Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang: Infertilitas dialami oleh sekitar 15% pasangan di seluruh dunia, dengan kontribusi dari pihak laki-laki sekitar 50%. Salah satu penyebab infertilitas pada pria adalah azoospermia non obstruktif idiopatik, yang diduga melibatkan faktor epigenetik. Penelitian ini bertujuan menilai peran epigenetik, khususnya remodeling kromatin dan modifikasi histon, pada proses spermatogenesis pada testis dengan azoospermia non obstruktif.Metode: Sampel BFPE dan TESE diperiksa menggunakan teknik HE lalu dikelompokkan berdasarkan tipe henti maturasi, yaitu SCO, STA, dan SDA. Sampel BFPE dilakukan pemeriksaan immunohistokimia menggunakan antibodi anti-CHD5, anti-H3K9me3, dan anti-H4K12ac. Proses pengolahan gambar immunohistokimia menggunakan ImageJ, IHC Profiler, dan StarDist. Sampel TESE dilakukan pemeriksaan qPCR untuk mengukur tingkat ekspresi gen CHD5 dan PHF7. Selain itu, pada sampel TESE dilakukan pemeriksaan ChIP untuk menilai kadar relatif gen WEE1 dan PRM1 yang berikatan dengan CHD5.Hasil: Ekspresi CHD5 ditemukan pada spermatogonia dan spermatid bulat. Tidak ada perbedaan signifikan intensitas CHD5 pada spermatogonia antara kelompok STA dan SDA. Intensitas H3K9me3 dan H4K12ac pada spermatogonia, spermatosit, dan sel sertoli berdasarkan kelompok henti maturasi berbeda signifikan. Tingkat ekspresi gen CHD5 pada kelompok STA meningkat signifikan 67 kali lipat dibandingkan ekspresinya pada SCO, dan pada kelompok SDA meningkat signifikan 164 kali lipat dibandingkan ekspresi pada SCO. Tingkat ekspresi gen PHF7 pada kelompok STA meningkat signifikan 53 kali lipat dibandingkan ekspresinya pada SCO, dan pada kelompok SDA meningkat signifikan 192 kali lipat dibandingkan ekspresi pada SCO. Kadar DNA segmen promoter gen WEE1 pada ChiP-qPCR menggunakan antibodi anti-CHD5 ditemukan sebesar 1,19% untuk STA dan 1,87% untuk SDA, lebih tinggi dibandingkan kadar pada SCO yaitu 0,36%. Sedangkan kadar DNA segmen promoter gen PRM1 ditemukan sebesar 1,01% untuk STA dan 2,47% untuk SDA, lebih tinggi dibandingkan kadar pada SCO yaitu 0,29%.Kesimpulan: CHD5 berperan pada spermatogenesis manusia, khususnya pada sel spermatogonia dan spermatid bulat. CHD5 terbukti meregulasi gen WEE1 dan PRM1 pada sel spermatogenik. H3K9me3 dan H4K12ac berperan pada kasus henti maturasi, dan berpotensi untuk menjadi marker kasus azoospermia non obstruktif.

---

Background: Infertility affect about 15% of couples worldwide, with male factors contributing to around 50% of cases. One of the causes of male infertility is idiopathic non-obstructive azoospermia, which is suspected to involve epigenetic factors. This study aims to assess the role of epigenetics, specifically chromatin remodeling and histone modification, in the process of spermatogenesis in testes with non-obstructive azoospermia.

Method: The BFPE and TESE samples were examined using HE techniques and subsequently classified based on maturation arrest types, including SCO, STA, and SDA. Immunohistochemical analysis of the BFPE samples was conducted using anti-CHD5, anti-H3K9me3, and anti-H4K12ac antibodies. Image processing for immunohistochemistry was performed using ImageJ, IHC Profiler, and StarDist. The TESE samples underwent qPCR analysis to measure the expression levels of the CHD5 and PHF7 genes. Additionally, ChIP analysis was performed on the TESE samples to assess the relative levels of WEE1 and PRM1 genes bound to CHD5.

Result: The expression of CHD5 was found in spermatogonia and round spermatids. There was no significant difference in CHD5 intensity in spermatogonia between the STA and SDA groups. However, the intensities of H3K9me3 and H4K12ac in spermatogonia, spermatocytes, and Sertoli cells varied significantly among the maturation arrest groups. The expression level of the CHD5 gene in the STA group increased significantly by 67-fold compared to its expression in SCO, and in the SDA group, it increased significantly by 164-fold compared to its expression in SCO. The expression level of the PHF7 gene in the STA group increased significantly by 53-fold compared to its expression in SCO, and in the SDA group, it increased significantly by 192-fold compared to its expression in SCO. The DNA segment promoter level of the WEE1 gene in ChiP-qPCR using anti-CHD5 antibody was found to be 1.19% for STA and 1.87% for SDA, higher than the level in SCO, which was 0.36%. Meanwhile, the DNA segment promoter level of the PRM1 gene was found to be 1.01% for STA and 2.47% for SDA, higher than the level in SCO, which was 0.29%.

Conclusion: CHD5 plays a role in human spermatogenesis, particularly in spermatogonia and round spermatids. It has been shown to regulate the genes WEE1 and PRM1 in spermatogenic cells. H3K9me3 and H4K12ac are implicated in cases of maturation arrest and have potential as markers for azoospermia non obstructive cases."

"ABSTRAKPerubahan tingkat penanda epigenetik pada sperma memiliki dampak pada fertilisasi dan kontribusi sperma terhadap perkembangan embrio secara normal. Pada beberapa studi, perubahan metilasi pada DNA yang terdapat di dalam gen, memiliki kaitan dengan infertilitas dan keberhasilan teknologi reproduksi. Pemeriksaan Aniline Blue (AB) dan Toluidin Blue (TB) yang menganalisis maturitas dan kepadatan kromatin sperma ditentukan oleh ekspresi dari gen protamin. Namun sejauh ini, belum ada penelitian yang menganalisis tingkat maturitas dan kepadatan kromatin sperma sekaligus menilai status metilasi gen protamin 1 ini pada sperma pasien yang mengikuti program FIV dibandingkan dengan sperma pada laki-laki fertil normozoospermia dengan tingkat perkembangan zigot pada program FIV.Sampel penelitian ini berjumlah 60 orang, yang terdiri dari 30 sampel pasien yang mengikuti program FIV di Klinik Infertilitas Yasmin RSCM Kencana, dan 30 orang laki-laki fertil normozoospermia. Sampel ini diperiksa keadaan kromatin spermanya menggunakan pewarnaan AB dan TB, Data tingkat perkembangan zigot diperoleh dari data sekunder rekam medis Klinik Yasmin, kemudian analisis metilasi gen protamin 1 menggunakan MSP (Methylation Specific PCR) dan diukur pita yang terlihat secara semikuantitatif menggunakan ImageJ.Dari hasil penelitian diperoleh bahwa tingkat maturitas kromatin sperma pada ejakulat pasien FIV lebih rendah secara bermakna dibandingkan pada ejakulat laki-laki fertil normozoospermia. Maturitas kromatin sperma yang baik pada ejakulat pasien FIV memiliki arah korelasi positif yang tidak bermakna dengan tingkat perkembangan zigot, sedangkan pada tingkat kepadatan kromatin sebaliknya, dan memiliki korelasi bermakna pada kategori maturitas kromatin sperma yang tidak baik. Tingkat metilasi DNA gen protamin 1 pada pasien yang mengikuti program FIV lebih rendah bermakna dibandingkan dengan tingkat metilasi DNA gen protamin 1 pada ejakulat laki-laki fertil normozoospermia. Terdapat hubungan korelasi tidak bermakna dengan arah positif antara maturitas kromatin sperma dengan tingkat metilasi DNA gen protamin 1 namun pada kepadatan kromatin memiliki arah sebaliknya. Perubahan tingkat metilasi DNA pada gen Protamin 1 mempengaruhi perkembangan zigot pada program FIV namun tidak bermakna.

---

ABSTRACT

The changes of epigenetic marker level of sperm have an impact on fertilization and contribution sperm to the normally embryo development. In some studies, DNA methylation changes in genes, linked to infertility and the success of assisted reproductive technology. The assay of Aniline Blue (AB) and Toluidine Blue (TB) which analyzed maturity and integrity of sperm chromatin was determined by the expression of protamine gene. Up till now, there has not been any study to analyze the maturity level and integrity of sperm chromatin level, and methylation status of protamine 1 genes on the FIV patients sperm compared to sperm in normozoospermia fertile male with the level of zygote development in the IVF program.

Samples used in this study were ejaculate from patients who take IVF program at Yasmin Infertility Clinic, RSCM Kencana, and 30 normozoospermia fertile male as control. These samples were assayed the sperm chromatin using AB and TB staining. The data of zygote development level were obtained from secondary data of medical records of Yasmin Infertility Clinic, and the methylation level of protamine 1 gene were done MSP (methylation Specific PCR) and its band measured using ImageJ semi quantitatively.

The result showed that the level of sperm chromatin maturity of ejaculate IVF patients was significantly lower compared to normozoospermia fertile male. The maturity and chromatin integrity level of sperm in the ejaculate IVF patients with have weak correlation with the level of zygote development and significant in the bad category of sperm chromatin maturity. The DNA methylation level of protamine 1 gene in patients under when the IVF program was significantly lower compared to normozoospermia fertile male. There was not significantly with positif correlation between maturity chromatin of sperm with the DNA methylation of protamine 1 gene and the chromatin integrity was different. The changes of DNA methylation of Protamine 1 gene affects the level of zygote development in IVF program not significantly.Aniline Blue."

"Spermatogenic arrest adalah kondisi terhentinya proses maturasi sel germinal yang selama ini diagnosisnya ditegakkan melalui skoring Johnsen hasil biopsi testis. Protein yang berperan penting dalam proses transkripsi selama spermatogenesis adalah CREM yang berikatan dengan aktivatornya yaitu ACT yang diduga diregulasi oleh SPAG8 dan RANBP9. Sampai saat ini peranan kedua gen tersebut dalam proses spermatogenic arrest belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi relatif Spag8 dan RanBP9 pada spermatogenic arrest serta menganalisis korelasi ekspresi kedua gen. Penelitian ini merupakan studi cross sectional yang menggunakan sampel berupa hasil biopsi testis dengan skoring Johnsen 2 sampai 8. Analisis ekspresi relatif Spag8 dan RanBP9 menggunakan teknik qRT-PCR dengan perhitungan Livak. Data yang diperoleh dianalisis statistik menggunakan uji ANOVA one way untuk Spag8 dan uji Kruskal Wallis untuk RanBP9 dengan nilai kemaknaan p

---

Spermatogenic arrest is a cessation of germ cell maturation process that has been diagnosed by scoring Johnsen testicular biopsy results. Proteins that play an important role in the transcription process during spermatogenesis are CREMs that bind to their ACT activators that are suspected to be regulated by SPAG8 and RANBP9. Until now the role of both genes in the spermatogenic arrest process is not known. This study aims to determine the relative expression of Spag8 and RanBP9 on spermatogenic arrest and to analyze the correlation of expression of both genes. This study is a cross sectional study using a sample of testicular biopsy with Johnsen 2 to 8 score. Relative expression analysis of Spag8 and RanBP9 using qRT PCR technique with Livak calculation. The data obtained were analyzed statistically using ANOVA one way test for Spag8 and Kruskal Wallis test for RanBP9 with significance value p "

"Penelitian ini ingin membuktikan terjadinya kesinergisan pembentukan DNA Adduct secara in-vivo pada urin dan plasma tikus yang diberi paparan Nonil fenol (NP) dan Tembaga (Cu) ditandai dengan terbentuknya 8-hydroxy-2-deoxyguanosine (8-OHdG) sebagai produk awal terjadinya kerusakan DNA dan juga secara in-vitro melalui reaksi Fenton dengan mereaksikan 2deoxyguanosine (dG) dengan NP dan Cu dengan bantuan H2O2 pada suhu 37˚C dan variasi waktu inkubasi 7 jam dan 24 jam. Treatment hewan dilakukan selama 21 hari untuk mendapatkan kumpulan plasma dan urin. Plasma tikus dianalisis menggunakan kit ELISA sedangkan urin tikus dan hasil invitro dianalisa menggunakan HPLC untuk mengetahui konsentrasi 8-OHdG yang terbentuk. Dari hasil penelitian, baik in vivo dan in vitro sama sama ditemukan pembentukan 8-OHdG. Pada sampel urin terdapat kesinergisan 8-OHdG yang terbentuk sejak pertama kali paparan sampai akhir paparan ditandai dengan meningkatknya konsentrasi 8-OHdG pada kombinasi paparan NP dan Cu sebesar 331,93 ppb dibanding dengan paparan NP saja sebesar 282,70 ppb. Hasil yang sama di temukan pada uji in vitro dengan variasi waktu inkubasi kelompok reaksi tanpa menggunakan Cu konsentrasi 8-OHdG nya lebih rendah dari kelompok paparan yang menggunakan Cu yakni masing-masing sebesar 867,52 ppb dan 926,97 ppb. Pada plasma tidak ditemukan efek sinergis antara NP dan Cu pada pembentukan 8-OHdG dikarenakan pada saat pemisahan plasma dari darah, terjadi lisis darah sehingga kurang optimal dalam analisa.

---

This study wanted to prove the synergy of the formation of DNA adduct in-vivo in the urine and plasma of rats given exposure to Nonyl phenol (NP) and Copper (Cu) marked by the formation of 8-hydroxy-2-deoxyguanosine (8-OHdG) as the initial product DNA damage and also in vitro through the Fenton reaction by reacting 2 deoxyguanosine with NP and Cu with the help of H2O2 at 37C and varying incubation times 7 hours and 24 hours. Animal treatment is carried out for 21 days to get a collection of plasma and urine. Plasma, urine, and in vitro results were then analyzed using ELISA kits and HPLC to determine the concentration of 8-OHdG formed. From the results of the study, both in vivo and in vitro were found to form 8-OHdG. In the urine sample there is a synergy of 8-OHdG that is formed from the first exposure to the end of the exposure marked by an increase in the concentration of 8-OHdG in a combination of NP and Cu exposure of 331,93 ppb compared to NP exposure alone of 282,70 ppb. The same results were found in the in vitro test with the incubation time variation of the reaction group without using Cu the concentration of 8-OHdG was lower than the exposure group using Cu which were 867,52 ppb and 926,97 ppb, respectively. In the plasma there is no synergistic effect between NP and Cu in the formation of 8-OHdG because during the separation of plasma from the blood, blood lysis occurs so that it is less than optimal in the analysis."

"ABSTRAKSalah satu cara untuk mengekstraksi DNA Brugia malayi adalah menggunakan kit yang lebih sederhana dan lebih cepat dibandingkan dengan teknik ekstraksi fenol,Pada 15 ekor cacing dewasa B.malayi hasil pembiakan dalam gerbil dilakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan kit dan metode ekstraksi fenol yang lebih rumit. Pada teknik ekstraksi dengan kit ternyata tidak diperoleh DNA, sedangkan pada ekstraksi fenol diperoleh DNA sejumlah 100 µg/ml yang terlihat sebagai pita 322 bp pada elektroforesis.Disimpulkan bahwa teknik ekstraksi fenol lebih bailk hasilnya dibandingkan dengan kit karena pemakaian fenol yang lebih sering sehingga lebih banyak DNA yang dapat terekstraksi.

---

ABSTRACT

Comparison Of DNA Extraction Result from Brugia malayi by using Kit and by using Phenol Extraction Method

One of several ways to extract the Brugia malayi DNA is to use a kit which is more simple and take a shorter time compared to the phenol extraction technique.

DNA extraction by using kit and by using phenol extraction method were done on 15 adult worms of B. malayi which had been cultured in gerbil.

No DNA was extracted by using the kit; whereas 100 µg/ml DNA was obtained by using phenol extraction method. The DNA was seen as a 322 bp band on electrophoresis.

It was concluded that the phenol extraction method result was superior to the result of extraction by using kit, because by using phenol more frequently more DNA would be extracted."

"Summary:Experts from academia and both the biotechnology and pharmaceutical industries introduce biological, medical and methodological aspects of the emerging field of epigenomics."

"Beberapa tahun terakhir ini, Support Vector Machine (SVM) telah populer digunakan sebagai model machine learning. Hal ini terutama karena SVM dapat dianalisis secara teoritis, dan secara bersamaan dianggap memberikan kinerja yang lebih baik daripada model machine learning yang biasa digunakan sebelumnya. Pada makalah ini dibahas pendekatan matematis model SVM dalam memecahkan masalah pengenalan pola. Selanjutnya dibahas pula penggunaan model tersebut berupa kajian awal penentuan jenis splice site pada suatu barisan DNA terutama dari segi kemampuan generalisasi atau tingkat keakuratannya. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa kemampuan generalisasi SVM sangat baik yaitu sekitar 95.4 %.

---

Study on Generalization Capability of Support Vector Machine in Splice Site Type Recognition of DNA Sequence. Recently, support vector machine has become a popular model as machine learning. A particular advantage of SVM over other machine learning is that it can be analyzed theoretically and at same time can achieve a good performance when applied to real problems. This paper will describe analytically the using of SVM to solve pattern recognition problem with a preliminary case study in determining the type of splice site on the DNA sequence, particularity on the generalization capability. The result obtained show that SVM has a good generalization capability of around 95.4 %."

"Latar Belakang: Endometriosis merupakan penyakit multifaktorial yang mempengaruhi 10% wanita usia subur. Diketahui bahwa gen EGFR dan MMP-2 mengalami peningkatan ekspresi pada endometriosis sehingga memiliki peran dalam perkembangan endometriosis, dan gen yang dapat meregulasi sitoskeleton. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi hubungan antara tingkat metilasi gen EGFR dan MMP-2 dengan ekspresi mRNA-nya pada jaringan endometriosis peritoneum.Metode Penelitian: Penelitian ini menggunakan desain cross sectional. Sampel yang digunakan sebanyak 20 wanita endometriosis dan 20 wanita bukan endometriosis yang usianya sekitar 20-45 tahun. Pada wanita endometriosis diambil jaringan endometriosis peritoneum dengan tindakan laparoskopi, sedangkan 20 wanita bukan endometriosis diambil jaringan endometrium normal dengan tindakan mikrokuretase. Tingkat metilasi DNA gen EGFR dan MMP-2 dianalisis dengan metode Methylation Specific PCR (MSP) dan Ekspresi mRNA gen EGFR dan MMP-2 dianalisis dengan metode qRT-PCR.Hasil: Tingkat metilasi DNA pada gen EGFR dan MMP-2 mengalami hipermetilasi. Pada gen EGFR, tingkat metilasi DNA antara jaringan endometriosis peritoneum dibandingkan dengan jaringan endometrium normal terdapat perbedaan yang bermakna (p=0,001), sedangkan pada gen MMP-2 tingkat metilasi DNA-nya tidak terdapat perbedaan yang bermakna (p=0,596) antara jaringan endometriosis peritoneum dibandingkan dengan jaringan endometrium normal. Nilai ekspresi relatif mRNA EGFR dan MMP-2 mengalami peningkatan ekspresi pada jaringan endometriosis peritoneum. Penelitian ini tidak menunjukkan korelasi yang bermakna antara tingkat metilasi dengan tingginya ekspresi mRNA baik gen EGFR maupun MMP-2. (gen EGFR (p=0,947 dan r=-0,016) dan gen MMP-2 (p=0.769 dan r=0.070)Kesimpulan: Tingginya ekspresi mRNA EGFR dan gen MMP-2, kemungkinan bukan hanya disebabkan karena faktor metilasi DNA, melainkan faktor lainnya.

---

Background: Endometriosis is a multifactorial disease that affects 10% of women of childbearing age. It is known that the EGFR and MMP-2 genes have increased expression in endometriosis and thus have a role in the development of endometriosis, and genes that can regulate the cytoskeleton. The purpose of this study was to evaluate the relationship between the level of methylation of the EGFR and MMP-2 genes with their mRNA expression in peritoneal endometriosis tissue.

Method: The study used a cross sectional design. The sample used was 20 women with endometriosis and 20 women without endometriosis who were around 20-45 years old. In endometriosis women are taken to peritoneal endometriosis tissue by laparoscopic, while 20 women without endometriosis are taken to normal endometrial tissue by microcuretase. The levels of EGFR and MMP-2 gene methylation were analyzed by the Methylation Specific PCR (MSP) method and the mRNA expression of the EGFR and MMP-2 genes were analyzed by the qRT-PCR method.

Results: The level of DNA methylation in the EGFR and MMP-2 genes was hypermethylated. In the EGFR gene between peritoneal endometriosis tissue compared to normal endometrial tissue there were significant differences (p=0,001), whereas in the MMP-2 gene there was no significant difference (p=0.596) between peritoneal endometriosis tissue compared to normal endometrial tissue. The relative expression value of EGFR and MMP-2 mRNA has increased expression in peritoneal endometriosis tissue. This study did not show a significant correlation between the level of methylation and the high mRNA expression in both the EGFR and MMP-2 genes. (EGFR gene (p=0.947 and r=-0.016) and MMP-2 gene (p=0.769 and r=0.070)

Conclusion: The high expression of EGFR mRNA and MMP-2 gene, the possibility is not only due to hypermethylation factors, but other factors."

"Penilaian morfokinetik embrio dipakai untuk seleksi embrio. Penelitian cohort ini bertujuan untuk evaluasi hubungan antara jumlah salinan mtDNA di cumulus granulosa cells (CGCs) dengan parameter morfokinetik embrio dan status kromosom. Perhitungan jumlah salinan mtDNA menggunakan real-time PCR pada 129 sample CGCs dari 30 pasien yang mengikuti program IVF-IMSI di Morula IVF Jakarta antara Juli-Oktober 2020. Hubungan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan semua parameter menggunakan analisa bivariate dan multiple. Terdapat hubungan signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan pencapaian blastokista setelah dikontrol variabel usia maternal dan morfologi sperma (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). Hubungan signifikan pada jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan fase awal perkembangan embrio M1 (t2-t8), dengan persamaan M1 adalah 5.702-0.271 jumlah salinan mtDNA di CGCs + 0.017 usia maternal + 0.013 motilitas sperma – 0.115 morfologi sperma (p-value = 0.032). Ditemukan hubungan tidak signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan parameter morfokinetik lainnya (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN dengan P> 0.05), serta dengan status kromosom embrio (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). Penelitian ini menunjukkan bahwa jumlah salinan mtDNA di CGCs merupakan biomarker untuk memprediksi pencapaian blastokista dan fase awal perkembangan embrio, tetapi tidak status kromosom.

---

This cohort study evaluates the association between the mtDNA copy number in cumulus granulosa cells (CGCs) with embryo morphokinetic parameters and chromosomal status. mtDNA copy number of 129 CGCs from 30 patients undergoing the IVF-IMSI program at Morula IVF Jakarta between July-October 2020 were analyzed using real-time PCR. Bivariate and multiple analyses were conducted to see its relationship with all parameters. There was a significant correlation between the mtDNA copy number and the blastocyst after adjusting the maternal age and sperm morphology (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). A significant link was observed between mtDNA copy number in CGCs and early embryo developmental phase M1 (t2-t8), with the equation of M1 is 5.702 - 0.271 mtDNA copy number of CGCs + 0.017 maternal age + 0.013 sperm motility -0.115 sperm morphology (p-value = 0.032). No correlation was found between the mtDNA copy number in CGCs with the other morphokinetic parameters (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN with p> 0.05), and the chromosomal status (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). mtDNA copy number in CGCs can serve as a useful biomarker for blastocyst status and early embryo developmental phase but not for chromosomal status."