Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Introduksi. Mukopolisakaridosis tipe IVA (MPS IVA; Morquio A) merupakan kelainan genetik ditandai dengan adanya gangguan aktivitas enzim N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS). Defisiensi enzim GALNS menyebabkan kegagalan degradasi KS dan C6S sehingga terakumulasi di urin.Metode. Data varian gen GALNS diperoleh dari Database Human Genetic Research Center IMERI FK UI. Perubahan struktur protein berdasarkan varian yang telah teridentifikasi divisualisasi menggunakan BIOVIA Discovery Studio. Pengukuran aktivitas enzim GALNS menggunakan sampel leukosit dengan metode fluorosensi 4-metilumbelliferone (4-MU). Pengukuran kadar KS dan C6S menggunakan sampel urin dengan metode ELISA kompetitif.Hasil. Varian missense yang teridentifikasi menyebabkan perubahan hilangnya ikatan hidrogen, jembatan disulfida, struktur hidrofobik dan salt bridge, sedangkan varian delesi mereduksi basa nukleotida yang mengakibatkan perubahan pemetaan asam amino Rerata nilai aktivitas spesifik GALNS pada pasien MPS IVA adalah 1,81 nmol/h/mg. Rerata kadar KS dan C6S pasien MPS IVA di Indonesia secara berturut-turut adalah 15,90 ng/mg kreatinin dan 2,14 ng/mg kreatinin.Kesimpulan. Pada keenam pasien MPS IVA varian yang telah teridentifikasi adalah varian missense dan delesi. Kedua tipe varian memengaruhi rendahnya nilai aktivitas spesifik GALNS (1,81 nmol/h/mg) dan meningkatnya kadar GAG urin pada pasien MPS IVA

---

.Introduction. Mucopolysaccharidosis type IVA (MPS IVA; Morquio A) is a genetic disorder characterized by impaired activity of enzyme N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS). Impaired activity of enzyme GALNS caused by failure degradation of glycosaminoglycans (GAG) including Keratan Sulfate (KS) and Chondroitin 6-Sulfate (C6S) and it leads to accumulating GAG in urine.

Methods. Data on GALNS gene variants was obtained from Human Genetic Research Center IMERI Universitas Indonesia. Changes in protein structure based on identified variants were visualized using BIOVIA Discovery Studio. Measurement of GALNS enzyme activity using leukocyte samples with the 4-methylumbelliferone (4-MU) fluorescence technique. KS and C6S levels were measured using urine samples using ELISA.

Results. The identified missense variant causes changes interaction of amino acid GALNS including loss of hydrogen bonds, disulfide bridges, hydrophobic structures, and salt bridges, while the deletion variant reduces nucleotide bases which results in changes in amino acid mapping. Mean specific activity of GALNS in MPS IVA patients is 1.81 nmol/h/mg. The mean levels of KS and C6S in MPS IVA patients in Indonesia were 15.90 ng/mgcreatinine and 2.14 ng/mgcreatinine, respectively.

Conclusions. Among six MPS IVA patients, the variants that were identified were missense and deletion variants. Both types of variants affected low value of GALNS specific activity (1.81 nmol/h/mg) and increased urinary GAG levels in MPS IVA patients."

"Mukopolisakaridosis IVA (MPS IVA; Sindrom Morquio A) merupakan penyakit metabolik yang diturunkan secara autosomal resesif. Penyakit MPS IVA terjadi akibat defisiensi enzim N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) yang menyebabkan senyawa keratan sulfat (KS) dan kondroitin-6-sulfat (K6S) tidak terdegradasi dan terakumulasi di dalam lisosom. Defisiensi enzim GALNS terjadi karena varian patogenik pada gen galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) yang terletak di lokus 16q24.3. Jenis varian yang ditemukan pada penelitian sebelumnya meliputi single nucleotide variation (SNV) dan varian frameshift. Namun sampai saat ini belum ada penelitian analisis varian yang telah dilakukan pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian dilakukan menggunakan empat pasien MPS IVA dan 50 individu normal sebagai kontrol. Daerah ekson 1--7 gen GALNS dari seluruh sampel yang telah diamplifikasi menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) lalu disekuensing menggunakan teknik automated fluorescence DNA sequencing. Berdasarkan hasil analisis sekuensing DNA, variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada populasi Indonesia berhasil diidentifikasi. Sebanyak 11 varian intronik, yaitu yaitu c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C,  IVS5 + 134G>A, c.633 + 85C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, dan c.634 – 130T>C berhasil diidentifikasi. Sementara itu, sebanyak empat varian eksonik berhasil ditemukan, yaitu c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), dan c.708C>T (p.His236=). Mukopolisakaridosis IVA (MPS IVA; Sindrom Morquio A) merupakan penyakit metabolik yang diturunkan secara autosomal resesif. Penyakit MPS IVA terjadi akibat defisiensi enzim N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) yang menyebabkan senyawa keratan sulfat (KS) dan kondroitin-6-sulfat (K6S) tidak terdegradasi dan terakumulasi di dalam lisosom. Defisiensi enzim GALNS terjadi karena varian patogenik pada gen galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) yang terletak di lokus 16q24.3. Jenis varian yang ditemukan pada penelitian sebelumnya meliputi single nucleotide variation (SNV) dan varian frameshift. Namun sampai saat ini belum ada penelitian analisis varian yang telah dilakukan pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian dilakukan menggunakan empat pasien MPS IVA dan 50 individu normal sebagai kontrol. Daerah ekson 1--7 gen GALNS dari seluruh sampel yang telah diamplifikasi menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) lalu disekuensing menggunakan teknik automated fluorescence DNA sequencing. Berdasarkan hasil analisis sekuensing DNA, variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada populasi Indonesia berhasil diidentifikasi. Sebanyak 11 varian intronik, yaitu yaitu c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C,  IVS5 + 134G>A, c.633 + 85C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, dan c.634 – 130T>C berhasil diidentifikasi. Sementara itu, sebanyak empat varian eksonik berhasil ditemukan, yaitu c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), dan c.708C>T (p.His236=).

---

Mucopolysaccharidosis IVA (MPS IVA) or Morquio A Syndrome, is a lysosomal storage disorder caused by the deficiency of N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) enzyme, resulting in accumulation of keratan sulfate (KS) and chondroitin-6-sulfate (C6S) in the lysosome and leads to tissue or organ damage. The enzyme deficiency occurs due to mutations in the g alactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) gene located at locus 16q24.3. Variants identified by previous studies consisted of single nucleotide variation (SNV) and frameshift. This study aims to identify the genetic variation of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesia. The study was conducted using previously diagnosed MPS IVA patients and 50 normal individuals as controls. Based on the results of DNA sequencing analysis, genetic variations of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesian population have been identified. A total of 11 intronic variants, namely c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C,  IVS5 + 134G>A, c.633 + 84C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, and c.634 – 130T>C. Four exonic variants were also found, namely c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), and c.708C>T (p.His236=)."

"Mukopolisakaridosis IVA (MPS IVA; Sindrom Morquio A) merupakan penyakit metabolik yang diturunkan secara autosomal resesif. Penyakit MPS IVA terjadi akibat defisiensi enzim N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) yang menyebabkan senyawa keratan sulfat (KS) dan kondroitin-6-sulfat (K6S) tidak terdegradasi dan terakumulasi di dalam lisosom. Defisiensi enzim GALNS terjadi karena varian patogenik pada gen galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) yang terletak di lokus 16q24.3. Jenis varian yang ditemukan pada penelitian sebelumnya meliputi single nucleotide variation (SNV) dan varian frameshift. Namun sampai saat ini belum ada penelitian analisis varian yang telah dilakukan pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian dilakukan menggunakan empat pasien MPS IVA dan 50 individu normal sebagai kontrol. Daerah ekson 1--7 gen GALNS dari seluruh sampel yang telah diamplifikasi menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) lalu disekuensing menggunakan teknik automated fluorescence DNA sequencing. Berdasarkan hasil analisis sekuensing DNA, variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada populasi Indonesia berhasil diidentifikasi. Sebanyak 11 varian intronik, yaitu yaitu c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 85C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, dan c.634 – 130T>C berhasil diidentifikasi. Sementara itu, sebanyak empat varian eksonik berhasil ditemukan, yaitu c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), dan c.708C>T (p.His236=).

---

Mucopolysaccharidosis IVA (MPS IVA) or Morquio A Syndrome, is a lysosomal storage disorder caused by the deficiency of N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) enzyme, resulting in accumulation of keratan sulfate (KS) and chondroitin-6-sulfate (C6S) in the lysosome and leads to tissue or organ damage. The enzyme deficiency occurs due to mutations in the galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) gene located at locus 16q24.3. Variants identified by previous studies consisted of single nucleotide variation (SNV) and frameshift. This study aims to identify the genetic variation of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesia. The study was conducted using previously diagnosed MPS IVA patients and 50 normal individuals as controls. Based on the results of DNA sequencing analysis, genetic variations of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesian population have been identified. A total of 11 intronic variants, namely c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 84C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, and c.634 – 130T>C. Four exonic variants were also found, namely c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), and c.708C>T (p.His236=)."

"Mukopolisakaridosis tipe II (MPS II) merupakan penyakit kelainan lisosomal langka yang disebabkan oleh mutasi pada gen iduronat 2-sulfatase (IDS) dapat menyebabkan disfungsi dari enzim I2S yang dihasilkan sehingga molekul heparan sulfat (HS) dan dermatan sulfat (DS) terakumulasi pada jaringan. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui dan menganalisis hubungan kadar HS dan DS urin dengan jenis mutasi gen IDS pada penderita MPS II di Indonesia. Data susunan nukleotida gen IDS dari tujuh pasien MPS II dianalisis untuk melihat jenis mutasi dan dibuat model 3D proteinnya. Analisis 3D protein akan dikorelasikan dengan kadar HS dan DS urin pasien tersebut yang diukur menggunakan metode Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA). Hasil analisis mutasi ditemukan beberapa jenis mutasi, seperti mutasi nonsense (1/7), delesi (2/7), insersi (1/7), dan missense (3/7). Dari ketujuh pasien tersebut, tiga diantaranya (P2, P6, P7) telah menjalani terapi ERT. Kadar HS urin dari ketujuh pasien menunjukkan peningkatan yang beragam dibandingkan dengan kadar HS normal. Berbeda dengan HS, kadar DS urin sampel pasien ada yang mengalami sedikit peningkatan (P1, P2, P7) dan ada pula yang tetap berada pada rentang kadar DS normal (P3, P4, P5, P6). Keragaman kadar HS dan DS sampel pasien tersebut sangat dipengaruhi oleh letak mutasi, jenis mutasi, diagnosis dan prognosis yang ditegakkan sedini mungkin, terapi ERT yang telah dilakukan pasie, durasi ERT, dan respon masing-masing pasien terhadap pengobatan yang telah diberikan.

---

Mucopolysaccharidosis type II (MPS II) is a rare lysosomal disorder caused by mutations in the iduronat 2-sulfatase (IDS) gene that can cause dysfunction of I2S enzyme so that the heparan sulfate (HS) and dermatan sulfate (DS) molecules accumulate in the tissue. This study was conducted to determine and analyze the relationship of urinary HS and DS levels with the type of IDS gene mutation in MPS II patients in Indonesia. The nucleotide of IDS genes sequences from seven MPS II patients were analyzed to see the type of mutation and the 3D protein model was made. 3D protein analysis will be correlated with urinary HS and DS levels of the patients measured by using the Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) method. Results of mutation analysis results found several types of mutations, such as nonsense mutations (1/7), deletions (2/7), insertions (1/7), and missense (3/7). From the seven patients, three of them (P2, P6, P7) had undergone ERT therapy. The urine HS level of the seven patients showed a varied increase compared to normal HS levels. In contrast to HS, the urine DS level of the sample of patients had a slight increase (P1, P2, P7) and some remained in the normal DS level range (P3, P4, P5, P6). The diversity of HS and DS levels of the patient's samples is strongly influenced by the location of the mutation, type of mutation, diagnosis and prognosis that is enforced as early as possible, ERT therapy has been carried out, ERT duration, and each patient's response to the treatment given."

"Latar belakang: Mukopolisakaridosis (MPS) tipe II adalah kelainan genetik yang ditandai dengan gangguan metabolik berupa defisiensi enzim iduronat-2-sulfatase (I2S) karena adanya mutasi pada gen iduronat-2-sulfatase (IDS), sehingga heparan sulfat dan dermatan sulfat tidak terdegradasi dan terakumulasi pada jaringan. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis aktivitas spesifik enzim I2S dan kaitannya dengan varian mutasi gen IDS pada pasien MPS II di Indonesia. Metode: Data sekuen nukleotida gen IDS dari enam pasien MPS II dianalisis untuk melihat jenis mutasi serta dibuat model konformasi proteinnya. Sel peripheral blood mononuclear cell (PBMC) diisolasi menggunakan metode sentrifugasi bertingkat dan dikultur menggunakan medium RPMI. Nilai aktivitas spesifik I2S diperoleh dengan mengukur aktivitas I2S per miligram konsentrasi total protein. Aktivitas enzim I2S diukur menggunakan metode fluorometri, sementara konsentrasi total protein diukur menggunakan bicinchoninic acid (BCA) protein assay. Hasil: Tiga varian mutasi yang ditemukan pada pasien MPS tipe II adalah missense (3/6), delesi (2/6), dan nonsense (1/6). Aktivitas enzim spesifik I2S pada pasien menunjukkan angka yang bervariasi. Mutasi dengan rata-rata aktivitas spesifik I2S paling rendah sampai paling tinggi secara berurutan adalah mutasi delesi (0,026 nmol/min/mg), missense (0,052 nmol/min/mg), dan nonsense (0,052 nmol/min/mg). Kesimpulan: Aktivitas spesifik enzim I2S pada pasien MPS tipe II di Indonesia 0,044 nmol/min/mg, sedangkan pada kontrol adalah 0,172 nmol/min/mg. Nilai rata-rata aktivitas spesifik I2S pada pasien menurun empat kali lipat dibandingkan pada kontrol.

---

Background: Mucopolysaccharidosis type II (MPS II) is an inherited metabolic disorder that caused by iduronate-2-sulfatase (I2S) enzyme deficiency due to mutations in the iduronate-2-sulfatase (IDS) gene, so that heparan sulfate and dermatan sulfate do not be degrade and accumulate in tissues. This study was conducted to analyze the specific activity of I2S and its relationship to IDS variant mutation of MPS II patients in Indonesia.

Method: IDS gene nucleotide sequences from six MPS II patients were analyzed to see mutation type and protein conformation model was made. Peripheral blood mononuclear cell (PBMC) were isolated using a stratified centrifugation and cultured using the RPMI medium. I2S specific activity values are obtained by measuring I2S activity per milligram of total protein concentration. I2S enzyme activity was measured using fluorometry method, while total protein concentration was measured using bicinchoninic acid (BCA) protein assay.

Result: There were three variant mutation in MPS II patients, such as missense (3/6), deletion (2/6), and nonsense (1/6). I2S specific enzyme activity shows varying numbers. IDS mutation based on I2S specific activity from lowest to highest mean value are deletion (0.026 nmol/min/mg), missense (0.052 nmol/min/mg), and nonsense (0.052 nmol/min/mg).

Conclusion: I2S specific activity in MPS II patient is 0,044 nmol/min/mg, while the control is 0,172 nmol/min/mg based on the mean value. I2S specific activity in patients decreased four times compared to controls."

"Latar BelakangKanker payudara merupakan salah satu kanker paling umum pada wanita di dunia dan di Indonesia. Kanker ini dipengaruhi oleh faktor genetik dan lingkungan, dengan faktor genetiknya berupa mutasi pada gen, termasuk gen BRCA2. Kemoterapi, termasuk Poly(ADP-Ribose) Polymerase (PARP) Inhibitor, digunakan untuk mengobati kanker ini dengan cara menghambat proses perbaikan DNA yang rusak. Namun, sebagian pasien mengalami resistansi terhadap obat tersebut. Mekanisme yang mendasari proses terjadinya resistansi masih belum banyak diteliti. Penelitian deskriptif ini bertujuan untuk mengetahui profil gen BRCA2 yang bermutasi serta pengaruhnya terhadap resistansi PARP Inhibitor dengan pendekatan bioinformatika.MetodePenelitian dilakukan pada Januari-Oktober 2024 di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Penelitian ini menggunakan 16 sampel dari penelitian terdahulu berjudul “Raw FASTQ Data for Hotspot Regions of Cancer-Related 50 Genes Using Fresh Frozen Breast Carcinoma Tissues Obtained from IMERI-FMUI Biobank Collections” dengan accession code PRJNA820526 yang diperoleh pada 2014 hingga 2017 dan dipublikasi pada 24 Oktober 2022. Pengolahan data meliputi pengecekan kualitas data, variant calling, dan annotation gen BRCA2 serta pemodelan struktur proteinnya. Molecular docking juga dilakukan untuk melihat interaksi antara protein PARP dengan PARP Inhibitor. Hasilnya dilaporkan secara deskriptif untuk membandingkan gen normal dengan yang bermutasi. HasilTerdapat 0,321% varian pada sekuens dari seluruh subjek penelitian. Dua subjek (SRR18574457, SRR18574463) mempunyai mutasi BRCA2 pada daerah 3’UTR dan intron yang tidak mengubah struktur protein tersebut serta tidak mempunyai mutasi juga pada gen PARP. Tiga subjek lain (SRR18574458, SRR18574459, dan SRR18574466) mempunyai mutasi PARP4, PARP8, dan PARP9 pada daerah 3’UTR dan intron. Tidak terjadi penurunan afinitas interaksi antara protein PARP yang bermutasi dengan PARP Inhibitor.KesimpulanSubjek penelitian dengan mutasi BRCA2 tidak mempunyai mutasi PARP yang menyebabkan resistansi PARP Inhibitor. Subjek penelitian dengan mutasi PARP tidak menyebabkan terjadinya penurunan afinitas interaksi dengan obat PARP Inhibitor.

---

Introduction

Breast cancer is one of the most common cancers in women in the world and in Indonesia. This cancer is caused by genetic and environmental factors, with genetic factors in the form of mutations in genes, including the BRCA2 gene. Chemotherapy, including Poly(ADP-Ribose) Polymerase (PARP) Inhibitors, is used to treat this cancer by inhibiting the process of damaged DNA reparation. However, some patients experience resistance to the drug. The mechanisms underlying the process of resistance have not yet been widely studied. Therefore, this descriptive study aims to identify the profile of the mutated BRCA2 gene and its effect on PARP inhibitor resistance using a bioinformatics approach.

Method

The study was conducted on January-October 2024 at the Faculty of Medicine, University of Indonesia. This study used 16 samples from previous research with the title "Raw FASTQ Data for Hotspot Regions of Cancer-Related 50 Genes Using Fresh Frozen Breast Carcinoma Tissues Obtained from IMERI-FMUI Biobank Collections" with accession code PRJNA820526 which was obtained from 2014 to 2017 and published on October 24th 2022. Data processing includes checking data quality, variant calling, and annotation of the BRCA2 gene as well as modeling the protein structure. Molecular docking was also done to see the interaction between PARP protein and PARP inhibitors. The results are reported descriptively to compare normal genes with mutated ones.

Results

There was 0.321% variance in the sequences of all study subjects. Two subjects (SRR18574457, SRR18574463) had BRCA2 mutations in the 3'UTR and intron regions that did not change the structure of the protein and did not have mutations in the PARP gene either. Three other subjects (SRR18574458, SRR18574459, and SRR18574466) had PARP4, PARP8, and PARP9 mutations in the 3'UTR and intron regions. There was no decrease in the affinity of the interaction between the mutated PARP protein and the PARP inhibitor.

Conclusion

Study subjects with BRCA2 mutations did not have PARP mutations that cause PARP inhibitor resistance. Research subjects with PARP mutations did not cause a decrease in interaction affinity with PARP inhibitor drugs."

"Kanker kolorektal adalah penyakit neoplasma ganas yang tumbuh dan berkembang pada saluran usus besar dan atau rektum. Terapi anti EGFR menggunakan agen biologis antibodi monoklonal cetuximab dan panitumumab diketahui memberikan tingkat penyembuhan yang baik pada pasien kanker kolorektal. Pasien dengan mutasi pada gen NRAS dan KRAS cenderung resisten terhadap terapi anti EGFR, sehingga penting dilakukan pemeriksaan kedua gen tersebut sebelum pemberian terapi. Pemeriksaan gen NRAS belum tersedia di Indonesia karena minimnya data mengenai mutasi gen tersebut pada populasi Indonesia. Penelitian dilakukan untuk mengetahui profil mutasi pasien gen NRAS pada 58 sampel pasien kanker kolorektal di Jakarta. Pemeriksaan mutasi dilakukan pada exon 2(codon 12 & 13) dan exon 3 (codon 61) gen NRAS menggunakan metode sekuensing. Analisis elektroferogram sekuensing menunjukan mutasi gen NRAS ditemukan pada 6,9% (n=58) sampel uji. Hasil uji statistik fischer exact test dua arah menunjukan tidak adanya asosiasi mutasi gen dengan kelompok usia pasien dan jenis kelamin. Gen NRAS ditemukan termutasi pada codon 12 (1,7 %) dan codon 61 (5.2%). Tidak ditemukan adanya mutasi pada codon 13 gen NRAS.

---

Colorectal cancer is a neoplasm disease that arise in inner lining of colon or rectum. Anti EGFR therapy such as cetuximab and panitumumab were widely used to suppress metastases colorectal cancer in patient and decided as gold standard therapy. Mutation either KRAS or NRAS gene will reduced effectifity of anti EGFR therapy, hence genotyping of KRAS and NRAS gene must be executed before. NRAS genotyping test not yet available in Indonesia due to lack of information about this gene. This study was subjected to understanding profile of NRAS gene mutation in Jakartans colorectal cancer patient. Mutation screening was perform by sequencing method, notably exon 2 (codon 12&13) and exon 3 (codon 61). Electropherograms analysis shows that NRAS mutation found in 6,9% samples (n=58). NRAS mutation found in codon 12 (1,7%), codon 61 (5,2%), and there was no mutation found in codon 13. Fischer exact test statistical analysis summarized that there was no significant association of NRAS mutation with both sex and age."

"Mukopolisakaridosis tipe II MPS II merupakan suatu sindrom yang disebabkan oleh defisiensi enzim iduronat 2-sulfatase I2S yang dikode oleh gen iduronat 2-sulfatase IDS. Mutasi pada gen IDS dapat menyebabkan perubahan struktur dan fungsi dari enzim I2S yang dihasilkan. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui dan menganalisis mutasi gen iduronat 2-sulfatase IDS ekson 4 dan 7 pada penderita MPS II di Indonesia. Sampel DNA diekstraksi dari darah 9 individu penderita MPS II dan 50 individu normal 25 laki-laki dan 25 perempuan. Sekuens gen IDS ekson 4 dan 7 dari sampel-sampel tersebut diamplifikasi menggunakan metode PCR. Hasil dari proses PCR divisualisasi menggunakan Agarose Gel Electrophoresis AGE, kemudian disekuensing menggunakan metode automated sequencing. Hasil penelitian menunjukkan adanya mutasi delesi c.435_440delTACCGA yang merupakan varian likely pathogenic dan mutasi silent c.489G>A yang merupakan varian likely benign pada ekson 4, serta satu mutasi missense yang merupakan varian pathogenic pada ekson 7, yaitu c.998 C>T.

---

Mucopolysaccharidosis type II MPS II is a syndrome which is caused by deficiency of iduronate 2 sulfatase enzyme, coded by iduronate 2 sulfatase IDS gene. Mutation in IDS gene can alter structure and function of the resulting I2S enzyme. This study was conducted to analyze IDS gene mutations of exon 4 and 7 in mucopolysaccharidosis type II patients in Indonesia. DNA samples were extracted from the blood of 9 MPS II patients males and 50 normal individuals which consists of 25 males and 25 females. The sequence of IDS gene exon 4 and 7 from those samples were amplified using PCR method.

PCR results were visualized using Agarose Gel Electrophoresis AGE, and were sequenced using automated sequencing. The results showed one deletion c.435 440delTACCGA which is classified as likely pathogenic variant and one silent mutation c.489G A which is a likely benign variant on exon 4, and one missense mutation of pathogenic variant on exon 7, c.998 C T."

"Glikosaminoglikan merupakan komponen penyusun glikokaliks yang berperan penting dalam per selektivitas muatan anionik kapiler glomerulus. Gangguan hemodinamik dan metabolik akibat hiperglikemia kronis menyebabkan peluruhan komponen glikokaliks endotel. Beberapa pedoman telah menyetujui keamanan tiap OAD berdasarkan fungsi ginjal. Tujuan penelitian adalah menilai keamanan penggunaan metformin (metformin dan metformin-glimepirid) berdasarkan fungsi ginjalnya serta menilai perbandingan kadar GAG urin pasien DMT 2 kelompok risiko rendah terhadap risiko sedang-tinggi PGK. Desain penelitian potong lintang dan metode consecutive di Puskesmas Depok Jaya dan Kecamatan Pasar Minggu. Sampel urin dan darah dikumpulkan untuk pengukuran eLFG, HbA1c, ACR, dan kadar GAG urin. Sebanyak 137 partisipan dinilai keamanan penggunaan metformin berdasarkan fungsi ginjalnya. Terdapat ketidaksesuaian pada 1 partisipan dalam penggunaan metformin (n=55) dan semua partisipan (n=82) sesuai dengan pedoman dalam penggunaan metformin-glimepirid. Hanya 121 partisipan yang dianalisis kadar GAG urin menggunakan 1,9-DMMB dan terdiri dari 4 yaitu kelompok risiko rendah PGK: G1-A1(eLFG ≥90ml/min/1,73m² - <30mg/g) (n=25) dan G2-A1(eLFG 60-89ml/min/1,73m² - <30mg/g) (n=45) serta risiko sedang-tinggi PGK: GI-A2(eLFG ≥ 90ml/menit/1,73m² - >30mg/g) (n=23) dan G2-A2(eLFG 60-89ml/menit/1,73m² - >30mg/g) (n=28). Tidak ada perbedaan bermakna (p<0,05) pada karakteristik dasar dan klinis keempat kelompok kecuali usia (p=0,006) dan HbA1c (p<0,001). Tidak terdapat perbedaan kadar GAG urin yang bermakna antara kelompok G1 dengan G2 (p=0,290) serta pada keempat kelompok (p=0,221). Terdapat perbedaan kadar GAG urin yang bermakna (p=0,034) pada kelompok normoalbuminuria dan albuminuria. Faktor lain seperti durasi DMT 2 >5 tahun dan komorbiditas dapat meningkatkan kadar GAG urin. Oleh karena itu, diperlukan studi lanjut mengenai potensi GAG urin pada awal perkembangan penyakit ginjal diabetes.

---

Glycosaminoglycans are components of the glycocalyx which play an important role in the permeselectivity of the anionic charge of the glomerular capillaries. Hemodynamic and metabolic disturbances due to chronic hyperglycemia cause the breakdown of the glycocalyx component of the endothelium. Several guidelines have agreed on the safety of each OAD based on renal function. The aims of this study were to assess the safety of using metformin (metformin and metformin-glimepiride) based on kidney function and to evaluate the comparison of urinary GAG levels in patients with DMT 2 in low-risk groups to moderate-high risk of CKD. Cross-sectional research design and consecutive in Depok Jaya Public Health Center and Pasar Minggu District. Urine and blood samples were collected for measurement of eGFR, HbA1c, ACR, and urinary GAG levels. A total of 137 participants assessed the safety of using metformin based on their kidney function. There was a discrepancy in 1 participant in the use of metformin (n=55) and all participants (n=82) according to the guidelines for the use of metformin-glimepiride. Only 121 participants were analyzed for urine GAG ​​levels using 1,9-DMMB and consisted of 4 low risk groups for CKD: G1-A1(eGFR 90ml/min/1.73m² - <30mg/g) (n=25) and G2-A1(eGFR 60-89ml/min/1.73m² - <30mg/g) (n=45) and moderate-high risk of CKD: GI-A2(eGFR 90ml/min/1.73m² - >30mg/g) (n=23) and G2-A2(eLFG 60-89ml/min/1.73m² - >30mg/g) (n=28). There was no significant difference (p<0.05) in the baseline and clinical characteristics of the four groups except age (p=0.006) and HbA1c (p<0.001). There was no significant difference in urine GAG ​​levels between the groups G1 with G2 (p= 0.290) and in the four groups (p= 0.221). There was a significant difference in urine GAG ​​levels (p= 0.034) in the normoalbuminuria and albuminuria groups. Other factors such as duration of DMT 2 > 5 years and comorbidities can increase urinary GAG levels. Therefore, further studies are needed regarding the potential of urinary GAGs in the early development of diabetic kidney disease. "

"Mukopolisakaridosis II MPS II, atau sindrom Hunter, adalah penyakit resesif terpaut-X langka yang disebabkan oleh gangguan penyimpanan lisosomal akibat defisiensi enzim lisosomal iduronate-2-sulfatase IDS. Gen IDS penting dalam proses degradasi lisosomal dermatan sulfat dan heparan sulfat, karena defisiensi gen IDS akan mengarah pada akumulasi Glikosaminoglikans GAG tersebut. Analisis spesifik ekson pada ekson 6 dan ekson 8 gen IDS dilakukan pada penderita MPS II di Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo, Jakarta, Indonesia. Dalam penelitian ini, sampel dari penderita MPS II dan sampel normal dianalisis menggunakan PCR dan metode sekuensing. Hasil yang diperoleh menunjukkan mutasi-mutasi novel pada dua penderita MPS II di Indonesia. Satu mutasi insersi sepanjang 14 pb c.792_793insCCCCTGTGGCCTAC ditemukan pada ekson 6 dari gen IDS pada satu penderita. Mutasi tersebut menyebabkan perubahan asam amino di p.Asn265ProfsTer20. Variasi delesi satu basa nukleotida c.1023delA yang menyebabkan perubahan susunan asam amino dengan notasi p.Glu341AspfsTer19 ditemukan pada seluruh sampel. Selain itu, ditemukan pula mutasi missense novel c.1033T>C yang mengubah asam amino triptofan menjadi arginin p.Trp345Arg, dan variasi delesi satu basa nukleotida c.1041delA yang menyebabkan perubahan susunan asam amino dengan notasi p. Lys347AsnfsTer13 pada ekson 8 dari gen IDS pada satu penderita lain.

---

Mucopolysaccharidosis II MPS II, or Hunter syndrome, is a rare X linked recessive disease caused by lysosomal storage disorder due to the deficiency of the lysosomal enzyme iduronate 2 sulfatase IDS . The IDS gene is important for the lysosomal degradation process of dermatan sulfate and heparan sulfate, as the deficiency of the IDS gene will lead to the accumulation of these Glycosaminoglycans GAGs. Exon specific analyses on exon 6 and exon 8 of the IDS gene were done on patients with MPS II in Cipto Mangunkusumo National Referral Hospital, Jakarta, Indonesia. In this study, samples from MPS II patients and normal samples were analyzed using PCR and sequencing methods.

The results show novel mutations in Indonesian patients with MPS II. A 14 bp long insertion mutation c.792 793insCCCCTGTGGCCTAC were found on exon 6 of the IDS gene in one patient. This mutation leads to the alteration of amino acids at p.Asn265ProfsTer20. A single nucleotide deletion variant c.1023delA which leads to the alteration of amino acids in the p.Glu341AspfsTer19 was found in all patients. Other than that, a novel missense mutation c.1033T C which leads to the alteration of amino acid from tryptophan to arginine p.Trp345Arg and a single nucleotide deletion variant c.1041delA which leads to the alteration of amino acids at p.Lys347AsnfsTer13 on exon 8 of the IDS gene were found in another patient."