Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 181881 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Riani Agustini
"Escherichia coli bertanggung jawab atas 80-90% menyebabkan infeksi saluran kemih (ISK). Ciprofloxacin merupakan salah satu antibiotik yang berspektrum luas yang bekerja efektif terhadap E. coli yang biasa digunakan dalam pengobatan ISK. Namun telah banyak dilaporkan meningkatnya resistensi E. coli penyebab ISK terhadap Ciprofloxacin. Mutasi pada QRDR gen gyrA dan gyrB merupakan 2 gen yang banyak dilaporkan sebagai penyebab resitesnsi terhadap Ciprofloxacin. Di Indonesia, studi mutasi gen gyrA dan gyrB yang dikaitkan dengan resistensi E. coli penyebab ISK terhadap Ciprofloxacin belum dilaporkan. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dilakukan karakterisasi daerah QRDR gen gyrA dan gyrB menggunakan metoda PCR dan DNA sekuensing yang mencakup posisi asam amino 40-110 (gyrA) dan posisi 407-473 (gyrB). Untuk gen gyrA, dari semua isolat (9 isolat) mengalami 2 perubahan asam amino pada posisi 83 (S83L) dan 87 (D87N) di daerah QRDR. 1 isolat mengalami 2 tambahan perubahan asam amino diluar daerah QRDR pada posisi asam amino 55 (L55V) dan posisi asam amino 66 (S66T). Adapun gen gyrB, dari 9 isolat semua isolat tidak mengalami perubahan asam amino di daerah QRDR. Berdasarkan analisis docking, isolat yang mengalami 4 perubahan asam amino (gyrA) menunjukkan pelemahan afinitas yang kuat antara DNA gyrase dan ciprofloxacin dibandingkan dengan isolat yang hanya mengalami 2 perubahan asam amino pada daerah QRDR.

Escherichia coli is responsible for 80-90% of causes of urinary tract infections (UTI). Ciprofloxacin is broad spectrum antibiotic that works effectively against E. coli which is commonly used in the treatment of UTI. However, there have been many reports of increasing resistance of E. coli that causes UTI to Ciprofloxacin. Mutations in the QRDR genes gyrA and gyrB are two genes that have been widely reported as causes of resistance to Ciprofloxacin. In Indonesia, studies of gyrA and gyrB gene mutations associated with resistance of UTI-causing E. coli to Ciprofloxacin have not been reported. Therefore, in this study, the QRDR region of the gyrA and gyrB genes was characterized using PCR and DNA sequencing methods covering amino acid positions 40-110 (gyrA) and positions 407-473 (gyrB). For the gyrA gene, all isolates (9 isolates) experienced 2 amino acid changes at positions 83 (S83L) and 87 (D87N) in the QRDR region. 1 isolate experienced 2 additional amino acid changes outside the QRDR region at amino acid position 55 (L55V) and amino acid position 66 (S66T). As for the gyrB gene, of the 9 isolates, all isolates did not experience amino acid changes in the QRDR region. Based on docking analysis, isolates that experienced 4 amino acid changes (gyrA) showed a strong weakening of the affinity between DNA gyrase and ciprofloxacin compared to isolates that only experienced 2 amino acid changes in the QRDR region."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2024
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Lina Herliyana
"Latar Belakang : Siprofloksasin adalah salah satu antibiotik yang paling banyak digunakan untuk mengobati ISK yang paling sering disebabkan oleh Escherichia coli. Nilai konsentrasi hambat minimum (KHM)/ minimal inhibitory concentration (MIC) digunakan sebagai uji kepekaan kuantitatif yang rutin dilakukan di laboratorium mikrobiologi. Sehubungan dengan meningkatnya resistensi siprofloksasin pada pasien ISK, perlu dilakukan evaluasi batas ambang uji KHM/MIC sebagai dasar penentuan dosis siprofloksasin sesuai farmakokinetik dan farmakodinamiknya. Dilihat juga riwayat ISK berulang dan penggunaan antibiotika 3 bulan terakhir sebagai faktor risiko yang mempengaruhi terjadinya peningkatan nilai KHM/MIC.
Metode : Studi potong lintang dengan eksperimental laboratorium dilakukan pada tahun 2019-2020. Isolasi uropatogen dilakukan pada 106 sampel urin pasien dengan diagnosis klinis ISK yang berobat ke Puskesmas dan RSUD di kota Tangerang Selatan, serta beberapa RS di Jakarta. Uji kepekaan dilakukan dengan melihat nilai KHM/MIC beberapa antibiotik untuk ISK. Selanjutnya dilakukan uji Mutant Prevention Concentration (MPC) siprofloksasin terhadap E. coli, dengan cara menilai konsentrasi siprofloksasin terendah yang mampu membunuh 1010 koloni E. coli yang ditumbuhkan pada agar Mueller-Hinton, yang diinkubasi pada suhu 370C sampai dengan 96 jam. Nilai MPC dibandingkan dengan peningkatan nilai KHM/MIC dan faktor risiko yang mempengaruhinya.
Hasil : Hasil kultur urin ≥100.000 CFU/ml ditemukan pada 95 (89,6%) dari 106 pasien dewasa dengan diagnosis klinis ISK, yang terdiri dari 67,4% perempuan dan 32,6% laki-laki. E. coli merupakan penyebab terbanyak ISK yaitu 58,6%, dengan 36,2% isolat terdeteksi sebagai ESBL. Pola kepekaan siprofloksasin pada E. coli kurang dari 50%, dan lebih rendah lagi pada bakteri ESBL. Mutan E. coli ditemukan di semua isolat yang sensitif, terutama pada nilai KHM/MIC yang berada di batas ambang yang sensitif. Riwayat penggunaan antibiotik 3 bulan terakhir lebih tinggi risikonya dibandingkan riwayat ISK berulang untuk peningkatan nilai KHM/MIC pada mutan E. coli resisten siprofloksasin.
Kesimpulan : Penggunaan siprofloksasin untuk pengobatan ISK harus digunakan secara bijak. Nilai batas ambang sensitif KHM/MIC perlu diturunkan untuk mencegah kegagalan terapi disebabkan keberadaan mutan E. coli resisten siprofloksasin. Riwayat penggunaan antibiotik 3 bulan terakhir dan ISK berulang berisiko untuk peningkatan nilai KHM/MIC pada mutan E. coli resisten siprofloksasin

Background : Ciprofloxacin is one of the most widely used antibiotics to treat the UTIs commonly caused by Escherichia coli. Minimum inhibitory concentration (MIC) value is used as a quantitative susceptibility test, routinely carried out in the microbiology laboratory. Due to the increasing resistance of ciprofloxacin in UTI patients, it is necessary to evaluate the MIC threshold as a basis for determining the dose of ciprofloxacin accordingly to pharmacokinetics and pharmacodynamics. Assessment of recurrent UTI and antibiotic used in the last 3 months is also conducted as risk factors affecting the increase of MIC value.
Methods : A cross-sectional study and laboratory experiments were conducted in 2019-2020. Isolation of uropathogen was conducted on 106 urine samples from patients with a clinical diagnosis of UTI who went to the community health centre and regional hospital in South Tangerang, as well as several hospitals in Jakarta. Susceptibility testing was performed to detect the MIC value of several antibiotics for UTIs. After that, the Mutant Prevention Concentration (MPC) test of ciprofloxacin was carried out against E. coli, by assessing the lowest ciprofloxacin concentration which was able to kill 1010 E. coli colonies grown on Mueller-Hinton agar, incubated at 370C for up to 96 hours. The MPC value is compared with the increasing MIC value and the risk factors that influence it.
Results : Urine culture results of ≥100,000 CFU/ ml were found in 95 (89.6%) of 106 adult patients with a clinical diagnosis of UTI, consisting of 67.4% female and 32.6% male. E. coli was the most common cause of UTI, i.e. 58.6%, including 36.2% of the isolates detected as ESBL. The sensitivity pattern of ciprofloxacin against E. coli was less than 50%, and lower in ESBL bacteria. E. coli mutants were found in all sensitive isolates, especially in isolates with MIC value on the sensitivity threshold. Antibiotics used in the last 3 months had a higher risk than recurrent UTIs for increasing MIC values in E. coli mutants resistant to ciprofloxacin.
Conclusion : The use of ciprofloxacin for the treatment of UTIs must be used wisely. The sensitivity threshold of MIC value should be reduced to prevent treatment failure due to the presence of E. coli mutants resistant to ciprofloxacin. Antibiotics used for the last 3 months and recurrent UTIs are at risk for increasing of MIC values in E. coli mutants resistant to ciprofloxacin.
"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
William Koven
"[ABSTRAK
Penggunaan antibiotik secara sembarangan telah menyebabkan berkembangnya bakteri resisten antibiotik. Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) dicurigai sebagai pusat penyebaran bakteri resisten antibiotik. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh IPAL Rumah Sakit Dr. Cipto Mangunkusumo terhadap resistensi E. coli pada antibiotik Meropenem, Ciprofloxacin, dan Cefixime dengan menggunakan metode Kirby Bauer. IPAL menggunakan lumpur aktif, filtrasi dengan media polistiren, dan klorinasi untuk mengolah air limbah rumah sakit tersebut.
Persen resistensi E. coli terhadap Meropenem, Ciprofloxacin, dan Cefixime adalah 6,25%; 62,13%; dan 62,87%. Di influen IPAL terdapat sebanyak 4.6x104 CFU E. coli, dengan persen resistensi Meropenem 3,8%; Ciprofloxacin 53,8%; dan Cefixime 56,3%; sementara efluen IPAL terdapat sebanyak 1.3x103 CFU E. coli dengan persen resistensi Meropenem 20%; Ciprofloxacin 60%; dan Cefixime 80%. Disimpulkan bahwa proses di IPAL RSCM meningkatkan jumlah bakteri resisten E. coli. Resisten terhadap Meropenem, yaitu antibiotik kelas Carbapenem yang biasa digunakan untuk melawan bakteri resisten, telah mulai berkembang.
ABSTRACT
The abasement uses of antibiotic have encouraged antibiotic resistant bacteria to develop. Wastewater treatment plant (WWTP) is believed to be the hotspot for the dissemination of antibiotic resistant bacteria. This research is conducted to know the effect of WWTP in Dr. Cipto Mangunkusumo hospital to the resistance profile of E. coli toward three antibiotics, Meropenem, Ciprofloxacin, and Cefixime using Kirby Bauer method. The WWTP apply activated sludge, polystyrene filtration, and chlorination treatment process to treat the hospital wastewater.
Overall, E. coli resistance against Meropenem, Ciprofloxacin, and Cefixime are 6,25%; 62,13%; dan 62,87%. respectively. Raw wastewater has 4.6x104 CFU E. coli, with resistance profile Meropenem 3.8%; Ciprofloxacin 53.8%; and Cefixime 56.3%; while treated wastewater has resistance profile Meropenem 20%; Ciprofloxacin 60%; and Cefixime 80% respectively for 1.3x103 CFU E. coli. WWTP in Dr. Cipto Mangunkusumo hospital has found to increase the percentage of antibiotic resistant E. coli. E. coli begins to resist Meropenem, the Carbapenem class antibiotic known for its effectiveness in dealing resistant antibiotic.
, The abasement uses of antibiotic have encouraged antibiotic resistant bacteria to develop. Wastewater treatment plant (WWTP) is believed to be the hotspot for the dissemination of antibiotic resistant bacteria. This research is conducted to know the effect of WWTP in Dr. Cipto Mangunkusumo hospital to the resistance profile of E. coli toward three antibiotics, Meropenem, Ciprofloxacin, and Cefixime using Kirby Bauer method. The WWTP apply activated sludge, polystyrene filtration, and chlorination treatment process to treat the hospital wastewater.
Overall, E. coli resistance against Meropenem, Ciprofloxacin, and Cefixime are 6,25%; 62,13%; dan 62,87%. respectively. Raw wastewater has 4.6x104 CFU E. coli, with resistance profile Meropenem 3.8%; Ciprofloxacin 53.8%; and Cefixime 56.3%; while treated wastewater has resistance profile Meropenem 20%; Ciprofloxacin 60%; and Cefixime 80% respectively for 1.3x103 CFU E. coli. WWTP in Dr. Cipto Mangunkusumo hospital has found to increase the percentage of antibiotic resistant E. coli. E. coli begins to resist Meropenem, the Carbapenem class antibiotic known for its effectiveness in dealing resistant antibiotic.
]"
Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2015
S61626
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rizky Abi Rachmadi
"Eschericia coli (E. coli) dianggap sebagai masalah di seluruh dunia terutama di negara-negara berkembang yang menyebabkan penyakit bawaan makanan, infeksi saluran kemih dan infeksi hematogen. Menambah masalah E. coli juga menjadi lebih resistan terhadap obat. Oleh karena itu pencarian alteratif sangat penting. Jamu tradisional, terutama di negara berkembang sering digunakan, salah satunya adalah biji pepaya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah biji pepaya memiliki efek antibakteri terhadap E. coli. Biji pepaya dikeringkan dan diolah menjadi ekstrak yang dilarutkan dalam etanol 96% untuk mendapatkan konsentrasi 33%, 22%, 16,5% dan 11%.
Desain penelitian yang digunakan adalah eksperimen laboratorium dengan menggunakan metode pengenceran untuk mendapatkan Minimum Inhibitory Concentration (MIC) dan Minimum Bactericidal Concentration (MBC). Hasil data dibandingkan dengan kelompok kontrol yang mana E. coli ditantang oleh Ciprofloxacin dari 3200 mikroliter / ml. Data yang dihasilkan bersifat semi kuantitatif dan diolah dengan analisis deskriptif. Dari hasil penelitian, ditemukan bahwa 16,5% ekstrak biji pepaya adalah MIC dan MBC terhadap E. coli. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa biji pepaya memiliki efek antibakteri terhadap E. coli.

Eschericia coli (E. coli) is considered a problem throughout the world, especially in developing countries that cause foodborne diseases, urinary tract infections and hematogenous infections. Adding to the problem of E. coli also becomes more resistant to drugs. Therefore alternative search is very important. Traditional herbal medicine, especially in developing countries is often used, one of which is papaya seeds. This study aims to determine whether papaya seeds have an antibacterial effect on E. coli. Papaya seeds are dried and processed into extracts dissolved in 96% ethanol to get concentrations of 33%, 22%, 16.5% and 11%.
The research design used was a laboratory experiment using a dilution method to obtain Minimum Inhibitory Concentration (MIC) and Minimum Bactericidal Concentration (MBC). The results of the data were compared with a control group in which E. coli was challenged by Ciprofloxacin of 3200 microliters / ml. The data generated is semi-quantitative and processed with descriptive analysis. From the results of the study, it was found that 16.5% papaya seed extract was MIC and MBC against E. coli. The conclusion of this study is that papaya seeds have an antibacterial effect on E. coli.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Valencia Jane
"ABSTRACT
Latar Belakang: Organisme yang memproduksi ESBL merupakan masalah kesehatan masyarakat di seluruh dunia. Salah satu organisme yang paling sering yang menghasilkan ESBL yaitu Escherichia coli E.coli . Bakteri yang memproduksi ESBL lebih resisten terhadap antibiotik dan mengakibatkan infeksi menjadi lebih sulit untuk diobati. Di Indonesia, tidak banyak data yang memadai mengenai prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL, terutama di Jakarta.Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk memberikan laporan terkini tentang munculnya E. coli yang memproduksi ESBL di Indonesia.Metode: Isolat E. coli diambil dari berbagai sampel klinis pasien yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik, Universitas Indonesia pada tahun 2009-2014. Jenis data isolat yang digunakan berupa data sekunder mengenai kerentanan E. coli terhadap beberapa antimikroba. Data dianalisis menggunakan SPSS versi 20 untuk melihat kemungkinan terdapatnya kenaikan atau penurunan prevalensi E. coli penghasil ESBL yang terjadi secara signifikan.Hasil: Dari total 471 isolat E. coli, 56 11.9 merupakan E. coli penghasil ESBL. Prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL menunjukkan kecenderungan menurun setiap tahun dari tahun 2009 sampai 2014, kecuali tahun 2012-2014, terdapat sedikit peningkatan. Namun secara statistik, penurunan atau kenaikan prevalensi tersebut, secara statistik tidak bermakna dengan p>0.05. Prevalensi E.coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014 berturut-turut 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , dan 8 .Kesimpulan:Terjadi penurunan prevalensi Escherichia coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014, namun hasilnya tidak signifikan secara statistik. Kata kunci: E. coli, Extended-spectrum beta-lactamases, Indonesia.

ABSTRACT
Background ESBL producing organism has been a public health concern in the entire world. One of the most prevalent organisms that produce ESBL is Escherichia coli E.coli . The production of ESBL has made bacteria to be more resistant to antibiotics and therefore make infections harder to treat. In Indonesia, there is not many adequate data regarding prevalence of ESBL producing E. coli, especially in Jakarta. The aim of this research is to provide an updated report about the emergence of ESBL producing E. coli in Indonesia.Method E. coli isolates are obtained from many clinical samples of patients obtained from Clinical Microbiology Laboratory, Universitas Indonesia from 2009 2014. The isolates data was obtained as a secondary data that has been tested for its antimicrobial susceptibility. The data was analyzed using SPSS version 20 to see whether the increase or decrease was statistically significant.Results From a total of 471 E. coli isolates, 56 11.9 are identified as ESBL producing E. coli. The prevalence of positive ESBL producing E. coli decreased each year from 2009 to 2014, except for 2012 to 2014 where there is a slight increase. However, the decrease or increase of the prevalence was not statistically different p 0,05 . This p value illustrated that the change in prevalence was not significant from year to year. The prevalence of ESBL producing E. colifrom 2009 to 2014 was 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , and 8 respectively.Conclusion There has been a decrease in the prevalence of ESBL producing Escherichia coli from 2009 2014. However, the result is statistically insignificant. "
2016
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Zakiyya Ikhsanita
"Porin OmpF merupakan Outer Membrane Protein (OMP) yang berperan dalam transport pasif berbagai senyawa dan sering diasosiasikan dengan sifat resistensi antibiotik. Gen ompF pengkode porin OmpF kerap dipelajari pada spesies Escherichia coli. Kejadian resistensi antibiotik bakteri seperti pada E. coli menjadi salah satu masalah utama dalam dunia kesehatan, sehingga studi mengenai gen ompF pada bakteri E. coli sangat penting dilakukan. Belum adanya laporan mengenai profil gen ompF pada E. coli resistensi di Indonesia menyebabkan perlunya dilakukan penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data karakteristik gen ompF yang mengkode porin OmpF pada isolat klinis E. coli serta kepekaannya terhadap antibiotik. Sebanyak 21 sampel E. coli resisten yang diinokulasi di Jakarta, Indonesia dikelompokkan menjadi 3 variabel fenotip. DNA isolat diekstraksi menggunakan kit ekstraksi QIAamp® DNA Mini Kit (50), lalu gen ompF diamplifikasi menggunakan primer spesifik dengan metode PCR konvensional dan dilanjutkan dengan sekuensing. Gen ompF isolat dibandingkan dengan gen ompF strain E. coli ATCC 25922 secara bioinformatik, meliputi mutasi serta pohon filogenetiknya. Diketahui bahwa hampir seluruh sampel E. coli patogen mengalami mutasi pada deret asam nukleat dimana sebagian besar mutasi yang terjadi merupakan silent mutation. Mutasi gen ompF tingkat asam amino terjadi pada nomor 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, dan 307. Namun mutasi-mutasi tersebut tidak mempengaruhi sifat fenotipik resistensi. Analisis pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa sampel dengan sifat fenotip yang sama tidak mengelompok menjadi clade yang sama secara garis evolusi.

Porin OmpF is an Outer Membrane Protein (OMP) that plays role in passive transport of various compounds and is often associated with antibiotic resistance. The ompF gene encoding the OmpF porin is frequently studied in Escherichia coli species. The incidence of bacterial antibiotic resistance like E. coli is one of the main problems in the world of health, so the study of the ompF gene in E. coli is very important. The absence of reports on the ompF gene profile in E. coli resistance in Indonesia has led to the need for this research. This study aims to obtain data on the characteristics of the ompF gene encoding the OmpF porin in clinical isolates of E. coli and its sensitivity to antibiotics. A total of 21 samples of E. coli inoculated in Jakarta, Indonesia were grouped into 3 phenotypic variables. The DNA then was extracted using the QIAamp® DNA Mini Kit (50) extraction kit, then the ompF gene was amplified using specific primers with conventional PCR method and proceeded to sequencing. The ompF gene of the isolates were compared with the ompF gene of the E. coli ATCC 25922 strain bioinformatically, including mutations and its phylogenetic tree. It is known that almost all samples of those E. coli have mutations in the nucleic acid sequences where most of theem are silent mutations. Amino acid level of ompF gene mutations occurred at numbers 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, and 307. However, these mutations did not affect the phenotypic characteristics of resistance. The phylogenetic tree analysis also showed that samples with the same phenotypic traits did not clustered into a same clade evolutionarily"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Tri Wijayanti Permatasari
"Latar Belakang: Antimicrobial Resistance (AMR) merupakan ancaman serius bidang kesehatan diseluruh dunia yang menjadi salah satu penyebab kematian. Patogen E. coli dan K. pneumoniae penyebab Infeksi Intra Abdominal (IAI) terbanyak dikhawatirkan memiliki resistan terhadap antibiotik aminoglikosida. Penggunaan antibiotik aminoglikosida (gentamisin dan amikasin) rutin dipakai sebagai terapi pasien IAI di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM). Pentingnya diketahuai data karakteristik resistan aminoglikosida pada E. coli dan K.pneumonia penyebab IAI di Indonesia sebagai panduan untuk mencegah penyebaran gen resistan antibiotik melalui penggunaan antibiotik yang bijak di komunitas dan lingkungan rumah sakit. Metode: Penelitian ini menggunakan desain potong lintang observasional analitik untuk mengetahui karakteristik fenotip dan genotip resistan aminoglikosida pada bakteri Escherichia coli dan Klebsiella pneumoniae sebagai patogen penyebab terbanyak IAI, dan pengaruhnya terhadap luaran klinis pembedahan digestif di RSCM. Sampel yang memenuhi kriteria inklusi yaitu semua isolat tersimpan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI dari pasien IAI yang dilakukan pembedahan di RSCM pada Januari tahun 2019 hingga Desember 2020 yang mendapat peretujuan penelitian dan memiliki berkas rekam medik. Penelitian ini akan dilakukan di LMK dan RSCM Jakarta pada tahun 2022-2023. Hasil Penelitian: Hasil studi dari 63 subjek penelitian didapatkan 79 isolat yang dianalisis. Teridentifikasi 57 isolat E. coli dan 22 isolat K. pneumoniae. Penelitian tersebut didapatkan E. coli resistan gentamisin 45,6% dan resistan amikasin 1,7% sedangkan K. pneumoniae resistan gentamisin 45,4% , resistan amikasin 27,3%. Prevalensi gen armA ditemukan lebih banyak pada isolat E. coli (3,9%) maupun K. pneumoniae (20%) peka amikasin . Luaran klinis pasien terinfeksi E. coli resistan aminoglikosida yang meninggal 14,81% sedangkan pasien terinfeksi K. pneumoniae resistan aminoglikosida yang meninggal 12,5%. Faktor risiko yang bermakna terhadap luaran klinis adalah usia (p = 0,003), dan tidak ada hubungan bermakna E. coli dan K. pneumoniae resistan aminoglikosida penyebab IAI terhadap luaran klinis pasien.

Background: Antimicrobial Resistance (AMR) is a serious threat to health worldwide and one of the leading causes of death. The pathogens E. coli and K. pneumoniae that cause most Intra Abdominal Infections (IAI) are feared to be resistant to aminoglycoside antibiotics. The use of aminoglycoside antibiotics (gentamicin and amikacin) is routinely used as therapy for IAI patients at Dr. Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM). It is important to know data on the characteristics of aminoglycoside-resistant E. coli and K. pneumoniae causing IAI in Indonesia as a guide to preventing the spread of antibiotic-resistant genes through the wise use of antibiotics in the community and hospital environment. Methods: This study used an analytic observational cross-sectional design to determine the phenotypic and genotypic characteristics of aminoglycoside resistance in E. coli and K. pneumoniae bacteria as the most causative pathogens of IAI, and its effect on clinical outcomes of digestive surgery in RSCM. Samples are those that meet the inclusion criteria, namely all isolates stored in the FKUI Clinical Microbiology Laboratory (LMK) from IAI patients who underwent surgery at RSCM from January 2019 to December 2020, who received research approval and had medical record files. This study will be conducted at LMK and RSCM Jakarta in 2022-2023. Research Results: The study results from 63 research subjects obtained 79 isolates analyzed identified 57 isolates of E. coli and 22 isolates of K. pneumoniae. The study obtained gentamicin-resistant E. coli at 45.6% and amikacin-resistant at 1.7% while K. pneumoniae at 45,4% gentamicin resistant amikacin-resistant at 27,3%. The prevalence of the armA gene was found to be higher in amikacin sensitive E. coli (3.9%) and K. pneumoniae (20%) isolates. Clinical outcomes of patients infected with aminoglycoside resistant E. coli caused 14.81% of patients to die while those infected with aminoglycoside resistant K. pneumonia caused 12.5% of patients to die. The significant risk factor for clinical outcomes was age (p = 0.003), and there was no significant association between aminoglycoside resistant E. coli and K. pneumoniae causing IAI with the clinical outcomes of patients."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2024
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Siregar, Salshabila Aurelia
"Keberadaan limbah antibiotik di berbagai sumber air menimbulkan bahaya lingkungan yang besar, karena limbah tersebut tetap utuh dan tahan terhadap dekomposisi, sehingga menimbulkan tantangan bagi ekosistem. Penelitian ini bertujuan untuk mengatasi masalah ini dengan berfokus pada penetapan muatan optimal g-C3N4 dalam komposit g-C3N4-TiO2. g-C3N4 diproduksi dari beberapa prekursor seperti melamin, disiandiamida, dan urea. Tujuan utama komposit baru ini adalah berfungsi sebagai fotokatalis yang sangat efisien untuk degradasi ciprofloksasin di bawah pengaruh pencahayaan yang berbeda. Fotokatalis yang dihasilkan akan dikarakterisasi secara menyeluruh menggunakan berbagai teknik termasuk XRD, UV-Vis DRS, SEM, dan FTIR. Degradasi ciprofloksasin akan dipantau secara cermat dengan mengumpulkan sampel larutan secara berkala dan melakukan analisis menyeluruh menggunakan spektrofotometri UV-Vis. Uji degradasi akan dilakukan menggunakan reaktor foto yang dibangun secara khusus, yang akan memanfaatkan iradiasi internal dari lampu UV 20 W dan lampu tampak 23 W. Metode yang digunakan untuk percobaan ini adalah kalsinasi untuk sintesis g-C3N4, dan impregnasi untuk pencampuran komposit. Setelah melakukan percobaan, jenis komposit yang paling efektif ditemukan yaitu (5)U-CN- TiO2, dengan laju degradasi 82%, yaitu 29% lebih besar dari TiO2 murni di bawah Iradiasi sinar UV dan laju degradasi 31%, yaitu 15% lebih besar dari TiO2 murni di bawah cahaya tampak. Oleh karena itu, penambahan g-C3N4 ke TiO2 dapat meningkatkan laju degradasi fotokatalitik.

The presence of antibiotic waste in different water sources poses a substantial environmental hazard, as it remains intact and resistant to decomposition, hence posing a challenge to the ecosystem. This study aims to address this problem by focusing on establishing the optimal loading of g-C3N4 within g-C3N4-TiO2 composite. The g-C3N4 is produced from several precursors such as melamine, dicyandiamide, and urea. The primary objective of these new composites is to function as exceptionally efficient photocatalysts for the degradation of ciprofloxacin under the influence of different lighting. The generated photocatalysts will be thoroughly characterized using a range of techniques including XRD, UV-Vis DRS, SEM, and FTIR. The degradation of ciprofloxacin will be carefully monitored by periodically collecting samples of the solution and doing thorough analysis using UV-Vis spectrophotometry. The degradation trials will be carried out using a specifically built photo reactor, which will utilize internal irradiation from a 20 W UV light and 23 W visible light. The methods used for this experiment were calcination for the synthesis of g-C3N4, and impregnation for mixing the composite. After conducting the experiment, the most effective type of composite was discovered to be (5)U-CN-TiO2, with a degradation rate of 82%, which is 29% greater than pure TiO2 under UV light Irradiation and 31% degradation rate, which is 15% greater than purê TiO2 under visible light. Therefore, the addition of g-C3N4 to TiO2 can increase the photocatalytic degradation rate."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Lany Stevina
"Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPeC) merupakan bakteri dengan presentase sekitar 17% - 37% dari total bakteri yang diisolasi dari pasien dengan Bloodstream Infection (BSI) secara global. Kemampuan bakteri ini dalam mengembangkan resistensi terhadap antibiotik menyebabkan masalah serius. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keterkaitan antara profil fenotipik dan genotipik pada isolat Escherichia coli (E. coli) penyebab BSI. Isolasi bakteri E. coli penyebab BSI dan isolasi DNA dilakukan pada 11 isolat tersimpan asal LMK FKUI dan 2 isolat asal BB Binomika, Jakarta. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan Vitek 2 compact untuk analisis profil fenotipik dan juga menggunakan metode Whole Genome Sequencing (WGS) untuk mengkarakterisasi seacra genotipik bakteri E. coli. Berdasarkan data fenotipik yang diperoleh menggunakan VITEK-2, resistensi tertinggi isolat dalam penelitian ini secara berturut-turut terdapat pada antibiotik ampisilin (53,8%), siprofloksasin (46,2%), dan seftriakson (38,5%). Identifikasi gen resistensi untuk ampisilin, seftriakson, dan siprofloksasin juga telah berhasil diidentifikasi melaui teknik WGS. Beberapa gen yang dikaitkan dengan resistensi terhadap ampisilin adalah blaTEM 1-B dan variannya seperti blaTEM-116, blaTEM-141, dan blaTEM-206. Gen blaTEM-1B merupakan gen yang mendominasi pada mekanisme resistensi betalaktam (30,76%), diikuti oleh gen blaCTX-M-55 (15,35%). Sedangkan mekanisme resistensi pada fluorokuinolon banyak dimediasi oleh adanya mutasi pada target antibiotik, seperti mutasi pada gyrA, parC, dan AcrAB-TolC. Isolat selanjutnya dikelompokkan menggunakan skema Achtman dalam 12 ST yang berbeda yaitu ST73, 117, 10, 410, 83, 169, 95, 1844, 101, 457, 744 dan ST 127. Terdapat kesesuaian antara resistensi fenotipik dan resistensi genotipik terhadap antibiotik betalaktam pada isolat E. coli yang diteliti, dimana gen resistensi terdeteksi pada seluruh isolat yang resisten betalaktam secara fenotipik.

Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) accounts for approximately 17% - 37% of the total bacteria isolated from patients with bloodstream infections (BSI) globally. The ability of these bacteria to develop resistance to antibiotics poses serious problems. This study aims to analyze the relationship between phenotypic and genotypic profiles in Escherichia coli (E. coli) isolates causing BSI. Isolation of E. coli causing BSI and DNA isolation were carried out on 11 stored isolates from LMK FKUI and 2 isolates from BB Binomika, Jakarta. This study was conducted using the Vitek 2 compact system for phenotypic profile analysis and the Whole Genome Sequencing (WGS) method to characterize the genotypic profiles of E. coli. Based on the phenotypic data obtained using VITEK-2, the highest resistance among isolates in this study was observed for ampicillin (53.8%), ciprofloxacin (46.2%), and ceftriaxone (38.5%). Resistance genes for ampicillin, ceftriaxone, and ciprofloxacin were successfully identified through the WGS technique. Some of the genes associated with resistance to ampicillin include blaTEM-1B and its variants such as blaTEM-116, blaTEM-141, and blaTEM-206. The blaTEM-1B gene is predominant in the betalactam resistance mechanism (30.76%), followed by the blaCTX-M-55 gene (15.35%). Resistance to fluoroquinolones is primarily mediated by mutations in antibiotic targets, such as mutations in gyrA, parC, and AcrAB-TolC. Isolates were further grouped using the Achtman scheme into 12 different STs, including ST73, 117, 10, 410, 83, 169, 95, 1844, 101, 457, 744, and ST127. There was concordance between phenotypic resistance and genotypic resistance to betalactam antibiotics in the E. coli isolates studied, where resistance genes were detected in all isolates that were phenotypically betalactam-resistant."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2024
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Faiza Ramadhina Kuncara
"Fotokatalis (M = Ni, Cu, Zn)/TiO2/g-C3N4 disiapkan menggunakan metode wet impregnation dengan memvariasikan konsentrasi setiap jenis logamnya. Variasi jenis logam dan komposisinya dipelajari untuk melihat pengaruhnya terhadap degradasi limbah farmasi antibiotik, Ciprofloksasin. Analisis karakterisasi katalis dan produk dilakukan dengan UV-Vis, UV-Vis Diffuse Reflectance Spectroscopy (UV-Vis DRS), dan Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR). Dari hasil karakterisasi didapatkan nilai band gap terkecil sebesar 2.4 eV pada katalis (2) Zn/TiO2/g-C3N4. Uji degradasi Ciprofloksasin dilakukan di dalam fotoreaktor dengan penyinaran internal menggunakan lampu UV 20 Watt. Hasil degradasi dengan kalsinasi gas nitrogen pada variasi logam nikel terbaik sebesar 17% pada katalis (2) Ni/TiO2/g-C3N4, variasi logam tembaga terbaik sebesar 26% pada katalis (4) Cu/TiO2/g-C3N4, dan variasi logam seng terbaik sebesar 28% pada katalis (2) Zn/TiO2/g-C3N4.

Photocatalysts (M = Ni, Cu, Zn)/ TiO2/g-C3N4 were prepared using wet impregnation method by varying the concentration of each metal type. The variation of metal type and its composition was studied to see its effect on the degradation of pharmaceutical waste antibiotic, Ciprofloxacin. Characterization analysis of the catalyst and product was carried out by UV-Vis, UV-Vis Diffuse Reflectance Spectroscopy (UV-Vis DRS), and Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR). From the characterization results, the smallest band gap value of 2.4 eV was obtained on (2) Zn/TiO2/g-C3N4 catalyst. Ciprofloxacin degradation test was conducted in a photoreactor with internal irradiation using a 20 Watt UV lamp. The degradation results with nitrogen gas calcination on the best nickel metal variation was 17% on (2) Ni/TiO2/g-C3N4 catalyst, the best copper metal variation was 26% on (4) Cu/TiO2/g-C3N4 catalyst, and the best iron metal variation was 28% on (2) Zn/TiO2/g-C3N4 catalyst."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>