Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Aggregatibacter actinomycetemcomitans (A. actinomycetemcomitans) merupakan salah satu periodontopatogen yang sangat banyak ditemukan pada periodontitis agresif di mana kerusakan tulang sangat cepat terjadi. Periodontitis tidak akan terjadi tanpa diinisasi melalui invasi bakteri ke dalam sel target untuk berproliferasi di dalamnya. Bakteri A. actinomycetemcomitans memiliki faktor virulensi Omp29 yang memediasi proses invasi tersebut ke dalam sel epitel gingiva. Tujuan: Menganalisis interaksi bakteri A. actinomycetemcomitans dengan sel bone marrow macrophage, preosteoklas dan osteoklas berdasarkan ekspresi gen Omp29 sebagai faktor virulensi bakteri. Metode: Studi in vitro diawali dengan menginfeksikan bakteri A. actinomycetemcomitans ke sel prekursor osteoklas (bone marrow macrophage (BMM) dan preosteoklas) dan osteoklas selama 30 menit dengan multiplicity of infection (MOI) 1:1 dan 1:5. Setelah diinfeksikan, terdapat sebagian sel yang langsung dilakukan lisis dengan TRIzol sedangkan sebagiannya lagi diinkubasi kembali selama 16,5 jam sebelum dilisis oleh TRIzol. Analisis ekspresi relatif gen Omp29 bakteri pada medium pasca infeksi dilakukan pada mesin qPCR dengan menggunakan gen 16SrRNA sebagai housekeeping gene. Hasil: Terdapat penurunan ekspresi relatif gen Omp29 pada bakteri A. actinomycetemcomitans 18 jam pasca infeksi sel BMM, preosteoklas dan osteoklas terhadap kontrol yaitu bakteri 1,5 jam pasca infeksi sel-sel yang sama. Penurunan ekspresi relatif yang sama ditemukan pada perbandingan antara bakteri 18 jam pasca infeksi sel preosteoklas dengan MOI 1:5 terhadap bakteri 18 jam pasca infeksi sel preosteoklas dengan MOI 1:1. Kesimpulan: Interaksi direk antara bakteri A. actinomycetemcomitans dengan sel BMM, preosteoklas dan osteoklas menyebabkan kerusakan atau berkurangnya faktor virulensi Omp29 pada bakteri di mana mekanismenya belum diketahui secara pasti.

---

Background: Aggregatibacter actinomycetemcomitans (A. actinomycetemcomitans) is one of the periodontopathogen involved in periodontitis and it is found in abundance in aggressive periodontitis where rapid bone destruction occur. Periodontitis will not happen if it is not initiated by the invasion of bacteria into the targeted cells so that bacteria can proliferate inside them. A. actinomycetemcomitans has a virulence factor named Omp29 which plays a role in gingival epithelium cell invasion. Objective: To analyze the interaction of A. actinomycetemcomitans and osteoclast precursor (bone marrow macrophage (BMM) and preosteoclast) as well as osteoclast itself through the expression of Omp29 gene as a virulence factor. Methods: In vitro study by infecting A. actinomycetemcomitans to osteoclast precursor and osteoclast that is obtained from mice for 30 minutes in two different multiplicity of infection (MOI) which are 1:1 and 1:5. After that, some of the infected cells are immediately lysed using TRIzol and some are incubated again for about 16,5 hours before being lysed. Relative expression of the Omp29 gene from the post-infection medium is obtained using real-time PCR with 16SrRNA as a housekeeping gene. Results: There is downregulation of the relative expression of Omp29 in A. actinomycetemcomitans 18 hpi of BMM, preosteoclast and osteoclast compared to the control which is A. actinomycetemcomitans 1,5 hpi of the same cells in both MOI 1:1 and 1:5. The same is observed when comparing the relative expression of Omp29 in A. actinomycetemcomitans 18 hpi of preosteoclast in MOI 1:1 with MOI 1:5. Conclusion: Direct interaction of A. actinomycetemcomitans and osteoclast cause destruction or decrease of Omp29 which mechanism is still not known and need further study."

"Latar belakang: Bakteri ggregatibacter actinomycetemcomitans merupakan salah satu penyebab periodontitis. Ia memiliki kemampuan untuk berinteraksi langsung dengan sel-sel imun, termasuk sel osteoklas. Salah satu mekanisme interaksi bakteri AA dengan sel osteoklas adalah melalui ekspresi gen CSF1R pada sel osteoklas. CSF1R adalah reseptor untuk sitokin CSF1, yang berperan dalam regulasi fungsi sel osteoklas. Ekspresi gen CSF1R yang meningkat pada sel osteoklas dapat meningkatkan fungsi resorpsi tulang oleh sel tersebut. Peningkatan ekspresi gen CSF1R pada sel osteoklas akibat interaksi dengan bakteri AA dapat menyebabkan kerusakan tulang yang lebih parah pada penderita periodontitis. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen CSF1R pada interaksi bakteri AA dengan sel bone marrow macrophage, preosteoklas, dan osteoklas. Metode: Penelitian eksperimental laboratorium secara in vitro pada sel bone marrow macrophage, preosteoklas dan osteoklas yang dikultur dari BMC mencit C57BL/6 jantan. Hasil: Terjadi peningkatan ekspresi gen CSF1R pada sel preosteoklas dan sel osteoklas pasca infeksi 18 jam dibanding sel pasca infeksi 1,5 jam, pada perlakuan MOI 1:1 maupun MOI 1:5. Lalu pada perlakuan MOI 1:5 dibanding MOI 1:1 terjadi peningkatan ekspresi gen CSF1R pada perlakuan MOI 1:5. Kesimpulan: Diketahui bahwa konsentrasi bakteri AA yang diinfeksikan pada sel osteoklas serta lamanya waktu paparan dapat mempengaruhi internalisasi bakteri AA dan peningkatan ekspresi gen CSF1R.

---

Background: Aggregatibacter actinomycetemcomitans is a Gram-negative bacterium that is one of the causes of periodontitis. AA has the ability to interact directly with immune cells, including osteoclasts. One mechanism of Aggregatibacter actinomycetemcomitans interaction with osteoclasts is through the expression of the CSF1R gene in osteoclasts. CSF1R is the receptor for the cytokine CSF1, which plays a role in regulating the function of osteoclasts. Increased expression of the CSF1R gene in osteoclasts can enhance their bone resorption function. Elevated CSF1R gene expression in osteoclasts due to interaction with Aggregatibacter actinomycetemcomitan can lead to more severe bone damage in periodontitis patients. Objecive: To analyze the CSF1R gene expression in the interaction between AA bacteria in bone marrow macrophage cells, preosteoclasts, and osteoclasts. Methods: This study is an in vitro laboratory experimental study on bone marrow macrophage cells, preosteoclast, and osteoclast cells cultured from C57BL/6 BMCs. Results: The results show increase in CSF1R gene expression in preosteoclast and osteoclasts after 18 hours of infection compared to 1,5 hours post-infection, both in the MOI 1:1 and MOI 1:5 treatments. Then, in the MOI 1:5 treatment compared to MOI 1:1, it was found that there is an increase in CSF1R gene expression in the MOI 1:5 treatment. Conclusion: It is known that the concentration of AA infected in osteoclast and the duration of its exposure can affect the internalization of Aggregatibacter actinomycetemcomitans and the increased expression of the CSF1R gene."

"Growth differentiation factor 9 (GDF9) dan bone morphogenetic protein 15 (BMP15) merupakan growth factor yang disekresikan oosit yang berperan penting dalam meningkatkan pertumbuhan awal folikel serta pematangan oosit. Keberadaan protein GDF9 dan BMP15 tidak hanya terdapat pada oosit, tetapi juga pada sel granulosa. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekspresi gen GDF9 dan BMP15 pada sel granulosa manusia. Sel granulosa yang diteliti berasal dari 30 pasien yang menjalani fertilisasi in vitro (FIV). Hasil isolasi RNA dari sel granulosa diubah menjadi cDNA melalui reaksi reverse transcription, lalu ekspresi gen GDF9 dan BMP15 diukur dengan QRT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar sampel tidak mengekspresikan gen GDF9 dan BMP15. Beberapa sampel yang menunjukkan ekspresi gen GDF9 dan BMP15 pada sel granulosa memiliki tingkat ekspresi yang bervariasi pada tiap sampel. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen GDF9 lebih banyak diekspresikan pada sel granulosa manusia dibandingkan gen BMP15.

---

Growth differentiation factor 9 (GDF9) and bone morphogenetic protein 15 (BMP15) are oocyte-derived growth factors that have important role to improve early follicle growth and oocyte maturity. Localization of GDF9 and BMP15 protein are not only in oocyte, but also in granulosa cells. Purpose of the research is to find out expression level of GDF9 and BMP15 genes in human granulosa cells. Granulosa cells were collected from 30 patients undergoing in vitro fertilization (IVF) treatment. Total RNA was isolated from the cells and reverse transcribed to cDNA via reverse transcription reaction, and then GDF9 and BMP15 genes expression were quantified using QRT-PCR. Result of this research is granulosa samples majority did not expressed GDF9 and BMP15 genes. Only several samples shown GDF9 and BMP15 genes expression which have vary expression level in each sample. Based on the result, GDF9 gene more expressed in human granulosa cells than BMP15 gene."

"Latar Belakang: Status kebersihan rongga mulut yang buruk ditandai dengan biofilm dalam jumlah banyak. Biofilm terbentuk dari perlekatan bakteri ke permukaan padat dan dengan bakteri lain. Bakteri later colonizers patogen periodontitis di biofilm seperti Treponema denticola bergantung pada early colonizers seperti Veillonella parvula. Protein VtaA dan Msp berperan dalam fungsi perlekatan Veillonella parvula dan Treponema denticola. Akumulasi biofilm dapat menyebabkan periodontitis. Akan tetapi periodontitis tidak umum dibahas pada anak. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan jumlah Veillonella parvula dan Treponema denticola, serta ekspresi gen VtaA dan Msp spesifik tiap bakteri dari saliva anak terhadap status rongga mulut. Metode: Penelitian ini menggunakan 40 sampel saliva anak yang dikelompokkan berdasarkan kategori OHI-S. Ekstraksi RNA untuk analisis ekspresi gen dan DNA untuk jumlah bakteri target dari sampel menggunakan GeneZol Kit. Konversi RNA menjadi cDNA menggunakan SensiFast cDNA Kit. Ekstrak DNA dan cDNA diuji dengan Real-time PCR. Analisis jumlah bakteri menggunakan kuantifikasi absolut dan tingkat ekspresi gen menggunakan kuantifikasi relatif. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara jumlah kedua bakteri maupun tingkat kedua ekspresi gen di antara kategori OHI-S. Jumlah Veillonella parvula cenderung menurun dan Treponema denticola cenderung meningkat seiring memburuknya skor OHI-S. Kesimpulan: Deteksi peningkatan jumlah Veillonella parvula tidak dapat menjadi bioindikator inisiasi penyakit periodontal. Ekspresi gen VtaA dan Msp tidak dapat digunakan sebagai bioindikator pembentukan biofilm dalam jumlah tinggi.

---

Backgrounds: Poor oral hygiene status is marked by large amount of biofilms. Biofilms are made from bacterial adhesion to solid surfaces and to other bacteria. Later colonizers periodontitis pathogenic bacteria in biofilms like Treponema denticola, depend on early colonizers such as Veillonella parvula. VtaA and Msp are proteins that function in adhesion of Veillonella parvula and Treponema denticola. Biofilms accumulation can cause periodontitis. However, periodontitis is not a common discussion on children. Objectives: This research aims to analyze the correlation between the quantity of Veillonella parvula and Treponema denticola, also VtaA and Msp gene expression with oral status from children’s saliva. Methods: This study uses 40 samples of children’s saliva which has been grouped according to OHI-S category. RNA extraction to analyze gene expression and DNA extraction to quantify target bacteria from samples using GeneZol Kit. RNA conversion to cDNA uses SensiFast cDNA Kit. DNA extract and cDNA are tested using Real-time PCR Analysis of bacteria quantity with absolute quantification dan gene expression levels with relative quantification. Results: There is no significant difference between target bacteria quantity also gene expression levels between the OHI-S categories. Veillonella parvula’s quantity tends to decrease and Treponema denticola tends to increase as OHI-S scores worsens. Conclusions: Detection of increasing quantity of Veillonella parvula cannot be used as a bioindicator of periodontal disease initiation. VtaA and Msp gene expression cannot be used as a bioindicator of high rates of biofilm’s formation."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity."

"Latar Belakang: Partikel mirip logam telah terdeteksi pada apusan mukosa peri-implan dari sampel klinis yang menderita peri-implantitis maupun sample yang tidzak menderita peri-implantitis dengan menggunakan sitologi eksfoliatif sel epitel dan makrofag. Ion metal titanium yang sudah terlepas dari ikatannya akan menginduksi kejadian dan reaksi biologis yang menyebabkan hilangnya stabilitas biologis dan meningkatnya osteolisis lokal di sekitar implan gigi. Penelitian in vitro menunjukkan bahwa peningkatan ekspresi sitokin inflamasi dan aktivasi osteoklas terjadi ketika ion titanium hadir. Berdasarkan penelitian yang dilakukan sebelumnya, diketahui terdapat perbedaan signifikan dari hasil polimorfisme gen CXCR2 antara pasien dengan peri-implantitis dan pasien control. Namun, kemampuan ekspresi gen CXCR2 pasien sehat pengguna Implan Gigi masih belum ditentukan. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen pada pasien pengguna implan gigi dibandingkan dengan individu sehat yang tidak menggunakan implant gigi. Metode:Sampel RNA pasien pengguna implan (n=9), dan sample pasien control non-pengguna (n=9) diperoleh dan disimpan di Laboratorium Oral Biologi  Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia. Kemudian, dilakukan esktraksi RNA, sintesis cDNA dan pengecekan konsentrasi sampel hasil sintesis cDNA. Selanjutnya, ekspresi gen CXCR2 dan gen referensi GAPDH diuji dengan quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR). Hasil: Tidak   terdapat perbedaan bermakna ekspresi gen CXCR2, antara pasien pengguna implant gigi dan pasien yang tidak menggunakan implant gigi (p≥0,05). Kesimpulan: Tidak terdapat perbedaan bermakna secara statistik antara perbedaan ekspresi gen CXCR2 pada

---

Background: Exfoliative cytology of epithelial cells and macrophages has been used to identify metal-like particles in peri-implant mucosal smears from clinical samples with and without peri-implantitis. Free titanium ions cause biological processes and reactions that result in localized osteolysis surrounding dental implants and a loss of biological stability. In vitro studies have shown that inflammatory cytokine expression and osteoclast activation increase when titanium ions are present. Based on previous studies, it is known that there are significant differences in the results of CXCR2 gene polymorphisms between patients with peri-implantitis and control patients. However, the expression ability of the CXCR2 gene in healthy patients using dental implant has not been determined.

Objective: To analyze gene expression in patients with dental implants compared to healthy individuals who do not use dental implants.

Methods: RNA samples from implant users (n=9), and non-user control patient samples (n=9) were obtained and stored at the Oral Biology Laboratory, Faculty of Dentistry, University of Indonesia. Then, RNA extraction, cDNA synthesis was carried out and checking the concentration of the cDNA synthesized samples. Next, the expression of the CXCR2 gene and the GAPDH reference gene were tested by quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR).

Results: There was no significant difference in CXCR2 gene expression between patients with implants. Conclusion: There is no statistically significant difference between differences in gene expression in dental implant users and non-users."

"Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier.

---

DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers."

"Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan salah satu virus paling mematikan yang merusak sistem imun manusia melalui interaksi antar protein (PPI). Oleh karena itu, diperlukan suatu metode prediksi yang dapat melihat secara luas interaksi antar protein. Integrasi dari berbagai jenis data yang berbeda merupakan salah satu pendekatan untuk melihat interaksi protein secara luas. Dalam penelitian ini dibangun metode untuk prediksi PPI dengan mengintegrasikan gene expression dan ontology menggunakan Bayesian Network. Langkah pertama pada proses integrasi ini yaitu mencari nilai likelihood ratio berdasarkan evidence berupa nilai probabilistik PPI pada masing-masing dataset. Dimana likelihood ratio diperoleh dari kombinasi evidence menggunakan Bayesian Network. Kemudian hasil prediksi yang diperoleh diverifikasi menggunakan database NIAID sebagai Gold-Standard. Dari hasil keseluruhan eksperimen, model yang dibangun ini dievaluasi menggunakan Positive Predictive Value (PPV) dan memperoleh presisi mencapai 85.07%.

---

.Human Immunodeficiency Virus (HIV) is one of the most deadly virus that could damage the human immune system through protein interaction (PPI). Therefore, the extremely prediction method that determine interactions between proteins extensively is required. The integration of different data is one of the approaches to look at the proteins interactions. In this research, a prediction model of PPI by integrating gene expression and gene ontology using Bayesian Networks will be developed. The first step in the integration process is to find the value of likelihood ratio based on evidence from each dataset. Furthermore the likelihood ratio is obtained from a combination of evidence using Bayesian Networks. Finally, the prediction results will be verified using a database of NIAID as Gold-Standard. Overall, we use PPV as an evaluation method which achieve precision around 85.07%."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Penelitian mengenai tingkat ekspresi gen identitas bunga (SEPALLATA) dilakukan pada tiga bagian Hibiscus rosa-sinensis l., yaitu daun, epicalyx, dan kelopak bunga. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekpresi gen SEPALLATA pada epicalyx. Analisis tingkat ekspresi dilakukan secara kualitatif dengan metode two-steps RT-PCR dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis agarosa. Metode modified-CTAB digunakan untuk isolasi RNA H. rosa-sinensis dan dilanjutkan dengan pemberian perlakuan DNase untuk menghilangkan gDNA yang masih tersisa. Selanjutnya, RNA diubah menjadi cDNA dengan metode Reverse Transcription dan diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan adanya hasil amplifikasi SEPALLATA pada epicalyx menggunakan primer GH7SEP1, namun tidak pada epicalyx menggunakan primer GH1SEP1. Konfirmasi menggunakan primer GH7SEP1 forward dan GH1SEP1 reverse tidak menunjukkan adanya hasil amplifikasi. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa hasil amplifikasi yang didapatkan menggunakan baik primer GH1SEP1 maupun GH7SEP1 diduga kuat teramplifikasi dari gen SEPALLATA.

---

Research on floral-identity gene (SEPALLATA) expression level has been done in three parts of Hibiscus rosa-sinensis; they are leaves, epicalyx and calyx. This research was conducted to observe expression of the SEPALLATA gene in epicalyx. The expression level analysis was done qualitatively by the two-steps RT-PCR and visualized using agarose electrophoresis. Hibiscus rosa-sinensis RNA was isolated using the modified-CTAB method and continued by DNase-treatment to eliminate gDNA in mixture. Furthermore, RNA was used to make cDNA using the Reverse Transcription method and amplified using the PCR method by specific primers. The result showed the presence of SEPALLATA amplification in epicalyx using GH7SEP1 primer, yet not on epicalyx using GHSEP1 primer. Confirmation using GH7SEP1 forward primer and GH1SEP1 reverse primer did not show any amplification. Sequencing and alignment results suggested that amplifications using GH1SEP1 or GH7SEP1 were allegedly, of which amplified from SEPALLATA gene."