Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Maraknya perburuan dan perdagangan ilegal bagian tubuh harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae) telah mengancam populasi satu-satunya harimau endemik Indonesia. Bagian tubuh diduga harimau sumatra hasil perdagangan ilegal sering kali dalam kondisi tidak utuh dan sudah mengalami pemrosesan sehingga menyulitkan identifikasi barang bukti temuan tersebut. Aplikasi biologi molekuler dengan memanfaatkan DNA unik pada harimau sumatra menjadi penting untuk mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan markah Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) daerah gen COI pada sampel forensik harimau sumatra dan mengetahui asal usulnya. Primer spesifik dirancang dalam penelitian ini untuk mendapatkan urutan yang informatif dalam mengidentifikasi sampel forensik. Sampel yang didapatkan terdiri dari kulit, tulang, bubuk tulang, dan gigi yang berasal dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Aceh, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, Taman Nasional Batang Gadis, dan hasil temuan tim forensik dari Garut. Sebanyak 57% sampel berhasil di amplifikasi dan tujuh di antaranya berhasil dilanjutkan ke tahap sequencing. Hasilnya primer yang dirancang berhasil mengidentifikasi seluruh sampel sebagai harimau sumatra, tetapi tidak dapat membedakan asal usul masing-masing sampel. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memaksimalkan penggunaan markah FINS hingga pembentukan haplotipe.

---

The rampant poaching and illegal trading of Sumatran tiger parts (Panthera tigris sumatrae) has threatened the endemic tiger population that is the only one in Indonesia. Body parts suspected to be the result of illegal trade in Sumatran tigers are often incomplete and have undergone processing, making it difficult to identify the evidence found. The application of molecular biology by utilizing the unique DNA in the Sumatran tiger is important to overcome this problem. This study aims to develop Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) markers for the COI gene region in forensic samples of Sumatran tigers and determine their origin. A special primer was designed in this study to obtain an informative sequence in forensic sample identification. The samples obtained consisted of skin, bone, bone powder, and teeth from the Aceh Natural Resources Conservation Agency (BKSDA), Bukit Barisan Selatan National Park, Batang Gadis National Park, and the findings of the forensic team from Garut. around 57% of the total sample was successfully amplified and seven of them were successfully proceed to the sequencing stage. The result was that the designed primer succeeded in identifying all samples as Sumatran tigers, but could not distinguish the origins of each sample. Further studies are needed to maximize the use of FINS markers to haplotype formation."

"Harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) adalah subspesies harimau dengan status konservasi kritis (Crtically Endangered) yang diakibatkan oleh perdagangan ilegal. Identifikasi molekular dengan menggunakan teknik Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) dibutuhkan. Penggunaan teknik FINS memanfaatkan daerah tertentu pada DNA mitokondria (mtDNA) sebagai markah, seperti Cytochrome b. Penelitian bertujuan untuk merancang primer spesifik harimau sumatra menggunakan gen Cyt b dan membandingkannya dengan penggunaan primer universal harimau (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R dalam mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Studi ini perlu dilakukan untuk membantu proses identifikasi terkait informasi asal usul populasi sampel barang sitaan, sebagai langkah untuk mendukung upaya konservasi dan penegakan hukum atas kejahatan terhadap harimau sumatra melalui aplikasi forensik molekuler. Sebanyak 15 sampel dari asal lokasi yang berbeda diamplifikasi dan dianalisis dengan menggunakan primer yang dirancang dalam studi ini (Pts_Cytb) dan Tig. Hasil analisis menunjukkan bahwa primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk identifikasi harimau sumatra. Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon filogenetik dan analisis haplotipe, primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Sebanyak empat haplotipe ditemukan tersebar pada wilayah asal sampel. Jumlah sampel yang terbatas menyebabkan persebaran haplotipe harimau sumatra secara keseluruhan belum dapat digambarkan.

---

Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) is a subspecies of tiger with critical conservation status (Crtically Endangered) resulting from illegal trade. Molecular identification using Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) techniques is required. The use of the FINS technique utilizes certain regions of mitochondrial DNA (mtDNA) as markers, such as Cytochrome b. The aim of this study was to design a specific primer for sumatran tigers using the Cyt b gene and to compare it with the use of a universal primer for tiger (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R in detecting haplotype variations for sumatran tigers. This study needs to be carried out to assist the identification process regarding information on the origin of the population of confiscated samples, as a step to support conservation and law enforcement efforts for crimes against sumatran tigers through the application of molecular forensics. A total of 15 samples from different locations were amplified and analyzed using the primer designed in this study (Pts_Cytb) and Tig. The results of the analysis show that the Pts_Cytb primer can be used to identify the sumatran tiger. Based on the results of phylogenetic tree reconstruction and haplotype analysis, the Pts_Cytb primer can be used to detect sumatran tiger haplotype variations. A total of four haplotypes were found scattered in the area of origin of the samples. The limited number of samples meant that the overall distribution of Sumatran tiger haplotypes could not be described."

"Sampel forensik harimau sumatra yang umum diperdagangkan secara ilegal di Indonesia dan dunia, di antaranya yaitu kulit, rambut, tulang, gigi, dan tengkorak. Identifikasi molekuler sampel forensik dengan memanfaatkan penanda genetik spesifik dari sampel dapat menggunakan metode Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS). Teknik FINS memiliki lima tahapan, yakni ekstraksi isolat DNA, amplifikasi menggunakan primer, penentuan urutan basa nukleotida, analisis hasil sekuensing, dan analisis filogenetik. Bahan uji yang digunakan berjumlah 15 sampel forensik harimau sumatra yang diperoleh dari BKSDA Aceh, Taman Nasional Batang Gadis (TNBG), Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS), dan kasus kejahatan di Garut. Tahapan penelitian yang dilakukan, yaitu desain primer menggunakan Geneious Prime, ekstraksi sampel menggunakan Wizard® Genomic DNA Purification Kit, uji kuantifikasi DNA, Polymerase Chain Reaction, analisis sekuensing, dan analisis filogenetik. Primer “CR_PTS” berhasil didesain dan memenuhi syarat primer yang baik. Kemurnian dari sampel hasil ekstraksi berkisar antara 1,1–2,3. Sampel yang berhasil tervisualisasi pada gel elektroforesis, yaitu kulit, tulang rusuk, dan tulang kaki dari Aceh, serta kulit dari TNBBS. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan adanya pengelompokan klade antarsampel. Hasil analisis haplotipe tidak menunjukkan perbedaan wilayah asal pada Hap_1 yang terbentuk. Penelitian identifikasi sampel forensik menggunakan primer PTS_CR lebih lanjut perlu dilakukan untuk menguji tingkat spesifitas primer.

---

Forensic samples of Sumatran tigers that are commonly traded illegally in Indonesia and the world, include skin, hair, bones, teeth and skulls. Molecular identification of forensic samples by utilizing specific genetic markers from samples can use the Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) method. The FINS technique has five stages, namely extraction of DNA isolates, amplification using primers, determination of the nucleotide base sequence, analysis of the results of the sequencing, and phylogenetic analysis. The test materials used was 15 Sumatran tiger forensic samples obtained from BKSDA Aceh, Taman Nasional Batang Gadis (TNBG), Taman Nasional Bukit Barisan Selatan (TNBBS), and crime cases in Garut. The stages of the research were carried out, namely primer design using Geneious Prime, sample extraction using Wizard® Genomic DNA Purification Kit, DNA quantification test, PCR, sequencing analysis, and phylogenetic analysis. The primer "CR_PTS" was successfully designed and met the requirements of a good primer. The purity of the extracted samples ranged from 1.1–2.3. Samples that were successfully visualized on gel electrophoresis were skin, ribs, and leg bones from Aceh, and also skin from TNBSS. The results of the phylogenetic tree analysis showed that there was a clade grouping between samples. The results of the haplotype analysis did not show differences in the region of origin on the formed Hap_1. Further research on the identification of forensic samples using PTS_CR primers needs to be carried out to test the specificity of the primers."

"Penggunaan halal kit komersial dan qPCR dalam mendeteksi kehalalan produk pangan masih minim dilakukan di Indonesia. Hal ini dikarenakan sebagian besar kit deteksi berbasis PCR masih diimpor sehingga pendeteksian kehalalan pangan belum ekonomis. Selain itu, gen referensi untuk uji kehalalan suatu produk yang ditetapkan dalam International Organization for Standardization (ISO) juga masih sangat terbatas. Oleh karena itu, diperlukan adanya gen alternatif dalam mendeteksi kehalalan pangan, seperti gen COI. Gen tersebut digunakan karena bersifat sensitif, stabil, serta memiliki laju mutasi dan variabilitas yang rendah. Tujuan penelitian ini adalah merancang primer gen COI secara in-silico dengan nilai spesifisitas dan sensitivitas yang baik, serta dapat digunakan sebagai gen alternatif ISO. Tahapan desain primer yang dilakukan menghasilkan sepasang primer dan probe terbaik, yaitu primer forward 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, primer reverse 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, dan probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. Ekstraksi dan purifikasi DNA sampel ayam, sapi, babi domestik, dan babi hutan dilakukan menggunakan GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. DNA yang telah diisolasi selanjutnya dikuantifikasi menggunakan Nanodrop Spectrophotometer. Hasil kuantifikasi DNA yang dilakukan pada keempat sampel menunjukkan nilai kemurnian pada absorbansi A260/A280 berada pada rentang nilai 1,136—2,000 dan nilai konsentrasi DNA berada pada rentang nilai 70—1060 μg/mL. Suhu annealing optimal yang diperoleh adalah 57oC. Uji spesifisitas primer COI dan ACTB menggunakan metode qPCR menunjukkan bahwa kedua primer masih dapat mengamplifikasi sekuens DNA ayam dan persentase spesifisitas kedua primer yang didapatkan melalui perhitungan adalah 50%. Hasil uji sensitivitas primer COI menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 1 pg/µL, nilai efisiensi (E) sebesar 82,55%, dan linearitas (R2) sebesar 0,9855. Hasil uji sensitivitas primer ACTB menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 5 pg/µL dengan nilai efisiensi (E) sebesar 92,22%; dan linearitas (R2) sebesar 0,9951. Hasil uji sensitivitas primer COI dan ACTB menunjukkan nilai persentase sensitivitas yang sama, yaitu sebesar 100%, namun primer COI dinilai lebih sensitif dalam mendeteksi gen target karena menunjukkan nilai LoD yang lebih rendah daripada primer ACTB, yaitu sebesar 1 pg/µL. Berdasarkan keseluruhan hasil yang diperoleh, diperlukan adanya penelitian lebih lanjut terhadap primer gen COI untuk meningkatkan spesifisitasnya dalam mendeteksi kandungan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dan babi hutan (Sus scrofa) pada produk pangan agar dapat digunakan sebagai primer alternatif untuk pengembangan halal kit berbasis qPCR di Indonesia.

---

The use of commercial halal kits and qPCR in detecting halal food products is still minimal in Indonesia. This is because most of the PCR-based detection kits are still imported so the detection of halal food is not yet economical. In addition, the reference gene for the halal test of a product specified in the International Organization for Standardization (ISO) is still very limited. Therefore, it is necessary to have alternative genes in detecting food halalness, such as the COI gene. The gene is used because it is sensitive, stable, and has a low mutation rate and variability. This study aimed to design an in-silico primer for the COI gene with good specificity and sensitivity, which could be used as an alternative gene for ISO. The primer design phases were carried out to produce the best primer and probe pair, namely forward primer 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, reverse primer 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, and probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. DNA extraction and purification of chicken, cattle, domestic pig, and wild boar samples were carried out using the GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. The isolated DNA was then quantified using a Nanodrop Spectrophotometer. The results of DNA quantification performed on the four samples showed that the purity values for the absorbance of A260/A280 were in the range of 1.136-2.000 and the DNA concentration values were in the range of values of 70—1060 μg/mL. The optimal annealing temperature obtained is 57oC. The specificity test of COI and ACTB primers using the qPCR method showed that both primers were still able to amplify chicken DNA sequences and the percentage specificity of the two primers obtained by calculation was 50%. The results of the COI primary sensitivity test showed a limit of detection (LoD) value of 1 pg/µL, an efficiency value (E) of 82.55%, and a linearity (R2) of 0.9855. The ACTB primary sensitivity test results showed a limit of detection (LoD) value of 5 pg/µL with an efficiency value (E) of 92.22%; and linearity (R2) of 0.9951. The results of the COI and ACTB primer sensitivity tests showed the same sensitivity percentage value, which was 100%, but the COI primer was considered more sensitive in detecting target genes because it showed a lower LoD value than the ACTB primer, which was 1 pg/µL. Based on the overall results obtained, further research is needed on the COI gene primer to increase its specificity in detecting domestik pork (Sus scrofa domesticus) and wild boar (Sus scrofa) content in food products so that it can be used as an alternative primer for developing qPCR-based halal kits in Indonesia."

"Sebagai harimau terakhir yang ada di Indonesia dan dengan banyaknya ancaman kepunahan yang dihadapi subspesies ini, upaya konservasi harimau sumatra memerlukan perhatian khusus. Salah satu strategi konservasi bagi spesies terancam punah adalah program penangkaran ex situ dan kebun binatang memiliki peran dan tanggungjawab penting dalam implementasinya. Kebijakan manajemen genetik harimau sumatra di penangkaran tersebut perlu ditinjau dengan metode molekuler agar efektivitasnya dapat dipantau dengan lebih baik. Penelitian ini dilaksanakan dengan tujuan untuk mengamati kekerabatan harimau sumatra di Taman Safari Indonesia melalui pendekatan genetik, menggunakan empat belas lokus markah molekuler mikrosatelit dari sembilan individu anggota populasi harimau sumatra di Taman Safari Indonesia. Hasil yang diamati menunjukkan bahwa kekerabatan rata-rata antarindividu di dalam populasi ini lebih rendah dari biasa (r = -0,13), dan heterozigositasnya lebih tinggi dari ekspektasi sehingga koefisien inbreeding-nya bernilai negatif pula (Fis = -0.245). Hal ini menunjukkan bahwa tidak teramati adanya inbreeding, sehingga kesehatan genetik populasi ini dianggap baik. Namun, potensi dari terjadinya outbreeding depression belum dapat diamati karena metode yang digunakan ini ditujukan untuk mengamati terjadinya inbreeding yang umum dianggap sebagai ancaman utama dari populasi satwa di penangkaran. Pengamatan ini menunjukkan bahwa diperlukan adanya pendekatan manajemen genetik yang lebih komprehensif untuk menjaga keragaman dan kesehatan genetik harimau sumatra di Taman Safari Indonesia.

---

As the last surviving tiger in Indonesia, considering the many threats to extinction this subspecies is facing, conservation efforts for sumatran tigers require great care. One effective conservation strategy for endangered species involves a captive breeding program and zoos have important roles and responsibilities in its implementation. Such a genetic management policy for a captive breeding facility requires an assessment through molecular means so that its efficacy can be monitored. This study is done with the aim to observe the relatedness of sumatran tigers in Taman Safari Indonesia using fourteen microsatellite loci markers from nine individuals among the Taman Safari Indonesia sumatran tiger population. The results show that the mean pairwise relatedness among the individuals in this population is lower than usual (r = -0,13), and the heterozygosity is also higher than expected which leads to a negative inbreeding coefficient value (Fis = -0,245). This reveals that no inbreeding has been observed, which likely indicates the genetic health of this population is not at risk. However, the risk of outbreeding depression could not be ruled out, because the method used is intended to observe the presence of inbreeding, which is the more commonly investigated threat to a population’s genetic health in captivity. These findings suggest that there needs to be a more comprehensive approach to the population’s genetic management to preserve the genetic diversity and health of sumatran tigers in Taman Safari Indonesia."

"ABSTRAKRuang Lingkup dan Metode Penelitian : Mitokondria mempunyai fungsi sangat penting dalam menyediakan energi yang diperlukan sel untuk fungsi normalnya. Energi sel yang berupa adenosine triphosphate (ATP) dibentuk melalui proses fosforilasi oksidatif. Di dalam organel ini terdapat DNA mitokondria (mtDNA) yang bertanggung jawab dalam proses fosforilasi oksidatif mtDNA per mitokondria pada dasarnya tetap dalam semua tipe set, tetapi jumlah mtDNA dalam tiap sel somatik manusia sangat bervariasi pada sel yang berbeda. Dewasa ini analisis kuantitatif DNA mempunyai peranan penting dalam penelitian biologi dan aplikasi klinis. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan teknik PCR kuantitatif dengan standar internal yang dapat dipercaya, efektif, dan akurat, untuk kuantitasi jumlah salinan mtDNA pada berbagai jaringan manusia. Dalam metode penelitian ini, dilakukan konstruksi standar internal dengan mengamplifikasi fragmen DNA menggunakan primer L8655 dan H10952* (2298 pb). Juga dilakukan konstruksi standar normal dengan mengamplifikasi fragmen DNA pada daerah yang berada di dalam fragmen standar internal. Standar internal dan standar normal diklon di dalam bakteri Lscherichia coli. Reliabilitas standar internal diuji dengan mengkoamplifikasi standar internal dan standar normal menggunakan primer L10348 dan H 10943 pada daerah gen yang menyandi subunit tRNAArg, ND4L, dan ND4. Penelitian dilakukan pada sampel jaringan otopsi dari lima orang mayat dengan jumlah masing-masing 15 jaringan. Kuantitasi mtDNA berbagai jaringan dilakukan dengan mengkoamplifikasi cetakan standar internal di atas dan cetakan DNA target menggunakan primer L10348 dan H10943 (596 pb). Hasil amplifikasi didigesti dengan enzim restriksi Bgl I, selanjutnya dipisahkan secara elektroforesis, direkam pada foto hitam putih dan dianalisis menggunakan densitometer. Hasil analisis kuantitatif mtDNA dari berbagai jaringan manusia akan bermanfaat untuk mengetahui peranan variasi jumlah salinan mtDNA terhadap kapasitas jaringan dalam proses fosforilasi oksidatif dan akan memberikan referensi penting untuk penelitian lebih lanjut niengenai berbagai macam penyakit akibat mutasi mtDNA.Hasil dan Kesimpulan : Hasil uji reliabilitas standar internal memberikan rata-rata hasil akhir sebesar 1,05 ng dari konsentrasi standar normal awal 1 ng (sebelum diamplifikasi). Dari hasil tersebut menunjuukan bahwa teknik PCR kuantitatif dengan standar internal merupakan teknik yang akurat dan efisien. Dari hasil penelitian yang relatif awal menggunakan teknik PCR kuantitatif dengan standar internal menunjukkan indikasi bahwa jumlah salinan mtDNA pada jaringan ginjal, jantung, serebelum, hati, basal ganglia, dan kortek serebri lebih banyak dari jaringan yang lain. Hal ini sesuai dengan fungsi metabolisme energi yang tinggi dari jaringan tersebut."

"Perburuan harimau sumatra masih marak terjadi dan mengancam keberadaan subspesies harimau terakhir yang tersisa di Indonesia. Tingginya permintaan bagian tubuh harimau hasil perburuan mendorong praktik pemalsuan yang berpotensi mempersulit identifikasi secara morfologis sebagai langkah awal penegakan hukum. Identifikasi secara akurat juga merupakan hal penting, mengingat hukum nasional hanya melindungi spesies asli Indonesia. Identifikasi berbasis DNA dapat menjadi alternatif untuk mengatasi kesulitan tersebut. Namun, ukuran sampel forensik yang tersedia, serta waktu dan cara penyimpanannya dapat menyulitkan proses ekstraksi DNA dan berpotensi membatasi aplikasi tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode yang cepat dan efektif untuk mengekstrak DNA dari sampel forensik terpreservasi. Sampel yang digunakan terdiri dari rambut harimau yang diawetkan dengan arsen dan potongan kulit yang diperoleh dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, rambut harimau yang diperoleh dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BSKDA) Bengkulu, serta potongan kulit harimau hasil sitaan BKSDA Aceh. Tiga metode ekstraksi DNA, metode ion exchange, salting out, dan metode berbasis protease dikaji dalam penelitian ini. Hasil yang diperoleh menunjukkan ekstraksi berbasis protease memiliki keunggulan dalam menghasilkan DNA yang berdaya guna dalam proses identifikasi spesies dari sampel terpreservasi. Studi lebih lanjut masih diperlukan agar dapat memulihkan DNA yang cukup digunakan dalam proses identifikasi seks.

---

Poaching and illegal wildlife trade present serious threats to the Sumatran tiger, the only remaining tiger subspecies in Indonesia. High demand for tiger body parts leads to many imitation merchandises sold in the markets, and this might complicate morphological identification of any confiscation cases. Accurate identification is also important in a legal due process, given the national protection law only regulates Indonesia’s native species. Identification using molecular approaches may overcome the problem. However, most illegally traded tiger body parts have been preserved for a long time, reducing the quantity and quality of DNA that could be recovered. This study aims to develop a fast and effective method to extract DNA from preserved forensic samples. We used museum samples of arsenic-treated hairs and a tiger skin piece obtained from the Indonesian Institute of Sciences, tiger hairs obtained from Conservation of Natural Resources Office (BKSDA) Bengkulu, and a confiscated tiger skin sample from BKSDA Aceh. DNA was extracted using ion exchange, salting out, and protease-based methods. The results showed that the protease-based extraction outperformed the rest of the methods to yield applicable DNA isolates for species identification from preserved samples. Further works still needed to recover enough DNA yields for sex identification."

"Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan spesies endemik Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, Indonesia, dengan status konservasi kritis (critically endangered and Possibly Extinct in the Wild). Upaya reintroduksi kura-kura tersebut sudah dilakukan, tetapi keberadaan individu C. mccordi tetap tidak terdeteksi di alam. Pendekatan environmental DNA (eDNA) menjadi metode nonivasit alternatif untuk pendeteksian dan pemantauan spesies tersebut. Pengembangan metode pendeteksian eDNA C. mccordi memerlukan markah (primer) spesies spesifik agar dapat mengidentifikasi dengan akurat keberadaan DNA target pada sampel. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan primer spesies spesifik untuk markah gen Cytochrome b (Cyt b) dalam pendeteksian eDNA C. mccordi. Primer dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen Cyt b dari C. mccordi dengan spesies Chelodina lain. Pengujian primer dilakukan menggunakan sampel air yang mengandung DNA target untuk mengevaluasi spesifitas dan sensitivitas primer. Sampel air yang sudah terekstrak kemudian diproses dengan teknik Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dan High Resolution Melting (HRM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer desain (UI_Cm_Cytb) berhasil mengidentifikasi keberadaan C. mccordi dalam sampel. Nilai sensitivitas dan spesifitas primer tergolong tinggi, yaitu 87,5% dan 100%, serta primer tersebut dapat digunakan dalam pendeteksian eDNA C. mccordi dari sampel air. Primer perlu dilakukan optimasi lebih lanjut terkait pendeteksian kelimpahan individu.

---

The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an Indonesia endemic species with critically endangered and Possibly Extinct in the Wild status. Attempts to reintroduce this turtle have been conducted, however the tracking of C. mccordi individuals in their natural habitat has not been observed. The environmental DNA (eDNA) is an alternative non-invasive method for detection and monitoring of this species. The development of an eDNA method for detection of C. mccordi requires species-specific markers in order to accurately identify the presence of target DNA in the sample. This study aims to develop species-specific primers using the Cytochrome b (Cyt b) as molecular marker for the detection of eDNA from C. mccordi. The specificity and sensitivity of the primers were evaluated using water samples containing C. mccordi and their related species. The extracted eDNA from water samples are then processed using Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and High-Resolution Melting (HRM) techniques. The results showed that the design primer (UI_Cm_Cytb) was successful for detection the presence of C. mccordi from the samples. The sensitivity and specificity values of the primers are relatively high, namely 87.5% and 100%. Futhermore, the primer needs to be optimized and tested regarding the individual abundance in sample."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Preeklampsia adalah salah satu komplikasi kehamilan yang paling sering ditemukan dan berakibat serius bagi ibu dan janin, dengan angka kejadian mencapai 5,8% pada kehamilan pertama dan 0,4% pada kehamilan kedua. Faktor penyebab preeklampsia belum diketahui, namun diyakini bahwa dasar gangguan preeklampsia terjadi pada plasenta dan ada indikasi keterlibatan faktor genetik yang bersifat poligenik. Keterlibatan DNA mitokondria (mtDNA) pada preeklampsia terlihat dari: (a) pola penurunannya yang cenderung bersifat maternal (b) insidennya tinggi pada beberapa keluarga dengan riwayat penyakit mitokondria [Torbergsen et al, 1989] (c) adanya penurunan aktivitas enzim sitokrom c oksidase (komplek enzim IV rantai respirasi mitokondria) pada jaringan plasenta penderita preeklampsia [Matsubara et al, 1997]. Penelitian ini secara umum dimaksudkan untuk mencari bukti-bukti yang lebih kuat tentang peran mitokondria dalam patogenesis preeklampsia. Tujuan khusus penelitian ini adalah untuk menjawab pertanyaan: (l) apakah mutasi titik mtDNA A3243G dan A12308G yang telah ditemukan pada keluarga di Finlandia dapat ditemukan juga pada penderita preeklampsia di Indonesia, (2) apakah terdapat kelainan fungsi enzim rantai respirasi pada preeklampsia (3) bagaimana prevalensi polimorfisme T16189C pada penderita preeklampsia dan kontrol di Indonesia (4) apakah latar belakang genetik mtDNA di populasi Indonesia berperan pada manifestasi klinik preeklampsia. Deteksi mutasi dan analisis latar belakang genetik mtDNA dilakukan dengan teknik PCR-RFLP. Teknik spektra heme digunakan untuk mengetahui konsentrasi sitokrom aa3, b dan cci dalam komplek-komplek enzim mitokondria.Hasil dan Kesimpulan: Mutasi mtDNA A3243G dan A 12308G tidak ditemukan pada kelompok preeklampsia maupun kontrol. Ini memperkuat dugaan bahwa mutasi A3243G memang tidak spesifik untuk populasi Indonesia Hasil pengukuran spektra heme menunjukkan konsentrasi sitokrom b pada kelompok preeklampsia secara nyata lebih rendah dari kelompok kontrol. Prevalensi polimorfisme T16189C cenderung lebih tinggi pada kelompok preeklampsia. Konsentrasi sitokrom b pada penderita preeklampsia dengan polimorfisme T16189C, lebih rendah dari pada kontrol dengan polimorfisme yang sama, sedangkan kadar sitokrom b pada kelompok preeklampsia dan kontrol tanpa polimorfisme ini ternyata tidak berbeda. Sebaran haplogrup mtDNA pada kedua kelompok cukup merata, haplogrup B proporsinya hampir dua kali Iebih tinggi pada kelompok preeklampsia, sebaliknya haplogrup M Iebih banyak ditemukan pada kontrol, namun tampaknya variasi pada latar belakang genetik mtDNA ini tidak mempengaruhi manifestasi penyakit preeklampsia pada populasi Indonesia."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, yang tergolong Critivally Endangered-Possibly Extinc in the Wild (CRPEW) berdasarkan IUCN. Rendahnya kepadatan C. mccordi menjadi tantangan dalam pemantauan secara visual, sehingga dibutuhkan pendekatan molekuler sebagai metode alternatif. Namun, primer spesifik untuk C. mccordi belum pernah dikembangkan. Penelitian dilakukan dengan mengembangkan markah genetik yang menargetkan gen ND2 mtDNA pada sampel eDNA dari air melalui metode qPCRHRM, serta menguji sensitivitas dan spesifisitas primer. Bahan uji yang digunakan adalah air kolam C. mccordi, C. expansa, campuran (C. mccordi dan C. expansa), dan air keran. Hasil perancangan primer didapat panjang produk 179 bp dengan menganalisis basa unik yang hanya diekspresikan oleh C. mccordi. Analisis kualitatif dengan PCR dan visualisasi elektroforesis, serta validasi dengan sekuensing menunjukkan primer memiliki spesifisitas yang tinggi terhadap C. mccordi. Primer yang dirancang hanya mampu mengamplifikasi hingga dilusi 3 tingkat dengan faktor dilusi 10x. Efisiensi primer tergolong baik dengan nilai 100%, dan persamaan regresi linear (y= -3,32x + 34,127), serta R2 sebesar 0,9801. Analisis HRM dilakukan untuk mendeterminasi C. mccordi berdasarkan suhu luruh (80—81˚C). Hasil pengujian sensitivitas dan spesifisitas sebesar 81,25% dan 62,5% menunjukkan bahwa primer tidak direkomendasikan untuk analisis kuantitatif dengan qPCR-HRM. Pengembangan desain primer spesifik-spesies perlu dirancang kembali dengan gen target lain seperti COI dan Cyt-b untuk pendeteksian C. mccordi melalui eDNA. Meskipun demikian, primer yang dirancang tetap bisa digunakan untuk analisis kualitatif.

---

The Roti Island Snake-necked Turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species of Roti Island, classified as Critically Endangered-Possibly Extinct in the Wild (CRPEW) according to the IUCN. The low density of C. mccordi poses a challenge for visual monitoring, necessitating a molecular approach as an alternative method. However, specific primers for C. mccordi have not been developed. The research involved the development of genetic marker targeting the ND2 mtDNA gene in eDNA samples from water using the qPCR-HRM method and testing the sensitivity and specificity of the primers. Test materials included water from C. mccordi, C. expansa, a mixture (C. mccordi and C. expansa), and tap water. The designed primer obtained a product length of 179-bp by analyzing unique bases specific to C. mccordi. Qualitative analysis with PCR and electrophoresis visualization, then validated by sequencing, showed high primer specificity for C. mccordi. The designed primers could only amplify up to a 3-level dilution with a 10x dilution factor. The qPCR reaction efficiency was considered good at 100%, with a linear regression equation (y = -3.32x + 34.127) and an R2 of 0.9801. HRM analysis was carried out to determine C. mccordi based on the melting temperature (80—81˚C). Sensitivity and specificity test results of 81.25% and 62.5% indicated that the primers are not recommended for quantitative analysis with qPCR-HRM. The redesign of species-specific primer with other target genes such as COI and Cyt-b for C. mccordi detection via eDNA is needed. Nevertheless, the designed primers can still be used for qualitative analysis."