Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKPenyakit Hepatitis C yang disebabkan oleh virus Hepatitis C HCV telah menjadi masalah kesehatan serius di banyak Negara. Beberapa studi menunjukkan bahwa komponen utama reaksi imun protektif terhadap HCV adalah respon yang tinggi dari sel T CD 8 dan CD 4 terhadap bagian target dari HCV yang berikatan dengan MHC kelas I dan II yang dipresentasikan kepada sel T. Untuk reaksi imun protektif dibutuhkan respon sel T yang menghasilkan sitokin yang tepat dan memperbanyak diri dengan baik. Untuk mengatasi problem keberagaman dari HCV, maka dirancanglah konstruk yang relatif conserve. Protein core hingga saat ini merupakan bagian paling conserve dari HCV yang dapat menimbulkan reaksi sel T CD 8 bila dapat berikatan dengan MHC kelas I. Dalam penelitian ini dirancang gen pengkode protein CoreE1E2 menggunakan DNA sintetik untuk dikonstruk sebagai kandidat vaksin DNA menggunakan plasmid ekspresi mamalia pCI. Ekspresi protein tersebut dilakukan pada cell line manusia Hep2. Konstruksi pCI-Core-E1-E2 mampu mengekspresikan protein Core-E1-E2 pada sel Hep2 dengan tingkat ekspresi tertinggi pada 48 jam.

---

ABSTRACTHepatitis C is a contagious liver disease that results from infection with hepatitis C virus HCV which now have became serious health problem in many countries. There was evidence that the main component of protective immunity against HCV are the high response from both CD 8 T cells and CD 4 T cells against part HCV target which binds with MHC class I and II that will be presented to T cells. T cells have to face HCV diversity problems, but they also could target the internal part of the virus which relatively more conserve. For a protective immune response, T cell response to produce cytokines and could proliferate was needed. With this reason, a construct was made which has a conserve region of HCV that could trigger CD 8 T cell reaction with DNA Vaccine technique. Until now, Core Protein is the most conserve part from HCV which could trigger the CD 8 T cell reaction when it bound with MHC I. HCV protein CoreE1E2 coding gene was designed in this research using synthetic DNA to be constructed into mammalian expression plasmid pCI as a DNA vaccine candidate. pCI Core E1 E2 construct can express Core E1 E2 protein in Hep2 cell line with the highest expression rate in 48th hour."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Pada penelitian ini dilakukan studi pembentukan 8-OHdG akibat paparan Kromium III Dan Benzo[a]piren terhadap senyawa 2 rsquo;-deoksiguanosin. Studi pembentukan 8-OHdG dilakukan dengan mereaksikan basa DNA 2 rsquo;-deoksiguanosin dengan xenobiotika berupa Benzo[a]piren dengan variasi pH 7,4 dan 8,4, waktu inkubasi 7 dan 12 jam, dan variasi suhu inkubasi 37oC dan 60oC. Pada campuran ini kemudian di tambahkan logam Kromium III dan H2O2 sebagai reagen reaksi Fenton-like. DNA Adduct 8-OHdG yang terbentuk dianalisis menggunakan High Performance Liquid Chromatography HPLC fasa terbalik dengan detektor UV pada panjang gelombang 254 nm. Eluen yang digunakan pada pengukuran 8-OHdG adalah campuran Buffer Fosfat pH 6,7 10mM dan LC-Grade metanol dengan rasio 85:15 dengan laju alir 1 mL/menit. Hasil penelitian didapatkan bahwa pada semua campuran di semua variasi waktu, suhu, dan pH terdeteksi 8-OHdG, akan tetapi tidak dapat terkuantifikasi. Penambahan reagen Fenton juga meningkatkan hasil 8-OHdG yang terbentuk. Waktu inkubasi yang lebih lama serta suhu yang lebih tinggi menghasilkan 8-OHdG dengan konsentrasi yang lebih banyak, sedangkan variasi pH antara 7,4 dan 8,4 tidak berpengaruh secara signifikan pada pembentukan 8-OHdG.

---

In this research, study of 8 hydroxy 2 rsquo deoxyguanosine 8 OHdG caused by exposure of Chromium III and Benzo a pyrene was conducted. This study was done by reacting 2 rsquo deoxyguanosine as DNA base with xenobiotic like Benzo a pyrene with variation of pH 7.4 and 8.4, incubation time 7 and 12 hours, and incubation temperature 37oC and 60oC. On this mixture, another observation was conducted with addition of Chromium III and H2O2 as the Fenton like reaction reagent. 8 OHdG DNA Adduct was then analyzed with High Performance Liquid Chromatography HPLC reversed phase with UV detector on 245 nm wavelength. The mixture of pH 6.7 Phospate Buffer 10mM and LC grade methanol with ratio of 85 15 and 1 mL minute flow rate were used in the measurement of 8 OHdG. On every mixture in all pH, time, and temperature variation, 8 OHdG was detected with the concentration below the Limit of Quantification, thus the concentration can not be quantified. Addition of the Fenton like reaction reagent also impacted on higher 8 OHdG concentration in result. Longer incubation time and higher incubation temperature were proved to generate more 8 OHdG, meanwhile the variation of pH did not significantly affect the concentration of generated 8 OHdG in the mixture."

"Forensic Entomology, An Introduction is fully revised and updated to include new research in the field. New chapter on aquatic forensic entomology. New pictorial key to aid identification of species contributed by Dr. Krzysztof Szpila. Further coverage of civil applications of forensic entomology. Practical tasks and further reading included to aid understanding. Colour plate section and improved illustrations throughout to assist in the identification of insects associated with the corpse. Approaches the topic from the dual perspectives of basic entomology and its forensic applications. Covers the contributions to forensic investigations of both flies and beetles. Provides information on culturing insects collected from crime scenes. Guides students through the processes of writing entomological court reports and presenting in court alongside the scientific topics. "

"ABSTRAKPemantauan spesies asing invasif berperan penting dalam mempelajari konservasi dan pengendalian ekosistem perairan. Alligator gar merupakan salah satu spesies asing yang masuk ke dalam perairan Indonesia dan berpotensi invasif. Sifatnya yang kriptik menyebabkan spesies ini sulit diamati secara visual. Metode eDNA hadir sebagai alternatif untuk deteksi spesies. Namun penelitian eDNA umumnya dilakukan di daerah beriklim subtropis. Pengembangan metode eDNA di daerah tropis dilakukan dengan menggunakan sedimen kolam artifisial untuk deteksi alligator gar. Sedimen diharapkan mampu melindungi eDNA dari degradasi akibat faktor lingkungan. Pengambilan sampel dilakukan empat kali dalam sebulan dengan mengeruk langsung lapisan sedimen sebanyak 500 mg dan diisolasi menggunakan Fast DNA Spin Kit for Soil. Hasil spektrofotometri menunjukkan konsentrasi terbesar yaitu 204,37 ng/ L pada sampel 1. Suhuannealing telah dioptimasi yaitu 53.4 C menggunakan ecoPrimer dengan gen target 12SrRNA, pita paling jelas ditunjukkan oleh sampel 4 dengan ukuran amplikon 115 bp. Hasil blastn menunjukkan kekerabatan tertinggi pada dua spesies yaitu A. tropicus dan A.spatula, mengindikasikan bahwa sampel sedi mendapat digunakan untuk deteksi alligator gar A. spatula.

---

ABSTRACTMonitoring of alien invasive species plays an important role in management and preservation of natural ecosystem. Alligator gar is an alien species in Indonesia swater and potentially invasive. Its cryptic and solitary nature makes visual detection difficult, there fore can not be monitored using traditional method. Recent advances studies have produced technology called eDNA, which allows species detection by using environmental samples such as water, sediment or soil. However, this study often carried out in subtropical area. Development of eDNAin tropical aquatic was performed by using sediment to detect alligator gar. Insediment, the persistance of eDNA can be much longer due to slow rate of degradation. Sample collection was done four times in artificial pond by dredging 500 mg of sediment for each sample. Samples were processed directly using FastDNA Spin Kit for soil. Electrophoresis and spectrophotometry results show edall samples positive containing eDNA, the largest concentration 204,37 ng Lbelong to sample 1. Annealing temperature was optimized at 53.4 C by using ecoPrimer with target region 12 SrRNA, the clearest band shown by sample 4, with the size 115 bp. Blastn result showed the highest similarity with two species A. tropicus and A.spatula. The result was indicating that eDNA contained insediment samples allows for detection of alligator gar A. spatula."

"Penyakit kanker disebabkan oleh peristiwa karsinogenesis dan ditandai dengan adanya kerusakan oksidatif DNA. Senyawa tert-butilhidroquinon TBHQ diduga sebagai pemicu terjadinya peristiwa karsinogenesis. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui dan mengidentifikasi adanya pembentukan DNA adduct 8-hidroksi-2 rsquo;-deoksiguanosin 8-OHdG akibat adanya paparan senyawa TBHQ pada 2 rsquo;-deoksiguanosin dan calf thymus DNA secara in vitro dengan variasi pH, waktu, dan suhu. Penelitian ini dilakukan menggunakan 2 39;-deoksiguanosin-5 39;-monophosphat dan TBHQ melalui reaksi fenton dengan variasi pH yaitu 7,4 dan 8,4, variasi waktu inkubasi yaitu 1 jam dan 3 jam, dan variasi suhu yaitu 37oC dan 60oC. Kemudian sampel dari 2 rsquo;-deoksiguanosin dianalisis menggunakan HPLC, sedangkan sampel dari calf thymus DNA dianalisis menggunakan UV-Vis. Dilakukan juga uji kestabilan 8-OHdG dengan variasi pH menggunakan HPLC. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa konsentrasi pembentukan 8-OHdG lebih banyak terjadi berturut-turut pada pH 8,4 daripada pH 7,4, dengan waktu inkubasi 3 jam daripada dengan waktu inkubasi 1 jam, dan pada suhu 60oC daripada suhu 37oC, serta menunjukkan adanya reaksi fenton. Rasio kemurnian calf thymus DNA pada ?260/?280 yang digunakan dalam penelitian ini adalah 1,83. Terjadi pergeseran puncak panjang gelombang maksimum dari hasil inkubasi calf thymus DNA dan senyawa TBHQ serta Fe2 yang menandakan terjadinya perubahan struktur DNA. Hasil uji kestabilan 8-OHdG pada kondisi asam dan basa menunjukkan 8-OHdG mengalami kerusakan.

---

Cancer is caused by a carcinogenesis and is characterized by DNA oxidative damage. The tert butylhydroquinone TBHQ compound is thought to be the trigger for the carcinogenesis. The aim of this study was to investigate and identify the formation of 8 hydroxy 2 39 deoxyguanosine 8 OHdG adduct DNA due to exposure of TBHQ compounds to 2 39 deoxyguanosine and calf thymus DNA in vitro by pH, time, and temperature variations.

This study was carried out using 2 39 deoxyguanosine 5 39 monophosphate and TBHQ by fenton reaction with pH variation of 7.4 and 8.4, variation of incubation time ie 1 hour and 3 hours, and temperature variation ie 37oC and 60oC. Then a sample of 2 39 deoxyguanosine was analyzed using HPLC, while samples from the calf thymus DNA were analyzed using UV Vis. It also performed a stability test of 8 OHdG with pH variation using HPLC.

The results show that the concentration of 8 OHdG formation occurs more successively at pH 8.4 than pH 7.4, with an incubation time of 3 hours than with an incubation time of 1 hour, and at a temperature of 60 C rather than 37 C, fenton reaction. The purity ratio of calf thymus DNA in 260 280 used in this study was 1,83. There is a maximum wavelength peak shift from the incubation of the calf thymus DNA and the TBHQ and Fe2 compounds indicating the change in DNA structure. Stability test results of 8 OHdG on acid and base conditions showed 8 OHdG damage."

"ABSTRAKDNA eksogen merupakan DNA asing yang diintroduksi ke dalam sel dan sebagai dasar pengembangan vaksin DNA. Ekspresi gen pada DNA eksogen masih rendah dalam antigen presenting cell APC yang merupakan target utama dalam penerapan vaksin DNA, seperti monosit. Salah satu cara dalam meningkatkan ekspresi gen pada DNA eksogen adalah menyisipi sekuen internal inisiasi translasi yaitu IRES HIV-1. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan penambahan sekuen IRES HIV-1 pada hulu gen DNA eksogen yang akan diekspresikan di sel monosit manusia. DNA IRES HIV-1_eGFP diamplifikasi dari pcDNA5FRT/TO dan disubkloning ke pcDNA3.1 . DNA ditransfeksi ke kultur primer monosit dari darah manusia sehat. Sel berfluoresen, persentase sel, dan intensitas fluoresen diamati masing-masing dengan mikroskop fluoresen, Tali cytometer, dan Glomax. Plasmid pcDNA3.1_IRES HIV-1_eGFP berhasil dikonstruksi dan gen egfp berhasil diekspresikan pada sel monosit manusia. Persentase monosit berfluoresen dibandingkan sel kontrol meningkat dari 5 menjadi 11,54 kelompok pcDNA3.1_eGFP dan 12,9 kelompok pcDNA3.1_IRES HIV-1_eGFP p=0,297 . Intensitas fluoresen eGFP pada kelompok dengan IRES HIV-1 dalam total sel monosit 2,33 dan per monosit 0,069 meningkat signifikan dibandingkan kelompok pcDNA3.1_eGFP dalam total sel monosit 0,08 dan per monosit 0,001 p=0,001 . Oleh karena itu, penambahan IRES HIV-1 terbukti mampu meningkatkan ekspresi gen pada sel monosit secara signifikan.

---

ABSTRACTExogenous DNA is an transient DNA that is introduced into cells and as a basis for developing DNA vaccines. Gene expression in exogenous DNA is still low in antigen presenting cells APC , which is a major target in the application of DNA vaccines, such as monocytes. One way to increase the expression of gene in exogenous DNA is to insert the internal sequence of translation initiation such as IRES HIV 1. Therefore, in this research, the addition of IRES HIV 1 sequence in the upstream gene of exogenous DNA to be expressed in human monocytes cells. IRES HIV 1 eGFP amplified from pcDNA5FRT TO and subcloned to pcDNA3.1 .. DNA were transfected into the primary culture of monocytes from healthy human blood. Fluorescent cells, cell percentages, and fluorescent intensity were observed with fluorescent microscope, Tali cytometer, and Glomax respectively. The pcDNA3.1 IRES HIV 1 eGFP successfully constructed and transfected in human monocytes cells. The percentage of fluorescent monocytes compared with control cells increased from 5 to 11.54 pcDNA3.1 eGFP group and 12.9 pcDNA3.1 IRES HIV 1 eGFP p 0.297 . The intensity of fluorescent eGFP in the group with IRES HIV 1 in total monocyte 2.33 and each monocyte 0.069 increased significantly compared to pcDNA3.1 eGFP group in total monocyte cell 0.08 and per monocyte 0.001 p 0.001 . Therefore, the addition of IRES HIV 1 has been shown to increase gene expression in monocyte cells significantly "

"ABSTRACTPenelitian ini dilakukan untuk menganalisis pembentukan DNA Adduct 8-OHdG akibat kerusakan oksidatif DNA yang disebabkan oleh paparan formaldehida dan logam Cu (II). Studi in vivo dilakukan dengan menggunakan kelompok tikus putih (Rattus norvegicus) yang diberi paparan formaldehida (82 mg/kg BB) dan Cu (II) (10 mg/kg BB) selama 28 hari. Sampel urin diambil setiap minggunya. Studi in vitro dilakukan dengan mereaksikan 2-deoksiguanosin dengan formaldehida, logam Cu (II), dan H2O2 melalui reaksi Fenton-like. Reaksi dilakukan pada suhu 37°C dengan variasi pH (7,4 dan pH 8,4) serta waktu inkubasi (7 dan 12 jam). Analisis pembentukan 8-OHdG secara in vivo dan in vitro dilakukan menggunakan instrumen LC-MS/MS dengan kromatogafi fasa terbalik. Fasa gerak yang digunakan adalah campuran amonium asetat 20 mM pH 4 dan asetonitril dengan gadien elusi. Hasil dari penelitian menunjukkan bahwa paparan formaldehida dan logam Cu (II) dapat menyebabkan terbentuknya DNA Adduct 8-OHdG. Pada studi in vivo, ditemukan kadar 8-OHdG tertinggi pada kelompok paparan formaldehida dengan Cu (II). Pada studi in vitro, terbentuk 8-OHdG dengan konsentrasi paling tinggi pada kelompok variasi formaldehida, Cu (II) dan H2O2.

---

ABSTRACTThis research was conducted to analyze the formation of DNA Adduct 8-OHdG due to oxidative DNA damage caused by exposure formaldehyde and Cu (II). In vivo studies were conducted using a group of rat (Rattus norvegicus) which were exposed to formaldehyde (82 mg/kg BW) and Cu (II) (10 mg/kg BW) for 28 days. Urin samples were taken every week. In vitro studies were carried out by reacting 2-deoxyguanosine with formaldehyde, Cu (II) and H2O2 through a Fenton-like reaction. The reaction was carried out at 37°C with variation in pH (7,4 and 8,4) and incubation time (7 and 12 hours). Analysis of the formation DNA Adduct 8-OHdG with in vivo and in vitro studies using LC-MS/MS with reverse phase chromatogaphy. The mobile phase used was a mixture of 20 mM ammonium acetate pH 4 and acetonitrile with elution gadient. The results of the study show that exposure of formaldehyde and Cu (II) can cause the formation of a DNA Adduct 8-OHdG. In vivo study showed that the highest levels of 8-OHdG were found in the group that exposed to formaldehyde with Cu (II). In vitro study showed that 8-OHdG was formed with the highest concentration in the formaldehyde, Cu (II) and H2O2 variation groups."

"Sinamaldehid merupakan senyawa kimia yang banyak digunakan dalam bidang industri dan mudah ditemukan dalam kehidupan sehari-hari. Menurut strukturnya, sinamaldehid merupakan senyawa tak jenuh, yang dapat memicu produksi ROS dalam tubuh. ROS ini dapat bereaksi dengan DNA atau protein dan membentuk DNA Adduct. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis terbentuknya DNA Adduct 8-OHdG akibat kerusakan oksidatif DNA yang disebabkan oleh paparan sinamaldehid. Studi in vitro dilakukan dengan mereaksikan 2`-deoksiguanosin dengan sinamaldehid melalui reaksi Fenton-like. Reaksi dilakukan pada pH 7,4 dan 8,4, pada suhu 37 °C serta waktu inkubasi 7 dan 12 jam. Studi in vivo dilakukan dengan menggunakan kelompok tikus putih (Rattus norvegicus) yang dikenai paparan sinamaldehid (200 mg/kg BB) dan CuSO4 (10 mg/kg BB) selama 28 hari. Sampel urine diambil setiap minggunya. Analisis pembentukan 8-OHdG dilakukan menggunakan instrumen LC-MS/MS dengan kromatografi fase terbalik. Fasa gerak yang digunakan adalah campuran ammonium asetat 20 mM pH 4 dan asetonitril dengan gradien elusi. Hasil studi in vivo menunjukkan bahwa paparan sinamaldehid, Cu(II), dan H2O2 dapat menyebabkan pembentukan 8-OHdG, dengan produk terbanyak pada pH 7,4 dan waktu inkubasi 12 jam. Hasil studi in vivo menunjukkan bahwa paparan sinamaldehid dan Cu(II) dapat menyebabkan pembentukan 8-OHdG. Waktu pemaparan yang lebih lama menunjukkan peningkatan kadar sinamaldehid dalam urine tikus.

---

Cinnamaldehyde is a chemical compound that is widely used in industrial fields and is easily found in everyday life. According to the structure, cinnamaldehyde is an unsaturated compound, which can trigger the production of ROS in the body. This ROS can react with DNA or proteins and form DNA adducts. This study aims to analyze the formation of 8-OHdG DNA Adduct due to oxidative DNA damage caused by exposure to cinnamaldehyde. In vitro studies were carried out by reacting 2`-deoxiguanosine with cinnamaldehyde, Cu(II), and H2O2 through a fenton-like reaction. The reaction was carried out at pH 7.4 and 8.4, at 37 °C and incubation times of 7 and 12 hours. In vivo studies were carried out using a group of white mice (Rattus norvegicus) which were exposed to cinnamaldehyde (200 mg/kg BW) and CuSO4 (10 mg/kg BW) for 28 days. Urine samples are taken every week. Analysis of the formation of 8-OHdG using an LC-MS/MS instrument with reverse phase chromatography. The mobile phase used was a mixture of 20 mM ammonium acetate pH 4 and acetonitrile with elution gradient. The results of in vivo studies showed that exposure to cinnamaldehyde, Cu(II), and H2O2 can cause the formation of 8-OHdG, with the most products at pH 7.4 and 12 hours incubation time. The results of in vivo studies indicate that exposure to cinnamaldehyde and Cu(II) can cause the formation of 8-OHdG. Longer exposure times showed increased levels of cinnamaldehyde in rat urine."