Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Protein PD-1 biasanya diekspresikan berlebihan pada pasien kanker dan menghambat sistem imun. Antibodi monoklonal dari PD-1 dapat digunakan untuk menghambat jaras tersebut. Namun, urutan nukelotida dari epitop dengan afinitas yang kuat masih belum diketahui. Oleh karena itu, plasmid yang mengandung epitop kecil dari PD-1 dibuat untuk proses epitope mapping. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid yang mengandung daerah N-terminal dari gen PD-1. DNA insert sintetik dibuat dari metode PCR dan dipurifikasi. Kedua DNA insert dan plasmid pQE80L didigesti dengan enzim restriksi BamH1 dan HindIII, dipurifikasi dan diligasi. Plasmid tersebut dimasukkan kedalam sel kompeten TOP10 dengan transformasi heat shock. Koloni positif diseleksi menggunakan metode PCR koloni dan verifikasi dengan menggunakan digesti dan sanger sequencing. Produk PCR dari EP1PD1 didapat dengan menggunakan suhu annealing sebesar 57ºC dan berhasil diligasi ke plasmid pQE80L and ditransformasikan. Hasil dari sequencing menunjukan urutan yang sama namun terdapat insersi diawal. Beberapa modifikasi perlu dilakukan untuk mengekspresi protein EP1PD1. Konklusi dari penelitian ini adalah plasmid yang mengandung epitop 1 PD-1 berhasil diperoleh dengan insersi.

---

PD-1 protein tends to be overexpressed in cancer patient and inhibits immune system. Monoclonal antibody of PD-1 can be used to inhibit this pathway. However, the sequence of epitope with strong affinity is currently unknown. Thus, plasmid containing small epitope of PD-1 was made for PD-1 epitope mapping process. The objective of this research is to obtain plasmid containing N-terminal region of PD-1 gene. Synthetic insert DNA was made using PCR method and purified. Both insert DNA and pQE80L plasmid were digested using BamH1 and HindIII enzyme, purified and ligated. It was then inserted into TOP10 competent cell using heat shock transformation method. Positive colonies are selected using PCR colony and verified using digestion and Sanger sequencing. PCR product of EP1PD1 are obtained using annealing temperature of 57ºC and able to be ligated to pQE80L plasmid and transformed. Sequencing result shows EP1PD1 result with insertion in the beginning. Modifications are required to express EP1PD1 protein. In conclusion, the plasmid containing Epitope 1 of PD-1 are able to be obtained with insertion."

"Pendahuluan : Biospesimen adalah sampel material berasal dari bagian makhluk hidup yang mengandung materi genetik berupa DNA. Untuk mendapatkan DNA dengan kualitas baik, diperlukan juga biospesimen dengan kualitas baik. Salah satu faktor yang mempengaruhi kualitas DNA adalah lama waktu penyimpanan. Namun, beberapa penelitian menunjukkan hasil yang berbeda mengenai hubungan waktu penyimpanan dengan kualitas DNA. Sehingga, penelitian ini akan menganalisis kualitas DNA pada jaringan segar yang disimpan di atas dua tahun dan di bawah dua tahun. Kualitas DNA ini akan dinilai dengan tiga indikator, yakni kemurnian, konsentrasi, dan fragmentasi.Metode : Penelitian ini adalah penelitian analitik retrospektif menggunakan 50 sampel jaringan segar kanker yang disimpan pada suhu -80oC milik Biobank Riset-FKUI RSCM tahun 2015-2018. Sampel dibagi dalam 2 kelompok yaitu kelompok waktu penyimpanan di atas 2 tahun dan di bawah 2 tahun. Uji kualitas sampel ini dilakukan dengan alat Nanodrop Thermoscientific 2000 untuk kemurnian serta konsentrasi dan Qubit Fluorometer 2.0 untuk konsentrasi DNA utuh serta Elektroforesis Gel Agarosa untuk melihat ada tidaknya fragmentasi fragmentasi DNA. Data yang diperoleh kemudian dianalisis menggunakan Mann-Whitney untuk data numerik (kemurnian dan konsentrasi), dan Chi-Square untuk data kategorik (tingkat fragmentasi). Penelitian ini sudah lulus kaji etik dengan izin etik no: KET-208/UN2.F1/ETIK/PPM.00.02/2019.Hasil : Tidak terdapat perbedaan rerata kemurnian DNA yang diukur dengan nanodrop (p = 0,96), Konsentrasi DNA utuh (p = 0,145) dan Fragmentasi DNA (p = 0,055) pada jaringan segar yang disimpan di atas di bawah dua tahun. Namun, konsentrasi DNA total jaringan segar yang diukur menggunakan nanodrop secara signifikan lebih tinggi pada kelompok lama waktu penyimpanan dibawah 2 tahun (p = 0,025).Kesimpulan : Penyimpanan jaringan segar di atas 2 tahun pada suhu -80o C tidak mempengaruhi Kemurnian DNA, konsentrasi DNA utuh dan Tingkat Fragmentasi DNA. Namun, penyimpanan di atas 2 tahun mempengaruhi konsentrasi DNA total.

---

Introduction : Biospecimen is a sample material from living thing’s part that contains a genetic material named DNA. To get DNA with a good quality, needed a good quality biospecimen too. One factor that affects DNA quality is storage duration. Nevertheless, different researches shows different results about storage duration correlation with DNA quality. Therefore, this research will analyze the quality of DNA on fresh frozen tissues that were stored above two years and below two years. This DNA quality was analyzed by three indicators, which was purity, concentration, fragmentation.

Method : The study of this research was retrospective analytic observasional using 50 fresh cancer tissue that was stored at -80oC temperature in Biobank Riset-FKUI RSCM from 2015-2018. Samples were divided into two groups, the one with storage duration over two years and under two years. The quality test was carried out with a Nanodrop Thermoscientific 2000 for purity and concentration, Qubit Fluorometer 2.0 for intact DNA concentration, Agarose Gel Electrophosis to see whether there was fragmentation of DNA or not. The datas obtained were then analyzed using Mann-Whitney for numerical data (purity and concentration), and Chi-Square for categorical data (fragmentation rate). This research has passed the ethical review with ethics permit no: KET-208/UN2.F1/ETIK/PPM.00.02/2019.

Results : There were no differences in the average Nanodrop purity (p = 0,96), Qubit concentration (p = 0,145), and fragmentation (p = 0,055) in fresh tissue stored above and under two years. However, there were differences in the average concentration using Nanodrop concentration (p = 0,025) in fresh tissue stored above and below two years.

Conclusion : The storage duration in fresh frozen tissue didn’t affect the yield of Nanodrop purity, Qubit concentration, and fragmentation. However, the storage period in fresh frozen tissue affected the Nanodrop concentration.

"

"Pemrosesan sinyal genom (Genomic Signal Processing) seperti Deoxyribonucleid Acid (DNA) dan protein dapat dilakukan untuk memprediksi ekson atau coding region suatu gen. Metoda yang paling banyak digunakan adalah Hidden Markov Model (HMM) yang kaya akan struktur matematik dan berpotensi untuk mengetahui lebih banyak tentang sumber sinyal tanpa hams texsedia sumber tersebut.Pada penelitian ini dirancang struktur model yang menggunakan metoda HMM dengan struktur dasar model sesuai struktur ekson pada coding sequence (CDS) sehingga dapat memprediksi ekson DNA Plasmodium falcyarum., Jumlah state model pada struktur dasar adalah 5, 7 dan 9 sedangkan untuk struktur pengembangan ditentukan secara acak yaitu 20. 30, 50 dan 100 stare. Proses training HMM menggunakan algoritma Viterbi dan proses testing HMM menggunakan kedua algoritma yaitu Viterbi dan Baum- Welch sedangkan kinerja model menggunakan parameter Correlation Coejicienr (CC). Sekuen yang digunakan adalah 152 sekuen DNA Plasmodium falciparum dengan panjang minimum 684 pb dan maksimum 10095 pb.Hasil simulasi pada umumnya menghasilkan nilai CC rata-rata lebih baik dengan menggunakan algoritma Viterbi dibandingkan dengan algoritma Baum-Welch. Pada struktur dasar model 9 state menghasilkan nilai CC paling balk dibandingkan dengan struktur dasar model lainnya yaitu 0,7289 dengan menggunakan algoritma Viterbi dan 0,7166 dengan menggunakan algoritma Baum-Welch. Sedangkan untuk pengembangan model diperoleh nilai CC rata-rata paling baik untuk Model 2 dengan 100 store yaitu 0,7827 dengan menggunakan algoritma Baum-Welch dan 0,7820 dengan menggunakan algoritrna Viterbi. Waktu proses resting HMM rata-rata seluruh model hampir dua kali lebih lama dengan algoritma Baum-Welch dibandingkan dengan algoritma Viterbi.Genomic signal processing like as Deoxyribonucleid Acid (DNA) and protein can be done for exon prediction or coding region of the gene. The most used method is Hidden Markov Model (HMM) which has various mathematical structures and potentially capable of learning a great deal of signal source without having to have the source available.

The model structure designed in this research is using the HMM method with based structure model in accordance with exon structure inthe coding sequence (CDS) in order to predict of DNA Plasmodium falciparum. The state number of model in the basic structure are 5, 7 and 9 states, meanwhile the expansions structure was randomly defined having 20, 30, S0 and 100 states. The HMM training process are using the Viterbi algorithm and the HMM testing are using both algorithms, Viterbi and Baum-Welch, meanwhile the performance indicator of the model are using the Correlation Coeflicient (CC). It is using 152 sequences -of DNA Plasmodium falciparum with the minimum length of 634 base-pair (bp) and maximum length of 10095 bp.

In general, the simulation results produced the best average of CC value by using Viterbi algorithm rather then Baum-Welch. In the basic structure of 9 states model produced the best CC value compared with the other basic structure models with 0.7289 using the Viterbi Algorithm and 0.7166 using Baum-Welch. Meanwhile, for the model expansion, the best CC average value is for Model 2 with state number 100 with 0.7827 using the Baum-Welch algorithm and 0.7820 using Viterbi. The average processing time of the HMM tests for all models using the Baum-Welch algorithm are almost two times slower than using Viterbi algorithm."

"Perkembangan teknologi jaringan selular broadband saat ini diiringi oleh pertumbuhan berbagai aplikasi mobile yang berjalan di atas jaringan tersebut. Berbagai aplikasi tersebut membutuhkan sistem keamanan yang sangat handal seperti m-bankinng dan m-commerce. DNA (Deoxyribonucleic Acid) diyakini sebagai karakter biometric yang memiliki kemungkinan duplikasi nol (0), sehingga tingkat keunikannya benar-benar terjaga. Dengan demikian penggunaan DNA pada sistem keamanan dapat diandalkan. Guna mempersingkat proses verifikasi data diperkenalkan sistem CODIS 13 (Combined DNA Index System 13) yang dikembangkan FBI. Dengan CODIS 13, data DNA yang diverifikasi cukup dengan 13 bagian dari DNA yang merepresentasikan keunikan untuk setiap DNA. Pada skripsi ini, dibangun sistem aplikasi keamanan berbasis DNA yang diterapkan pada jaringan GPRS dan 3G yang sudah ada saat ini. Piranti lunak dibangun dengan J2ME platform yang melakukan proses digitalisasi data DNA-CODIS 13 pada mobile terminal (handset). Data DNA-CODIS 13 dipaketisasi berformat byte-byte untuk ditransmisikan pada jaringan GPRS dan 3G. Proses pengumpulan database DNACODIS 13 serta verifikasi dilakukan di terminal server. Dengan metode ini, memungkinkan aplikasi piranti lunak yang dibangun untuk diterapkan pada berbagai jenis mobile terminal yang telah mendukung jaringan GPRS dan 3G, tanpa perlu penambahan perangkat keras tambahan. Unjuk kerja aplikasi dianalisis dengan melakukan pengamatan terhadap besar kesalahan perbedaan data yang dikirim dengan data yang terkirim, serta delay waktu transmisi yang dibutuhkan dalam setiap pengiriman paket data. Skripsi ini menghasilkan sebuah aplikasi (software) sistem keamanan berbasis DNA yang berfungsi sebagai mediator antara handset dengan database server yang dapat diinstalasi di handset. Pembangunan server host sebagai database server juga dilakukan guna mendapatkan pengujian yang maksimal. Hasil yang didapat dalam proses registrasi maupun verifikasi data DNA menunjukkan tingkat true positive sebesar 100%. Dengan delay rata-rata untuk jaringan GPRS sebesar 5.0618 detik, sedangkan untuk jaringan 3G sebesar 37.848 detik.

---

Nowadays, the development of broadband cellular network technology has been followed by the growth of several mobile applications on the network technology mentioned. Several applications (e.g. mobile-banking, mobile-commerce) need any reliable security system running on them. DNA (Deoxyribonucleic Acid) has been ensured as biometric character that has a zero duplication probability. Therefore, the level of uniqueness on DNA can be truly kept. Furthermore, the usage of DNA on security system can be surely trusted and relied. In order to speed up the data verification process, has been recognized CODIS 13(Combined DNA Index System 13) developed by FBI. With CODIS 13, the data of DNA verified is only with 13 parts of DNA representating the uniqueness for each DNA.

In this development research, A security application system based on DNA has been built successfully running on the existing GPRS and 3G network. The software has been built based on J2ME platform processing DNA digitalization on mobile terminal (handset). The data of DNA has been packed and formatted as several bytes to be transmitted on GPRS and 3G network. The collection process of the DNA database has been actualized in server terminal. With these methods, enabling the secure software application built to be actualized on several kind of mobile terminals supporting GPRS and 3G network, without need to add any additional hardware.

The performance of secure application has been analyzed with obtaining toward any error probability of difference between data transmitted in the mobile terminal and data received in the server terminal, as well as delay of transmittal time needed in each of the data package sending. This research has made a based DNA secure application functioning as mediator between mobile terminal and database server (server terminal) that can be installed in the mobile handset. The construction of server host as database server has been also done in order to get a maximal testing.

The results achieved in DNA process of both registration and verification have showed that the level of true positive equals 100%. With the average delay for GPRS network equals 5.0618 seconds, whereas the average delay for 3G network equals 37.848 seconds."

"This book offers an overview of state-of-the-art in non amplified DNA detection methods and provides chemists, biochemists, biotechnologists and material scientists with an introduction to these methods. In fact all these fields have dedicated resources to the problem of nucleic acid detection, each contributing with their own specific methods and concepts. This book will explain the basic principles of the different non amplified DNA detection methods available, highlighting their respective advantages and limitations. Non-amplified DNA detection can be achieved by adopting different techniques. Such techniques have allowed the commercialization of innovative platforms for DNA detection that are expected to break into the DNA diagnostics market. The enhanced sensitivity required for the detection of non amplified genomic DNA has prompted new strategies that can achieve ultrasensitivity by combining specific materials with specific detection tools. Advanced materials play multiple roles in ultrasensitive detection. Optical and electrochemical detection tools are among the most widely investigated to analyze non amplified nucleic acids. Biosensors based on piezoelectric crystal have been also used to detect unamplified genomic DNA. The main scientific topics related to DNA diagnostics are discussed by an outstanding set of authors with proven experience in this field."

"LATAR BELAKANG: Metode preparasi spermatozoa yang sering digunakan untuk reproduksi berbantu saat ini adalah metode swim-up dan density-gradient centrifugation. Namun demikian masih banyak didapatkan pertentangan mengenai metode mana yang lebih aman dan dapat menyeleksi spermatozoa dengan kualitas yang lebih baik. Pada penelitian ini dilakukan penilaian kembali pada kedua metode preparasi spermatozoa tersebut terutama dalam hal menyeleksi spermatozoa dengan tingkat integritas DNA tinggi dan apoptosis yang rendah. BAHAN DAN CARA KERJA: Sampel berjumlah 15 pasien yang menjalani preparasi spermatozoa untuk program inseminasi intra uterus di Klinik Yasmin RSCM Kencana, Jakarta. Sampel diambil sebelum dan setelah pencucian spermatozoa untuk dilakukan pemeriksaan konsentrasi dan motilitas spermatozoa menggunakan Makler®. Tingkat integritas DNA spermatozoa dinilai dengan indeks fragmentasi DNA spermatozoa (IFD) yang dilakukan dengan metode SCD. Pemeriksaan konfirmasi berupa viabilitas spermatozoa dengan eosin-Y dan analisis ekspresi protein kaspase 3 dilakukan dengan western blot yang dilanjutkan dengan analisis densitas pita kaspase 3 menggunakan ImageJ. HASIL: Penelitian ini menunjukkan penurunan tidak bermakna pada kelompok IFD > 15% dan peningkatan tidak bermakna pada kelompok IFD ≤ 15%. Ditambah pula, rerata viabilitas spermatozoa menunjukkan peningkatan tidak bermakna setelah pencucian. Aktivitas kaspase menunjukkan penurunan densitas tidak bermakna setelah dilakuan pencucian. Metode preparasi DGC dan SU dapat meningkatkan spermatozoa progresif dan viabilitas spermatozoa serta menurunkan aktivitas kaspase 3. KESIMPULAN: Metode swim-up dan density-gradient centrifugation berhasil menyeleksi spermatozoa dengan tingkat apoptosis dan fragmentasi DNA yang rendah. Metode DGC lebih baik daripada SU dalam hal penurunan aktivitas kaspase.

---

BACKGROUND: The common methods for sperm preparation prior to assisted reproductive technique are swim-up (SU) and density gradient centrifugation (DGC). However, controversies regarding advantages and disadvantages of these two methods have been reported by many studies. The aim of this study was to reevaluate both methods in selecting better sperm in term of their quality, DNA integrity and apoptotic levels.

MATERIAL AND METHOD: Fifteen samples from insemination patients at Klinik Yasmin RSCM Kencana, Jakarta were used in this study. Samples were taken before and after preparation with SU and DGC. Makler® counting chamber and Eosin Y staining were used to analyze motility and viability, respectively. Sperm chromatin dispersion assay was used to determine sperm DNA integrity, while apoptotic levels was determined by Western immunoblotting.

RESULTS: This study showed no significant decrease in the group IFD> 15% and a non-significant increase in group IFD ≤ 15% after preparation with SU and DGC. Plus, the average viability of spermatozoa showed improvement after preparation with SU and DGC. Caspase activity was lower when spermatozoa was prepared with SU. DGC and SU preparation method can improve progressive motility and viability of spermatozoa and reduce the caspase activity.

CONCLUSIONS: Both swim-up and density-gradient centrifugation selected better sperm motility and viability. Furthermore. these two methods separated spermatozoa with low level of apoptotic and higher DNA integrity. DGC method is better than SU in reduce caspase activity"

"The present book gives an update of the “world of naked gene vaccines”, namely DNA and RNA vaccines. Its content ranges from general mechanisms, inherent immunostimulatory properties and the vast potential to modulate immune responses, to recent successful clinical studies and approved veterinary gene vaccines. Beyond the state-of-the-art of genetic immunization, the reader will be stimulated with a chapter addressing “burning questions”."

"DNA topoisomerases represent an essential family of DNA processing enzymes and a large number of topoisomerase inhibitors are used clinically for the treatment of various human cancers. Novels drugs are in clinical development both against type I and type II topoisomerases. The book will include basic biochemical and structural reviews for the cancer-relevant topoisomerases. It will describe how topoisomerase dysfunctions can damage the genome and increase the risk of cancers, and the involvement of topoisomerases in programmed cell death. The book will also present the various topoisomerase inhibitors in clinical use and development and their molecular and cellular mechanisms of action."