Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Perfect for a single term on Molecular Biology and more accessible to beginning students in the field than its encyclopedic counterparts, Fundamental Molecular Biology provides a distillation of the essential concepts of molecular biology, and is supported by current examples, experimental evidence, an outstanding art program, multimedia support and a solid pedagogical framework. The text has been praised both for its balanced and solid coverage of traditional topics, and for its broad coverage of RNA structure and function, epigenetics and medical molecular biology."

"Tugas akhir ini berupaya menganalisis metode pengukuran kemiripan dan perbedaan rantai DNA dengan menggunakan dasar fuzzy genom dan ruang fuzzy polinukleotida. Analisis dilakukan dengan cara menerapkan metode yang dianalisis dalam sebuah aplikasi sederhana dalam bahasa pemograman JAVA. Aplikasi yang dibuat bertujuan dapat memberikan nilai kemiripan dan perbedaan dua rantai DNA. Sampel data yang diambil adalah rantai DNA virus influenza yang telah dipetakan genomnya serta telah diketahui subtipenya. Virus yang menjadi pembanding utama yaitu virus influenza dengan subtipe H5N1. Selain itu, data yang diambil yaitu virus-virus lain yang tersedia juga di dari NCBI (National Center for Biotechnology Information). Hasil menunjukkan bahwa virus dengan tipe yang sama yaitu virus influenza memiliki nilai kemiripan yang lebih besar dan jarak yang kecil. Pengukuran yang dilakukan tidak mampu membedakan subtipe sesama virus influenza. Akan tetapi, pengukuran virus influenza dengan jenis virus lainnya memiliki nilai kemiripan yang relatif lebih rendah dan jarak yang jauh. Hasil tersebut memungkinkan untuk membedakan virus influenza dengan jenis virus lain. Metode yang digunakan dapat digunakan sebagai salah satu ciri untuk mengklasifikasi jenis virus tertentu.

---

This thesis attempts to analyze the methods to measure similarity and distance between DNA sequences based on the theory of fuzzy genomes and fuzzy polynucleotide spaces. The analyzing is done using an application coded by JAVA language. The application implements the methods to measure similarity and distance between two DNA sequences. Influenza virus which its genomes has already been mapped and subtype known is used as sample data. The main DNA sequence comparator is the DNA of influenza virus with subtype H5N1. Besides that, other virus data is taken from same source (NCBI - National Center for Biotechnology Information) as samples. The results show that viruses with same type have high similarity value and low distance value. The measure cannot classify subtype in influenza virus. However, the measurements of influenza virus with other kind of virus have relatively low similarity value and high distance value. This result creates a possibility to differ virus influenza and other virus. The methods can be used as a feature for virus classification."

"Latar Belakang: Angka kejahatan seksual di Indonesia cukup tinggi. Dalam kasus pelecehan seksual, tim forensik akan meminta sampel dari TKP. Sampel yang di dapatkan pada kasus pemerkosaan biasanya berbentuk campuran sperma dengan sel vagina. Differential extraction telah digunakan sebagai standar dalam memisahkan komponen seluler dan sperma. Differex System diperkenalkan oleh Promega Co, mengkombinasikan fase separasi dan sentrifugasi berjenjang dalam memisahkan DNA epitel dan sperma. Tujuan: Mengetahui pemisahan sel sperma dari epitel dalam berbagai variasi konsentrasi dengan metode Differex System. Metode: Sampel epitel dan sperma diambil dan dicampurkan dalam 4 kelompok rasio epitel dibanding sperma (1:1), (2:1), (5:1), (10:1). Sampel kemudian dilakukan pemisahan sel sperma dari epitel menggunaakan metode Differex System. Hasil: Terjadi pemisahan antara sperma dan epitel pada keempat rasio. Secara statistik terdapat perbedaan bermakna antara keempat rasio pada fraksi sperma. Kesimpulan: Metode Differex System dapat memisahkan sperma dengan epitel. Rasio pemisahan terbaik, jika dilihat dari konsentrasi DNA yang dihasilkan, adalah rasio (1:1)"

"Penelitian ini mengembangkan metode deteksi spesies babi (Sus scrofa) pada sampel daging campuran menggunakan automasi ekstraksi DNA magLEAD gC. DNA dianalisis menggunakan PCR dan TaqMan probe RT-PCR dengan primer spesifik untuk gen Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), dan NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Hasil menunjukkan bahwa ekstraksi DNA otomatis menghasilkan konsentrasi DNA 129,4–388,5 ng/μL pada daging mentah dan 66,4–89,5 ng/μL pada bakso dengan rasio kemurnian A260/A280 dan 260/A230 > 1,8. Primer COI, Cytb dan ND5 dapat mendeteksi DNA babi. PCR dan RT-PCR in vitro menunjukkan ketiga primer hanya mendeteksi DNA babi. Efisiensi amplifikasi RT-PCR primer COI, Cytb, dan ND5 adalah 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) dengan batas deteksi 0,0001 ng/μL, 0,001 ng/μL, dan 0,001 ng/μL. Primer/probe Cytb dan ND5 mendeteksi bakso dengan campuran daging babi hingga 0,1% (w/w).

---

This study developed a method to detect pig species (Sus scrofa) in mixed meat samples using automated DNA extraction with the magLEAD gC. DNA was analyzed using PCR and TaqMan probe RT-PCR with specific primers for the genes Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), and NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Results showed that automated DNA extraction produced DNA concentrations of 129.4–388.5 ng/μL in raw meat and 66.4–89.5 ng/μL in processed meatballs with purity ratios A260/A280 dan 260/A230 > 1.8. The COI, Cytb and ND5 primers could be used to detect pig DNA. In vitro PCR and RT-PCR showed that all three primers only detected pig DNA. The RT-PCR amplification efficiency for COI, Cytb, and ND5 primers were 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) with detection limits of 0.0001 ng/μL, 0.001 ng/μL, and 0.001 ng/μL. The Cytb and ND5 primers/probes detected meatballs with pig meat content as low as 0.1% (w/w)."

"Latar belakang: Infeksi virus dengue masih menjadi masalah di negara tropis seperti Indonesia. Infeksi virus dengue menyebabkan mortalitas dan morbiditas yang tinggi. Belum ada obat ataupun vaksin yang telah disetujui penggunaannya dan tersedia di dunia untuk penyakit infeksi dengue. Pencegahan infeksi dengue masih terbatas pada pengendalian vektor nyamuk Aedes aegypti. Keempat serotipe virus dengue beredar di Indonesia. Dua genotipe dari virus dengue tipe 1 (DENV-1) yaitu genotipe I dan IV lebih dominan bersirkulasi di Indonesia. Pada tahun 2012, kami mengembangkan kandidat vaksin DNA DENV-1 pUMVC RDS 59/09. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kadar antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 yang dihasilkan mencit ddY setelah imunisasi sebanyak tiga kali dengan pUMVC RDS 59/09 dan untuk mengetahui kemampuan antibodi tersebut dalam menetralkan beberapa genotipe DENV-1 yang diisolasi di Indonesia. Metode: Penelitian eksperimental ini dimulai dari perbanyakan pUMVC RDS 59/09 di sel E.coli untuk mendapatkan konsentrasi yang tinggi. Imunisasi dilakukan pada 12 mencit strain ddY dengan pUMVC RDS 59/09 25 μg/100 μl menggunakan needle-free injector, sebanyak tiga kali dengan interval waktu 3 minggu. Sebanyak 12 mencit disediakan sebagai kontrol yang tidak diimunisasi. Antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 pada masing-masing serum mencit diperiksa dengan ELISA dan dibaca pada panjang gelombang 450 nm. Berikutnya, pooled serum mencit pasca imunisasi ke 3, digunakan untuk netralisasi 13 isolat DENV-1 dengan metode focus reduction neutralization test (FRNT). Fokus yang didapatkan dari FRNT diwarnai dengan tehnik imunoperoksidase dan dihitung secara manual. Hasil: Rerata nilai OD ELISA antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari serum mencit kelompok imunisasi yang diambil sebelum imunisasi, pasca imunisasi 1, pasca imunisasi 2 dan pasca imunisasi 3 adalah 0,329;0,843;1,524 dan 1,598, secara berurutan. Terdapat peningkatan nilai OD ELISA antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari pooled serum mencit kelompok imunisasi pasca imunisasi pertama, kedua dan ketiga dibandingkan dengan baseline. Titer FRNT antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari pooled serum mencit pasca imunisasi 3 dan pooled serum mencit kontrol terhadap strain DV-1 RDS 59/09 adalah 1/320 dan < 1/10. Titer FRNT 13 isolat DENV-1 oleh antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari pooled serum mencit pasca imunisasi 3 berkisar dari 1/320 sampai lebih dari 1/1280. Kesimpulan: Variasi genotipe DENV-1 tidak menyebabkan perbedaan titer antibodi netralisasi yang bermakna (p = 0,222), sehingga dapat diuraikan bahwa antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dapat menetralkan 13 isolat DENV-1 Indonesia yang diuji.

---

Introduction: Dengue virus infection is still a burden in tropical country such as Indonesia. Dengue virus infection causes high mortality and morbidity. No drugs or vaccines are approved and available in the world for this disease. Dengue prevention is still limited to vector control. Four dengue serotypes are circulated in Indonesia. Two genotypes of Dengue virus type 1 (DENV-1), namely genotypes I and IV are found predominantly in Indonesia. Previously in 2012, we constructed pUMVC RDS 59/09, the DENV-1 DNA vaccine candidate. The objective of this study is to assess antibody level produced in ddY strain mice after three times immunization with pUMVC RDS 59/09 and to assess the antibody ability to neutralize genotypes of DENV-1 isolated in Indonesia.

Methods: This experimental study was started with propagation of pUMVC RDS 59/09 in E. coli cells to produce high concentration of the DNA. Immunization was carried out with 25 μg/ 100 μl pUMVC RDS 59/09 by needle-free injector, three times in 3 weeks interval. Twelve mice were provided for control without immunization. Anti-DENV-1 membrane and envelope antibody of individual sera were examined by ELISA and absorbance value was measured by ELISA reader in 450 nm wave length. Further, pooled sera of 3rd immunization were used to neutralize 13 DENV-1 isolates by focus reduction neutralization test (FRNT) method. The focus obtained in FRNT was stained by immune-peroxides technique and counted manually.

Results: ELISA OD value mean of anti-DENV-1 membrane and envelope antibody in individual ddY mice sera of immunized group before immunization, post first immunization, after second immunization and post third immunization were 0.329; 0.843; 1.524 and 1.598, respectively. An increase in ELISA OD value of anti-DENV-1 membrane and envelope antibody in ddY mice pooled sera of immunized group after first, second and third immunization compared to baseline was observed. FRNT titre of anti-DENV-1 membrane and envelope antibody from third immunization pooled sera compared to control mice pooled sera in RDS 59/09 isolate neutralization was 1/320 compared to < 1/10. Neutralization titre of 13 DENV-1 isolates by anti-DENV-1 membrane and envelope antibody from third immunization pooled sera ranged from 1/320 to more than 1/1280.

Conclussions: DENV-1 genotype variation did not lead to significant neutralization antibody titre difference (p = 0,222), so it can be explained that anti-DENV-1 membrane and envelope antibody was able to neutralize 13 strains of Indonesia DENV-1 isolates examined."

"Telah dilakukan penelitian dengan tujuan melihat perbedaan jumlah salinan mtDNA pada ibu hamil malnutrisi sebelum dilakukan suplementasi dalam penelitian SUMMIT (Supplementation of multiple micronutrient intervention trial). Sampel yang digunakan berupa sampel darah kering dari penelitian SUMMIT yang berjumlah 72. Jumlah salinan mtDNA diestimasi dengan metode qPCR. Analisis statistik menunjukkan tidak ada perbedaan jumlah salinan mtDNA yang signifikan pada kelompok IFA dan MMN (p > 0,05), subkelompok BBLR dan BBLN kelompok IFA (p > 0,05), subkelompok BBLR dan BBLN kelompok MMN (p > 0,05), dan antar subkelompok (p > 0,05). Namun, hasil analisis rerata jumlah salinan mtDNA menunjukkan adanya indikasi awal perbedaan jumlah salinan mtDNA, dengan rerata jumlah salinan mtDNA kelompok MMN (28,57) > kelompok IFA (22,89) dan rerata jumlah salinan mtDNA subkelompok BBLR kelompok MMN (38,01) > subkelompok BBLR kelompok IFA (26,81). Walaupun demikian, hasil tersebut tidak konklusif karena secara statistik tidak menunjukkan signifikansi. Diperlukan jumlah sampel yang lebih banyak dan homogenisasi variabel lain yang dapat memengaruhi jumlah salinan mtDNA untuk penelitian selanjutnya.

---

This research aims to determine the variation of mtDNA copy number in undernourished pregnant mothers before supplementation in SUMMIT (Supplementation of multiple micronutrient intervention trial) study. Seventy-two of dried blood samples from SUMMIT study were used in this study and mtDNA copy number was estimated with qPCR method. Statistical analysis (U-Mann Whitney and Kruskal-Wallis) test showed no significant difference of mtDNA copy number between IFA and MMN group (p > 0,05), subgroup LBW and NBW in IFA group (p > 0,05), subgroup LBW and NBW in MMN group (p > 0,05), and among all subgroup (p > 0,05). However, the result of mean analysis indicated that mtDNA copy number had different means: mtDNA copy number in MMN group (28,57) > IFA group (22,89), meanwhile subgroup LBW in MMN group (38,01) > subgroup NBW in IFA group (26,81). These finding was still not conclusive due to the absent of statistical significant. More samples and consideration of other variables were needed for further study."