock Vina yaitu Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine-B, Ocidentoside, Beta-sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. ?G -8,7 -9,4 kkal/mol . Jacoumaric acid dan Leucadenone C memberikan hasil penapisan virtual pada kedua piranti lunak dan berinteraksi pada daerah aktif MDM2 yaitu residu Leu54, Ile61, Met62, dan Ile99.

---

Cancer is a disease caused by abnormal cells growth that can attack normal cells around it. The use of Indonesian herbal increases for treatment. Past researches declare that P53 deficiency is caused by MDM2 overexpression so the role P53 as a cell regulator does not work. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database as MDM2 inhibitor using Autodock and Autodock Vina and validated with Directory of Useful Decoy Enhanced. Validation parameter done with Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve. The conclusion of validation is grid box 70x70x70 on Autodock with AUC value 0,72, while in Autodock Vina 0,43. Autodock Vina is not fulfill the parameter standar but still screned for comparasion. Based on the virtual screening result, top ten compounds from Autodock are Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha Amyrin. G 8,83 9,65 kkal mol . Virtual screening result from Autodock Vina are Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine B, Ocidentoside, Beta sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. G 8,7 9,4 kkal mol . Jacoumaric acid and Leucadenone C give a result in both software ans interacts with the active site in MDM2 at residue Leu54, Ile61, Met62, and Ile99."

"

Diabetes melitus tipe 2 (T2DM) merupakan penyakit dengan jumlah penderita yang sangat tinggi, yakni mencapai 463 juta pada tahun 2019.  Pada beberapa tahun terakhir, banyak riset berfokus pada pengembangan inhibitor sodium-dependent glucose co-transporter 2 (SGLT2). Inhibitor SGLT2 dapat mengendalikan homeostasis glukosa dalam darah dengan menghambat reabsorbsi glukosa di ginjal. Inhibitor SGLT2 juga dapat menurunkan tekanan darah dan obesitas. Saat ini, empat inhibitor SGLT2 telah disetujui penggunaannya. Semua inhibitor tersebut adalah senyawa golongan C-glikosida. Berdasarkan hasil uji klinis, tidak ada satupun inhibitor yang mampu menghambat reabsorpsi glukosa lebih dari 50% pada manusia. Selain itu, masalah ketidakselektifan juga masih ditemukan pada obat canagliflozin. Hal ini menyebabkan penelitian lebih lanjut terhadap senyawa inhibitor SGLT2 baru tetap diperlukan. Pada penelitian ini, dilakukan pencarian senyawa golongan C-glikosida yang berpotensi sebagai inhibitor SGLT2 dengan metode penapisan virtual (virtual screening).  Struktur tiga dimensi reseptor SGLT2 dibuat dengan pemodelan homologi menggunakan SWISS-MODEL. Senyawa golongan C-glikosida diperoleh dari pangkalan data tanaman herbal ZINC15. Penapisan virtual dijalankan pada perangkat lunak AutoDock melalui platform PyRx dengan parameter yang sudah dioptimasi dan divalidasi. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan dua puluh struktur senyawa C-glikosida dengan afinitas ikatan terbaik dalam rentang -8,87 hingga -7,43 kkal / mol. Informasi struktur, asal tanaman, dan vendor yang menyediakan senyawa tersebut dilampirkan dalam penelitian ini. Kedua puluh senyawa tidak memenuhi kaidah Rule of Five dari Lipinski sehingga diprediksi memiliki bioavailabilitas yang buruk. Penelitian lanjutan untuk memeriksa aktivitas dan profil farmakokinetika dari senyawa yang diajukan sangat direkomendasikan.

---

Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) is metabolic syndrome with very high prevalence, affecting 463 million people in 2019. The development of sodium-dependent glucose co-transporter 2 (SGLT2) inhibitors has become a major interest lately. SGLT2 inhibitor controls the homeostatic of blood glucose by inhibiting renal glucose reabsorption. SGLT2 inhibitor also have other metabolic benefits, such as lowering blood pressure and body weight. Currently, four SGLT2 inhibitors are approved by FDA. All of them are C-glycoside compound. None of these SGLT2 inhibitors can exert more than 50% renal glucose reabsorption in humans. Then, there is also lack of selectivity found in canagliflozin. Hence, further research to find a new SGLT2 inhibitor is still needed. The in silico study was carried out to find C-Glycosides that have high potential to be used as SGLT2 inhibitor by virtual screening method. Three dimensional structure of the SGLT2 receptor was built through homology modelling with SWISS-MODEL server. C-Glycosides compounds were retrieved from ZINC15 natural compound database. Virtual screening was performed using AutoDock in PyRx platform with optimized and validated parameters. Based on the virtual screening result, twenty compounds with best affinity are identified. The obtained binding energies are within -8,47 to -7,43 kcal / mol. The information of structure, origin, and supplier of these compounds is also reported. All selected compounds are violating the Rule of Five by Lipinski, which predict that the compounds have poor bioavailability. Further research to examine the activities and pharmacokinetics profile from the proposed compounds are very recommended.

 

"

"Hipermetilasi DNA adalah sebuah proses epigenetik abnormal yang dikatalis oleh DNA Metiltransferase dan merupakan salah satu faktor penyebab munculnya penyakit tidak menular seperti kanker, diabetes, dan penyakit gangguan metabolisme lainnya. Hipermetilasi DNA dapat dihambat dengan inhibitor DNA Metiltransferase1 (DNMTi). Penelitian ini dilakukan dengan tujuan menemukan kandidat inhibitor DNA Metiltrasnferase yang berasal dari bahan alam. Pencarian senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor dilakukan dengan penapisan virtual terhadap basis data senyawa aktif tanaman herbal Indonesia (HerbalDB) menggunakan peranti lunak Autodock Vina. Dua puluh lima senyawa yang diketahui memiliki efek inhibisi terhadap DNMT1 digunakan sebagai kontrol positif dan sebagai referensi untuk membuat pengecoh menggunakan Directory of Useful Decoys: Enchanced. Penapisan yang dilakukan mendapatkan lima senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor DNA metiltransferase 1 yaitu Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, dan Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.

---

DNA Hypermethylation is an abnormal epigenetic process catalyzed by DNA Methyltranferase 1 (DNMT1), it is also one of the factor causing non-communicable disease such as cancer, diabetes, and other metabolic disease. DNA hypermethylation can be surpressed by DNA Methyltransferase inhibitor (DNMTi). This study was conducted to obtain inhibitor candidate from natural products. The search for potential inhibitors was done by conducting a virtual screening against Indonesian Herbal Compound Database (Herbal DB) utilizing Autodock Vina as docking software. Twenty-five compunds known for their inhibitory activity against DNMT1 were used as actives and as reference for generating decoys, facilitated by Directory of Useful Decoys: Enhanced. The virtual screening yields five potential DNMT1 inhibitor, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, and Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside."

"Hipertensi merupakan penyebab utama kematian dini di seluruh dunia. Masalah pada sistem renin-angiotensin-aldosteron (RAAS) merupakan salah satu faktor primer penyebab hipertensi. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) merupakan komponen utama dalam RAAS yang mengubah angiotensin I menjadi vasokonstriktor aktif angiotensin II sehingga menyebabkan peningkatan tekanan darah. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) merupakan salah satu lini pertama pada terapi hipertensi. Penemuan senyawa yang memiliki potensi sebagai ACEI masih terus dilakukan untuk mendapatkan senyawa dengan profil obat yang lebih baik dan efek samping yang lebih rendah. Di alam, senyawa fenolik tersebar luas dan merupakan metabolit sekunder yang paling banyak ditemukan. Pada penelitian ini, dilakukan eksplorasi senyawa fenolik, khususnya polifenol non flavonoid untuk mendapatkan kandidat potensial yang memiliki aktivitas penghambat ACE. Penapisan virtual polifenol non flavonoid dari laman Phenol-Explorer dilakukan menggunakan AutoDock Vina. Metode penapisan virtual dioptimasi dan divalidasi dengan redocking ligan kokristal dan penambatan ligan kontrol dari DUD-E. Metode optimum diperoleh menggunakan makromolekul dengan ion Zn, Cl dan 6 molekul air dan grid box 22,5 x 22,5 x 22,5 A3. Berdasarkan hasil penapisan virtual 341 senyawa, diperoleh peringkat 10 besar senyawa dengan energi ikatan terendah yaitu gallagic acid, pallidol, punicalin, ellagic acid acetyl-arabinoside, 1-sinapoyl-2,2’-diferuloylgentiobiose, 24-methylenecholestanol ferulate, 24-methylcholesterol ferulate, verbascoside, 24-methylcholestanol ferulate, dan ε-viniferin dengan rentang energi ikatan -11,0 hingga -10,1 kkal/mol. Hasil tersebut menunjukkan 10 senyawa memiliki potensi sebagai ACEI. Dari kesepuluh senyawa, ellagic acid acetyl-arabinoside memenuhi seluruh kaidah Lipinski’s Rule of Five.

---

Hypertension is a major cause of premature death worldwide. Problem in renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) is one of the primary factor that contribute to developing hypertension. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) is a main component of RAAS which converts angiotensin I to the active vasoconstrictor angiotensin II resulting in increased blood pressure. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) is one of the first line therapy in hypertension. The discovery of compounds which have potential as ACEI is still carries out to obtain compounds with better drug profiles and fewer side effects. In nature, phenolic compounds are widely distributed and are the most commonly found secondary metabolites. In this study, exploration of phenolic compounds especially non flavonoid polyphenolic is done to discover potential candidates which have ACE inhibitor activity. Virtual screening of non flavonoid polyphenolic compounds from Phenol-Explorer is done using AutoDock Vina. The virtual screening method was optimized and validated by redocking of co-crystal ligand and docking of control ligand from DUD-E. The optimum method is obtained using macromolecules with Zn, Cl ions and 6 water residues and grid box 22.5 x 22.5 x 22.5 A3. Based on virtual screening result of 341 compounds, top ten ranked compounds with lowest binding energy were gallagic acid, pallidol, punicalin, ellagic acid acetyl-arabinoside, 1-sinapoyl-2,2’-diferuloylgentiobiose, 24-methylenecholestanol ferulate, 24-methylcholesterol ferulate, verbascoside, 24-methylcholestanol ferulate, and ε-viniferin with binding energy range from -11,0 to -10.1 kcal/mol. This result indicated that the 10 compounds have potential as ACEI. From the ten compounds, ellagic acid acetyl-arabinoside fully complies Lipinski’s Rule of Five."

"Hipertensi merupakan salah satu masalah vaskular dengan jumlah penderita yang terus meningkat setiap tahunnya. Inhibitor Angiotensin Cnverting Enzyme (ACE) merupakan salah satu obat pilihan dalam penatalaksanaan hipertensi modern yang dikembangkan dari produk alam. Selain pengobatan modern, juga dikenal pengobatan tradisional dengan menggunakan tanaman untuk mengobati hipertensi. Pada penelitian ini, 9 jenis tanaman yang telah digunakan secara turun temurun untuk mengobati hipertensi dipilih untuk diuji aktivitas inhibisi ACE. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui aktivitas inhibisi ACE dari beberapa ekstrak tanaman uji dan mengetahui golongan kimia yang terkandung dalam ekstrak tanaman yang aktif menginhibisi ACE. Aktivitas inhibisi terhadap ACE yang diuji menggunakan metode in vitro dengan menggunakan substrat Hipuril- Histidil-Leusin (HHL) menunjukkan beberapa ekstrak tanaman berpotensi sebagai antihipertensi alamiah dengan ekstrak kulit batang nangka (Artocarpus heterophyllus) menunjukkan aktivitas inhibisi ACE paling baik dengan IC50 sebesar 5,73 μg/mL. Hasil uji penapisan fitokimia menunjukkan golongan kimia yang terkandung dalam ekstrak ini adalah alkaloid, glikosida, tanin, polifenol dan saponin. Hasil penelitian ini menunjukkan potensi beberapa tanaman sebagai sumber ACE inhibitor dan perlu diteliti lebih lanjut.

---

Hypertension is vascular problem with increasing number of patients every year. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEi) is recognized as drug of choice in modern hypertension therapy that developed from natural products. Futhermore, many plants in this world have been used as traditional antihypertensive agent, so we used this several traditionally antihypertensive plants as test subjects. Therefore, this research aims to determine ACE inhibition activity from several plants extract and determine phytochemical properties from active extract. ACE inhibitory activity is tested using in vitro methods showed some plant extracts have potential as a natural anti-hypertensive agent with stem bark extract of jackfruit (Artocarpus heterophyllus) showed the most active ACE inhibitory activity with IC50 of 5.73 μg/mL. Phytochemical screening test showed these extract contents are alkaloids, glycosides, tannins, polyphenols and saponins. These findings suggested that several plants might have potential as anti-hypertensive agent and need futher research."

"Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina.

---

Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve.

Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina."

"Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19) merupakan penyakit pernafasan yang baru ditemukan di Wuhan, China pada akhir tahun 2019. Penyakit ini menjadi pandemik secara global pada Maret 2020. Penyakit COVID-19 disebabkan oleh severe acute repiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yang masuk melalui reseptor angiotensin converting enzyme 2 (ACE 2). Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat senyawa yang dapat menghambat masuknya SARS-CoV-2 ke dalam tubuh melalui reseptor ACE 2. Penelitian ini menggunakan kandidat senyawa yang berasal dari tripeptida. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual menggunakan target molekul dengan ID 6M17 yang didapatkan melalui laman RSCB PDB. Kesimpulan penelitian ini adalah perolehan 8 kandidat senyawa tripeptida dengan energi ikatan yang paling rendah yaitu tripeptida FWW (-9,8 kkal/mol); tripeptida WFF (-9,6 kkal/mol); tripeptida  WYY (-9,6 kkal/mol); tripeptida HWW (-9,5 kkal/mol); tripeptida WFW(-9,5 kkal/mol); tripeptida WWT (-9,5 kkal/mol); tripeptida WWY (-9,5 kkal/mol); tripeptida YYW (-9,5 kkal/mol). Hasil dari visualisasi interaksi makromolekul dan ligan, ditemukan 15 residu asam amino yang penting adalah Gln102, Asp206, Glu208, Gly205, Val209, Tyr196, Lys562, Pro565, Ala396, Trp566, Leu95, Val212, Ala99, Asn210, dan Gln98.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a respiratory disease which found in Wuhan China at the end of  2019. This disease has become a global pandemic at March 2020. COVID-19  caused by a virus called severe acute repiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) which enters the body through angiotensin converting enzyme 2 (ACE 2) receptor. This study was conducted to find potential candidates of compounds that can inhibit SARS-CoV-2 entry through ACE 2. This study used tripeptides as the ACE 2 inhibitor candidates.  The method used was virtual screening using macromolecular target named ID 6M17 obtained from the RSCB PDB. The result of this study, 8 compound candidates were found to have the lowest binding energy, namely tripeptide FWW (-9,8 kcal/mol); tripeptide WFF (-9,6 kcal/mol); tripeptide WYY(-9,6 kcal/mol); tripeptide HWW (-9,5 kcal/mol); tripeptide WFW (-9,5 kcal/mol); tripeptide WWT (-9,5 kcal/mol); tripeptide WWY (-9,5 kcal/mol); tripeptide YYW (-9,5 kcal/mol). Based on the result of visualization macromolecule and ligand interaction, there are 15 crucial amino acid residues which are Gln102, Asp206, Glu208, Gly205, Val209, Tyr196, Lys562, Pro565, Ala396, Trp566, Leu95, Val212, Ala99, Asn210, dan Gln98."

"Kanker kolorektal adalah kanker yang terletak pada rektum atau kolon dengan sel-sel yang berkembang dengan tidak terkendali. Obat kanker untuk kanker kolorektal memiliki beberapa kelemahan seperti kurangnya spesifitas dan dapat terjadinya resistensi, sehingga perlu dikembangkan terapi target untuk mengurangi kelemahan tersebut. Berbagai penelitian dilakukan untuk merancang obat yang dapat mentarget protein yang berkaitan dengan perkembangan kanker kolorektal, salah satunya adalah Matrix Metalloproteinase-9. Penghambatan dari protein tersebut memungkinkan untuk menghambat penyebaran kanker, sehingga pencarian senyawa penghambat Matrix Metalloproteinase-9 menarik untuk dilakukan. Penelitian dapat dilakukan dengan memanfaatkan metode penapisan virtual. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan 10 senyawa kandidat dengan potensi menjadi inhibitor Matrix Metalloproteinase-9. Penapisan virtual dapat digunakan untuk melakukan pencarian senyawa kandidat inhibitor dari basis data HerbalDB. Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik berdasarkan energi ikatan bebas dan pose pengikatan yaitu Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Sikloartokarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-kumarat (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnosida (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahidroksiflavanon 7-alfa-l-arabinofuranosil-(1-6)-glukosida (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Sianidin 3-arabinosida (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehidropipernonalin (-10,1 kkal/mol). Hasil tersebut menunjukkan senyawa memiliki potensi untuk menghambat Matrix Metalloproteinase-9

---

Colorectal Cancer is located on the colon or the rectum of the patient with uncontrolled cell growth. Cancer drugs for colorectal cancer have several weaknesses such as lack of specificity, so it is necessary to develop targeted therapies to reduce these weaknesses. Various research were done to design a drug with purpose of targeting the protein in which is related to the growth of colorectal cancer, one of them being Matrix Metalloproteinase-9. Inhibition of Matrix Metalloproteinase-9 possibly inhibits the spread of colorectal cancer, therefore a research to find candidates is appealing. Research can be done by using the virtual screening method. The purpose of this study is to obtain 10 candidate compounds with the potential to inhibit Matrix Metalloproteinase-9. Virtual screening method is used to search for candidate compounds from HerbalDB database. Based on the screening results, the best compound rankings based on the free bond energy and binding pose were obtained, namely Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Cycloartocarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-coumarate (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnoside (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahydroxyflavanone 7-alpha-l-arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Cyanidin 3-arabinoside (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehydropipernonaline (-10,1 kkal/mol). The results indicate potential candidates to inhibit Matrix Metalloproteinase-9."

"Penyakit kardiovaskular adalah salah satu penyebab kematian yang banyak di dunia saat ini. Salah satu penyebab penyakit kardiovaskular adalah trombosis arterial yang bisa disebabkan oleh agregrasi platelet yang menutup arteri. Salah satu faktor penting dalam agregrasi platelet adalah aktivasi platelet oleh ADP dengan reseptor P2Y 12. Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat inhibitor ADP P2Y 12 yang berasal dari tanaman herbal Indonesia menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina. 96 senyawa yang terbukti memiliki aktivitas inhibisi terhadap ADP P2Y12 digunakan sebagai kontrol positif dan digunakan untuk membuat pengecoh pada DUD-E dengan mengunggah kontrol positif ke laman DUD-E. Penapisan yang dilakukan mendapatkan satu senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor P2Y 12 yaitu Roxburghine B yang berikatan pada residu asam amino yang penting Lys280 dan Arg256.

---

Cardiovascular desease is one of the leading causes of death in the world. One of the causes of cardiovascular disease is artherial thrombosis that can be caused by platelet agregration that is covered in arteries. One of important factor in platelet agregration is platelet activation by ADP receptors, P2Y 12. This research was conducted to find candidate inhibitor of P2Y 12 from Indonesian herbal plants database using AutoDock and AutoDock Vina. Ninety six compounds known for their inhibitory activity against P2Y 12 were used as actives and as reference for generating decoys on DUD E by upload positive control to DUD E website. The virtual screening yields one potential P2Y 12 inhibitor. Roxburghine B binds to important amino acid residues of Lys280 and Arg256. "