Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kekeringan adalah salah satu faktor stres abiotik yang mengurangi produktivitas padi di Indonesia. OsDREB2A adalah anggota subfamili DREB dari faktor transkripsi AP2/ERF dan berperan dalam mengatasi stres kekeringan dengan langsung mengikat elemen DRE untuk mengatur ekspresi gen di hilir. Namun, penelitian lebih lanjut masih diperlukan untuk mengamati setiap gen OsDREB2A pada varietas padi lokal Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi gen OsDREB2A pada beberapa varietas padi lokal Indonesia, yaitu dari Jawa (Ciherang, Situ Bagendid, Way Apo), Kalimantan (Beras Hitam), Aceh (Sigupai). DNA diisolasi dari daun masing-masing varietas, diamplifikasi menggunakan PCR, kemudian dielektroforesis dan disekuensing. Data sekuensing dianalisis menggunakan DNA Baser, BioEdit dan kemudian divisualisasikan menggunakan server SWISS-MODEL, Database Proyek Anotasi Genom Padi, dan alat peta kromosom. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lima sampel memiliki cakupan query 100% dengan sekuens kultivar OsDREB2A Pokkali (KU159743.1), persentase identitas yang mirip 99,86% dibandingkan dengan kultivar R180 dan 99,62% dibandingkan dengan kultivar Nona Bokra. Perbedaan dalam struktur asam amino sembilan sampel dibandingkan dengan kultivar pembanding terletak pada panjang struktur ekor. Struktur asam amino masing-masing kultivar mengacu pada kromosom 1 pada lokus LOC_Os01g07120.

---

Drought is one of the abiotic stress factors that reduces rice productivity in Indonesia. OsDREB2A is a member of the DREB subfamily of AP2/ERF transcription factors and participates in drought stress by directly binding to DRE elements to regulate downstream gene expression. However, further research is still needed to observe each OsDREB2A gene in local Indonesian rice varieties. This research aims to explore the OsDREB2A gene in several local Indonesian rice varieties, namely from Java (Ciherang, Situ Bagendid, Way Apo), Kalimantan (Black Rice), Aceh (Sigupai). DNA was isolated from the leaves of each variety, amplified using PCR, and then electrophoresed and sequenced. Sequencing data were analyzed using DNA Baser, BioEdit and then visualized using the SWISS-MODEL server, Rice Genome Annotation Project Database, and chromosome map tools. The results showed that five samples had 100% query cover with the Pokkali OsDREB2A (KU159743.1) cultivar sequence, 99.86% similar percent identity compared to cultivar R180 and 99.62% similar percent identity compared to cultivar Nona Bokra. The difference in the amino acid structure of the nine samples compared to comparison cultivars lies in the length of the tail structure. The amino acid structure of each cultivar refers to chromosome 1 at the LOC_Os01g07120 locus."

"Padi yang dapat dibudidayakan di lahan kering diperlukan untuk meningkatkan ketahanan pangan. Analisis morfologis dan molekuler merupakan salah satu cara untuk mengetahui toleransi tanaman terhadap kekeringan. Penelitian ini bertujuan menentukan varietas padi yang tahan kekeringan melalui analisis morfologis serta molekuler. Sampel yang digunakan terdiri dari INPARI 32, INPARI 42, Pare Bakato Kaka, dan Pare Lambem yang ditumbuhkan pada dua perlakuan yaitu kontrol dan kekeringan (germinasi pada PEG 6000 20% dan modifikasi penyiraman). Hasil penelitian menunjukkan bahwa persentase perkecambahan, bobot radikula, dan rata-rata jumlah daun (35 HST) pada tiap varietas tergolong toleran, sementara itu untuk skor kelengkungan daun diketahui bahwa Pare Lambem menunjukkan kondisi daun yang tergolong agak peka (skor 5), sedangkan tiga varietas lain tergolong kategori toleran (skor 1). Data tinggi tanaman serta panjang daun pada 7 HST dan 35 HST menunjukkan pola hasil yang sama, yakni Pare Lambem berbeda signifikan pada perlakuan kontrol dan kekeringan berdasarkan uji t (kategori peka), sementara varietas lain termasuk kategori toleran. Berdasarkan tujuh parameter uji, diperoleh kategori toleransi total. Pare Lambem tergolong kategori agak toleran (42,8%), sedangkan varietas lain tergolong kategori toleran (85,7%). Hasil analisis molekuler menunjukkan bahwa fragmen OsDREB2A terdapat pada varietas uji serta memiliki homologi 100% dengan sekuens DREB2A dari kultivar Pokkali. Mutasi sekuens tidak ditemukan pada urutan nukleotida maupun asam amino dari sampel varietas uji terhadap spesies pembanding. Struktur protein pada sampel uji menunjukkan kemiripan dengan model protein dari kultivar Pokkali. Varietas Jawa (peka) menunjukkan perbedaan sekuens nukleotida, asam amino, dan struktur protein terhadap kultivar Pokkali dan sampel uji.

---

Rice that can be grown in dry land is needed to increase food security. Morphological and molecular analysis are mechanisms to determine the drought tolerance level of plants. This study aims to determine drought-resistant rice varieties through morphological and molecular analysis. The samples used consisted of INPARI 32, INPARI 42, Pare Bakato Kaka, and Pare Lambem grown in two treatments (control and drought treatment (PEG 6000 20% and water modification)). The results showed that the percentage of germination, radicle weight, and the average number of leaves (35 DAP) in each variety belonged to the tolerant category, while for the leaf curvature scores, it was known that Pare Lambem showed a leaf condition that was classified as sensitive category (score 5), while the other three varieties belonged to the tolerant category (score 1). Data on plant height and leaf length at 7 DAP and 35 DAP showed the same yield pattern, namely Pare Lambem was significantly different in the control and drought treatment samples based on the t-test (sensitive category), while other varieties were in the tolerant category. Based on the seven test parameters, the total tolerance category was obtained. Pare Lambem was classified into the slightly tolerant category (42.8%), while other varieties were classified as tolerant (85.7%). The molecular analysis results showed the presence of OsDREB2A in all tested varieties also had 100% homology with DREB2A sequences from the Pokkali. Sequence mutations were not found in the nucleotide or amino acid sequences of the tested samples against the comparison species. The protein structures of the tested samples showed similarities to the protein model of the Pokkali cultivar. The Java variety (sensitive) showed differences in nucleotide sequences, amino acids, and protein structure against Pokkali and tested samples."

"Salinitas merupakan salah satu cekaman abiotik yang mengancam produksi padi di Indonesia. Dalam rangka mendukung program ketahanan pangan, BB-Biogen telah melakukan pengembangan varietas padi Ciherang toleran salinitas hingga generasi BC4F2 dan BC5F1. Tanaman generasi BC4F2 dan BC5F1 Ciherang-OsDREB1A selanjutnya memerlukan serangkaian pengujian. Pertama, penapisan toleransi terhadap salinitas tinggi untuk menyeleksi tanaman yang menunjukkan sifat toleran terhadap salinitas tinggi. Kedua, analisis molekuler yang mencakup analisis integrasi, ekspresi OsDREB1A, dan Southern blot. Hasil penapisan salinitas terhadap BC4F2 dan BC5F1 Ciherang-OsDREB1A selama 26 hari dengan EC akhir berkisar 18 mS/cm telah berhasil menyeleksi 134 individu putatif transgenik dari total 543 tanaman uji. Hasil analisis integrasi menggunakan primer hptII menujukkan 73 dari 134 tanaman putatif transgenik memiliki hasil positif hptII. Seluruh tanaman yang positif PCR hptII juga terdeteksi memiliki hasil positif PCR menggunakan primer kombinasi 35S-496-F/OsDREB1A-R, mengindikasikan kestabilan integrasi transgen tetap terjaga selama persilangan. Hasil analisis ekspresi OsDREB1A menunjukkan terdapat variasi level ekspresi OsDREB1A antar individu Ciherang transgenik. Hasil analisis Southern blot menunjukkan jumlah salinan T-DNA berjumlah sekitar 6--8 kopi. Galur terbaik berdasarkan hasil analisis molekuler adalah BC5F1-K14-23-3 dan BC4F2-K13-11-3.

---

Salinity is one of the abiotic stresses that threaten rice production in Indonesia. In order to support the food security programs, BB-Biogen has started doing development of salinity tolerant rice varieties Ciherang up to BC4F2 and BC5F1 generations. BC4F2 and BC5F1 generations of Ciherang-OsDREB1A transgenic lines require a series of tests for verifying the salinity tolerance and stability of transgene integration. First, screening for selecting the Ciherang-OsDREB1A transgenic lines that revealed tolerance to high salinity. Second, molecular analysis that includes analysis of integration, OsDREB1A expression, and Southern blot. The screening result of Ciherang-OsDREB1A transgenic lines BC4F2 and BC5F1 for 26 days with final EC approximately 18 mS/cm, had been successfully selected 134 putative transgenic plants of a total 543 tested plants.

PCR analysis results showed that 73 of 134 putative transgenic plants had PCR positive using hptII-F/hptII-R primer. Plants were detected positive in PCR analysis using hptII-F/hptII-R primer were also positive in PCR analysis using specific primer 35S-496-F/OsDREB1A-R, indicating that the stability of the transgene integration is maintained during the crossing. The results of OsDREB1A expression analysis showed that there were variations in expression levels among individuals Ciherang-OsDREB1A transgenic lines. The results of Southern blot analysis showed that the T-DNA copy number around 6--8 copies. Best lines based on the results of molecular analysis is BC5F1-K14-23-3 and BC4F2-K13-11-3."

"Setiap varietas tanaman padi memiliki perbedaan tingkatan toleransi terhadap cekaman ferrous ion (Fe²⁺⁾ dan memicu toksisitas Fe dan kerusakan oksidatif pada padi. Perbedaan ketahanan toleransi cekaman Fe disebabkan karena adanya tingkat regulasi ekspresi yang berbeda pada gen OsFER yang dapat ditemukan pada kromosom 11 dan 12. Analisis molekuler dari identifikasi genom hingga profil ekspresi gen OsFER dalam merespons cekaman Fe dan oksidatif dilakukan terhadap beberapa varietas padi. DNA genom dari ke delapan varietas padi (Impari 42, Cupatmangu, Situbagendid, Wayapo, Kangkung, Sigupai, Ciherang dan Sunggal.) diisolasi dan dilakukan amplifikasi PCR menggunakan primer OsFER2. Hasilnya menunjukkan kesamaan 100% karakteristik OsFER pada semua varietas padi yang dipelajari di kromosom 11 (LOC_Os11g01530) dan kromosom 12 (LOC_Os12g01530). Namun, struktur protein lengkap kompleks ferritin hanya ditemukan pada kromosom 12, sedangkan pada kromosom 11 hanya terdapat sebagian area alfa-helix OsFER dengan situs aktif (asam glutamat, tirosin) yang membentu ferooxsidase diiron centre. Analisis ekspresi relatif gen OsFER dilakukan terhadap varietas Kangkung dan Sunggal pada lima kondisi perlakuan cekaman FeSO₄ dan cekaman oksidatif menggunakan H₂O₂ (FeSO₄ 300ppm, FeSO₄ 600ppm, H₂O₂ 30mM, H₂O₂ 60mM, dan kombinasi FeSO₄ 300ppm dan H₂O₂ 30mM) yang diterapkan pada varietas Kangkung (toleran) dan Sunggal (rentan). Perhitungan ekspresi gen relatif menggunkan teknik amplikasi cyclic menggunakan qPCR. Persentase efisiensi gen OsFER Ch.11, OsFER Ch.12 dan GAPDH sebesar 93%, 105% dan 96%. Pada varietas Kankung, rasio ekspresi gen OsFER lebih tinggi secara signifikan pada OsFER Ch. 12 daripada OsFER Ch. 11. Gen OsFER Ch.12 diekspresikan paling tinggi pada kondisi cekaman Fe dengan nilai 1,329 pada FeSO₄ 300ppm dan 1,207 pada FeSO₄ 600ppm. Sebaliknya OsFER Ch. 11  justru di represi dengan nilai 0,717 dan 0,704. Sedangkan pada varietas Sunggal tidak menunjukkan perubahan signifikan pada ekspresi gen baik pada OsFER Ch.11 maupun OsFER Ch.12 dalam kondisi stres. Temuan ini menunjukkan bahwa ekspresi OsFER Ch.12 yang lebih tinggi pada varietas Kangkung berkontribusi terhadap peningkatan toleransi terhadap cekaman Fe²⁺ dibandingkan dengan varietas Sunggal yang lebih rentan. Diferensiasi regulasi  ekspresi gen OsFER memberikan potensi untuk memahami perbedaan mekanisme toleransi di antara varietas padi terhadap cekaman Fe²⁺ dan kerusakan oksidatif.

---

Rice varieties exhibit varying tolerance levels to ferrous ion (Fe²⁺ )stress, which can lead to Fe toxicity and oxidative damage. This differential tolerance is attributed to differences in the regulation of OsFER gene expression. OsFER genes are located on chromosomes 11 and 12 and play a crucial role in iron sequestration and detoxification.This study investigated the molecular basis of OsFER gene from genome identification until the expression profile of OsFER in response to Fe²⁺ stress and oxidative damage in some rice varieties. Genome identification of eight rice varieties (Impari 42, Cupatmangu, Situbagendid, Wayapo, Kangkung, Sigupai, Ciherang dan Sunggal) was done by using PCR and OsFER target gene and continued into sequence analysis. The results show that all rice varieties studied have 100% alignment similarity and OsFER characteristics on chromosome 11 at LOC_Os11g01530 and chromosome 12 at LOC_Os12g01530, which have striking differences. The complex's complete protein structure is found on Ch. 12, while only a portion of alpha-helix is on OsFER Ch.11 containing active sites polypeptide situs aktif Glutamic Acid (E) Tyrosin (Y) and built the Ferroxidase diiron centre. The relative gene expression was applied  in two rice varieties: Kangkung (tolerant) and Sunggal (sensitive) under FeSO4 stress and oxidative stress induced by H₂O₂ treatment conditions: FeSO₄ 300ppm, FeSO₄ 600ppm, H₂O₂ 30mM, H₂O₂ 60mM, and combination of FeSO₄ 300ppm and H₂O₂ 30mM. Relative gene expression was quantified using real-time quantitative PCR (qPCR). The amplification efficiency of OsFER Ch.11, OsFER Ch.12, and GAPDH was determined to be 93%, 105%, and 96%.In the Kangkung variety, the expression ratio of OsFER genes was significantly higher for OsFER Ch.12 compared to OsFER Ch.11. OsFER Ch.12 expression was highest under Fe2+ stress conditions, with values of 1.329 at 300 ppm FeSO₄ and 1.207 at 600 ppm FeSO₄. Conversely, OsFER Ch.11 expression was repressed under these conditions, with values of 0.717 and 0.704, respectively. In contrast, under stress conditions, the Sunggal variety did not exhibit significant changes in gene expression for either OsFER Ch.11 or Ch.12.These findings suggest that the higher expression of OsFER Ch.12 in the Kangkung variety contributes to its enhanced tolerance to Fe²⁺ stress compared to the more susceptible Sunggal variety. Differences in the regulation of OsFER gene expression have the potential to provide insight into differences in the mechanisms of tolerance to Fe²⁺ stress and oxidative damage between rice varieties."

"Padi mampu menggunakan protein ferritin untuk melindungi diri dari toksisitas besi. Protein ferritin merupakan suatu protein berbentuk sferis yang dapat mereduksi besi sehingga menghilangkan potensi toksisitas besi. Padi yang tahan toksisitas besi telah ditemukan di antaranya padi INPARA2, Mahsuri, Pokkali, dan Siam Saba. Penelitian mengenai analisis sekuen gen ferritin diperlukan untuk membentuk strategi pemuliaan varietas padi yang tahan toksisitas besi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis sekuen gen OsFer1 dan OsFer2 pada padi varietas Ciherang, Cibogo, dan INPARA 8. Sekuen gen ferritin berupa kromatogram yang didapat adalah sekuen gen OsFer1 dan sekuen gen OsFer2 Sekuen OsFer1 ditemukan pada ketiga varietas dan ditemukan sekuen OsFer2 pada padi varietas Ciherang dan Cibogo. Sekuen yang ditemukan berupa sekuen parsial yang terdapat pada ekson1, intron 1 dan ekson 2 dengan sekuen OsFer1 yang sepanjang 530 dan 568 pasang basa. Sekuen OsFer2 ditemukan sepanjang 212 pasang basa. Sekuen OsFer1 dan Sekuen OsFer2 ditemukan memiliki kemiripan sekuen yang tinggi jika dibandingkan dengan sekuen referensi. Sekuen OsFer1 dan OsFer2 ditemukan menunjukkan banyak mismatch yang berbentuk mutasi subtitusi. Sekuen OsFer2 menunjukkan adanya 14 mutasi deep intronic dan 2 mutasi proximal intronic. Sekuen OsFer1 menunjukkan adanya 1 mutasi exonic.

---

Rice is capable of utilizing ferritin in response to iron toxicity. Ferritin is a spherical protein that can reduce iron thus neutralizing its toxicity. Several rice varieties have been found to show considerable tolerance to iron toxicity such as INPARA2, Mahsuri, Pokkali, and Siam Saba. Sequence analysis studies focusing on ferritin genes is important for future rice breeding programs. This study is aimed to analyze OsFer1 and OsFer2 gene sequence in Ciherang, Cibogo, and INPARA 8. The sequences obtained in this study are chromatograms showing partial sequences from OsFer1 and OsFer2. The length of OsFer1 sequences are 530 and 568 base pairs and OsFer2 with 212 base pairs. OsFer1 sequences are recovered from the three rice varieties and OsFer2 are found from Ciherang and Cibogo. OsFer1 and OsFer2 showed high similarity when compared to reference sequence. OsFer1 and OsFer2 showed high alignment with exon 1, intron 1 and exon 2. Mismatches were found in both sequences that are base subtitutions. Intronic mutations are found in OsFer2 sequence and exonic mutations are found in OsFer1. "