Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang: Endometriosis merupakan penyakit multifaktorial yang mempengaruhi 10% wanita usia subur. Diketahui bahwa gen EGFR dan MMP-2 mengalami peningkatan ekspresi pada endometriosis sehingga memiliki peran dalam perkembangan endometriosis, dan gen yang dapat meregulasi sitoskeleton. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi hubungan antara tingkat metilasi gen EGFR dan MMP-2 dengan ekspresi mRNA-nya pada jaringan endometriosis peritoneum.Metode Penelitian: Penelitian ini menggunakan desain cross sectional. Sampel yang digunakan sebanyak 20 wanita endometriosis dan 20 wanita bukan endometriosis yang usianya sekitar 20-45 tahun. Pada wanita endometriosis diambil jaringan endometriosis peritoneum dengan tindakan laparoskopi, sedangkan 20 wanita bukan endometriosis diambil jaringan endometrium normal dengan tindakan mikrokuretase. Tingkat metilasi DNA gen EGFR dan MMP-2 dianalisis dengan metode Methylation Specific PCR (MSP) dan Ekspresi mRNA gen EGFR dan MMP-2 dianalisis dengan metode qRT-PCR.Hasil: Tingkat metilasi DNA pada gen EGFR dan MMP-2 mengalami hipermetilasi. Pada gen EGFR, tingkat metilasi DNA antara jaringan endometriosis peritoneum dibandingkan dengan jaringan endometrium normal terdapat perbedaan yang bermakna (p=0,001), sedangkan pada gen MMP-2 tingkat metilasi DNA-nya tidak terdapat perbedaan yang bermakna (p=0,596) antara jaringan endometriosis peritoneum dibandingkan dengan jaringan endometrium normal. Nilai ekspresi relatif mRNA EGFR dan MMP-2 mengalami peningkatan ekspresi pada jaringan endometriosis peritoneum. Penelitian ini tidak menunjukkan korelasi yang bermakna antara tingkat metilasi dengan tingginya ekspresi mRNA baik gen EGFR maupun MMP-2. (gen EGFR (p=0,947 dan r=-0,016) dan gen MMP-2 (p=0.769 dan r=0.070)Kesimpulan: Tingginya ekspresi mRNA EGFR dan gen MMP-2, kemungkinan bukan hanya disebabkan karena faktor metilasi DNA, melainkan faktor lainnya.

---

Background: Endometriosis is a multifactorial disease that affects 10% of women of childbearing age. It is known that the EGFR and MMP-2 genes have increased expression in endometriosis and thus have a role in the development of endometriosis, and genes that can regulate the cytoskeleton. The purpose of this study was to evaluate the relationship between the level of methylation of the EGFR and MMP-2 genes with their mRNA expression in peritoneal endometriosis tissue.

Method: The study used a cross sectional design. The sample used was 20 women with endometriosis and 20 women without endometriosis who were around 20-45 years old. In endometriosis women are taken to peritoneal endometriosis tissue by laparoscopic, while 20 women without endometriosis are taken to normal endometrial tissue by microcuretase. The levels of EGFR and MMP-2 gene methylation were analyzed by the Methylation Specific PCR (MSP) method and the mRNA expression of the EGFR and MMP-2 genes were analyzed by the qRT-PCR method.

Results: The level of DNA methylation in the EGFR and MMP-2 genes was hypermethylated. In the EGFR gene between peritoneal endometriosis tissue compared to normal endometrial tissue there were significant differences (p=0,001), whereas in the MMP-2 gene there was no significant difference (p=0.596) between peritoneal endometriosis tissue compared to normal endometrial tissue. The relative expression value of EGFR and MMP-2 mRNA has increased expression in peritoneal endometriosis tissue. This study did not show a significant correlation between the level of methylation and the high mRNA expression in both the EGFR and MMP-2 genes. (EGFR gene (p=0.947 and r=-0.016) and MMP-2 gene (p=0.769 and r=0.070)

Conclusion: The high expression of EGFR mRNA and MMP-2 gene, the possibility is not only due to hypermethylation factors, but other factors."

"Latar belakang: Telah dilaporkan bahwa terdapat perubahan pada ekspresi dari ribuan gen di jaringan endometrium endometriosis, termasuk diantaranya adalah gen FN1 dan RAC1. Perubahan ekspresi gen tersebut dapat disebabkan oleh mekanisme epigenetik seperti perubahan tingkat metilasi DNA pada gen.Tujuan: Mengetahui tingkat metilasi DNA pada gen FN1 dan RAC1 serta ekspresi mRNAnya pada jaringan endometrium subjek endometriosis dan nir-endometriosis.Metode: Penelitian ini merupakan cross sectional dengan jumlah sampel sebanyak 40 dari jaringan endometrium subjek endometriosis dan subjek nir-endometriosis. Sampel diambil dengan teknik mikrokuretase di RSUPN Ciptomangunkusumo dan RS Fatmawati Jakarta. Pada jaringan kemudian dilakukan isolasi DNA dan RNA. Pada isolat DNA dilakukan konversi bisulfit, MSP, elektroforesis dan analisis intensitas pita menggunakan software ImageJ untuk mendapatkan data persentase tingkat metilasi DNA. Pada isolat RNA dilakukan qRT-PCR untuk mendapatkan ekspresi relatif mRNA gen FN1 dan RAC1.Hasil: Analisis persentase tingkat metilasi DNA promotor menunjukkan terdapat perbedaan bermakna (p=0,022) pada gen FN1 pada pasien endometriosis (37,95%) dibandingkan nir-endometriosis (59,22 %), sedangkan pada gen RAC1 tidak terdapat perbedaan bermakna (p=0,63) dengan tingkat metilasi subjek endometriosis (28.45%) dan subjek nir-endometriosis (26.11%). Penelitian ini juga melaporkan terjadinya peningkatan ekspresi relatif mRNA gen FN1 dan RAC1 dibandingkan dengan subjek nir-endometriosis, namun secara statistik tidak terdapat perbedaan bermakna (p>0,05). Tidak terdapat korelasi bermakna antara tingkat metilasi gen FN1 dan RAC1 dengan ekspresi mRNAnya.Kesimpulan: Terjadi penurunan tingkat metilasi yang bermakna pada gen FN1 di jaringan endometrium endometriosis, namun tidak berkorelasi dengan peningkatan mRNA nya. Tidak terdapat perbedaan bermakna tingkat metilasi dan ekspresi mRNA pada gen RAC1 di jaringan endometrium subjek endometriosis dibandingkan dengan nir endometriosis.

---

It has been reported that there was a changes in the expression of thousands of genes in endometrial endometriosis tissues, including the FN1 and RAC1 genes. Changes in gene expression can be caused by epigenetic mechanisms such as DNA methylation in genes.

Objective: To determine the level of DNA methylation in FN1 and RAC1 genes and their mRNA expression in endometrial tissue of endometriosis and non-ndometriosis.

Method: This study was designed as cross sectional with a total sample of 40 of endometrial tissues in the subject of endometriosis and non-endometriosis. Samples were taken by microcuretase at Ciptomangunkusumo and Fatmawati Hospital, Jakarta. DNA and RNA was isolated. DNA isolates were converted by bisulfite procedure, MSP conversion, electrophoresis, analyzed intensity of the band which appeared on gel electrophoresis using ImageJ software to obtain the percentage data of DNA methylation level. In RNA isolates, it was analyzed using qRT-PCR methode to obtain the relative mRNA expression level.

Results: Analysis of percentage of DNA methylation level showed significant differences (p=0.022) in the FN1 gene (37.95%) compared to non-endometriosis (59.22%), whereas in the RAC1 gene there was no significant difference (p=0,63) with methylation level of endometriosis subjects (28.45%) and non-endometriosis subjects (26.11%). For relative mRNA expression of FN1 and RAC1 genes showed no significant differences (p> 0.05). For correlation in endometrial endometriosis showed no significant between the rate of methylation of the FN1 and RAC1 genes with their mRNA expression.

Conclusion: There was a significant decrease in DNA methylation level of FN1 gene in endometrial endometriosis tissues, but it did not correlate with the increasing in its mRNA expression. There was no significant difference in DNA methylation level and mRNA expression of RAC1 gene in endometrial tissues of endometriosis subjects compared to non-endometriosis."

"Kriopreservasi adalah salah satu prosedur yang termasuk ke dalam serangkaian TRB. Prosedur ini telah secara rutin diaplikasikan untuk penggunaan spermatozoa di masa depan. Namun, pada praktiknya, spermatozoa yang dikriopreservasi akan mengalami penurunan kualitas terutama pada kemampuan motilitasnya, hingga menyebabkan kematian spermatozoa. Penurunan pada parameter spermatozoa pasca thawing diyakini paling utama disebabkan karena produksi berlebih dari ROS akibat kejutan suhu dan osmotik selama proses pembekuan dan pencairan. Pada penelitian ini, dilakukan suplementasi antioksidan dengan vitamin C, ALA, dan pentoksifilin pada medium kriopreservasi untuk dianalisis pasca thawing terhadap beberapa parameter di antaranya kualitas spermatozoa, kadar MDA, Indeks Fragmentasi DNA (IFD), dan apoptosis spermatozoa melalui ekspresi caspase-3 pada subyek normozoospermia dan non-normozoospermia. Hasil menunjukkan secara umum antioksidan vitamin C, ALA, dan pentoksifilin cenderung meningkatkan kualitas spermatozoa pasca thawing dengan meningkatkan motilitas, cryosurvival dan viability rate. Secara signifikan, peningkatan kualitas spermatozoa pasca thawing ditunjukkan oleh pentoksifilin dengan meningkatkan motilitas pasca thawing dan cryosurvival rate. Ketiga antioksidan cenderung menurunkan konsentrasi MDA dan apoptosis, namun hanya vitamin C yang menurunkan IFD.

---

Cryopreservation is one of the procedures included in a series of TRB procedures. This procedure has been routinely applied for future use of spermatozoa. However, practically, cryopreserved spermatozoa will experience a decrease in quality, particularly in their motility ability, which in turn causing cell death. The decrease in post-thawing spermatozoa parameters is believed to be mainly due to the overproduction of ROS due to temperature and osmotic shock during freezing and thawing. In this study, antioxidant supplementation with vitamin C, ALA, and pentoxifylline was supplemented in cryopreservation medium and carried out for post-thawing analysis of several parameters including spermatozoa quality, MDA levels, DNA Fragmentation Index (DFI), and apoptosis through the activation of caspase-3 expression in normozoospermic and non-normozoospermic subject. The results showed that in general, the antioxidants included vitamin C, ALA, and pentoxifylline improved the quality of post-thawing spermatozoa by increasing motility, cryosurvival, and viability rate. The quality of spermatozoa post-thawing was significantly improved by pentoxifylline, which significantly improved motility and cryosurvival rate. The antioxidants reduced the concentration of MDA and apoptosis insignificantly, yet only vitamin C decreased the DFI."

"Plastik merupakan bahan yang banyak digunakan dalam peralatan keseharaian. Penambahan zat tertentu pada alat berbahan plastik ini diketahui dapat menambah kualitas, yaitu lebih elastis, kuat dan tahan lama. Salah satu bahan aditif yang biasa digunakan yaitu ftalat. Senyawa ftalat dapat berpotensi menghasilkan terjadinya DNA adduct. Penelitian ini mempelajari mengenai pembentukan 8-OHdG akibat paparan senyawa ftalat dan logam Cu (II) secara in vitro dan in vivo pada tikus (Rattus novergicus). Pembentukan 8-OHdG dianalisa secara in vitro dengan menggunakan HPLC, dengan variasi pH, waktu inkubasi dan perbandingan konsentrasi. Sedangkan secara in vivo pada tikus, sampel darah dianalisa menggunakan ELISA Kit dan sampel urin menggunakan instrumen LC-MS/MS. Secara umum, konsentrasi 8-OHdG paling besar pada sampel 2-dG diinkubasi dengan kombinasi larutan H₂O₂, ftalat, dan Cu (II). Pada studi in vitro dengan variasi pH menunjukkan konsentrasi 8-OHdG yang lebih tinggi pada pH 7,4; pada variasi waktu inkubasi lebih besar kosentrasi 8-OHdG pada 32 jam; dan pada variasi konsentrasi lebih besar pada perbandingan 1:20. Hasil studi in vivo menggunakan ELISA Kit, konsentrasi 8-OHdG yang terbentuk menunjukkan nilai paling besar pada sampel darah kelompok tikus terpapar ftalat kombinasi Cu (II) yaitu 5,26 ppb; kelompok tikus terpapar ftalat sebesar 4,29 ppb; dan kelompok tikus kontrol (tanpa paparan) sebesar 2,58 ppb. Sedangkan uji in vivo menggunakan LC-MS/MS pada sampel urin tikus juga menunjukkan konsentrasi 8-OHdG paling besar pada tikus kelompok ftalat kombinasi Cu (II) sebesar 174,1 ppb; dan tikus kelompok ftalat sebesar 156,5 ppb.

---

Plastic is a material that is widely used in everyday appliances. The addition of certain substances to plastic tools is known to add quality, namely more elastic, strong and durable. One of the additives commonly used is phthalate. Phthalate compounds can potentially produce DNA adducts. This research studies the formation of 8-OHdG due to exposure to phthalate compounds and Cu (II) metal in vitro and in vivo in rats (Rattus novergicus). The formation of 8-OHdG was analyzed in vitro using HPLC, with variations in pH, incubation time and concentration ratio. While in vivo in rats, blood samples were analyzed using ELISA Kit and urine samples using LC-MS/MS instrument. In general, the concentration of 8-OHdG was greatest in 2-dG samples incubated with a combination of H2O2, phthalate, and Cu (II) solutions. In vitro studies with variations in pH showed higher concentrations of 8-OHdG at pH 7.4; at variations in incubation time the concentration of 8-OHdG was greater at 32 hours; and at variations in concentration greater at a ratio of 1:20. The results of the In vivo study using ELISA Kit, the concentration of 8-OHdG formed showed the greatest value in the blood samples of the rat group exposed to phthalate combined with Cu (II), which was 5.26 ppb; the rat group exposed to phthalate was 4.29 ppb; and the control rat group (without exposure) was 2.58 ppb. While the In vivo test using LC-MS/MS on rat urine samples also showed the highest concentration of 8-OHdG in rats of the Cu (II) phthalate combination group at 174.1 ppb; and rats of the phthalate group at 156.5 ppb."

"Perkembangan teknologi menyebabkan praktik pencampuran produk makanan menggunakan substansi non-halal. Dokumen (International Standardization Organization/ Technical Specification) ISO/TS 20224-3: 2020 digunakan sebagai prosedur standar uji deteksi kehalalan berbasis Deoxyribonucleic Acid (DNA) memanfaatkan metode Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) yang berlaku secara internasional melalui gen Beta actin (ACTB) sebagai gen target. Namun, kemampuan gen ACTB sebagai gen target belum banyak teruji langsung melalui reaksi PCR sehingga dibutuhkan evaluasi potensi gen target alternatif lain melalui optimasi primer seperti gen Cytochrome b (Cytb) untuk mendeteksi kandungan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dan babi hutan (Sus scrofa). Metode yang digunakan terdiri atas desain primer dan probe, optimasi suhu annealing primer dan probe, uji spesifisitas in silico, uji sensitivitas in vitro, serta pengolahan dan analisis data. Adapun sampel yang digunakan untuk uji sensitivitas in vitro adalah pig genomic DNA. Berdasarkan pengujian yang dilakukan, primer dan probe gen Cytb memiliki suhu annealing optimal pada suhu 55°C. Uji spesifisitas in silico membuktikan bahwa sekuens primer dan probe gen Cytb memiliki kemampuan deteksi pada sekuens babi domestik dan babi hutan. Uji sensitivitas menggunakan qPCR pada gen ACTB membentuk kurva standar dengan nilai y=-3,6541x +38,385 dan R2=0,9967, serta LoD sebesar 5 pg/uL. Nilai linearitas (0,9967) dan efisiensi (87,78%) yang dihasilkan masuk ke dalam rentang standar sesuai literatur karena berada ≥0,98 untuk linearitas dan rentang 80%—120% untuk efisiensi. Sementara itu, uji sensitivitas menggunakan qPCR pada gen Cytb membentuk kurva standar dengan nilai y=-2,7222x + 32,196 dan R2= 0,9867, serta LoD sebesar 1 pg/uL. Nilai linearitas (0,9867) yang dimiliki masuk ke dalam rentang standar, tetapi nilai efisiensi (132,99%) melebihi rentang persentase yang baik akibat kemungkinan konsentrasi serial dilusi yang kurang sesuai dan protokol yang belum optimal. Gen Cytb memiliki jangkauan sensitivitas yang lebih baik dibandingkan gen ACTB. Keseluruhan grafik hasil membentuk kurva sigmoid yang valid sebagai hasil uji qPCR. Oleh karena itu, berdasarkan uji spesifisitas in silico dan sensitivitas in vitro yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa gen Cytb berpotensi dijadikan gen target altenatif sebagai pengembangan halal kit.

---

Technological developments have led to the practice of mixing food products using non-halal substances. Document (International Standardization Organization/Technical Specification) ISO/TS 20224-3: 2020 is used as a standard procedure for Deoxyribonucleic Acid (DNA)-based halal detection test that is internationally applicable through the Beta actin gene (ACTB) as the target gene. However, the ability of the ACTB gene as a target gene has not been tested directly through PCR reactions, so it is required to evaluate the potential of other alternative target genes through primer optimization such as the Cytochrome b (Cytb) gene to detect domestic pig (Sus scrofa domesticus) and wild boar (Sus scrofa) containment. The method used was comprised of primer and probe design, primer and probe annealing temperature optimization, in silico specificity test, in vitro sensitivity test, and data processing and analysis. The sample used for the in vitro sensitivity test is pig genomic DNA. Based on the tests conducted, primers and probes of the Cytb gene have an optimal annealing temperature at 55°C. The in silico specificity test proved that the primer sequences and Cytb gene probes have the ability to detect domestic pig and wild boar sequences. The sensitivity test using qPCR on the ACTB gene forming a standard curve with a value of y=-3.6541x +38.385 and R2=0.9967, and LoD of 5 pg/uL. The linearity (0.9967) and efficiency (87.78%) values generated are in the standard range according to the literature because they are ≥0.98 for linearity and 80%—120% range for efficiency. Meanwhile, the sensitivity test using qPCR on the Cytb gene is forming a standard curve with a value of y= -2.7222x + 32.196 and R2= 0.9867, and LoD of 1 pg/uL. The linearity value (0.9867) is within the standard range, but the efficiency value (132.99%) exceeds the good percentage range as a result of the possibility of inappropriate serial dilution concentrations and an unoptimal protocol. The Cytb gene has a better sensitivity range than the ACTB gene. The overall result graph forms a sigmoid curve which is valid as a qPCR test result. Therefore, based on the in silico specificity and in vitro sensitivity tests, it can be concluded that the Cytb gene has the potential to be used as an alternative target gene as a halal kit development."

"Pelacakan keabsahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahan ikan penting bagi keberlanjutan konservasi spesies dan keamanan konsumen. Identifikasi produk filet ikan dan olahannya sulit dilakukan saat menggunakan pendekatan morfologi atau konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada atau tidaknya kesalahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahannya di Jabodetabek dengan menggunakan Full DNA Barcoding dan Mini DNA Barcoding, serta membandingkan efektivitas kedua metode tersebut. Metode DNA barcoding memungkinkan identifikasi spesies ikan dengan menggunakan urutan nukleotida yang khas dari genom mitokondria pada bagian Sitokrom C Oksidase subunit 1 (COI). Metode yang digunakan pada penelitian ini ialah full DNA barcoding dan mini DNA barcoding. Sebanyak 113 dari 116 sampel produk ikan dan olahan ikan yang dikumpulkan dari daerah Jabodetabek berhasil diidentifikasi hingga tingkat spesies dengan menggunakan metode DNA Barcoding. Hasil identifikasi spesies dengan DNA Barcoding dan uji keabsahan menunjukkan 69% sampel memiliki label spesies yang tepat, 6% sampel memiliki label spesies yang tidak sesuai, 22% sampel tidak memiliki label spesies, dan 3% sampel tidak berhasil diidentifikasi. Jumlah keberhasilan amplifikasi mini DNA barcoding 3% lebih tinggi dibandingkan full DNA barcoding.

---

Tracking the validity of labeling on fish fillet and processed fish products is one of the key issues in the sustainability of species conservation and food safety. It is difficult to identify fish fillet products and their processed products when using a conventional or morphological approach. This study aims to determine whether or not there is a labeling error in fish fillets and processed products in Jabodetabek using Full DNA Barcoding and Mini DNA Barcoding, and to compare the effectiveness of the two methods. The DNA barcoding method allows the identification of fish species using the typical nucleotide sequences of the mitochondrial genome in the Cytochrome C Oxidase subunit 1 (COI) section. The methods used in this research are full-length DNA barcoding and mini-length DNA barcoding. The result shows that 113 of 116 samples collected from the Jabodetabek area were identified to the species level. The results of species identification using Barcoding DNA and validity tests showed that 69% of samples had proper species labels, 6% of samples had inappropriate species labels, 22% of samples did not have species labels, and 3% of samples were not identified. The number of successful amplification of mini DNA barcoding is 3% higher than that of full DNA barcoding."

"Mukopolisakaridosis IVA (MPS IVA; Sindrom Morquio A) merupakan penyakit metabolik yang diturunkan secara autosomal resesif. Penyakit MPS IVA terjadi akibat defisiensi enzim N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) yang menyebabkan senyawa keratan sulfat (KS) dan kondroitin-6-sulfat (K6S) tidak terdegradasi dan terakumulasi di dalam lisosom. Defisiensi enzim GALNS terjadi karena varian patogenik pada gen galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) yang terletak di lokus 16q24.3. Jenis varian yang ditemukan pada penelitian sebelumnya meliputi single nucleotide variation (SNV) dan varian frameshift. Namun sampai saat ini belum ada penelitian analisis varian yang telah dilakukan pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian dilakukan menggunakan empat pasien MPS IVA dan 50 individu normal sebagai kontrol. Daerah ekson 1--7 gen GALNS dari seluruh sampel yang telah diamplifikasi menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) lalu disekuensing menggunakan teknik automated fluorescence DNA sequencing. Berdasarkan hasil analisis sekuensing DNA, variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada populasi Indonesia berhasil diidentifikasi. Sebanyak 11 varian intronik, yaitu yaitu c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 85C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, dan c.634 – 130T>C berhasil diidentifikasi. Sementara itu, sebanyak empat varian eksonik berhasil ditemukan, yaitu c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), dan c.708C>T (p.His236=).

---

Mucopolysaccharidosis IVA (MPS IVA) or Morquio A Syndrome, is a lysosomal storage disorder caused by the deficiency of N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) enzyme, resulting in accumulation of keratan sulfate (KS) and chondroitin-6-sulfate (C6S) in the lysosome and leads to tissue or organ damage. The enzyme deficiency occurs due to mutations in the galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) gene located at locus 16q24.3. Variants identified by previous studies consisted of single nucleotide variation (SNV) and frameshift. This study aims to identify the genetic variation of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesia. The study was conducted using previously diagnosed MPS IVA patients and 50 normal individuals as controls. Based on the results of DNA sequencing analysis, genetic variations of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesian population have been identified. A total of 11 intronic variants, namely c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 84C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, and c.634 – 130T>C. Four exonic variants were also found, namely c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), and c.708C>T (p.His236=)."

"Ikan badut merupakan salah satu jenis dari ikan hias laut yang menjadi primadona di pasar baik dalam negeri maupun luar negeri. Hal ini mempengaruhi ketersediaan ikan badut di alam sehingga perlu ditunjang dengan usaha budidaya. Pendekatan secara molekuler sebagai penunjang pendekatan secara morfologi dibutuhkan untuk mendapatkan induk dan benih yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies ikan badut menggunakan teknik DNA barcode dengan gen penanda 16S rRNA dan merekonstruksi pohon filogenetik molekuler ikan badut. Hasil amplifikasi PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran 600 panjang basa (pb). Hasil analisa jarak genetik menunjukkan nilai antara 0,00-0,07. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik membentuk pohon kekerabatan dengan 7 kluster utama. Hasil penelitian berupa informasi genetik dan hubungan kekerabatan molekuler dari tiap sampel ikan badut dapat digunakan sebagai acuan dasar untuk upaya pengelolaan, pemuliaan, dan konservasi lebih lanjut.

---

Clownfish is one type of marine ornamental fish that is excellent in the market both domestically and abroad. This affects the availability of clownfish in nature so that it needs to be supported by cultivation efforts. A molecular approach to support the morphological approach is needed to get quality broodstock and seeds. This study aims to identify clownfish species using DNA barcode techniques with 16S rRNA marker genes and reconstruct the clownfish's molecular phylogenetic tree. The results of PCR amplification produced DNA fragments measuring 600 base pair (bp). The results of genetic distance analysis showed a value between 0.00-0.07. The results of the reconstruction of phylogenetic trees formed a family tree with 7 main clusters. The results of the research in the form of genetic information and molecular relationships from each clownfish sample can be used as a basic reference for further management, breeding, and conservation efforts."

"Jamur tiram putih (Pleurotus ostreatus (Jacq.) Kumm 1871) diketahui mengandung senyawa bioaktif yang bermanfaat bagi kesehatan. Salah satunya adalah senyawa beta glukan (β-glukan) yang memiliki kemampuan imunomodulator dengan meningkatkan jumlah sel natural killer dan mendukung perkembangan respons imun. Senyawa β-glukan dikode oleh gen FKS, yaitu gen spesifik pada kompleks β-1,3-glukan sintase. Gen FKS terekspresi di fase miselia, primordia, bakal tubuh buah, dan tubuh buah dewasa P. ostreatus dan paling tinggi pada fase tubuh buah dewasa. Studi mengenai desain primer, isolasi, dan optimasi primer untuk amplifikasi gen FKS dari P. ostreatus yang dibudidayakan di Indonesia belum pernah dilakukan. Oleh sebab itu, penelitian ini dilakukan untuk mendesain dua pasang primer (FKS-A dan FKS-B) secara in silico, mengisolasi gen FKS dari tubuh buah P. ostreatus, dan optimasi primer untuk amplifikasi gen FKS. Penelitian diawali dengan desain primer yang dibantu oleh NCBI PrimerBlast dan Primer3Plus, kemudian DNA diisolasi dari tubuh buah P. osteatus. Konsentrasi dan kemurnian isolat DNA diukur menggunakan spektrofotometer. Gen target diamplifikasi dengan teknik PCR yang kemudian divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa. Isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus memiliki konsentrasi senilai 2,803—22,616 ng/μL dengan rerata 14,819 ng/μL dan kemurnian di rentang 1,815—2,083. Pasangan primer FKS-A dan primer FKS-B berhasil mengamplifikasi dan menghasilkan amplikon berukuran 100—200 bp dan 300—400 bp yang diduga sebagai gen FKS. Hasil tersebut menunjukkan bahwa desain primer, isolasi dan optimasi primer untuk amplifikasi yang diduga sebagai gen FKS dari P. ostreatus berhasil dilakukan.

---

White oyster mushroom (Pleurotus ostreatus (Jacq.) Kumm) is known to contain bioactive compounds that are beneficial to health. One of them is the beta glucan compound (β-glucan) which has immunomodulatory abilities by increasing the number of natural killer cells and supporting the development of the immune response. β-glucan compounds are encoded by the FKS gene, which is a specific gene in the β-1,3-glucan synthase complex. The FKS gene is expressed in the mycelia, primordia, young fruiting body, and mature fruiting body phases of P. ostreatus and is highest in the mature fruiting body phase. Studies on primer design, isolation, and primer optimization for FKS gene amplification of P. ostreatus cultivated in Indonesia have never been conducted. Therefore, this study was conducted to design two pairs of primers (FKS-A and FKS-B) in silico, isolate the FKS gene from the fruiting body of P. ostreatus, and optimize the primers for the amplification of the FKS gene. The research began with a primer design assisted by NCBI PrimerBlast and Primer3Plus, then DNA was isolated from the fruit body of P. osteatus. The concentration and purity of DNA isolates were measured using a spectrophotometer. The target gene was amplified by PCR technique which was then visualized by agarose gel electrophoresis. DNA isolates from the fruit body of P. ostreatus had concentrations of 2,803—22,616 ng/μL with an average of 14,819 ng/μL and purity in the range of 1,815—2,083 with an average of 1,978. Primer pairs of FKS-A and FKS-B successfully amplified and produced amplicons measuring 100-200 bp and 300-400 bp which are suspected to be FKS genes. The results showed that the primer design, isolation and primer optimization for the amplification of the suspected FKS gene from P. ostreatus were successfully carried out."

"Jamur tiram putih atau Pleurotus ostreatus merupakan salah satu jamur tiram konsumsi dengan kandungan senyawa bioaktif, salah satunya adalah α-glukan yang berpotensi sebagai imunomodulator. Gen yang mengkode pembentukan α-glukan pada P. Ostreatus adalah gen α-glucan synthase (AGS1). Konstruksi primer, isolasi, dan optimasi primer untuk amplifikasi gen AGS1 dari P. ostreatus yang dibudidaya di Indonesia belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengamplifikasi gen AGS1 menggunakan dua pasang primer yang dikonstruksi secara in silico, mengisolasi DNA dari P. ostreatus, dan optimasi suhu annealing menggunakan dua pasang primer (AGS1-1 dan AGS1-2). Penelitian ini diawali dengan konstruksi primer gen AGS1 yang dilakukan dengan bantuan laman NCBI Primer-BLAST, Primer3Plus, dan FastPCR. Isolasi DNA dilakukan dari tubuh buah P. ostreatus menggunakan kit, kemudian konsentrasi dan kemurnian hasil isolasi diukur dengan spektrofotometer. Tahapan amplifikasi gen target dilakukan dengan teknik PCR, lalu amplifikasi PCR divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa dan dilakukan analisis data. Isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus memiliki konsentrasi sebesar 4,561—23,539 ng/μL dengan kemurnian 1,778—2,226. Pasangan primer AGS1-1 dan AGS1-2 berhasil mengamplifikasi dan menghasilkan amplikon berukuran 700—800 pb dan 600—700 pb pada suhu annealing 57 oC yang diduga sebagai gen AGS1.

---

White oyster mushroom or Pleurotus ostreatus is an edible mushroom containing bioactive compounds, one of which is alpha glucan which has potential as an immunomodulator. One of the genes that encodes the formation of alpha glucan is the α-Glucan Synthase (AGS1). Currently, there has been no primer construction, isolation, and primer optimization in the amplification of the AGS1 gene from P. ostreatus cultivated in Indonesia. Therfore, this study aims to amplify the AGS1 gene using two pairs of primers constructed in silico, isolate DNA from P. ostreatus, and optimize the annealing temperature using two pairs of primers (AGS1-1 dan AGS1-2). This research began with the construction of AGS1 gene primers with the help of NCBI Primer-BLAST, Primer3Plus, and FastPCR. DNA isolation from the fuiting body of P. ostreatus was done using a kit, then the concentration and purity of the isolation results were measured with a spectrophotometer. The amplification of the target gene was carried out by PCR technique, then the PCR amplification results were visualized by agarose gel electrophoresis and data analysis was performed. The concentration of DNA isolates from P. ostreatus fruiting bodies amounted to 4,561—23,539 ng/μL with a purity of 1,778—2,226. Primer pairs AGS1-1 and AGS1-2 successfully amplified and produced amplicons with a range of 700—800 bp dan 600—700 bp at annealing temperature of 57 oC, which is suspected to be AGS1 gene."