Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ikan badut merupakan salah satu jenis dari ikan hias laut yang menjadi primadona di pasar baik dalam negeri maupun luar negeri. Hal ini mempengaruhi ketersediaan ikan badut di alam sehingga perlu ditunjang dengan usaha budidaya. Pendekatan secara molekuler sebagai penunjang pendekatan secara morfologi dibutuhkan untuk mendapatkan induk dan benih yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies ikan badut menggunakan teknik DNA barcode dengan gen penanda 16S rRNA dan merekonstruksi pohon filogenetik molekuler ikan badut. Hasil amplifikasi PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran 600 panjang basa (pb). Hasil analisa jarak genetik menunjukkan nilai antara 0,00-0,07. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik membentuk pohon kekerabatan dengan 7 kluster utama. Hasil penelitian berupa informasi genetik dan hubungan kekerabatan molekuler dari tiap sampel ikan badut dapat digunakan sebagai acuan dasar untuk upaya pengelolaan, pemuliaan, dan konservasi lebih lanjut.

---

Clownfish is one type of marine ornamental fish that is excellent in the market both domestically and abroad. This affects the availability of clownfish in nature so that it needs to be supported by cultivation efforts. A molecular approach to support the morphological approach is needed to get quality broodstock and seeds. This study aims to identify clownfish species using DNA barcode techniques with 16S rRNA marker genes and reconstruct the clownfish's molecular phylogenetic tree. The results of PCR amplification produced DNA fragments measuring 600 base pair (bp). The results of genetic distance analysis showed a value between 0.00-0.07. The results of the reconstruction of phylogenetic trees formed a family tree with 7 main clusters. The results of the research in the form of genetic information and molecular relationships from each clownfish sample can be used as a basic reference for further management, breeding, and conservation efforts."

"Pelacakan keabsahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahan ikan penting bagi keberlanjutan konservasi spesies dan keamanan konsumen. Identifikasi produk filet ikan dan olahannya sulit dilakukan saat menggunakan pendekatan morfologi atau konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada atau tidaknya kesalahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahannya di Jabodetabek dengan menggunakan Full DNA Barcoding dan Mini DNA Barcoding, serta membandingkan efektivitas kedua metode tersebut. Metode DNA barcoding memungkinkan identifikasi spesies ikan dengan menggunakan urutan nukleotida yang khas dari genom mitokondria pada bagian Sitokrom C Oksidase subunit 1 (COI). Metode yang digunakan pada penelitian ini ialah full DNA barcoding dan mini DNA barcoding. Sebanyak 113 dari 116 sampel produk ikan dan olahan ikan yang dikumpulkan dari daerah Jabodetabek berhasil diidentifikasi hingga tingkat spesies dengan menggunakan metode DNA Barcoding. Hasil identifikasi spesies dengan DNA Barcoding dan uji keabsahan menunjukkan 69% sampel memiliki label spesies yang tepat, 6% sampel memiliki label spesies yang tidak sesuai, 22% sampel tidak memiliki label spesies, dan 3% sampel tidak berhasil diidentifikasi. Jumlah keberhasilan amplifikasi mini DNA barcoding 3% lebih tinggi dibandingkan full DNA barcoding.

---

Tracking the validity of labeling on fish fillet and processed fish products is one of the key issues in the sustainability of species conservation and food safety. It is difficult to identify fish fillet products and their processed products when using a conventional or morphological approach. This study aims to determine whether or not there is a labeling error in fish fillets and processed products in Jabodetabek using Full DNA Barcoding and Mini DNA Barcoding, and to compare the effectiveness of the two methods. The DNA barcoding method allows the identification of fish species using the typical nucleotide sequences of the mitochondrial genome in the Cytochrome C Oxidase subunit 1 (COI) section. The methods used in this research are full-length DNA barcoding and mini-length DNA barcoding. The result shows that 113 of 116 samples collected from the Jabodetabek area were identified to the species level. The results of species identification using Barcoding DNA and validity tests showed that 69% of samples had proper species labels, 6% of samples had inappropriate species labels, 22% of samples did not have species labels, and 3% of samples were not identified. The number of successful amplification of mini DNA barcoding is 3% higher than that of full DNA barcoding."

"ABSTRAKMicrohyla heymonsi merupakan spesies yang memiliki distribusi sangat luas, mulai dari Taiwan, China, India, Indochina, Semenanjung Malaysia, hingga Sumatra. Spesies dengan distribusi sangat luas seringkali mengandung spesies kriptik akibat pemisahan goegrafis sehingga terjadi isolasi reproduksi, mutasi gen, dan evolusi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan filogenetik antara spesies M. heymonsi dari Sumatra dan luar Sumatra, serta nilai jarak genetik antara kedua kelompok spesies tersebut. Nilai jarak genetik yang digunakan sebagai batas pembeda spesies adalah 3. Sekuens DNA didapatkan melalui proses DNA Barcoding dan kemudian dilakukan studi filogenetik melalui analisis Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean, Neighbourhood Joining, Maximum Likelihood, dan Bayesian Inference. Hasil menunjukkan bahwa spesies M. heymonsi dari Sumatra membentuk satu clade besar tersendiri pada pohon filogeni dari semua metode analisis dengan didukung nilai bootstrap yang signifikan. Nilai jarak genetik antara M. heymonsi Sumatra dengan M. heymonsi Singapura dan Malaysia masih di bawah 3. Nilai jarak genetik antara M. heymonsi Sumatra dengan M. heymonsi Thailand, Myanmar, Vietnam, dan China telah melebihi angka 3.

---

ABSTRACTAbstract Microhyla heymonsi is a species that has very wide distribution, ranging from Taiwan, China, India, Indochina, Peninsular Malaysia, to Sumatra. Species with a very wide distribution often contain cryptic species due to the geographical barrier resulting in reproductive isolation, gene mutation, and evolution. This study aims to determine the phylogenetic relationship between M. heymonsi species from Sumatra and outside Sumatra, as well as the value of genetic distance between the two groups of species. The genetic distance threshold as a species delimitation is 3. DNA sequences were obtained through the process of DNA barcoding and then phylogenetic studies were performed through analysis of Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean, Neighborhood Joining, Maximum Likelihood, and Bayesian Inference. The results show that the M. heymonsi species from Sumatra form a large single clade on the phylogenetic tree of all analytical methods with significant bootstrap values. The genetic distance value of M. heymonsi Sumatra with M. heymonsi Singapore and Malaysia is still below 3. The genetic distance values between M. heymonsi Sumatra and M. heymonsi Thailand, Myanmar, Vietnam and China have exceeded 3. "

"Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik lima spesies ikan cupang menggunakan DNA mitokondria 16S rRNA sebagai DNA target. Amplifikasi daerah 16S rRNA dilakukan menggunakan primer 16S rRNA forward dan 16S rRNA reverse. Hasil elektroforesis produk PCR menunjukkan bahwa daerah 16S rRNA lima spesies ikan cupang berukuran 500?600 bp. Berdasarkan hasil alignment sekuens sampel, menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik dari kelima spesies ikan cupang. Analisis filogenetik menggunakan metode Neighbor Joining (NJ), menunjukan kekerabatan lima spesies ikan cupang. Betta unimaculata, Betta pallifina, dan Betta strohi yang merupakan spesies dari Kalimantan berkerabat dekat dibandingkan dengan Betta bellica dan Betta imbellis yang berasal dari Sumatera. Kekerabatan spesies ikan cupang yang berasal dari Kalimantan dan Sumatera cukup jauh, yaitu ditunjukkan dengan perbedaan percabangan dalam pohon filogenetik.

---

This study aims to determine the genetic variation of five species Betta fish using mitochondrial DNA 16S rRNA as the DNA target. The primer set of 16S rRNA forward and 16S rRNA reverse were used to amplify the 16S rRNA region. Gel electrophoresis result showed that the size of 16S rRNA of those Betta fish were 500?600 base pair. Based on sequence alignment result that showed genetic diversity of five spesies Betta fish. Phylogenetic analysis by Neighbor Joining (NJ) method showed a genetic relationship or kinship of five spesies Betta fish. Betta unimaculata, Betta pallifina, and Betta strohi from Kalimantan are related more closely compared to Betta imbellis and Betta bellica from Sumatera. Kinship of Betta fish from Kalimantan is far enough with Betta fish from Sumatera, that indicated by the difference in the cluster of phylogenetic tree."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk mengetahui aktivitas antimikroba actinomycetes termofil hasil isolasi dari geiser di Cisolok, Jawa Barat. Delapan belas isolat yang memiliki morfologi menyerupai actinomycetes berhasil diisolasi dari serasah daun dan ranting di sekitar pusat semburan geiser. Seluruh isolat diuji aktivitas antimikrobanya menggunakan paper disk method dan agar block method dengan Kocuria rhizophila, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis sebagai bakteri uji Gram positif, dan Escherichia coli sebagai bakteri uji Gram negatif. Pengujian menggunakan metode paper disk menunjukkan hasil negatif pada isolat actinomycetes yang dikultur pada medium International Streptomyces Project (ISP) 1 cair selama 14 hari pada suhu 50oC dan 40oC. Berdasarkan uji menggunakan metode blok agar, didapatkan bahwa dua isolat, yaitu LC2-2 dan LC2-6 memberikan hasil positif terhadap bakteri uji Gram positif. Isolat LC2-2 menunjukkan morfologi makroskopis dan mikroskopis menyerupai genus Bacillus sehingga tidak digunakan untuk identifikasi molekuler. Hasil identifikasi molekuler sequence parsial gen 16S rRNA menggunakan primer 785F dan primer 802R menunjukkan bahwa LC2-6 diidentifikasi sebagai Actinomadura keratinilyitica dengan nilai homologi 99%. Berdasarkan hasil penelitian, direkomendasikan untuk mempelajari lebih lanjut senyawa antimikroba yang dihasilkan isolat LC2-6. Hal tersebut disebabkan oleh belum adanya laporan penelitian mengenai aktivitas antimikroba Actinomadura keratinilytica.

---

The aim of this study was to screen the antimicrobial activity by actinomycetes isolated from Cisolok Geyser, West Java. Eighteen isolates which are have similar morphology with actinomycetes have been isolated from leaves and branches around the geyser. The isolates were screened for their antimicrobial activity using paper disk method and agar block method with Kocuria rhizophila, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis as Gram positive test bacteria and Escherichia coli as Gram negative test bacteria. Screening by paper disk method showed negative result from all the isolates that cultured on International Streptomyces Project (ISP) 1 medium at 50oC and 40oC for 14 days. Screening by block agar method showed that two isolates, LC2-2 and LC2-6 gave positive result to Gram positive test bacteria. Morphologically, LC2-2 showed similarity to genus Bacillus, thus it’s not used for molecular identification. Molecular identification based on partial sequence of 16S rRNA gene with primer 785F and primer 802R showed that LC2-6 identified as Actinomadura keratinilytica (99%). Based on this research, it is suggested to do further study about the antimicrobial activity produced by LC2-6, because there is still no report about antimicrobial activity produced by Actinomadura keratinilytica."

"Ruang lingkup dan cara penelitian : AFP adalah protein onkofetal yang disintesis pada masa fetus dan ekspresinya ditekan pada. individu dewasa sehat. Kadar AFP ini akan meningkat kembali pada penderita keganasan hati. Telah diketahui bahwa ekspresi gen APP diakhir pada tingkat transkripsi, akan tetapi, mekanisme pengaturan dari faktor yang mendukung proses pengaturan sintesis AFP tersebut masih belum pasti. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi (ragmen DNA yang mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini selanjutnya akan digunakan dalam penelitian ekspresi gen APP secara in vitro secara efisien. DNA AFP bahan uji yang digunakan adalah bersumber dari sel jaringan hati tikus Rattus navergic's strain Wistar. Tahap penelitian yang harus dikerjakan adalah mengisolasi DNA genam hati tikus dengan atau tanpa menggunakan kit Menelusuri data urutan nukleotida DNA AFP yang akan diisolasi. Merancang sepasang oligonukleotida primer. Mengisolasi fragmen DNA AFP dengan cara PCR dan memurnikannya dengan cara elektroelusi. Selanjutnya memotong fragmen DNA produk PCR tersebut dengan enzim endonuklease restriksi spesifik. Akhirnya membaca urutan nukleotida fragmen tersebut. Hasil dan Kesimpulan : Diperoleh fragmen DNA AFP produk PCR sepanjang 292pb dengan menggunakan sepasang oligonukleotida primer Twister I (5'CATAAGATAGAAGTGACCCCTGTG3') dan Twister II (5 'GCATCTTA CCTATTCCAAA CTCAT3 ' ). Fragmen DNA tersebut mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP dengan urutan nukleatida yang sama dengan urutan nukleotida pada fragmen DNA AFP yang diperoleh dari bank gen. Pemotongan fragmen DNA tersebut dengan menggunakan enzim menghasilkan fragmen DNA sepanjang 110pb yang hanya mengandung gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini akan digunakan sebagai kontrol negatif untuk membuktikan pentingnya elemen promotor gen AFP dalam proses pengaturan ekspresi gen AFP."

"ABSTRAKHelicobacter pylori diperkirakan menginfeksi lebih dari setengah populasi orang dewasa. Deteksi dini H.pylori sangat diperlukan untuk mencegah berkembangnya infeksi menjadi keganasan lambung. Bentuk coccoid dari H. pylori sulit dideteksi dengan kultur dan histopatologi, namun dapat terdeteksi dengan metode molekuler seperti real-time PCR. Salah satu gen yang dapat digunakan sebagai gen target real-time PCR yaitu 16S rRNA, yang diketahui spesifik dan juga digunakan untuk menganalisis kekerabatan antar strain. Analisis ini bermanfaat untuk melihat penyebaran infeksi H.pylori di dunia. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental laboratorium. Metode pengambilan sampel yang digunakan yaitu, metode consecutive sampling. Biopsi diambil dari 2 antrum dan 2 korpus pada 42 penderita dispepsia untuk pemeriksaan real-time PCR dan histopatologi. Optimasi kondisi real-time PCR meliputi uji volume cetakan DNA, sensitifitas dan spesifisitas teknik, kemudian dilanjutkan aplikasi pada sampel klinis dari biopsi lambung. Delapan dari 11 sampel yang positif dilakukan sekuensing dan analisis filogenetik. Hasil optimasi diperoleh suhu annealing 64?C, konsentrasi primer 0,8 ?M dan konsentrasi probe 0,6 ?M. Ambang batas deteksi real-time PCR untuk mendeteksi jumlah DNA minimal H.pylori yaitu 46 bakteri. Spesifisitas uji reaksi silang real-time PCR ini tidak menunjukkan adanya reaksi silang dengan mikroorganisme lain. Proporsi positif hasil pemeriksaan real-time PCR sebesar 26,2 , sedangkan histopatologi sebesar 11,9 . Pemeriksaan real-time PCR mampu meningkatkan diagnosis sebesar 14,3 dibandingkan pemeriksaan histopatologi. Hasil sekuensing dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa strain H.pylori dari sampel memiliki kekerabatan dengan strain Taiwan, India, dan Australia. Kata kunci : H.pylori, histopatologi, real-time PCR, analisis filogenetik

---

ABSTRACTHelicobacter pylori infection is estimated infect almost half of the adult population in the world. Early detection of H.pylori is needed to prevent the development of infections into gastric malignancies. The coccoid form of H. pylori is difficult to detect using culture and histopathology but it can be detected by molecular methods such as real time PCR. One of the genes that can be used as a real time PCR target gene is 16S rRNA, which is known to be specific and also used to analyze closely related strain. This analysis were useful to showed the spread of H.pylori infection in the world.This study is an experimental laboratory. The sampling method used is the consecutive sampling method. Biopsy was taken from 2 antrum and 2 corpus in 42 patients with dyspepsia for real time PCR and histopathology examination. Optimization real time PCR conditions include DNA template volume testing, sensitivity and specificity of the technique, followed by application of clinical samples from gastric biopsy. Eight of the 11 positive samples were sequenced and analyzed for phylogenetics pattern. The optimization result obtained annealing temperature 64 C, primer concentration was 0,8 M and probe concentration was 0,6 M. Limit detection of the DNA was 46 bacteria. The specificity of the PCR 39 s real time indicate that there was no cross reaction with other microorganisms. The positive proportion of PCR real time examination was 26.2 , while histopathology was 11.9 . A real time PCR examination was able to improve the diagnosis by 14,3 compared to histopathology examination. Sequencing and phylogenetic analysis results showed that our strain were closely related to Taiwan, India and Australia strains. Keywords H.pylori, histopathology, real time PCR, phylogenetic analysis"

"

Cantigi ungu (Vaccinium varingiifolium) merupakan tumbuhan yang teramati hanya dapat tumbuh di daerah pegunungan dengan ketinggian 1800—3340 mdpl di Indonesia. Cantigi ungu memiliki manfaat sebagai sumber makanan dan memiliki kadar antioksidan yang tinggi. Vaccinium spp. di Amerika telah didomestikasi sehingga memiliki nilai komersial. Proses domestikasi tersebut melibatkan identifikasi morfologi, tetapi identifikasi secara molekuler lebih baik digunakan agar breeding menjadi efisien dan efektif. Identifikasi molekuler dapat menggunakan DNA barcoding dan rekonstruksi filogeni. Consortium for the Barcode of Life (CBOL) telah menetapkan bahwa matK dan rbcL merupakan gen penanda (DNA barcoding) yang ideal dalam identifikasi tumbuhan terestrial. Gen matK dan rbcL merupakan gen yang berada pada kloroplas. Hasil analisis filogenetik Cantigi ungu yang ada hanya menggunakan gen penanda ITS. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis dan mengonfirmasi kekerabatan sekuens Cantigi ungu yang dikoleksi dari Gunung Gede, Gunung Tangkuban Parahu dan Kawah Putih Ciwidey menggunakan gen penanda matK dan rbcL dengan rekonstruksi pohon filogeni. DNA Cantigi Ungu dari tiga tempat berbeda di Jawa Barat diisolasi menggunakan kit ekstraksi DNA tanaman kemudian dilakukan amplifikasi PCR dan optimasi suhu annealing. Suhu annealing optimal Cantigi ungu pada matK adalah 52°C dan rbcL adalah 55°C. Hasil amplifikasi PCR tersebut kemudian disekuensing, dilakukan contig sekuens, di-trimming dan diunggah pada GenBank. Hasil BLAST sekuens ketiga sampel Cantigi ungu pada kedua gen menunjukkan bahwa ketiga sampel Cantigi ungu merupakan spesies yang sama. Hasil analisis alignment menunjukkan bahwa ketiga sampel Cantigi ungu memiliki indeks similaritas 100% pada kedua gen. Hasil Rekonstruksi pohon filogeni dengan Vaccinium spp. dan out-group menunjukkan bahwa ketiga sampel berada pada cabang yang sama, mengindikasikan bahwa ketiga sampel tersebut berasal dari spesies yang sama, Vaccinium varingiifolium.

---

The Purple Cantigi (Vaccinium varingiifolium) is a plant observed to only grow in mountainous areas at altitudes of 1800—3340 meters above sea level in Indonesia. The Purple Cantigi has benefits as a food source and possesses a high level of antioxidants. Vaccinium spp. in America has been domesticated, thus having commercial value. The domestication process involves morphological identification, but molecular identification is preferably used for efficient and effective breeding. Molecular identification can utilize DNA barcoding and phylogenetic reconstruction. The Consortium for the Barcode of Life (CBOL) has established that matK and rbcL are ideal marker genes (DNA barcoding) for identifying terrestrial plants. The matK and rbcL genes are located in the chloroplast. The only available results of the phylogenetic analysis of purple Cantigi use the ITS marker gene. This research aims to analyze and confirm the sequence relationships of the Purple Cantigi collected from Mount Gede, Mount Tangkuban Parahu, and Kawah Putih Ciwidey using the matK and rbcL marker genes with phylogenetic tree reconstruction. DNA of the Purple Cantigi from three different places in West Java was isolated using a plant DNA extraction kit and then subjected to PCR amplification and annealing temperature optimization. The optimal annealing temperature for the Purple Cantigi in matK was 52°C, and in rbcL was 55°C. The PCR amplification results were sequenced; contig sequences were performed, trimmed, and uploaded to GenBank. BLAST results of the sequence of the three Purple Cantigi samples on both genes showed that all three samples are the same species. Alignment analysis showed that all three Purple Cantigi samples have a 100% similarity index on both genes. Phylogenetic tree reconstruction with Vaccinium spp. and out-group showed that all three samples are on the same branch, indicating they belong to the same species, Vaccinium varingiifolium.

"