Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kuskus (Phalangerids) adalah marsupial endemik yang distribusinya di wilayah Indonesia Timur. Populasi kuskus di Indonesia cenderung menurun. Hal ini karena aktivitas manusia seperti penebangan pohon yang illegal, perburuan yang berlebihan dan perusakan habitat. Tujuan dari penelitian ini untuk mengidentifikasi genetika cuscus berdasarkan pada gen subunit 1 sitokrom c oksidase dan melakukan analisis pohon filogeni. Gen sitokrom c oksidase subunit I dari DNA mitokondria dianalisis menggunakan PCR. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan MEGA 7. Rekonstruksi pohon filogenetik dibuat menggunakan metode Neighbor-joining sedangkan analisis jarak genetik menggunakan metode Kimura. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sampel cuscus dari pulau Halmahera berada satu clade dengan Phalanger sp. dan sampel dari Pulau Seram berada satu clade dengan Spilocuscus sp. Cuscus (Phalanger ornatus) adalah salah satu marsupial endemik yang dilindungi oleh pemerintah. Di Indonesia, habitat P.ornatus ditemukan di hutan primer dan sekunder di Pulau Halmahera. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakteristik habitat, jenis pakan, dan pohon sarang P.ornatus di Pulau Halmahera. Penelitian ini dilakukan 2 bulan dari Mei hingga Juni 2016. Karakteristik habitat diidentifikasi menggunakan analisis vegetasi, sedangkan jenis pakan dan spesies pohon sarang diidentifikasi dengan pengamatan langsung dan tidak langsung. Indeks nilai penting tingkat pohon tertinggi, Ficus sp. dan Dracontomelon dao. Pada habitat P.ornatus, terdapat 42 spesies tanaman yang dimanfaatkan oleh P.ornatus. Persentase tertinggi bagian tanaman yang dimakan oleh P.ornatus, berturut-turut adalah buah (55,36%) dan daun muda (35,72%), bunga (7,14%), dan pucuk (1,79%). Hampir semua pohon yang digunakan sebagai tempat bersarang oleh P.ornatus juga merupakan pohon yang menjadi pakan. Pohon yang menjadi sarang P.ornatus terdiri atas 9 spesies, yaitu Buchanania arborescens, Barringtonia asiatica, Palaquium obovatum, Dracontomelon dao, Cocos nucifera, Ficus sp., Ficus virens, dan Pandanus sp. Komunitas suku Tobelo Dalam yang tinggal di desa Saolat, distrik Wasile Selatan memiliki kebiasaan melakukan aktivitas perburuan hewan di hutan-hutan sekitar desa, termasuk perburuan kuskus untuk tujuan penjualan dan konsumsi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan pengetahuan tradisional masyarakat Tobelo Dalam di desa Saolat dalam menerapkan sistem pemanfaatan dan pengetahuan konservasi lokal terhadap kuskus. Penelitian ini dianalisis dengan metode kualitatif menggunakan teknik survei eksploratif, wawancara, dan pengisian kuesioner. Penelitian ini menggunakan 4 informan kunci (3 pria, 1 wanita) dan 50 responden dewasa (25 pria dan 25 wanita). Hasil kuesioner menunjukkan bahwa skor rata-rata pengetahuan dasar tentang karakteristik kehidupan kuskus, yang diperoleh oleh responden laki-laki adalah 9,93 dan responden perempuan adalah 6,42, sedangkan untuk pengetahuan konservasi kuskus, skor rata-rata yang diperoleh oleh responden laki-laki adalah 18 dan responden wanita 10.77. Ini menunjukkan bahwa pengetahuan yang dimiliki laki-laki tentang kuskus lebih dari pengetahuan perempuan. Komunitas suku Tobelo Dalam berburu kuskus untuk empat tujuan yang berbeda, yaitu, untuk upacara tradisional, obat tradisional, masakan, dan menjualnya untuk mendapatkan lebih banyak pendapatan untuk mendukung ekonomi keluarga.

---

Cuscuses (Phalangerids) are the endemic marsupial distributed in eastern Indonesia. Population cuscus in Indonesia is decrease. It due to current human activities such as land use changes, excessive hunting and habitat destruction lead to a declining population of cuscus. The aim of this study was to identify the genetics of cuscus based on the cytochrome c oxidase subunit 1 gene and phylogeny tree analysis. The cytochrome c oxidase subunit I gene of mitochondrial DNA was analyzed using PCR. Genetic analysis results were analyzed using MEGA 7. Reconstruction of phylogenetic trees used the Neighbor-joining method while pairwise distance analysis used Kimura method. The results showed that cuscuses samples from Halmahera island are shown one clade with Phalanger sp. and from Seram Island is one clade with Spilocuscus sp. Cuscus (Phalanger ornatus) is one of the endemic protected marsupials. In Indonesia, the ornatus cuscus habitats found in primary and secondary forests on Halmahera Island. This study aims to identify habitat characteristics, types of feed, and nest trees on Halmahera Island. This research was conducted 2 months from May to June 2016. Characteristics of habitat were identified using vegetation analysis, while feed types and nest tree species were identified by direct and indirect observations. The highest tree-level important value index, Ficus sp. and Dracontomelon dao. In the cuscus ornatus habitat, are 42 species of plants which are recorded cuscus ornatus. The highest percentage of plant parts eaten by cuscus ornatus is fruit (55,36%) and young leaves (35,72%), flowers (7,14%), and shoots (1,79%) respectivelly. Almost all the trees used as nesting places by cuscus ornatus is also feed trees, which consist of 8 species, namely Buchanania arborescens, Barringtonia asiatica, Palaquium obovatum, Dracontomelon dao, Cocos nucifera, Ficus sp., Ficus virens, and Pandanus sp. The Tobelo Dalam tribal community who live in Saolat village, district South Wasile provokes the high activity of animal poaching in forests around the village, including cuscus hunting for both sale and consumption purposes. The study aimed to describe the traditional knowledge of Tobelo Dalam people in Saolat village in applying the systems of utilization and local conservation knowledge towards cuscus. This study was analyzed by the qualitative method with explorative survey technique, interview, and completing questionnaires. This study used 4 key informants (3 males, 1 female) and 50 adult respondents (25 males and 25 females). The questionnaire results showed that the average score of basic knowledge about the life characteristics of cuscus, obtained by male respondents was 9,93 and female respondents were 6,42, whereas for knowledge of cuscus conservation, the average score obtained by male respondents was 18 and female respondents 10,77. This indicates that the knowledge that male have about cuscus is more than that of female. The community of Tobelo Dalam tribe hunts cuscus for four different purposes, i.e., for traditional ceremonies, traditional medicine, cuisine, and sell it for more income to support the economy of family."

"Ruang lingkup dan cara penelitian : AFP adalah protein onkofetal yang disintesis pada masa fetus dan ekspresinya ditekan pada. individu dewasa sehat. Kadar AFP ini akan meningkat kembali pada penderita keganasan hati. Telah diketahui bahwa ekspresi gen APP diakhir pada tingkat transkripsi, akan tetapi, mekanisme pengaturan dari faktor yang mendukung proses pengaturan sintesis AFP tersebut masih belum pasti. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi (ragmen DNA yang mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini selanjutnya akan digunakan dalam penelitian ekspresi gen APP secara in vitro secara efisien. DNA AFP bahan uji yang digunakan adalah bersumber dari sel jaringan hati tikus Rattus navergic's strain Wistar. Tahap penelitian yang harus dikerjakan adalah mengisolasi DNA genam hati tikus dengan atau tanpa menggunakan kit Menelusuri data urutan nukleotida DNA AFP yang akan diisolasi. Merancang sepasang oligonukleotida primer. Mengisolasi fragmen DNA AFP dengan cara PCR dan memurnikannya dengan cara elektroelusi. Selanjutnya memotong fragmen DNA produk PCR tersebut dengan enzim endonuklease restriksi spesifik. Akhirnya membaca urutan nukleotida fragmen tersebut. Hasil dan Kesimpulan : Diperoleh fragmen DNA AFP produk PCR sepanjang 292pb dengan menggunakan sepasang oligonukleotida primer Twister I (5'CATAAGATAGAAGTGACCCCTGTG3') dan Twister II (5 'GCATCTTA CCTATTCCAAA CTCAT3 ' ). Fragmen DNA tersebut mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP dengan urutan nukleatida yang sama dengan urutan nukleotida pada fragmen DNA AFP yang diperoleh dari bank gen. Pemotongan fragmen DNA tersebut dengan menggunakan enzim menghasilkan fragmen DNA sepanjang 110pb yang hanya mengandung gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini akan digunakan sebagai kontrol negatif untuk membuktikan pentingnya elemen promotor gen AFP dalam proses pengaturan ekspresi gen AFP."

"The development and progression of cancer and the experimental reversal of tumorigenicity are companied by complex changes in the pattern of gene expression.DNA micro-array technology is used to profile complex disease and discover novel disease-related genes. This technique has been successfully used to investigate gene expression in processes as complex as inflammatory disease, tumor suppression and to identify heat shock in human T cell.DNA micro-arrays or DNA-chip technology allows expression monitoring of hundreds and thousands of genes simultaneously and provide a format for identifying genes as well as changes in their activity. The DNA micro-array helps us study genome-wide expression patterns in complex biological systems. These tools have shown great promise in finding the meaning of complex diseases such as cancer.There is some interest in the potential application of DNA micro-array analysis for gene expression profiling in human cancers. Micro-arrays of DNA provide a powerful tool for studying the development and progression of cancer phenomena. It might be useful for tumor classification, for the elucidation of regulatory networks that are disturbed in tumor cells and for the identification of genes that might be of use for diagnostic purposes or as therapeutic targets."

"Kebutuhan terhadap teknologi komunikasi mobile broadband mengalami perkembangan yang pesat dewasa ini, menempatkan tuntutan baru pada wireless local area networks (WLANs). Untuk menjawab kebutuhan ini, European Telecommunications Standards Institute (ETSI) mengembangkan standar HIPERLAN/2 (High Performance Radio Local Area Network Type 2). Aplikasiaplikasi dari HIPERLAN/2 diharapkan mampu memenuhi kebutuhan akan standar keamanan tinggi (secure application), seperti misalnya m-banking dan m-commerce. DNA (Deoxyribonucleic Acid) diyakini sebagai karakter biometric yang mempunyai kemungkinan duplikasi nol, sehingga dapat menjadi parameter identifikasi manusia yang handal dalam mendukung secure aplication karena DNA banyak digunakan pada berbagai aplikasi keamanan yang kompleks dan mahal. Skripsi ini menganalisis aplikasi keamanan berbasis DNA untuk diterapkan pada teknologi HIPERLAN/2 dan memusatkan pada 3 (tiga) jenis modulasi berbasis OFDM, yaitu 64-QAM., 16-QAM, dan BPSK dengan kanal AWGN dan Rayleigh Fading dalam proses transmisi data DNA. Proses simulasi dilakukan dengan memvariasikan besar dari SNR dari 1 dB hingga 30 dB, serta memvariasikan besar frekuensi Doppler pada kanal Rayleigh. Selanjutnya, proses verifikasi dilakukan pada sisi penerima (receiver). Algoritma verifikasi dapat membentuk matriks profil biologis DNA manusia. Analisis unjuk kerja simulasi dengan menginvestigasi parameter Bit Error rate (BER), Num Error, Signal to Noise Ratio (SNR), frekuensi Doppler, dan tingkat toleransi kesalahan verifikasi saat data DNA melewati kanal AWGN atau Rayleigh pada teknologi HIPERLAN/2. Analisis hasil simulasi menunjukkan jika dibandingkan dengan modulasi 64-QAM, 16-QAM, dan BPSK, maka modulasi BPSK memiliki performa yang paling buruk, sedangkan 64-QAM pada HIPERLAN/2 memiliki performa yang paling baik.

---

The need for mobile broadband communications technology has increased rapidly recent years, placing new demands for local area networks (WLANs). To answer these needs, European Telecommunications Standards Institute (ETSI) is working on HIPERLAN/2 (High Performance Radio Local Area Network Type 2).

Applications from HIPERLAN/2 can fulfil high standard security, such m-banking and m-commerce. DNA believed as a biometric character which has zero duplication probability, with the result of that, it can be a trade on human identification parameter to support secure application because many of DNA used for various expensive and complex secure applications.

This minithesis analyse secure application based DNA applied for HIPERLAN/2 technology and concentrate on 3 (three) kinds of modulations based on OFDM. There are 64-QAM, 16-QAM, and BPSK with AWGN or Rayleigh Fading Channels in processing DNA data transmission. The simulation process starting from variating SNR from 5 dB to 30 dB, and also variating Doppler frequency to Rayleigh Channels from 17 Hz to 300 Hz. Furthermore, verification process was set in receiver port. Verification algorithm formed human DNA biology profile matrix.

The work performance can be analysed by investigating Bit Error rate (BER), Num Error, Signal to Noise Ratio (SNR), Doppler Frequency, and false toleration levels verification while DNA through AWGN or Rayleigh Channels on HIPERLAN/2 technology paramaters. The result of simulations show the best performance on HIPERLAN/2, from comparison among 64-QAM, 16-QAM, and BPSK is 64-QAM modulation."

"Database genomik semakin banyak digunakan oleh ahli biologi sebagai alat bantu utama mendapatkan informasi genetika dari suatu organisme melalui rangkaian DNA organisme tersebut. Hal yang biasanya dilakukan adalah mencari rangkaian DNA yang mempunyai susunan basa yang mirip dengan rangkaian DNA yang ingin dipelajari. Berbagai metode telah dikembangkan untuk mencari DNA-DNA dalam database genomik yang jumlahnya semakin meningkat. Metode-metode dikembangkan dengan pendekatan yang berbeda-beda, misalnya meningkatkan keakuratan dengan cara mengurangi kecepatan proses. Salah satu metode adalah metode CAFE yang menggunakan inverted indek yang merepresentasikan DNA-DNA dalam database genomik untuk mempercepat pencarian DNA. Metode ini pertama kali diperkenalkan oleh Hugh Williams pada tahun 1998. Tugas akhir ini mencoba mengimplementasikan metode CAFE untuk mencari DNA dan membandingkan DNA dalam database dengan DNA query. Tugas akhir ini akan mengevaluasi retrieval effectiveness dari metode CAFE yang menggunakan panjang gram yang berbeda-beda. Panjang gram yang kecil menyebabkan pencarian semakin teliti sehingga nilai recall semakin besar. Semakin panjang gram yang digunakan maka nilai precision akan semakin tinggi. Bertambahnya nilai threshold akan memperbesar nilai recall dan menurunkan nilai precision. Hasil eksperimen menunjukkan bahwa metode CAFE merupakan metode yang efektif karena dapat sebagian besar rangkaian yang relevan diakses pada setiap eksekusi query. "

"ABSTRAKSalah-satu variasi DNA mitokondria manusia adalah delesi 9-pasangan basa (del 9-pb) daerah intergenik COII/tRNA LYS. Del 9-pb merupakan salah satu penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian del 9-pb antarpopulasi suku-suku di Indonesia belum pernah dilakukan. Secara antropologi, suku Batak dan suku Toraja memiliki nenek moyang Proto Melayu, sedangkan suku Jawa memiliki nenek moyang Deutero Melayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai persentase del 9-pb pada populasi suku Batak, suku Toraja, dan suku Jawa agar didapatkan informasi genetik untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara ketiga suku tersebut. Metode yang digunakan adalah metode amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis pada gel agarosa 5% dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil pengamatan persentase del 9-pb ketiga suku tersebut adalah: suku Batak 19,84% dengan menggunakan 126 sampel, suku Toraja 32,77% dengan 119 sampel, dan suku Jawa 25,47% dengan 106 sampel. Nilai persentase del 9-pb meningkat bila urutan populasi adalah sebagai berikut: suku Batak—suku Jawa—suku Toraja."

"ABSTRAKSebagai Iangkah awal untuk menjelaskan hubungan kekerabatan antar spesies Tarsius Storr, 1780, dilakukan studi fiogenetik menggunakan data sekuen DNA mitokondria daerah ND4—ND5. Pada analisis tersebut di akukan pendekatan maximum parsimony dengan ap ikasi komputer Phylogenetic Analysis Using Parsimony (PAUP). Hasil anal isis men unjukkan bahwa posisi genus Tarsius dalam ordo Primata perlu dipisahkan dan subordo Anthropoidea ataupun ordo Prosimii. Selain itu pada kelompok Tarsius di Filipina lebih berkerabat dengan kelompok Tarsius di P. Sulawesi, dibandingkan dengan kelompok Tarsius di P. Kalimantan dan P. Sumatra. Adapun kelompok-kelompok Tarsius yang diperbandingkan antara lain T. syrichta (Linnaeus, 1758) di Filipina; T. spectrum (Pallas, 1778) dan T. sangirensis Meyer, 1896 di P. Sulawesi; serta T. bancanus Horsfield, 1821 di P. Kalimantan dan P. Sumatra."