Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Paparan zat karsinogen seperti benzena yang berasal dari lingkungan secara terus menerus diduga dapat memberikan kontribusi radikal yang dapat berinteraksi dengan DNA, sehingga menghasilkan 8-hidroksi-2?-deoksiguanosin (8-OHdG) yang menjadi biomarker kerusakan oksidatif DNA. Penelitian ini dilakukan dengan mereaksikan basa DNA 2?-deoksiguanosin 5?-monofosfat dengan benzena. Pembentukan 8-OHdG dilakukan pada suhu 37 ºC dan 60 ºC, pH 7,4 dan 8,4, dengan waktu reaksi 5 jam serta dengan variasi Fe(II) dan H2O2 sebagai reagen Fenton. Hasil adduct dianalisis dengan HPLC reversed phase dengan detektor UV pada panjang gelombang 254 nm. Eluen yang digunakan adalah campuran buffer fosfat pH 6,7 10 mmol/L dan metanol (85:15). Pada penelitian ini diperoleh bahwa waktu retensi dGMP standar adalah 7,3 menit dan waktu retensi 8-OHdG standar adalah 9,0 menit. Pembentukan 8-OHdG dari dGMP dengan benzena dan penambahan Fe(II) pada pH 8,4 dan suhu 60 ºC menunjukkan hasil lebih banyak daripada pH 7,4 dan suhu 37 ºC. Hasil yang dilakukan dengan penambahan hidrogen peroksida juga menunjukkan pembentukan 8-OHdG yang lebih banyak pada pH 8,4 dan suhu 60 ºC daripada pH 7,4 dan suhu 37 ºC.

---

Carcinogenic substance exposure such as benzene from circles continue has predicted given radical that can interacted with DNA, which triggered product 8-hidroksi-2?-deoksiguanosin (8-OHdG) as biomarker oxidative DNA damage. Formation of 8-OHdG was performed by reacting the nucleotide 2?-deoxyguanosine -5?-monophosphate (dGMP) with benzene and added variation of Fe(II) with hydrogen peroxide as Fenton reagent, at 37 dan 60, pH 7,4 and 8,4, for 5 hour reaction time. The adduct obtained from these reaction were analyzed using reversed phase HPLC with UV detector at a wavelength of 254 nm. Eluent was used in this research was a mixture of phosphate buffer pH 6,7 10 mmol/L and methanol (85:15). The retention time of dGMP and 8-OHdG standart obtained at 7,3 minute and 9,0 minute respectively. Reaction between dGMP and benzene, Fe(II), and hydrogen peroxide showed that 8-OHdG formed as consequence of oxydative stress. 8-OHdG that formed from dGMP with benzena and added of Fe(II) in pH 8,4 and 60ºC in greater quantities than in pH 7,4 and 37ºC. Also 8-OHdG formed which by added of hydrogen peroxide has in greater quantities in pH 8,4 and 60ºC in greater quantities than in pH 7,4 and 37ºC."

"Hipermetilasi DNA adalah sebuah proses epigenetik abnormal yang dikatalis oleh DNA Metiltransferase dan merupakan salah satu faktor penyebab munculnya penyakit tidak menular seperti kanker, diabetes, dan penyakit gangguan metabolisme lainnya. Hipermetilasi DNA dapat dihambat dengan inhibitor DNA Metiltransferase1 (DNMTi). Penelitian ini dilakukan dengan tujuan menemukan kandidat inhibitor DNA Metiltrasnferase yang berasal dari bahan alam. Pencarian senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor dilakukan dengan penapisan virtual terhadap basis data senyawa aktif tanaman herbal Indonesia (HerbalDB) menggunakan peranti lunak Autodock Vina. Dua puluh lima senyawa yang diketahui memiliki efek inhibisi terhadap DNMT1 digunakan sebagai kontrol positif dan sebagai referensi untuk membuat pengecoh menggunakan Directory of Useful Decoys: Enchanced. Penapisan yang dilakukan mendapatkan lima senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor DNA metiltransferase 1 yaitu Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, dan Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.

---

DNA Hypermethylation is an abnormal epigenetic process catalyzed by DNA Methyltranferase 1 (DNMT1), it is also one of the factor causing non-communicable disease such as cancer, diabetes, and other metabolic disease. DNA hypermethylation can be surpressed by DNA Methyltransferase inhibitor (DNMTi). This study was conducted to obtain inhibitor candidate from natural products. The search for potential inhibitors was done by conducting a virtual screening against Indonesian Herbal Compound Database (Herbal DB) utilizing Autodock Vina as docking software. Twenty-five compunds known for their inhibitory activity against DNMT1 were used as actives and as reference for generating decoys, facilitated by Directory of Useful Decoys: Enhanced. The virtual screening yields five potential DNMT1 inhibitor, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, and Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside."

"LATAR BELAKANG: Endometriosis merupakan penyakit ginekologis kronis yang ditandai dengan adanya jaringan mirip endometrium diluar rongga uterus. Endometriosis merupakan penyebab infertilitas dan nyeri pelvik paling umum dan memengaruhi 1 dari 10 wanita usia reproduktif. Progesteron memiliki peran yang penting dalam uterus yaitu mengontrol proliferasi dan diferensiasi. Disregulasi progesteron dapat menyebabkan gangguan fungsi uterus. Resistensi progesteron banyak ditemukan pada endometriosis dan dikaitkan dengan kadar PGR yang rendah. PGR memiliki dua isoform yaitu PGR-A dan PGR-B. Hingga saat ini masih banyak pendapat yang berbeda mengenai ekspresi isoform PGR-A dan B pada endometriosis. Hipermetilasi pada daerah promotor suatu gen diyakini sebagai salah satu penyebab gene silencing yang berakibat rendahnya kadar gen tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh faktor epigenetik pada reseptor hormon progesteron pada jaringan endometriosis.METODE: Penelitian ini merupakan studi kasus kontrol yang membandingkan 20 wanita penderita endometriosis dan 20 wanita bukan penderita endometriosis. Analisis metilasi DNA dilakukan dengan metode MSP dan ekspresi mRNA dengan metode qPCR. Analisis statistik yang dilakukan adalah uji t tidak berpasangan, uji Mann Whitney, uji korelasi Pearson, uji korelasi Spearman?s Rho, Uji Annova One Way dan Uji Kruskal-wallis dengan kemaknaan p<0.05.HASIL: Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat metilasi pada wanita dengan endometriosis (98,72%) secara signifikan lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol (3,74%) dengan p=0,000. Selain itu, terjadi penurunan ekspresi mRNA isoform PGR-A dan PGR-B (2,35 kali dan 6,37 kali). Terdapat korelasi antara tingkat metilasi dengan ekspresi mRNA isoform PGR-B (p=0,000; r=-0,736), namun tidak terdapat korelasi dengan ekspresi mRNA isoform PGR-A (p>0,05).KESIMPULAN: Daerah promotor gen PGR mengalami hipermetilasi pada endometriosis dibandingkan dengan kontrol dan berkaitan dengan penurunan kadar PGR-B pada endometriosis.

---

Background: Endometriosis is a chronic gynecological disorder, defined as the presence of endometrium-like tissue outside of the uterine cavity. Endometriosis is the most common causes of infertility and pelvic pain and affects 1 of 10 women in the reproductive-age group. Progesterone plays an important role in uterine. It controls endometrial proliferation and differentiation. Dysregulation of progesterone signaling leads to impaired for uterine function. Progesterone resistance has been found in endometriosis and associated with the low levels of PGR. PGR has two isoforms, PGR-A and PGR-B. Since promoter hypermethylation is associated with gene silencing, we try to determine the methylation status of PGR promoter region in endometriosis tissue using methylation spesific PCR and its association with the expression of PGR-A and PGR-B isoforms using real-time PCR.

Methods: this research is a case-control study, comparing 20 women with endometriosis and 20 women without endometriosis. Methylation status was analyzed with methylaion spesific PCR and the expression of mRNA was analyzed with real-time PCR. Statistical analyses were t-independent test, Mann Whitney test, Pearson test, Spearman?s rho test, Annova One Way test and Kruskal-Wallis test, a two-tailed p value less than 0,05 was considered significant.

Result: We found that methylation status in women with endometriosis (98,72%) was significantly higher than women without endometriosis (3,74%), statistically significant associations with the disease (p=0,000). Beside, mRNA expression of PGR-A and PGR-B isoform was down regulated (2,35 fold and 6,37 fold). Correlation between methylation status and PGR-B expression was significant (p=0,000;r=-0,736), but not PGR-A (p>0,05).

Conclusion: Promoter regions of PGR is hypermethylated in endometriosis as compared with control. This findings suggest that the promoter hypermethylation of PGR may contribute to the pathogenesis of this disease."

"Background: Adaptation and natural selection serve as an important part of evolution. Adaptation in molecular levelcan lead to genetic drift which causes mutation of genetic material; one of which is polymorphism of mitochondrialDNA (mtDNA). The aim of this study is to verify the polymorphism of mitochondrially-encoded AdenosineTriphosphate synthase6gene (MT-ATP6) as one of mtDNA building blocks among tropic, sub-tropic, and polar areas.Methods: This descriptive quantitative research used 3,210 mtDNA sequences, taken from GenBank, as secondary datafrom 27 different populations. The data were grouped into 3 population groups based on the climates of their location.After grouping, the sequences were then aligned and trimmed using Unipro EUGENE, and analyzed by Arlequin andMitoTool. Results: Results demonstrated 21 haplotypes distributed among 3 populations with variations between eachclimate population. In the tropic and sub-tropic populations, the dominant haplotype is h1 while h6 is dominant in thepolar population. Conclusions: There is a variation of haplotype polymorphism between tropic, sub-tropic, and polarclimate population."

"Adaptation and natural selection serve as an important part of evolution. Adaptation in molecular levelcan lead to genetic drift which causes mutation of genetic material; one of which is polymorphism of mitochondrialDNA (mtDNA). The aim of this study is to verify the polymorphism of mitochondrially-encoded AdenosineTriphosphate synthase6gene (MT-ATP6) as one of mtDNA building blocks among tropic, sub-tropic, and polar areas.Methods: This descriptive quantitative research used 3,210 mtDNA sequences, taken from GenBank, as secondary datafrom 27 different populations. The data were grouped into 3 population groups based on the climates of their location.After grouping, the sequences were then aligned and trimmed using Unipro EUGENE, and analyzed by Arlequin andMitoTool. Results: Results demonstrated 21 haplotypes distributed among 3 populations with variations between eachclimate population. In the tropic and sub-tropic populations, the dominant haplotype is h1 while h6 is dominant in thepolar population. Conclusions: There is a variation of haplotype polymorphism between tropic, sub-tropic, and polarclimate population."

"Infertilitas terjadi pada 10-15 pasangan di dunia. Faktor laki-laki terjadi pada 35 kasus infertilitas dan 10-20 terjadi karena keduanya. Salah satu uji untuk mendeteksi faktor infertilitas pada laki-laki adalah dengan uji fungsional spermatozoa yaitu uji integritas membran dan fragmentasi DNA spermatozoa. Uji integritas membran spermatozoa adalah uji untuk melihat keutuhan dan fungsi dari membran plasma spermatozoa. Uji fragmentasi DNA spermatozoa adalah uji untuk melihat keutuhan dari DNA spermatozoa. Penelitian ini ingin mengetahui hubungan antara integritas membran dengan fragmentasi DNA spermatozoa. Penelitian ini menggunakan metode potong lintang dengan 100 sampel dari hasil laboratorium laki-laki infertil di Klinik Yasmin RSCM Kencana. Uji integritas membrane spermatozoa dilakukan dengan uji Hypo-osmotic Swelling HOS sedangkan fragmentasi DNA spermatozoa diuji dengan uji Sperm Chromatin Dispersion SCD. Uji dan pengelompokan analisis semen ini dilakukan berdasarkan WHO laboratory manual for examination and processing of human semen edisi ke-lima. Hasil dari penelitian ini menyatakan bahwa terdapat korelasi negatif yang signifikan p=0,008 dengan kekuatan korelasi lemah r=-0,265 antara integritas membran dengan fragmentasi DNA spermatozoa.

---

Infertility occurs in 10 15 of couple in the world. Male factor occurs in 35 of infertility cases and 10 20 occurs as both. One of the test to detect infertility factor in men is the spermatozoa functional test whereas the spermatozoa membrane integrity and DNA fragmentation test. Spermatozoa membrane integrity test is a test to see the integrity and function of the plasma membrane of spermatozoa. Sperm DNA fragmentation test is a test to determine the integrity of the DNA of spermatozoa. This study investigates the relationship between the membrane integrity of spermatozoa with DNA fragmentation.

This study using cross sectional method with 100 samples of laboratory result in Klinik Yasmin Kencana RSCM. Spermatozoa membrane integrity test conducted by Hypo osmotic swelling test and spermatozoa DNA fragmentation tested with Sperm Chromatin Dispersion test. The semen analysis is based on WHO laboratory manual for examination and processing of human semen 5th edition. The result of this study is that there is a significant negative weak correlation p 0,008, r 0,265 between the spermatozoa membrane integrity and DNA fragmentation. "

"Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui kemampuan bisphenol A sebagai prooksidan. Pembentukan DNA adduct 8-OHdG dilakukan dengan mereaksikan dG dengan bisphenol A serta penambahan reagen Fenton. DNA adduct 8-OHdG dianalisis menggunakan HPLC kromatografi fasa terbalik dengan detector UV/vis pada panjang gelombang 254 nm. Kondisi optimum untuk menganalisis 8-OHdG menggunakan eluen dengan campuran buffer fosfat pH 6,7 10 mM dan metanol pada rasio 85:15. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa bisphenol A bersifat sebagai prooksidan ditandai dengan peningkatan hasil 8-OHdG yang terbentuk pada reaksi dengan penambahan bisphenol A. Penambahan reagen Fenton juga meningkatkan hasil 8-OHdG.Variasi pada penelitian kali ini meliputi variasi suhu, pH, dan waktu inkubasi. Variasi pH 7,4 dan 8,4, suhu 37⁰C dan 60⁰C, serta waktu inkubasi 5 dan 7 jam. Sebagian besar konsentrasi 8-OHdG akan meningkat dengan meningkatnya pH, suhu, dan dengan waktu inkubasi yang lebih lama.

---

This reseach was conducted to study the ability of bisphenol A as a prooxidant. The formation of DNA adduct 8-OHdG was being done by reacting dG with bisphenol A with addition of Fenton reagent. DNA adduct 8-OHdG were analyzed by using reversed phase HPLC with UV/vis detector at 254 nm. The optimum condition to analyze 8-OHdG obtained by using eluent with a mixture of phosphate buffer pH 6,7 10 mM and methanol at ratio 85:15. The results of this study indicate that bisphenol A act as prooxidant because of the increased yield of 8-OHdG formed in the reaction by the addition of bisphenol A. The addition of Fenton reagent also increased the yield of 8-OHdG.Variations in this present study include the variations of temperature, pH, and incubation time. Variations of pH 7.4 and 8.4, temperature 37⁰C and 60⁰C, also the incubation time 5 and 7 hours. Mostly the concentration of 8-OHdG will increased with the increasing of pH, temperature, and with longer incubation time."

"ABSTRAKPenyakit Hepatitis C yang disebabkan oleh virus Hepatitis C HCV telah menjadi masalah kesehatan serius di banyak Negara. Beberapa studi menunjukkan bahwa komponen utama reaksi imun protektif terhadap HCV adalah respon yang tinggi dari sel T CD 8 dan CD 4 terhadap bagian target dari HCV yang berikatan dengan MHC kelas I dan II yang dipresentasikan kepada sel T. Untuk reaksi imun protektif dibutuhkan respon sel T yang menghasilkan sitokin yang tepat dan memperbanyak diri dengan baik. Untuk mengatasi problem keberagaman dari HCV, maka dirancanglah konstruk yang relatif conserve. Protein core hingga saat ini merupakan bagian paling conserve dari HCV yang dapat menimbulkan reaksi sel T CD 8 bila dapat berikatan dengan MHC kelas I. Dalam penelitian ini dirancang gen pengkode protein CoreE1E2 menggunakan DNA sintetik untuk dikonstruk sebagai kandidat vaksin DNA menggunakan plasmid ekspresi mamalia pCI. Ekspresi protein tersebut dilakukan pada cell line manusia Hep2. Konstruksi pCI-Core-E1-E2 mampu mengekspresikan protein Core-E1-E2 pada sel Hep2 dengan tingkat ekspresi tertinggi pada 48 jam.

---

ABSTRACTHepatitis C is a contagious liver disease that results from infection with hepatitis C virus HCV which now have became serious health problem in many countries. There was evidence that the main component of protective immunity against HCV are the high response from both CD 8 T cells and CD 4 T cells against part HCV target which binds with MHC class I and II that will be presented to T cells. T cells have to face HCV diversity problems, but they also could target the internal part of the virus which relatively more conserve. For a protective immune response, T cell response to produce cytokines and could proliferate was needed. With this reason, a construct was made which has a conserve region of HCV that could trigger CD 8 T cell reaction with DNA Vaccine technique. Until now, Core Protein is the most conserve part from HCV which could trigger the CD 8 T cell reaction when it bound with MHC I. HCV protein CoreE1E2 coding gene was designed in this research using synthetic DNA to be constructed into mammalian expression plasmid pCI as a DNA vaccine candidate. pCI Core E1 E2 construct can express Core E1 E2 protein in Hep2 cell line with the highest expression rate in 48th hour."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Pada penelitian ini dilakukan studi pembentukan 8-OHdG akibat paparan Kromium III Dan Benzo[a]piren terhadap senyawa 2 rsquo;-deoksiguanosin. Studi pembentukan 8-OHdG dilakukan dengan mereaksikan basa DNA 2 rsquo;-deoksiguanosin dengan xenobiotika berupa Benzo[a]piren dengan variasi pH 7,4 dan 8,4, waktu inkubasi 7 dan 12 jam, dan variasi suhu inkubasi 37oC dan 60oC. Pada campuran ini kemudian di tambahkan logam Kromium III dan H2O2 sebagai reagen reaksi Fenton-like. DNA Adduct 8-OHdG yang terbentuk dianalisis menggunakan High Performance Liquid Chromatography HPLC fasa terbalik dengan detektor UV pada panjang gelombang 254 nm. Eluen yang digunakan pada pengukuran 8-OHdG adalah campuran Buffer Fosfat pH 6,7 10mM dan LC-Grade metanol dengan rasio 85:15 dengan laju alir 1 mL/menit. Hasil penelitian didapatkan bahwa pada semua campuran di semua variasi waktu, suhu, dan pH terdeteksi 8-OHdG, akan tetapi tidak dapat terkuantifikasi. Penambahan reagen Fenton juga meningkatkan hasil 8-OHdG yang terbentuk. Waktu inkubasi yang lebih lama serta suhu yang lebih tinggi menghasilkan 8-OHdG dengan konsentrasi yang lebih banyak, sedangkan variasi pH antara 7,4 dan 8,4 tidak berpengaruh secara signifikan pada pembentukan 8-OHdG.

---

In this research, study of 8 hydroxy 2 rsquo deoxyguanosine 8 OHdG caused by exposure of Chromium III and Benzo a pyrene was conducted. This study was done by reacting 2 rsquo deoxyguanosine as DNA base with xenobiotic like Benzo a pyrene with variation of pH 7.4 and 8.4, incubation time 7 and 12 hours, and incubation temperature 37oC and 60oC. On this mixture, another observation was conducted with addition of Chromium III and H2O2 as the Fenton like reaction reagent. 8 OHdG DNA Adduct was then analyzed with High Performance Liquid Chromatography HPLC reversed phase with UV detector on 245 nm wavelength. The mixture of pH 6.7 Phospate Buffer 10mM and LC grade methanol with ratio of 85 15 and 1 mL minute flow rate were used in the measurement of 8 OHdG. On every mixture in all pH, time, and temperature variation, 8 OHdG was detected with the concentration below the Limit of Quantification, thus the concentration can not be quantified. Addition of the Fenton like reaction reagent also impacted on higher 8 OHdG concentration in result. Longer incubation time and higher incubation temperature were proved to generate more 8 OHdG, meanwhile the variation of pH did not significantly affect the concentration of generated 8 OHdG in the mixture."