Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang : Keganasan kolorektal (KKR) adalah suatu penyakit yang dinamis dan heterogen sehingga untuk mengetahui perangai biologinya membutuhkan identifikasi mutasi gen. KKR melibatkan banyak variasi mutasi gen dan profilnya berbeda-beda antarindividu sehingga penting diketahui pada populasi spesifik. Indonesia hingga kini belum memiliki profil mutasi gen penderita keganasan kolorektal. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan profil mutasi gen yang paling sering terlibat yaitu APC, TP53, PIK3CA, KRAS, dan MLH1 pada penderita KKR di 3 rumah sakit Jakarta. Metode : Penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang dilakukan pada penderita KKR yang diberikan terapi bedah dan/atau neoadjuvan dan/atau adjuvan di RSCM, RSKJ, dan MRCCC tahun 2017-2018. Analisis DNA dilakukan dengan menggunakan next-generation sequencing dan disesuaikan dengan GRCh38. Varian patogenik diidentifikasi berdasarkan klasifikasi ACMG dan skor FATHMM. Data klinis dikumpulkan dari rekam medik. Hasil : Terdapat 22 total subjek dengan mutasi patogenik gen APC, TP53, dan PIK3CA yang terjadi 100%, KRAS 64%, dan MLH1 45%. Terjadi 5 jenis mutasi pada kelima gen tersebut yaitu nonsense, missense, frameshift, splice-site, dan silent. Terdapat 4 kelompok co-occurring mutation yang memiliki presentasi klinis berbeda, yaitu APC, TP53, dan PIK3CA (Triple Mutation/TM), TM+KRAS, TM+MLH1, TM+KRAS+MLH1. Kesimpulan : Populasi Indonesia, yang terdiri dari berbagai etnik dengan beragam pola makan dan gaya hidup, memiliki profil mutasi patogenik yang unik dibandingkan negara lain dengan presentasi klinis yang didominasi oleh stadium lokal lanjut dengan luaran dan sintasan yang bervariasi.

---

Background : Knowing colorectal cancer’s heterogeneity and dynamic features, recognizing its biological behaviour requires detailed identification of mutated genes involved. Colorectal cancer (CRC) requires several mutated genes to occur and those are dissimilar in each person hence essential to be discovered in specific population. Until recently, there is now known study describing genomic landscape of CRC in Indonesian population. This study aims to describe profile of pathogenic mutation of APC, TP53, PIK3CA, KRAS, and MLH1 in CRC patients treated at 3 different hospitals in Jakarta. Methods : This is a descriptive study conducted on CRC patients who underwent neoadjuvant, surgical, and adjuvant therapy at RSCM, RSKJ, and MRCCC in 2017-2018. DNA analysis was performed using next-generation sequencing and aligned against GRCh38. Pathogenic variant was identified using ACMG classification and FATHMM score. Data related to behaviour and survival were collected from medical records Results : There were total 22 subjects in which APC, TP53, and PIKCA were mutated. KRAS mutation occurred in 64%, while MLH1 in 45%. Five types of mutation were identified, including nonsense, missense, frameshift, splice-site, and silent mutation. There are 4 groups of co-occurring mutations, which are APC, TP53, PIK3CA (triple mutation/TM) alone; TM+KRAS; TM+MLH1; and TM+KRAS+MLH1, presenting different nature and survival. Conclusion : Indonesia having various ethnicities with diverse diet and lifestyle has distinct profile of pathogenic mutation presenting mostly with locally-advanced stage with various outcome and survival rate."

"ABSTRAKKanker kolorektal KKR dianggap sebagai masalah kesehatan utama, salah satu jenis kanker yang paling sering terjadi serta penyebab kematian kedua terbesar di negara barat dan di Indonesia. Adenokarsinoma kolorektal serrated AKS merupakan salah satu tipe dari KKR. Salah satu jalur karsinogenesis kolorektal adalah jalur serrated yang diketahui melibatkan mutasi gen KRAS. Penanda tumor lain yang juga terlibat dalam proses karsinogenesis adalah P53 dan Bcl-2. Gambaran histomorfologik yang ditemukan oleh Tuppurainen dkk. saat ini digunakan sebagai penanda AKS. Terbatasnya sarana laboratorium patologi molekular di Indonesia, menekankan pentingnya membuat model skoring gambaran histomorfologik AKS dan atau ekspresi protein P53 serta Bcl-2 untuk memprediksi mutasi KRAS.Penelitian potong lintang terhadap 39 kasus AKS didapatkan dari Arsip Departemen Patologi Anatomik FKUI/RSCM selama tahun 2013 ndash;2015. Setiap kasus dikumpulkan data klinisnya, dan dinilai ulang karakteristik histomorfologik dan penanda tumor Bcl2 dan P53 , serta dilakukan pemeriksaan status KRAS. Penelitian histomorfologik dilakukan per kasus dan per contoh yaitu terhadap 100 kelenjar/kasus.Pada penelitian ini, kasus AKS ditemukan paling banyak pada laki-laki 51,3 , usia ge; 40 tahun 71,8 , lokasi di kolon kiri 84,6 , tidak memiliki metastasis 92,3 , status mutasi KRAS 71,8 . Ekspresi protein P53 didapatkan pada 69,2 dan protein Bcl-2 51,3 , tidak didapatkan hubungan bermakna ekspresi protein tersebut dengan status KRAS. Gambaran histomorfologik status KRAS didapatkan hubungan pada epitel serrated, lokasi inti sel, kondisi inti, sitoplasma dan musin. Odds ratio tertinggi ditemukan pada epitel serrated OR 2,7; IK 95 2,30 ndash;3,07 dan musin OR 2,0; IK 95 , 1,15 ndash;3,65 . Berdasarkan uji statistik didapatkan model nilai skoring yang terdiri dari epitel serrated, keadaan lokasi inti, kondisi inti dan adanya musin CI 95 antara 61 ndash;65 . Nilai sensitivitas dan spesifisitas berdasarkan nilai titik potong pada angka 16 sensitivitasnya sebesar 72 dan spesifisitasnya sebesar 48 .Simpulan: Didapatkan model sistem skor dengan titik potong 16 untuk memprediksi adanya mutasi KRAS berdasarkan, epitel serrated, lokasi inti sel, kondisi inti, dan adanya musin.Kata kunci: Adenokarsinoma kolorektal serrated, Bcl-2, jalur serrated, Kanker kolorektal, mutasi KRAS, P53

---

ABSTRACTColorectal cancer CRC is considered as major health problem, one type of cancer that most often occurs as well as the second largest cause of death in western countries and in Indonesia. Serrated colorectal adenocarcinoma SA is one type of CRC. One of colorectal carcinogenesis pathway is serrated pathway that known to involve KRAS gene mutation. Other tumor markers that also involved in the process of its carcinogenesis were P53 and Bcl 2. Histomorphological criteria found by Tuppurainen et al currently used as marker of SA. Limited facilities of molecular pathology laboratory in Indonesia emphasize the needs of making scoring model by using histomorphological features of SA and or P53 and Bcl 2 protein expression to predict KRAS mutation.A cross sectional study conducted to 39 cases of SA registered in Departement of Anatomical Pathology FMUI Ciptomangunkusumo Hospital from 2013 ndash 2015. All clinical data related to the cases were collected. Each case was reevaluated based on Tuppurainen histomorphological criteria, tumor markers Bcl 2 and P53 , and KRAS status. Histomorphological examination is conducted per case and per instance to 100 nodes case.Present study showed that most cases of SA was found in male 51.3 , aged ge 40 years 71.8 , located in left colon 84.6 , did not have metastasis 92.3 , with KRAS mutation status 71.8 . P53 and Bcl 2 protein expressions were found in 69.2 and 51.3 respectively, with no significant association with KRAS status. Histomorphological features of KRAS status found in epithelial serration, nucleus location, nucleus condition, cytoplasm and mucin. Epithelial serration has the highest odds ratio OR 2.7 IK 95 2.30 ndash 3.07 followed by mucin OR 2.0 IK 95 , 1.15 ndash 3.65 . Statistical values showed scoring models consisted of epithelial serrations, nucleus location, nucleus condition and presence of mucin CI 95 between 61 ndash 65 . The sensitivity and specificity cut off point located on the number 16, with sensitivity value was 72 and specificity 48 .Conclusion A scoring system model yielded 16 as cut off score was obtained to predict KRAS mutations based on epithelial serrations, nucleus location, nucleus condition and presence of mucin.Keywords Bcl2, Colorectal cancer, colorectal serrated adenocarcinoma, KRAS mutation, P53, serrated pathway"

"Pendahuluan . Kanker kolorektal merupakan salah satu jenis kanker yang umum di dunia, dengan 1,9 juta kasus baru dan 935.173 kematian pada tahun 2020. Meskipun terdapat kemajuan dalam pengobatan, 30–50% pasien kanker kolorektal mengalami kekambuhan dalam lima tahun pertama. Mutasi genetik seperti KRAS dan ketidakseimbangan imun, yang tercermin dari rasio neutrofil terhadap limfosit (NLR), memiliki potensi sebagai prediktor utama. Penelitian ini mengeksplorasi peran mutasi KRAS dan NLR dalam kekambuhan pada pasien kanker kolorektal stadium I–III.Metode. Penelitian kohort retrospektif menggunakan data sekunder dari rekam medis pasien kanker kolorektal di Rumah Sakit Siloam Kebon Jeruk, Jakarta (2019–2024). Kriteria inklusi meliputi pasien berusia >18 tahun dengan kanker kolorektal stadium I–III yang telah diuji untuk mutasi KRAS dan pengukuran NLR preoperatif. Perbandingan dilakukan berdasarkan status mutasi KRAS dan tingkat NLR. Uji chi-square digunakan untuk menilai hubungan antara mutasi KRAS, NLR, dan kekambuhan, dengan signifikansi ditetapkan pada p < 0,05.Hasil. Sebanyak 80 pasien dimasukkan dalam penelitian ini, dengan 28,8% mengalami kekambuhan. Rerata NLR lebih tinggi pada kelompok dengan kekambuhan (8,35 ± 10,05) dibandingkan dengan kelompok tanpa kekambuhan (4,93 ± 4,24; p = 0,042). Mutasi KRAS terdeteksi pada 36,3% pasien, namun tidak ditemukan hubungan signifikan dengan kekambuhan (RR = 0,77, 95% CI 0,36–1,65, p = 0,492). NLR tinggi (≥6,6) secara signifikan berhubungan dengan peningkatan risiko kekambuhan (RR = 2,03, 95% CI 1,05–3,93, p = 0,042). Kombinasi mutasi KRAS dan NLR tinggi tidak menunjukkan nilai prediktif yang signifikan terhadap kekambuhan (RR = 1,56, 95% CI 0,62–3,98, p = 0,404).Kesimpulan. Mutasi KRAS tidak berhubungan dengan kekambuhan pada pasien kanker kolorektal. Namun, NLR tinggi secara signifikan meningkatkan risiko kekambuhan. Kombinasi status mutasi KRAS dan NLR tidak memberikan nilai prediktif tambahan. NLR menunjukkan potensi sebagai biomarker untuk stratifikasi risiko kekambuhan dan pengoptimalan strategi surveilans.

---

Introduction . Colorectal cancer (CRC) remains a prevalent global cancer, with 1.9 million cases and 935,173 deaths in 2020. Despite treatment advances, 30–50% of CRC patients experience recurrence within five years. Genetic mutations like KRAS and immune imbalances, indicated by neutrophil-to-lymphocyte ratio (NLR), are key predictors. This study explores the roles of KRAS mutations and NLR in recurrence among stage I–III CRC patients.

Method. A retrospective cohort study used secondary data from CRC patient records at Siloam Kebon Jeruk Hospital, Jakarta (2019–2024). Patients aged >18 years with stage I–III CRC and tested for KRAS mutations, and preoperative NLR levels were included. Groups were compared based on KRAS mutation status and NLR levels. Statistical analysis using chi-square tests assessed associations between KRAS mutations, NLR, and recurrence, with significance set at p < 0.05.

Results. A total of 80 patients were included in the study, with 28.8% experiencing recurrence. The mean NLR was higher in the recurrence group (8.35 ± 10.05) compared to the non-recurrence group (4.93 ± 4.24; p = 0.042). KRAS mutations were detected in 36.3% of patients, but no significant association with recurrence was found (RR = 0.77, 95% CI 0.36–1.65, p = 0.492). High NLR (≥6.6) was significantly associated with a higher risk of recurrence (RR = 2.03, 95% CI 1.05–3.93, p = 0.042). The combination of KRAS mutations and high NLR showed no significant predictive value for recurrence (RR = 1.56, 95% CI 0.62–3.98, p = 0.404).

Conclusion. KRAS mutations were not linked to recurrence in colorectal cancer patients. However, high NLR significantly increased recurrence risk. The combination of KRAS mutation status and NLR provided no added predictive value. NLR shows potential as a biomarker for recurrence risk stratification and improving surveillance strategies."

"Kanker kolorektal adalah salah satu kanker dengan prevalensi yang cukup tinggi di dunia. Protein KRAS adalah salah satu protein yang berada di jalur persinyalan epithelial growth factor receptor EGFR dan status mutasinya disarankan untuk diperiksa pada pasien karsinoma kolorektal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui proporsi mutasi KRAS dari sampel feses pasien tersangka keganasan kolorektal menggunakan nested-allele specific primer dan amplifikasi COLD-PCR, dan mengetahui peran diagnostik status mutasi tersebut dibandingkan dengan gambaran histopatologik sebagai baku emas. Proporsi mutasi KRAS fekal dengan protokol yang sudah ditetapkan sebesar 45. Tidak terdapat hubungan bermakna antara status mutasi KRAS dengan gambaran histopatologik p > 0,05. Dari uji diagnostik didapatkan sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi positif, dan nilai prediksi negatif adalah 46,9, 55,9, 33,3, dan 69,1 sehingga tidak disarankan untuk menggunakan status mutasi KRAS fekal secara tunggal sebagai uji penapisan maupun konfirmasi.

---

Colorectal cancer has high prevalence worldwide. KRAS is one protein involved in epithelial growth factor receptor EGFR and its mutational status recommended to be determined on colorectal cancer patients. This study aims to find out proportion of fecal KRAS mutation on suspected colorectal cancer patients with nested allele specific primer and COLD PCR amplification, and to establish its diagnostic role with histopathologic findings as a gold standard. Proportion of fecal KRAS mutation with the assigned protocol was 45. There is no significant correlation between mutation status and histopathologic findings p 0,05. Sensitivity, specificity, positive prediction value, and negative prediction value results were 46,9, 55,9, 33,3, and 69,1 respectively. It is not recommended to use fecal KRAS mutation status as a single parameter in screening or confirmatory test."

"

Gen mismatch repair (MMR) merupakan gen yang berperan dalam mekanisme DNA repair. Gen MMR dapat memperbaiki kesalahan pasangan basa, perubahan nukleotida dan kesalahan dalam unit pengulangan pasangan basa (microsatellites) selama proses replikasi DNA. Mutasi pada MMR yang umum terjadi pada gen MLH1 dan MSH2 memiliki asosiasi dengan terjadinya Lynch Syndrome pada pasien kanker kolon. Lynch Syndrome (LS) atau Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) merupakan sindrom kanker kolon herediter yang paling umum diwariskan. LS dapat ditandai dengan mutasi gen MLH1 dan MSH2 berupa delesi dan duplikasi large genomic. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) merupakan teknik kuantifikasi berbasis PCR yang dapat digunakan untuk mendeteksi perubahan copy number variant pada large genomic. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada kanker kolon dengan teknik Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA). Sebanyak 25 sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon yang dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais dikoleksi dari tahun 2018-2019. Mutasi gen MLH1 dan MSH diidentifikasi pada sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon dengan teknik MLPA menggunakan Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). Penelitian ini berhasil melakukan optimalisasi penggunaan teknik MLPA dengan terpenuhinya kualitas fragmen kontrol MLPA, kualitas fragment analysis, dan comparative analysis pada perangkat lunak Coffalayser.Net. Hasil screening pada 25 sampel menunjukkan tidak ditemukan adanya pola mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada sampel yang mengindikasikan tidak terjadinya Lynch Syndrome dan kanker kolon yang terjadi bersifat sporadis.

---

Mismatch repair genes (MMR) plays a role in the mechanism of DNA repair. The MMR genes correct base pair errors, nucleotide changes, and errors in base pair repeating units (microsatellites) during DNA replication. Mutations in MMR are common in MLH1 and MSH2 genes that have an association with the occurrence of Lynch Syndrome in colon cancer. Lynch Syndrome or Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) is the most common inherited hereditary colon cancer syndrome. LS is characterized by MLH1 and MSH2 gene mutations in the form of large genomic deletions and duplication. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) is a PCRbased quantification technique that can detect changes in copy number variants in large genomics. The aim of the study was to identify MLH1 and MSH2 gene mutations in colon cancer with Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) technique. Twenty-five blood samples of patients diagnosed with colon cancer were collected in Dharmais Cancer Hospital collected in 2018-2019, retrospectively. Mutations in MLH1 and MSH2 genes were identified in blood samples of patients diagnosed with colon cancer by the MLPA technique using Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). This study succeeded in optimizing the use of MLPA technique by fulfilling the fragments quality control of MLPA, the quality of fragment analysis, and comparative analysis in Coffalayser.Net software. The results of 25 samples screening showed no pattern of MLH1 and MSH2 gene mutations in the sample. This data indicated that there was no Lynch Syndrome and the colon cancer was sporadic.

"

"Kanker kolorektal merupakan salah satu kanker yang paling umum terjadi di Indonesia. Mutasi gen KRAS banyak terjadi pada kanker kolorektal dan diduga berkaitan dengan berkembangnya kanker tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis mutasi gen KRAS pada ekson 2 kodon 12 dan 13 pada spesimen jaringan kanker kolorektal menggunakan metode Sanger sequencing. Sampel jaringan segar dari 50 pasien di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang sudah terkonfirmasi kanker kolorektal oleh dokter patologi anatomi dikumpulkan di Laboratorium Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel dikoleksi dari tahun 2018-2020. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi titik pada ekson 2 kodon 12 (9) dan kodon 13 (4). Mutasi pada kodon 12 ditemukan 2 jenis yaitu GGT>GAT dan GGT>GCT. Mutasi pada kodon 13 ditemukan 2 jenis yaitu GGC>GAC dan GGC>GCC. Berdasarkan hasil yang didapatkan, dapat disimpulkan bahwa terdapat 4 jenis mutasi yang ditemukan pada penelitian ini

---

Colorectal cancer is one of the most occurred cancers in Indonesia. KRAS gene mutation often occurred in colorectal cancer and has been presumed to be related to development of this cancer. The aim of this study is to discover the mutation types of the KRAS gene exon 2 codon 12 and 13 in colorectal cancer tissue specimens in Dharmais Cancer Hospital. The fresh tissue from fifty patients in Dharmais Cancer Hospital confirmed colorectal cancer by pathology anatomy doctor were collected in Biobank Laboratory Dharmais Cancer Hospital. KRAS gene mutations were analyzed from fresh tissue using the Sanger Sequencing method. The result shows that 13 samples detected positive on KRAS gene mutation on exon 2 codon 12 (9) and codon 13 (4). Two types of KRAS gene mutation detected in codon 12 are GGT>GAT and GGT>GCT. Two types of KRAS gene mutation also detected in codon 13 are GGC>GAC and GGC>GCC. The conclusion of this study is four types of mutation has been discovered in this study."

"ABSTRAKAdenocarcinoma paru merupakan salah satu jenis kanker paru yang sering ditemukan pada pasien. Pada pasien yang mengalami berupa efusi pleura dapat memperburuk prognosis dan mempersulit terapi pasien. Deteksi mutasi genetik penyebab timbulnya sel kanker dapat membantu menentukan terapi yang tepat bagi pasien dengan prognosis yang lebih baik. Metodi genotyping saat ini telah banyak dikembangkan dalam menentukan biormarker sel kanker, salah satunya adalah teknik RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism . Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi adanya salah satu mutasi gen yaitu KRAS kodon 12 dan kodon 13 dengan metode RFLP yang relatif lebih sederhana dibanding metode lainnya. Partisipan pada penelitian potong lintang cross section adalah pasien adenocarcinoma paru stage 4 dengan komplikasi efusi pleura. Rentang usia partisipan adalah 28-71 tahun. Sampel yang digunakan pada studi ini berjumlah 28 dan berasal dari efusi pleura yang disimpan pada kertas saring. Hasilnya tidak ditemukan adanya mutasi KRAS kodon 12 dan kodon 13 pada seluruh sampel 0/28 .

---

ABSTRACTPulmonary adenocarcinoma is one type of lung cancer that is often found in patients. In patients experiencing pleural effusion may aggravate prognosis and complicate patient therapy. Detection of genetic mutations causing cancer cells can help determine the right therapy for patients with a better prognosis. A current genotyping methodology has been widely developed in determining cancer cell biomarkers, one of which is the RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism technique . This study aims to detect the presence of one of the gene mutations KRAS codon 12 and codon 13 with RFLP method is relatively more simple than other methods. Participants in cross sectional study were stage 4 adenocarcinoma patients with complications of pleural effusion. The age range of participants is 28 71 years. The sample used in this study amounted to 28 and came from pleural effusions stored on filter paper. The result was no mutation of KRAS codon 12 and codon 13 on all samples 0 28 ."

"Telah dilakukan penelitian untuk deteksi gen PIK3CA ekson 9 dengan pendekatan dua metode PCR dan membandingkan dua metode tersebut, agar menghindari deteksi positif palsu akibat keberadaan pseudogene pada kanker payudara. Sepuluh DNA genomik digunakan pada penelitian ini. Dua pasang primer digunakan untuk metode PCR standar dan Nested PCR untuk deteksi gen PIK3CA ekson 9 dengan ukuran produk PCR adalah 200 bp dan 400 bp diikuti dengan metode DNA sequencing. Optimasi dilakukan untuk menentukan suhu annealing PCR standard dan Nested PCR, serta jumlah siklus yang digunakan pada 1st nested PCR 15 siklus dan 25 siklus. Hasil penelitian menunjukkan PCR standar set primer I dan II bekerja dengan suhu annealing optimum 60,7oC, diinterferensi oleh pseudogene dengan tingkat spesifisitas untuk masing-masingnya sebesar 20 dan 30. Nested PCR dengan kondisi optimum suhu annealing untuk pertama 55oC, suhu annealing kedua 60,7oC dengan 15x siklus PCR berhasil 100 dapat mendeteksi gen PIK3CA. Sampel mengandung satu mutasi substitutsi pada basa 545 ekson 9, mengindikasikan perubahan asam amino dari asam glutamat E ke lisin K. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pseudogene terdapat pada kanker payudara. Metode Nested PCR spesifik digunakan untuk studi genotyping gen PIK3CA ekson 9.

---

The aim of study is to detect of exon 9 PIK3CA gene with two PCR methods approach and comparing two methods, to avoid detection of false positives effect pseudogene exist in breast cancer. Ten genomics DNA were used in this experiment. Two pairs of primer Standard PCR and Nested PCR method used to detection of exon 9 PIK3CA genes with the size of PCR products is 200 bp and 400 bp followed with DNA sequencing method. Optimization was done to determine of annealing temperature of Standard PCR and Nested PCR, as well as the number of cycles used in the 1st nested PCR 15 cycles and 25 cycles.

The result of research was standard PCR using each primer pairs I and II with optimum annealing temperature 60,7oC, had interference by pseudogene with the degree of specificity for each them was 20 and 30. Nested PCR with optimum condition annealing temperature for the first round at 55oC, annealing temperature for the second round at 60,7oC with 15x PCR cycles 100 succeed to detect the true PIK3CA gene. Samples contain one substitution mutation at position 545 of exon 9, indicating amino acid changing from glutamate acid E to lysin K. The result was, pseudogene also exists in breast cancer. Nested PCR methods specifically used for genotyping studies exon 9 of PIK3CA gene. "

"Kanker kolorektal adalah penyakit neoplasma ganas yang tumbuh dan berkembang pada saluran usus besar dan atau rektum. Terapi anti EGFR menggunakan agen biologis antibodi monoklonal cetuximab dan panitumumab diketahui memberikan tingkat penyembuhan yang baik pada pasien kanker kolorektal. Pasien dengan mutasi pada gen NRAS dan KRAS cenderung resisten terhadap terapi anti EGFR, sehingga penting dilakukan pemeriksaan kedua gen tersebut sebelum pemberian terapi. Pemeriksaan gen NRAS belum tersedia di Indonesia karena minimnya data mengenai mutasi gen tersebut pada populasi Indonesia. Penelitian dilakukan untuk mengetahui profil mutasi pasien gen NRAS pada 58 sampel pasien kanker kolorektal di Jakarta. Pemeriksaan mutasi dilakukan pada exon 2(codon 12 & 13) dan exon 3 (codon 61) gen NRAS menggunakan metode sekuensing. Analisis elektroferogram sekuensing menunjukan mutasi gen NRAS ditemukan pada 6,9% (n=58) sampel uji. Hasil uji statistik fischer exact test dua arah menunjukan tidak adanya asosiasi mutasi gen dengan kelompok usia pasien dan jenis kelamin. Gen NRAS ditemukan termutasi pada codon 12 (1,7 %) dan codon 61 (5.2%). Tidak ditemukan adanya mutasi pada codon 13 gen NRAS.

---

Colorectal cancer is a neoplasm disease that arise in inner lining of colon or rectum. Anti EGFR therapy such as cetuximab and panitumumab were widely used to suppress metastases colorectal cancer in patient and decided as gold standard therapy. Mutation either KRAS or NRAS gene will reduced effectifity of anti EGFR therapy, hence genotyping of KRAS and NRAS gene must be executed before. NRAS genotyping test not yet available in Indonesia due to lack of information about this gene. This study was subjected to understanding profile of NRAS gene mutation in Jakartans colorectal cancer patient. Mutation screening was perform by sequencing method, notably exon 2 (codon 12&13) and exon 3 (codon 61). Electropherograms analysis shows that NRAS mutation found in 6,9% samples (n=58). NRAS mutation found in codon 12 (1,7%), codon 61 (5,2%), and there was no mutation found in codon 13. Fischer exact test statistical analysis summarized that there was no significant association of NRAS mutation with both sex and age."

"Tujuan: Mengetahui pengaruh mutasi patogenik BRCA1/2 tumor terhadap kesintasan pasien advanced stage-high grade serous epithelial ovarian cancer di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo, RSUP Persahabatan, dan RS MRCCC Siloam Jakarta.Metode: Sejumlah 68 sampel dari 144 pasien diagnosis high-grade serous epithelial ovarian cancer (HGSOC) stadium FIGO IIB-IV, periode 1 Januari 2015 sampai 31 Maret 2021, di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo, RSUP Persahabatan, dan RS MRCCC Siloam Jakarta, menjalani pemeriksaan NGS mutasi patogenik BRCA1/2 tumor, dilibatkan dalam penelitian kohort historikal ini. Kami membandingkan karakteristik klinikopatologis pasien, dan hasil luaran kesintasan, setelah pasien menjalani tatalaksana primer, berdasarkan status mutasi patogenik BRCA1/2 tumor. Faktor terkait tatalaksana, yang diperkirakan berpengaruh terhadap hasil luaran kesintasan pasien, juga turut dianalisis dalam penelitian ini.Hasil: Angka kejadian mutasi patogenik BRCA1/2 tumor diketahui sebesar 27,94% (19/68). Antara kelompok mutasi patogenik BRCA1/2 tumor, dengan kelompok tanpa mutasi patogenik, tidak terdapat perbedaan statistik signifikan berdasarkan usia, paritas, indeks massa tubuh (kg/m2), riwayat kanker payudara, stadium FIGO 2014, kadar CA125 serum pre operatif (U/mL), volume cairan ascites intra operatif (mL), lesi residual pasca laparotomi debulking, pemberian neoadjuvant chemotherapy (NACT), pemberian kemoterapi adjuvant. Riwayat kanker keluarga terkait HBOC, merupakan variabel paling berpengaruh terhadap mutasi patogenik BRCA1/2 tumor. Kelompok dengan riwayat kanker keluarga terkait HBOC, berisiko 5,212 kali lebih besar mengalami mutasi patogenik BRCA1/2 tumor, dibandingkan dengan kelompok tanpa riwayat kanker tersebut (RR adjusted 5,212; 95%CI 1,495-18,167; nilai p=0,010).Pada kelompok mutasi patogenik BRCA1/2 tumor, kemungkinan meninggal 86% lebih rendah (RR adjusted 0,149; 95%CI 0,046-0,475; nilai p=0,001), dan median survival yang lebih baik (median 46 bulan; 95%CI 34,009-57,991; nilai p=0,001), apabila dibandingkan dengan kelompok tanpa mutasi patogenik (median 23 bulan; 95%CI 15,657-30,343; nilai p=0,001). Analisis multivariat menunjukkan mutasi patogenik BRCA1/2 tumor merupakan faktor prognostik independen yang baik terhadap hasil luaran kesintasan (RR adjusted 0,149; 95%CI 0,046-0,475; nilai p=0,001).Kesimpulan: Pasien advanced stage-high grade serous epithelial ovarian cancer, dengan mutasi patogenik BRCA1/2 tumor, memiliki kesintasan lebih baik, dibandingkan pasien tanpa mutasi patogenik BRCA1/2 tumor.

---

Objective: To evaluate the impact of pathogenic BRCA1/2 tumor mutational status on advanced stage- high grade serous epithelial ovarian cancer survival outcome at RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo, RSUP Persahabatan, and RS MRCCC Siloam Jakarta.

Methods: A total 68 of 144 patients diagnosed with FIGO 2014 stage IIB-IV high grade serous epithelial ovarian cancer (HGSOC) between January 1st, 2015 until March 31st, 2021, at RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo, RSUP Persahabatan, and RS MRCCC Siloam Jakarta, underwent NGS tumor BRCA1/2 gene testing, and were included in this cohort hystorical study. We compared patients clinicopathological characteristics, and survival outcomes after primary treatment, according to pathogenic BRCA1/2 tumor mutational status. Treatment-related factors that might affect patients’ survival outcome were also investigated.

Results: The BRCA1/2 pathogenic tumor mutations prevalence was observed in this study 27.94% (19/68). There were no significant statistical differences in age, parity, body mass index (kg/m2), previous breast cancer history, FIGO 2014 staging, pre-operative serum CA 125 level (U/mL), intra operative ascites volume (mL), post cytoreductive surgery residual lesion, neoadjuvant chemotherapy (NACT), and adjuvant chemotherapy administration, between the pathogenic tumor BRCA1/2 mutation, and no pathogenic tumor BRCA1/2 mutation groups. The hereditary breast ovarian cancer family history (HBOC) variable has the strongest correlation with pathogenic tumor BRCA1/2 mutation. The group with a family history of HBOC-related cancer had a 5.212 times greater risk of developing pathogenic BRCA1/2 tumor mutations, compared with the group without a history of those cancer (RR adjusted 5.212; 95%CI 1.495-18.167; p value=0.010).

The pathogenic BRCA1/2 tumor mutation group displayed better survival outcome. In the pathogenic BRCA1/2 tumor mutation group, the likelihood of dying was 86% lower (RR adjusted 0.149; 95%CI 0.046-0.475; p-value=0.001), and the median survival was better (median 46 months; 95%CI 34.009- 57.991; p value=0.001), than without pathogenic BRCA1/2 tumor mutations group (median 23 months; 95%CI 15.657-30.343; p value=0.001). The multivariate analyses identified pathogenic BRCA1/2 tumor mutation as an independent favorable prognostic factor for survival outcome (RR adjusted 0.149; 95%CI 0.046-0.475; p-value=0.001).

Conclusions: In advanced stage-HGSOC, patients with pathogenic BRCA1/2 tumor mutations have a better prognosis with longer survival outcome than those without pathogenic BRCA1/2 tumor mutations."