Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Pada penelitian ini dilakukan studi pembentukan 8-OHdG akibat paparan Kromium III Dan Benzo[a]piren terhadap senyawa 2 rsquo;-deoksiguanosin. Studi pembentukan 8-OHdG dilakukan dengan mereaksikan basa DNA 2 rsquo;-deoksiguanosin dengan xenobiotika berupa Benzo[a]piren dengan variasi pH 7,4 dan 8,4, waktu inkubasi 7 dan 12 jam, dan variasi suhu inkubasi 37oC dan 60oC. Pada campuran ini kemudian di tambahkan logam Kromium III dan H2O2 sebagai reagen reaksi Fenton-like. DNA Adduct 8-OHdG yang terbentuk dianalisis menggunakan High Performance Liquid Chromatography HPLC fasa terbalik dengan detektor UV pada panjang gelombang 254 nm. Eluen yang digunakan pada pengukuran 8-OHdG adalah campuran Buffer Fosfat pH 6,7 10mM dan LC-Grade metanol dengan rasio 85:15 dengan laju alir 1 mL/menit. Hasil penelitian didapatkan bahwa pada semua campuran di semua variasi waktu, suhu, dan pH terdeteksi 8-OHdG, akan tetapi tidak dapat terkuantifikasi. Penambahan reagen Fenton juga meningkatkan hasil 8-OHdG yang terbentuk. Waktu inkubasi yang lebih lama serta suhu yang lebih tinggi menghasilkan 8-OHdG dengan konsentrasi yang lebih banyak, sedangkan variasi pH antara 7,4 dan 8,4 tidak berpengaruh secara signifikan pada pembentukan 8-OHdG.

---

In this research, study of 8 hydroxy 2 rsquo deoxyguanosine 8 OHdG caused by exposure of Chromium III and Benzo a pyrene was conducted. This study was done by reacting 2 rsquo deoxyguanosine as DNA base with xenobiotic like Benzo a pyrene with variation of pH 7.4 and 8.4, incubation time 7 and 12 hours, and incubation temperature 37oC and 60oC. On this mixture, another observation was conducted with addition of Chromium III and H2O2 as the Fenton like reaction reagent. 8 OHdG DNA Adduct was then analyzed with High Performance Liquid Chromatography HPLC reversed phase with UV detector on 245 nm wavelength. The mixture of pH 6.7 Phospate Buffer 10mM and LC grade methanol with ratio of 85 15 and 1 mL minute flow rate were used in the measurement of 8 OHdG. On every mixture in all pH, time, and temperature variation, 8 OHdG was detected with the concentration below the Limit of Quantification, thus the concentration can not be quantified. Addition of the Fenton like reaction reagent also impacted on higher 8 OHdG concentration in result. Longer incubation time and higher incubation temperature were proved to generate more 8 OHdG, meanwhile the variation of pH did not significantly affect the concentration of generated 8 OHdG in the mixture."

"ABSTRAKPemantauan spesies asing invasif berperan penting dalam mempelajari konservasi dan pengendalian ekosistem perairan. Alligator gar merupakan salah satu spesies asing yang masuk ke dalam perairan Indonesia dan berpotensi invasif. Sifatnya yang kriptik menyebabkan spesies ini sulit diamati secara visual. Metode eDNA hadir sebagai alternatif untuk deteksi spesies. Namun penelitian eDNA umumnya dilakukan di daerah beriklim subtropis. Pengembangan metode eDNA di daerah tropis dilakukan dengan menggunakan sedimen kolam artifisial untuk deteksi alligator gar. Sedimen diharapkan mampu melindungi eDNA dari degradasi akibat faktor lingkungan. Pengambilan sampel dilakukan empat kali dalam sebulan dengan mengeruk langsung lapisan sedimen sebanyak 500 mg dan diisolasi menggunakan Fast DNA Spin Kit for Soil. Hasil spektrofotometri menunjukkan konsentrasi terbesar yaitu 204,37 ng/ L pada sampel 1. Suhuannealing telah dioptimasi yaitu 53.4 C menggunakan ecoPrimer dengan gen target 12SrRNA, pita paling jelas ditunjukkan oleh sampel 4 dengan ukuran amplikon 115 bp. Hasil blastn menunjukkan kekerabatan tertinggi pada dua spesies yaitu A. tropicus dan A.spatula, mengindikasikan bahwa sampel sedi mendapat digunakan untuk deteksi alligator gar A. spatula.

---

ABSTRACTMonitoring of alien invasive species plays an important role in management and preservation of natural ecosystem. Alligator gar is an alien species in Indonesia swater and potentially invasive. Its cryptic and solitary nature makes visual detection difficult, there fore can not be monitored using traditional method. Recent advances studies have produced technology called eDNA, which allows species detection by using environmental samples such as water, sediment or soil. However, this study often carried out in subtropical area. Development of eDNAin tropical aquatic was performed by using sediment to detect alligator gar. Insediment, the persistance of eDNA can be much longer due to slow rate of degradation. Sample collection was done four times in artificial pond by dredging 500 mg of sediment for each sample. Samples were processed directly using FastDNA Spin Kit for soil. Electrophoresis and spectrophotometry results show edall samples positive containing eDNA, the largest concentration 204,37 ng Lbelong to sample 1. Annealing temperature was optimized at 53.4 C by using ecoPrimer with target region 12 SrRNA, the clearest band shown by sample 4, with the size 115 bp. Blastn result showed the highest similarity with two species A. tropicus and A.spatula. The result was indicating that eDNA contained insediment samples allows for detection of alligator gar A. spatula."

"ABSTRACTPenelitian ini dilakukan untuk menganalisis pembentukan DNA Adduct 8-OHdG akibat kerusakan oksidatif DNA yang disebabkan oleh paparan formaldehida dan logam Cu (II). Studi in vivo dilakukan dengan menggunakan kelompok tikus putih (Rattus norvegicus) yang diberi paparan formaldehida (82 mg/kg BB) dan Cu (II) (10 mg/kg BB) selama 28 hari. Sampel urin diambil setiap minggunya. Studi in vitro dilakukan dengan mereaksikan 2-deoksiguanosin dengan formaldehida, logam Cu (II), dan H2O2 melalui reaksi Fenton-like. Reaksi dilakukan pada suhu 37°C dengan variasi pH (7,4 dan pH 8,4) serta waktu inkubasi (7 dan 12 jam). Analisis pembentukan 8-OHdG secara in vivo dan in vitro dilakukan menggunakan instrumen LC-MS/MS dengan kromatogafi fasa terbalik. Fasa gerak yang digunakan adalah campuran amonium asetat 20 mM pH 4 dan asetonitril dengan gadien elusi. Hasil dari penelitian menunjukkan bahwa paparan formaldehida dan logam Cu (II) dapat menyebabkan terbentuknya DNA Adduct 8-OHdG. Pada studi in vivo, ditemukan kadar 8-OHdG tertinggi pada kelompok paparan formaldehida dengan Cu (II). Pada studi in vitro, terbentuk 8-OHdG dengan konsentrasi paling tinggi pada kelompok variasi formaldehida, Cu (II) dan H2O2.

---

ABSTRACTThis research was conducted to analyze the formation of DNA Adduct 8-OHdG due to oxidative DNA damage caused by exposure formaldehyde and Cu (II). In vivo studies were conducted using a group of rat (Rattus norvegicus) which were exposed to formaldehyde (82 mg/kg BW) and Cu (II) (10 mg/kg BW) for 28 days. Urin samples were taken every week. In vitro studies were carried out by reacting 2-deoxyguanosine with formaldehyde, Cu (II) and H2O2 through a Fenton-like reaction. The reaction was carried out at 37°C with variation in pH (7,4 and 8,4) and incubation time (7 and 12 hours). Analysis of the formation DNA Adduct 8-OHdG with in vivo and in vitro studies using LC-MS/MS with reverse phase chromatogaphy. The mobile phase used was a mixture of 20 mM ammonium acetate pH 4 and acetonitrile with elution gadient. The results of the study show that exposure of formaldehyde and Cu (II) can cause the formation of a DNA Adduct 8-OHdG. In vivo study showed that the highest levels of 8-OHdG were found in the group that exposed to formaldehyde with Cu (II). In vitro study showed that 8-OHdG was formed with the highest concentration in the formaldehyde, Cu (II) and H2O2 variation groups."

"Sinamaldehid merupakan senyawa kimia yang banyak digunakan dalam bidang industri dan mudah ditemukan dalam kehidupan sehari-hari. Menurut strukturnya, sinamaldehid merupakan senyawa tak jenuh, yang dapat memicu produksi ROS dalam tubuh. ROS ini dapat bereaksi dengan DNA atau protein dan membentuk DNA Adduct. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis terbentuknya DNA Adduct 8-OHdG akibat kerusakan oksidatif DNA yang disebabkan oleh paparan sinamaldehid. Studi in vitro dilakukan dengan mereaksikan 2`-deoksiguanosin dengan sinamaldehid melalui reaksi Fenton-like. Reaksi dilakukan pada pH 7,4 dan 8,4, pada suhu 37 °C serta waktu inkubasi 7 dan 12 jam. Studi in vivo dilakukan dengan menggunakan kelompok tikus putih (Rattus norvegicus) yang dikenai paparan sinamaldehid (200 mg/kg BB) dan CuSO4 (10 mg/kg BB) selama 28 hari. Sampel urine diambil setiap minggunya. Analisis pembentukan 8-OHdG dilakukan menggunakan instrumen LC-MS/MS dengan kromatografi fase terbalik. Fasa gerak yang digunakan adalah campuran ammonium asetat 20 mM pH 4 dan asetonitril dengan gradien elusi. Hasil studi in vivo menunjukkan bahwa paparan sinamaldehid, Cu(II), dan H2O2 dapat menyebabkan pembentukan 8-OHdG, dengan produk terbanyak pada pH 7,4 dan waktu inkubasi 12 jam. Hasil studi in vivo menunjukkan bahwa paparan sinamaldehid dan Cu(II) dapat menyebabkan pembentukan 8-OHdG. Waktu pemaparan yang lebih lama menunjukkan peningkatan kadar sinamaldehid dalam urine tikus.

---

Cinnamaldehyde is a chemical compound that is widely used in industrial fields and is easily found in everyday life. According to the structure, cinnamaldehyde is an unsaturated compound, which can trigger the production of ROS in the body. This ROS can react with DNA or proteins and form DNA adducts. This study aims to analyze the formation of 8-OHdG DNA Adduct due to oxidative DNA damage caused by exposure to cinnamaldehyde. In vitro studies were carried out by reacting 2`-deoxiguanosine with cinnamaldehyde, Cu(II), and H2O2 through a fenton-like reaction. The reaction was carried out at pH 7.4 and 8.4, at 37 °C and incubation times of 7 and 12 hours. In vivo studies were carried out using a group of white mice (Rattus norvegicus) which were exposed to cinnamaldehyde (200 mg/kg BW) and CuSO4 (10 mg/kg BW) for 28 days. Urine samples are taken every week. Analysis of the formation of 8-OHdG using an LC-MS/MS instrument with reverse phase chromatography. The mobile phase used was a mixture of 20 mM ammonium acetate pH 4 and acetonitrile with elution gradient. The results of in vivo studies showed that exposure to cinnamaldehyde, Cu(II), and H2O2 can cause the formation of 8-OHdG, with the most products at pH 7.4 and 12 hours incubation time. The results of in vivo studies indicate that exposure to cinnamaldehyde and Cu(II) can cause the formation of 8-OHdG. Longer exposure times showed increased levels of cinnamaldehyde in rat urine."

"Momentum disahkannya UU no. 33 tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal menjadi acuan awal pengembangan metode deteksi molekuler DNA porsin terhadap kehalalan produk. Undang-undang ini mewajibkan seluruh produk yang masuk dan beredar di Indonesia tersertifikasi halal, termasuk tidak boleh mengandung fragmen babi. Deteksi dilakukan pada jumlah sekelumit jejak DNA yang masih tersisa di dalam gelatin cangkang kapsul setelah melalui proses pembuatan yang panjang dengan pH dan suhu ekstrim. Untuk itu, optimasi metode ekstraksi sangat berperan penting agar mendapatkan jumlah DNA yang memadai.Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan metode optimal perolehan DNA dan menentukan kondisi optimal metode deteksi molekular DNA porsin menggunakan metode Polymerase Chain Reaction yang sensitif. Metode PCR yang digunakan adalah PCR duplex dan PCR nested dengan target sekuens DNA ATP8 dan Cytb. Optimasi dilakukan pada metode ekstraksi DNA dengan mengubah jumlah replikat sampel, modifikasi komposisi proses resuspensi dan pelisisan sel, jumlah campuran saat tahap awal isolasi DNA, serta pemekatan pada tahap akhir pengisolasian DNA.Hasil optimasi menunjukan jumlah replikat gelatin optimum adalah delapan sampel ekstraksi. Optimasi PCR dilakukan dengan membandingkan metode PCR duplex dan PCR nested pada uji sensitivitas, serta optimasi kondisi masing-masing PCR tersebut. Hasil positif mengandung DNA porsin dinyatakan dengan terbentuknya dua amplikon 212bp dan 398bp pada PCR duplex atau satu amplikon 387bp pada PCR nested. Dari enam titik konsentrasi DNA yang diujikan pada uji sensitivitas, PCR nested dapat mendeteksi konsentrasi DNA hingga 1 fg/ ??l sedangkan PCR duplex yang hanya dapat mendeteksi hingga 1 ng/ ??l. Deteksi terhadap sampel kapsul suplemen menunjukan bahwa terdeteksi DNA porsin dalam sampel dengan metode PCR nested dan PCR duplex. Metode duplex dan nested PCR dapat diterapkan sebagai metode deteksi awal secara kualitatif namun tidak kuantitatif.

---

Halal product assurance regulation, which was established under Law no. 33 year 2014, gave a major impact for the development of molecular detection method of porcines DNA in a product. This law obliges all products in Indonesia to have halal status, included no pigs fragment at all. Traces amount of DNA from gelatin and capsule shell which was still remaining after long manufacturing process under extreme pH and temperature, were detected and amplified. Thus, optimization of DNA extraction method is important to get the sufficient amount of DNA.

The aims of this study are to obtain an optimum DNA collection method and to determine optimum condition of sensitive molecular detection method of porcines DNA using PCR. The sequence DNA targets ATP8 and Cytb were amplified using duplex and nested PCR methods. The optimization on number of sample replication, on composition mix in resuspension and cell lysis process, on the amount of the solution used when starting the DNA isolation process, and the final concentration of DNA isolation process have done.

Result showed that the optimum numbers of replication for gelatin are eight times. Optimization of PCR was done by comparing nested PCR and duplex PCR for sensitivity test, also for both PCR conditions. Two amplicon of 212bp and 398bp in duplex PCR or one amplicon of 387bp in nested PCR were obtained only in sample that positive contains porcines DNA. Six different concentrations of template DNA that has been carried out for sensitivity test in both methods showed that nested PCR can detect as low as 1fg l DNA while duplex PCR can only detect 1ng l DNA concentration as the lowest. Porcines DNA has been detected in all capsule shell samples. Optimized duplex and nested PCR method could be applied as early qualitative detection."

"ABSTRAKPenelitian mengenai optimasi teknik hidrolisis selubung mucilage untuk meningkatkan konsentrasi dan kemurnian DNA Cyanobacteria filamen lurus yang ditumbuhkan pada medium dengan dan tanpa unsur nitrogen telah dilakukan. Penelitian bertujuan untuk mengetahui pengaruh homogenisasi dengan glass beads dan penambahan nitrogen pada medium terhadap penghilangan selubung mucilage strain Cyanobacteria filamen lurus. Strain Cyanobacteria yang digunakan adalah SO-24, SO-115, dan SO-163. Masing-masing strain uji ditumbuhkan di medium Blue-Green 11 BG-11 dengan dan tanpa unsur nitrogen, kemudian dilakukan homogenisasi dengan glass beads, hidrolisis selubung, dan ekstraksi DNA. Efektivitas optimasi teknik hidrolisis dilihat berdasarkan hasil pengamatan mikroskopik dengan dan tanpa pengecatan negatif, serta berdasarkan hasil pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA. Hasil penelitian menunjukkan proses homogenisasi tidak memberikan pengaruh terhadap penghilangan selubung mucilage, sedangkan penambahan nitrogen pada medium memengaruhi penghilangan selubung mucilage pada ketiga strain uji. Teknik hidrolisis efektif untuk menghilangkan selubung mucilage strain SO-24 pada medium dengan dan tanpa unsur nitrogen. Sementara itu, strain SO-115 dan SO-163 hanya efektif pada medium dengan unsur nitrogen. Ketiga strain uji menghasilkan konsentrasi DNA yang rendah yaitu berkisar dari 1,58 mdash;4,52 ng/ L dengan kemurnian DNA di bawah 1,8.

---

ABSTRACTResearch on the optimization of hydrolysis techniques to improved DNA concentration and purity of filamentous Cyanobacteria which were grown in medium with and without nitrogen content has been conducted. The research aims to know the effect of homogenization with glass beads and addition of nitrogen in medium on mucilage sheath removal of filamentous Cyanobacteria. Strains of Cyanobacteria was used is SO 24, SO 115, and SO 163. Each strain was grown in Blue Green 11 BG 11 medium with and without nitrogen content, and then homogenized with glass beads, hydrolyzed process, and DNA was extracted. The effectivity of hydrolysis techniques was achieved based on microscopic observation with and without negative staining, and based on measuring result of DNA concentration and purity. The result showed that homogenization process doesn rsquo t affect mucilage sheath removal, however addition of nitrogen affects mucilage sheath removal. The hydrolysis techniques effective on mucilage sheath removal from strain SO 24 which was grown in medium with and without nitrogen content. Meanwhile, for strain SO 115 and SO 163 were effective only in medium with nitrogen content. The result of DNA concentration showed that all of strains showed low DNA concentration with value range from 1,58 mdash 4,52 ng L with DNA purity was below 1,8."

"Perkembangan teknologi menyebabkan praktik pencampuran produk makanan menggunakan substansi non-halal. Dokumen (International Standardization Organization/ Technical Specification) ISO/TS 20224-3: 2020 digunakan sebagai prosedur standar uji deteksi kehalalan berbasis Deoxyribonucleic Acid (DNA) memanfaatkan metode Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) yang berlaku secara internasional melalui gen Beta actin (ACTB) sebagai gen target. Namun, kemampuan gen ACTB sebagai gen target belum banyak teruji langsung melalui reaksi PCR sehingga dibutuhkan evaluasi potensi gen target alternatif lain melalui optimasi primer seperti gen Cytochrome b (Cytb) untuk mendeteksi kandungan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dan babi hutan (Sus scrofa). Metode yang digunakan terdiri atas desain primer dan probe, optimasi suhu annealing primer dan probe, uji spesifisitas in silico, uji sensitivitas in vitro, serta pengolahan dan analisis data. Adapun sampel yang digunakan untuk uji sensitivitas in vitro adalah pig genomic DNA. Berdasarkan pengujian yang dilakukan, primer dan probe gen Cytb memiliki suhu annealing optimal pada suhu 55°C. Uji spesifisitas in silico membuktikan bahwa sekuens primer dan probe gen Cytb memiliki kemampuan deteksi pada sekuens babi domestik dan babi hutan. Uji sensitivitas menggunakan qPCR pada gen ACTB membentuk kurva standar dengan nilai y=-3,6541x +38,385 dan R2=0,9967, serta LoD sebesar 5 pg/uL. Nilai linearitas (0,9967) dan efisiensi (87,78%) yang dihasilkan masuk ke dalam rentang standar sesuai literatur karena berada ≥0,98 untuk linearitas dan rentang 80%—120% untuk efisiensi. Sementara itu, uji sensitivitas menggunakan qPCR pada gen Cytb membentuk kurva standar dengan nilai y=-2,7222x + 32,196 dan R2= 0,9867, serta LoD sebesar 1 pg/uL. Nilai linearitas (0,9867) yang dimiliki masuk ke dalam rentang standar, tetapi nilai efisiensi (132,99%) melebihi rentang persentase yang baik akibat kemungkinan konsentrasi serial dilusi yang kurang sesuai dan protokol yang belum optimal. Gen Cytb memiliki jangkauan sensitivitas yang lebih baik dibandingkan gen ACTB. Keseluruhan grafik hasil membentuk kurva sigmoid yang valid sebagai hasil uji qPCR. Oleh karena itu, berdasarkan uji spesifisitas in silico dan sensitivitas in vitro yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa gen Cytb berpotensi dijadikan gen target altenatif sebagai pengembangan halal kit.

---

Technological developments have led to the practice of mixing food products using non-halal substances. Document (International Standardization Organization/Technical Specification) ISO/TS 20224-3: 2020 is used as a standard procedure for Deoxyribonucleic Acid (DNA)-based halal detection test that is internationally applicable through the Beta actin gene (ACTB) as the target gene. However, the ability of the ACTB gene as a target gene has not been tested directly through PCR reactions, so it is required to evaluate the potential of other alternative target genes through primer optimization such as the Cytochrome b (Cytb) gene to detect domestic pig (Sus scrofa domesticus) and wild boar (Sus scrofa) containment. The method used was comprised of primer and probe design, primer and probe annealing temperature optimization, in silico specificity test, in vitro sensitivity test, and data processing and analysis. The sample used for the in vitro sensitivity test is pig genomic DNA. Based on the tests conducted, primers and probes of the Cytb gene have an optimal annealing temperature at 55°C. The in silico specificity test proved that the primer sequences and Cytb gene probes have the ability to detect domestic pig and wild boar sequences. The sensitivity test using qPCR on the ACTB gene forming a standard curve with a value of y=-3.6541x +38.385 and R2=0.9967, and LoD of 5 pg/uL. The linearity (0.9967) and efficiency (87.78%) values generated are in the standard range according to the literature because they are ≥0.98 for linearity and 80%—120% range for efficiency. Meanwhile, the sensitivity test using qPCR on the Cytb gene is forming a standard curve with a value of y= -2.7222x + 32.196 and R2= 0.9867, and LoD of 1 pg/uL. The linearity value (0.9867) is within the standard range, but the efficiency value (132.99%) exceeds the good percentage range as a result of the possibility of inappropriate serial dilution concentrations and an unoptimal protocol. The Cytb gene has a better sensitivity range than the ACTB gene. The overall result graph forms a sigmoid curve which is valid as a qPCR test result. Therefore, based on the in silico specificity and in vitro sensitivity tests, it can be concluded that the Cytb gene has the potential to be used as an alternative target gene as a halal kit development."

"Pelacakan keabsahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahan ikan penting bagi keberlanjutan konservasi spesies dan keamanan konsumen. Identifikasi produk filet ikan dan olahannya sulit dilakukan saat menggunakan pendekatan morfologi atau konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada atau tidaknya kesalahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahannya di Jabodetabek dengan menggunakan Full DNA Barcoding dan Mini DNA Barcoding, serta membandingkan efektivitas kedua metode tersebut. Metode DNA barcoding memungkinkan identifikasi spesies ikan dengan menggunakan urutan nukleotida yang khas dari genom mitokondria pada bagian Sitokrom C Oksidase subunit 1 (COI). Metode yang digunakan pada penelitian ini ialah full DNA barcoding dan mini DNA barcoding. Sebanyak 113 dari 116 sampel produk ikan dan olahan ikan yang dikumpulkan dari daerah Jabodetabek berhasil diidentifikasi hingga tingkat spesies dengan menggunakan metode DNA Barcoding. Hasil identifikasi spesies dengan DNA Barcoding dan uji keabsahan menunjukkan 69% sampel memiliki label spesies yang tepat, 6% sampel memiliki label spesies yang tidak sesuai, 22% sampel tidak memiliki label spesies, dan 3% sampel tidak berhasil diidentifikasi. Jumlah keberhasilan amplifikasi mini DNA barcoding 3% lebih tinggi dibandingkan full DNA barcoding.

---

Tracking the validity of labeling on fish fillet and processed fish products is one of the key issues in the sustainability of species conservation and food safety. It is difficult to identify fish fillet products and their processed products when using a conventional or morphological approach. This study aims to determine whether or not there is a labeling error in fish fillets and processed products in Jabodetabek using Full DNA Barcoding and Mini DNA Barcoding, and to compare the effectiveness of the two methods. The DNA barcoding method allows the identification of fish species using the typical nucleotide sequences of the mitochondrial genome in the Cytochrome C Oxidase subunit 1 (COI) section. The methods used in this research are full-length DNA barcoding and mini-length DNA barcoding. The result shows that 113 of 116 samples collected from the Jabodetabek area were identified to the species level. The results of species identification using Barcoding DNA and validity tests showed that 69% of samples had proper species labels, 6% of samples had inappropriate species labels, 22% of samples did not have species labels, and 3% of samples were not identified. The number of successful amplification of mini DNA barcoding is 3% higher than that of full DNA barcoding."

"Mukopolisakaridosis IVA (MPS IVA; Sindrom Morquio A) merupakan penyakit metabolik yang diturunkan secara autosomal resesif. Penyakit MPS IVA terjadi akibat defisiensi enzim N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) yang menyebabkan senyawa keratan sulfat (KS) dan kondroitin-6-sulfat (K6S) tidak terdegradasi dan terakumulasi di dalam lisosom. Defisiensi enzim GALNS terjadi karena varian patogenik pada gen galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) yang terletak di lokus 16q24.3. Jenis varian yang ditemukan pada penelitian sebelumnya meliputi single nucleotide variation (SNV) dan varian frameshift. Namun sampai saat ini belum ada penelitian analisis varian yang telah dilakukan pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian dilakukan menggunakan empat pasien MPS IVA dan 50 individu normal sebagai kontrol. Daerah ekson 1--7 gen GALNS dari seluruh sampel yang telah diamplifikasi menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) lalu disekuensing menggunakan teknik automated fluorescence DNA sequencing. Berdasarkan hasil analisis sekuensing DNA, variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada populasi Indonesia berhasil diidentifikasi. Sebanyak 11 varian intronik, yaitu yaitu c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 85C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, dan c.634 – 130T>C berhasil diidentifikasi. Sementara itu, sebanyak empat varian eksonik berhasil ditemukan, yaitu c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), dan c.708C>T (p.His236=).

---

Mucopolysaccharidosis IVA (MPS IVA) or Morquio A Syndrome, is a lysosomal storage disorder caused by the deficiency of N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) enzyme, resulting in accumulation of keratan sulfate (KS) and chondroitin-6-sulfate (C6S) in the lysosome and leads to tissue or organ damage. The enzyme deficiency occurs due to mutations in the galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) gene located at locus 16q24.3. Variants identified by previous studies consisted of single nucleotide variation (SNV) and frameshift. This study aims to identify the genetic variation of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesia. The study was conducted using previously diagnosed MPS IVA patients and 50 normal individuals as controls. Based on the results of DNA sequencing analysis, genetic variations of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesian population have been identified. A total of 11 intronic variants, namely c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 84C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, and c.634 – 130T>C. Four exonic variants were also found, namely c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), and c.708C>T (p.His236=)."