Found 1 Document(s) match with the query
Kinanti Seraphina Larasati
"
As the biggest lizard, representing the only extant genus in Varanidae family, Varanus komodoensis’ genetic factors are vital to be considered to evaluate and investigate their extinction risk. Komodo dragons carry a ZZ/ZW sex determining system, in which females are heterogametic harboring Z and W chromosomes. The species’ reference genome was obtained from only a male individual, thus leaving a big question mark for the W chromosome’s profile. Sex chromosomes are built of two distinct regions, which are pseudoautosomal region (PAR) and sex differentiated region (SDR). PAR undergoes recombination between chromosomes, while SDR is non-recombinant therefore accumulating variations between the chromosome pair. Recombination suppression takes effect on the establishment of master-sex determining gene initiating the sex chromosome evolution. This evolution is inseparable from the speciation event of V. komodoensis from its higher classification, the Squamata. This study focuses on understanding V. komodoensis’ sex chromosome differentiation based on genomic structure and investigating functional differences of W-linked genes based on de novo transcriptome assembly. Kinship confirmation of Squamates is also provided to strengthen the evolution prediction. Using a depth coverage calculation of WGS data (Ianucci et al. 2021), a new annotation of a 11.12 Mb sex chromosome is established, containing 10.62 Mb SDR. W-linked de novo transcripts, from 3 blood inputs (Rovatsos et al. 2019), lead to an evolution timeline based on Ks value of TLR5 gene as the first gene to differentiated between sexes. Including a new input of Trimeresurus albolabris and 500 gene orthologs in a novel Squamate tree, the previously published molecular tree is confirmed. The tree supports the prediction that Varanus komodoensis shared the same sex chromosome ancestor as Lanthanotidae and differentiated ~85.17 MYA. Using genomic, transcriptomic, and proteomic inputs, this study fills the gaps of previous studies.
Sebagai kadal terbesar, sekaligus satu-satunya genus dalam famili Varanidae yang masih hidup, faktor genetik dari Varanus komodoensis penting untuk dipelajari sebagai evaluasi dan investigasi risiko kepunahannya. Komodo memiliki sistem seks Z/W, dengan individu betina bersifat heterogamet ZW. Genom referensi spesies ini hanya berasal dari individu jantan, sehingga meninggalkan misteri terkait profil kromosom W. Kromosom seks terdiri atas dua struktur, yaitu pseudoautosomal region (PAR) dan sex differentiation region (SDR). PAR mengalami rekombinasi dan mempertahankan homologi antarkromosom, sedangkan SDR tidak melalui rekombinasi sehingga membawa variasi profil yang membedakan autosom dengan setiap kromosom seks. Informasi yang tidak melalui rekombinasi ini berdampak pada kemunculan master-sex determining gene yang menjadi awal evolusi kromosom seks. Evolusi ini berkaitan erat dengan peristiwa spesiasi V. komodoensis sendiri dari klade besarnya, yaitu Squamata. Studi ini berfokus untuk memahami perbedaan seks kromosom V. komodoensis berdasarkan struktur genomnya dan mendalami perbedaan fungsional dari gen terpaut kromosom W berdasarkan de novo assembly transkriptom. Hubungan kekerabatan anggota Squamata juga dikonfirmasi oleh studi ini untuk menguatkan prediksi evolusi Varanus komodoensis. Berdasarkan perhitungan depth coverage dari data WGS (Ianucci dkk. 2021), anotasi baru untuk kromosom seks sebesar 11,12 Mb telah ditemukan, beserta dengan 10,62 Mb bagian SDR. Transkrip de novo terpaut kromosom W, yang berasal dari 3 input jaringian darah (Rovatsos dkk. 2019), menunjukkan waktu evolusi sesuai nilai Ks dari gen TLR5 yang pertama kali berevolusi dari kedua jenis kelamin. Studi ini juga menggunakan data Trimeresurus albolabris baru dan 500 ortolog gen dalam pohon filogenetik Squamata baru untuk mengonfirmasi pohon dari studi sebelumnya. Pohon filogenetik ini mendukung perkiraan bahwa kromosom seks Varanus komodoensis berasal dari nenek moyang yang sama dengan Lanthanotidae dan berevolusi sekitar 85,17 juta tahun yang lalu. Data genomik, transkriptomik, dan proteomik yang digunakan dalam studi ini berhasil mengisi kekosongan pengetahuan dari studi-studi sebelumnya."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2025
S-pdf
UI - Skripsi Membership Universitas Indonesia Library
