Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kulit mempunyai fungsi sebagai lini pertama melindungi dari faktor kimia maupun fisik, selain itu juga memiliki peran dalam proses metabolisme, termoregulasi, pertahanan serangan mikroorganisme, dan juga bagian dari sistem imunitas tubuh. Hal tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti genetik, hormon, produksi sebum, tingkat hidrasi, dan mikrobiota komensal. Produksi sebum dipengaruhi dari lokasi, kepadatan ujung saluran kelenjar, dan aktifitas kelenjar sebasea. Faktor tingkat hidrasi pada kulit tergantung pada adanya komponen higroskopis atau natural moisturizing factor (NMF) yang berada pada sel stratum korneum dan lipid antar sel yang mengelilingi sel. Pengaruh produksi sebum dan tingkat hidrasi dipengaruhi oleh mikroorganisme komensal, sebagaimana fungsi kulit sebagai ekosistem. Teknik sekuensing telah menjadi pilihan untuk mempelajari mikrobiota kulit, karena bisa melihat sampai tingkat kelimpahan mikrobiota yang tidak bisa dilakukan dengan cara kultur dan isolasi. Analisis dengan menggunakan Next Generation Sequencing (NGS) dengan sekuensing amplikon 16S rRNA mempunyai keuntungan yaitu hemat biaya, karena hanya memakai ukuran gen yang relatif kecil dan ukuran amplikon yang pendek. Selain itu high-throughput ribosomal community profiling mengandung sekuens dan beberapa daera hipervariabel (V3-V4 adalah regio yang dipakai untuk bakteri), yang dapat digunakan untuk menyimpulkan komposisi taksonomi komunitas. Analisis sekuensing 16s rRNA dengan Qiime2 memberikan hasil adanya perbedaan signifikan profil mikrobiota wajah sehat dengan parameter tingkat sebum dan tingkat hidrasi terutama pada genus Cutabacterium dan Neisseria spp.

---

The skin has a function as the first of protection from chemical and physical factors, besides that it also has a role in metabolic processes, thermoregulation, defense against attacks from microorganisms, and is also part of the body's immune system. It is influenced by factors such as genetics, hormones, sebum production, hydration level, and commensal microbiota. Sebum production is influenced by the location, the density of the duct ends of the glands, and the activity of the sebaceous glands. The hydration level factor in the skin depends on the presence of a hygroscopic component or natural moisturizing factor (NMF) which is present in the stratum corneum cells and the intercellular lipids that surround the cells. The influence of sebum production and hydration levels is influenced by commensal microorganisms, as well as the function of the skin as an ecosystem. Sequencing techniques have become the preferred method of studying skin microbiota, because they can see to an extent the abundance of microbiota that cannot be done by culture and isolation. Analysis using Next Generation Sequencing (NGS) with 16S rRNA amplicon sequencing has the advantage of being cost-effective, because it only uses relatively small gene sizes and short amplicon sizes. In addition, high-throughput ribosomal community profiling contains sequences and several hypervariable regions (V3-V4 are the regions used for bacteria), which can be used to infer the taxonomic composition of the community. Analysis of 16s rRNA sequencing with Qiime2 showed significant differences in healthy facial microbiota profiles with parameters of sebum level and hydration level, especially in the genus Cutabacterium and Neisseria spp."

"Keseimbangan berbagai jenis bakteri pada kulit sangat penting dalam menjaga kesehatan kulit. Permasalahan pada kulit wajah yang muncul salah satunya disebabkan oleh disbiosis mikroba. Penelitian dilakukan untuk menganalisis keberagaman mikrobiom bakteri yang terdapat pada kulit wajah dengan kondisi pH dan kelembaban beragam. Metode analisis diversitas dengan Next Generation Sequencing 16s rRNA. Jumlah responden yang digunakan pada penelitian ini sebanyak 144 sampel. Hasil analisis pada penelitian ini ditemukan bahwa kelas filum bakteri tertinggi Actinobacterium (49,72%), Proteobacterium (29,86%) dan Firmicutes (18,64%). Pada genus Cutibacterium (41,48%), Neisseriaceae (20,29), Staphylococcus (10,16%) ditemukan terbanyak pada kulit wajah dengan nilai kondisi pH dan kelembaban berbeda. Analisis diversitas alfa dengan indeks Chao1 (p=0,05) dan Faith PD(p=0.004) menunjukan kelimpahan mikrobiom signifikan lebih tinggi ditemukan pada pH tinggi dibandingkan pH normal. Analisis diversitas Alfa pada kelembaban tidak ditemukan signifikan terhadap kelimpahan bakteri mikrobiom wajah. Hasil diversitas beta ditemukan perbedaan kelimpahan mikrobiom bakteri pada sepuluh genus tertinggi yang ditemukan pada pH normal dan pH tinggi serta kelompok kelembaban dengan sangat lembab, lembab dan kering. Kesimpulan penelitian profil genus Cutibacterium, Neisseriaceae, Staphylococcus bakteri paling banyak ditemukan pada pH tinggi dan pH normal seta kelembaban sangat lembab, lembab dan kering. Cutibacterium, Neisseriaceae dan Staphylococcus menunjukan adanya peningkatan pH kulit maka kelimpahan bakteri tersebut semakin meningkat. Pada kelembaban kulit, kelimpahan Cutibacterium dan Staphylococcus menurun seiring penurunan nilai kelembaban kulit.

---

Balancing various types of bacteria on the skin is crucial for maintaining skin health. One of the issues that arise with facial skin is caused by microbial dysbiosis. Research was conducted to analyze the diversity of bacterial microbiomes on the facial skin with varying pH and moisture conditions. The diversity analysis method used Next Generation Sequencing 16s rRNA, and the study included 144 samples. The results of this research revealed that the highest bacterial phylum classes were Actinobacterium (49.72%), Proteobacterium (29.86%), and Firmicutes (18.64%). The genera Cutibacterium (41.48%), Neisseriaceae (20.29%), and Staphylococcus (10.16%) were the most abundant on the facial skin with different pH and moisture conditions. Alpha diversity analysis using Chao1 index (p=0.05) and Faith PD (p=0.004) indicated significantly higher microbial abundance found in high pH compared to normal pH. However, there was no significant difference in alpha diversity concerning the moisture level and facial bacterial microbiome abundance. Beta diversity analysis showed differences in bacterial microbiome abundance in the top ten genera found between normal pH and high pH, as well as between moisture groups categorized as very moist, moist, and dry. In conclusion, the research profiled the genera Cutibacterium, Neisseriaceae, and Staphylococcus as the most found bacteria in high pH and normal pH conditions, as well as very moist, moist, and dry moisture levels. Cutibacterium, Neisseriaceae, and Staphylococcus showed an increase in skin pH resulting in an increase in the abundance of these bacteria. On the other hand, the abundance of Cutibacterium and Staphylococcus decreased with decreasing skin moisture levels."

"Kulit sensitif merupakan salah satu tipe kulit yang dapat didiagnosis secara subjektif melalui Indikator tipe kulit Baumann (BSTS). Orang dengan tipe kulit sensitif memiliki potensi yang tinggi untuk dapat mengalami gangguan kulit yang mempengaruhi kualitas hidupnya. Meskipun Mikrobioma kulit telah terbukti memiliki korelasi terhadap beberapa penyakit dan kelainan kulit, namun hubungannya dengan tipe kulit sensitif belum banyak dilaporkan. Sehingga, pada penelitian ini bertujuan untuk Melakukan analisis metagenomik pada kulit wajah dan korelasinya dengan kondisi kulit sensitif dengan metode 16S rRNA. Sampel pulasan kulit wajah diambil dari 144 responden yang terdiri dari 54 orang dengan tipe kulit sensitif dan 90 orang dengan tipe kulit normal. Dari 144 sampel yang dikumpulkan kemudian dilakukan analisis metagenomik berdasarkan hasil sekuensing amplikon 16S rRNA. Didapatkan hasil bahwa analisis diversitas alfa menggunakan indeks Chao1 dan Shanon menujukkan kelimpahan Mikrobioma lebih rendah secara signifikan (P-value = 0,04008) pada kelompok dengan tipe kulit sensitif. Analisis korelasi dengan Uji Spearman menunjukkan bahwa terdapat korelasi kelimpahan Mikrobioma kulit wajah dengan kondisi tipe kulit sensitif dimana kelimpahan Mikrobioma dengan genus Corynebacterium lebih rendah secara signifikan pada kelompok dengan tipe kulit sensitif (P-value = 0,04462) yang diiringi dengan kelimpahan genus Staphylococcus (P-value = 0,01235) dan Streptococcus (P-value = 0,02184) yang lebih tinggi secara signifikan pada kelompok ini. Pada tingkat spesies, bakteri Propionibacterium humerusii memiliki kelimpahan yang lebih tinggi secara signifikan pada kelompok dengan tipe kulit sensitif (P-value = 0,04967). Dengan demikian, kelimpahan Mikrobioma kulit memiliki korelasi dengan kondisi tipe kulit sensitif khususnya pada kasus yang ditemukan di Indonesia. Hal ini dapat dijadikan Pustaka dalam pengembangan produk perawatan kulit yang spesifik untuk kondisi kulit sensitif. Namun adanya analisis lebih lanjut yang dapat mengetahui kelimpahan dan keragaman Mikrobioma hingga ke tingkat spesies akan lebih membantu dalam perkembangan penelitian ini.

---

People with sensitive skin types have a high potential to have skin disorders that affect their quality of life. Although the skin microbiotmehas been shown to have a correlation with several skin diseases and disorders, but its relationship with sensitive skin type has not been widely reported. Thus, this study aims to perform metagenomics analysis on facial skin and its correlation with sensitive skin conditions. Samples of facial skin swab were taken from 144 respondents consisting of 54 people with sensitive skin types and 90 people with normal skin types. The 144 samples collected were then subjected to metagenomics analysis based on the sequencing results of the 16S rRNA amplicon technique. The results showed that alpha diversity analysis using the Chao1 and Simpson Index showed significantly lower microbiota abundance in the group with sensitive skin types (P-value = 0,04008).. Correlation analysis with the Spearman test showed that there was a correlation between the abundance of facial skin microbiota and conditions of sensitive skin types where the abundance of microbiota with the genus Corynebacterium was significantly lower in the group with sensitive skin types (P-value = 0,04462), accompanied by the abundance of the genera Staphylococcus (P-value = 0,01235) and Streptococcus (P-value = 0,02184) which were significantly higher in this group. At the species level, Propionibacterium humerusii had a significantly higher abundance in the group with sensitive skin types (P-value = 0,04967). Thus, the abundance of skin microbiota has a correlation with the condition of sensitive skin types, especially in cases found in Indonesia. This can be used as a library in the development of specific skin care products for sensitive skin conditions. However, further analysis that can determine the abundance and diversity of microbiota down to the species level will be more helpful in the development of this research."

"Ikan badut merupakan salah satu jenis dari ikan hias laut yang menjadi primadona di pasar baik dalam negeri maupun luar negeri. Hal ini mempengaruhi ketersediaan ikan badut di alam sehingga perlu ditunjang dengan usaha budidaya. Pendekatan secara molekuler sebagai penunjang pendekatan secara morfologi dibutuhkan untuk mendapatkan induk dan benih yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies ikan badut menggunakan teknik DNA barcode dengan gen penanda 16S rRNA dan merekonstruksi pohon filogenetik molekuler ikan badut. Hasil amplifikasi PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran 600 panjang basa (pb). Hasil analisa jarak genetik menunjukkan nilai antara 0,00-0,07. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik membentuk pohon kekerabatan dengan 7 kluster utama. Hasil penelitian berupa informasi genetik dan hubungan kekerabatan molekuler dari tiap sampel ikan badut dapat digunakan sebagai acuan dasar untuk upaya pengelolaan, pemuliaan, dan konservasi lebih lanjut.

---

Clownfish is one type of marine ornamental fish that is excellent in the market both domestically and abroad. This affects the availability of clownfish in nature so that it needs to be supported by cultivation efforts. A molecular approach to support the morphological approach is needed to get quality broodstock and seeds. This study aims to identify clownfish species using DNA barcode techniques with 16S rRNA marker genes and reconstruct the clownfish's molecular phylogenetic tree. The results of PCR amplification produced DNA fragments measuring 600 base pair (bp). The results of genetic distance analysis showed a value between 0.00-0.07. The results of the reconstruction of phylogenetic trees formed a family tree with 7 main clusters. The results of the research in the form of genetic information and molecular relationships from each clownfish sample can be used as a basic reference for further management, breeding, and conservation efforts."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk mengetahui aktivitas antimikroba actinomycetes termofil hasil isolasi dari geiser di Cisolok, Jawa Barat. Delapan belas isolat yang memiliki morfologi menyerupai actinomycetes berhasil diisolasi dari serasah daun dan ranting di sekitar pusat semburan geiser. Seluruh isolat diuji aktivitas antimikrobanya menggunakan paper disk method dan agar block method dengan Kocuria rhizophila, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis sebagai bakteri uji Gram positif, dan Escherichia coli sebagai bakteri uji Gram negatif. Pengujian menggunakan metode paper disk menunjukkan hasil negatif pada isolat actinomycetes yang dikultur pada medium International Streptomyces Project (ISP) 1 cair selama 14 hari pada suhu 50oC dan 40oC. Berdasarkan uji menggunakan metode blok agar, didapatkan bahwa dua isolat, yaitu LC2-2 dan LC2-6 memberikan hasil positif terhadap bakteri uji Gram positif. Isolat LC2-2 menunjukkan morfologi makroskopis dan mikroskopis menyerupai genus Bacillus sehingga tidak digunakan untuk identifikasi molekuler. Hasil identifikasi molekuler sequence parsial gen 16S rRNA menggunakan primer 785F dan primer 802R menunjukkan bahwa LC2-6 diidentifikasi sebagai Actinomadura keratinilyitica dengan nilai homologi 99%. Berdasarkan hasil penelitian, direkomendasikan untuk mempelajari lebih lanjut senyawa antimikroba yang dihasilkan isolat LC2-6. Hal tersebut disebabkan oleh belum adanya laporan penelitian mengenai aktivitas antimikroba Actinomadura keratinilytica.

---

The aim of this study was to screen the antimicrobial activity by actinomycetes isolated from Cisolok Geyser, West Java. Eighteen isolates which are have similar morphology with actinomycetes have been isolated from leaves and branches around the geyser. The isolates were screened for their antimicrobial activity using paper disk method and agar block method with Kocuria rhizophila, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis as Gram positive test bacteria and Escherichia coli as Gram negative test bacteria. Screening by paper disk method showed negative result from all the isolates that cultured on International Streptomyces Project (ISP) 1 medium at 50oC and 40oC for 14 days. Screening by block agar method showed that two isolates, LC2-2 and LC2-6 gave positive result to Gram positive test bacteria. Morphologically, LC2-2 showed similarity to genus Bacillus, thus it’s not used for molecular identification. Molecular identification based on partial sequence of 16S rRNA gene with primer 785F and primer 802R showed that LC2-6 identified as Actinomadura keratinilytica (99%). Based on this research, it is suggested to do further study about the antimicrobial activity produced by LC2-6, because there is still no report about antimicrobial activity produced by Actinomadura keratinilytica."

"Penelitian bertujuan untuk memperoleh isolat dan identitas aktinomisetes yang memiliki kemampuan selulolitik. Isolat-isolat aktinomisetes diperoleh dari lima sampel tanah di Sulawesi Selatan. Isolasi aktinomisetes dilakukan dengan metode Dry Heat (DH), Rehydration-Centrifugation (RC), dan Sodium Dodecyl Sulphate-Yeast Extract (SDS-YE) menggunakan medium Humic Acid-Vitamins Agar (HVA). Pengujian kemampuan aktinomisetes dalam mendegradasi selulosa dilakukan dengan penapisan menggunakan medium Carboxy Methyl Cellulose (CMC), dan pengukuran aktivitas enzim selulase dilakukan dengan metode Dinitrosalicylic Acid (DNS). Lima isolat dengan kemampuan selulolitik tinggi diidentifikasi berdasarkan data sekuen parsial gen 16S rRNA. Pada penelitian ini diperoleh sebanyak 41 isolat aktinomisetes, yang terdiri dari 21 isolat (metode DH), 11 isolat (metode RC), dan 9 isolat (metode SDS-YE). Sembilan belas dari 41 isolat menunjukkan kemampuan selulolitik. Hasil identifikasi menunjukkan kelima isolat aktinomisetes berasal dari genus Streptomyces. Kemiripan sekuen masing-masing isolat terhadap spesies terdekatnya adalah 99%. Isolat DH-BRT06-1 memiliki kemiripan sekuen terhadap Streptomyces chartreusis, DH-BRT06-3 dan DH-BRT06-6 terhadap Streptomyces parvulus, RC-BR03-2 terhadap Streptomyces sp., dan SDSYE-BT01-1 terhadap Streptomyces mutabilis.

---

The aims of this research were to obtain and identify actinomycetes with cellulolytic ability. Actinomycetes isolates were obtained from five soil samples of South Sulawesi by Dry Heat (DH), Rehydration-Centrifugation (RC), and Sodium Dodecyl Sulphate-Yeast Extract (SDS-YE) methods with Humic Acid-Vitamins Agar (HVA) as medium isolation. Carboxy Methyl Cellulose (CMC) medium was used for screening the cellulose degrading ability, and cellulase activity was measured by Dinitrosalicylic Acid (DNS) method. A total of 41 isolates were obtained from soil samples, they were consisted of 21 isolates (DH method), 11 isolates (RC method), and 9 isolates (SDS-YE method). Nineteen of 41 isolates showed cellulolytic ability. Five isolates with high celluloytic activity were identified based on 16S rRNA gene partial sequence data. Identification result showed five isolates were belong to genus Streptomyces. Homology similarities sequence from each isolate to their closest species were 99%. Isolate DH-BRT06-1 showed sequence similarities to Streptomyces chartreusis, DH-BRT06-3 and DH-BRT06-6 to Streptomyces parvulus, RC-BR03-2 to Streptomyces sp., dan SDSYE-BT01-1 to Streptomyces mutabilis."

"ABSTRAKHelicobacter pylori diperkirakan menginfeksi lebih dari setengah populasi orang dewasa. Deteksi dini H.pylori sangat diperlukan untuk mencegah berkembangnya infeksi menjadi keganasan lambung. Bentuk coccoid dari H. pylori sulit dideteksi dengan kultur dan histopatologi, namun dapat terdeteksi dengan metode molekuler seperti real-time PCR. Salah satu gen yang dapat digunakan sebagai gen target real-time PCR yaitu 16S rRNA, yang diketahui spesifik dan juga digunakan untuk menganalisis kekerabatan antar strain. Analisis ini bermanfaat untuk melihat penyebaran infeksi H.pylori di dunia. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental laboratorium. Metode pengambilan sampel yang digunakan yaitu, metode consecutive sampling. Biopsi diambil dari 2 antrum dan 2 korpus pada 42 penderita dispepsia untuk pemeriksaan real-time PCR dan histopatologi. Optimasi kondisi real-time PCR meliputi uji volume cetakan DNA, sensitifitas dan spesifisitas teknik, kemudian dilanjutkan aplikasi pada sampel klinis dari biopsi lambung. Delapan dari 11 sampel yang positif dilakukan sekuensing dan analisis filogenetik. Hasil optimasi diperoleh suhu annealing 64?C, konsentrasi primer 0,8 ?M dan konsentrasi probe 0,6 ?M. Ambang batas deteksi real-time PCR untuk mendeteksi jumlah DNA minimal H.pylori yaitu 46 bakteri. Spesifisitas uji reaksi silang real-time PCR ini tidak menunjukkan adanya reaksi silang dengan mikroorganisme lain. Proporsi positif hasil pemeriksaan real-time PCR sebesar 26,2 , sedangkan histopatologi sebesar 11,9 . Pemeriksaan real-time PCR mampu meningkatkan diagnosis sebesar 14,3 dibandingkan pemeriksaan histopatologi. Hasil sekuensing dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa strain H.pylori dari sampel memiliki kekerabatan dengan strain Taiwan, India, dan Australia. Kata kunci : H.pylori, histopatologi, real-time PCR, analisis filogenetik

---

ABSTRACTHelicobacter pylori infection is estimated infect almost half of the adult population in the world. Early detection of H.pylori is needed to prevent the development of infections into gastric malignancies. The coccoid form of H. pylori is difficult to detect using culture and histopathology but it can be detected by molecular methods such as real time PCR. One of the genes that can be used as a real time PCR target gene is 16S rRNA, which is known to be specific and also used to analyze closely related strain. This analysis were useful to showed the spread of H.pylori infection in the world.This study is an experimental laboratory. The sampling method used is the consecutive sampling method. Biopsy was taken from 2 antrum and 2 corpus in 42 patients with dyspepsia for real time PCR and histopathology examination. Optimization real time PCR conditions include DNA template volume testing, sensitivity and specificity of the technique, followed by application of clinical samples from gastric biopsy. Eight of the 11 positive samples were sequenced and analyzed for phylogenetics pattern. The optimization result obtained annealing temperature 64 C, primer concentration was 0,8 M and probe concentration was 0,6 M. Limit detection of the DNA was 46 bacteria. The specificity of the PCR 39 s real time indicate that there was no cross reaction with other microorganisms. The positive proportion of PCR real time examination was 26.2 , while histopathology was 11.9 . A real time PCR examination was able to improve the diagnosis by 14,3 compared to histopathology examination. Sequencing and phylogenetic analysis results showed that our strain were closely related to Taiwan, India and Australia strains. Keywords H.pylori, histopathology, real time PCR, phylogenetic analysis"

"Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik lima spesies ikan cupang menggunakan DNA mitokondria 16S rRNA sebagai DNA target. Amplifikasi daerah 16S rRNA dilakukan menggunakan primer 16S rRNA forward dan 16S rRNA reverse. Hasil elektroforesis produk PCR menunjukkan bahwa daerah 16S rRNA lima spesies ikan cupang berukuran 500?600 bp. Berdasarkan hasil alignment sekuens sampel, menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik dari kelima spesies ikan cupang. Analisis filogenetik menggunakan metode Neighbor Joining (NJ), menunjukan kekerabatan lima spesies ikan cupang. Betta unimaculata, Betta pallifina, dan Betta strohi yang merupakan spesies dari Kalimantan berkerabat dekat dibandingkan dengan Betta bellica dan Betta imbellis yang berasal dari Sumatera. Kekerabatan spesies ikan cupang yang berasal dari Kalimantan dan Sumatera cukup jauh, yaitu ditunjukkan dengan perbedaan percabangan dalam pohon filogenetik.

---

This study aims to determine the genetic variation of five species Betta fish using mitochondrial DNA 16S rRNA as the DNA target. The primer set of 16S rRNA forward and 16S rRNA reverse were used to amplify the 16S rRNA region. Gel electrophoresis result showed that the size of 16S rRNA of those Betta fish were 500?600 base pair. Based on sequence alignment result that showed genetic diversity of five spesies Betta fish. Phylogenetic analysis by Neighbor Joining (NJ) method showed a genetic relationship or kinship of five spesies Betta fish. Betta unimaculata, Betta pallifina, and Betta strohi from Kalimantan are related more closely compared to Betta imbellis and Betta bellica from Sumatera. Kinship of Betta fish from Kalimantan is far enough with Betta fish from Sumatera, that indicated by the difference in the cluster of phylogenetic tree."

"Anosmia merupakan salah satu gejala COVID-19 yang spesifik. Mekanisme anosmia pada COVID-19 belum dapat dijelaskan dengan pasti. Beberapa studi melaporkan perubahan kemampuan penciuman disertai perubahan komposisi mikrobioma nasal. Saat ini studi mikrobioma nasal pasien COVID-19 yang mengalami gejala anosmia masih kurang. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil mikrobioma nasal pasien COVID-19 dengan dan tanpa anosmia di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI tahun 2021. Studi potong lintang ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI Juli sampai September 2021 yang memenuhi kriteria inklusi dan tidak memenuhi kriteria eksklusi. Diagnosis anosmia ditegakkan menggunakan metode subjektif. Pengambilan spesimen usap nasofaring dan orofaring untuk pemeriksaan RT-PCR COVID-19 dan usap nasal untuk pemeriksaan mikrobioma dilakukan pada pasien tersangka COVID-19. Bila didapatkan hasil RT-PCR positif, maka pada spesimen usap nasal dilakukan pemeriksaan sekuensing 16S RNA-Next Generation Sequencing. Didapatkan 17 spesimen usap nasal dari subjek yang mengalami gejala anosmia dan 8 spesimen yang tidak mengalami gejala anosmia. Pada mikrobioma nasal pasien COVID-19 yang mengalami gejala anosmia terjadi berupa penurunan kelimpahan filum Actinobacteria, Ordo Propionibacteriales, Famili Propionibacteriaceae, genus Cutibacterium dan Peptoniphilus. Dari penelitian ini, terdapat perubahan komposisi mikrobioma nasal pada pasien COVID-19 dengan gejala anosmia.

---

Anosmia is a specific symptom of COVID-19. The mechanism of anosmia in COVID-19 cannot be explained with certainty. Changes in nasal microbiome composition are associated with olfactory function. SARS-CoV-2 infection alters the respiratory microbiota and influence the susceptibility to COVID-19 infection. There are also changes in the composition of nasal microbioms of COVID-19 patients experiencing anosmia. Studies of the nasal microbiome in COVID-19 patients who experience symptoms of anosmia are rare. The aim of this study is to determine the nasal microbiome profile of COVID-19 patients with and without anosmia.

This cross-sectional study was conducted at the Clinical Microbiology Laboratory of the FKUI from July to September 2021 which met the inclusion criteria and did not meet the exclusion criteria. Anosmia is determined subjectively. Nasopharyngeal and oropharyngeal swab specimens for RT-PCR COVID-19 examination and nasal swabs for microbiome are collected from patients. If a positive RT-PCR result is obtained, then the nasal swab specimen is subjected to a RNA-Next Generation Sequencing. There were 17 nasal swab specimens from subjects with anosmic symptoms and 8 specimens without anosmic symptoms. In the nasal microbiome of COVID-19 patients who experience symptoms of anosmia, there is a decrease in the abundance of the Actinobacteria, Propionibacteriales, Propionibacteriaceae, Cutibacterium and Peptoniphilus. From this study, there were changes in the composition of the nasal microbiome in COVID-19 patients with anosmia symptoms."

"Empat belas isolat actinomycetes berhasil diisolasi dari tanah di sekitar kawasan geothermal Cisolok, Jawa Barat. Keseluruhan isolat actinomycetes dilakukan pengujian pertumbuhan pada berbagai suhu dan medium pertumbuhan untuk mengetahui pertumbuhan optimum. Hasil pengujian diperoleh bahwa empat belas isolate mampu tumbuh pada suhu 25, 30, 35, 40 dan 45 °C yang diinkubasi pada ISP 1 agar selama 7 hari, namun pertumbuhan optimal mencapai batas suhu tertinggi terjadi pada suhu 45 °C dibandingkan pada suhu 50 dan 55 °C. Pada suhu 50 °C diketahui 10 dari 14 isolat mampu tumbuh dan 14 isolat tidak mampu tumbuh apada suhu 55 °C. Uji pertumbuhan pada berbagai medium diperoleh bahwa empat belas isolat mampu tumbuh pada 6 jenis medium pertumbuhan (ISP 1 agar, ISP 2 agar, ISP 3 agar, Modiffied Bennet’s agar, Mm 1 agar, dan Mm2 agar) yang di inkubasi pada suhu 45 °C selama 7 dan 14 hari, namun tumbuh optimal pada medium ISP 1 agar dan ISP 3 agar. Penelitian ini juga bertujuan untuk diperoleh isolat actinomycetes termofilik yang potensial sebagai penghasil senyawa antimikroba dan amilase berdasarkan pendekatan OSMAC yaitu variasi medium dan suhu inkubasi. Penapisan aktivitas antimikroba dilakukan pada isolat yang ditumbuhkan di 6 jenis medium pertumbuhan yang diinkubasi pada suhu 45 °C selama 7 dan 14 hari menggunakan metode agar plug diffusion. Hasil penapisan aktivitas antimikroba diperoleh bahwa 8 dari 14 isolat menunjukkan hasil positif terhadap aktivitas antimikroba yaitu SL1-1-R-1, SL1-1-R-3, SL1-1-R-6, SL1-1-R-10, SL2-2-R-6, SL2-2-R-13, SL3-2-R-38 A2 dan SL3-2-R-38 A3. Aktivitas antibakteri terhadap S. aureus ditemukan pada tiga isolat (SL1-1-R-1, SL2-2-R-6, dan SL3-2-R-38 A3), B. subtilis pada dua isolat (SL3-2-R-38 A2 dan SL3-2-R-38 A3), dan K. rhizophila ditemukan pada tiga isolat (SL1-1-R-1, SL2-2-R-13, dan SL3-2-R-38 A3). Aktivitas antifungi terhadap C. albicans ditemukan pada empat isolat (S SL1-1-R-3, SL1-1-R-6, SL1-1-R10, dan SL2-2-R-6), A. niger pada empat isolat (SL1-1-R-1, SL1-1-R-3, SL1-1-R-6, dan SL2-2- R-6,) dan A. flavus pada satu isolat (SL2-2-R-6). Penapisan aktivitas amilolitik dilakukan dengan metode starch agar plate pada medium Mm + 1 % pati terlarut yang diinkubasi pada tiga suhu berbeda yaitu 45, 50 dan 55 °C selama 3 dan 7 hari. Hasil penapisan aktivitas amilolitik diperoleh bahwa 14 isolat positif terhadap aktivitas amilolitik. Sebanyak 14 isolat mampu mendegradasi pati pada suhu 45 °C (11 isolat mulai mendegradasi pati di hari ke-3 sedangkan 14 isolat mendegradasi pati pada hari ke-7), dua belas isolat mampu mendegradasi pati pada suhu 50 °C (9 isolat mendegradasi pati mulai dari hari ke-3 hingga hari ke-7 dan tiga isolat lainnya hanya pada hari ke-7).

---

Fourteen of actinomycetes isolates were successfully isolated from the soil around the Cisolok geothermal area, West Java. All actinomycetes isolates were tested for growth at various temperatures and growth mediums to determine optimum growth. The results obtained the 14 isolates were able to grow at temperatures of 25, 30, 35, 40, and 45 °C were incubated at ISP 1 agar for 7 days, but optimal growth reached the highest temperature limit at 45 °C compared to 50 and 55 °C. At 50°C, it was found that 10 out of 14 isolates were able to grow and 14 not able to growth at 55 °C. Growth tests on various media showed that fourteen isolates were able to grow on six types of growth medium (ISP 1 agar, ISP 2 agar, ISP 3 agar, Modified Bennet's agar, Mm 1 agar, and Mm2 agar) were incubated at 45 °C for 7 and 14 days, but grew optimally on ISP 1 agar and ISP 3 agar. This study also aims to obtain thermophilic actinomycetes isolates that have the potential to produce antimicrobial compounds and amylase based on the OSMAC approach (variation of medium and temperatures). The screening for antimicrobial activity was carried out on isolates grown in 6 types of growth medium which were incubated at 45 °C for 7 and 14 days using the agar plug diffusion methods. The results showed that 8 out of 14 isolates showed positive results for antimicrobial activity, namely SL1-1-R-1, SL1-1-R-3, SL1-1-R-6, SL1-1-R-10, SL2 -2-R-6, SL2-2-R-13, SL3-2-R-38 A2, and SL3-2-R-38 A3. Antibacterial activity against S. aureus was found in three isolates (SL1-1-R-1, SL2-2-R-6, and SL3-2-R-38 A3), B. subtilis in two isolates (SL3-2-R -38 A2 and SL3-2-R-38 A3), and K. rhizophila were found in three isolates (SL1-1-R-1, SL2-2-R-13, and SL3-2-R-38 A3). Antifungal activity against C. albicans was found in four isolates (S SL1-1-R-3, SL1-1-R-6, SL1-1-R-10, and SL2- 2-R-6), A. niger in four isolates (SL1-1-R-1, SL1-1-R-3, SL1-1-R-6, and SL2-2-R-6,) and A. flavus on one isolate (SL2-2-R-6). Screening for amylolytic activity using starch agar plate methods was carried out on Mm medium + 1% soluble starch and was incubated at three different temperatures; 45, 50, and 55 °C for 3 and 7 days. The results showed that 14 isolates were positive for amylolytic activity. A total of 14 isolates were able to degrade starch at 45 °C (11 isolates began to degrade starch on day 3 , while 14 isolates degraded starch on day 7), twelve isolates were able to degrade starch at 50 °C (9 isolates degraded starch from day 3 to day 7, and three other isolate only on day 7).

"