Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pandemi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah memicu situasi darurat kesehatan di seluruh dunia. Varian Omicron yang menyebar dengan cepat semakin mendesak pencarian terapi yang tepat untuk menghindari infeksi yang lebih berat. TMPRSS2 manusia dan protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron diidentifikasi sebagai protein target melalui penapisan secara komputasi. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual berbasis struktural; analisis prediksi absorption, distribution, metabolism, excretion, dan toxicity (ADMET); dan simulasi dinamika molekuler. Ligan uji yang digunakan adalah senyawa metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Camostat dan nafamostat (ko-kristal) digunakan sebagai ligan pembanding terhadap penghambatan TMPRSS2 sedangkan mefloquine ligan pembanding terhadap Protein Spike. Berdasarkan hasil penambatan molekul, acanthomanzamine C (-9,75 kkal/mol) dan cortistatin G (-9,39 kkal/mol) memiliki aktivitas yang lebih baik terhadap penghambatan TMPRSS2 dibandingkan dengan camostat (-8,25 kkal/mol) dan nafamostat (-6,52 kkal/mol). Sebagai inhibitor protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron, acanthomanzamine C (-9,19 kkal/mol) dan cortistatin J (-8,89 kkal/mol) juga menunjukkan penghambatan yang lebih baik dibandingkan dengan mefloquine (-6,34 kkal/mol). Ligan uji tersebut juga telah memenuhi seluruh kriteria ADMET yang ditetapkan. Dari hasil analisis simulasi dinamika molekuler menunjukkan pengikatan yang stabil senyawa ligan uji terhadap protein target setelah simulasi berjalan 60 nanodetik dan memiliki energi ikatan bebas MMGBSA dan MMPBSA yang lebih baik dibandingkan ligan pembanding diantaranya TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kkal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kkal/mol), protein spike–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kkal/mol), dan protein spike–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kkal/mol). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa acanthomanzamine C, cortistatin G, dan cortistatin J merupakan senyawa hits sebagai kandidat terapi untuk infeksi SARS-CoV-2.

---

The pandemic caused by SARS-CoV-2 has triggered a global health emergency. The rapid spread of the Omicron variant has further intensified the urgency to search for appropriate therapies to prevent severe infections. The human TMPRSS2 and spike protein of the SARS-CoV-2 Omicron variant were identified as the target proteins through computational screening. The methods used are structure-based virtual screening; absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analysis; and molecular dynamics simulation. Bioactive marine invertebrates from Indonesia were employed as test ligands. Camostat and nafamostat (co-crystal) were utilized as reference ligands against TMPRSS2, whereas mefloquine was used as a reference ligand against spike protein. Following a molecular docking, acanthomanzamine C (-9,75 kcal/mol) and cortistatin G (-9,39 kcal/mol) had better activity against TMPRSS2 inhibition compared to camostat (-8,25 kcal/mol) and nafamostat (-6,52 kcal/mol). As inhibitors of spike protein of SARS-CoV-2 Omicron variant, acanthomanzamine C (-9,19 kcal/mol) and cortistatin J (-8,89 kcal/mol) also showed better inhibition compared to mefloquine (-6,34 kcal/mol). The test ligands have also met all the established ADMET criteria. The results of the molecular dynamics analysis showed stable binding of the test ligands to the target proteins after the initial 60 nanoseconds and had free binding energies of MMGBSA/MMPBSA that were better than the comparison ligands, including TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kcal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kcal/mol), spike protein–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kcal/mol), and spike protein–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kcal/mol).  These results indicate that acanthomanzamine C, cortistatin G, and cortistatin J are hits compounds as candidate therapies for SARS-CoV-2 infection."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."

"Metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia diketahui memiliki aktivitas antivirus yang baik. SARS-CoV-2 merupakan virus yang menyebar luas menyebabkan pandemi sehingga menyebabkan kebutuhan mendesak untuk pencarian obat efektivitas tinggi dengan efek samping yang lebih sedikit daripada antivirus yang tersedia saat ini. Penelitian dilakukan untuk mencari kandidat senyawa melawan SARS-CoV-2 dengan menggunakan pendekatan komputasi. Sebanyak 137 senyawa disaring menggunakan AutodockVina. Sifat fisikokimia dan profil farmakokinetik yaitu Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, dan Toksisitas (ADMET) diprediksi menggunakan ADMETLab. Penambatan molekul dilakukan pada dua protease SARS-CoV-2 yaitu 3CLpro dan PLpro menggunakan AutoDockTools. Hasil penambatan molekul, kandidat senyawa Pre-neo-kaluamine dari spesies Acanthostrongylophora ingens memiliki potensi menghambat 3CLpro, dengan nilai energi ikatan sebesar -10,35 kkal/mol. Cortistatin F dari spesies Corticium complex memiliki nilai energi ikatan sebesar -10,62 kkal/mol terhadap PLpro. Acanthomanzamine C dari spesies Acanthostrongylophora ingens dapat melakukan penargetan ganda pada kedua protease 3CLpro dan PLpro, dengan nilai energi ikatan berkisar dari -10 kkal/mol hingga -14 kkal/mol. Semua senyawa kandidat menunjukkan afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan ligan referensi dari masing masing protease yaitu nirmatrelvir dan 3k. Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan AMBER 22 dan memberikan hasil yang sejalan dengan penambatan molekul yaitu menunjukkan stabilitas ikatan yang baik antara ligan uji dan protease.

---

The secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates are known to have good antiviral activity. SARS-CoV-2, a widespread virus causing a pandemic, necessitates an urgent search for high-effectiveness drugs with fewer side effects than currently available antivirals. This research utilized a computational approach to identify candidate compounds against SARS-CoV-2. AutodockVina filtered 137 compounds, while ADMETLab predicted their physicochemical properties and pharmacokinetic profiles (ADMET). Subsequently, AutoDockTools performed molecular docking on the SARS-CoV-2 proteases, 3CLpro and PLpro. The results showed that Pre-neo-kaluamine from Acanthostrongylophora ingens has the potential to inhibit 3CLpro with a bond energy of -10.35 kcal/mol, and Cortistatin F from Corticium complex has a binding energy of -10.62 kcal/mol to PLpro. Acanthomanzamine C from Acanthostrongylophora ingens can double target both proteases with binding energy ranging from -10 kcal/mol to -14 kcal/mol. All candidate compounds exhibited higher affinity than the reference ligands (nirmatrelvir and 3k). Molecular dynamics simulations using AMBER 22 supported the docking results and confirmed good bond stability between the test ligands and the proteases."

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menjadi keadaan darurat kesehatan medis yang sedang berlangsung di seluruh dunia. Reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) berfungsi sebagai titik masuk SARS CoV-2, sementara transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) dan 3 chymotrypsin-like protease (3CLPro) terlibat dalam proses lebih lanjut dan replikasi virus. Inhibisi dari reseptor dan protease SARS CoV-2 dapat membatasi penularan virus ini. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor ACE2, TMPRSS2, dan 3CLPro dari metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual dengan target makromolekul yang didapat dari laman RSCB PDB, yaitu ID 2AJF, 7MEQ, dan 6LU7. Kesimpulan penelitian ini adalah bahwa hasil penapisan virtual memperoleh tujuh senyawa uji yang memiliki afinitas ikatan terhadap ketiga target yaitu Pre-neo-kauluamine (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,8 kkal/mol pada 3CLPro), Nakijiquinone V (-8,2 kkal/mol pada ACE2; -7,8 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,5 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10,1 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Jaspamide Q (-9,5 kkal/mol pada ACE2; -9,2 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Saranoside S (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -7,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,2 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10,2 kkal/mol pada ACE2; -9,6 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro), dan Jaspamide R (-9,3 kkal/mol pada ACE2; -8,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro).

---

The coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become an ongoing medical health emergency worldwide. The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor serves as the entry point for SARS-CoV-2, while transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) and chymotrypsin-like protease 3 (3CLpro) are involved in further processing and viral replication. Inhibition of these SARS-CoV-2 receptor and protease can limit the spread of this virus. This study was conducted to find candidate inhibitors of ACE2, TMPRSS2, and 3CLPro from secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates. The method used was virtual screening with macromolecular targets obtained from the RSCB PDB website, namely ID 2AJF, 7MEQ, and 6LU7. Based on the results of virtual screening, seven test compounds were found to have binding affinity towards all three targets, namely Pre-neo-kauluamine (-9.7 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.8 kcal/mol) on 3CLPro), Nakijiquinone V (-8.2 kcal/mol on ACE2; -7.8 kcal/mol on TMPRSS2; -7.5 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10.1 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal/mol on 3CLPro), Jaspamide Q (-9.5 kcal/mol on ACE2; -9.2 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal /mol on 3CLPro), Saranoside S (-9.7 kcal/mol on ACE2; -7.7 kcal/mol on TMPRSS2; -7.2 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10.2 kcal/mol on ACE2; -9.6 kcal/mol on TMPRSS2; -6.9 kcal/mol on 3CLPro), and Jaspamide R (-9.3 kcal/mol on ACE2; -8.7 kcal/mol on TMPRSS2; -6 .9 kcal/mol at 3CLPro)."

"Penerapan antibodi monoklonal (mAb) anti-spike untuk digunakan dalam diagnosis SARS-CoV-2 memerlukan suatu proses purifikasi untuk mendapatkan suatu antibodi yang murni dan homogen sehingga dapat mendeteksi suatu patogen spesifik secara optimal. Penelitian ini bertujuan untuk memurnikan mAb terhadap protein spike SARS-CoV-2 dan membandingkan hasil purifikasi terbaik dari metode kromatografi afinitas dengan protein G dan kromatografi penukar ion sehingga diperoleh metode yang paling optimal dalam purifikasi mAb terhadap protein spike SARS-CoV-2. Purifikasi mAb anti-spike SARS-CoV-2 dilakukan menggunakan kromatografi afinitas dengan protein G dan kromatografi penukar ion. Hasil purifikasi dari kedua metode kromatografi dikarakterisasi dan diuji fungsionalitasnya menggunakan SDS-PAGE, pengukuran konsentrasi protein, ELISA indirect, dan western blot (WB). Hasil profil SDS-PAGE menunjukkan mAb hasil purifikasi menggunakan protein G pada fraksi 19GD dan 20GD memiliki profil pita protein dengan dua pita, yaitu heavy chain ~50 kDa dan light chain ~25 kDa dengan tingkat kemurnian mencapai 96%. Uji fungsionalitas dengan ELISA indirect menunjukkan fraksi 19GD dan 20GD memiliki nilai absorbansi sebesar 1,015 dan 1,021. Uji fungsionalitas dengan WB menunjukkan adanya pengikatan mAb fraksi 19GD terhadap protein RBD pada ukuran ~38 kDa. Hasil karakterisasi dan uji fungsionalitas mAb fraksi hasil purifikasi dengan resin penukar ion menunjukkan profil pita protein kontaminan, nilai absorbansi dari 0,49—0,82 , dan tidak terbentuk pita protein pada uji WB. Berdasarkan hasil tersebut, mAb anti-spike SARS-CoV-2 berhasil dimurnikan menggunakan kromatografi afinitas dengan protein G secara optimal.

---

The application of anti-spike monoclonal antibody (mAb) for use in the diagnosis of SARS-CoV-2 requires a purification process to obtain a pure and homogeneous antibody so that it can detect a specific pathogen optimally. This research aims to purify anti-spike SARS-CoV-2 mAb and compare the best purification results from affinity chromatography with protein G and ion-exchange chromatography methods in order to obtain the most optimal method of purification of anti-spike SARS-CoV-2 mAb. Purification of anti-spike SARS-CoV-2 mAb was carried out using affinity chromatography with protein G and ion exchange chromatography. The purification results from both chromatographic methods were characterized and tested for functionality using SDS-PAGE, measurement of protein concentration, indirect ELISA, and western blot (WB). The results of SDS-PAGE profile showed that mAb purified using protein G in the 19GD and 20GD fractions had a protein band profile with two bands, namely heavy chain ~50 kDa and light chain ~25 kDa with a purity level of 96%. The functionality test with indirect ELISA showed that 19GD and 20GD fractions had OD values ​​of 1.015 and 1.021. Functionality test with WB showed the binding of mAb fraction 19GD to RBD protein at ~38 kDa. The results of characterization and functionality test of purified mAb fraction with ion exchange resin showed a contaminant protein band profile, absorbance values ​​from 0.49—0.82, and no protein band was formed in the WB test. Based on these results, anti-spike SARS-CoV-2 mAb was successfully purified using affinity chromatography with protein G optimally."

"Latar belakangInfeksi SARS-CoV-2 menyebabkan morbiditas dan mortalitas yang tinggi di seluruh dunia. Terapi yang tersedia saat ini yaitu deksametason dosis tinggi, dapat menurunkan derajat inflamasi, namun dengan efek samping yang cukup berat. Oleh karena itu, diperlukan bahan tambahan terhadap deksametason untuk mengatasi penyakit COVID-19. C. tinctorius diketahui memiliki efek antiinflamasi pada berbagai model kerusakan paru. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh ekstrak etanol bunga kasumba turate (Carthamus tinctorius) terhadap inflamasi paru mencit yang diinduksi SARS-CoV-2 spike protein.Metode : C. tinctorius diekstraksi dengan etanol dan dilakukan identifikasi senyawa menggunakan GC-MS. Sebanyak 30 ekor mencit diinduksi dengan SARS-CoV-2 spike protein secara intratrakeal dan fludarabin intraperitoneal, sedangkan 6 ekor sisanya sebagai sham treatment. Mencit yang diinduksi dengan SARS-CoV-2 spike protein dibagi secara acak menjadi 5 kelompok yaitu kelompok kontrol, perlakuan (deksametason, kombinasi deksametason dengan C. tinctorius dosis 400 mg/kgBB dan 800 mg/kgBB dan C. tinctorius tunggal) yang diberikan terapi selama 6 hari. Hari ke 7 dilakukan terminasi, selanjutnya dilakukan pemeriksaan hematologi, pengamatan kerusakan jaringan dan inflamasi melalui pemeriksaan IL-6, IL-10, CD11c, CD14, CD4, NFĸB p50 pada jaringan paru, TNFα dan IFNg pada bilasan bronkoalveolar.Hasil : Identifikasi senyawa ekstrak etanol bunga kasumba turate memiliki 21 senyawa. Mencit yang diinduksi dengan SARS-CoV-2 spike protein + fludarabin memperlihatkan histologi paru yang dipenuhi dengan infiltrasi sel mononuklear dan cairan bilasan bronkoalveolar didominasi oleh sel makrofag. Pemberian kombinasi deksametason + C. tinctorius 800 mg/kg BB memberikan perbaikan lebih besar dari seluruh kelompok terapi yang diberikan, yang ditunjukkan dengan dan penurunan granulosit yang mendekati normal, neutrophil lymphocyte ratio (NLR) yang menurun, perbaikan pada gambaran histologi, penurunan IL-6, CD11c, CD14 serta peningkatan IL-10, IFNg dan NFĸB (p50)Kesimpulan : Pemberian terapi kombinasi deksametason dan ekstrak etanol bunga C. tinctorius dosis 800 mg/kg BB mampu memperbaiki inflamasi paru pada mencit yang diinduksi SARS-CoV-2 spike protein dan fludarabin, dengan cara memperbaiki keseimbangan sitokin proinflamasi dan sitokin antiinflamasi.

---

Background: The SARS-CoV-2 infection has caused high morbidity and mortality worldwide. The currently available treatment, namely high-dose dexamethasone, can reduce the degree of inflammation, but it comes with worrisome adverse effects. Therefore, additional medicines are needed to address the problem with dexamethasone treatment in COVID-19. Carthamus tinctorius is known to have anti-inflammatory effects in various models of pulmonary damage. Thus, this study aimed to determine the effect of C. tinctorius flower extract on lung inflammation in mice induced by the SARS-CoV-2 spike protein.

Method: C. tinctorius was extracted with ethanol, and the active compounds were identified using GC-MS. The experiment was carried out on 36 Balb/c mice aged 12 weeks. A total of 30 mice were induced with SARS-CoV-2 spike protein intratracheally and fludarabin intraperitoneally, while 6 mice were given sham treatment. Randomly, the SARS-CoV-2 spike protein-induced mice were split into 5 groups, which were: a control group that didn't get any treatment (SarsF), treatment (dexamethasone, a combination of dexamethasone with C. tinctorius doses of 400 mg/kgBW and 800 mg/kgBW and C. tinctorius alone). Drug treatment was given for 6 days. On the 7th day, termination was carried out, then observations of haematological evaluation, tissue damage and inflammation through the evaluation of IL-6, IL-10, CD11c, CD14, CD4, NFĸB p50 in lung tissue and TNFα and IFNg in BALF.

Results: It is known that the flower extract produced by C. tinctorius contains 21 compounds. Mice induced with SARS-CoV-2 spike protein and fludarabin displayed lung histology filled with mononuclear cell infiltration and the bronchoalveolar lavage fluid was dominated by macrophage cells. The combination of dexamethasone and C. tinctorius at 800 mg/kg BW provided greater improvement than all the treatment groups given, as indicated by a decrease in granulocytes that approached normal, a decreased neutrophil lymphocyte ratio (NLR), improvement in histology, decreased IL-6, CD11c, and CD14, as well as increased IL-10, IFN-g and NF-ĸB (p50).

Conclusion : Mice with lung inflammation caused by the SARS-CoV-2 spike protein and fludarabine responded well to a combination therapy of dexamethasone and ethanol extract of C. tinctorius flowers at a dose of 800 mg/kg BW. This regimen of treatment acts by improving the balance of pro-inflammatory and anti-inflammatory cytokines."

"

Penelitian ini bertujuan untuk melakukan pengelompokan varian virus SARS-CoV-2 melalui proses clustering menggunakan metode unsupervised learning. Data yang digunakan adalah sekuens protein SARS-CoV-2 yang diekstraksi fiturnya menggunakan paket Discere dalam bahasa pemrograman Python. Sebanyak 27 fitur dihasilkan dan diseleksi dengan metode seleksi fitur Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO). Metode Elbow digunakan untuk menentukan jumlah cluster yang optimal. Dalam penelitian ini, digunakan metode clustering K-Means dan Balanced Iterative Reducing and Clustering using Hierarchies (BIRCH). Evaluasi hasil clustering dilakukan menggunakan metrik evaluasi Silhouette Score dan Davies-Bouldin Index, serta memperhatikan waktu runtime untuk setiap simulasi. Hasil evaluasi kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan performa antara kedua metode clustering yang digunakan, serta pengaruh seleksi fitur terhadap performa clustering. Hasil terbaik diperoleh pada simulasi dengan metode clustering BIRCH + LASSO, dengan nilai Silhouette Score 0,74186 untuk jumlah cluster k=4 dan 0,73207 untuk k=5. Nilai Davies-Bouldin Index terbaik juga diperoleh pada simulasi tersebut, yaitu 0,42697 untuk k=4 dan 0,37949 untuk k=5. Waktu runtime terbaik tercatat pada simulasi dengan metode K-Means + LASSO, yaitu 0,21551 detik untuk k=4 dan 0,17539 detik untuk k=5. Dapat disimpulkan bahwa metode BIRCH menghasilkan cluster yang lebih baik berdasarkan metrik evaluasi, namun K-Means memberikan proses clustering yang lebih cepat. Seleksi fitur dengan metode LASSO juga membantu meningkatkan performa clustering.

---

This study aims to perform clustering of SARS-CoV-2 virus variants using unsupervised learning methods. The data used consists of SARS-CoV-2 protein sequences whose features are extracted using the Discere package in the Python programming language. A total of 27 features are generated and selected using the Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) feature selection method. The Elbow method is employed to determine the optimal number of clusters for the clustering process. The clustering methods used in this research are K-Means clustering and Balanced Iterative Reducing and Clustering using Hierarchies (BIRCH). The clustering results are evaluated using the Silhouette Score and Davies-Bouldin Index metrics, while also considering the runtime for each simulation. The evaluation results are then compared to examine the performance differences between the two clustering methods and the impact of feature selection on clustering performance. The best Silhouette Score is obtained in the simulation using the BIRCH + LASSO clustering method, with a value of 0.74186 for k=4 and 0.73207 for k=5. The best Davies-Bouldin Index is also achieved in the same simulation, with values of 0.42697 for k=4 and 0.37949 for k=5. The fastest runtime is recorded in the simulation using the K-Means + LASSO method, with a time of 0.21551 seconds for k=4 and 0.17539 seconds for k=5. In conclusion, the BIRCH method yields better clustering results based on the evaluation metrics, while K-Means provides faster clustering processes. The LASSO feature selection method also aids in improving clustering performance.

"

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) diketahui telah menginfeksi jutaan orang sejak 2019. Infeksi virus SARS-CoV2 mengganggu kaskade koagulasi dan homeostatis, sehingga menyebabkan gangguan inflamasi dan koagulasi. Carthamus tinctorius Linn. (CTL) merupakan tumbuhan yang telah diteliti dan memiliki efek farmakologis, salah satunya sebagai antikoagulan. Namun, masih sedikit informasi yang diketahui tentang efek CTL terhadap biomarker koagulasi pada mencit model infeksi SARS-CoV2. Mencit dibagi menjadi 6 kelompok, yaitu kelompok normal, kelompok yang diinduksi protein spike S SARS-CoV2 tanpa diberikan perlakuan (SARS CoV2), kelompok perlakuan deksametason (SARS CoV2+Dex), kelompok perlakuan kombinasi deksametason dan ekstrak CTL 400 mg/kg BB (SARS CoV2+Dex+CTL400), kelompok perlakuan kombinasi deksametason dan ekstrak CTL 800 mg/kg BB (SARS CoV2+Dex+CTL800), dan kelompok perlakuan ekstrak CTL 800 mg/kg BB (SARS CoV2+CTL800). Perlakuan diberikan secara oral satu kali sehari selama 6 hari. Setelah proses terminasi, parameter platelet, D-dimer, laktat dehidrogenase (LDH), aktivator-inhibitor plasminogen 1 (PAI-1), ekspresi relatif gen Angiotensin II Type I Receptor (AT1R), dan hydroxysafflor yellow A (HSYA) kemudian diukur. Kombinasi deksametason dan ekstrak CTL 800 mg/kg (SARS CoV2+Dex+CTL800) secara signifikan menurunkan kadar D-dimer dan PAI-1 (p < 0.05) dibandingkan kelompok tanpa perlakuan. Semua terapi menunjukkan penurunan ekspresi relatif AT1R dan LDH, tetapi tidak menunjukkan pengaruh yang signifikan terhadap kadar platelet. Kadar HSYA terdeteksi pada jaringan paru mencit yang diberikan ekstrak CTL. Kombinasi deksametason dan ekstrak CTL memperbaiki biomarker koagulasi pada mencit model infeksi SARS-CoV2. Namun, studi lebih lanjut diperlukan untuk menentukan efikasi dan keamanan pada manusia.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) have infected millions of people since 2019. Infection of SARS-CoV2 impacts to coagulation and homeostatic cascades, causing inflammation and coagulation disorders. Based on several studies, Carthamus tinctorius Linn. (CTL) has pharmacological effects including anticoagulant. However, there is no study of CTL on coagulation biomarkers in mice induced by SARS-CoV2 spike protein. In this study, mice were divided into 6 groups consist of Normal group, group induced by SARS-CoV2 S spike protein without treatment (SARS CoV2), group with dexamethasone treatment (SARS CoV2+Dex), group with combination of dexamethasone and CTL extract 400 mg/kg (SARS CoV2+Dex+CTL400), group with combination of dexamethasone and CTL extract 800 mg/kg (SARS CoV2+Dex+CTL800), and group with CTL extract 800 mg/kg (SARS CoV2+CTL800). The treatment was given orally once a day for 6 days. After the termination process, parameters of platelets, D-dimer, lactate dehydrogenase (LDH), plasminogen activator-inhibitor 1 (PAI-1), relative expression of Angiotensin II Type I Receptor (AT1R) genes, and hydroxysafflor yellow A (HSYA) were measured. Group with combination of dexamethasone and CTL extract 800 mg/kg (SARS CoV2+Dex+CTL800) significantly reduced D-dimer and PAI-1 levels (p <0.05) compared to the untreated group. All treatment doses showed decreasing trend of AT1R expression and LDH, but did not show a significant effect on platelet level. HSYA was detected in the lung tissue of mice given CTL extract. Combination of dexamethasone and CTL extract improves coagulation biomarkers in mice induced by the SARS-CoV2 spike protein. However, further studies of extract CTL are recommended to ensure its efficacy and safety in human."

"Salah satu terapi COVID-19 adalah plasma konvalesen yang disiapkan Unit Transfusi Darah dari donor yang telah sembuh dari COVID-19. Plasma konvalesen mengandung antibodi netralisasi yang menghambat interaksi antara protein S dengan reseptor ACE2 dengan persyaratan minimal titer 1:160 sehingga diperlukan sistem deteksi antibodi netralisasi seperti tes serologi berbasis ELISA kompetitif yang mudah, murah, cepat dan tidak membutuhkan BSL 3 atau 2. Uji ini membutuhkan protein rekombinan spike S1 yang dapat diekspresikan pada sistem ekspresi mamalia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi antibodi spesifik SARS-CoV-2 pada plasma konvalesen COVID-19 menggunakan protein rekombinan Spike S1.Penelitian ini menggunakan plasmid pD609 sebagai vektor ekspresi yang terdapat gen spike S1. DNA ditransfeksi secara transien ke sel CHO. Immunostaining dilakukan setelah transfeksi untuk melihat ekspresi protein rekombinan spike S1 pada sel CHO. Supernatan media sel CHO post transfeksi dianalisis dengan western blot dan ELISA untuk melihat reaktifitas terhadap serum konvalesen COVID-19. Hasil immunostaining menunjukkan plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His dapat mengekspresikan protein rekombinan spike S1 SARS-CoV-2 pada sel CHO. Hasil Western Blot dan ELISA menunjukkan supernatan media sel kultur CHO post transfeksi reaktif terhadap serum konvalesen COVID-19. Protein rekombinan spike S1 memiliki potensi untuk dikembangkan dan digunakan dalam uji antibodi spesifik namun hasil ekspresi protein masih rendah.

---

One of the therapies for COVID-19 is convalescent plasma prepared by the Blood Transfusion Unit from donors who have recovered from COVID-19. Convalescent plasma contains neutralizing antibodies that inhibit the interaction between S protein and ACE2 receptors with a minimum requirement of a titer of 1:160 so that a neutalizing antibody detection system is needed such as a competitive ELISA-based serological test that is easy, inexpensive, fast, and does not require BSL 3 or 2. S1 spike recombinant protein that can be expressed in mammalian expression systems. This study aims to detect SARS-CoV-2 specific antibodies in COVID-19 convalescent plasma using recombinant Spike S1 protein. This study used the pD609 plasmid as an expression vector containing the spike S1 gene. DNA was transiently transfected into CHO cells. Immunostaining was performed after transfection to see the expression of the S1 spike recombinant protein in CHO cells. The post-transfected CHO cell media supernatans were analyzed by western blot and ELISA to see the reactivity to COVID19 convalescent serum. Immunostaining results showed that the plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His could express the SARS-CoV-2 spike S1 recombinant protein in CHO cells. The results of Western blot and ELISA showed that the post-transfection CHO cell culture media supernatant was reactive to COVID-19 convalescent serum. S1 spike recombinant protein has the potential to be developed and used in specific antibody assays, but the results of protein expression is still low."

"COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi isu global dan menimbulkan kasus infeksi dan korban jiwa diseluruh dunia. Penemuan obat sangat diperlukan untuk menghambat infeksi virus dan dampak yang ditimbulkannya. Namun, penelitian dan pengembangan molekul obat baru membutuhkan waktu yang sangat lama dan memakan biaya yang sangat besar.  Studi in silico merupakan salah satu alternatif solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut. Dalam penelitian ini, uji in silico dilakukan untuk menentukan interaksi antara senyawa propolis dengan protease utama serta protein spike SARS-CoV-2 sebagai protein target. Protease utama berperan dalam replikasi virus sementara protein spike berperan penting dalam proses invasi virus ke dalam sel.  Kedua protein ini dijadikan target pengembangan obat dengan mencari inhibitor keduanya melalui proses penambatan molekuler terhadap 20 senyawa bioaktif propolis yang berasal dari lebah tanpa sengat Tetragonula sapiens. Senyawa propolis yang digunakan yaitu senyawa yang memenuhi aturan Lipinski’s Rule of Five. Adapun piranti lunak utama yang digunakan dalam metode penambatan molekuler pada penelitian ini yaitu AutoDock Vina. Hasil simulasi penambatan molekuler menunjukkan senyawa propolis yang berpotensi menghambat aktivitas protease utama adalah Sulabiroins A, Broussoflavonol F dan (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone dengan nilai penambatan masing-masing sebesar -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol. Sementara itu, Broussoflavonol F dan Glyasperin A merupakan senyawa propolis yang menunjukkan aktivitas inhibis terkuat terhadap protein spike SARS-CoV-2 dengan energi ikatan masing-masing sebesar -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Senyawa-senyawa propolis tersebut juga terbukti dapat berikatan dengan asam amino kunci pada sisi aktif protein target sehingga berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai kandidat obat COVID-19.

---

COVID-19 caused by SARS-CoV-2 is a global health issue and resulting in morbidity and mortality across the world. There is an urgent need to find the treatments to inhibit the virus infections and its consequences. However, research and development of new drug molecules takes years and is very expensive. In silico research is an alternative solution to overcome these problems. Here we conducted in silico study to examine the interaction between propolis compounds with SARS-CoV-2 main protease and spike protein as target proteins. Main protease is responsible for the virus replication while spike protein mediates viral entry. Their important roles makes it an interesting target for developing SARS-CoV-2 potential drugs by developing the inhibitor using molecular docking toward 20 propolis active compounds from Tetragonula sapiens. Those propolis compounds then selected based on Lipinski’s Rule of Five (Lipinski’s RO5). The main software that used to conduct molecular docking in this research are AutoDock Vina. Docking results showed that propolis compound which has the high potential to inhibit SARS-CoV-2 main protease activity was Sulabiroins A, following by broussoflavonol F and (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone with docking score -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol, respectively. Broussoflavonol F and Glyasperin A were the most promising compounds that showed inhibition activity towards SARS-CoV-2 spike protein with binding affinity  -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Those compounds were able to bind with the key residu on the active site of the target protein so that they could be potential to be further developed as COVID-19 drug candidates."