Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Epidermal Growth Factor (EGF) adalah polipeptida yang memegang peranan penting dalam penyembuhan luka. Namun, EGF memiliki keterbatasan apabila diaplikasikan secara topikal yaitu tingkat permeasinya rendah sehingga vesikel lipid transfersom dipilih untuk membawa EGF karena memiliki karakteristik deformabilitas tinggi. Melaluisimulasi dinamika molekuler akan didapatkan visualisasi pembentukan vesikel transfersom. Penelitian dilakukan untuk menemukan metode simulasi dinamika molekuler yang dapat menghasilkan berkas output sehingga visualisasi akhir vesikel lipid transfersom untuk protein EGF dapat diperoleh. Simulasi dilakukan dengan menggunakan program Amber. Sebelum simulasi dilakukan, protein EGF dan bahanbahan vesikel perlu dipersiapkan untuk menghasilkan berkas parameter dan topologi. Berkas-berkas ini digunakan selama proses simulasi dinamika molekuler yang diawali dengan tahap minimisasi, pemanasan pertama, pemanasan kedua, ekuilibrasi, dan diakhiri dengan tahap produksi. Hasil simulasi divisualisasikan dengan menggunakan Visual Molecular Dynamics (VMD). Selain itu juga, analisis dilakukan terhadap hasil simulasi diperoleh kestabilan simulasi terjadi pada saat 100 20 ns hingga 130 ns sehingga simulasi dapat dihentikan. Visualisasi yang didapatkan dari hasil simulasi ini tidakmenunjukan keberadaan protein EGF di dalam vesikel lipid tetapi hanya menempel di bagian luar vesikel lipid. Oleh karena itu, untuk penelitian berikutnya simulasi dinamikamolekuler transfersom dapat dilakukan dengan ukuran kotak virtual yang lebih besar serta penambahan komponen pelarut (air) pada saat pengemasan kotak virtual.

---

Epidermal Growth Factor (EGF) is a polypeptide that has an important role in the process of wound healing. However, EGF has a limitation if it is applied topically since it has a low permeation level so that lipid vesicle transfersome has been chosen to transport EGF since it has high level of deformability. Through molecular dynamics simulation the researcher will get visualization of transfersome formation process. The research is conducted to find the method for molecular dynamic simulation that can produce an output archive so that it can visualize the final lipid vesicle transfersome for protein EGF to be achieved. This simulation is done using the Amber programme. Before the simulation is conducted, the protein EGF and the ingredients for the vesicle are needed to be prepared for the parameter and the topology archives. The archives will be used throughout the molecular dynamic simulation process, which will be started with the minimization stage, the first Heating, the second Heating, equilibration, and end with theproduction stage. The result of the simulation will be visualized using Visual Molecular Dynamics (VMD). Furthermore, this analysis is brought towards the result that achieves the stabilization of the simulation that happens on 100 20 ns until 130 ns, meaning that the simulation can be stopped. The achieved visualization from the simulation does not show the protein EGF to be inside of the lipid vesicle, and it only adheres to the outer layer of the lipid vesicle. Therefore, for the next research, molecular dynamic simulation for transfersome can be done using a bigger virtual box and an addition to the solvent matter (water) when the packaging of the virtual box occurs."

"Latar Belakang: Kanker paru merupakan kanker terbanyak kedua yang terdiagnosis dan menjadi penyebab terbanyak kematian akibat kanker. Pemberian afatinb sebagai terapi target Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR)-Tyrosine Kinase Inhibitor (TKI saat ini telah menjadi terapi standar untuk pasien adenokarsinoma paru dengan mutasi EGFR di Indonesia, termasuk di RSUP Persahabatan. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis pemberian terapi afatinib pada pasien adenokarsinoma paru dengan mutasi EGFR di RSUP Persahabatan.Metode: Desain penelitian ini adalah kohort retrospektif menggunakan data rekam medis fisik dan elektronik, dilakukan di Poli Onkologi RSUP Persahabatan, dengan teknik total sampling. Subjek penelitian adalah pasien adenokarsinoma paru dengan mutasi EGFR yang mendapatkan afatinib pada Januari 2018-Desember 2021 di Poli Onkologi RSUP Persahabatan yang memenuhi kriteria penelitian.Hasil: Didapatkan 116 subjek penelitian, pasien adenokarsinoma paru dengan mutasi EGFR yang mendapatkan afatinib di RSUP Persahabatan dengan karakteristik lebih banyak laki-laki (52,6%), kelompok usia <65 tahun (80,2%), suku Jawa (81,9%), tanpa faktor risiko keganasan di keluarga (82,8%). Saat terdiagnosis subjek penelitian lebih banyak dengan stage IVA (75%), metastasis pleura (59,5%), mutasi EGFR delesi ekson 19 (53,4%) status tampilan 0-1 (75,9%) dan metastasis otak didapatkan pada 19% subjek. Nilai median progression free survivival (PFS) subjek penelitian yang mendapat afatinib adalah 13 bulan (95%IK 10,5-15,5 bulan), dan nilai median overall survival (OS) adalah 17 bulan (95%IK 14,9-19,1 bulan). Angka tahan hidup satu tahun yang didapat 65,1% dan Objective Respons Rate (ORR) adalah 36,1%. Sebanyak 35,3% subjek mendapatkan penurunan dosis afatinib 20 mg atau 30 mg. Toksisitas nonhematologi tersering pada pada penelitian ini adalah diare (74,1%), diikuti oleh stomatitis (61,2%), ruam kulit (59,5%) dan paronikia (49,1%).Kesimpulan: Afatinib sebagai terapi lini pertama memberikan luaran yang cukup baik untuk pasien adenokarsinoma paru dengan mutasi EGFR di RSUP Persahabatan dengan efek samping samping nonhematologi yang dapat dikelola. Riwayat penurunan dosis afatinib tidak memengaruhi angka kesintasan.

---

Background: Lung cancer is the second most diagnosed cancer and the most common cause of death from cancer. Afatinib as targeted therapy with Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR)-Tyrosine Kinase Inhibitor (TKI) has now become standard therapy for lung adenocarcinoma patients with EGFR mutations in Indonesia, including at RSUP Persahabatan. This study was conducted to analyze the administration of afatinib therapy in lung adenocarcinoma patients with EGFR mutations at Persahabatan General Hospital.

Metode: Design of the study was retrospective cohort using secondary data, physical and electronic medical records at Oncology Clinic Persahabatan Hospital with total sampling technique. Subject of this study were medical records of lung adenocarcinoma patients with EGFR mutation and received afatinib therapy by January 2018- December 2021 which met the inclusion criteria.

Results: There were 116 subjects of lung adenocarcinoma with EGFR mutation and received afatinib at Persahabatan Hospital, with predominant of male (52,6%), age <65 years old (80,2%), Javanese (81,9%), without history of cancer in family (82,8%). Most of subjects are diagnosed as lung adenocarcinoma at stage IVA (75%), with most of them have pleural metastases (59,5%), EGFR mutation with exon 19 deletion (53,4%), performa status 0-1 (75,9%), and brain metastases were found in 19% of subject. The median progression free survival (PFS) of subjects was 13 months (95% CI 10.5-15.5 months), and the median overall survival (OS)was 17 months (95% CI 14.9- 19.1 months). The one-year survival rate was 65.1% and the Objective Response Rate (ORR) was 36,1%. As many as 35.3% of subjects had adjustment dose of afatinib to 20 mg or 30 mg The most common non-hematological toxicity found was diarrhea (74.1%), followed by stomatitis (61.2%), skin rash (59.5%) and paronychia (49.1%).

Conclusion: Afatinib as a first-line therapy provides a good outcome for lung adenocarcinoma patients with EGFR mutations at Persahabatan General Hospital with manageable non-hematological adverse events. History of adjustment dose of afatinib did not affect survival rate."

"

Latar belakang: Kista dan tumor odontogenik adalah lesi yang terjadi pada rahang dan berasal dari sisa epitel pembentuk gigi. EGFR adalah salah satu reseptor growth factor yang penting sebagai regulator proliferasi dan diferensiasi sel, diantaranya perkembangan dan morfogenesis gigi. EGFR juga dikenal  sebagai proto onkogen yang menginisiasi signalling pathway pada terjadinya beberapa tumor ganas. Penelitian melaporkan adanya peningkatan ekspresi EGFR pada beberapa kista dan tumor odontogenik sebagaimana yang terjadi pada tumor ganas. Tujuan: Untuk melihat dan membuat suatu profil ekspresi EGFR pada kista dan tumor odontogenik. Metode penelitian: 73 blok parafin kista dan tumor odontogenik didapatkan secara consecutive sampling dari data spesimen pada Departemen Patologi Anatomi FKUI/RSUPN-CM selama periode November 2015 – November 2019. Seluruh sampel diperiksa secara imunohistokimia menggunakan antibodi EGFR.  Hasil: Didapatkan 7 jenis lesi odontogenik: kista radikular (4), kista dentigerous (5), OKC (5), ameloblastoma (54), AOT (1), CEOT (2), ameloblastic carcinoma (2). Seluruh sampel memberikan ekspresi EGFR yang positif, dengan lokasi ekspresi pada sitoplasma. Skor EGFR bervariasi antara 1-2 dengan rerata 1,34. Intensitas beragam terdiri dari 41 % sampel lemah, 48% sampel sedang dan 11% sampel kuat.  Kesimpulan: EGFR berperan dalam terjadinya kista dan tumor odontogenik. Lokasi pulasan yang dominan terjadi pada sitoplasma sesuai dengan karakteristik kista dan tumor odontogenik yang tumbuh dan berkembang lambat.

 

---

Background: Odontogenic cysts and tumors are lesions that occur in the jaw and derived from the remnants of tooth-forming epithelium. EGFR is one of  the growth factor receptors that is important as a regulator of cells proliferation and differentiation, including the development and morphogenesis of the tooth.  EGFR is also known as a protooncogen which initiates signalling pathway in the occurrence of several malignant tumors. Recent studies have reports an increase EGFR expression on odontogenic cysts and tumors as occurs in malignant tumors. Objective: This study aims to observe and make an expression profile of odontogenic cysts and tumors. Method: 73 paraffin blocks were collected through consecutive sampling from speciment data in Pathological Anatomy Department FKUI/RSUPN-CM during 2015 – 2019 period. The EGFR expression were detected using immunohistochemistry. Results: There were 7 types of odontogenic lesion: radicular cyst (4), dentigerous cyst (5), OKC (5), ameloblastoma (54), AOT (1), CEOT (2), ameloblastic carcinoma (2). All samples showed positive expression of EGFR and staining location on cytoplasm. EGFR score was vary between 1 – 2 with a mean of 1,34. Intensity of staining were consisted of 41% samples have weak staining, 48% samples have moderate staining and 11% sampels have strong staining Conclusion: EGFR have a role in the occurance of odontogenic cysts and tumors. All the staining location occurs in the cytoplasm was appropriate to the characteristics of these lessions that grows and develops slowly.

 

"

"Pendahuluan: Data Susenas tahun 2022 yang dikeluarkan oleh Badan Pusat Statistik (BPS) mencatat bahwa 10,48% penduduk Indonesia adalah lansia dengan 2 dari 5 lansia memiliki keluhan kesehatan. Hal ini bisa disebabkan karena banyaknya faktor ekstrinstik maupun intrinsik yang menyebabkan kerusakan seluler sehingga menginduksi protein p53 untuk melakukan cellular senescence. Senyawa thymol, carvacrol, dan flavonoid (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) dalam ekstrak tanaman Plectranthus amboinicus yang kaya akan antioksidan dipercaya dapat menghambat proses cellular senescence sehingga dapat menekan proses penuaan. Dengan itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui interaksi antara komponen ligan pada senyawa aktif thymol, carvacrol, dan flavonoid yang terkandung dalam Plectranthus amboinicus dengan protein target p53 yang berkaitan dengan aktivitas cellular senescence pada proses penuaan. Metode: Studi in silico melalui molecular docking (penambatan molekuler) untuk menguji interaksi molekuler dari ligan senyawa thymol, carvacrol, dan flavonoid (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) dari tanaman Plectranthus amboinicus terhadap reseptor protein target p53 yang bertanggung jawab dalam proses cellular senescence. Hasil interaksi yang didapat merupakan sebuah histogram yang akan dianalisis dan diinterpretasikan untuk mengetahui afinitas ikatan (binding affinity) dari interaksi yang terjadi. Hasil: Terjadi interaksi antara ligan senyawa thymol, carvacrol, dan flavonoid (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) dari tanaman Plectranthus amboinicus terhadap reseptor protein target p53. Kesimpulan: Plectranthus amboinicus berpotensi menjadi agen anti-aging yang dapat menghambat dan memperlambat proses dari penuaan melalui studi in silico. Akan tetapi, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut mengenai mengenai sifat-sifat dari Plectranthus amboinicus untuk mengetahui potensi tanaman ini terhadap tubuh manusia yang belum diketahui.

---

Introduction: The 2022 Susenas data stated by the Central Statistics Agency (BPS) notes that 10.48% of Indonesia’s population are elderly with 2 out of 5 having health complaints. This could be due to the many extrinsic and intrinsic factors that causes cellular damage thereby inducing the p53 protein to perform cellular senescence. Compounds of thymol, carvacrol, and flavonoids (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) from the extract of the Plectranthus amboinicus plant which are rich in antioxidants are believed to have the potential to inhibit the cellular senescence process so as to suppress the aging process. The purpose of this research is to investigate the interaction between the ligand of thymol, carvacrol, and flavonoid compounds from Plectranthus amboinicus with the p53 target protein which is associated with cellular senescence activity in the aging procress. Methods: In silico study through molecular docking to examine the molecular interactions of the ligands of thymol, carvacrol, and flavonoids (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) from the Plectranthus amboinicus plant against the target protein receptor p53 which is responsible for the process of cellular senescence. The interaction results obtained is a histogram which will be analyzed and interpreted to determine the binding affinity of the interactions that occured. Results: Interactions existed between the ligands of thymol, carvacrol, and flavonoids (quercetin, luteolin, apigenin, rutin, eriodictyol) from the Plectranthus amboinicus plant against the target protein receptor p53. Conclusion: Plectranthus amboinicus has the potential to be an anti-aging agent that can inhibit and slow down the process of aging through in silico studies. However, it is necessary to carry out further research regarding the properties of Plectranthus amboinicus to determine the unknown potential of this plant to the human body.

"

"Kanker paru-paru merupakan jenis kanker yang paling banyak diderita dan paling mematikan di dunia. Tipe kanker paru-paru paling banyak diderita merupakan kanker paru-paru non-sel-kecil (NSCLC). Senyawa flavonoid digunakan sebagai inhibitor protein reseptor faktor pertumbuhan epidermal (EGFR) dalam penelitian ini karena memiliki kemampuan bioaktivitas dan bioavailabilitas yang berpotensi sebagai obat antikanker. Penelitian ini menggunakan pendekatan in silico untuk menemukan senyawa flavonoid yang dapat menghambat protein reseptor EGFR secara efektif untuk dijadikan kandidat obat melalui desain obat berbasis fragmen. Beberapa metode komputasi yang digunakan adalah metode Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF), penentuan titik farmakofor, simulasi penambatan molekul, serta uji farmakologi dan toksisitas. Setelah dilakukan screening secara virtual melalui penambatan dengan protein EGFR (PDB. 1M17) menggunakan data flavonoid berasal dari basis data pubchem yang berjumlah 25.189 didapat dua fragmen terbaik yang memiliki tiga ikatan hidrogen untuk dilakukan fragment growing dan dari penambatan molekul senyawa hasil fragment growing yang berjumlah 25.600 diperoleh sepuluh senyawa terbaik, dengan parameter ΔGbinding lebih kecil dibanding standar erlotinib yaitu -8,8536 dan nilai RMSD lebih kecil dari 2,0 Å. Ligan tersebut diuji farmakologi dan prediksi toksisitas diperoleh dua senyawa sebagai kandidat inhibitor EGFR yaitu compound 980 dan compound 760 yang memiliki inhibisi CYP yang lebih sedikit dibanding standar dan tidak bersifat toksik untuk organ hati. Berdasarkan hasil tersebut maka compound 980 dan compound 760 dapat menjadi inhibitor EGFR yang potensial.

---

Lung cancer is the most suffered and deadly type of cancer in the world. The most common type of lung cancer is non-small cell lung cancer (NSCLC). Flavonoid compounds are used as epidermal growth factor receptor (EGFR) protein inhibitors in this study because they have the potential for bioactivity and bioavailability as anticancer drugs. This study uses an in silico approach to find flavonoid compounds that can effectively inhibit EGFR receptor proteins to be drug candidates through fragment-based drug design. Some computational methods used are the Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) method, pharmacophore point determination, molecular tethering simulation, and pharmacology and toxicity tests. After a virtual screening with EGFR protein (PDB. 1M17) used flavonoid data from the pubchem database with totat number 25,189 is obtained the two best fragments that have three hydrogen bonds to do fragment growing and from molecular docking simulation of compound molecules from fragment growing totaling 25,600 is obtained the ten best compounds, with the parameter ΔGbinding smaller than the erlotinib standard which is -8.8536 and an RMSD value smaller than 2.0 Å. The ligand was tested pharmacologically and the the toxicity was predicted is obtained two compounds as EGFR inhibitor candidates namely compound 980 and compound 760, which had less CYP inhibition than standard and were not toxic to liver. Based on these results, compound 980 and compound 760 can be potential EGFR inhibitors.

"