Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pada akhir tahun 2019, telah muncul suatu tipe virus korona baru yaitu SARS-CoV-2 yang menyebabkan pandemik global dengan tingkat kematian yang relatif sangat tinggi. Dikarenakan oleh belum adanya obat maupun vaksin yang efektif untuk mengobati virus ini maka diperlukan suatu senyawa yang bisa menginhibisi protein yang berperan dalam infeksi virus SARS-CoV-2. Virus SARS-CoV-2 terdiri dari beberapa protein penyusun. Salah satu protein yang berperan penting adalah protein nukleokapsid (NP). Protein ini berperan dalam proses transkripsi maupun replikasi dari RNA virus SARS-CoV-2. Oleh karena itu, protein ini memiliki potensi untuk dijadikan target protein yang akan diinhibisi. Pada penelitian ini akan dilakukan pemanfaatan senyawa bahan alam yang dapat menginhibisi protein target tersebut sehingga dapat mengurangi dampak dari pandemik global ini. Struktur tiga dimensi (3D) dari NP dimodel melalui sekuen yang diunduh melalui basis data GenBank. Struktur protein kemudian dioptimisasi dan dikarakterisasi untuk mengetahui keakurasian struktur hasi homologi model. Kemudian, penapisan dilakukan terhadap basis data senyawa bahan alam yang berasal dari NPASS dengan menggunakan Astex’s Rule of Three (RO3) dan sifat toksisitas untuk mendapatkan senyawa fragmen. Kemudian dilakukan simulasi penambatan molekul senyawa-senyawa fragmen ini terhadap sisi ikat dari NP menggunakan perangkat lunak MOE 2014.09. Kemudian setelah didapatkan delapan ligan terbaik, ligan-ligan tersebut ditumbuhkan dengan menggunakan proses penumbuhan fragmen yang menghasilkan 14.332 senyawa yang nantinya akan dievaluasi melalui simulasi penambatan molekul sekali lagi. Simulasi ini menghasilkan 40 ligan terbaik dengan nilai energi bebas Gibbs terendah terhadap struktur ptorein. Ligan terpilih diprediksi sifat farmakologinya secara komputasi, dan menghasilkan 2 ligan (CFG-17 dan NFG-11) yang memiliki sifat farmakologis yang baik. Kedua ligan ini divalidasi interaksinya dengan menggunakan simulasi dinamika molekul dan menunjukkan stabilitas interaksi yang baik sebagai kandidat obat untuk terapi SARS-CoV-2.

---

The outbreak of COVID-19 caused by the SARS-CoV-2 virus caused a global pandemic that affects the worldwide. Because of the lacking effective prescribed drugs or vaccines as a therapeutic strategy, there is a need to identify a novel inhibitor to inhibit a protein that plays a vital role in the infection of SARS-CoV-2. The Nucleocapsid protein (NP) of the SARS-CoV-2 is a protein that is necessary for viral RNA replication and transcription. Thus, in this study, a three-dimensional (3D) NP structure was modeled using the protein sequences of NP obtained from the GenBank database. After that, the modeled protein structure was characterized and optimized. The natural compound databases obtained from the NPASS database were screened based on Astex’s Rule of Three and toxicity filter to gain lead-like fragments. The filtered fragments were docked into the binding site of the NP utilizing MOE 2014.09 software. Then potential eight potential lead-like fragments were grown to generate 14,332 new ligands by utilizing DataWarrior software. Then molecular docking simulation was performed once again with the same protocol as the first molecular docking simulation. The simulation resulted in 40 best ligands with the lowest value of Gibbs free energy binding to NP. The selected ligands were subjected to the computational pharmacological properties prediction using several tools and resulted in two compounds candidate with favorable interaction and ADME-Tox properties. Then these two compounds were further analyzed with the molecular dynamic simulation."

"iNOS merupakan enzim yang diketahui terekspresi pada sel kanker kolorektal dan dapat mempengaruhi tumorigenesis kanker kolorektal dengan cara menghasilkan Nitrat Oksida (NO) dalam jumlah banyak, sehingga memicu terbentuknya p53 mutan. Tingginya prevalensi kanker kolorektal di Indonesia dan beberapa efek samping serius yang dihasilkan dari pengobatan kanker kolorektal melalui kemoterapi, menjadikan pencarian senyawa lain yang dapat bekerja secara spesifik dalam menginhibisi iNOS perlu dilakukan sebagai upaya dalam mencegah tumorigenesis dan perkembangan kanker kolorektal. Penelitian kali ini bertujuan untuk memperoleh kandidat inhibitor iNOS dari senyawa bahan alam Indonesia pada HerbalDB beserta interaksinya terhadap residu asam amino pada situs aktif iNOS yang dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan makromolekul iNOS (PDB ID: 3E7G), serta parameter penambatan berupa grid box berukuran 15 x 15 x 15 Å dengan exhaustiveness 8 dan num mode 9 yang diujikan pada Vina Wizard di dalam PyRx. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah (-11,2 hingga -10,0 kkal/mol), yaitu Eriodiktin, Epigalokatekin, 5,7,2',4'-Tetrahidroksiisoflavon-8-C-glukosida Isookaninrhamnosida, Kuersetin-3-(6''-galloilgalaktosida), Derhamnosilmaysin, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon-5-glukosida, 3'-Deoksiderhamnosilmaysin, Isoorientin, Jasmolakton-D, 3'-O-Metilmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahidroksiflavanon-7-alfa-L-arabinofuranosil-(16)-glukosida, Galokatekin-3'-O-galat, Isoetin-7-glukosida, Sojagol, 2''-O-Galloilisoviteksin, Luteolin-7-(2''-p-kumaroilglukosida), Luteolin-7-apiosil-(12)-glukosida, Orientanol-C, Rubranin, 2''-O-alfa-L-Rhamnosil-6-C-fukosil-3'-metoksiluteoin, Daidzein, Prunin-6''-p-kumarat, Strigol, (-)-Kubebin, 3'-Deoksimaysin, Karthamon, Mirisetin-3-robinobiosida, Ovalikalkon, Torvanol-A dan Wogonin-5-glukosida. Selain itu, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901 diketahui menunjukkan adanya interaksi dengan sebagian besar senyawa yang diujikan. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah tersebut adalah kandidat senyawa inhibitor iNOS yang menunjukkan interaksi dengan residu asam amino pada situs aktif iNOS, yaitu Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901.

---

iNOS is an enzyme that expressed in colorectal cancer cell and can affect colorectal cancer tumorigenesis by producing large amounts of Nitric Oxide (NO), thus triggering the formation of mutant p53. The high prevalence of colorectal cancer in Indonesia and some of the side effects of chemotherapy make it necessary to search for other compounds that can specifically inhibit iNOS as an effort to prevent tumorigenesis and the development of colorectal cancer. This research aimed to obtain the candidates of iNOS inhibitor from Indonesian natural compounds in HerbalDB and its interaction towards amino acid residues in iNOS active site by virtual screening method using iNOS macromolecules (PDB ID: 3E7G), docking parameters with a grid box of 15 x 15 x 15 Å, exhaustiveness 8 and num mode 9, which were tested on Vina Wizard in PyRx. Based on the result of virtual screening, there are 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G (-11,2 to -10,0 kcal/mol), namely Eriodictin, Epigallocatechin, 5,7,2',4'-Tetrahydroxyisoflavone-8-C-glucoside, Isookaninrhamnoside, Quercetin-3-(6''-galloylgalactoside), Derhamnosylmaysin, 5-Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone, 5- Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone-5-glucoside, 3'-Deoxyderhamnosylmaysin, Isoorientin, Jasmolactone-D, 3'-O-Methylmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahydroxyflavanone-7-alpha-L- arabinofuranosyl-(16)-glucoside, Gallocatechin-3'-O-gallate, Isoetin-7-glucoside, Sojagol, 2''-O-Galloylisovitexin, Luteolin-7-(2''-p-coumaroylglucoside), Luteolin-7- apiosyl-(12)-glucoside, Orientanol-C, Rubranine, 2''-O-alpha-L-Rhamnosyl-6-C- fucosyl-3'-methoxyluteoiin, Daidzein, Prunin-6''-p-coumarate, Strigol, (-)-Cubebin, 3'-Deoxymaysin, Carthamone, Myricetin-3-robinobioside, Ovalichalcone, Torvanol-A, and Wogonin-5-glucoside. Moreover, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem901 were known to show an interaction with most of the compounds tested. In conclusion, that 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G are the candidates of iNOS inhibitor and interacts amino acid residues in iNOS active site, specifically Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem90l."

"B-Cell Lymphoma (BCL) 2 merupakan protein yang berperan penting pada regulasi apoptosis atau kematian sel terprogram. BCL 2 berperan dalam mempengaruhi permeabilitas mitokondria untuk pelepasan sitokrom C untuk menginduksi terjadinya apoptosis dengan mengaktifkan caspase 3 pada sel kanker kolorektal. Pengobatan kanker kolorektal dapat memberikan efek samping resistensi obat sehingga terjadi penghambatan kematian sela tau apoptosis.  Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2, dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB, menggunakan makromolekul dengan PDB ID 4MAN dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å, nilai Exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Luteolin 7-(2''-p-kumaroilglukosida) (-10,6 kkal/mol), Yuehchukene (-10,4 kkal/mol), (13z)beta,beta-Karoten (-10,3 kkal/mol), beta-Karoten (-10 kkal/mol), Oksidentosida (-10 kkal/mol), Kriptokrom (-9,9 kkal/mol), Prunin 6''-p-koumarat (-9,9 kkal/mol), alfa-Karoten (-9,8 kkal/mol), gamma-Karoten (9,7 kkal/mol), dan Proantosianidin A1 (9,7 kkal/mol). Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul BCL 2, yaitu Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, dan Phe101. Berdasarkan afinititas penambatan kesepuluh senyawa tersebut dapat menjadi kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

B-Cell Lymphoma (BCL) 2 is a protein that plays an important role in the regulation of apoptosis or programmed cell death. BCL 2 plays a role in influencing mitochondrial permeability for the release of cytochrome C to induce apoptosis by activating caspase 3 in colorectal cancer cells. Colorectal cancer treatment can have side effects of drug resistance so that there is inhibition of death between or apoptosis. This study aims to obtain candidate compounds for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors, carried out in silico studies using a virtual screening method for natural compounds found in the HerbalDB database, using macromolecules with PDB ID 4MAN from the RCSB PDB page. The best parameters obtained from the optimization and validation process used in the virtual screening process are using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å Exhaustiveness value of 8 and num modes 9. The virtual screening process produced 10 compounds with the best binding affinity, namely Luteolin 7-(2''-p-coumaroylglucoside) (-10.6 kcal/mol), Yuehchukene (-10.4 kcal/mol), (13z)beta, beta-carotene (-10.3 kcal/mol), beta-Carotene (-10 kcal/mol), Occidentoside (-10 kcal/mol), Cryptochrome (-9.9 kcal/mol), Prunin 6''-p -coumarate (- 9.9 kcal/mol), alpha-Carotene (-9.8 kcal/mol), gamma-Carotene (9.7 kcal/mol), and Proanthocyanidin A1 (9.7 kcal/mol). Most of these compounds interact with amino acid residues at the active site of BCL 2 macromolecules, namely Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, and Phe101. Based on their binding affinity, these ten compounds can be candidates for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors and can be used for further research."

"Kanker kolorektal merupakan keganasan yang melibatkan kolon dan rektum. Pada tahun 2020, kanker kolorektal yang menempati peringkat keempat di Indonesia dengan insiden terbanyak. Pengobatan yang diberikan untuk kanker kolorektal masih memiliki kelemahan seperti selektivitas rendah dan toksisitas sistemik, sehingga mendorong pencarian terhadap obat yang lebih aman, yaitu tipe terapi tertarget. Salah satu target pada kanker kolorektal yaitu c-Met. Tirosin Kinase MET (c-Met) merupakan reseptor jenis tirosin kinase yang dalam kondisi yang menyimpang dapat memicu kanker kolorektal dengan menstimulasi banyak jalur persinyalan seperti Protein Kinase Mitogen- Teraktivasi/Kinase yang diatur sinyal Ekstraseluler (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3- Kinase/Protein Kinase B (PI3K/AKT) dan Transduser Sinyal dan Aktivator Transkripsi Protein/Janus Kinase (STAT/JAK). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor c-Met dari senyawa bahan alam Indonesia pada situs HerbalDB dengan metode penapisan virtual. Berdasarkan hasil validasi metode, program serta parameter terbaik yang digunakan untuk penapisan virtual bahan alam adalah program autodock Vina dalam PyRx dengan parameter exhasutiveness 8, ukuran grid box 15 x 15 x 15 Å, dan jumlah mode 9. Metode penapisan virtual memperoleh 12 senyawa bahan alam Indonesia dengan energi bebas ikatan terendah (-11,1 hingga -10 kkal/mol) yaitu Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxantin, Apigenin 7-o-(6”-o-p- kumaroilglukosida), Cinchonain IA, Prunin 6”-p-kumarat, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedikarpin, Luteolin 7-(2”-p-kumaroilglukosida), dan Pteryxin. Interaksi yang umum ditunjukan pada kedua belas ligan uji tersebut yaitu ikatan hidrogen pada Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159, Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, dan Asn1167 yang memiliki kesesuaian dengan literatur.

---

Colorectal cancer is a malignancy involving the colon and rectum. In 2020, colorectal cancer is ranked fourth in Indonesia with the highest incidence. Treatment given for colorectal cancer still has weaknesses such as low selectivity and systemic toxicity, thus prompting the search for safer drugs, namely targeted types of therapy. One of the targets in colorectal cancer is c-Met. Tyrosine Kinase MET (c-Met) is a receptor type tyrosine kinase that under aberrant conditions can trigger colorectal cancer by stimulating multiple signaling pathways such as Mitogen-Activated Protein Kinases/Extracellular signal- regulated Kinases (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3-Kinase/ Protein Kinase B (PI3K/AKT) and Signal Transducer and Activator of Transcription/Janus Kinase (STAT/JAK). This study aims to obtain candidate c-Met inhibitors from Indonesian natural compounds on the HerbalDB website by using a virtual screening method. Based on the results of method validation, the best program and parameters used for virtual screening of natural ingredients are the Vina autodock program in PyRx with exhasutiveness parameter 8, grid box size 15 x 15 x 15 Å, and number of modes 9. The virtual screening method obtained 12 Indonesian natural compounds with the bond energy (-11.1 to -10 kcal/mol) namely Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxanthin, Apigenin 7-o-(6”-o-p-coumaroylglucoside), Cinchonain IA, Prunin 6”- p-coumarate, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedicarpin, Luteolin 7-(2”-p- coumaroylglucoside), and Pteryxin. Common interactions shown in the twelve test ligands are hydrogen bonding in Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159 , Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, and Asn1167 which are in agreement with the literature."

"Checkpoint kinase 1 (Chk1) merupakan protein yang berperan dalam proses respon kerusakan DNA, yaitu mengkoordinasi respon kerusakan DNA. Chk1 terekspresi pada kanker kolorektal dan Chk1 berkontribusi dalam resistensi terapi kanker kolorektal. Chk1 mencegah masuknya sel DNA yang rusak atau tidak tereplikasi sempurna dalam tahap mitosis ketika sel ditantang oleh agen perusak DNA, seperti terapi radiasi dan agen kemoterapi. Maka dari itu, inhibisi Chk1 dapat menjadi metode untuk pengobatan kanker. HerbalDB merupakan pangkalan data yang senyawa bahan alam Indonesia yang dibuat oleh Fakultas Farmasi Universitas Indonesia. Penelitian senyawa HerbalDB yang berpotensi sebagai inhibitor Chk1 belum pernah dilakukan. Maka, dilakukan penelitian secara in silico dengan metode penapisan virtual dari pangkalan dari HerbalDB untuk mendapatkan kandidat inhibitor Chk1. Makromolekul Chk1 dengan ID 2R0U yang digunakan diperoleh dari situs RCSB PDB. Parameter yang diperoleh dari hasil optimasi dan validasi untuk melakukan penapisan virtual adalah menggunakan AutoDock dalam PyRx dengan ukuran grid box 60 x 60 x 60 dan evaluasi energi maksimum short (250.000). Dari hasil penapisan virtual, diperoleh 16 senyawa HerbalDB yang memiliki nilai ∆G terendah, yaitu (-)-Kurin, Folitenol, Mangostenon A, Rubranin, 6-Deoksoteasteron, (+)-Thalrugosin, Yamogenin, Isokondodendrin, Limasin, Isoarborinol, Sapogenin, alfa-Amirin, Neriifolin, Siklomorusin, Cassiamin C, beta-Kriptosantin dengan rentang nilai ∆G -11,34 hingga -10,01 kkal/mol. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul Chk1, yaitu Cys87, Asp148, Glu55, dan Lys38. Hasil tersebut menunjukkan bahwa 16 senyawa tersebut memiliki potensi untuk menjadi kandidat inhibitor Chk1.

---

Checkpoint kinase 1 (Chk1) is a target that plays a role in the DNA damage response process, namely coordinating the DNA damage response. Chk1 is expressed in colorectal cancer and Chk1 contributes to colorectal cancer therapy resistance. Chk1 prevents entry of damaged or incompletely replicated DNA cells in the mitotic stage when cells are challenged by DNA-damaging agents, such as radiation therapy and chemotherapeutic agents. Therefore, Chk1 inhibition could be a method for cancer treatment. HerbalDB is a database of Indonesian natural compounds. Research on HerbalDB compounds that have the potential to act as Chk1 inhibitors has never been done. Therefore, an in-silico study was conducted using a virtual screening method from the HerbalDB database to obtain candidates for Chk1 inhibitors. The Chk1 macromolecule with ID 2R0U was obtained from the RCSB PDB site. The parameters obtained from the optimization and validation results to perform virtual screening is using AutoDock in PyRx with a grid box size of 60 x 60 x 60 and a maximum energy evaluation of short (250.000). From the virtual screening, 16 HerbalDB compounds were obtained with the lowest ∆G values: (-)-Curine, Folitenol, Mangostenone A, Rubranine, 6-Deoxoteasterone, (+)-Thalrugosine, Yamogenin, Isochondodendrine, Limacine, Isoarborinol, Sapogenin, alpha-Amyrin, Neriifolin, Cyclomorusin, Cassiamin C, beta-Cryptoxanthin with ∆G values ​​ranging from -11.34 to -10.01 kcal/mol. Most of these compounds interact with the amino acid residues on the active site of Chk1, namely Cys87, Asp148, Glu55, and Lys38. These results indicate that these 16 compounds have the potential to be candidates for Chk1 inhibitors."

"MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) adalah jenis spesies bakteri S. aureus yang resisten terhadap antibiotik metisilin dan antibiotik beta laktam lainnya. Infeksi MRSA menjadi salah satu penyebab utama infeksi nosokomial dan sering kali terkait dengan tingkat kesakitan, kematian, durasi rawat inap yang panjang, dan beban biaya yang substansial. Resistensi MRSA dikaitkan dengan produksi jenis enzim PBP2 baru yaitu PBP2a yang memiliki afinitas yang rendah terhadap β-laktam. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan parameter optimum untuk penapisan virtual dengan metode penambatan molekular senyawa inhibitor PBP2a menggunakan AutoDock Vina serta mendapatkan 10 kandidat senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PBP2a dari hasil penambatan menggunakan parameter optimum. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual kandidat inhibitor penicillin-binding protein 2a (PBP2a dari pangkalan data HerbalDB menggunakan penambatan molekuler. Proses optimasi dan validasi menghasilkan parameter terbaik adalah ukuran gridbox 20,625Å x 20,625Å x 20,625Å dengan exhaustiveness 16 menggunakan Autodock Vina yang menghasilkan nilai EF1% 0 dan AUC 0,6428. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik menggunakan Autodock Vina yaitu, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, dan Epicatechin 3, 5-di-o-gallate.

---

MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) is a type of S. aureus bacterial species that is resistant to the antibiotic methicillin and other beta lactam antibiotics. MRSA infection is one of the main causes of nosocomial infections and is often associated with high levels of morbidity, mortality, long duration of hospitalization, and substantial cost burden. MRSA resistance is associated with the production of a new type of PBP2 enzyme, namely PBP2a, which has a low affinity for β-lactams. This study aims to obtain optimum parameters for virtual screening using the molecular docking method for PBP2a inhibitor compounds using AutoDock Vina and to obtain 10 candidate compounds that have the potential to act as PBP2a inhibitors from the docking results using optimum parameters. In this study, virtual screening of penicillin-binding protein 2a (PBP2a) inhibitor candidates was carried out from the HerbalDB database using molecular docking. The optimization and validation process resulted in the best parameters being a gridbox size of 20.625Å x 20.625Å x 20.625Å with exhaustiveness of 16 using Autodock Vina which resulted an EF1% value 0 and AUC 0.6428. Based on the screening results, the 10 best compound rankings were obtained using Autodock Vina, namely, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, and Epicatechin 3, 5-di-o-gallate."

"Perkembangan mesin industri dan kendaraan bermotor mendorong peningkatan penggunaan pelumas dan akumulasi pelumas bekas. Pelumas bekas dijadikan bahan bakar alternatif atau didaur ulang dengan teknologi konvensional menggunakan bahan B3, padahal dapat mencemari lingkungan, mengganggu kesehatan, sehingga memicu masalah sosial. Metode daur ulang sebaiknya berbasis teknologi hijau, ekonomis, ramah lingkungan, dan diterima oleh masyarakat. Indonesia kaya akan berbagai sumber daya alam. Salah satunya adalah cadas lempung. Activated bleaching earth adalah cadas lempung alami yang berasal dari formasi khusus di pegunungan Indonesia.Penelitian ini bertujuan untuk mengatasi masalah limbah B3 pelumas bekas. Pelumas bekas dapat didaur ulang dengan metode ekstraksi menggunakan penyerap kontaminan. Penelitian ini menganalisis sifat kimia-fisika dan performa bahan alam non B3 activated bleaching earth sebelum dan setelah digunakan dalam proses daur ulang pelumas bekas menjadi base oil. Mengkaji dan mengembangkan pemanfaatan residu agar dapat meminimalisasi polutan, dan diterima masyarakat. Pendekatan penelitian kuantitatif, dengan metode penelitian eksperimen (pengujian di laboratorium) dan survei.Hasil penelitian menunjukan cara ini lebih ekonomis, mengurangi polutan, dan tidak menimbulkan gangguan kesehatan. Residu proses berkalori sekitar 5.000 kkal, dapat digunakankan sebagai bahan bakar alternatif atau penguat aspal. Abu dapat dijadikan mortar dan beton. Kesimpulannya, pelumas bekas bisa didaur ulang menjadi base oil, menggunakan cadas lempung yang berasal dari gunung Indonesia. Hasil base oil berkisar 70-79%.

---

The development of industrial machinery and motor vehicles encourage increasing use of lubricants and accumulation of used lubricants. The used lubricants applied as alternative fuels or recycled using conventional technology which uses hazardous materials, whereas It will pollute the environment, affecting the health, and lead to social problems. The recycling method should be based on green technology, economical, environmentally friendly, and social acceptable. Indonesia has the rich of various natural resources. One of them is the clay rock. Activated bleaching earth was natural clay rock that's specific formation in Indonesia mountains. This research purpose is handle the hazardous waste of used lubricant. It could be recycled by extraction method using a contaminants adsorbent.

The objective of the study was analyze the chemical-physics and performance of non hazardous activated bleaching earth, a natural material before and after used in the process of recycling used lubricant to be base oil. Assess and develop the utilization of residual to minimize pollutants, and acceptable. The method used quantitative approach, with experimental research (laboratory test) and survey.

The research result shows, It was more economical, reduce pollutants, and do not cause health problems. Residue had calorific value around 5,000 kcal. It could be applied as alternative fuel or asphalt reinforcement. Ash could be mortar and concrete products. The conclusion stated, the used lubricant could be recycleabled to be base oil, using clay rock in Indonesia's mountain. The base oil result was around 70-79%."

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"Sekitar 70% dari permukaan bumi ditutupi oleh lautan yang menyimpan sumber daya hayati yang berpotensi menjadi obat. Oleh karena itu, pengembangan obat dari bahan laut menjadi fokus penelitian di saat ini. Akan tetapi, pengembangan obat dari bahan alam laut harus menghadapi tantangan mulai dari biaya tinggi, kompleksitas molekul, keterbatasan sumber daya, dan permasalahan lingkungan. Untuk mengatasi masalah ini, penelitian in silico digunakan sebagai pendekatan komputasi untuk mengidentifikasi potensi senyawa obat dari bahan alam laut. Dalam penelitian in silico, diperlukan basis data senyawa kimia dengan struktur tiga dimensi yang valid untuk meningkatkan akurasi penelitian in silico. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan pengumpulan data bahan alam laut dengan 770 senyawa tetapi data tersebut belum dihimpun menjadi suatu basis data. Data tersebut juga tidak memuat struktur tiga dimensi bahan alam laut tersebut. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk membuat, mengoptimasi, dan melakukan validasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan metode AM1-BCC serta membuat suatu basis data senyawa kimia dari bahan alam laut. Validasi dilakukan terhadap 769 struktur tiga dimensi senyawa dari bahan alam laut menggunakan perangkat lunak PyMOL. Berdasarkan hasil validasi, struktur tiga dimensi senyawa dengan format mol2 memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan visualisasi terbaik dan paling sesuai. Pada penelitian ini, telah diperoleh basis data senyawa kimia dari bahan alam laut dengan komponen 770 SMILES, 770 struktur dua dimensi dalam format file png dan sdf, 769 struktur tiga dimensi dalam format mol2, pdb, dan pdbqt.

---

Approximately 70% of the Earth's surface is covered by oceans, which harbor valuable biological resources that have the potential to become medicines. Therefore, the development of drugs from marine sources has become a focus of research at present. However, the development of drugs from marine natural compounds faces challenges such as high costs, molecular complexity, limited resources, and environmental issues. To address these problems, in silico research has been used as a computational approach to identify potential drug compounds from marine natural sources. In in silico research, a database of chemical compounds with valid three-dimensional structures is required to improve the accuracy of the research. In previous studies, data collection of marine natural compounds with 770 compounds has been conducted, but this data has not been compiled into a database. Moreover, the data does not include the three-dimensional structures of the marine natural compounds. Therefore, this study aims to create, optimize, and validate the three-dimensional structures of marine natural compounds using the AM1-BCC method, as well as to establish a database of chemical compounds from marine natural sources. Validation was performed on 769 three-dimensional structures of compounds from marine natural sources using the PyMOL software. Based on the validation results, the three-dimensional structures in mol2 format provided the best and most suitable visualization. In this study, a database of chemical compounds from marine natural sources was obtained, consisting of 770 SMILES components, 770 two-dimensional structures in png and sdf file formats, and 769 three-dimensional structures in mol2, pdb, and pdbqt formats."