Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar BelakangSejak awal pandemi, dinamika mutasi pada domain RBD pada protein S-glycoprotein SARS-CoV-2 telah mengubah patogenisitas varian yang beredar di Indonesia. Penelitian ini akan menganalisis tren mutasi pada berbagai sampel domain RBD di Indonesia yang telah dipublikasikan di Genomic Database dengan menggunakan genomic profilling MetodePasien yang terinfeksi COVID-19 di Indonesia yang sampelnya telah dipublikasikan di database genomik dipilih untuk penelitian. Data berikut akan menjalani beberapa protokol bioinformatika, divisualisasikan ke dalam pohon filogenetik, rendering 3D, dan penilaian dampak mutasi untuk dianalisis.HasilTerdapat 25 clade unik dan 318 RBD unik di Indonesia, mulai dari sampel paling awal hingga tahun 2022. T478K merupakan mutasi RBD yang paling sering, sedangkan 22B merupakan clade yang paling banyak diamati di Indonesia. Varian omicron menunjukkan skor docking yang lebih rendah dan destabilisasi protein yang lebih tinggi serta Kd yang lebih tinggi daripada galur tipe delta dan liar.KesimpulanHasil dari penelitian tersebut menunjukkan tren penurunan patogenisitas virus kemungkinan sebagai pertukaran untuk peningkatan penularan karena mutasi pada RBD selama bertahun-tahun.

---

Introduction

Since the beginning of the outbreak, the dynamic mutations on the RBD domain in the SARS-CoV-2 spike protein have altered the pathogenicity of variants circulating in Indonesia. This research analyzed the mutation trend on the various sample RBD domains in Indonesia published in Genomic Databases using genomic profiling.

Method

Patients infected with COVID-19 in Indonesia with samples published in genomic databases are selected for the research. The following data underwent several bioinformatics protocols, visualized into phylogenetic trees, 3D rendering, and assessment of mutational impact for analysis.

Results

There are 25 unique clades and 318 unique RBD in Indonesia, ranging from the earliest sample to 2022. T478K was the most frequent RBD mutation, while 22B was the most abundant clade observed in Indonesia. The omicron variant showed a lower docking score, higher protein destabilization, and higher Kd than the delta and wild-type strains. Conclusion

The results from the study suggested a decreasing trend in the virus pathogenicity as a potential trade-off to increased transmissibility due to the mutations in RBD throughout the years."

"Salah satu terapi COVID-19 adalah plasma konvalesen yang disiapkan Unit Transfusi Darah dari donor yang telah sembuh dari COVID-19. Plasma konvalesen mengandung antibodi netralisasi yang menghambat interaksi antara protein S dengan reseptor ACE2 dengan persyaratan minimal titer 1:160 sehingga diperlukan sistem deteksi antibodi netralisasi seperti tes serologi berbasis ELISA kompetitif yang mudah, murah, cepat dan tidak membutuhkan BSL 3 atau 2. Uji ini membutuhkan protein rekombinan spike S1 yang dapat diekspresikan pada sistem ekspresi mamalia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi antibodi spesifik SARS-CoV-2 pada plasma konvalesen COVID-19 menggunakan protein rekombinan Spike S1.Penelitian ini menggunakan plasmid pD609 sebagai vektor ekspresi yang terdapat gen spike S1. DNA ditransfeksi secara transien ke sel CHO. Immunostaining dilakukan setelah transfeksi untuk melihat ekspresi protein rekombinan spike S1 pada sel CHO. Supernatan media sel CHO post transfeksi dianalisis dengan western blot dan ELISA untuk melihat reaktifitas terhadap serum konvalesen COVID-19. Hasil immunostaining menunjukkan plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His dapat mengekspresikan protein rekombinan spike S1 SARS-CoV-2 pada sel CHO. Hasil Western Blot dan ELISA menunjukkan supernatan media sel kultur CHO post transfeksi reaktif terhadap serum konvalesen COVID-19. Protein rekombinan spike S1 memiliki potensi untuk dikembangkan dan digunakan dalam uji antibodi spesifik namun hasil ekspresi protein masih rendah.

---

One of the therapies for COVID-19 is convalescent plasma prepared by the Blood Transfusion Unit from donors who have recovered from COVID-19. Convalescent plasma contains neutralizing antibodies that inhibit the interaction between S protein and ACE2 receptors with a minimum requirement of a titer of 1:160 so that a neutalizing antibody detection system is needed such as a competitive ELISA-based serological test that is easy, inexpensive, fast, and does not require BSL 3 or 2. S1 spike recombinant protein that can be expressed in mammalian expression systems. This study aims to detect SARS-CoV-2 specific antibodies in COVID-19 convalescent plasma using recombinant Spike S1 protein. This study used the pD609 plasmid as an expression vector containing the spike S1 gene. DNA was transiently transfected into CHO cells. Immunostaining was performed after transfection to see the expression of the S1 spike recombinant protein in CHO cells. The post-transfected CHO cell media supernatans were analyzed by western blot and ELISA to see the reactivity to COVID19 convalescent serum. Immunostaining results showed that the plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His could express the SARS-CoV-2 spike S1 recombinant protein in CHO cells. The results of Western blot and ELISA showed that the post-transfection CHO cell culture media supernatant was reactive to COVID-19 convalescent serum. S1 spike recombinant protein has the potential to be developed and used in specific antibody assays, but the results of protein expression is still low."

"Pandemi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah memicu situasi darurat kesehatan di seluruh dunia. Varian Omicron yang menyebar dengan cepat semakin mendesak pencarian terapi yang tepat untuk menghindari infeksi yang lebih berat. TMPRSS2 manusia dan protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron diidentifikasi sebagai protein target melalui penapisan secara komputasi. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual berbasis struktural; analisis prediksi absorption, distribution, metabolism, excretion, dan toxicity (ADMET); dan simulasi dinamika molekuler. Ligan uji yang digunakan adalah senyawa metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Camostat dan nafamostat (ko-kristal) digunakan sebagai ligan pembanding terhadap penghambatan TMPRSS2 sedangkan mefloquine ligan pembanding terhadap Protein Spike. Berdasarkan hasil penambatan molekul, acanthomanzamine C (-9,75 kkal/mol) dan cortistatin G (-9,39 kkal/mol) memiliki aktivitas yang lebih baik terhadap penghambatan TMPRSS2 dibandingkan dengan camostat (-8,25 kkal/mol) dan nafamostat (-6,52 kkal/mol). Sebagai inhibitor protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron, acanthomanzamine C (-9,19 kkal/mol) dan cortistatin J (-8,89 kkal/mol) juga menunjukkan penghambatan yang lebih baik dibandingkan dengan mefloquine (-6,34 kkal/mol). Ligan uji tersebut juga telah memenuhi seluruh kriteria ADMET yang ditetapkan. Dari hasil analisis simulasi dinamika molekuler menunjukkan pengikatan yang stabil senyawa ligan uji terhadap protein target setelah simulasi berjalan 60 nanodetik dan memiliki energi ikatan bebas MMGBSA dan MMPBSA yang lebih baik dibandingkan ligan pembanding diantaranya TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kkal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kkal/mol), protein spike–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kkal/mol), dan protein spike–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kkal/mol). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa acanthomanzamine C, cortistatin G, dan cortistatin J merupakan senyawa hits sebagai kandidat terapi untuk infeksi SARS-CoV-2.

---

The pandemic caused by SARS-CoV-2 has triggered a global health emergency. The rapid spread of the Omicron variant has further intensified the urgency to search for appropriate therapies to prevent severe infections. The human TMPRSS2 and spike protein of the SARS-CoV-2 Omicron variant were identified as the target proteins through computational screening. The methods used are structure-based virtual screening; absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analysis; and molecular dynamics simulation. Bioactive marine invertebrates from Indonesia were employed as test ligands. Camostat and nafamostat (co-crystal) were utilized as reference ligands against TMPRSS2, whereas mefloquine was used as a reference ligand against spike protein. Following a molecular docking, acanthomanzamine C (-9,75 kcal/mol) and cortistatin G (-9,39 kcal/mol) had better activity against TMPRSS2 inhibition compared to camostat (-8,25 kcal/mol) and nafamostat (-6,52 kcal/mol). As inhibitors of spike protein of SARS-CoV-2 Omicron variant, acanthomanzamine C (-9,19 kcal/mol) and cortistatin J (-8,89 kcal/mol) also showed better inhibition compared to mefloquine (-6,34 kcal/mol). The test ligands have also met all the established ADMET criteria. The results of the molecular dynamics analysis showed stable binding of the test ligands to the target proteins after the initial 60 nanoseconds and had free binding energies of MMGBSA/MMPBSA that were better than the comparison ligands, including TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kcal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kcal/mol), spike protein–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kcal/mol), and spike protein–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kcal/mol).  These results indicate that acanthomanzamine C, cortistatin G, and cortistatin J are hits compounds as candidate therapies for SARS-CoV-2 infection."

"Coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit pernapasan menular yang disebabkan oleh jenis coronavirus baru. Penyakit ini sebelumnya disebut dengan 2019-nCoV atau 2019 novel coronavirus. Virus penyebab COVID-19 ini adalah SARS-CoV-2. Terdapat varian SARS-CoV-2 lain yang memiliki potensi berdampak besar bagi kesehatan masyarakat seperti Lambda dan Mu. Ada pula kelompok varian SARS-CoV-2 under monitoring yang belum diketahui dampak dan bentuk penyebarannya di tingkat masyarakat. Kappa, Iota, dan Epsilon merupakan beberapa contoh varian yang termasuk ke dalam kelompok tersebut. World Health Organization (WHO) terus melakukan pengawasan kemunculan varian SARS-CoV-2 yang baru. Varian SARS-CoV-2 yang telah diketahui penularan dan dampaknya cukup signifikan pada masyarakat hingga saat ini adalah Alpha, Beta, Delta, Gamma, dan Omicron. Penelitian ini menggunakan data dari kelima varian SARS-CoV-2 tersebut. Penelitian ini mengimplementasikan program unsupervised dari machine learning yaitu simulasi proses clustering untuk mengelompokkan varian SARS-CoV-2. Dilakukan ekstraksi fitur terhadap data sekuens protein SARS-CoV-2 menggunakan package discere dalam bahasa pemrograman Python. Melalui proses ekstraksi fitur dihasilkan 27 fitur data sekuens protein SARS-CoV-2 yang siap digunakan. Elbow method kemudian diimplementasikan terhadap data untuk mengetahui jumlah pembentukan cluster yang optimal untuk digunakan pada clustering. Berdasarkan elbow method didapatkan jumlah cluster optimal untuk simulasi clustering sebanyak  dan dilakukan juga simulasi dengan  untuk memberi kesempatan kepada seluruh varian untuk membentuk clusternya sendiri.  Metode clustering yang digunakan pada penelitian ini adalah spectral clustering. Cluster yang dihasilkan kemudian dievaluasi menggunakan metrik evaluasi silhouette score serta melihat runtime pada setiap simulasi yang dilakukan. Hasil silhouette score untuk simulasi dengan  bernilai 0,614 dan untuk simulasi dengan  yang bernilai 0,631. Durasi rata-rata runtime mencatat bahwa simulasi dengan  dengan 6,566 detik lebih baik dibanding simulasi dengan  dengan 7,529 detik. Berdasarkan hasil tersebut, spectral clustering dapat dilakukan terhadap varian SARS-CoV-2 dengan pemilihan jumlah cluster  menggunakan elbow method.

---

Coronavirus disease (COVID-19) is an infectious respiratory disease caused by a new type of coronavirus. This disease was previously called 2019-nCoV or 2019 novel coronavirus. The virus that causes COVID-19 is the SARS-CoV-2. There are several variants of SARS-CoV-2 that have the potential to have a major impact on public health, such as Lambda and Mu. There is also a group of variants of SARS-CoV-2 under monitoring whose impact and form of spread are unknown at the community level. Kappa, Iota, and Epsilon are some examples of variants that belong to this group. The World Health Organization (WHO) continues to monitor the emergence of a new variant of SARS-CoV-2. The variants of SARS-CoV-2 that are known to transmit and have a significant impact on society so far are Alpha, Beta, Delta, Gamma and Omicron. This study uses data from that five variants of SARS-CoV-2. This study implements an unsupervised program from machine learning, which is a simulation of the clustering process to group variants of SARS-CoV-2 . Feature extraction was carried out on the SARS-CoV-2 protein sequence data using discere package in the Python programming language. Through the feature extraction process, 27 features of the SARS-CoV-2 protein sequence data were produced which were ready for use. The elbow method is then implemented on the data to find out the optimal number of cluster formations for use in clustering. Based on the elbow method, the optimal number of clusters for the clustering simulation is  and a simulation with  is also carried out to provide an opportunity for all variants to form their own clusters. The clustering method used in this study is spectral clustering. The resulting clusters are then evaluated using the silhouette score evaluation metric and looking at the runtime in each simulation that is performed. The results of the silhouette score for the simulation with  is worth 0.614 and for the simulation with  it is worth 0.631. The average duration of the runtime noted that the simulation with  with 6.566 seconds was better than the simulation with  with 7.529 seconds. Based on these results, spectral clustering can be carried out on the SARS-CoV-2 variant by selecting the number of  clusters using the elbow method."

"Pembuatan Stable Cell Line sendiri membutuhkan proses pengantaran materi genetik untuk mencapai tahap ekspresi gen rekombinan secara berkelanjutan. Metode ini menggunakan transfeksi untuk membantu mencapai tahapan tersebut. Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Indonesia telah berhasil membuat konstruksi plasmid rekombinan pengekspresi protein Spike SARS-CoV-2. Namun, belum dilakukan penelitian lebih lanjut terkait penggunaan konstruksi plasmid rekombinan tersebut. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk memvalidasi ekspresi protein rekombinan dari plasmid rekombinan pengekspresi Spike SARS-CoV-2 yang akan digunakan dalam pembuatan Stable Cell Line pada galur sel mamalia 293T. Validasi ekspresi dari empat protein SARS-CoV-2 (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) dilakukan melalui metode Immunofluorescence Assay (IFA) dan Western Blot (WB). Hasil menunjukkan bahwa dari empat ragam protein (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) terbukti fungsional secara ekspresi dan sesuai dengan ukuran protein yang sesuai. Uji IFA menunjukkan bahwa terdapat dua nilai rata-rata Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) yang unggul yaitu pada protein Spike Full dan Subunit S2 (118.813 dan 264.159 CTCF) sel pasca transfeksi yang menandakan bahwa terdapat perbedaan kemampuan ekspresi dari masing-masing protein. Uji western blot telah membuktikan dua protein (Spike Full dan Subunit S2) memiliki ukuran molekul yang sesuai (142,5 dan 66,0 kDa). Sehingga, dapat disimpulkan bahwa plasmid rekombinan yang dikonstruksi oleh BRIN terbukti fungsional dan dapat dilanjutkan ke dalam penggunaannya untuk pembuatan Stable Cell Line.

---

Making a Stable Cell Line requires a process of delivering genetic material to reach the continuous recombinant gene expression stage. This method uses transfection to help achieve this stage. The National Research and Innovation Agency of Indonesia (BRIN) has successfully constructed a recombinant plasmid expressing the SARS-CoV-2 Spike protein. However, no further research has been carried out regarding using these recombinant plasmid constructs. Therefore, this study aimed to validate the expression of recombinant proteins from the SARS-CoV-2 Spike-expressing recombinant plasmid to manufacture Stable Cell Line in mammalian cell line 293T. Validation of the expression of four SARS-CoV-2 proteins (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, and Receptor Binding Domain) was carried out using Immunofluorescence Assay (IFA) and Western Blot (WB) methods. The results showed that the four protein variants (Spike Full, S1 Subunit, S2 Subunit, and Receptor Binding Domain) were functional in expression and according to the appropriate protein size. The IFA test showed two superior Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) values: the Spike Full protein and the S2 Subunit (118.813 and 264159 CTCF) of post-transfection cells, which indicated that there were differences in the expression ability of each protein. The Western Blot test has proven that two proteins (Spike Full and Subunit S2) have the appropriate molecular size (142.5 and 66.0 kDa). Thus, it can be concluded that the recombinant plasmid constructed by BRIN is proven to be functional and can be used to manufacture Stable Cell Lines."

"Penerapan antibodi monoklonal (mAb) anti-spike untuk digunakan dalam diagnosis SARS-CoV-2 memerlukan suatu proses purifikasi untuk mendapatkan suatu antibodi yang murni dan homogen sehingga dapat mendeteksi suatu patogen spesifik secara optimal. Penelitian ini bertujuan untuk memurnikan mAb terhadap protein spike SARS-CoV-2 dan membandingkan hasil purifikasi terbaik dari metode kromatografi afinitas dengan protein G dan kromatografi penukar ion sehingga diperoleh metode yang paling optimal dalam purifikasi mAb terhadap protein spike SARS-CoV-2. Purifikasi mAb anti-spike SARS-CoV-2 dilakukan menggunakan kromatografi afinitas dengan protein G dan kromatografi penukar ion. Hasil purifikasi dari kedua metode kromatografi dikarakterisasi dan diuji fungsionalitasnya menggunakan SDS-PAGE, pengukuran konsentrasi protein, ELISA indirect, dan western blot (WB). Hasil profil SDS-PAGE menunjukkan mAb hasil purifikasi menggunakan protein G pada fraksi 19GD dan 20GD memiliki profil pita protein dengan dua pita, yaitu heavy chain ~50 kDa dan light chain ~25 kDa dengan tingkat kemurnian mencapai 96%. Uji fungsionalitas dengan ELISA indirect menunjukkan fraksi 19GD dan 20GD memiliki nilai absorbansi sebesar 1,015 dan 1,021. Uji fungsionalitas dengan WB menunjukkan adanya pengikatan mAb fraksi 19GD terhadap protein RBD pada ukuran ~38 kDa. Hasil karakterisasi dan uji fungsionalitas mAb fraksi hasil purifikasi dengan resin penukar ion menunjukkan profil pita protein kontaminan, nilai absorbansi dari 0,49—0,82 , dan tidak terbentuk pita protein pada uji WB. Berdasarkan hasil tersebut, mAb anti-spike SARS-CoV-2 berhasil dimurnikan menggunakan kromatografi afinitas dengan protein G secara optimal.

---

The application of anti-spike monoclonal antibody (mAb) for use in the diagnosis of SARS-CoV-2 requires a purification process to obtain a pure and homogeneous antibody so that it can detect a specific pathogen optimally. This research aims to purify anti-spike SARS-CoV-2 mAb and compare the best purification results from affinity chromatography with protein G and ion-exchange chromatography methods in order to obtain the most optimal method of purification of anti-spike SARS-CoV-2 mAb. Purification of anti-spike SARS-CoV-2 mAb was carried out using affinity chromatography with protein G and ion exchange chromatography. The purification results from both chromatographic methods were characterized and tested for functionality using SDS-PAGE, measurement of protein concentration, indirect ELISA, and western blot (WB). The results of SDS-PAGE profile showed that mAb purified using protein G in the 19GD and 20GD fractions had a protein band profile with two bands, namely heavy chain ~50 kDa and light chain ~25 kDa with a purity level of 96%. The functionality test with indirect ELISA showed that 19GD and 20GD fractions had OD values ​​of 1.015 and 1.021. Functionality test with WB showed the binding of mAb fraction 19GD to RBD protein at ~38 kDa. The results of characterization and functionality test of purified mAb fraction with ion exchange resin showed a contaminant protein band profile, absorbance values ​​from 0.49—0.82, and no protein band was formed in the WB test. Based on these results, anti-spike SARS-CoV-2 mAb was successfully purified using affinity chromatography with protein G optimally."

"Latar Belakang: COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi SARS-CoV-2 yang dapat mengalami mutasi sehingga membentuk beberapa varian baru. Perubahan varian tersebut dapat menyebabkan proses transmisi virus yang cepat hingga meningkatnya mortalitas dan morbiditas pada pasien COVID-19. Adanya mikrobiota pada saluran pernafasan yang merupakan bagian dari sistem kekebalan tubuh dapat memberikan perlindungan dari infeksi dan pathogenesis SARS-CoV-2 pada tubuh manusia. Akan tetapi, patogenesis virus dari beberapa varian SARS-CoV-2 yang berbeda dapat menghambat homeostasis dari komunitas mikroba pada saluran pernafasan. Oleh sebab itu perlu dilakukan identifikasi varian SARS-CoV-2 dan profil komunitas bakteri pada sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19, untuk mendapatkan data awal profil komunitas mikroba dan korelasinya dengan varian SARS-CoV-2.Metode: Penelitian menggunakan sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19. Sekuensing sampel dilakukan sebanyak dua kali. Sekuensing pertama bertujuan untuk mengidentifikasi varian SARS-CoV-2 menggunakan Whole Genome Sequencing (WGS) dari Oxford Nanopore Technologies (ONT). Sekuensing kedua bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman bakteri pada naso/orofaring pasien COVID-19 menggunakan amplifikasi gen 16S rRNA. Kemudian analisis bioinformatika dilakukan untuk memperoleh profil komunitas mikroba pada beberapa varian SARS-CoV-2.Hasil: Ditemukan enam varian SARS-CoV-2 yang dideteksi pada sampel terpilih yang dikoleksi selama bulan Maret-Juni 2021, dengan hasil varian yang mendominasi adalah varian Delta, Alpha, dan Lokal. Pada varian Alpha dan Delta didominasi oleh genus bakteri Streptococcus, Prevotella, dan Veillonella. Pada varian lokal, genus yang mendominasi yaitu Corynebacterium, Staphylococcus, dan Salmonella.Kesimpulan: Komunitas bakteri yang ditemukan pada sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19 memiliki tingkat keragaman yang signifikan antar varian SARS-CoV-2. Komunitas bakteri yang ditemukan didominasi oleh genus Prevotella, Streptococcus, Corynebacterium, dan Veillonella. Persentase jumlah bakteri paling banyak yaitu genus Prevotella sebesar 27%. Genus bakteri Prevotella dan Veillonella banyak ditemukan pada varian SARS-COV-2 Alpha dan Delta, yang memiliki potensi meningkatkan inflamasi dan tingkat keparahan pada pasien COVID-19.

---

Background: COVID-19 is a disease caused by infection of a SARS-CoV-2 virus that can undergo mutations to form several new variants. These variants could lead to a more rapid transmission, which increases mortality and morbidity in COVID-19 patients. The presence of microbiota in the respiratory tract as part of the immune system provides protection from viral infections and pathogenesis in the human body. However, pathogenesis of different SARS-CoV-2 variants plays a role in inhibiting the homeostasis of the microbial community in the respiratory tract. Therefore, it is necessary to identify the SARS-CoV-2 variants and profile the bacterial community profile in naso/oropharynx using swab samples of COVID-19 patients, to obtain initial data regarding the microbial community profile of COVID-19 patients and potential correlation with the SARS-CoV-2 variants.

Methods: This study used naso/oropharyngeal swab samples from COVID-19 patients. Sample sequencing was performed twice. The first sequencing aims to identify variants of SARS-CoV-2 using Whole Genome Sequencing (WGS) with Oxford Nanopore Technologies (ONT) platform. The second sequencing aims to identify bacterial diversity in the naso/oropharynx of COVID-19 patients using 16S rRNA gene amplification followed by profiling of the microbial community using bioinformatic analysis.

Results: Six variants of SARS-CoV-2 were identified in the selected samples collected during March-June 2021, with the dominant variants being Delta, Alpha, and Local variants. The microbial community of samples belonging to the Alpha and Delta variants was dominated by the bacterial genera Streptococcus, Prevotella, and Veillonella. Meanwhile, in the samples identified as having local variant, the dominant genera were Corynebacterium, Staphylococcus, and Salmonella.

Conclusion: The bacterial diversity in the swab samples naso/oropharyngeal of COVID-19 patients varied significantly among SARS-CoV-2 variants. The bacterial community was dominated by the genera Prevotella, Streptococcus, Corynebacterium, and Veillonella. The highest percentage of genus was Prevotella by 27%. The genera Prevotella and Veillonella were found in the SARS-CoV-2 Alpha and Delta variants, which have the potential to increase inflammation and severity in COVID-19 patients."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."

"

Penelitian ini bertujuan untuk melakukan pengelompokan varian virus SARS-CoV-2 melalui proses clustering menggunakan metode unsupervised learning. Data yang digunakan adalah sekuens protein SARS-CoV-2 yang diekstraksi fiturnya menggunakan paket Discere dalam bahasa pemrograman Python. Sebanyak 27 fitur dihasilkan dan diseleksi dengan metode seleksi fitur Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO). Metode Elbow digunakan untuk menentukan jumlah cluster yang optimal. Dalam penelitian ini, digunakan metode clustering K-Means dan Balanced Iterative Reducing and Clustering using Hierarchies (BIRCH). Evaluasi hasil clustering dilakukan menggunakan metrik evaluasi Silhouette Score dan Davies-Bouldin Index, serta memperhatikan waktu runtime untuk setiap simulasi. Hasil evaluasi kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan performa antara kedua metode clustering yang digunakan, serta pengaruh seleksi fitur terhadap performa clustering. Hasil terbaik diperoleh pada simulasi dengan metode clustering BIRCH + LASSO, dengan nilai Silhouette Score 0,74186 untuk jumlah cluster k=4 dan 0,73207 untuk k=5. Nilai Davies-Bouldin Index terbaik juga diperoleh pada simulasi tersebut, yaitu 0,42697 untuk k=4 dan 0,37949 untuk k=5. Waktu runtime terbaik tercatat pada simulasi dengan metode K-Means + LASSO, yaitu 0,21551 detik untuk k=4 dan 0,17539 detik untuk k=5. Dapat disimpulkan bahwa metode BIRCH menghasilkan cluster yang lebih baik berdasarkan metrik evaluasi, namun K-Means memberikan proses clustering yang lebih cepat. Seleksi fitur dengan metode LASSO juga membantu meningkatkan performa clustering.

---

This study aims to perform clustering of SARS-CoV-2 virus variants using unsupervised learning methods. The data used consists of SARS-CoV-2 protein sequences whose features are extracted using the Discere package in the Python programming language. A total of 27 features are generated and selected using the Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) feature selection method. The Elbow method is employed to determine the optimal number of clusters for the clustering process. The clustering methods used in this research are K-Means clustering and Balanced Iterative Reducing and Clustering using Hierarchies (BIRCH). The clustering results are evaluated using the Silhouette Score and Davies-Bouldin Index metrics, while also considering the runtime for each simulation. The evaluation results are then compared to examine the performance differences between the two clustering methods and the impact of feature selection on clustering performance. The best Silhouette Score is obtained in the simulation using the BIRCH + LASSO clustering method, with a value of 0.74186 for k=4 and 0.73207 for k=5. The best Davies-Bouldin Index is also achieved in the same simulation, with values of 0.42697 for k=4 and 0.37949 for k=5. The fastest runtime is recorded in the simulation using the K-Means + LASSO method, with a time of 0.21551 seconds for k=4 and 0.17539 seconds for k=5. In conclusion, the BIRCH method yields better clustering results based on the evaluation metrics, while K-Means provides faster clustering processes. The LASSO feature selection method also aids in improving clustering performance.

"

"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA dengan panjang genom sekitar 29.891 nukleotida. Pembacaan materi genetik SARS–CoV–2 menggunakan metode Whole Genome Sequencing (WGS) dapat digunakan untuk mengetahui adanya mutasi pada virus. Mutasi pada protein spike SARS-CoV-2 dapat berdampak pada transmisi virus. Interaksi molekuler dari varian yang di Indonesia dievaluasi untuk mempelajari pengaruh mutasi terhadap transmisinya. Sampel yang disekuens di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) dianalisis secara filogenetik untuk menentukan varian dan dibandingkan dengan sebaran varian SARS-CoV-2 di Indonesia. Protein spike dari varian dominan kemudian dimodelkan untuk melihat pengaruh mutasi terhadap struktur 3D protein. Interaksi protein spike dengan ACE2, TMPRSS2, dan Cathepsin L dianalisis menggunakan simulasi molekuler. Berdasarkan sampel dari FKUI, varian yang dominan adalah varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1. Analisis simulasi molekuler dari kompleks protein spike varian AY.23, AY.24, dan BA.1.1 dengan ACE2 menunjukkan adanya peningkatan afinitas dan stabilitas dibandingkan dengan strain Wuhan. Analisis simulasi molekuler kompleks protein spike varian BA.1.1 dengan TMPRSS2 dan Cathepsin L mengindikasikan adanya perubahan jalur masuk. Sehingga mutasi yang terjadi pada protein spike varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1 menyebabkan perubahan interaksi molekuler yang diprediksi dapat mempengaruhi transmisinya.

---

SARS-CoV-2 is an RNA virus with genome size around 29,891 nucleotides. Reading the genome of SARS-CoV-2 using Whole Genome Sequencing (WGS) method can reveal mutations in the genome. The mutations on SARS-CoV-2 spike protein may have effects on viral transmission. Molecular interaction of the predominant variants in Indonesia were analysed to find the effects of spike mutations to viral transmissibility. The variant of samples from Faculty of Medicine Universitas Indonesia (FMUI) were determined phylogenetically and compared to all variants found in Indonesia. The spike proteins from predominant variants were modelled. Their interactions with human host cell proteins (ACE2, TMPRSS2, and Cathepsin L) were determined by molecular simulations. Based on samples from FMUI, the predominant variants in Indonesia were B.1.470, AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants. Based on molecular simulation of spike protein of AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants with ACE2, shows increase in affinity and stability of the predominant variants compared to the Wuhan strain. Molecular simulation analysis of spike protein of BA.1.1 variant with TMPRSS2 and Cathepsin L indicates alternative entry pathway. In conclusion, mutations found in the dominant variants modulate their molecular interaction and their transmissibility."