Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Virus dengue merupakan virus kelas Flaviviridae yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti yang sebelumnya telah terinfeksi oleh virus dengue. Diagnostik dini dilakukan dalam upaya menekan penyebaran virus ini agar pasien yang terinfeksi bisa ditangani lebih cepat. NS1 merupakan protein yang terdapat pada virus dengue dapat ditemukan di darah pasien satu hari setelah gejala infeksi primer maupun sekunder. Hal ini menjadikan NS1 penanda biologis serta target nanobodi yang tepat dalam diagnosis infeksi virus dengue. Nanobodi yang mengenali antigen NS1 pada DENV menjadi potensi alat uji diagnostik dengue karena sifatnya yang lebih unggul daripada antibodi konvensional. Penelitian ini berfokus pada pembuatan prototipe tes diagnostik cepat berbasis uji aliran lateral untuk mendeteksi NS1 pada virus dengue menggunakan nanobodi anti-NS1. Pada penelitian ini, nanobodi anti-NS1 klon DD7 dan DD5 diekspresikan pada E. coli BL21(DE3). Dalam pembuatan prototipe, dilakukan optimasi formulasi konjugasi antara nanopartkel emas dengan nanobodi anti-NS1. Sebanyak tiga optimasi dilakukan dalam mendapatkan konjugasi nanopartikel emas dengan nanobodi yang optimal, yaitu optimasi pH buffer, konsentrasi nanobodi, dan diameter nanopartikel emas. pH buffer optimal untuk klon DD5 dan DD7 adalah buffer borat pH 9, konsentrasi nanobodi optimal untuk klon DD5 dan DD7 adalah 10 ng, dan diameter optimal nanopartikel emas untuk klon DD5 dan DD7 adalah 40 nm. Pada pembuatan prototipe, konjugasi antara nanopartikel emas dan nanobodi klon DD5 belum berhasil mendeteksi antigen yaitu berupa virus dengue pada bagian test line prototipe dan untuk konjugasi antara nanopartikel emas untuk klon DD7 menghasilkan reaksi false positive pada prototipe.

---

Dengue virus is a class of Flaviviridae virus transmitted through the bite of Aedes aegypti mosquitoes that have previously been infected by the dengue virus. Early diagnostics are carried out in an effort to suppress the spread of this virus so that infected patients can be treated faster. NS1 is a protein found in the dengue virus that can be found in the patient's blood one day after symptoms of primary or secondary infection.This makes NS1 a biosensor as well as a precise target for nanobodies in the diagnosis of dengue virus infection. Nanobodies that recognize NS1 antigens in DENV are potential dengue diagnostic test kits because they are superior to conventional antibodies. This research focuses on making rapid diagnostic tests based on lateral flow assay to detect NS1 in dengue viruses using anti-NS1 nanobodies as an alternative diagnostic test on dengue virus. In this study, anti-NS1 nanobodies of DD7 and DD5 clones were expressed in E. coli BL21(DE3). In making prototypes, optimization of conjugate formulations between gold nanoparticles and anti-NS1 nanobodies was carried out. A total of three optimizations were carried out in obtaining the conjugation of gold nanoparticles with optimal nanobodies, namely optimization of buffer pH, nanobody concentration, and diameter of gold nanoparticles. The optimal buffer pH for DD5 and DD7 clones is pH 9 borate buffer, the optimal nanobody concentration for DD5 and DD7 clones is 10 ng, and the optimal diameter of gold nanoparticles for DD5 and DD7 clones is 40 nm. In making the prototype, the conjugation between gold nanoparticles and DD5 clone nanobodies has not succeeded in detecting antigens in the form of dengue virus in the prototype test line and for conjugation between gold nanoparticles for DD7 clones resulting in false positive reactions in the prototype."

"ABSTRAK Pengembangan diagnosis DBD dengan pendekatan deteksi antigen saat iniadalah deteksi IgM/IgG antibodi dan circulating dengue virus non-structuralprotein 1 yang bersirkulasi dalam serum atau plasma penderita. Nonstructaralprotein I (NS1) merupakan glikoprotein yang diperlukan dalam proses replikasivirus. Pada infeksi akut NSI disekresikan dari sel yang terinfeksi dan akanbersirkulasi dalam darah penderita DBD baik pada infeksi primer maupuninfeksi sekunder. NSI dapat dideteksi pada penderita terinfeksi virus dengueserotipe 1, 2, 3 maupun 4. NSI disekresi pada hari 1 sampai hari 9 saat onsetdemarn, sehingga dengan deteksi NSI diharapkan diagnosis DBD dapatditegakkan lebih dini, atau secepatnya pada hari 1 onset demam. Saat ini sudahtersedia secara komersial Diagnostik Kit SD Dengue Duo (Dengue NS1 Ag+AbCombo). Penelitian ini bertuiuan untuk mendapatkan alternatif diagnosis infeksivirus dengue dengan melakukan uii validasi produk tersebut terhadap IgM, IgGdan NS1 pada tersangka penderita DBD di Rumah sakit Imanuel BandarLampung. Uji validasi meliputi sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, nilaiduga negatif, rasio kecenderungan positif, rasio kecenderungan negatif danakurasi. Hasil uji dibandingkan dengan RT-'PCR sebagai baku emas (goldstandard). Hasilnya menunjukkan Dengue NSI Ag menunjukkan sensitivitas(sebesar 100%), spesifisitas sebesar 92%, nilai duga positif (NDP) sebesar 58%,nilai duga negatif (NDN) sebesar 100% dan akurasi sebesar 92,5%, nilai ROCsebesar 95.8% menunjukkan bahwa NS-1 dapat mendiagnosis Dengue dengan baiksekali.Disimpulkan bahwa Diagnostik Kit SD Dengue Duo (Dengue NS1 Ag+Ab Combo )layak dan memadai sebagai perangkat diagnosis DBD.

---

ABSTRACT New approach of dengue diagnosis is detecting of circulating denguenonstructural protein 1 (NS1) IgM/IgG antibodies, antigen in patient sera orplasma. NSI is a glycoprotein essential use for virus replication process. It issecreted from infected cells and detectable in blood from the lst day aftertheonset of fever up to day 9. This protein could be detected in dengue virusinfection either serotype 1,2,3 and 4 by NS1 detection and IgM/IgG. Promptdiagnosis could be made as soon as on day 1 onset of fever. The NS I antigen assayhas been developed for commercial use Diagnostik Kit SD Dengue Duo (DengueNS1 Ag+Ab Combo). To find out an alternative dengue diagnostic tool DengueNS1. Ag was validated for early diagnosis of febrile stage in patients withsuspect dengue infection as a gold standard of the test was rely on RT-PCR.The diagnostik Kit SD Dengue Duo (Dengue NS1 Ag+Ab Combo) showssensitivity 100%, spesificity 92%, positive predictive value (PPV) 58%, negatifpredictive value (NPV) 100% and accuracy 94,5% respectively, ROC 95.8%the agreement between both tests were good. It was concluded that DiagnostikKit SD Dengue Duo (Dengue NS1 Ag+Ab Combo) and NSI Ag good and could beused for early diagnosis of dengue virus infection."

"Deteksi cepat yang umum digunakan untuk penyakit demam berdarah (DBD) atau Dengue Fever (DF) adalah dengan memanfaatkan monoklonal antibodi (mAb) antiprotein non-struktural 1 (anti-NS1). Akan tetapi, terdapat kelemahan dari penggunaan mAb, seperti biaya dan waktu produksi yang tinggi serta lama. Single domain-antibody (sdAb) atau nanobodi yang dapat mendeteksi protein non-struktural 1 (nanobodi anti- NS1) dari DENV sedang dalam tahap pengembangan sebagai solusi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan buffer dengan pH paling optimal yang mampu meningkatkan stabilitas termal dari nanobodi anti-NS1 klon DD5 dan DD7 menggunakan metode TSA. Nanobodi anti-NS1 klon DD5 dan DD7 yang menjadi sampel diproduksi pada Escherichia coli (E. coli) BL21 (DE3) dan dipurifikasi dengan metode Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC). Nanobodi anti-NS1 berhasil diproduksi dan dipurifikasi sebanyak 294 μg/mL untuk klon DD5 dan 377 μg/mL untuk klon DD7. Dari sepuluh buffer yang diuji, hanya beberapa buffer yang menghasilkan data konsisten, yakni sodium fosfat pH 7, pH 7,4, dan pH 9; HEPES pH 7 dan pH 8; serta Tris- HCl pH 7. Buffer lain menunjukkan data yang tidak konsisten. Hal tersebut, disebabkan oleh keadaan uji yang tidak optimal, seperti rasio protein dan dye yang kurang baik, pelipatan protein yang tidak sempurna atau terbukanya lipatan protein pada awal uji, dan berikatannya dye dengan plastik dari plate. Kedua klon nanobodi anti-NS1 paling stabil berada dalam buffer sodium fosfat dengan pH 7,4 yang saat ini digunakan sebagai buffer penyimpanan saat ini. Rata-rata titik leleh (Tm) pada buffer tersebut merupakan yang paling tinggi untuk klon DD5 (47,9±3,7oC) maupun klon DD7 (50,8±4,3oC). Nanobodi anti-NS1 pada kedua klon menunjukkan destabilisasi dalam buffer lain yang ditandai turunnya rata-rata Tm pada kedua klon. Kesimpulan yang didapatkan dari penelitian ini adalah metode Thermal Shift Assay (TSA) dapat digunakan untuk mendapatkan buffer dengan pH optimal yang meningkatkan stabilitas termal dari nanobodi anti-NS1.

---

Rapid detection commonly used for Dengue Fever (DF) is by utilizing monoclonal antibodies (mAb) against non-structural protein 1 (anti-NS1). However, there are weaknesses by using mAb, such as high production costs and long production time. Single domain-antibody (sdAb) or nanobody, which can detect non-structural protein 1 (anti- NS1 nanobody) from DENV, is currently under development as a solution to these problems. This study aims to obtain the most optimal pH buffer capable of enhancing the thermal stability of DD5 and DD7 anti-NS1 nanobodies using the Thermal Shift Assay (TSA) method. The DD5 and DD7 anti-NS1 nanobodies, which are the samples, were produced in Escherichia coli (E. coli) BL21 (DE3) and purified using the Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) method. The anti-NS1 nanobodies were successfully produced and purified, yielding 294 μg/mL for DD5 clone and 377 μg/mL for DD7 clone. Out of the ten tested buffers, only a few produced consistent data, namely, sodium phosphate pH 7, pH 7.4, and pH 9; HEPES pH 7 and pH 8; and Tris-HCl pH 7. Other buffers showed inconsistent data due to suboptimal test conditions, such as poor protein-to-dye ratio, imperfect protein folding, protein unfolding at the beginning of the test, and dye binding to the plastic of the plate. Both stable anti-NS1 nanobody clones were found in sodium phosphate buffer with pH 7.4, currently used as the storage buffer. The average melting point (Tm) in this buffer was the highest for both DD5 (47.9±3.7°C) and DD7 (50.8±4.3°C) clones. The anti-NS1 nanobodies in both clones showed destabilization in other buffers, indicated by a decrease in the average Tm for both clones. The conclusion drawn from this research is that the Thermal Shift Assay (TSA) method can be used to obtain the optimal pH buffer that enhances the thermal stability of anti- NS1 nanobodies."

"Dengue virus (DENV) merupakan virus dalam kelas Flaviviridae yang menyebabkan demam berdarah dengue. Tingkat infeksi DENV global diperkirakan mencapai 390 juta jiwa per tahun, menjadikannya salah satu dari 10 ancaman kesehatan dunia. Dengue ditularkan oleh nyamuk Aedes di pusat kota tropis dan subtropis, termasuk Indonesia. Nanobodi yang mengenali antigen NS1 DENV menjadi potensi alat uji diagnostik dengue karena sifatnya yang lebih stabil dan lebih mudah dimanipulasi serta diproduksi daripada antibodi konvensional. Pada penelitian ini, nanobodi anti-NS1 varian DD7 diekspresikan pada E. coli BL21(DE3). Untuk menentukan kondisi induksi yang optimal, metode permukaan respon berdasarkan desain eksperimen Box-Behnken digunakan. Sebanyak 15 eksperimen dilakukan untuk menyelidiki pengaruh suhu induksi, konsentrasi IPTG, dan durasi induksi terhadap berat kering biomassa dan konsentrasi nanobodi. Kondisi optimal ekspresi nanobodi anti-NS1 dicapai pada suhu induksi 32,156 °C, konsentrasi IPTG 0,535 mM, dan durasi induksi 3,556 jam dengan prediksi berat kering biomassa sebesar 233,253 mg dan konsentrasi nanobodi sebesar 0,437 mg/mL. Hasil optimasi pada penelitian ini dapat menjadi pertimbangan dalam penentuan parameter operasi pada produksi nanobodi anti-NS1 DD7 skala besar.

---

Dengue virus (DENV) is a virus in the class Flaviviridae that causes dengue fever. The global DENV infection rate is estimated at 390 million people per year, making it one of the top 10 global health threats. Dengue is transmitted by the Aedes mosquito in tropical and subtropical urban centers, including Indonesia. Nanobodies that recognize the NS1 DENV antigen become a potential dengue diagnostic tool because they are more stable and easier to manipulate and produce than conventional antibodies. In this study, anti-NS1 nanobody variant DD7 was expressed on E. coli BL21(DE3). To determine the optimal induction condition, response surface methodology based on Box-Behnken experimental design was employed. A total of 15 experiments were carried out to investigate the effect of induction temperature, IPTG concentration, and induction duration on dry biomass weight and nanobody concentration. The optimal conditions for the expression of anti-NS1 nanobodies were achieved at an induction temperature of 32,156 °C, IPTG concentration of 0.535 mM, and induction duration of 3,556 hours with a predicted dry biomass weight of 233,253 mg and nanobody concentration of 0.437 mg/mL. The optimization results in this study can be considered in selecting the operating parameters for large-scale production of anti-NS1 DD7 nanobodies."

"ABSTRAKInfeksi DENV masih menjadi masalah kesehatan masyarakat Indonesia, karena angka kesakitan semakin meningkat, masih menimbulkan kematian dan sering terulangnya kejadian luar biasa (KLB). Salah satu permasalahan terbesar pada manajemen pasien yang terinfeksi adalah untuk memperoleh hasil diagnosis yang cepat dan spesifik dari infeksi DENV pada fase akut. Deteksi NS1 virus dengue merupakan solusi untuk deteksi dini infeksi dengue. Pada penelitian ini dilakukan produksi antibodi anti-NS1 DENV 2 berlabel HRP untuk mendeteksi antigen NS1 DENV. Untuk mendapatkan antibodi anti-NS1 DENV 2, protein NS1 sebanyak 500µg disuntikkan ke kelinci. Booster dilakukan sebanyak tiga kali dengan menyuntikkan NS1 500µg. Antibodi anti-NS1 yang dihasilkan oleh kelinci kemudian dilabel menggunakan horseradish peroxidase (HRP) dan dilakukan optimasi slot blot immunoassay. Setelah antibodi anti-NS1 DENV 2 berlabel HRP dikonfirmasi dengan direct ELISA, dilakukan uji reaksi silang. Pada penelitian ini digunakan 15 plasma pasien positif dengue yang terdiri dari serotipe 1, 2, 3 dan 4, 3 plasma negatif dengue, 1 plasma orang sehat dan 1 kontrol positif yaitu protein NS1 DENV 2. Hasil menunjukkan, antibodi anti-NS1 DENV serotipe 2 dapat mengenali NS1 yang berasal dari serotipe 1,2,3, dan 4. Hal ini disebabkan karena protein NS1 merupakan glikoprotein yang sangat terkonservasi diantara keempat serotipe dengue. Adanya kemiripan epitop NS1 DENV 2 dengan serotipe lainnya membuat antibodi anti-NS1 DENV 2 dapat mengenali protein NS1 dari serotipe dengue yang lain. Sedangkan hasil negatif ditunjukkan pada plasma pasien orang sehat. Untuk sampel 3 plasma negatif dengue, hasil slot blot menunjukkan 2 negatif dan 1 indeterminate. Disimpulkan bahwa antibodi anti-NS1 DENV 2 berlabel HRP dapat digunakan untuk dalam uji slot blot untuk mendeteksi keempat serotipe virus dengue.

---

ABSTRACTDENV infection remains a public health problem in Indonesia, as the number of illnesses is still increasing, causing death and frequent recurrence of outbreaks. One of the biggest problems in managing infected patients is how to get a rapid and specific diagnosis of DENV in the acute phase. Detection of dengue virus is a solution for early detection of dengue infection. In this study, production of labelled anti-NS1 DENV 2 antibody to be used for dengue antigen detection. To get anti-NS1 DENV 2 antibody, protein NS1 500 μg was injected into rabbit. Booster is done three times by injecting NS1 500 μg. Anti-NS1 antibodies produced by rabbits then were labeled by horseradish peroxidase (HRP). After confirmation of labelled anti-NS1 DENV antibody and optimation of in-house slot blot immunoassay, cross reactivity between DENV serotype was performed. In this study, 15 dengue positive patients serotypes 1, 2, 3 and 4, three dengue negative plasma, 1 healthy person plasma and 1 positive control on NS1 DENV 2 were used. The results showed that anti-NS1 DENV serotype 2 antibody could recognize NS1 from serotypes 1,2,3, and 4. This may be because the NS1 protein is a highly conserved glycoprotein among four dengue serotypes. The similarity of NS1 DENV 2 epitopes with other serotypes makes NS1 DENV 2 antibody can recognize NS1 protein from other dengue serotypes. While negative results are shown on the plasma of healthy patients. For a sample of 3 negative plasma dengue, the result of the blot slot showed 2 negatives and 1 indeterminate. An HRP-labelled anti-NS1 DENV 2 antibody could be used in slotblot immunassay to detect NS1 of four serotype of dengue infection."

"Protein Non Struktural-1 (NS-1) dari virus dengue terbukti menjadi penandauntuk diagnosis awal infeksi dengue. Bio-Rad NS1 Ag adalah salah satu alatdiagnostikdi Indonesia yang menggunakan NS1.Tujuan dari penelitian ini adalahuntuk mengukur sensitivitas dan spesifisitas kit pada virus dengue serotype-2(DENV-2), virus dengue serotype-4 (DENV-4) dan infeksi campuran Ujidiagnostik dilakukan selama36 bulan (Maret2010 ?Februari 2013). Sebanyak 102pasien dengan demam kurang dari 48 jam memenuhi kriteria inklusi dalam studiini. Reverse Transcripion-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) atau isolasivirus di cell line C6/36 atau kenaikan titer antibody dijadikan sebagai standarbaku penentu infeksi dengue. RT-PCR juga digunakan untuk menentukan serotipevirus. Analisis statistik dilakukan dengan menggunakan SPSS versi 17.0. Variabeldata binomial disajikan dalam interval kepercayaan 95%. Sensitivitas danspesifisitas kit diagnostik disajikan dalam tabel 2x2 dan area di bawah kurva(AUC) dari Receiver Operating Characteristics Curve. Dari 102 pasien secaraberurutan didapatkan DENV-1, DENV-2, DENV-3 dan DENV-4, adalah 17(16.7%), 21 (20.5%), 16 (15.7%) dan 4 (3.9%). Pada penelitian ini jugaditemukan infeksi campuran yaitu campuran (i)DENV-1 dan DENV-2, (ii)DENV-1 dan DENV-3, (iii)DENV-1 dan DENV-4, (iv)DENV-1, DENV-3, dan DENV-4,(v)DENV-2 dan DENV-4 dan (vi)serotipe yang tidak diketahui secara berurutanadalah 2 (2.0%), 3 (2.9%), 1 (1.0%), 1 (1.0%), 1 (1.0%), dan 2 (2.0%).Sensitivitas dan spesifisitas masing Bio-Rad NS1 Ag Strip untuk mendeteksiinfeksi DENV-2 adalah 76,2% dan 100% (95% CI, 76.8% to 99.3%). Sementaraitu, sensitivitas dan spesifisitas strip untuk mendeteksi infeksi DENV-4 adalah50% dan 100% (95% CI, 50% to 100%). Sensitivitas dan spesifisitas Bio-RadNS1 Ag Strip pada infeksi campuran adalah 100% (95% CI, 95% to 100%). Bio-Rad NS1 Ag memiliki sensitivitas tinggi dan spesifisitas untuk menentukaninfeksi akut DENV-2 dan infeksi campuran. Namun, Bio-Rad NS1 Ag memilikisensitivitas yang terbatas, namun spesifisitas tinggi untuk diagnosis infeksi akutDENV-4.;Non Structural-1 (NS1) protein of dengue virus is proven to be a marker for earlydiagnosis of dengue infection. Bio-Rad NS1 Ag Strip is one of the availablediagnostic kit in Indonesia that comprised of NS1. The aim of this study was tomeasure the sensitivity and specificity of the kit within DENV-2, DENV-4andmixed dengue virus serotypes. This study was done in 36 months (March 2010-February 2013). There were 102 dengue suspected patients with fever less than 48hours was fulfilling inclusion criteria. Reverse Transcription- Polymerase ChainReaction (RT-PCR) or virus isolation in C6/36 cell line or increase titer antibodyby ELISA was used as gold standard. RT-PCR was also used to determineserotype of the dengue virus. SPSS version 17.0 was the main statistical tool thatwe used. Data binominal variables was presented as incidence rates with 95%confidence intervals. Sensitivity and specificity of diagnostic kit was presented in2x2 tablesand area under the curve (AUC) of the Receiver OperatingCharacteristics Curve. From 102 patients, 68 (68.3%) patients were confirmedpositive dengue infection. Within confirmed dengue infection patients by RT-PCRwe found DENV-1, DENV-2, DENV-3,DENV-4 17 (16.7%), 21 (20.5%), 16(15.7%), 4 (3.9%), respectively. It was also found some mixed infection cases,which were (i)DENV-1 and DENV-2, (ii)DENV-1 and DENV-3, (iii)DENV-1and DENV-4, (iv)DENV-1, DENV-3 and DENV-4, (v)DENV-2 and DENV-4 and(vi)unknown were of 2 (2.0%), 3 (2.9%), 1 (1.0%), 1 (1.0%), 1 (1.0%) and 2(2.0%), respectively. The sensitivity and specificity of Bio-Rad NS1 Ag Strip forDENV-2 sera collected were 76.2% and 100% (95% CI, 76.8% to 99.3%),respectively. The sensitivity and specificity of Bio-Rad NS1 Ag Strip for DENV-4were 50% and 100% (95% CI, 50% to 100%), respectively. The sensitivity andspecificity of Bio-Rad NS1 Ag Strip for mixed infection were both 100% (95%CI, 95% to 100%). Bio-Rad NS1 Ag Strip has high sensitivity and specificity todetermine DENV-2 and mixed infection. On the other hand, Bio-Rad NS1 AgStrip has limited sensitivity, but high specificity for diagnosis of DENV-4 acuteinfection;Non Structural-1 (NS1) protein of dengue virus is proven to be a marker for earlydiagnosis of dengue infection. Bio-Rad NS1 Ag Strip is one of the availablediagnostic kit in Indonesia that comprised of NS1. The aim of this study was tomeasure the sensitivity and specificity of the kit within DENV-2, DENV-4andmixed dengue virus serotypes. This study was done in 36 months (March 2010-February 2013). There were 102 dengue suspected patients with fever less than 48hours was fulfilling inclusion criteria. Reverse Transcription- Polymerase ChainReaction (RT-PCR) or virus isolation in C6/36 cell line or increase titer antibodyby ELISA was used as gold standard. RT-PCR was also used to determineserotype of the dengue virus. SPSS version 17.0 was the main statistical tool thatwe used. Data binominal variables was presented as incidence rates with 95%confidence intervals. Sensitivity and specificity of diagnostic kit was presented in2x2 tablesand area under the curve (AUC) of the Receiver OperatingCharacteristics Curve. From 102 patients, 68 (68.3%) patients were confirmedpositive dengue infection. Within confirmed dengue infection patients by RT-PCRwe found DENV-1, DENV-2, DENV-3,DENV-4 17 (16.7%), 21 (20.5%), 16(15.7%), 4 (3.9%), respectively. It was also found some mixed infection cases,which were (i)DENV-1 and DENV-2, (ii)DENV-1 and DENV-3, (iii)DENV-1and DENV-4, (iv)DENV-1, DENV-3 and DENV-4, (v)DENV-2 and DENV-4 and(vi)unknown were of 2 (2.0%), 3 (2.9%), 1 (1.0%), 1 (1.0%), 1 (1.0%) and 2(2.0%), respectively. The sensitivity and specificity of Bio-Rad NS1 Ag Strip forDENV-2 sera collected were 76.2% and 100% (95% CI, 76.8% to 99.3%),respectively. The sensitivity and specificity of Bio-Rad NS1 Ag Strip for DENV-4were 50% and 100% (95% CI, 50% to 100%), respectively. The sensitivity andspecificity of Bio-Rad NS1 Ag Strip for mixed infection were both 100% (95%CI, 95% to 100%). Bio-Rad NS1 Ag Strip has high sensitivity and specificity todetermine DENV-2 and mixed infection. On the other hand, Bio-Rad NS1 AgStrip has limited sensitivity, but high specificity for diagnosis of DENV-4 acuteinfection"

"Deteksi cepat protein non-structural 1 (NS1) telah banyak digunakan untuk diagnosis infeksi dengue. Beberapa kit diagnostik yang mampu mendeteksi antigen NS1 sudah tersedia di Indonesia, salah satunya adalah SD Bioline Dengue Duo®. Penelitian ini merupakan studi cross-sectional, berbasis komunitas, yang mengevaluasi sensitivitas dan spesifisitas SD Bioline Dengue Duo® pada infeksi dengue primer dan sekunder di Jakarta, Indonesia dari tahun 2010 sampai 2011. Kinetika NS1 serta antibodi antidengue juga diamati. Sampel serum diambil dari 105 pasien dengan demam kurang dari 48 jam. Infeksi dengue dikonfirmasi menggunakan tiga tes standar emas, Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dan/atau isolasi virus di cell line C6/36 dan/atau Imunoglobulin G (IgG) Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA). Sensitivitas SD Bioline Dengue Duo® lebih tinggi pada infeksi primer (93,1% [95% CI, 92,7 sampai 100]) dibandingkan infeksi sekunder (86,1% [95% CI, 82,7 sampai 100]). Spesifisitas kit di kedua kelompok penelitian adalah 100%. Selain itu, penelitian kami menunjukkan bahwa pada infeksi sekunder, tes NS1 yang dilakukan sedini mungkin setelah onset demam berbuah pada sensitivitas kit yang lebih baik dibandingkan dengan studi-studi sebelumnya. Kemampuan kit untuk mendeteksi NS1 menurun seiring dengan perjalanan penyakit dan mencapai titik nadir pada hari ke 7 di kelompok infeksi primer maupun sekunder. Oleh karena sensitivitas yang baik dan spesifisitas yang sempurna, SD Bioline Dengue Duo® adalah alat yang dapat dipercaya untuk keperluan skrining infeksi dengue pada awal demam.

---

Some diagnostic kits capable of detecting dengue virus (DENV) NS1 are already available in Indonesia, one of which is SD Bioline Dengue Duo®. This research is a cross-sectional that evaluates the sensitivity and specificity of SD Bioline Dengue Duo® for primary and secondary DENV infection in Jakarta, Indonesia between 2010 and 2011. The kinetics of NS1 as well as anti-DENV antibodies detected by the kit was also observed. A panel of sera samples from 105 patients experiencing fever within the last 48 hours was tested. DENV infection was confirmed using three gold standard tests, Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and/or virus isolation in C6/36 cell line and/or Imunoglobulin G (IgG) Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA).

The sensitivity of SD Bioline Dengue Duo® was higher in primary infection (93.1% [95% CI, 92.7 to 100]) than in secondary infection (86.1% [95% CI, 82.7 to 100]). The kit's specificity in both study groups was 100%. Moreover, our study showed that in secondary infection, NS1 test performed as early as 1 or 2 days after fever onset resulted in a better sensitivity of the kit compared to past studies. NS1 detection rate reduced over the course of the illness and was lowest on day 7 in both primary and secondary infection. Given its high sensitivity and excellent specificity, SD Bioline Dengue Duo® is a reliable tool for early screening for DENV infection."

"Pada bulan Desember, 2019, serangkaian kasus pneumonia dengan penyebab yang tidak diketahui muncul di China. Analisis data menunjukkan adanya coronavirus baru, yang diberi nama SARS-CoV-2. Beradasarkan WHO dan CDC pemeriksaan yang digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah metode molekular RT-PCR, salah satu kit yang digunakan adalah BioCoV-19 RT-PCR. Penelitian ini bertujuan membandingkan uji RT-PCR kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC sebagai standar dalam mendeteksi SARS-CoV-2, serta melakukan uji deteksi minimal untuk mengetahui sensitivitas analitik dari kit BioCoV-19 RT-PCR, menguji reaksi silang terhadap mikroba saluran nafas lain, dan menilai secara deskriptif karakteristik subjek penelitian. Perbandingan uji kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC mendapatkan nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif (NDP) dan nilai duga negative (NDN). Hasil pada penelitian ini menunjukkan bahwa sensitivitas dan spesifisitas BioCoV-19 RT-PCR Kit secara umum adalah 97,50% dan 100%, dengan Nilai Duga Positif (NDP) 100% dan Nilai Duga Negatif (NDN) 96,49%. Hasil uji minimal deteksi untuk primer-probe N1N2 CDC dan BioCoV-19 RT-PCR Kit setelah dilakukan dilusi bertingat sebanyak enam kali pengenceran yakni 3,5 kopi/reaksi (rerata nilai Ct 35,21). Uji reaksi silang tidak terdeteksi adanya reaksi silang dari 12 bakteri, tujuh virus dan tiga jamur. Karakteristik subjek penelitian lebih banyak pada laki-laki sebanyak (61,5%), untuk usia lebih banyak pada usia berkisar 20-40 tahun (56,29%), gejala klinis pasien saat datang lebih banyak gejala ringan.

---

In December, 2019, a series of pneumonia cases of unknown cause appeared in China. Analysis of the data indicated the presence of a new coronavirus, which was named SARS-CoV-2. Based on WHO and the CDC, the tests used to detect SARS-CoV-2 are the molecular RT-PCR method, one of the kits used is BioCoV-19 RT-PCR. This study aims to compare the RT-PCR test of the BioCoV-19 RT-PCR kit with the CDC's N1N2 as a standard in detecting SARS-CoV-2, as well as to conduct a minimal detection test to determine the analytical sensitivity of the BioCoV-19 RT-PCR kit, to test cross reactions against other respiratory tract microbes, and descriptively assessed the characteristics of the research subjects. Comparison of the BioCoV-19 RT-PCR test kit with N1N2 CDC obtained sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV). The results of this study showed that the sensitivity and specificity of the BioCoV-19 RT-PCR Kit in general were 97.50% and 100%, with a positive predictive value (PPV) of 100% and a negative predictive value (NPV) of 96.49%. The minimum test results for detection of the N1N2 CDC primer-probe and the BioCoV-19 RT-PCR Kit were carried out after six dilutions of 3.5 copies/reaction (mean Ct value 35.21). The cross-reaction test did not detect any positives of 12 bacteria, seven viruses and three fungi. The characteristics of the study subjects were more male (61.5%), for ages ranging from 20-40 years (56.29%), the clinical symptoms of the patients when they arrived were more mild symptoms."

"Infeksi virus dengue (DENV) masih menjadi salah satu penyakit yang sering terjadi di dunia dan tak jarang menimbulkan kematian. Diagnosis dini yang akurat diperlukan untuk memberikan pengobatan yang tepat. Karena Indonesia merupakan negara kepulauan, metode deteksi menggunakan PCR menjadi kurang efektif sehingga alat berbasis lateral flow assay (LFA) yang menggunakan antibodi monoklonal sebagai biosensor-nya dapat menjadi solusi. Pengembangan nanobodi yang berasal dari hewan Camelidae dapat mengatasi kelemahan antibodi monoklonal karena kelarutannya yang tinggi, stabilitas yang lebih baik, dan dapat dimanipulasi secara genetik. Dengan menggunakan nanobodi yang telah diproduksi sebelumnya oleh Asih et al. (2022) dalam E. coli yang dapat mendeteksi infeksi DENV, maka selanjutnya dilakukan evaluasi menggunakan metode surface plasmon resonance (SPR) untuk mendapatkan parameter kinetika pada interaksi antara nanobodi dengan protein NS1 sebagai biomarker infeksi DENV. Penelitian diawali dengan perbanyakan kultur E. coli, ekspresi nanobodi dengan induksi IPTG, pemurnian nanobodi, konfirmasi hasil perolehan nanobodi dengan SDS-PAGE dan Western Blot, lalu diakhiri dengan uji SPR. Secara umum, respon sinyal SPR menunjukkan bahwa nanobodi klon DD5 dan DD7 mampu berinteraksi dan berikatan dengan antigen NS1 DENV-2. Nilai KD yang diperoleh saat ligan DD5 berinteraksi dengan variasi konsentrasi NS1 DENV-2 adalah 1,08 x 10-7 M. Sementara itu, nilai KD yang diperoleh saat ligan NS1 berinteraksi dengan variasi konsentrasi DD5 dan DD7 secara berturut-turut adalah sebesar 9,62 x 10-8 M dan 9,29 x 10-8 M.

---

Dengue virus infection (DENV) is still one of the most common diseases in the world and sometimes causes death. Accurate early diagnosis is necessary to provide the right treatment. Because Indonesia is an archipelagic country, the detection method using PCR is less effective so a lateral flow assay (LFA) based tool that utilizes antibodies as its biosensor can be a solution. Developing nanobodies derived from Camelidae may overcome the drawbacks of monoclonal antibodies because they have higher solubility, better stability, and can be manipulated genetically. By using nanobodies previously produced by Asih et al. (2022) in E. coli which can detect DENV infection, the next step is to evaluate by using the surface plasmon resonance (SPR) method to obtain kinetic parameters on the interaction between nanobodies and NS1 protein as biomarkers of DENV infection. The study started with the preparation of E. coli culture, then continued with the expression of nanobodies by IPTG induction, purification of nanobodies, confirmation of nanobody acquisition by SDS-PAGE and Western Blot, then ended with the SPR test. Overall, both DD5 and DD7 appeared to be able to interact and bind to the NS1 DENV-2 antigen, according to the SPR signal response. The KD value obtained when the DD5 ligand interacted with various concentrations of NS1 DENV-2 was 1,08 x 10-7. Meanwhile, the KD values obtained when the NS1 ligand interacted with various concentrations of DD5 and DD7 were 9,62 x 10-8 and 9,29 x 10-8 respectively."

"Infeksi dengue yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti kepada manusia kerap terjadi di area tropis dan subtropis. Oleh karena manifestasi klinis yang tidak spesifik, berbagai Rapid Diagnostic Tests (RDTs) termasuk SD Bioline Dengue Duo Antigen NS1 dan Antibodi IgM/IgG dibuat untuk memberikan diagnosis dini infeksi dengue yang lebih akurat. Meskipun beberapa studi telah dilakukan untuk menguji sensitifitas dan spesifitas kit tersebut di berbagai negara tetapi informasi mengenai validitasnya dalam mendeteksi keberadaan protein NS1 dari DENV-3 belum dilaksanakan di Indonesia. Pada penelitian ini 105 serum dari pasien yang diduga menderita infeksi dengue diambil dan diuji menggunakan SD Bioline Dengue Duo. Standar baku emas yang digunakan pada penelitian ini adalah RT-PCR dan/atau isolasi virus di sel C6/36 dan atau kenaikan titer antibodi.Hasil penelitian ini menunjukkan rasio deteksi NS1 berbanding terbalik dengan keberadaan antibodi IgM. Sensitivitas, spesifisitas, PPV, dan NPV menunjukkan 81.25%, 100%, 100%, dan 91.89% pada masing-masingnya di awal demam pasien yang terinfeksi DENV-3. Oleh karena itu, SD Bioline Dengue Duo sangat direkomendasikan untuk diagnosis infeksi DENV-3 karena cepat, mudah digunakan, sangat sensitive, spesifik, dan memiliki PPV dan NPV yang tinggi.

---

Dengue infection is transmitted through the bite of Aedes aegypti mosquitoes to human particularly occurs in tropic and subtropic area. Having unspecific spectrum of clinical manifestations, various rapid diagnostic tests (RDTs) including SD Bioline Dengue Duo NS1 antigen and IgM/IgG antibody were made to give early diagnosis of acute dengue infection.

Although several studies have been conducted to examine the sensitivity and spesificity of the kits in various countries, its validity to detect the presence of DENV-3 NS1 antigen has not been held in Indonesia. In total, 105 sera from patients suspected of suffering dengue infection were collected and subjected to SD Bioline Dengue Duo and RT-PCR test as the gold standard.

The result of this study showed NS1 detection rate was inversely proportional to the presence of IgM antibodies. The sensitivity, specificity, PPV, and NPV showed 81.25%, 100%, 100%, and 91.89% respectively at the beginning of fever in DENV-3 infected patients. Thus SD Bioline Dengue Duo is highly recommended for diagnosis of DENV-3 infction as it is rapid, easily applicable, sensitive, highly specific and has great PPV and NPV."