Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Salah satu cara untuk mengetahui fungsi dari ekpresi gen (DNA/Protein) adalah dengan analisis kelompok (Clustering). Metode pengelompokan HOPACH mengkombinasikan agglomerative dan partisi. Partisi yang dapat digunakan antara lain PAM, SOM, dan K-Means yang termasuk dalam hard clustering. Dalam beberapa kasus karena beberapa hal pengelompokkan objek dengan hard clustering menjadi kurang tepat. Karena itu kemudian muncul teori himpunan fuzzy (kabur, tidak pasti) yang mendasari berkembangnya metode fuzzy clustering. Salah satu metode fuzzy clustering adalah metode Fuzzy c-means (FCM) yang merupakan perkembangan dari k-means. Hasil dari penerapan algoritma partisi fuzzy c-means dalam metode pengelompokan HOPACH adalah algortima pengelompokan dengan langkah-langkah: ekstraksi ciri dengan n-mers frecuency, normalisasi, partisi dengan FCM, menentukan kelompok terbaik dengan mencari nilai MSS minimum, ordering, dan collapsing. Hal ini dilakukan berulang kali sampai kriteria berhenti terpenuhi. Penerapan algoritma ini dilakukan dengan program R. Pada penerapan algoritma partisi dalam metode HOPACH clustering, langkah normalisasi tidak perlu dilakukan, karena FCM sendiri sudah mengatasi masalah adanya outliers. Kekurangan dari penerapan ini adalah running time program yang cukup lama untuk nilai batas toleransi yang kecil.

---

One of the way to know the function of gene expression by clustering analysis. HOPACH clustering is combine thea agglomerative and partition method. The partition are PAM, SOM, and K-means which is part of hard clustering. In some cases because of the placement object in to a cluster with hard clustering can cause an error. So that is the reason why fuzzy set theory occurs and became the foundation of fuzzy clustering. One of the fuzzy clustering methods is Fuzzy C-means (FCM) which is developed from K-means.

The result from the implementation of FCM partitioning algorithm in HOPACH clustering method is the clustering algorithm which the steps are: characteristic extraction, normalization, partition using FCM, choosing the best cluster with the minimum MSS, ordering and collapsing. The process need done by iteration until the stopping criteria has reached. The implementation of this algorithm is use R program. In the implementation of FCM partitioning algorithm in HOPACH clustering method, normalization process can be deleted, because the FCM already sole the outliers problem. This disadvantage of this implementation is the running time program need quite along time for the small tolerance limits."

"DNA forensik adalah teknik identifikasi individu berdasarkan profil DNA STR. Bercak darah merupakan barang bukti utama dalam kejadian kriminal. Paparan lingkungan diketahui merusak DNA, oleh karena itu penelitian ini menganalisis pengaruh lingkungan terhadap marka STR untuk kepentingan forensik. Bercak darah dari 12 individu diletakkan pada kain katun steril dikelompokkan menjadi 3 kelompok perlakuan lingkungan (dalam, luar dan tanah); 4 kelompok perlakuan lama paparan (1, 7, 14, dan 28 hari). DNA diekstraksi, dikuantifikasi menggunakan PCR real time kuantitatif, dilanjutkan amplifikasi 24 lokus STR. Stabilitas DNA diukur berdasarkan tingkat keberhasilan amplifikasi alel pada 24 lokus STR. Hasil penelitian menunjukkan hubungan bermakna (P<0.05) antara stabilitas DNA dengan pengaruh lingkungan, yang ditemukan pada lama paparan hari ke-7, 14 dan 28. Paparan lingkungan dalam tanah menunjukkan pengaruh kuat terhadap stabilitas DNA. Hasil korelasi Gamma menunjukkan paparan lingkungan memiliki tingkat korelasi yang tinggi terhadap stabilitas DNA, yaitu semakin ekstrim lingkungan dan semakin lama paparan lingkungan tersebut, stabilitas DNA semakin menurun ditunjukkan dengan terjadinya beberapa loss of heterozigosity dan allelic drop-out. Analisis pada tiap lokus menunjukkan semakin panjang fragmen alel pada lokus semakin mudah alel tersebut terdegradasi. Pada penelitian ini lokus CSF1PO (<350 pb), SE33 (360 pb) dan TPOX (250 pb) memiliki kecenderungan allelic drop-out paling tinggi.

---

Forensic DNA is an identification technique based on STR DNA profile. Blood stain is the main evidence in criminal act. Recent researches showed that environment have role to DNA degradation, therefore this research was designed to show environmental effect on DNA STR for forensic application of blood stain. Blood from 12 people dropped on sterile cottons and divided on 3 groups environmental (room, outdoor, soil). Each group has 4 sub-treatments time of environmental exposure (1, 7, 14, 28 days). DNA extracted from treated blood stain, quantified with real time qPCR, then 24 STR locus amplified on multiplex PCR. DNA stability measured based on amplification success rate of 24 STR locus. The results show that there were significant association (P<0.05) between stability DNA and environment effect. DNA on soil has the lowest stability among three environment condition. Significant differences were shown more significant at 28 days. Based on Gamma correlation analysis, the more extreme an environment and the longer DNA being exposed, the more decrease stability of DNA. It was shown by LOH and allelic drop-out. The longer allele, the more increase the rate of DNA degradation. In this research CSF1PO (<350bp), SE33 (<360bp), and TPOX (<250bp) have the lowest stability."

"Pada tesis ini dilakukan pengukuran kemiripan profil DNA manusia menggunakan ukuran kemiripan fuzzy (fuzzy similarity measure). Pengukuran kemiripan profil DNA ini dibedakan atas dua bagian, yaitu pengukuran kemiripan dari profil DNA seseorang dengan data profil DNA yang tersimpan pada sistem basis data, dan pengukuran kemiripan seseorang dengan keluarga biologis yaitu orang tua serta kakek dan nenek. Pengukuran dilakukan terhadap setiap alel dari keenam belas loki marka STR yang memetakan profil DNA manusia. Dari simulasi percobaan yang dilakukan hasil yang diperoleh dari pencocokan profil DNA sangat memuaskan, dimana setiap simulasi memberikan hasil yang cocok. Selanjutnya sistem pengukuran kemiripan fuzzy profil DNA manusia ini diharapkan dapat digunakan untuk membantu pihak Kepolisian Republik Indonesia dalam proses identifikasi korban bencana, korban tindak kriminal maupun terorisme.

---

This thesis investigated the similarity measurement of DNA profile using fuzzy similarity measure. The similarity measurement of DNA profile has been done by measuring the similarity between a query?s DNA profile with the records in DNA profile databases, and between a query?s DNA profile with the DNA profile of its biological family, either biological parents or biological grandparents. The similarity measurement has been done to the STR alleles of sixteen loci. The result of this experiment showed that each simulation gave a matching result. The similarity measurement of DNA profile by using fuzzy similarity measure is useful for the Indonesian National Police (POLRI) in identifying process of victim of disasters, terrorism, or other criminal conducts."

"Pada tesis ini dilakukan pengukuran kemiripan profil DNA manusia menggunakan ukuran kemiripan fuzzy (fuzzy similarity measure). Pengukuran kemiripan profil DNA ini dibedakan atas dua bagian, yaitu pengukuran kemiripan dari profil DNA seseorang dengan data profil DNA yang tersimpan pada sistem basis data, dan pengukuran kemiripan seseorang dengan keluarga biologis yaitu orang tua serta kakek dan nenek. Pengukuran dilakukan terhadap setiap alel dari keenam belas loki marka STR yang memetakan profil DNA manusia. Dari simulasi percobaan yang dilakukan hasil yang diperoleh dari pencocokan profil DNA sangat memuaskan, dimana setiap simulasi memberikan hasil yang cocok. Selanjutnya sistem pengukuran kemiripan fuzzy profil DNA manusia ini diharapkan dapat digunakan untuk membantu pihak Kepolisian Republik Indonesia dalam proses identifikasi korban bencana, korban tindak kriminal maupun terorisme.

---

This thesis investigated the similarity measurement of DNA profile using fuzzy similarity measure. The similarity measurement of DNA profile has been done by measuring the similarity between a query’s DNA profile with the records in DNA profile databases, and between a query’s DNA profile with the DNA profile of its biological family, either biological parents or biological grandparents. The similarity measurement has been done to the STR alleles of sixteen loci. The result of this experiment showed that each simulation gave a matching result The similarity measurement of DNA profile by using fuzzy similarity measure is useful for the Indonesian National Police (POLRI) in identifying process of victim of disasters, terrorism, or other criminal conducts."

"Masalah N-ratu adalah masalah menempatkan N buah ratu pada papan catur berukuran NxN kotak sehingga tidak ada dua ratu yang saling menyerang satu sama lain. Metode yang digunakan untuk menyelesaikan masalah N-ratu ini beragam, antara lain runut-balik, algoritma genetik, klik maksimal, dan sebagainya. Pada tesis ini difokuskan metode penyelesaian masalah N-ratu menggunakan model stiker DNA. Model Stiker DNA ini kemudian diterapkan pada buah catur jenis lainnya yaitu benteng, menteri, dan kuda. Model stiker DNA yang diperoleh tersebut dibandingkan dengan model stiker untuk masalah N-ratu untuk selanjutnya dianalisa.

---

N-queen problem is a problem placing N queens on NxN chessboard so that there are no two queens can attack each other. The methods those are used for solving N-queen problem are backtracking, genetic algorithm, maximal clique, etc. This thesis focuses on DNA sticker model as a method for solving N-queen problem. Afterthat, this model is implemented on another chesspieces namely rook, bishop, and knight. The result is compared with DNA sticker model on N-queen problem and then do analysis."

"Pendahuluan: Barier alamiah berupa membrane sel, kompartemen endosom, dan membrane inti sel yang menghalangi DNA ekstraseluler untuk mencapai target kerja dalam inti sel dalam mengawali proses pembentukan protein transgen. Sistem penghantar DNA, dalam hal ini protein penghantar DNA (PPD) dikembangkan untuk menghindari penghalang seluler tersebut. Karena sel tubuh berada dalam keadaan tidak membelah, maka diharapkan PPD tersebut dapat berfungsi pada sel tidak membelah. Metodologi: Metodologi yang dipakai adalah telaah literature, pengkloningan, dan uji in vitro. Dilakukan telaah literature untuk mencari peptida yang memiliki 1) kemampuan untuk masuk ke dalam sel/ berfusi dengan membran sel hospes, 2) kemampuan mengikat DNA, 3) kemampuan menghantarkan DNA melalui nuclear localization signal (NLS). Sekuen protein diubah menjadi DNA dengan menggunakan perangkat lunak. Setelah menjadi fragmen DNA, maka langkah selanjutnya DNA di klon ke dalam plasmid pQE80L untuk menghasilkan plasmid rekombian pengekspresi PPD. PPD diperoleh dengan cara mengekspresikannya ke dalam sistem prokariota. Setelah PPD dimurnikan, dilakukan uji fungsi kemampuan PPD menghantarkan DNA pada sel kultur membelah dan tidak membelah. Hasil: Berdasarkan telaah literature dihasilkan 5 rancangan PPD ALMR, SIMR, VPMR, THB2 dan THB4. Studi bioinformatika menunjukkan THB4 tidak dapat mengikat DNA dan bergerak ke inti sel. Proses pengkloningan menghasilkan 4 klon dan salah satu dari 4 kandidat PPD, THB2, tidak dapat diekspresikan dalam prokariota. ALMR, SIMR dan VPMR memiliki kemampuan untuk mengikat DNA dan melindungi DNA dari efek nuclease. Uji in vitro menunjukkan hanya ALMR yang dapat menghantarkan pcDNA3.1eGFP ke inti yang ditandai oleh ekspresi transgen oleh CHOK1. Jika dibandingkan dengan Lipofectamine, efektivitas penghantaran DNA oleh ALMR pada sel membelah kurang efektif,namun penghantaran DNA oleh ALMR pada sel tidak membelah lebih efektif dibandingkan Lipofectamine. Penambahan ALMR ke dalam komplek Lipofectamine:DNA dapat meningkatkan efisiensi penghantaran DNA dan viabilitas sel. Kesimpulan: PPD yang dapat mengikat, melindungi, dan menghantarkan DNA ke dalam sel membelah dan tidak membelah telah berhasil diperoleh. Penggabungan PPD dengan lipofectamine dapat meningkatkan efisiensi dan efektivitas penghantaran DNA kedalam sel tidak membelah serta meningkatkan viabilitas sel tidak membelah pasca transfeksi.

---

Background: The journey of extracellular DNA to reach its active site, nucleus, is dependent on its capability to overcome cellular barriers such as cell membrane, endosomal compartment and nuclear membran. To overcome such natural barriers, we developed peptide-mediated DNA delivery system that could deliver DNA especially into non-dividing cells as the majority of human cells are found in nondividing state.

Methodology: Based on literature studies we found peptides that have capability 1) to translocate/fuse with cellular membrane, 2) to bind DNA and protect DNA from nuclease 3) as nuclear localization signal (NLS). We convert peptides into DNA sequences by using software. DNA coding peptide-mediated DNA delivery systems were synthesized by commercially and manually using conventional PCR. The DNA fragments were cloned into prokaryote-expression systems. After expression and purification, peptide-mediated DNA delivery systems were tested their capability to increase the efficiency and effectiveness of the transformation of extracellular DNA in dividing and non-dividing cells.

Result: We constructs 5 candidates of peptide-mediated delivery system. One of them has no capability to bind DNA and located using nucleus. One of the rest peptidemediated delivery system could not be expressed in prokaryote system. Furthermore, three candidates have capability to binds DNA and protect DNA from nuclease degradation. Based on in vitro study, only one candidate has the capability to deliver DNA pcDNA3.1 eGFP into CHOK1 nucleus that marked by the expression of transgen. Compared to the Lipofectamine, a commercial delivery system, the capability of ALMR to deliver DNA into dividing cell is less efficient, but the capability of ALMR to deliver DNA into non-dividing cells is more efficient compare to Lipofectamine. The addition of ALMR into lipofectamine-DNA complex could increasing both the percentage of transgeneexpressing cells and viability of cell.

Conclusions: We have gained one peptide-mediated delivery system that could bind, protect and deliver DNA from extracellular into intracellular environment of dividing and non dividing cells. The addition of peptide-mediated delivery into Lipofectamine could increase the efectivity of DNA transformation and increase the cell viability."

"DNA Sequencing by Hybridization (DNA SBH) adalah suatu proses pembentukan barisan nukleotida suatu rantai DNA dari kumpulan fragmen yang disebut spektrum. Spektrum tersebut diperoleh dari proses biokimia yang disebut hibridisasi. DNA SBH dapat dipandang sebagai masalah optimisasi yang dapat diselesaikan dengan menggunakan algoritma genetik. Prinsip kerja algoritma genetik berdasarkan pada teori evolusi Charles Darwin. Pada skripsi ini akan dibahas penerapan kinerja algoritma genetik pada DNA SBH. Terdapat tiga tahapan penting dalam algoritma genetik, yakni proses seleksi, crossover, dan mutasi. Jenis metode yang digunakan pada proses seleksi, crossover, dan mutasi secara berturut-turut adalah metode yang merupakan kombinasi antara roulette wheel dan deterministic, structured crossover, dan swap mutation. Kinerja algoritma genetik akan diuji dengan menggunakan data dari Gen Bank dan masalah DNA SBH yang dibuat secara acak. Selain itu juga akan dilihat pengaruh perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) terhadap kinerja algoritma genetik untuk DNA SBH. Berdasarkan hasil percobaan diperoleh bahwa algoritma genetik cukup baik digunakan pada DNA SBH. Selain itu, perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) ternyata mempengaruhi kinerja algoritma genetik dalam memperoleh solusi."

"Polusi lingkungan yang semakin parah disertai merebaknya pola hidup yang tidak sehat di masyarakat dapat meningkatkan sumber paparan bahan karsinogenik yang dapat menyebabkan penyakit kanker. Benzo[a]pirena dan Kobalt II adalah beberapa contoh bahan karsinogenik yang umum ditemukan di lingkungan. Kedua bahan ini dapat secara bersamaan masuk ke dalam tubuh melalui makanan atau udara tercemar dan merusak DNA. Pada penelitian ini dipelajari bagaimana pengaruh paparan BaP dan Co II secara in vitro pada 2'-deoksiguanosin terhadap pembentuka senyawa 8-hidroksi-2'-deoksiguanosin 8-OHdG. Peningkatan jumlah senyawa 8-OHdG dipakai sebagai indikator terjadinya kerusakan DNA sekaligus digunakan sebagai biomarker risiko kanker. Ditemukan bahwa kombinasi BaP dan Co II tidak memberikan efek sinergis dalam pembentukan 8-OHdG. Jumlah 8-OHdG yang terbentuk tidak berbeda jauh dengan jumlah yang dihasilkan dari paparan BaP saja. Paparan Co II melalui reaksi Fenton-Like memberikan hasil pembentukan 8-OHdG yang paling tinggi. Diikuti dengan BaP dan Co II , kemudian BaP dan H2O2.

---

Increasingly severe environmental pollution with an unhealthy pattern of life in the community can increase the source of exposure of carcinogenic substances that can cause cancer. Benzo a pirena and Cobalt II are some examples of carcinogenic substances commonly found in the environment. Both of these materials can simultaneously enter the body through food or polluted air and damage DNA. In this study we studied how the effect of BaP and Co II exposure in vitro on 2'-deoxyguanosine. An increase in the amount of the 8 hydroxy 2'-deoxyguanosin compound is used as an indicator of the occurrence of DNA damage as well as being used as a cancer risk biomarker. It was found that the combination of BaP and Co II did not provide a synergistic effect in the formation of 8 OHdG. The amount 8 OHdG formed does not vary much with the amount that resulted from BaP exposure alone. Exposure Co II through Fenton Like reaction gives the highest yield of 8 OHdG formation. Followed by BaP and Co II, then BaP and H2O2."