Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"iNOS merupakan enzim yang diketahui terekspresi pada sel kanker kolorektal dan dapat mempengaruhi tumorigenesis kanker kolorektal dengan cara menghasilkan Nitrat Oksida (NO) dalam jumlah banyak, sehingga memicu terbentuknya p53 mutan. Tingginya prevalensi kanker kolorektal di Indonesia dan beberapa efek samping serius yang dihasilkan dari pengobatan kanker kolorektal melalui kemoterapi, menjadikan pencarian senyawa lain yang dapat bekerja secara spesifik dalam menginhibisi iNOS perlu dilakukan sebagai upaya dalam mencegah tumorigenesis dan perkembangan kanker kolorektal. Penelitian kali ini bertujuan untuk memperoleh kandidat inhibitor iNOS dari senyawa bahan alam Indonesia pada HerbalDB beserta interaksinya terhadap residu asam amino pada situs aktif iNOS yang dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan makromolekul iNOS (PDB ID: 3E7G), serta parameter penambatan berupa grid box berukuran 15 x 15 x 15 Å dengan exhaustiveness 8 dan num mode 9 yang diujikan pada Vina Wizard di dalam PyRx. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah (-11,2 hingga -10,0 kkal/mol), yaitu Eriodiktin, Epigalokatekin, 5,7,2',4'-Tetrahidroksiisoflavon-8-C-glukosida Isookaninrhamnosida, Kuersetin-3-(6''-galloilgalaktosida), Derhamnosilmaysin, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon-5-glukosida, 3'-Deoksiderhamnosilmaysin, Isoorientin, Jasmolakton-D, 3'-O-Metilmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahidroksiflavanon-7-alfa-L-arabinofuranosil-(16)-glukosida, Galokatekin-3'-O-galat, Isoetin-7-glukosida, Sojagol, 2''-O-Galloilisoviteksin, Luteolin-7-(2''-p-kumaroilglukosida), Luteolin-7-apiosil-(12)-glukosida, Orientanol-C, Rubranin, 2''-O-alfa-L-Rhamnosil-6-C-fukosil-3'-metoksiluteoin, Daidzein, Prunin-6''-p-kumarat, Strigol, (-)-Kubebin, 3'-Deoksimaysin, Karthamon, Mirisetin-3-robinobiosida, Ovalikalkon, Torvanol-A dan Wogonin-5-glukosida. Selain itu, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901 diketahui menunjukkan adanya interaksi dengan sebagian besar senyawa yang diujikan. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah tersebut adalah kandidat senyawa inhibitor iNOS yang menunjukkan interaksi dengan residu asam amino pada situs aktif iNOS, yaitu Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901.

---

iNOS is an enzyme that expressed in colorectal cancer cell and can affect colorectal cancer tumorigenesis by producing large amounts of Nitric Oxide (NO), thus triggering the formation of mutant p53. The high prevalence of colorectal cancer in Indonesia and some of the side effects of chemotherapy make it necessary to search for other compounds that can specifically inhibit iNOS as an effort to prevent tumorigenesis and the development of colorectal cancer. This research aimed to obtain the candidates of iNOS inhibitor from Indonesian natural compounds in HerbalDB and its interaction towards amino acid residues in iNOS active site by virtual screening method using iNOS macromolecules (PDB ID: 3E7G), docking parameters with a grid box of 15 x 15 x 15 Å, exhaustiveness 8 and num mode 9, which were tested on Vina Wizard in PyRx. Based on the result of virtual screening, there are 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G (-11,2 to -10,0 kcal/mol), namely Eriodictin, Epigallocatechin, 5,7,2',4'-Tetrahydroxyisoflavone-8-C-glucoside, Isookaninrhamnoside, Quercetin-3-(6''-galloylgalactoside), Derhamnosylmaysin, 5-Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone, 5- Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone-5-glucoside, 3'-Deoxyderhamnosylmaysin, Isoorientin, Jasmolactone-D, 3'-O-Methylmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahydroxyflavanone-7-alpha-L- arabinofuranosyl-(16)-glucoside, Gallocatechin-3'-O-gallate, Isoetin-7-glucoside, Sojagol, 2''-O-Galloylisovitexin, Luteolin-7-(2''-p-coumaroylglucoside), Luteolin-7- apiosyl-(12)-glucoside, Orientanol-C, Rubranine, 2''-O-alpha-L-Rhamnosyl-6-C- fucosyl-3'-methoxyluteoiin, Daidzein, Prunin-6''-p-coumarate, Strigol, (-)-Cubebin, 3'-Deoxymaysin, Carthamone, Myricetin-3-robinobioside, Ovalichalcone, Torvanol-A, and Wogonin-5-glucoside. Moreover, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem901 were known to show an interaction with most of the compounds tested. In conclusion, that 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G are the candidates of iNOS inhibitor and interacts amino acid residues in iNOS active site, specifically Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem90l."

"B-Cell Lymphoma (BCL) 2 merupakan protein yang berperan penting pada regulasi apoptosis atau kematian sel terprogram. BCL 2 berperan dalam mempengaruhi permeabilitas mitokondria untuk pelepasan sitokrom C untuk menginduksi terjadinya apoptosis dengan mengaktifkan caspase 3 pada sel kanker kolorektal. Pengobatan kanker kolorektal dapat memberikan efek samping resistensi obat sehingga terjadi penghambatan kematian sela tau apoptosis.  Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2, dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB, menggunakan makromolekul dengan PDB ID 4MAN dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å, nilai Exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Luteolin 7-(2''-p-kumaroilglukosida) (-10,6 kkal/mol), Yuehchukene (-10,4 kkal/mol), (13z)beta,beta-Karoten (-10,3 kkal/mol), beta-Karoten (-10 kkal/mol), Oksidentosida (-10 kkal/mol), Kriptokrom (-9,9 kkal/mol), Prunin 6''-p-koumarat (-9,9 kkal/mol), alfa-Karoten (-9,8 kkal/mol), gamma-Karoten (9,7 kkal/mol), dan Proantosianidin A1 (9,7 kkal/mol). Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul BCL 2, yaitu Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, dan Phe101. Berdasarkan afinititas penambatan kesepuluh senyawa tersebut dapat menjadi kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

B-Cell Lymphoma (BCL) 2 is a protein that plays an important role in the regulation of apoptosis or programmed cell death. BCL 2 plays a role in influencing mitochondrial permeability for the release of cytochrome C to induce apoptosis by activating caspase 3 in colorectal cancer cells. Colorectal cancer treatment can have side effects of drug resistance so that there is inhibition of death between or apoptosis. This study aims to obtain candidate compounds for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors, carried out in silico studies using a virtual screening method for natural compounds found in the HerbalDB database, using macromolecules with PDB ID 4MAN from the RCSB PDB page. The best parameters obtained from the optimization and validation process used in the virtual screening process are using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å Exhaustiveness value of 8 and num modes 9. The virtual screening process produced 10 compounds with the best binding affinity, namely Luteolin 7-(2''-p-coumaroylglucoside) (-10.6 kcal/mol), Yuehchukene (-10.4 kcal/mol), (13z)beta, beta-carotene (-10.3 kcal/mol), beta-Carotene (-10 kcal/mol), Occidentoside (-10 kcal/mol), Cryptochrome (-9.9 kcal/mol), Prunin 6''-p -coumarate (- 9.9 kcal/mol), alpha-Carotene (-9.8 kcal/mol), gamma-Carotene (9.7 kcal/mol), and Proanthocyanidin A1 (9.7 kcal/mol). Most of these compounds interact with amino acid residues at the active site of BCL 2 macromolecules, namely Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, and Phe101. Based on their binding affinity, these ten compounds can be candidates for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors and can be used for further research."

"Kanker kolorektal merupakan keganasan yang melibatkan kolon dan rektum. Pada tahun 2020, kanker kolorektal yang menempati peringkat keempat di Indonesia dengan insiden terbanyak. Pengobatan yang diberikan untuk kanker kolorektal masih memiliki kelemahan seperti selektivitas rendah dan toksisitas sistemik, sehingga mendorong pencarian terhadap obat yang lebih aman, yaitu tipe terapi tertarget. Salah satu target pada kanker kolorektal yaitu c-Met. Tirosin Kinase MET (c-Met) merupakan reseptor jenis tirosin kinase yang dalam kondisi yang menyimpang dapat memicu kanker kolorektal dengan menstimulasi banyak jalur persinyalan seperti Protein Kinase Mitogen- Teraktivasi/Kinase yang diatur sinyal Ekstraseluler (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3- Kinase/Protein Kinase B (PI3K/AKT) dan Transduser Sinyal dan Aktivator Transkripsi Protein/Janus Kinase (STAT/JAK). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor c-Met dari senyawa bahan alam Indonesia pada situs HerbalDB dengan metode penapisan virtual. Berdasarkan hasil validasi metode, program serta parameter terbaik yang digunakan untuk penapisan virtual bahan alam adalah program autodock Vina dalam PyRx dengan parameter exhasutiveness 8, ukuran grid box 15 x 15 x 15 Å, dan jumlah mode 9. Metode penapisan virtual memperoleh 12 senyawa bahan alam Indonesia dengan energi bebas ikatan terendah (-11,1 hingga -10 kkal/mol) yaitu Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxantin, Apigenin 7-o-(6”-o-p- kumaroilglukosida), Cinchonain IA, Prunin 6”-p-kumarat, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedikarpin, Luteolin 7-(2”-p-kumaroilglukosida), dan Pteryxin. Interaksi yang umum ditunjukan pada kedua belas ligan uji tersebut yaitu ikatan hidrogen pada Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159, Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, dan Asn1167 yang memiliki kesesuaian dengan literatur.

---

Colorectal cancer is a malignancy involving the colon and rectum. In 2020, colorectal cancer is ranked fourth in Indonesia with the highest incidence. Treatment given for colorectal cancer still has weaknesses such as low selectivity and systemic toxicity, thus prompting the search for safer drugs, namely targeted types of therapy. One of the targets in colorectal cancer is c-Met. Tyrosine Kinase MET (c-Met) is a receptor type tyrosine kinase that under aberrant conditions can trigger colorectal cancer by stimulating multiple signaling pathways such as Mitogen-Activated Protein Kinases/Extracellular signal- regulated Kinases (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3-Kinase/ Protein Kinase B (PI3K/AKT) and Signal Transducer and Activator of Transcription/Janus Kinase (STAT/JAK). This study aims to obtain candidate c-Met inhibitors from Indonesian natural compounds on the HerbalDB website by using a virtual screening method. Based on the results of method validation, the best program and parameters used for virtual screening of natural ingredients are the Vina autodock program in PyRx with exhasutiveness parameter 8, grid box size 15 x 15 x 15 Å, and number of modes 9. The virtual screening method obtained 12 Indonesian natural compounds with the bond energy (-11.1 to -10 kcal/mol) namely Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxanthin, Apigenin 7-o-(6”-o-p-coumaroylglucoside), Cinchonain IA, Prunin 6”- p-coumarate, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedicarpin, Luteolin 7-(2”-p- coumaroylglucoside), and Pteryxin. Common interactions shown in the twelve test ligands are hydrogen bonding in Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159 , Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, and Asn1167 which are in agreement with the literature."

"Checkpoint kinase 1 (Chk1) merupakan protein yang berperan dalam proses respon kerusakan DNA, yaitu mengkoordinasi respon kerusakan DNA. Chk1 terekspresi pada kanker kolorektal dan Chk1 berkontribusi dalam resistensi terapi kanker kolorektal. Chk1 mencegah masuknya sel DNA yang rusak atau tidak tereplikasi sempurna dalam tahap mitosis ketika sel ditantang oleh agen perusak DNA, seperti terapi radiasi dan agen kemoterapi. Maka dari itu, inhibisi Chk1 dapat menjadi metode untuk pengobatan kanker. HerbalDB merupakan pangkalan data yang senyawa bahan alam Indonesia yang dibuat oleh Fakultas Farmasi Universitas Indonesia. Penelitian senyawa HerbalDB yang berpotensi sebagai inhibitor Chk1 belum pernah dilakukan. Maka, dilakukan penelitian secara in silico dengan metode penapisan virtual dari pangkalan dari HerbalDB untuk mendapatkan kandidat inhibitor Chk1. Makromolekul Chk1 dengan ID 2R0U yang digunakan diperoleh dari situs RCSB PDB. Parameter yang diperoleh dari hasil optimasi dan validasi untuk melakukan penapisan virtual adalah menggunakan AutoDock dalam PyRx dengan ukuran grid box 60 x 60 x 60 dan evaluasi energi maksimum short (250.000). Dari hasil penapisan virtual, diperoleh 16 senyawa HerbalDB yang memiliki nilai ∆G terendah, yaitu (-)-Kurin, Folitenol, Mangostenon A, Rubranin, 6-Deoksoteasteron, (+)-Thalrugosin, Yamogenin, Isokondodendrin, Limasin, Isoarborinol, Sapogenin, alfa-Amirin, Neriifolin, Siklomorusin, Cassiamin C, beta-Kriptosantin dengan rentang nilai ∆G -11,34 hingga -10,01 kkal/mol. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul Chk1, yaitu Cys87, Asp148, Glu55, dan Lys38. Hasil tersebut menunjukkan bahwa 16 senyawa tersebut memiliki potensi untuk menjadi kandidat inhibitor Chk1.

---

Checkpoint kinase 1 (Chk1) is a target that plays a role in the DNA damage response process, namely coordinating the DNA damage response. Chk1 is expressed in colorectal cancer and Chk1 contributes to colorectal cancer therapy resistance. Chk1 prevents entry of damaged or incompletely replicated DNA cells in the mitotic stage when cells are challenged by DNA-damaging agents, such as radiation therapy and chemotherapeutic agents. Therefore, Chk1 inhibition could be a method for cancer treatment. HerbalDB is a database of Indonesian natural compounds. Research on HerbalDB compounds that have the potential to act as Chk1 inhibitors has never been done. Therefore, an in-silico study was conducted using a virtual screening method from the HerbalDB database to obtain candidates for Chk1 inhibitors. The Chk1 macromolecule with ID 2R0U was obtained from the RCSB PDB site. The parameters obtained from the optimization and validation results to perform virtual screening is using AutoDock in PyRx with a grid box size of 60 x 60 x 60 and a maximum energy evaluation of short (250.000). From the virtual screening, 16 HerbalDB compounds were obtained with the lowest ∆G values: (-)-Curine, Folitenol, Mangostenone A, Rubranine, 6-Deoxoteasterone, (+)-Thalrugosine, Yamogenin, Isochondodendrine, Limacine, Isoarborinol, Sapogenin, alpha-Amyrin, Neriifolin, Cyclomorusin, Cassiamin C, beta-Cryptoxanthin with ∆G values ​​ranging from -11.34 to -10.01 kcal/mol. Most of these compounds interact with the amino acid residues on the active site of Chk1, namely Cys87, Asp148, Glu55, and Lys38. These results indicate that these 16 compounds have the potential to be candidates for Chk1 inhibitors."

"MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) adalah jenis spesies bakteri S. aureus yang resisten terhadap antibiotik metisilin dan antibiotik beta laktam lainnya. Infeksi MRSA menjadi salah satu penyebab utama infeksi nosokomial dan sering kali terkait dengan tingkat kesakitan, kematian, durasi rawat inap yang panjang, dan beban biaya yang substansial. Resistensi MRSA dikaitkan dengan produksi jenis enzim PBP2 baru yaitu PBP2a yang memiliki afinitas yang rendah terhadap β-laktam. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan parameter optimum untuk penapisan virtual dengan metode penambatan molekular senyawa inhibitor PBP2a menggunakan AutoDock Vina serta mendapatkan 10 kandidat senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PBP2a dari hasil penambatan menggunakan parameter optimum. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual kandidat inhibitor penicillin-binding protein 2a (PBP2a dari pangkalan data HerbalDB menggunakan penambatan molekuler. Proses optimasi dan validasi menghasilkan parameter terbaik adalah ukuran gridbox 20,625Å x 20,625Å x 20,625Å dengan exhaustiveness 16 menggunakan Autodock Vina yang menghasilkan nilai EF1% 0 dan AUC 0,6428. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik menggunakan Autodock Vina yaitu, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, dan Epicatechin 3, 5-di-o-gallate.

---

MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) is a type of S. aureus bacterial species that is resistant to the antibiotic methicillin and other beta lactam antibiotics. MRSA infection is one of the main causes of nosocomial infections and is often associated with high levels of morbidity, mortality, long duration of hospitalization, and substantial cost burden. MRSA resistance is associated with the production of a new type of PBP2 enzyme, namely PBP2a, which has a low affinity for β-lactams. This study aims to obtain optimum parameters for virtual screening using the molecular docking method for PBP2a inhibitor compounds using AutoDock Vina and to obtain 10 candidate compounds that have the potential to act as PBP2a inhibitors from the docking results using optimum parameters. In this study, virtual screening of penicillin-binding protein 2a (PBP2a) inhibitor candidates was carried out from the HerbalDB database using molecular docking. The optimization and validation process resulted in the best parameters being a gridbox size of 20.625Å x 20.625Å x 20.625Å with exhaustiveness of 16 using Autodock Vina which resulted an EF1% value 0 and AUC 0.6428. Based on the screening results, the 10 best compound rankings were obtained using Autodock Vina, namely, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, and Epicatechin 3, 5-di-o-gallate."