Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Setiap varietas tanaman padi memiliki perbedaan tingkatan toleransi terhadap cekaman ferrous ion (Fe²⁺⁾ dan memicu toksisitas Fe dan kerusakan oksidatif pada padi. Perbedaan ketahanan toleransi cekaman Fe disebabkan karena adanya tingkat regulasi ekspresi yang berbeda pada gen OsFER yang dapat ditemukan pada kromosom 11 dan 12. Analisis molekuler dari identifikasi genom hingga profil ekspresi gen OsFER dalam merespons cekaman Fe dan oksidatif dilakukan terhadap beberapa varietas padi. DNA genom dari ke delapan varietas padi (Impari 42, Cupatmangu, Situbagendid, Wayapo, Kangkung, Sigupai, Ciherang dan Sunggal.) diisolasi dan dilakukan amplifikasi PCR menggunakan primer OsFER2. Hasilnya menunjukkan kesamaan 100% karakteristik OsFER pada semua varietas padi yang dipelajari di kromosom 11 (LOC_Os11g01530) dan kromosom 12 (LOC_Os12g01530). Namun, struktur protein lengkap kompleks ferritin hanya ditemukan pada kromosom 12, sedangkan pada kromosom 11 hanya terdapat sebagian area alfa-helix OsFER dengan situs aktif (asam glutamat, tirosin) yang membentu ferooxsidase diiron centre. Analisis ekspresi relatif gen OsFER dilakukan terhadap varietas Kangkung dan Sunggal pada lima kondisi perlakuan cekaman FeSO₄ dan cekaman oksidatif menggunakan H₂O₂ (FeSO₄ 300ppm, FeSO₄ 600ppm, H₂O₂ 30mM, H₂O₂ 60mM, dan kombinasi FeSO₄ 300ppm dan H₂O₂ 30mM) yang diterapkan pada varietas Kangkung (toleran) dan Sunggal (rentan). Perhitungan ekspresi gen relatif menggunkan teknik amplikasi cyclic menggunakan qPCR. Persentase efisiensi gen OsFER Ch.11, OsFER Ch.12 dan GAPDH sebesar 93%, 105% dan 96%. Pada varietas Kankung, rasio ekspresi gen OsFER lebih tinggi secara signifikan pada OsFER Ch. 12 daripada OsFER Ch. 11. Gen OsFER Ch.12 diekspresikan paling tinggi pada kondisi cekaman Fe dengan nilai 1,329 pada FeSO₄ 300ppm dan 1,207 pada FeSO₄ 600ppm. Sebaliknya OsFER Ch. 11  justru di represi dengan nilai 0,717 dan 0,704. Sedangkan pada varietas Sunggal tidak menunjukkan perubahan signifikan pada ekspresi gen baik pada OsFER Ch.11 maupun OsFER Ch.12 dalam kondisi stres. Temuan ini menunjukkan bahwa ekspresi OsFER Ch.12 yang lebih tinggi pada varietas Kangkung berkontribusi terhadap peningkatan toleransi terhadap cekaman Fe²⁺ dibandingkan dengan varietas Sunggal yang lebih rentan. Diferensiasi regulasi  ekspresi gen OsFER memberikan potensi untuk memahami perbedaan mekanisme toleransi di antara varietas padi terhadap cekaman Fe²⁺ dan kerusakan oksidatif.

---

Rice varieties exhibit varying tolerance levels to ferrous ion (Fe²⁺ )stress, which can lead to Fe toxicity and oxidative damage. This differential tolerance is attributed to differences in the regulation of OsFER gene expression. OsFER genes are located on chromosomes 11 and 12 and play a crucial role in iron sequestration and detoxification.This study investigated the molecular basis of OsFER gene from genome identification until the expression profile of OsFER in response to Fe²⁺ stress and oxidative damage in some rice varieties. Genome identification of eight rice varieties (Impari 42, Cupatmangu, Situbagendid, Wayapo, Kangkung, Sigupai, Ciherang dan Sunggal) was done by using PCR and OsFER target gene and continued into sequence analysis. The results show that all rice varieties studied have 100% alignment similarity and OsFER characteristics on chromosome 11 at LOC_Os11g01530 and chromosome 12 at LOC_Os12g01530, which have striking differences. The complex's complete protein structure is found on Ch. 12, while only a portion of alpha-helix is on OsFER Ch.11 containing active sites polypeptide situs aktif Glutamic Acid (E) Tyrosin (Y) and built the Ferroxidase diiron centre. The relative gene expression was applied  in two rice varieties: Kangkung (tolerant) and Sunggal (sensitive) under FeSO4 stress and oxidative stress induced by H₂O₂ treatment conditions: FeSO₄ 300ppm, FeSO₄ 600ppm, H₂O₂ 30mM, H₂O₂ 60mM, and combination of FeSO₄ 300ppm and H₂O₂ 30mM. Relative gene expression was quantified using real-time quantitative PCR (qPCR). The amplification efficiency of OsFER Ch.11, OsFER Ch.12, and GAPDH was determined to be 93%, 105%, and 96%.In the Kangkung variety, the expression ratio of OsFER genes was significantly higher for OsFER Ch.12 compared to OsFER Ch.11. OsFER Ch.12 expression was highest under Fe2+ stress conditions, with values of 1.329 at 300 ppm FeSO₄ and 1.207 at 600 ppm FeSO₄. Conversely, OsFER Ch.11 expression was repressed under these conditions, with values of 0.717 and 0.704, respectively. In contrast, under stress conditions, the Sunggal variety did not exhibit significant changes in gene expression for either OsFER Ch.11 or Ch.12.These findings suggest that the higher expression of OsFER Ch.12 in the Kangkung variety contributes to its enhanced tolerance to Fe²⁺ stress compared to the more susceptible Sunggal variety. Differences in the regulation of OsFER gene expression have the potential to provide insight into differences in the mechanisms of tolerance to Fe²⁺ stress and oxidative damage between rice varieties."

"Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier.

---

DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers."

"Latar Belakang: Status kebersihan rongga mulut yang buruk ditandai dengan biofilm dalam jumlah banyak. Biofilm terbentuk dari perlekatan bakteri ke permukaan padat dan dengan bakteri lain. Bakteri later colonizers patogen periodontitis di biofilm seperti Treponema denticola bergantung pada early colonizers seperti Veillonella parvula. Protein VtaA dan Msp berperan dalam fungsi perlekatan Veillonella parvula dan Treponema denticola. Akumulasi biofilm dapat menyebabkan periodontitis. Akan tetapi periodontitis tidak umum dibahas pada anak. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan jumlah Veillonella parvula dan Treponema denticola, serta ekspresi gen VtaA dan Msp spesifik tiap bakteri dari saliva anak terhadap status rongga mulut. Metode: Penelitian ini menggunakan 40 sampel saliva anak yang dikelompokkan berdasarkan kategori OHI-S. Ekstraksi RNA untuk analisis ekspresi gen dan DNA untuk jumlah bakteri target dari sampel menggunakan GeneZol Kit. Konversi RNA menjadi cDNA menggunakan SensiFast cDNA Kit. Ekstrak DNA dan cDNA diuji dengan Real-time PCR. Analisis jumlah bakteri menggunakan kuantifikasi absolut dan tingkat ekspresi gen menggunakan kuantifikasi relatif. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara jumlah kedua bakteri maupun tingkat kedua ekspresi gen di antara kategori OHI-S. Jumlah Veillonella parvula cenderung menurun dan Treponema denticola cenderung meningkat seiring memburuknya skor OHI-S. Kesimpulan: Deteksi peningkatan jumlah Veillonella parvula tidak dapat menjadi bioindikator inisiasi penyakit periodontal. Ekspresi gen VtaA dan Msp tidak dapat digunakan sebagai bioindikator pembentukan biofilm dalam jumlah tinggi.

---

Backgrounds: Poor oral hygiene status is marked by large amount of biofilms. Biofilms are made from bacterial adhesion to solid surfaces and to other bacteria. Later colonizers periodontitis pathogenic bacteria in biofilms like Treponema denticola, depend on early colonizers such as Veillonella parvula. VtaA and Msp are proteins that function in adhesion of Veillonella parvula and Treponema denticola. Biofilms accumulation can cause periodontitis. However, periodontitis is not a common discussion on children. Objectives: This research aims to analyze the correlation between the quantity of Veillonella parvula and Treponema denticola, also VtaA and Msp gene expression with oral status from children’s saliva. Methods: This study uses 40 samples of children’s saliva which has been grouped according to OHI-S category. RNA extraction to analyze gene expression and DNA extraction to quantify target bacteria from samples using GeneZol Kit. RNA conversion to cDNA uses SensiFast cDNA Kit. DNA extract and cDNA are tested using Real-time PCR Analysis of bacteria quantity with absolute quantification dan gene expression levels with relative quantification. Results: There is no significant difference between target bacteria quantity also gene expression levels between the OHI-S categories. Veillonella parvula’s quantity tends to decrease and Treponema denticola tends to increase as OHI-S scores worsens. Conclusions: Detection of increasing quantity of Veillonella parvula cannot be used as a bioindicator of periodontal disease initiation. VtaA and Msp gene expression cannot be used as a bioindicator of high rates of biofilm’s formation."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Latar Belakang: Partikel mirip logam telah terdeteksi pada apusan mukosa peri-implan dari sampel klinis yang menderita peri-implantitis maupun sample yang tidzak menderita peri-implantitis dengan menggunakan sitologi eksfoliatif sel epitel dan makrofag. Ion metal titanium yang sudah terlepas dari ikatannya akan menginduksi kejadian dan reaksi biologis yang menyebabkan hilangnya stabilitas biologis dan meningkatnya osteolisis lokal di sekitar implan gigi. Penelitian in vitro menunjukkan bahwa peningkatan ekspresi sitokin inflamasi dan aktivasi osteoklas terjadi ketika ion titanium hadir. Berdasarkan penelitian yang dilakukan sebelumnya, diketahui terdapat perbedaan signifikan dari hasil polimorfisme gen CXCR2 antara pasien dengan peri-implantitis dan pasien control. Namun, kemampuan ekspresi gen CXCR2 pasien sehat pengguna Implan Gigi masih belum ditentukan. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen pada pasien pengguna implan gigi dibandingkan dengan individu sehat yang tidak menggunakan implant gigi. Metode:Sampel RNA pasien pengguna implan (n=9), dan sample pasien control non-pengguna (n=9) diperoleh dan disimpan di Laboratorium Oral Biologi  Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia. Kemudian, dilakukan esktraksi RNA, sintesis cDNA dan pengecekan konsentrasi sampel hasil sintesis cDNA. Selanjutnya, ekspresi gen CXCR2 dan gen referensi GAPDH diuji dengan quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR). Hasil: Tidak   terdapat perbedaan bermakna ekspresi gen CXCR2, antara pasien pengguna implant gigi dan pasien yang tidak menggunakan implant gigi (p≥0,05). Kesimpulan: Tidak terdapat perbedaan bermakna secara statistik antara perbedaan ekspresi gen CXCR2 pada

---

Background: Exfoliative cytology of epithelial cells and macrophages has been used to identify metal-like particles in peri-implant mucosal smears from clinical samples with and without peri-implantitis. Free titanium ions cause biological processes and reactions that result in localized osteolysis surrounding dental implants and a loss of biological stability. In vitro studies have shown that inflammatory cytokine expression and osteoclast activation increase when titanium ions are present. Based on previous studies, it is known that there are significant differences in the results of CXCR2 gene polymorphisms between patients with peri-implantitis and control patients. However, the expression ability of the CXCR2 gene in healthy patients using dental implant has not been determined.

Objective: To analyze gene expression in patients with dental implants compared to healthy individuals who do not use dental implants.

Methods: RNA samples from implant users (n=9), and non-user control patient samples (n=9) were obtained and stored at the Oral Biology Laboratory, Faculty of Dentistry, University of Indonesia. Then, RNA extraction, cDNA synthesis was carried out and checking the concentration of the cDNA synthesized samples. Next, the expression of the CXCR2 gene and the GAPDH reference gene were tested by quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR).

Results: There was no significant difference in CXCR2 gene expression between patients with implants. Conclusion: There is no statistically significant difference between differences in gene expression in dental implant users and non-users."

"Penelitian mengenai tingkat ekspresi gen identitas bunga (SEPALLATA) dilakukan pada tiga bagian Hibiscus rosa-sinensis l., yaitu daun, epicalyx, dan kelopak bunga. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekpresi gen SEPALLATA pada epicalyx. Analisis tingkat ekspresi dilakukan secara kualitatif dengan metode two-steps RT-PCR dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis agarosa. Metode modified-CTAB digunakan untuk isolasi RNA H. rosa-sinensis dan dilanjutkan dengan pemberian perlakuan DNase untuk menghilangkan gDNA yang masih tersisa. Selanjutnya, RNA diubah menjadi cDNA dengan metode Reverse Transcription dan diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan adanya hasil amplifikasi SEPALLATA pada epicalyx menggunakan primer GH7SEP1, namun tidak pada epicalyx menggunakan primer GH1SEP1. Konfirmasi menggunakan primer GH7SEP1 forward dan GH1SEP1 reverse tidak menunjukkan adanya hasil amplifikasi. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa hasil amplifikasi yang didapatkan menggunakan baik primer GH1SEP1 maupun GH7SEP1 diduga kuat teramplifikasi dari gen SEPALLATA.

---

Research on floral-identity gene (SEPALLATA) expression level has been done in three parts of Hibiscus rosa-sinensis; they are leaves, epicalyx and calyx. This research was conducted to observe expression of the SEPALLATA gene in epicalyx. The expression level analysis was done qualitatively by the two-steps RT-PCR and visualized using agarose electrophoresis. Hibiscus rosa-sinensis RNA was isolated using the modified-CTAB method and continued by DNase-treatment to eliminate gDNA in mixture. Furthermore, RNA was used to make cDNA using the Reverse Transcription method and amplified using the PCR method by specific primers. The result showed the presence of SEPALLATA amplification in epicalyx using GH7SEP1 primer, yet not on epicalyx using GHSEP1 primer. Confirmation using GH7SEP1 forward primer and GH1SEP1 reverse primer did not show any amplification. Sequencing and alignment results suggested that amplifications using GH1SEP1 or GH7SEP1 were allegedly, of which amplified from SEPALLATA gene."

"Latar belakang: Bakteri A. actinomycetemcomitans merupakan patogen utama yang berperan dalam patogenesis periodontitis agresif. Dalam interaksi antara sel osteoklas dengan bakteri, terdapat peran dari faktor virulensi bakteri A. actinomycetemcomitans dalam proses adhesinya ke permukaan sel, yaitu omp100. Adhesi bakteri pada sel, yang didukung oleh protein omp100, dapat mengakibatkan terjadinya disbiosis dalam ekosistem rongga mulut, yang berakibat pada terjadinya aktvivitas sel osteoklas secara berlebihan dan berefek pada destruksi tulang. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen omp100 pada interaksi direk antara sel osteoklas dan sel prekursornya dengan bakteri A. actinomycetemcomitans. Metode: Secara in vitro dengan metode eksperimental laboratorium, dengan sel osteoklas yang diperoleh dari hasil kultur Bone Marrow Cell (BMC) mencit C57BL/6. Sel yang diperoleh kemudian diberi paparan M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) agar berdiferensiasi menjadi sel BMM (Bone Marrow Macrophage), serta diberi paparan M-CSF dan RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) agar berdiferensiasi menjadi sel preosteoklas dan osteoklas. Sel diinfeksikan dengan bakteri A. actinomycetemcomitans dengan MOI (multiplicity of infection) 1:1 dan 1:5, kemudian dilakukan pengamatan bakteri intraseluler pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi untuk melihat internalisasi dan proliferasi bakteri berdasarkan ekspresi gen omp100. Hasil: Terjadi penurunan ekspresi gen omp100 pada sel BMM 18 jam pasca infeksi. Pada sel preosteoklas dan osteoklas, terjadi peningkatan ekspresi gen pada 18 jam pasca infeksi. Kesimpulan: Terjadinya peningkatan ekspresi gen omp100 berkorelasi positif dengan jumlah bakteri instraseluler yang diamati pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi. Peningkatan ekspresi gen omp100 terjadi akibat meningkatnya jumlah bakteri intraseluler, yang artinya bakteri di dalam sel mengalami proliferasi dan mampu terfasilitasi dengan baik di dalam sel preosteoklas dan osteoklas.

---

Background: Aggregatibacter actinomycetemcomitans is a major pathogen bacterium that plays role in the pathogenesis of aggressive periodontitis. In the interaction between osteoclast cells and bacteria, there is a role of the virulence factor of A. actinomycetemcomitans in the process of adhesion to the cell surface, namely omp100. The adhesion of these bacteria to cells, which is supported by the omp100 protein, can lead to dysbiosis in the oral ecosystem, which results in excessive osteoclast cell activity and effects on bone destruction. Purpose: To analyze the expression of omp100 gene in the interaction between osteoclast cells and their precursor cells with A. actinomycetemcomitans. Methods: In vitro research with laboratory experimental methods, using osteoclast cells obtained from Bone Marrow Cell (BMC) cultured from C57BL/6 mice. The cells obtained will then be given exposure to M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) to differentiate into BMM cells (Bone Marrow Macrophage), and also be given exposure to M-CSF and RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) to differentiate into preosteoclast and osteoclast cells. Cells were infected with A. actinomycetemcomitans with MOI (multiplicity of infection) of 1:1 and 1:5, then intracellular bacteria were observed at 1,5 and 18 hours post-infection to see the internalization and proliferation of bacteria. Results: There was a decrease in omp100 gene expression in BMM cells at 18 hours post-infection. In preosteoclast and osteoclast cells, there was an increase in gene expression at 18 hours post-infection. Conclusions: The increase in omp100 gene expression was positively correlated with the number of intracellular bacteria observed at 1,5 and 18 hours post-infection. The increase in omp100 gene expression occurred due to the increase in the number of intracellular bacteria, which means that the bacteria in the cells proliferated and were able to be well facilitated in preosteoclast and osteoclast cells."

"Gen DefH9-iaaM merupakan gen pengkode senyawa prekursorpembentukan auksin. Kandungan auksin yang tinggi menginduksipembentukan buah partenokarpi, tanpa melalui polinasi dan fertilisasi. Tigagalur tanaman tomat transgenik yang membawa insersi danmengekspresikan gen DefH9-iaaM, yaitu OvR1#14-4, OvM2#10-1, danOvM2#6-2, telah dihasilkan melalui transformasi genetik denganAgrobacterium oleh kelompok peneliti di BB-BIOGEN. Penelitian bertujuanmenguji stabilitas insersi dan mengetahui ekspresi gen DefH9-iaaM padatanaman T3 dari ketiga galur tersebut. Uji stabilitas gen dilakukan denganmetode PCR menggunakan primer spesifik IAAM 5 dan IAAM 3. Keduaprimer tersebut menghasilkan fragmen gen iaaM sebesar ± 148 pb. FragmenDNA produk PCR divisualisasikan menggunakan gel elektroforesis. Hasil ujimolekuler dianalisis menggunakan uji chi-square dengan level of significant0,05. Galur OvR1#14-4 memiliki insersi gen yang telah stabil denganperbandingan filial transgenik dan non transgenik yang memenuhiperbandingan penyilangan monohibrid Mendel yaitu 3:1. Tanaman denganhasil uji molekuler positif kemudian ditanam di lapang untuk uji ekspresifenotipik dan evaluasi daya hasil. Hasil uji fenotipik dianalisis dengan ujiANOVA level of significant 0,05. Ekspresi gen partenokarpi DefH9-iaaM padatanaman tomat transgenik meningkatkan jumlah tandan sebesar 191--227%,jumlah bunga sebesar 191--310%, dan jumlah buah sebesar 331--426% dibandingkan dengan kontrol Opal, serta menyebabkan terbentuknya buah tomat berbiji sedikit dan tanpa biji. Galur OvR1#14-4 menghasilkan jumlah tandan, jumlah bunga, dan jumlah buah paling tinggi dibandingkan dua galur lain."

"PendahuluanPeriodontitis adalah penyakit pada jaringan penyangga gigi yang dikategorikan sebagai inflamasi tidak menular dan berkaitan dengan keadaan disbiosis biofilm. Penyakit tersebut memengaruhi seluruh jaringan periodontal dan dapat menyebabkan destruksi progresif pada tulang alveolar. Periodontitis dapat dipicu oleh bakteri seperti Aggregatibacter actinomycetemcomitans yang selanjutnya mempengaruhi osteoklastogenesis dan terjadinya kerusakan jaringan. Internalisasi dan proliferasi bakteri A. actinomycetemcomitans di dalam sel osteoklas dapat meningkatkan faktor virulensi seperti lipoposakarida (LPS) yang berperan dalam diferensiasi osteoklas yang ditandai dengan gen penanda, salah satunya Cathepsin K (CTSK). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis diferensiasi osteoklas melalui analisis ekspresi gen penanda diferensiasi osteoklas yaitu CTSK.MetodeOsteoklas (OC) diperoleh dari kultur primer bone marrow macrophage (BMM), yang dipaparkan dengan nuclear factor kappa-B ligand (RANKL) selama 3 hari. Kemudian diinfeksikan dengan bakteri A. actinomycetemcomitans (ATCC 29522) dengan perbandingan MOI 1:1 dan 1:5. Selanjutnya dievaluasi 1,5 jam dan 18 jam pasca infeksi (hpi) menggunakan RT-qPCR dengan teknik Livak (2-∆∆Ct).HasilEkspresi relatif gen CTSK pada BMM dengan perlakuan MOI 1:1 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 0,99), serta perlakuan MOI 1:5 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 1,04) cenderung tidak menunjukan adanya perubahan. Sedangkan pada OC dengan MOI 1:1 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 1,64), serta perlakuan MOI 1:5 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 3,27) cenderung menunjukan adanya peningkatan pada 18 hpi. Perbandingan kelompok OC 18 hpi pada perlakuan MOI 1:5 (2-∆∆Ct = 4,26) menunjukkan peningkatan ekspresi gen CTSK sekitar 4 kali dibanding perlakuan MOI 1:1 (2-∆∆Ct = 1,00).KesimpulanPeningkatan ekspresi gen CTSK pada osteoklas berkorelasi positif dengan jumlah bakteri yang menginfeksi dan waktu paparan bakteri dengan sel osteoklas. Peningkatan ekspresi CTSK tersebut diduga berhubungan dengan terjadinya internalisasi bakteri kedalam sel osteoklas.

---

Introduction

Periodontitis is a disease affecting the supportive tissues of the teeth, categorized as a non-communicable inflammation associated with dysbiosis of the biofilm. This disease impacts the entire periodontal tissue and can cause progressive destruction of alveolar bone. Periodontitis can be triggered by bacteria such as Aggregatibacter actinomycetemcomitans, subsequently affecting osteoclastogenesis and tissue damage. The internalization and proliferation of A. actinomycetemcomitans bacteria inside osteoclast cells can directly increase virulence factors such as lipopolysaccharide (LPS), playing a role in osteoclast differentiation marked by genes, including Cathepsin K (CTSK). This study aims to analyze osteoclast differentiation through the analysis of the marker gene expression for osteoclast differentiation, namely CTSK.

Methods

Osteoclasts (OC) were obtained from primary cultures of bone marrow macrophages (BMM), exposed to nuclear factor kappa-B ligand (RANKL) for 3 days. They were then infected with A. actinomycetemcomitans bacteria (ATCC 29522) with a ratio of MOI 1:1 and 1:5. Subsequently, they were evaluated at 1.5 hours and 18 hours post-infection (hpi) using RT-qPCR with the Livak method (2-∆∆Ct).

Results

The relative expression of CTSK gene in BMM cells with MOI 1:1 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 0.99), as well as MOI 1:5 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 1.04), tended to show no significant changes. In OC with MOI 1:1 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 1.64), as well as MOI 1:5 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 3.27), there was a tendency to increase at 18 hpi. The comparison of OC groups at 18 hpi with MOI 1:5 (2-∆∆Ct = 4.26) showed a fourfold increase in CTSK gene expression compared to MOI 1:1 treatment (2-∆∆Ct = 1.00).

Conclusion

The increased expression of the CTSK gene in osteoclasts positively correlates with the number of infecting bacteria and the duration of bacterial exposure to osteoclast cells. This heightened CTSK expression is presumed to be associated with the internalization of bacteria into osteoclast cells."