Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia diketahui memiliki aktivitas antivirus yang baik. SARS-CoV-2 merupakan virus yang menyebar luas menyebabkan pandemi sehingga menyebabkan kebutuhan mendesak untuk pencarian obat efektivitas tinggi dengan efek samping yang lebih sedikit daripada antivirus yang tersedia saat ini. Penelitian dilakukan untuk mencari kandidat senyawa melawan SARS-CoV-2 dengan menggunakan pendekatan komputasi. Sebanyak 137 senyawa disaring menggunakan AutodockVina. Sifat fisikokimia dan profil farmakokinetik yaitu Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, dan Toksisitas (ADMET) diprediksi menggunakan ADMETLab. Penambatan molekul dilakukan pada dua protease SARS-CoV-2 yaitu 3CLpro dan PLpro menggunakan AutoDockTools. Hasil penambatan molekul, kandidat senyawa Pre-neo-kaluamine dari spesies Acanthostrongylophora ingens memiliki potensi menghambat 3CLpro, dengan nilai energi ikatan sebesar -10,35 kkal/mol. Cortistatin F dari spesies Corticium complex memiliki nilai energi ikatan sebesar -10,62 kkal/mol terhadap PLpro. Acanthomanzamine C dari spesies Acanthostrongylophora ingens dapat melakukan penargetan ganda pada kedua protease 3CLpro dan PLpro, dengan nilai energi ikatan berkisar dari -10 kkal/mol hingga -14 kkal/mol. Semua senyawa kandidat menunjukkan afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan ligan referensi dari masing masing protease yaitu nirmatrelvir dan 3k. Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan AMBER 22 dan memberikan hasil yang sejalan dengan penambatan molekul yaitu menunjukkan stabilitas ikatan yang baik antara ligan uji dan protease.

---

The secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates are known to have good antiviral activity. SARS-CoV-2, a widespread virus causing a pandemic, necessitates an urgent search for high-effectiveness drugs with fewer side effects than currently available antivirals. This research utilized a computational approach to identify candidate compounds against SARS-CoV-2. AutodockVina filtered 137 compounds, while ADMETLab predicted their physicochemical properties and pharmacokinetic profiles (ADMET). Subsequently, AutoDockTools performed molecular docking on the SARS-CoV-2 proteases, 3CLpro and PLpro. The results showed that Pre-neo-kaluamine from Acanthostrongylophora ingens has the potential to inhibit 3CLpro with a bond energy of -10.35 kcal/mol, and Cortistatin F from Corticium complex has a binding energy of -10.62 kcal/mol to PLpro. Acanthomanzamine C from Acanthostrongylophora ingens can double target both proteases with binding energy ranging from -10 kcal/mol to -14 kcal/mol. All candidate compounds exhibited higher affinity than the reference ligands (nirmatrelvir and 3k). Molecular dynamics simulations using AMBER 22 supported the docking results and confirmed good bond stability between the test ligands and the proteases."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."

"Pandemi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah memicu situasi darurat kesehatan di seluruh dunia. Varian Omicron yang menyebar dengan cepat semakin mendesak pencarian terapi yang tepat untuk menghindari infeksi yang lebih berat. TMPRSS2 manusia dan protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron diidentifikasi sebagai protein target melalui penapisan secara komputasi. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual berbasis struktural; analisis prediksi absorption, distribution, metabolism, excretion, dan toxicity (ADMET); dan simulasi dinamika molekuler. Ligan uji yang digunakan adalah senyawa metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Camostat dan nafamostat (ko-kristal) digunakan sebagai ligan pembanding terhadap penghambatan TMPRSS2 sedangkan mefloquine ligan pembanding terhadap Protein Spike. Berdasarkan hasil penambatan molekul, acanthomanzamine C (-9,75 kkal/mol) dan cortistatin G (-9,39 kkal/mol) memiliki aktivitas yang lebih baik terhadap penghambatan TMPRSS2 dibandingkan dengan camostat (-8,25 kkal/mol) dan nafamostat (-6,52 kkal/mol). Sebagai inhibitor protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron, acanthomanzamine C (-9,19 kkal/mol) dan cortistatin J (-8,89 kkal/mol) juga menunjukkan penghambatan yang lebih baik dibandingkan dengan mefloquine (-6,34 kkal/mol). Ligan uji tersebut juga telah memenuhi seluruh kriteria ADMET yang ditetapkan. Dari hasil analisis simulasi dinamika molekuler menunjukkan pengikatan yang stabil senyawa ligan uji terhadap protein target setelah simulasi berjalan 60 nanodetik dan memiliki energi ikatan bebas MMGBSA dan MMPBSA yang lebih baik dibandingkan ligan pembanding diantaranya TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kkal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kkal/mol), protein spike–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kkal/mol), dan protein spike–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kkal/mol). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa acanthomanzamine C, cortistatin G, dan cortistatin J merupakan senyawa hits sebagai kandidat terapi untuk infeksi SARS-CoV-2.

---

The pandemic caused by SARS-CoV-2 has triggered a global health emergency. The rapid spread of the Omicron variant has further intensified the urgency to search for appropriate therapies to prevent severe infections. The human TMPRSS2 and spike protein of the SARS-CoV-2 Omicron variant were identified as the target proteins through computational screening. The methods used are structure-based virtual screening; absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analysis; and molecular dynamics simulation. Bioactive marine invertebrates from Indonesia were employed as test ligands. Camostat and nafamostat (co-crystal) were utilized as reference ligands against TMPRSS2, whereas mefloquine was used as a reference ligand against spike protein. Following a molecular docking, acanthomanzamine C (-9,75 kcal/mol) and cortistatin G (-9,39 kcal/mol) had better activity against TMPRSS2 inhibition compared to camostat (-8,25 kcal/mol) and nafamostat (-6,52 kcal/mol). As inhibitors of spike protein of SARS-CoV-2 Omicron variant, acanthomanzamine C (-9,19 kcal/mol) and cortistatin J (-8,89 kcal/mol) also showed better inhibition compared to mefloquine (-6,34 kcal/mol). The test ligands have also met all the established ADMET criteria. The results of the molecular dynamics analysis showed stable binding of the test ligands to the target proteins after the initial 60 nanoseconds and had free binding energies of MMGBSA/MMPBSA that were better than the comparison ligands, including TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kcal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kcal/mol), spike protein–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kcal/mol), and spike protein–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kcal/mol).  These results indicate that acanthomanzamine C, cortistatin G, and cortistatin J are hits compounds as candidate therapies for SARS-CoV-2 infection."

"COVID-19 yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) menjadi pandemi di seluruh dunia pada 2020 hingga 2022. Dari agen terapi yang direkomendasikan, nirmatrelvir dan ritonavir aktif bekerja langsung menargetkan virus. Kemudian berkembang berbagai peluang pengembangan obat yang menargetkan virus secara langsung, dan salah satu target yang menarik adalah papain-like protease (PLpro), yaitu proein yang berperan penting dalam replikasi virus. Beberapa bahan alam yang berpotensi diteliti aktivitas penghambatannya terhadap PLpro adalah bunga telang (Clitoria ternatea), daun belimbing manis (Averrhoa carambola L.), dan jamblang (Syzygium cumini). Tujuan dari penelitian ini ialah memprediksi aktivitas penghambatan PLpro kandungan bunga telang (Clitoria ternatea), daun belimbing manis (Averrhoa carambola L.), dan jamblang (Syzygium cumini) yang dilakukan dengan metode penambatan molekul (molecular docking) secara in silico, dan dilanjutkan dengan uji in vitro. Metode penambatan molekul divalidasi dengan metode redocking dan didapatkan nilai RMSD 0,728 Å yang berarti metode valid (RMSD<2,0 Å). Uji penambatan molekul ketiga tanaman tersebut menunjukkan hasil adanya kandungan senyawa yang berpotensi untuk menghambat aktivitas PLpro. Ligan dengan nilai afinitas ikatan ternegatif dari masing-masing tanaman adalah asam folat (jamblang) dengan nilai -8,3 kcal/mol; petunidin 3-glucoside (telang) dengan nilai -7,1 kcal/mol; dan (-)-Epicatechin 3-O-gallate (belimbing manis) dengan nilai -8,6 kcal/mol. Hasil uji in silico dikonfirmasi dengan uji in vitro yang dilakukan dengan fluorescence-based inhibitory assay menggunakan PLpro sebagai protein target, substrat Z-RLRGG-AMC, serta inhibitor kontrol GRL0617. Hasil uji in vitro mendapatkan nilai IC50 GRL0617 3,38 μM. Ekstrak herbal dengan persentase inhibisi terbaik adalah ekstrak tunggal jamblang dengan nilai 66,10%.

---

COVID-19 caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus became the cause of the global pandemic from 2020 until 2022. Among currently recommended therapeutic agents, nirmatrelvir and ritonavir actively works by directly targeting the virus. This leads to various opportunities for developing drugs that acts directly on the structure of the virus. One interesting target for such drugs is the papain-like protease (PLpro) which is a protein that plays a significant role in viral replication. Several natural sources which has potential for their inhibitory activity against PLpro to be studied are butterfly pea (Clitoria ternatea), star fruit (Averrhoa carambola L.) and Java plum (Syzygium cumini). This study aimed to predict the inhibitory activity against PLpro possessed by the chemical contents of butterfly pea (Clitoria ternatea), star fruit (Averrhoa carambola L.) and Java plum (Syzygium cumini) through molecular docking and in vitro assay. Prediction of inhibitory activity against PLpro was done using molecular docking. The molecular docking method was validated using redocking method and RMSD score of 0.728 Å was received. This indicated that the docking method was valid (RMSD<2.0 Å). Molecular docking result showed that all three plants contain chemicals that have potential to inhibit PLpro activity. Ligands with the lowest binding affinity from each plant are folic acid (Java plum) with a score of -8.3 kcal/mol; petunidin 3-glucoside (butterfly pea) with -7.1 kcal/mol; and (-)-Epicatechin 3-O-gallate (star fruit) with -8.6 kcal/mol. Results from in silico study were then confirmed through in vitro assay using fluorescence-based inhibitory assay using PLpro as target protein, Z-RLRGG-ACM as the substrate and GRL0617 as the control inhibitor. IC50 concentration result of GRL0617 was 3,38 μM. Herbal extract with the best inhibition percentage was found to be Java plum with an inhibition percentage of 66.10%."

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menjadi keadaan darurat kesehatan medis yang sedang berlangsung di seluruh dunia. Reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) berfungsi sebagai titik masuk SARS CoV-2, sementara transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) dan 3 chymotrypsin-like protease (3CLPro) terlibat dalam proses lebih lanjut dan replikasi virus. Inhibisi dari reseptor dan protease SARS CoV-2 dapat membatasi penularan virus ini. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor ACE2, TMPRSS2, dan 3CLPro dari metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual dengan target makromolekul yang didapat dari laman RSCB PDB, yaitu ID 2AJF, 7MEQ, dan 6LU7. Kesimpulan penelitian ini adalah bahwa hasil penapisan virtual memperoleh tujuh senyawa uji yang memiliki afinitas ikatan terhadap ketiga target yaitu Pre-neo-kauluamine (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,8 kkal/mol pada 3CLPro), Nakijiquinone V (-8,2 kkal/mol pada ACE2; -7,8 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,5 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10,1 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Jaspamide Q (-9,5 kkal/mol pada ACE2; -9,2 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Saranoside S (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -7,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,2 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10,2 kkal/mol pada ACE2; -9,6 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro), dan Jaspamide R (-9,3 kkal/mol pada ACE2; -8,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro).

---

The coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become an ongoing medical health emergency worldwide. The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor serves as the entry point for SARS-CoV-2, while transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) and chymotrypsin-like protease 3 (3CLpro) are involved in further processing and viral replication. Inhibition of these SARS-CoV-2 receptor and protease can limit the spread of this virus. This study was conducted to find candidate inhibitors of ACE2, TMPRSS2, and 3CLPro from secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates. The method used was virtual screening with macromolecular targets obtained from the RSCB PDB website, namely ID 2AJF, 7MEQ, and 6LU7. Based on the results of virtual screening, seven test compounds were found to have binding affinity towards all three targets, namely Pre-neo-kauluamine (-9.7 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.8 kcal/mol) on 3CLPro), Nakijiquinone V (-8.2 kcal/mol on ACE2; -7.8 kcal/mol on TMPRSS2; -7.5 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10.1 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal/mol on 3CLPro), Jaspamide Q (-9.5 kcal/mol on ACE2; -9.2 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal /mol on 3CLPro), Saranoside S (-9.7 kcal/mol on ACE2; -7.7 kcal/mol on TMPRSS2; -7.2 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10.2 kcal/mol on ACE2; -9.6 kcal/mol on TMPRSS2; -6.9 kcal/mol on 3CLPro), and Jaspamide R (-9.3 kcal/mol on ACE2; -8.7 kcal/mol on TMPRSS2; -6 .9 kcal/mol at 3CLPro)."

"COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi isu global dan menimbulkan kasus infeksi dan korban jiwa diseluruh dunia. Penemuan obat sangat diperlukan untuk menghambat infeksi virus dan dampak yang ditimbulkannya. Namun, penelitian dan pengembangan molekul obat baru membutuhkan waktu yang sangat lama dan memakan biaya yang sangat besar.  Studi in silico merupakan salah satu alternatif solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut. Dalam penelitian ini, uji in silico dilakukan untuk menentukan interaksi antara senyawa propolis dengan protease utama serta protein spike SARS-CoV-2 sebagai protein target. Protease utama berperan dalam replikasi virus sementara protein spike berperan penting dalam proses invasi virus ke dalam sel.  Kedua protein ini dijadikan target pengembangan obat dengan mencari inhibitor keduanya melalui proses penambatan molekuler terhadap 20 senyawa bioaktif propolis yang berasal dari lebah tanpa sengat Tetragonula sapiens. Senyawa propolis yang digunakan yaitu senyawa yang memenuhi aturan Lipinski’s Rule of Five. Adapun piranti lunak utama yang digunakan dalam metode penambatan molekuler pada penelitian ini yaitu AutoDock Vina. Hasil simulasi penambatan molekuler menunjukkan senyawa propolis yang berpotensi menghambat aktivitas protease utama adalah Sulabiroins A, Broussoflavonol F dan (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone dengan nilai penambatan masing-masing sebesar -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol. Sementara itu, Broussoflavonol F dan Glyasperin A merupakan senyawa propolis yang menunjukkan aktivitas inhibis terkuat terhadap protein spike SARS-CoV-2 dengan energi ikatan masing-masing sebesar -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Senyawa-senyawa propolis tersebut juga terbukti dapat berikatan dengan asam amino kunci pada sisi aktif protein target sehingga berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai kandidat obat COVID-19.

---

COVID-19 caused by SARS-CoV-2 is a global health issue and resulting in morbidity and mortality across the world. There is an urgent need to find the treatments to inhibit the virus infections and its consequences. However, research and development of new drug molecules takes years and is very expensive. In silico research is an alternative solution to overcome these problems. Here we conducted in silico study to examine the interaction between propolis compounds with SARS-CoV-2 main protease and spike protein as target proteins. Main protease is responsible for the virus replication while spike protein mediates viral entry. Their important roles makes it an interesting target for developing SARS-CoV-2 potential drugs by developing the inhibitor using molecular docking toward 20 propolis active compounds from Tetragonula sapiens. Those propolis compounds then selected based on Lipinski’s Rule of Five (Lipinski’s RO5). The main software that used to conduct molecular docking in this research are AutoDock Vina. Docking results showed that propolis compound which has the high potential to inhibit SARS-CoV-2 main protease activity was Sulabiroins A, following by broussoflavonol F and (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone with docking score -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol, respectively. Broussoflavonol F and Glyasperin A were the most promising compounds that showed inhibition activity towards SARS-CoV-2 spike protein with binding affinity  -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Those compounds were able to bind with the key residu on the active site of the target protein so that they could be potential to be further developed as COVID-19 drug candidates."

"Ekosistem laut menawarkan sumber daya ekologis yang berlimpah dan memberikan peluang besar dalam penemuan metabolit sekunder baru yang memiliki manfaat ilmiah dan kesehatan. Namun, pengembangan obat dari organisme laut sering menghadapi kendala sulitnya mendapatkan bahan komplementer yang cukup, waktu yang lama, biaya yang mahal, dan eksploitasi berlebihan terhadap sumber daya laut. Pendekatan komputasi (in silico) digunakan untuk mengatasi masalah tersebut dan telah menjadi alternatif yang lebih mudah diakses, lebih murah, dan lebih cepat daripada pendekatan konvensional. Pada pendekatan komputasi dibutuhkan pangkalan data dengan struktur tiga dimensi yang sesuai. Struktur tiga dimensi perlu dioptimasi dan divalidasi untuk meningkatkan validitas pangkalan data. Dalam penelitian-penelitian sebelumnya, terdapat sebanyak 770 senyawa kimia bahan alam laut yang belum dihimpun menjadi satu pangkalan data. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan force field MMFF94, memvalidasi struktur tiga dimensi tersebut dengan visualisasi struktur, serta membangun pangkalan data senyawa kimia dari bahan alam laut.  Pada penelitian ini, diperoleh masing-masing 760 struktur tiga dimensi dengan format file MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), dan Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt). Berdasarkan hasil visualisasi, struktur tiga dimensi dengan format MDL Sdfile (sdf) dan Tripos Mol2 (mol2) memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan kerusakan paling sedikit dan sesuai dengan struktur tiga dimensi referensi.

---

Marine ecosystems offer abundant ecological resources and provide great opportunities for the discovery of new secondary metabolites that have scientific and health benefits. However, the development of marine natural compounds often faces difficulties, such as obtaining sufficient complementary materials, long time needed, high costs, and over-exploitation of marine resources. The application of the computational method (in silico) resolves those problems and has become a more accessible, cheaper, and faster alternative than the conventional method. The computational method requires a database with a valid three-dimensional structure. The three-dimensional structure needs to be optimized and validated to increase the validity of the database. In previous studies, 770 marine natural chemical compounds were identified and haven’t been collected into one database. Therefore, this study aimed to optimize the three-dimensional structure of marine natural materials with the MMFF94 force field, validate the three-dimensional structure with structural visualization, and establish a database of marine natural compounds. In this study, 760 three-dimensional structures were obtained in the MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), and Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt) file format. Based on the visualization results, the three-dimensional structure with the MDL Sdfile (sdf) and Tripos Mol2 (mol2) formats gives the best results of a three-dimensional structure with the least damage and matched with the reference."

"Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19) merupakan penyakit pernafasan yang baru ditemukan di Wuhan, China pada akhir tahun 2019. Penyakit ini menjadi pandemik secara global pada Maret 2020. Penyakit COVID-19 disebabkan oleh severe acute repiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yang masuk melalui reseptor angiotensin converting enzyme 2 (ACE 2). Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat senyawa yang dapat menghambat masuknya SARS-CoV-2 ke dalam tubuh melalui reseptor ACE 2. Penelitian ini menggunakan kandidat senyawa yang berasal dari tripeptida. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual menggunakan target molekul dengan ID 6M17 yang didapatkan melalui laman RSCB PDB. Kesimpulan penelitian ini adalah perolehan 8 kandidat senyawa tripeptida dengan energi ikatan yang paling rendah yaitu tripeptida FWW (-9,8 kkal/mol); tripeptida WFF (-9,6 kkal/mol); tripeptida  WYY (-9,6 kkal/mol); tripeptida HWW (-9,5 kkal/mol); tripeptida WFW(-9,5 kkal/mol); tripeptida WWT (-9,5 kkal/mol); tripeptida WWY (-9,5 kkal/mol); tripeptida YYW (-9,5 kkal/mol). Hasil dari visualisasi interaksi makromolekul dan ligan, ditemukan 15 residu asam amino yang penting adalah Gln102, Asp206, Glu208, Gly205, Val209, Tyr196, Lys562, Pro565, Ala396, Trp566, Leu95, Val212, Ala99, Asn210, dan Gln98.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a respiratory disease which found in Wuhan China at the end of  2019. This disease has become a global pandemic at March 2020. COVID-19  caused by a virus called severe acute repiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) which enters the body through angiotensin converting enzyme 2 (ACE 2) receptor. This study was conducted to find potential candidates of compounds that can inhibit SARS-CoV-2 entry through ACE 2. This study used tripeptides as the ACE 2 inhibitor candidates.  The method used was virtual screening using macromolecular target named ID 6M17 obtained from the RSCB PDB. The result of this study, 8 compound candidates were found to have the lowest binding energy, namely tripeptide FWW (-9,8 kcal/mol); tripeptide WFF (-9,6 kcal/mol); tripeptide WYY(-9,6 kcal/mol); tripeptide HWW (-9,5 kcal/mol); tripeptide WFW (-9,5 kcal/mol); tripeptide WWT (-9,5 kcal/mol); tripeptide WWY (-9,5 kcal/mol); tripeptide YYW (-9,5 kcal/mol). Based on the result of visualization macromolecule and ligand interaction, there are 15 crucial amino acid residues which are Gln102, Asp206, Glu208, Gly205, Val209, Tyr196, Lys562, Pro565, Ala396, Trp566, Leu95, Val212, Ala99, Asn210, dan Gln98."