Hasil Pencarian

Ditemukan 129356 dokumen yang sesuai dengan query

Safira Candra Asih

Studi Penambatan Molekuler 30 Senyawa dalam Propolis Tetragonula sapiens dengan Target Protein Terapeutik COVID-19 = Molecular Docking Study of 30 Compounds in Propolis Tetragonula sapiens with Therapeutic Protein Target for COVID-19

"Sejak pertama kali diidentifikasi pada akhir Desember 2019, COVID-19 menjadi perhatian utama dunia. Sampai saat ini baru ada 2 obat yang disetujui oleh FDA, sehingga masih terbuka kesempatan eksplorasi obat untuk COVID-19. Enzim RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) dan p21-activated kinase (PAK1) menjadi kandidat protein target untuk pencarian obat COVID-19. RdRp sendiri terlibat dalam replikasi virus SARS-CoV-2 di dalam tubuh sedangkan PAK1 terlibat dalam patogenesis dan fibrosis paru pada pasien COVID-19. Kedua protein target ini dijadikan strategi pencarian obat dengan mencari inhibitor dari keduanya menggunakan metode penambatan molekuler terhadap 30 senyawa yang ada dalam propolis Tetragonula sapiens yang telah terbukti di beberapa penelitian memiliki efek farmakologis. Sebelum dilakukan penambatan molekuler, 30 senyawa propolis dipastikan telah memenuhi aturan Lipinski & SwissADME. Hasil yang didapatkan berdasar analisis docking score, konstanta inhibisi, dan profil interaksi adalah bahwa senyawa propolis yang berpotensi menjadi inhibitor PAK1 adalah glyurallin B dan glyasperin A. Sedangkan untuk RdRp adalah 1,5-Dimethyl-4-[[(2-methyl-6-phenylthieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl)hydrazinylidene]methyl]pyrrole-2 carbonitrile. Berdasarkan analisis studi literatur, senyawa-senyawa dalam propolis cenderung bersifat sinergis sehingga akan lebih baik digunakan secara kolektif dibanding secara individu. Hasil penelitian ini juga menunjukkan potensi propolis dikembangkan menjadi terapeutik untuk COVID-19 dalam bentuk nutritional foods.

Sejak pertama kali diidentifikasi pada akhir Desember 2019, COVID-19 menjadi perhatian utama dunia. Sampai saat ini baru ada 2 obat yang disetujui oleh FDA, sehingga masih terbuka kesempatan eksplorasi obat untuk COVID-19. Enzim RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) dan p21-activated kinase (PAK1) menjadi kandidat protein target untuk pencarian obat COVID-19. RdRp sendiri terlibat dalam replikasi virus SARS-CoV-2 di dalam tubuh sedangkan PAK1 terlibat dalam patogenesis dan fibrosis paru pada pasien COVID-19. Kedua protein target ini dijadikan strategi pencarian obat dengan mencari inhibitor dari keduanya menggunakan metode penambatan molekuler terhadap 30 senyawa yang ada dalam propolis Tetragonula sapiens yang telah terbukti di beberapa penelitian memiliki efek farmakologis. Sebelum dilakukan penambatan molekuler, 30 senyawa propolis dipastikan telah memenuhi aturan Lipinski & SwissADME. Hasil yang didapatkan berdasar analisis docking score, konstanta inhibisi, dan profil interaksi adalah bahwa senyawa propolis yang berpotensi menjadi inhibitor PAK1 adalah glyurallin B dan glyasperin A. Sedangkan untuk RdRp adalah 1,5-Dimethyl-4-[[(2-methyl-6-phenylthieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl)hydrazinylidene]methyl]pyrrole-2 carbonitrile. Berdasarkan analisis studi literatur, senyawa-senyawa dalam propolis cenderung bersifat sinergis sehingga akan lebih baik digunakan secara kolektif dibanding secara individu. Hasil penelitian ini juga menunjukkan potensi propolis dikembangkan menjadi terapeutik untuk COVID-19 dalam bentuk nutritional foods."

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2021

T-pdf

UI - Tesis Membership Universitas Indonesia Library

Novrina Ariij Aisyti

Studi Komparatif dan Permodelan In Silico Senyawa Propolis Tetragonula biroi aff. Sulawesi sebagai Inhibitor ALK, HER2, dan BTK dalam Target Terapi Kanker = Comparative Study and In Silico Modelling of Sulawesi Tetragonula biroi aff. Propolis Compounds as ALK, HER2, and BTK Inhibitors in Cancer Targeted Therapy

"Salah satu perkembangan menarik dalam pengobatan kanker adalah target terapi kanker, yaitu pemberian obat yang ditargetkan secara molekuler untuk menginhibisi protein onkogenik tirosin kinase. Tirosin kinase adalah enzim kinase yang berperan dalam proses seluler seperti pertumbuhan, diferensiasi, migrasi, dan apoptosis sebuah sel. Mutasi atau ekspresi berlebih dari tirosin kinase dapat mengakibatkan perubahan fungsi seluler tirosin kinase yang memicu pembentukan sel tumor dan kanker, sehingga inhibisi dari protein tersebut dapat memperlambat proliferasi dan angiogenesis dari sel kanker. Pada penelitian ini, permodelan secara in silico digunakan untuk mengetahui aktivitas inhibisi senyawa propolis yang berasal dari lebah tak bersengat Tetragonula biroi aff. Indonesia pada target protein tirosin kinase penyebab non-small cell lung cancer (NSCLC), kanker payudara, dan leukemia myeloid. 18 senyawa uji propolis yang memiliki potensi antikanker diujikan sebagai inhibitor untuk menghambat aktivitas protein Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2), dan Brutons Tyrosine Kinase (BTK) penyebab NSCLC, kanker payudara, dan leukemia myeloid secara berturut-turut. Penambatan dikomputasikan menggunakan AutoDock Vina®, dengan LigPlot+ dan PyMOL untuk memvisualisasikan interaksi molekuler antara kompleks inhibitor-protein yang dihasilkan. Hasil menunjukkan bahwa kurarinon adalah inhibitor yang paling kuat terhadap ALK dengan skor -8,8 kkal/mol, yang berinteraksi dengan Met1199 sebagai residu utama untuk menghambat ALK. Sementara itu macarangin memiliki skor penambatan tertinggi untuk target HER2 dengan nilai sebesar -11,3 kkal/mol, dan Derrubone sebagai inhibitor paling kuat untuk BTK dengan skor -9,4 kkal/mol. Maka dari itu, studi ini menunjukkan bahwa kurarinon berpotensi untuk menjadi inhibitor ALK, dengan macarangin berpotensi sebagai inhibitor HER2, dan derrubone berpotensi untuk menjadi inhibitor BTK sehingga ketiga senyawa tersebut dapat diteliti dan dievaluasi lebih lanjut untuk studi in-vitro dan in-vivo sebagai novel inhibitor ALK, HER2, dan BTK.

One of the interesting developments in cancer treatment is the use of cancer targeted therapy, a molecular targeted drugs that are given to inhibit the oncogenic protein of tyrosine kinases. The tyrosine kinases is a group of kinase enzyme that plays a role in cellular processes such as cell growth, differentiation, migration, and apoptosis. Mutation or overexpression of tyrosine kinases can result in disruption of tyrosine kinase cellular function which triggers the formation of tumor and cancerous cells, where the inhibition of these proteins can slow down the proliferation and angiogenesis of cancer cells. In this study, in-silico modeling was used to determine the inhibitory activity of propolis compounds derived from Indonesian Tetragonula biroi aff. targeting tyrosine kinase protein that causes non-small cell lung cancer (NSCLC), breast cancer, and myeloid leukemia. 18 propolis compounds that have anticancer potential are tested as inhibitors to block the activity of Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2), and Bruton's Tyrosine Kinase (BTK) protein that causes NSCLC, breast cancer, and myeloid leukemia respectively. Docking was computed using AutoDock Vina®, with LigPlot+ and PyMOL to visualize molecular interactions between the resulting inhibitor-protein complex. The result show that kurarinone is the most potent inhibitor towards ALK with a score -8,8 kcal/mol, interacting with Met1199 as a key residues for inhibiting ALK. Meanwhile macarangin has the highest docking score for HER2 target resulting in -11,3 kcal/mol, and derrubone as the most potent inhibitor for BTK with a score of -9,4 kcal/mol. This study suggest that kurarinone has the potential as ALK inhibitor, with macarangin has the potential to inhibit HER2, and derrubone has the potential as BTK inhibitor so that the three compounds can be further investigated and evaluated for in-vitro and in-vivo studies as novel ALK, HER2, and BTK inhibitors.

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2020

S-pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Rafidha Irdiani

Studi in silico interaksi molekuler antara propolis tetragonula aff. biroi dengan target protein penyebab covid-19 = Molecular interaction in silico study between tetragonula aff. biroi propolis and covid-19 therapeutic protein targets

"Coronavirus disease 2019 (Covid-19) merupakan penyakit saluran pernapasan yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2). Saat ini, Covid-19 menjadi masalah kesehatan global dan ditetapkan sebagai pandemic pada Maret 2020. Kompleksitas dan mutasi ssRNA virus yang sangat cepat menyebabkan dibutuhkan waktu lama untuk menghasilkan vaksin yang efektif. Sementara itu, angka kematian yang terus meningkat mengiringi peningkatan angka kasus setiap harinya membuat tingginya urgensi penemuan obat. Terdapat dua target pengobatan Covid-19 yang menjanjikan, yaitu protease SARS-CoV-2 dan ACE-2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi propolis Tetragonula aff. biroi sebagai obat Covid-19 melalui studi in silico. Dalam penelitian ini, penambatan molekuler antara senyawa propolis dengan masing-masing protease SARS-CoV-2 dan ACE-2 dilakukan. Melalui penelitian ini, dapat disimpulkan bahwa senyawa yang berpotensi menghambat aktivitas protease SARSCoV-2 adalah glyasperin A dan broussoflavonol F, dengan docking score -7,8 kcal/mol dan dengan persentase kemiripan profil interaksi masing-masing dibandingkan dengan inhibitor 13b sebagai kontrol positif sebesar 63% dan 75%. Sementara itu, senyawa yang berpotensi menghambat aktivitas ACE-2 adalah glyasperin A, broussoflavonol F, dan sulabiroins A dengan docking score secara berurutan -10,8 kcal/mol, -9,9 kcal/mol, dan -9,5 kcal/mol serta persentase kemiripan profil interaksi dibandingkan dengan inhibitor MLN-4760 sebagai kontrol positif secara berurutan sebesar 77%, 23%, dan 38%.

Coronavirus disease 2019 (COVID-19), a respiratory disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is a global health concern, as the World Health Organization declared this outbreak to be a global pandemic in March 2020. The need for an effective treatment is urgent because the development of an effective vaccine may take years given the complexity of the virus and its rapid mutation. Two promising treatment targets for COVID-19 are SARS-CoV-2 main protease and ACE-2. Thus, this study examined whether Sulawesi propolis compounds produced by Tetragonula aff. biroi can inhibit the enzymatic activity of both proteins. In this study, molecular docking was performed to analyze the interaction profiles of propolis compounds with SARS-CoV-2 main protease and ACE-2 severally. Based on the research, two compounds, namely glyasperin A and broussoflavonol F, are potential inhibitor for SARS-CoV-2 protease with docking score -7.8 kcal/mol and binding similarities compared to inhibitor 13b as positive control 63% and 75% respectively. Furthermore, glyasperin A, broussoflavonol F and sulabiroins A are also considered as potential inhibitors for ACE-2 with docking score -10.8 kcal/mol, -9.9 kcal/mol and -9.5 kcal/mol respectively, and binding similarity compared to inhibitor MLN-4760 as positive control 77%, 23% and 38% respectively."

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2020

S-pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Devinta Aurelia

Penambatan Molekuler dan Simulasi Dinamika Molekuler Mekanisme Inhibisi Enzim Xanthine Oxidase oleh Senyawa Baru Propolis Tetragonula Sapiens yang berpotensi sebagai Obat Anti-Gout = Molecular Docking and Molecular Dynamic Simulation on Xanthine Oxidase Inhibition Mechanisms by New Compounds of T. Sapiens Propolis as Potential Anti-Gout Drugs

"Gout merupakan suatu penyakit berupa inflammatory arthritis yang berhubungan erat dengan gangguan metabolisme purin yang memicu peningkatan kadar asam urat dalam darah (hiperurisemia). Pengobatan yang umum dilakukan untuk menurunkan kadar asam urat dalam serum darah adalah dengan melakukan inhibisi aktivitas enzim Xanthine Oxidase (XO). Penelitian sebelumnya menemukan enyawa baru dari propolis Tetragonula Sapiens dapat menginhibisi enzim XO dan berpotensi menjadi zat aktif obat anti-gout. Penelitian ini dilakukan studi komputasi untuk memahami jenis dan mekanisme inihibisi XO oleh senyawa baru propolis T. sapiens. Penambatan molekuler dilengkapi dengan MPS Approach dan protein side-chain flexibility. Hasil penambatan molekuler menunjukkan energi ikatan terendah antara ligan dan reseptor terjadi pada domain intermediate dan bukan pada situs aktif, yang berpotensi inhibisi terjadi secara non-kompetitif. Kemudian dibuat dua sistem dengan dan tanpa inhibitor dan dilakukan simulasi MD. RMSD sistem tanpa inhibitor berada pada rentang 0,3-0,4 nm dan dengan inhibitor pada rentang 0,2-0,3 nm. Nilai Rg masing-masing secara berurutan sebesar 3,18 nm dan 3,19 nm. Okupansi ikatan hidrogen yang terbentuk mencapai 100% dengan residu Asp1170(1171). Hasil simulasi menunjukkan bahwa kompleks XO dengan senyawa propolis terjadi ekspansi struktur dibandingkan kompleks tanpa inhibitor dan inhibisi memiliki interaksi yang stabil.

Gout is a disease in the form of inflammatory arthritis that is closely related to purine metabolism disorders that trigger increased levels of uric acid in the blood (hyperuricemia). A common treatment to reduce uric acid levels in blood serum is by inhibiting the activity of the Xanthine Oxidase (XO) enzyme. Previous research found a new compound from propolis Tetragonula Sapiens can inhibit the enzyme XO and has the potential to be an active substance in anti-gout drugs. This research is a computational study to understand the type and mechanism of XO inhibition by the new compound T. sapiens propolis. Molecular docking is complemented by the MPS Approach and protein side-chain flexibility. The molecular docking results show that the lowest binding energy between the ligand and the receptor occurs in the intermediate domain and not at the active site, which has the potential for inhibition to occur in a non-competitive manner. Then two systems with and without inhibitors were made and MD simulation was performed. The RMSD of the system without the inhibitor was in the range of 0.3-0.4 nm and with the inhibitor in the range of 0.2-0.3 nm. The Rg values were respectively 3.18 nm and 3.19 nm, respectively. Occupancy of hydrogen bonds formed reaches 100% with Asp1170(1171) residues. The simulation results showed that the XO complex with propolis had a structural expansion compared to the complex without inhibitor and the inhibition had a stable interaction."

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022

S-pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Darin Flamandita

Pemodelan interaksi molekuler senyawa dalam propolis Tetragonula biroi aff. dengan target protein untuk seleksi awal kandidat obat = Molecular interaction modeling of Tetragonula biroi aff. propolis with protein targets as preliminary study in drug discovery

2019

S-Pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Lia Kusuma Dewi

Pemodelan In silico Senyawa dalam Propolis Tetragonula sapiens yang Berpotensi sebagai Inhibitor Protease Utama dan Protein Spike SARS-CoV-2 = In silico Modelling of Tetragonula sapiens Propolis Compounds Potential as an Inhibitor of SARS-CoV-2 Main Protease and Spike Protein

"COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi isu global dan menimbulkan kasus infeksi dan korban jiwa diseluruh dunia. Penemuan obat sangat diperlukan untuk menghambat infeksi virus dan dampak yang ditimbulkannya. Namun, penelitian dan pengembangan molekul obat baru membutuhkan waktu yang sangat lama dan memakan biaya yang sangat besar. Studi in silico merupakan salah satu alternatif solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut. Dalam penelitian ini, uji in silico dilakukan untuk menentukan interaksi antara senyawa propolis dengan protease utama serta protein spike SARS-CoV-2 sebagai protein target. Protease utama berperan dalam replikasi virus sementara protein spike berperan penting dalam proses invasi virus ke dalam sel. Kedua protein ini dijadikan target pengembangan obat dengan mencari inhibitor keduanya melalui proses penambatan molekuler terhadap 20 senyawa bioaktif propolis yang berasal dari lebah tanpa sengat Tetragonula sapiens. Senyawa propolis yang digunakan yaitu senyawa yang memenuhi aturan Lipinski’s Rule of Five. Adapun piranti lunak utama yang digunakan dalam metode penambatan molekuler pada penelitian ini yaitu AutoDock Vina. Hasil simulasi penambatan molekuler menunjukkan senyawa propolis yang berpotensi menghambat aktivitas protease utama adalah Sulabiroins A, Broussoflavonol F dan (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone dengan nilai penambatan masing-masing sebesar -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol. Sementara itu, Broussoflavonol F dan Glyasperin A merupakan senyawa propolis yang menunjukkan aktivitas inhibis terkuat terhadap protein spike SARS-CoV-2 dengan energi ikatan masing-masing sebesar -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Senyawa-senyawa propolis tersebut juga terbukti dapat berikatan dengan asam amino kunci pada sisi aktif protein target sehingga berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai kandidat obat COVID-19.

COVID-19 caused by SARS-CoV-2 is a global health issue and resulting in morbidity and mortality across the world. There is an urgent need to find the treatments to inhibit the virus infections and its consequences. However, research and development of new drug molecules takes years and is very expensive. In silico research is an alternative solution to overcome these problems. Here we conducted in silico study to examine the interaction between propolis compounds with SARS-CoV-2 main protease and spike protein as target proteins. Main protease is responsible for the virus replication while spike protein mediates viral entry. Their important roles makes it an interesting target for developing SARS-CoV-2 potential drugs by developing the inhibitor using molecular docking toward 20 propolis active compounds from Tetragonula sapiens. Those propolis compounds then selected based on Lipinski’s Rule of Five (Lipinski’s RO5). The main software that used to conduct molecular docking in this research are AutoDock Vina. Docking results showed that propolis compound which has the high potential to inhibit SARS-CoV-2 main protease activity was Sulabiroins A, following by broussoflavonol F and (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone with docking score -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol, respectively. Broussoflavonol F and Glyasperin A were the most promising compounds that showed inhibition activity towards SARS-CoV-2 spike protein with binding affinity -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Those compounds were able to bind with the key residu on the active site of the target protein so that they could be potential to be further developed as COVID-19 drug candidates."

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022

T-pdf

UI - Tesis Membership Universitas Indonesia Library

Samantha Ruth Andriawan

Penambatan Molekuler Interaksi Senyawa Flavonoid Dalam Tanaman Glycyrrhiza glabra Terhadap Protein Target EGFR Sebagai Kandidat Obat Kanker Mulut = Molecular Docking Analysis of Flavonoid Compounds from Glycyrrhiza glabra on the EGFR Protein Target as a Candidate for Oral Cancer Drug

"Pendahuluan: Dalam pembentukan kanker mulut, ada banyak faktor yang memiliki peran besar, salah satunya protein epidermal growth factor receptor atau EGFR. EGFR merupakan gen yang sangat polimorfik dan rentan terhadap mutasi. Mutasi ini menyebabkan reseptor EGFR yang lebih aktif dan sensitif terhadap ligan EGF (epidermal growth factor) sehingga menyebabkan aktivitas persinyalan EGFR yang terus meningkat, proliferasi sel kanker yang tidak terkendali, resistensi terhadap apoptosis, hingga terjadi proses angiogenesis. Indonesia memiliki keanekaragaman hayati yang melimpah, salah satunya adalah tanaman akar manis atau disebut juga Glycyrrhiza glabra. Pada tanaman ini, terdapat delapan jenis flavonoid yang memiliki potensi antikanker yang besar, yaitu isoliquiritigenin, glyzaglabrin, prunetin, shinpterocarpin, licochalcone A, glabridin, glisoflavone, dan isoangustone A. Kedelapan senyawa flavonoid ini berpotensi untuk berikatan dengan reseptor EGFR serta berkompetisi dengan ligan EGF untuk menghasilkan efek antikanker. Tujuan: Mengingat mayoritas penduduk Indonesia yang tinggal jauh dari perkotaan, tanaman ini dapat menjadi salah satu tanaman yang berpotensi untuk pengobatan kanker mulut. Oleh karena itu, penelitian ini diharapkan bisa menggali potensi yang dimiliki oleh Glycyrrhiza glabra sebagai kandidat obat kanker mulut. Metode: Studi in silico melalui penambatan molekuler dengan program AutoDockTools v.1.5.6 digunakan untuk menguji potensi kedelapan senyawa flavonoid yang terkandung dalam Glycyrrhiza glabra untuk berikatan dengan protein target EGFR. Hasil: Penambatan molekuler kedelapan senyawa flavonoid menunjukkan bahwa seluruh senyawa yang diuji memiliki ikatan yang sangat stabil karena lebih rendah dari -7 kcal/mol. Selain itu, stabilitas dari interaksi ini juga diperkuat oleh keberadaan ikatan Van der Waals, ikatan hidrogen, serta ikatan hidrofobik. Kesimpulan: Dari kedelapan senyawa yang diuji, dapat disimpulkan bahwa senyawa yang memiliki afinitas ikatan terbaik dengan protein EGFR adalah senyawa glabridin, dengan nilai ΔG = -10.53 kcal/mol dan Ki = 19.23 nM.

Introduction: In the formation of oral cancer, there are many factors that play a significant role, one of which is the epidermal growth factor receptor protein, or EGFR. EGFR is a highly polymorphic gene and is susceptible to mutations. These mutations lead to a more active EGFR receptor that is sensitive to the EGF (epidermal growth factor) ligand, resulting in increased EGFR signaling activity, uncontrolled proliferation of cancer cells, resistance to apoptosis, and the occurrence of angiogenesis. Indonesia is rich in biodiversity, including the licorice plant, also known as Glycyrrhiza glabra. This plant contains eight types of flavonoids with significant anticancer potential, namely isoliquiritigenin, glyzaglabrin, prunetin, shinpterocarpin, licochalcone A, glabridin, glisoflavone, and isoangustone A. These eight flavonoid compounds have the potential to bind to the EGFR receptor and compete with the EGF ligand to produce anticancer effects. Objective: Given that the majority of Indonesia's population resides far from urban areas, this plant has the potential to be used in the treatment of oral cancer. Therefore, this research aims to explore the potential of Glycyrrhiza glabra as a candidate for oral cancer treatment. Method: In silico studies using molecular docking with AutoDockTools v.1.5.6 were conducted to test the potential of the eight flavonoid compounds found in Glycyrrhiza glabra to bind to the target protein EGFR. Results: Molecular docking of the eight flavonoid compounds showed that all the tested compounds had highly stable bindings, with binding energies lower than -7 kcal/mol. Additionally, the stability of these interactions was reinforced by the presence of van der Waals forces, hydrogen bonds, and hydrophobic interactions. Conclusion: From the eight compounds tested, it can be concluded that the compound with the best binding affinity to the EGFR protein is glabridin, with a ΔG value of -10.53 kcal/mol and a Ki value of 19.23 nM.
"

Jakarta: Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia, 2023

S-pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Naila Ramadhanty Arifaputri

Penambatan Molekuler Interaksi Senyawa pada Tanaman Plectranthus amboinicus terhadap Protein Target p53 sebagai Kandidat Obat Anti-Aging = Molecular Docking of Compounds from Plectranthus amboinicus against Target Protein p53 as a Candidate for Anti-Aging Medicine

"Pendahuluan: Data Susenas tahun 2022 yang dikeluarkan oleh Badan Pusat Statistik (BPS) mencatat bahwa 10,48% penduduk Indonesia adalah lansia dengan 2 dari 5 lansia memiliki keluhan kesehatan. Hal ini bisa disebabkan karena banyaknya faktor ekstrinstik maupun intrinsik yang menyebabkan kerusakan seluler sehingga menginduksi protein p53 untuk melakukan cellular senescence. Senyawa thymol, carvacrol, dan flavonoid (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) dalam ekstrak tanaman Plectranthus amboinicus yang kaya akan antioksidan dipercaya dapat menghambat proses cellular senescence sehingga dapat menekan proses penuaan. Dengan itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui interaksi antara komponen ligan pada senyawa aktif thymol, carvacrol, dan flavonoid yang terkandung dalam Plectranthus amboinicus dengan protein target p53 yang berkaitan dengan aktivitas cellular senescence pada proses penuaan. Metode: Studi in silico melalui molecular docking (penambatan molekuler) untuk menguji interaksi molekuler dari ligan senyawa thymol, carvacrol, dan flavonoid (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) dari tanaman Plectranthus amboinicus terhadap reseptor protein target p53 yang bertanggung jawab dalam proses cellular senescence. Hasil interaksi yang didapat merupakan sebuah histogram yang akan dianalisis dan diinterpretasikan untuk mengetahui afinitas ikatan (binding affinity) dari interaksi yang terjadi. Hasil: Terjadi interaksi antara ligan senyawa thymol, carvacrol, dan flavonoid (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) dari tanaman Plectranthus amboinicus terhadap reseptor protein target p53. Kesimpulan: Plectranthus amboinicus berpotensi menjadi agen anti-aging yang dapat menghambat dan memperlambat proses dari penuaan melalui studi in silico. Akan tetapi, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut mengenai mengenai sifat-sifat dari Plectranthus amboinicus untuk mengetahui potensi tanaman ini terhadap tubuh manusia yang belum diketahui.

Introduction: The 2022 Susenas data stated by the Central Statistics Agency (BPS) notes that 10.48% of Indonesia’s population are elderly with 2 out of 5 having health complaints. This could be due to the many extrinsic and intrinsic factors that causes cellular damage thereby inducing the p53 protein to perform cellular senescence. Compounds of thymol, carvacrol, and flavonoids (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) from the extract of the Plectranthus amboinicus plant which are rich in antioxidants are believed to have the potential to inhibit the cellular senescence process so as to suppress the aging process. The purpose of this research is to investigate the interaction between the ligand of thymol, carvacrol, and flavonoid compounds from Plectranthus amboinicus with the p53 target protein which is associated with cellular senescence activity in the aging procress. Methods: In silico study through molecular docking to examine the molecular interactions of the ligands of thymol, carvacrol, and flavonoids (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) from the Plectranthus amboinicus plant against the target protein receptor p53 which is responsible for the process of cellular senescence. The interaction results obtained is a histogram which will be analyzed and interpreted to determine the binding affinity of the interactions that occured. Results: Interactions existed between the ligands of thymol, carvacrol, and flavonoids (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) from the Plectranthus amboinicus plant against the target protein receptor p53. Conclusion: Plectranthus amboinicus has the potential to be an anti-aging agent that can inhibit and slow down the process of aging through in silico studies. However, it is necessary to carry out further research regarding the properties of Plectranthus amboinicus to determine the unknown potential of this plant to the human body.
"

Jakarta: Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia, 2023

S-pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Bryan Natalie

Desain Media Pertumbuhan Kultur Sel Fibroblas Manusia Dengan Propolis Sulawesi (Tetragonula Sapiens) dan Royal jelly (Apis Mellifera) dalam Media DMEM = Design of Human Fibroblasts Cell Culture Growth Media with Sulawesi Propolis (Tetragonula Sapiens) And royal jelly (Apis Mellifera) in DMEM Media

"Peningkatan penggunaan Fetal Bovine Serum (FBS) dari tahun ke tahun menyebabkan permintaan melebihi supply. Hal ini menyebabkan peningkatan harga FBS. Penelitian ini dimulai dengan membuat sediaan serbuk royal jelly dan propolis menggunakan metode freeze drying. Serbuk royal jelly dan ekstrak propolis kemudian akan ditambahkan pada media kultur kemudian dihitung proliferasi dan viabilitas sel fibroblas dengan menggunakan Trypan blue assay. Penambahan variasi propolis, royal jelly, dan FBS akan dilakukan dalam 7 variasi konsentrasi. Hasil proliferasi sel fibroblas media variasi 1 pada hari ketujuh memberikan hasil terbaik dari antara media variasi lain dengan rata-rata 24.780,7±401,98 sel/cm2. Namun hasil tersebut masih belum melebihi proliferasi pada media kontrol. Hasil pengujian viabilitas media variasi 1 hingga media variasi 4 pada hari ketujuh memberikan hasil viabilitas > 95%. Berdasarkan pada hasil PDL, viabilitas, dan morfologi sel fibroblast, maka media variasi terbaik merupakan media variasi 3 dengan waktu inkubasi 3 hari yang mencapai nilai level pembelahan sebanyak 3,3 level. Untuk waktu inkubasi 7 hari, media 1 merupakan yang terbaik diantara media variasi dengan nilai level pembelahan sebanyak 3,4level.

The increasing use of Fetal Bovine Serum (FBS) over the years has led to a demand exceeding the supply. This has resulted in an increase in the price of FBS. This research begins by preparing powdered formulations of royal jelly and propolis using the freeze-drying method. The powdered royal jelly and powder propolis sulawesi extracts will then be added to the culture media, and the proliferation, viability, and population doubling level (PDL) of sel fibroblas cells will be assessed using the Trypan blue assay. Seven serum concentration variations (combination of royal jelly, propolis, and FBS) will be added on multi well culture plate 12 wells microplate sterile. The results of sel fibroblas cell proliferation in 1st media variation on the seventh day showed the best outcome among the other variations, with an average of 24,780.7±401.98 cells/cm2. The viability testing results of 1st to 4th variation media on the seventh day showed viability rates of >95%. Based on the results of PDL, viability, and fibroblast cell morphology, the best variation medium is variation medium 3 with an incubation time of 3 days, reaching a cell division level of 3.3. For an incubation time of 7 days, variation medium 1 is the best among the 1st variation with seven day incubation, at the average level of 3.38 PDs."

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023

S-pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

Hana Mufida Hadini

Studi Molecular Docking Senyawa Aktif Propolis Indonesia terhadap β-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme1 (BACE1) pada Penyakit Alzheimer = Molecular Docking Study of Indonesian Propolis Active Compounds on Î²-Site Amyloid Protein Precursor Cleaving Enzyme1 (BACE1) in Disease

"Alzheimer merupakan penyebab paling umum dari demensia dan penyakit dengan jumlah pasien yang terus meningkat setiap tahunnya. β-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme1 (BACE1) diketahui sebagai protein yang sangat toksik dan dapat memicu penyakit Alzheimer. Propolis dengan flavonoid yang terkandung di dalamnya dilaporkan memiliki sifat pelindung saraf dalam studi in vitro dan in vivo melalui tindakan antioksidan, anti-inflamasi, dan imunomodulator. Pada penelitian ini, dilakukan studi in silico untuk mengetahui interaksi protein target BACE1 dan ligan pada senyawa propolis lokal Indonesia dengan melakukan molecular docking. Senyawa ligan yang digunakan pada penelitian ini yaitu, Sulawesin A, Broussoflanovol F, Sulawesin B, Glyasperin A, Deoxy-podophyllotoxin, Isorhamnetin, Xanthoxyletin, (--)- Isocalolongic acid, 2’,3’-Dihydro-3’-hydroxypapuanic acid, Isopapuanic acid, (1’s)-2-Cis,4 trans-abscisic acid, Curcumene, (1’s)-2-Trans,4 trans-abscisic acid, Tetraline, P-coumaric acid, dan Thymol. Hasil menunjukkan bahwa molecular docking antara protein target BACE1 dengan native ligand memiliki nilai docking terbaik yaitu, -11 kkal/mol. Sedangkan, senyawa ligan yang memiliki nilai docking terbaik yaitu, Sulawesin A dengan nilai -9,3 kkal/mol.

Alzheimer's is the most common cause of dementia and disease with the number of patients increasing every year. β-Site Amyloid Protein Precursor Cleaving Enzyme1 (BACE1) is known as a highly toxic protein and can trigger Alzheimer's disease. Propolis with flavonoids contained in it is reported to have neuroprotective properties in in-vitro and in-vivo studies through its antioxidant, anti-inflammatory, and immunomodulatory actions. In this study, an in-silico study was conducted to determine the interaction of the target protein BACE1 and its ligand on local Indonesian propolis compounds by molecular docking. The ligand compounds used in this study were Sulawesin A, Broussoflanovol F, Sulawesin B, Glyasperin A, Deoxy-podophyllotoxin, Isorhamnetin, Xanthoxyletin, (--)-Isocalolongic acid, 2',3'-Dihydro-3'-hydroxypapuanic acid., Isopapuanic acid, (1's)-2-Cis,4 trans-abscisic acid, Curcumene, (1's)-2-Trans,4 trans-abscisic acid, Tetraline, P-coumaric acid, and Thymol. The results showed that the molecular docking between BACE1 protein target and native ligand had the best docking value, namely -11 kcal/mol. Meanwhile, the ligand compound that has the best docking value is Sulawesin A with a value of -9.3 kcal/mol."

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2021

S-pdf

UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library

<< 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 >>

Hasil Pencarian :: Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian